The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S Ribosomal RNA
|
| publication title |
Crystal Structure of a Bioactive Pactamycin Analog Bound to the 30S Ribosomal Subunit.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
26
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-05-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI6 K; 4DV6 K; 4GKJ K; 4NXM K; 2UUC K; 2UXD K; 4JV5 K; 5LL6 Z; 4GKK K; 1HNX K; 4V19 S; 4LFA K; 1N32 K; 2E5L K; 2UXC K; 4JI7 K; 4K0K K; 4CW7 B; 3T1H K; 5AJ3 K; 3T1Y K; 3OTO K; 1HR0 K; 1N33 K; 1N34 K; 4CVN E; 2UU9 K; 4YHH K; 3J7Y P; 4LFC K; 2UXB K; 4DV4 K; 4JI2 K; 4KHP K; 1XMO K; 2UUB K; 4DR7 K; 4B3R K; 4LF4 K; 4LF6 K; 2UUA K; 4DV1 K; 3J7A P; 1XNQ K; 2ZM6 K; 4OX9 K; 1I94 K; 5A2Q O; 4DV2 K; 4JI4 K; 1IBM K; 4DV3 K; 3J81 O; 5LMU K; 4DV0 K; 1HNW K; 1HNZ K; 2F4V K; 4LFB K; 3J80 O; 4DUY K; 5IT9 O; 4X62 K; 4B3S K; 4NXN K; 1IBL K; 4DUZ K; 4JI8 K; 4LF9 K; 4DR5 K; 4JI1 K; 1N36 K; 5LMN K; 4B3T K; 4DR1 K; 4JYA K; 5BR8 K; 4DV7 K; 1IBK K; 4X65 K; 1FJG K; 4DR2 K; 2HHH K; 4JI3 K; 1J5E K; 1XMQ K; 2VQF K; 4DR6 K; 1XNR K; 4AQY K; 5FLX O; 4JI0 K; 4X66 K; 4B3M K; 4LF8 K; 3JAM O; 4X64 K; 4LF5 K; 4JI5 K; 4LF7 K; 5IWA K; 4YY3 K; 4DR3 K; 4DR4 K; 4DV5 K; 2VQE K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CFA A; 2HMI A; 3I55 N; 1KVC A; 3S41 A; 1U45 A; 1QSS A; 5DK5 A; 2UUC K; 3IMX A; 1IKY A; 5LL6 Z; 5KGW A; 4PL8 A; 3O6W A; 1JLB A; 4Z4F A; 4FWN A; 1NU0 A; 3UE5 A; 5M1P A; 4DU4 A; 4CHY A; 1TVR A; 3IKM A; 4R79 A; 3G6E N; 2XY8 A; 3OYF A; 4N5S A; 3I8D A; 1O1W A; 4JKB A; 4B1U B; 1X3M A; 3CCU N; 2E2P A; 3TR8 A; 4YOV A; 4F4K A; 4OGE A; 1JLA A; 3HTV A; 1S6P A; 2QWR A; 3VA0 A; 1LV5 A; 3ZSW A; 1EWR A; 1WB9 A; 3QBW A; 5A2Q O; 1Q9Y A; 1KFD A; 1RT7 A; 1XHZ A; 5GAD P; 2E1Y A; 3WNH A; 3WXM B; 1YXQ A; 3WT0 A; 2P9U B; 2R7Y A; 4H4M A; 2O8F A; 4CCH A; 4BQL A; 3CF5 L; 3BY5 A; 4BRQ A; 1RT6 A; 3EEQ A; 4I9Q A; 1BG3 A; 4OKJ A; 4JLH A; 4FK2 A; 5AQG A; 4DWI