The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
119
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structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| publication title |
Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
26
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-04-04 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV7 K; 1IBK K; 4DR4 K; 2UUC K; 4JI6 K; 4X66 K; 3J81 O; 4JI2 K; 2UXC K; 3T1Y K; 4LFC K; 1I94 K; 1HNZ K; 4JI3 K; 4DR1 K; 4B3S K; 4AQY K; 4LF6 K; 4DR3 K; 4LFB K; 2E5L K; 4JV5 K; 4DUZ K; 4LF8 K; 4LFA K; 2HHH K; 2UXB K; 1N32 K; 4CW7 B; 4JYA K; 4KHP K; 3OTO K; 1N36 K; 4B3T K; 4OX9 K; 4LF4 K; 4B3M K; 2VQF K; 4DV1 K; 4JI4 K; 4GKK K; 4YY3 K; 4JI8 K; 5AJ3 K; 4JI7 K; 2VQE K; 4LF7 K; 4K0K K; 4DV4 K; 4B3R K; 4CVN E; 4JI5 K; 4YHH K; 4DR2 K; 4JI1 K; 4LF5 K; 4NXN K; 2UUB K; 4V19 S; 1HNW K; 5A2Q O; 2UUA K; 1J5E K; 5LMU K; 1HNX K; 1FJG K; 5BR8 K; 4DV2 K; 4DV5 K; 4DR5 K; 1N34 K; 4DV0 K; 4LF9 K; 3JAM O; 3T1H K; 3J7A P; 4DUY K; 2ZM6 K; 4DV3 K; 5LMN K; 4DR6 K; 1N33 K; 3J7Y P; 1XMQ K; 4X64 K; 1XNQ K; 4DV6 K; 5FLX O; 5IWA K; 5LL6 Z; 1HR0 K; 4DR7 K; 1XMO K; 4X62 K; 1IBM K; 4X65 K; 2UU9 K; 1IBL K; 1XNR K; 2F4V K; 3J80 O; 5IT9 O; 4GKJ K; 4JI0 K; 2UXD K; 4NXM K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1XQS C; 3TPQ A; 1JLC A; 4M3Y A; 4BRN A; 3I0R A; 4CER A; 4EP4 A; 1UOC A; 1Z26 A; 1RBT A; 2E6M A; 2GEL A; 3NHG A; 3DLH A; 4Z4E A; 3KLI A; 4A5B A; 3Q7B A; 4KHN A; 2KKZ A; 5HRS A; 3UKU B; 4GV3 A; 4DSI A; 3RWU A; 5FPN A; 3UE5 A; 3F73 A; 1BI4 A; 1L5U A; 2IOC A; 3KD5 E; 2VG6 A; 3G0Z A; 3CCM N; 4DFK A; 3O1W A; 4EZ6 A; 1KTQ A; 4CFB A; 4FXD A; 3UIQ A; 5DMR A; 3RR8 A; 2IS3 A; 3A2F A; 1H1V A; 1RCH A; 3WNH A; 4KFB A; 4CJP A; 4GVM A; 2ASM A; 2QWN A; 2O8D B; 1SV5 A; 3NVM A; 4KKO A; 4FJ7 A; 3AVA A; 1J53 A; 4AHV A; 5HOO A; 4DTR A; 1KC8 O; 5AFU H; 4E7I A; 1OH5 A; 2QTD A; 1BWF O; 3C7N B; 2VWJ A; 3VTH A; 1X3M A; 1O13 A; 4KV8 A; 2YHA