4L8RB

Structure of mrna stem-loop, human stem-loop binding protein and 3'hexo ternary complex
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
286
structure length
276
Chain Sequence
DPVYKEIAITNGCINRMSKEELRAKLSEFKLETRGVKDVLKKRLKNYYKKQKLMDSYYDYICIIDFEATCEEGNPPEFVHEIIEFPVVLLNTHTLEIEDTFQQYVRPEINTQLSDFCISLTGITQDQVDRADTFPQVLKKVIDWMKLKELGTKYKYSLLTDGSWDMSKFLNIQCQLSRLKYPPFAKKWINIRKSYGNFYKVQTKLTIMLEKLGMDYDGRPHCGLDDSKNIARIAVRMLQDGCELRINEKMHAGQLMSVSSSLPIEGTPPPQMPHFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Rna/rna binding protein/hydrolase
molecule keywords HISTONE MRNA STEM-LOOP
publication title Structure of Histone Mrna Stem-Loop, Human Stem-Loop Binding Protein, and 3'Hexo Ternary Complex.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 87
structure length 276
sequence length 286
chains with identical sequence E
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2013-06-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00929 RNase_T Exonuclease
B PF02037 SAP SAP domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4l8rB02
1HPZA 2P1JA 4CEQA 2HW3A 4C8LA 3OYBA 5FDLA 5CZ2A 5HRRA 3VQ5A 1J5OA 3MEDA 3VQAA 3OYMA 4KB1A 4PA1A 3MXMA 1WSHA 4XIUA 2PYLA 4FJIA 2Z1IA 4PWDA 3V6DA 1IKVA 2BGGA 1J54A 1WSEA 3OYHA 3AO2A 4EZ9A 4C8KA 1RBUA 3LAMA 3CQ8A 3QNNA 1HNVA 1J53A 4Y1DA 3V9SA 1BCMA 1BIZA 4GMJB 1U45A 1X9WA 4KPYA 1JLEA 3DLGA 1U4BA 3I0SA 4OKJA 4CHZA 1TKZA 3M8PA 4CF1A 2HNZA 2FBYA 3NF9A 3NDKA 1VSKA 1BISA 3OYLA 2OA8A 3AVKA 3AVLA 1IKYA 1VSHA 1KLMA 4O0JA 1WNSA 4W5OA 3ULDA 1X9SA 4GVMA 2VG7A 1HYZA 4C8OA 1FKPA 3HPOA 1C6VA 3TABA 3RMDA 1A5VA 2B6AA 2YHAA 4C8MA 4K8XA 1IKXA 3AA4A 3FFIA 3HO1A 1S1VA 4E7LA 3PV8A 2VWJA 5KGWA 5KRTA 4CK2A 1FXXA 4OVLA 4CF9A 5SWMA 3V1RA 2I5JA 3OYFA 3TARA 1R0AA 4DWIA 2QK9A 4QAGA 5DMRA 2BDPA 2O4IA 4FM0A 4CF2A 2ZQBA 2IAJA 2HVHA 3AVIA 1BQNA 2Z1HA 3HPHA 4CGIA 