A; 2AP1 A; 1NGC A; 2UYT A; 3G10 A; 5BR9 A; 4JI8 K; 4AHU A; 1FKP A; 4FOI A; 3GG4 A; 4MLE A; 1IG8 A; 2NRX A; 3R6M A; 1LW2 A; 1WSJ A; 1SL2 A; 3CM5 A; 3S3M A; 3OW2 M; 3B6P A; 3CCS N; 1SKR A; 3O9T A; 4JK8 A; 1C1C A; 4DR1 K; 4FWS A; 4OJR A; 4EP4 A; 1IBK K; 1KD1 O; 4X65 K; 1ZBF A; 4CHQ A; 1FJG K; 2HHV A; 4CF2 A; 1UA0 A; 4CIE A; 3G4S N; 4B1X B; 3HXM A; 5HOO A; 1BQM A; 3VQ6 A; 2KTQ A; 2BTF A; 4GY2 B; 4YOY A; 1D9F A; 2O8B B; 4FJ5 A; 2O4I A; 4LF7 K; 2BUP A; 2BDP A; 3C6U A; 4DCH A; 2X78 A; 4DLG A; 1T6C A; 4MDB A; 1RTH A; 3SQ2 A; 4JHD B; 4FVU A; 3QES A; 2GBZ A; 3RVC A; 3JSM A; 3MN5 A; 1HKC A; 4CJP A; 3IAY A; 3BGR A; 3LAM A; 4FJ7 A; 2QWN A; 3WXJ A; 3WQT A; 3NHG A; 1ZBL A; 4YOX A; 3HOT A; 4V19 S; 4F2R A; 2F9T A; 4W5R A; 4A57 A; 2HF4 A; 3FGU A; 4OO1 J; 1NGB A; 4O8K A; 3CER A; 2KZZ A; 3AVB A; 4BRL A; 4CEQ A; 5M1F A; 3SUP A; 3ATU A; 5CHI A; 1G99 A; 1XI1 A; 1FXX A; 3D2E B; 1N33 K; 2XY7 A; 2UU9 K; 3FZK A; 3DLL L; 4DSI A; 2KLA A; 4E0D A; 2P9N A; 4DR7 K; 1CXU A; 4IEI A; 4FM1 A; 3WNG A; 4E1N A; 2HBL A; 4PQU A; 1V4T A; 4C8M A; 3RTV A; 5JVH L; 2OTJ N; 3TAE A; 1HYV A; 4GVM A; 3K58 A; 3TAF A; 1S6Q A; 4AM7 A; 4CJR A; 4M3W A; 3ALY A; 3ENB A; 4H5V A; 2OPQ A; 2Q31 A; 4ELV A; 4IO9 L; 4KI6 A; 3T1A A; 5SWM A; 5AQO A; 3C65 A; 1BHL A; 4KV8 A; 4PKI A; 4M3T A; 2WBN A; 3ID6 A; 3O3F A; 3U4L A; 4FWR A; 1JLE A; 1TYQ A; 1BIS A; 3AVH A; 2AJQ A; 1IH7 A; 1KC8 O; 2EHG A; 4CK3 A; 4DUZ K; 3U3Y A; 1HQU A; 3FE1 A; 5BPN A; 1HPM A; 3P31 A; 3CIP A; 5AZJ A; 3K5L A; 4KAZ A; 2GTD A; 4Z94 A; 1SUQ A; 1D9D A; 2JWK A; 3VQA A; 1VQ4 N; 2G8F A; 1Q18 A; 2O8F B; 1LWE A; 3MAQ A; 4CEF A; 2IDO A; 4DR6 K; 2ZJQ L; 4IOA L; 2O8C B; 3E9L A; 4HTU A; 1GLD G; 2PBD A; 4CI6 A; 1S9G A; 2HND A; 3NCI A; 1RT1 A; 4W5Q A; 4ISG A; 3C7N B; 2HBK A; 3WNF A; 1VRT A; 2QWQ A; 1D5A A; 3U6F A; 5C24 A; 2QM1 A; 4DV5 K; 3AVL A; 2O8D A; 2GUP A; 3D0P A; 3M8Q A; 4BC2 A; 4JKC A; 2P9K A; 5H1S Q; 4B08 A; 4Y1D A; 2UXD K; 2GWK A; 4IEE A; 3HM9 A; 1M90 