A; 2DFH A; 3PY8 A; 1L3U A; 1VQM N; 3HOS A; 4A57 A; 1RGI A; 5A2Q O; 2P9S B; 1U2V B; 1J5E K; 4DF4 A; 1KQS M; 4CHQ A; 3TU5 A; 3NE6 A; 1WB9 A; 2ZGZ A; 5CZ2 A; 3E01 A; 4B08 A; 1C6V A; 2G8U A; 4DWI A; 4DU3 A; 5BPL A; 1VK0 A; 4K25 A; 1IKW A; 4MFB A; 3PO5 A; 2Y1J A; 3QFP A; 3SQ2 A; 1OH7 A; 3ATU A; 1RT4 A; 1QQC A; 3OYG A; 4DV6 K; 4FCY A; 3HPG A; 2WTU A; 4IXC A; 3CCS N; 3CQX A; 1SAZ A; 3O9T A; 4FJM A; 3IDH A; 3OYF A; 4KRE A; 4ISE A; 3WEE B; 3J80 O; 2B6A A; 1NLV A; 4CJK A; 2F7T A; 4DTO A; 3QER A; 3KWI A; 2P5O A; 1Q18 A; 1RTI A; 3A5L C; 4C1N K; 3O3F A; 2HHS A; 4PKH A; 4FYD A; 3S3O A; 3CIP A; 3QFU A; 2BAN A; 2W41 A; 4YOU A; 4F2R A; 4M42 A; 4LD0 A; 4B8C A; 3AGR A; 3L2W A; 2YHX A; 3A5N C; 4NCB A; 3DYA A; 2DFF A; 4RG8 A; 3GE1 A; 4CZI A; 4JHD B; 1RDB A; 4CF2 A; 1NJX A; 1GLJ O; 4LFB K; 3DRP A; 1B9D A; 3K5L A; 1VQ7 N; 3BUZ B; 3DXM A; 4HCC A; 1S9G A; 2ITM A; 2WC9 A; 4H5N A; 4JK9 A; 1X9M A; 3HTV A; 4WCE L; 4LF8 K; 3ZT2 A; 3CCR N; 4FJK A; 3EZ5 A; 4KHS A; 4DU4 A; 2QWO A; 4CZF A; 4BC5 A; 1RT3 A; 3OS2 A; 4M45 A; 2YX6 A; 3ZEU B; 4CD3 A; 1X9J A; 3NF7 A; 3SQ0 A; 2V7Z A; 3OA9 A; 1NGB A; 3ENO A; 3WQU A; 4IJN A; 1S1W A; 4AF1 A; 1SKR A; 3O9R A; 3ZSV A; 3K5N A; 5C0Y A; 3OYI A; 5AQH A; 4FLY A; 3AVK A; 3VF6 A; 1EKE A; 1S72 N; 4PL7 A; 1G99 A; 3GOI A; 3OYC A; 4FWM A; 1ZYQ A; 4IOX A; 5KTQ A; 4AM6 A; 3NVK A; 4BRQ A; 3D2F B; 1W0H A; 2PFU A; 4A5A A; 5AZJ A; 1J5O A; 1VQK N; 5HBM A; 1X9S A; 2ZJR L; 4CZG A; 4WF9 L; 4EAH D; 1U49 A; 5BPM A; 3H46 O; 2F8T A; 2CGL A; 3V9X A; 1S6P A; 5J2N A; 1NGH A; 5EY4 A; 1C0M A; 1K73 O; 1JLA A; 3AO3 A; 4KRF A; 4X64 K; 5C10 A; 1ZBU A; 4FWS A; 3EYZ A; 1BIS A; 3VQP A; 1SKS A; 3QIO A; 4KB0 A; 3NH2 A; 5JVG L; 3U9D A; 3L3U A; 5JLF A; 2QKB A; 1SKW A; 4DSJ A; 4PUO A; 3JS6 A; 3QES A; 3OYL A; 3EKU A; 4KH5 A; 1ASW A; 1P8Z A; 5LJV A; 1XHZ A; 5D3G A; 5AZI B; 1DGK N; 2P9K A; 1C1A A; 1WLJ A; 3MK6 A; 4CFD A; 3JSM A; 4KI4 A; 3AO5 A; 4DHY A; 4KAZ A; 1C0F A; 4CHO A; 1SUQ A; 2Q97 A; 