1NOZA 4UQGA 4W5RA 3NGIA 3OYEA 3K5MA 3S3MA 4ZTJA 3THVA 5JS2A 5T7BA 3SCXA 4KB0A 4GW6A 4FW1A 3KK3A 3AA3A 4DQIA 3OS1A 2ITGA 3NHGA 1D8YA 3KJVA 3AA2A 4DSLA 4RW7A 3NAEA 3HK2A 3HP6A 4DQQA 4E1MA 2QXFA 3K5OA 3NGZA 3OYJA 3VA0A 2QKKA 4FJ9A 4OLBA 4M3WA 4CJEA 1GOBA 1VSLA 3RMAA 3LANA 4CEZA 3NF7A 2HMIA 3HM9A 3CFRA 1BGXT 1QSLA 2EHGA 2EX3A 4O44A 1TK8A 3M8QA 3ZCMA 3RR8A 2IOCA 3C6UA 3IAYA 1VSIA 3ZSQA 3K57A 1LV5A 1KTQA 1C0UA 3QLHA 4LSNA 1S5JA 2B4JA 1RT1A 1SV5A 1DLOA 4WE1A 2D5RA 5CY4A 2XHBA 1TK5A 4IFYA 2G8UA 1UA1A 3ZSYA 4AHRA 1S9GA 3ZSZA 3OYAA 4DSEA 3TAGA 1UA0A 4CJLA 1NK7A 4FZYA 4M3YA 3AO4A 3D0PA 4FJXA 1TVRA 3A2FA 3K5LA 4E1NA 4F3OA 4BWJA 4Z4IA 1ZBIA 1U47A 4ELVA 4M3TA 4CFAA 2OPQA 2YNIA 3NFAA 4HUEA 4FLWA 4FJNA 4FLYA 2QKBA 3K2PA 4CF8A 3KKRA 4FLXA 4E7JA 1QSSA 1T05A 4J2DA 2VG5A 4MFBA 3ZSRA 1JLCA 5KTQA 3SPZA 1BIUA 1EX4A 3K5NA 3SYZA 1IH7A 4E7HA 1N6QA 4DSFA 4B9LA 3P5JA 2P51A 4Z4HA 3CFOA 1X1PA 2KQ2A 3MEEA 4OGCA 1RTHA 1RT2A 4FJJA 5FRNA 3SUOA 1WSFA 3KKSA 3NE6A 3NH0A 4IBNA 1TL3A 2E6MA 3ZSVA 4CCHA 4CGFA 3V4IA 1LAWA 3V81A 4FJGA 4QOZB 4FLVA 1VSFA 4FJLA 1RILA 4CFCA 4CJSA 1TAQA 1I3AA 4OPKA 3PX4A 4M41A 3HT3A 3JYTA 3HVTA 1YTUA 1WN7A 3AVMA 4IG0A 4LY7A 4O4GA 1C1BA 3WNGA 5I42A 4CJWA 3QEIA 4EZ6A 1NK5A 2KZMA 1F21A 1RT5A 3VQQA 4BDYA 3DI6A 2AJQA 1KLNA 2KW4A 3HXMA 1LWEA 3AVJA 1RBSA 5KI6A 4CEBA 3QEVA 4F2RA 4YFUA 4M3UA 4N56A 3OYNA 4KTQA 4BE2A 1JL1A 3QIOA 5K14A 3AV9A 3KK1A 3DLKA 1LAVA 4FCYA 1XC9A 1NK8A 4FZZA 4OGEA 2OZMA 1L3VA 5J2PA 2Z1JA 4KHWA 2HVIA 3LAKA 4CECA 4NYFA 2HB5A 3QINA 4NCGA 1VSJA 5C42A 3OYGA 3AVFA 2X78A 4IG3A 3DLBA 2DFHA 1RT6A 1SKSA 4FJ7A 2BANA 1UOCA 1RTDA 4AH9A 5KRSA 1WSIA 2HHSA 3S9HA 4CEAA 1GOAA 2YNGA 4JLHA 1BI4B 1VRTA 2Z1GA 5E41A 3RMBA 3I8DA 4Z4EA 2VG6A 4M3RA 3RRHA 3L2RA 1WSGA 4DS4A 1S1UA 3O3HA 4JS4A 1ITGA 3AVHA 4DFMA 1X9MA 2HHQA 3B6PA 1TKTA 4CK3A 4CFBA 3KLHA 5HLFA 4H4OA 1XHXA 3AVNA 3T19A 3WNHA 1LWCA 