O; 4DQP A; 4CEZ A; 3W3D A; 4JEP A; 1QVF M; 1ASV A; 2QI2 A; 3VMF B; 2YJF A; 4H8K A; 3IG1 A; 1K8K A; 3VEV A; 3MMV A; 3S3N A; 4JD2 B; 5CZ2 A; 2HHU A; 1J9A A; 4JKG A; 3NF6 A; 1JXB A; 3OYC A; 3QNO A; 4A2B A; 2ZWH A; 3CFO A; 4EIA A; 2UXB K; 4M41 A; 3LWL A; 3PUF A; 2D0C A; 4FJX A; 3M1F A; 4F9O A; 4PHT X; 3E9O A; 2HBM A; 3CXC M; 4KB1 A; 1JL2 A; 1QE1 A; 3OJU A; 3KK2 A; 4OKE A; 4B9S A; 1VSD A; 4CZI A; 1U47 A; 1I3A A; 3UKR A; 3QFU A; 2RE2 A; 3VPZ A; 4DTM A; 4IDK A; 3RMD A; 2F4V K; 3KKS A; 4BC5 A; 5DMR A; 2B4J A; 5AQX A; 4ELU A; 1VSH A; 4NXN K; 3LPT A; 4N56 A; 4IDH A; 3I8B A; 5EY4 A; 1LWC A; 2P9N B; 4WFA L; 2QKK A; 4FJG A; 4YOR A; 3KIO A; 1Z6R A; 5KPT A; 1YUW A; 4CGF A; 3K59 A; 1UOC A; 3DI6 A; 3P4I A; 2NRV A; 3VF6 A; 2KKZ A; 4KH5 A; 5BR8 K; 4KBO A; 4HUE A; 4PKG A; 4KHU A; 3HI0 A; 4FWM A; 1W7A A; 1J5E K; 1OVY A; 4CFB A; 2HBJ A; 2OCE A; 3LP1 A; 3AA4 A; 3PSI A; 5AR0 A; 1OH8 A; 1NGD A; 1TYQ B; 4CE9 A; 1NM1 A; 4J2A A; 4I2Q A; 1WSF A; 3DLB A; 4PWD A; 4PL7 A; 4CK2 A; 1TK5 A; 1UWB A; 1NWK A; 1OKJ A; 2IVP A; 5AZJ B; 1NJX A; 1C1A A; 5HLF A; 5I3U A; 1ATN A; 4JV5 K; 3G25 A; 4BRG A; 2E5L K; 2HNY A; 1MDU B; 1Q81 O; 3V9Z A; 5FRN A; 3SAG A; 2P5G A; 4CES A; 3CCL N; 5E26 A; 3OJS A; 4FXD A; 2E1Z A; 1OH7 A; 3ZX2 A; 3DOL A; 4CHZ A; 3LL3 A; 2UUB K; 4KHS A; 3ASM A; 1NMN A; 4XIU A; 2P9K B; 3EY1 A; 3ULD A; 2A42 A; 1TK0 A; 1WAJ A; 3QIC A; 1S1T A; 2I5J A; 4DU1 A; 3J7A P; 4CEB A; 3O1W A; 5FPM A; 4FJ9 A; 4MDA A; 1KSP A; 1QHA A; 4H0T B; 3WUH A; 2NZT A; 3HVR A; 3U3G A; 3ZSO A; 4CBX A; 2IGI A; 1BCM A; 1K8K B; 4Y1C A; 4DFP A; 4FJJ A; 5JMV A; 1X9S A; 3KD5 E; 4TSX A; 4JKG B; 2YHY A; 3WXL A; 1DTQ A; 1U2V A; 4CGG A; 4H5T A; 3TAG A; 2W6L A; 3H46 O; 4FWP A; 1HQE A; 1EET A; 4N76 A; 4RCH A; 4FYD A; 4KH4 A; 3AO3 A; 4B9M A; 3UKR B; 3M3Z A; 4DTU A; 2ZQB A; 4NYN A; 3CG7 A; 4DR2 K; 3OYD A; 3HP6 A; 1BI4 B; 3VQE A; 2X6N A; 4EP5 A; 1O13 A; 4C8K A; 4Z4G A; 4H5N A; 4BRM A; 5JLH A; 3ZX0 A; 2LSN A; 3ULE A; 