4BRH A; 2QXF A; 4BRG A; 1LAV A; 2AP1 A; 3AA4 A; 3LWL A; 4GVE A; 2EHG A; 2HBK A; 2FSK A; 4DLE A; 3VA3 A; 4CES A; 3TTD A; 3OJS A; 4AQY K; 1K8K B; 4FLU A; 1L3S A; 4DR3 K; 4BRA A; 1VQ4 N; 4DTJ A; 2VGN A; 2FXU A; 1VAZ A; 3LDO A; 3SK3 A; 1NGC A; 2ZQB A; 3RSE A; 4DFM A; 3KWG A; 3AVG A; 4CEO A; 2ZGY A; 4KHP K; 4FWK A; 3HL8 A; 4EHT A; 1CXQ A; 1OH8 A; 1BOT O; 3CJB A; 1DKG D; 1LWE A; 2E6L A; 4LY7 A; 2FBY A; 2NRZ A; 1IJJ A; 2YKN A; 4FM0 A; 3F9M A; 1IKY A; 1GLL O; 3A0I X; 3ATV A; 3DJC A; 4OGC A; 5AQI A; 1HX1 A; 3OVN A; 3VGK A; 3IUC A; 3P1G A; 5AQM A; 1BA0 A; 3TI0 A; 4QOZ B; 2PYJ A; 4JKG B; 3UKU A; 2E4L A; 3SQ4 A; 5EU7 A; 3AVJ A; 1RTH A; 1NK9 A; 1RNH A; 3VEW A; 4E7J A; 4O55 A; 2Q3S A; 5E26 A; 3EEQ A; 3RMB A; 4OLA A; 2OPR A; 2NZT A; 2X78 A; 3VPZ A; 1HUX A; 3D0P A; 3V4I A; 2Y1I A; 3FZM A; 2V51 B; 1G15 A; 3TAM A; 2RE2 A; 2YJE A; 4E3S A; 4KTZ A; 2O8D A; 2XY5 A; 4BRD A; 3D6R A; 1N5Y A; 4HHT A; 1HR0 K; 5TKY A; 3HM9 A; 4C8N A; 1ZXO A; 3SNN A; 4CJ7 A; 4RW9 A; 4M3W A; 4B3O A; 3LAN A; 3C7N A; 4FOE A; 1JXB A; 3SMS A; 3L0Q A; 4FWO A; 4CZE A; 5IT9 O; 1C0G A; 1QQO A; 1U2V A; 4N47 A; 3IFR A; 1B92 A; 4RW8 A; 2UXD K; 2JLE A; 4FK0 A; 2QKK A; 4C8L A; 5HLF A; 3CET A; 4FLT A; 1IBK K; 3ZSY A; 1TKZ A; 4JNE A; 4EHU A; 3VQ8 A; 3P39 A; 2CH5 A; 3C65 A; 1NBW A; 4HUE A; 1EWQ A; 4BRI A; 3K9K A; 4DR1 K; 2GTD A; 3PO4 A; 3HZ6 A; 3G4S N; 3CMA N; 1GOB A; 3CF5 L; 5J2Q A; 4AH9 A; 1EO1 A; 1MWM A; 4WQ4 C; 3ULD A; 1U6Z A; 3WEE A; 1C0T A; 3ZT3 A; 4H0X B; 4JD2 A; 3NAE A; 2KTQ A; 1BGX T; 2UYT A; 5J2M A; 3WT0 A; 3K5M A; 3G6E N; 4CGD A; 4N56 A; 4BDY A; 5AQN A; 3MX5 A; 1DTQ A; 1TUU A; 3DRR A; 3THW B; 1BA1 A; 2IDO A; 3O1B A; 4KHQ A; 2E2N A; 1WNS A; 5SZT A; 4CJW A; 1SL1 A; 3CJ7 A; 4CJF A; 5M1F A; 4JHD A; 4LF5 K; 4V19 S; 3MXJ A; 3LAM A; 2HBM A; 2GEM A; 4IO8 A; 5M1K A; 1RDA A; 2HHQ A; 1SQK A; 3U6F A; 1KAZ A; 4IOA L; 2G8V A; 1RBV A; 1EET A; 1DEJ A; 3EO3 A; 4JEP A; 4NO7 A; 3ZEU A; 3AA5 X; 4FOI A; 3T1A A; 4CJL A; 4BC3 