4JN4 A; 3NE6 A; 2D4W A; 5KRT A; 4KTZ A; 3RMC A; 4B9L A; 4FLW A; 2HHT A; 1EX4 A; 3AVF A; 5IWA K; 5AQP A; 4IG3 A; 1QQN A; 3V81 A; 1EKE A; 5AQU A; 2VCP A; 2G8I A; 4BRF A; 3O9Q A; 4JI6 K; 4CJL A; 2Q3S A; 4WQ4 A; 2YI1 A; 3J8A A; 1HMV A; 1VSE A; 4KHW A; 1B9D A; 1C0F A; 4YOU A; 3P1G A; 4NLB A; 4CF9 A; 5KPZ A; 3THV A; 3SYZ A; 4BC4 A; 4CJ7 A; 1TUY A; 3AGR A; 4WE1 A; 1RBT A; 3ZT4 A; 4JKE A; 2VWB A; 1N34 K; 4CVN E; 3LDQ A; 2GWJ A; 4DV4 K; 4DTP A; 5FRO A; 4DS4 A; 2VGN A; 4CZJ A; 3V1R A; 2ASP A; 4LC9 B; 2KW4 A; 1K8A O; 4FPA A; 3VQ8 A; 3SQ4 A; 1XNQ K; 1BGX T; 3FZL A; 3NH0 A; 4CGD A; 1Y64 A; 5C42 A; 1SL1 A; 1VQ5 N; 1KXP A; 2QEX N; 1RDD A; 4A59 A; 4EFH A; 4H5R A; 1IBM K; 2ZGZ A; 3PX6 A; 4PKH A; 4FOE A; 1NGE A; 4JS4 A; 4HVJ A; 3CC7 N; 4B3S K; 5J2N A; 1RDA A; 4DFJ A; 3EYZ A; 4FM0 A; 4F3T A; 3VEZ A; 4OLA A; 4CK1 A; 3VEN A; 4GVE A; 4E7L A; 5BPL A; 2OTL N; 3R3L A; 2YKN A; 3VTI A; 5BPM A; 3OYB A; 3AO5 A; 4DTS A; 4FK4 A; 3GE1 A; 4J2D A; 4B9U A; 4FJK A; 1XC3 A; 2AA4 A; 4JKD A; 2P51 A; 3ZSQ A; 3ZT0 A; 2VWK A; 4M7X A; 5AFU H; 2QWO A; 4CBW A; 2VQF K; 1J5O A; 4B1Z A; 1E3M A; 2IOC A; 4BR5 A; 3KLI A; 2DPN A; 2O8B A; 3UB5 A; 5CR4 A; 3KWI A; 4B3O A; 3H3N O; 5HBM A; 5JVG L; 4K8Z A; 3VA3 A; 1HNV A; 1LAV A; 1HX1 A; 3VEW A; 2WTU A; 4JHD A; 2NUB A; 1F21 A; 2FSJ A; 2VG5 A; 3QEP A; 2JGU A; 4F8R A; 4CFD A; 4WYB A; 5C10 A; 1LW0 A; 4CIF A; 1RCH A; 3D6R A; 4DQI A; 4CJS A; 4FJI A; 1NJW A; 3PO5 A; 4BGB A; 4BRH A; 2PYL A; 3VF4 A; 4A5B A; 4DB3 A; 4CHP A; 3AV9 A; 1XC9 A; 1BCO A; 3K9J A; 3ULE B; 4G1Q A; 4DQQ A; 2G8W A; 1TKX A; 3T1Y K; 1TKT A; 4FWQ A; 4QAG A; 3I56 N; 1XUP O; 3DMJ A; 5EOY A; 4NCB A; 1C6V A; 3ZSZ A; 3QET A; 3R1X A; 1M1K O; 2QKB A; 1X3N A; 4YHH K; 3E66 A; 2YNH A; 4BG8 A; 3DLG A; 5GIO A; 4WFB L; 3CPE A; 4B3R K; 1KVB A; 1SKS A; 3DAW A; 1MU2 A; 4M3Z A; 4B1Y B; 2NRZ A; 2BAN A; 1ZYQ A; 3AVA A; 3ISN C; 4CJT A; 4ELT A; 4YFU A; 2NRR A; 3VET A; 1TL1 A; 2QWL A; 2PAV A; 3VER A; 3TTC A; 4IOC L; 