A; 4DR6 K; 2NRR A; 3AO4 A; 2G8I A; 5BRE A; 2V52 B; 5FLX O; 3ENB A; 3R1X A; 1YUW A; 1KAY A; 4FJ9 A; 1IG9 A; 4X62 K; 3DI6 A; 3TAQ A; 3QET A; 2F96 A; 1BQM A; 4Z94 A; 3NH1 A; 1D9D A; 3F9K A; 4MLE A; 4CK1 A; 3CCQ N; 5DK5 A; 3D2F A; 3CC7 N; 4W5N A; 3BEX A; 3OYJ A; 1QQN A; 1Z25 A; 4DV7 K; 2GWJ A; 1NKE A; 4H0P A; 3KK1 A; 1GLF O; 4RW4 A; 4Q0B A; 4A2A A; 5LJW A; 3IAY A; 3VET A; 2RN2 A; 4Z4F A; 2UXC K; 1NK0 A; 4CGH A; 1F21 A; 2NRT A; 3M8P A; 1EXQ A; 5KI6 A; 2CGK A; 3M6G A; 3QLH A; 4YFU A; 1VSJ A; 4PL8 A; 1OVY A; 3LDS A; 3CCL N; 4B9N A; 5LY3 A; 1TK5 A; 3FZK A; 3TTC A; 4K41 A; 1JLQ A; 2HHH K; 4O5F A; 4DQI A; 3RVC A; 3IKM A; 3CPW M; 4CFC A; 3FR0 A; 5AZI A; 4O44 A; 3SBG A; 1KLM A; 3VEN A; 2WON A; 5C42 A; 1Q86 O; 4DSK A; 2J4R A; 2OTL N; 3VQ4 A; 3THY B; 3KHY A; 1SS6 A; 3K57 A; 2ZJQ L; 2BTF A; 3PLA A; 4CED A; 4H03 B; 3BZC A; 4DFP A; 2E1Z A; 1K8K A; 4FSV A; 4I7F A; 4CBX A; 3VEZ A; 3O9U A; 4RW6 A; 3OBW A; 4HUF A; 4PWD A; 2XY7 A; 3SLC A; 4J2A A; 2D4W A; 3SUN A; 3VF2 A; 4A2B A; 3F2K A; 3LAK A; 3BF3 A; 2VYP A; 4B8A B; 3BZK A; 1M1K O; 3CCE N; 5KGX A; 3DLG A; 4E19 A; 2HOE A; 3VN5 A; 4DTM A; 4BRM A; 3OYM A; 4H0Y B; 3TWH A; 4BWJ A; 1ESV A; 2GWK A; 1FKP A; 3H1V X; 3SAG A; 1FKO A; 3AVC A; 2PZS A; 4DTX A; 2QWL A; 3U4L A; 2X74 A; 1QS4 A; 4JKG A; 4ISF A; 4HVJ A; 4OKE A; 3LL3 A; 3OYH A; 4CGG A; 3LDN A; 3U8X A; 1RT6 A; 4ILH A; 4FK2 A; 2G8H A; 1TAQ A; 3J81 O; 4OLB A; 2HMI A; 3LWM A; 1N8R O; 3SPZ A; 4CHN A; 3T3F A; 2DY4 A; 2IIR A; 3SV3 A; 2ETJ A; 4JS4 A; 3ZET A; 4PY5 A; 3V1O A; 1XI1 A; 5E41 A; 1RIL A; 3NF8 A; 4FZX C; 1R59 O; 4GV6 A; 1XC9 A; 3DLB A; 2UXB K; 1BDG A; 1YJ9 N; 3PSF A; 1VHX A; 4FLZ A; 4EP5 A; 1BU6 O; 4B9T A; 1RBR A; 2QW9 A; 1Q9Y A; 5AR0 A; 4FJI A; 2QXL A; 1KCF A; 5FPM A; 5KRT A; 3ZSW A; 4Z4G A; 4JI5 K; 5CY4 A; 2BH1 A; 4DG1 A; 1ATS A; 4DTU A; 3W3D A; 4CHZ A; 4MQ3 A; 3DWL A; 3QBX A; 4N76 A; 1QVF M; 1T6D A; 4W5O A; 1TL1 A; 2RKI A; 5C2D A; 2NRH A; 4BR7 A; 2RHK A; 4FJH A; 1QHT A; 3B8A X; 1FXX A; 1D8Y A; 1YIJ N; 3SI6 A; 3CJ9 A; 3M8Q A; 5DM6 L; 3AVN A; 4FLV A; 3CQ8 A; 4K8Z A; 4CJE A; 2G8W A; 5J1E A; 1ITG A; 1T44 A; 3NF6 A; 1K9M O; 3L2U A; 4MO5 A; 3A5O C; 1OH6 A; 4I2Q A; 2HBJ A; 3H3N O; 4M7X A; 4BG8 A; 4CZH A; 3AVF A; 4B9M A; 3ENH A; 5AQO A; 3OYB A; 1NGD A; 1BQN A; 3L2R A; 4JK7 A; 4A61 A; 4BQL A; 3N4P A; 5M1O A; 3CME N; 3VES A; 4H0V B; 5AFU A; 1IBM K; 4M3U A; 4B9U A; 4PHT X; 4I9L A; 1D9F A; 5I3U A; 1NKC A; 1HQE A; 4WQ5 A; 3W0L A; 4B9L A; 4GKJ K; 2I7N A; 3IS9 A; 4QAG A; 3FZH A; 5EX5 A; 4H5V A; 4B1W B; 1HMV A; 4FM2 A; 2OAN A; 3K58 A; 3LP3 A; 3VQC A; 4KO0 A; 4Z0U A; 2A6A A; 4LC9 B; 2D0C A; 4I9Q A; 3QEW A; 3V9U A; 4CJS A; 5AQF A; 4UY8 O; 2D0A A; 1Q8I A; 3L8B A; 3OJU A; 3H3O B; 3S41 A; 4JN4 A; 1UAX A; 4FLX A; 3C6A A; 3EE9 A; 4Z4H A; 2YNI A; 3V9Z A; 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1U48 A; 5GAH P; 4OPJ A; 1IKV A; 2HF3 A; 5I9E B; 5AQY A; 3TAB A; 5F0X A; 5HP1 A; 4JI3 K; 3EE8 A; 2BGG A; 1U4B A; 3Q7C A; 3TAE A; 3C94 A; 3KK7 A; 4LFA K; 4M41 A; 2AJQ A; 3CQY A; 4IJA A; 1J6Z A; 3OYE A; 4CD1 A; 5JVH L; 1NK7 A; 4B1U B; 1A5X A; 4YOT A; 4BRP A; 3CC2 N; 3M8S A; 4CJU A; 3TAF A; 3IG1 A; 3V9S A; 1N6Q A; 2E2Q A; 3KK3 A; 3SJH A; 2FLO A; 1QSS A; 1HLU A; 2QWM A; 1VQ6 N; 4NB4 A; 4HTL A; 1WSH A; 1Q81 O; 1P90 A; 3O9S A; 2OPP A; 4IWV A; 3CFO A; 4IFY A; 3MAQ A; 4FJX A; 3NF9 A; 2HVI A; 1QSL A; 1S22 A; 3ZT4 A; 4K0K K; 4DV4 K; 2W42 A; 4CK3 A; 3LZI A; 4Y0W A; 4FVM A; 3P4I A; 4JI1 K; 4MLH A; 3V9W A; 4PA1 A; 3TSU A; 4JKF A; 4NLB A; 5AQP A; 4W5T A; 4DV2 K; 3DOL A; 4N5S A; 1EQY A; 3RMD A; 4CJR A; 4M63 C; 1ZBI A; 1S1T A; 4DV0 K; 3MX2 A; 1Q7Y O; 4DKW A; 5TKW A; 4M3R A; 1VRU A; 2KZM A; 4E0D A; 4DUY K; 2IC3 A; 4UQG A; 4R79 A; 3C0B A; 3UKR B; 2F8S A; 4BR2 A; 1CLQ A; 4CIE A; 3CC4 N; 1W97 L; 5GAG P; 2BUP A; 1TYQ B; 3AGK A; 1CXU A; 3QBW A; 4DR7 K; 4JLH A; 1WSG A; 4BE0 A; 4NLC A; 4O0J A; 4EIA A; 4FJ8 A; 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