5HRS A; 3QO9 A; 3JS6 A; 2HNZ A; 1VQP N; 1NGI A; 1S1U A; 3TAN A; 1WBB A; 3CQ8 A; 3KVG A; 5FRM A; 2Q2R A; 2HHW A; 4KHQ A; 1WNS A; 4CGH A; 2OAN A; 3L2W A; 3LWM A; 1KCF A; 4E89 A; 1V4S A; 4LY7 A; 3LDS A; 2QW9 A; 1U4B A; 1VQ6 N; 1KFS A; 2HHX A; 2O8C A; 1KTQ A; 1L3T A; 3IRX A; 4AIL C; 3I0R A; 1YJN N; 3C7N A; 1CZA N; 2HOE A; 4BDZ A; 3TAB A; 4C8N A; 5M1N A; 3I0S A; 2KQ2 A; 4FPB A; 4DR4 K; 3ZYY X; 2E2O A; 5BRE A; 4CHN A; 1JCF A; 5K14 A; 3QB0 A; 4K8X A; 4CEO A; 1RBV A; 3DWL A; 1RTJ A; 4CJ3 A; 3SQ0 A; 3TU5 A; 3SMP A; 3O4Q A; 1U48 A; 3EKS A; 1Z25 A; 5C12 A; 3J7Z O; 3FZH A; 1KAY A; 5DM6 L; 4JD2 A; 3P83 D; 1RT4 A; 3LDN A; 4ILH A; 5AJ3 K; 3SUO A; 3SI6 A; 3QDK A; 4JKH A; 4JKF A; 4QS9 A; 4CJU A; 3PIO L; 3TSU A; 1NJI O; 2H3G X; 3HK2 A; 4DTR A; 1RT3 A; 1DLO A; 4DS5 A; 4OGC A; 1VQ8 N; 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3NGZ A; 3F9M A; 1D8Y A; 4B1W B; 3CM6 A; 4JI4 K; 4O8U A; 3R8E A; 3ZSY A; 4BWJ A; 2A1S A; 1L5U A; 3EKU A; 3ENO A; 3TTD A; 3FFK B; 1RT2 A; 1KAZ A; 4J2B A; 4FJN A; 3L4I A; 4CJE A; 2WUS A; 5AQV A; 2DFH A; 3NAE A; 4IFY A; 2QTD A; 3VQ9 A; 4C8L A; 2FSN A; 1VSM A; 1JL1 A; 3H6E A; 3TI0 A; 1ATS A; 4B9Q A; 1T05 A; 4OPH A; 1G15 A; 1TKZ A; 4BRO A; 3NDK A; 3ZSV A; 4BE1 A; 1WOQ A; 1ASU A; 3KK1 A; 1QSL A; 1BI4 A; 3QER A; 1JCG A; 4RW6 A; 4DV7 K; 5KTQ A; 3DM2 A; 2W6K A; 2Y1I A; 4M45 A; 2FF3 B; 1E4G T; 4O0I A; 4RW9 A; 4OVL A; 2A6A A; 5FLX O; 3NH1 A; 4CZL A; 1TUU A; 2NNW A; 4BRK A; 4YNQ A; 2FLO A; 1ESV A; 3AAP A; 2XHB A; 4ID1 A; 1BDG A; 3R9P A; 1P8Z A; 4A2A A; 4U7B A; 5C15 A; 3BDP A; 4I2P A; 1L3V A; 4EZ9 A; 2BH1 A; 1RBR A; 4NB4 A; 2VGM A; 3L6Q A; 1L3S A; 3G0Z A; 2GEM A; 2E88 A; 3L4Q A; 2E8A A; 4XH1 A; 3DLK A; 4BWM A; 4W5O A; 4EHT A; 3NF9 A; 3H08 A; 4DSL A; 4FO0 A; 1K6Y A; 3D45 A; 3DXK A; 3AGK A; 1ZC6 A; 3L2R A; 4DSJ A; 1NKE A; 4KI4 A; 3K5O A; 4I6M A; 4H0Y B; 1ASW A; 2O8E A; 3HZ6 A; 4WQ4 C; 1S5J A; 3K2P A; 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