1SL0A 4B3OA 3DOKA 3B6OA 2LSNA 3EZ5A 1RT4A 4F3TA 1Y97A 2X74A 2NUBA 1TV6A 4FLTA 3NF6A 2Y1IA 2KTQA 3S3OA 3LPTA 3SV3A 4HHTA 1T7PA 1QE1A 4OKKA 2G8IA 1S6QA 4F8RA 3CG7A 2HHWA 1VRUA 3RMCA 1JLQA 1CXQA 4CJPA 3OS0A 3HP9A 1NKCA 2HHUA 3KLFA 3ZSXA 4CJ4A 3DRRA 3VQPA 1HMVA 1VSMA 4IFVA 3LP0A 4DLEA 3VQ4A 2DY4A 4CIFA 3F9KA 4CJQA 2FBXA 3KK2A 4I2QA 1D9FA 5C25A 1QSYA 4DTXA 3CM6A 1WSJA 3O4NA 5HP1A 2XY7A 3EYZA 4RW8A 3OYKA 3V9ZA 4DS5A 2A1RA 1W0HA 3VQ9A 4CJKA 4NCBA 3RR7A 4FK4A 1A5XA 4DTPA 5EU7A 3ITHA 1CZBA 1UWBA 1D5AA 4KHNA 3QETA 4DTRA 1HQEA 1JKHA 1ZBUA 3EY1A 1IG9A 4I2PA 3OYIA 2RF2A 2RKIA 5J2QA 1NK6A 2G8HA 3ZT4A 2VWKA 3I0RA 1C0MA 5HROA 2HHVA 4N5SA 3CM5A 1CLQA 3WNFA 3TAPA 1NOYA 3G0ZA 3SJJA 4E89A 4FM2A 4N47A 1SL2A 4F4KA 4CJTA 3NH1A 3OYDA 1TK0A 2OYQA 2F8TA 4M42A 3KTQA 3AVCA 4PUOA 2KFNA 4ZTFA 4CGHA 2O4GA 3ZT2A 4FM1A 1ZBFA 3UIQA 5CYMA 4R5PA 1FK9A 3M8SA 4HUFA 3SV4A 4HCBA 4Q0BA 1YVUA 3V1OA 4DFKA 4J2AA 4KAZA 4CGDA 2W42A 4CJFA 2A1SA 3C6TA 2P5GA 1HYVA 3TWHA 4E7IA 3V1QA 4I9QA 1ZBHA 3L2UA 3HJFA 1ASVA 4OPJA 1S1XA 3QEPA 3DRPA 2IDOA 4FW2A 2X6SA 4FLUA 3DLRA 5FRMA 2KFZA 4ID5A 4K8ZA 3SZ2A 3LWMA 1NJXA 3LP3A 1BI4A 4M3ZA 3OS2A 3F73A 4DU4A 1RDCA 3M8RA 3OVNA 4J2BA 1QS4A 1RBVA 3KLIA 4Z4CA 3RRGA 4J2EA 3K59A 4M3XA 1HQUA 1Q8IA 3DRSA 3IS9A 1EP4A 4FVMA 1RDAA 4KTWA 4BDPA 3DLEA 4FK0A 3VQDA 5SZTA 4BE0A 3SUQA 4LH5A 1SKRA 4DMNA 4FJHA 3T3FA 3SI6A 3RTVA 3SQ1A 2OPRA 4DU3A 3KLGA 3HVRA 3NF8A 4Q5VA 4KHYA 4B8CA 4FJKA 2F8SA 4FJ8A 2KZZA 4FJ5A 1JLGA 1ASWA 4BE1A 1YT3A 2YNHA 3KLEA 3O3FA 1L3TA 3QESA 1RDBA 4AHUA 4B08A 4JRQA 4JS5A 3L2VA 1EXQA 3SQ0A 3CYMA 3V9WA 1HYSA 1ZYQA 2D0CA 1JLFA 3IG1A 2PYJA 3HSTB 1EKEA 4DFJA 2HHXA 3ALYA 4ZHRA 3RWUA 1B92A 3DM2A 3BGRA 4HUGA 4DSJA 4LD0A 1KVBA 2D0BA 5J2NA 4FK2A 4HTUA 4CERA 4O0IA 4DQSA 3LP2A 4FJMA 2RN2A 3DMJA 1UAXA 2WOMA 5HRNA 1I39A 4BDZA 1KFSA 1QHTA 1RT7A 4CJVA 1LW2A 3NH2A 4W5TA 2DFFA 3LZJA 4KTZA 4I7FA 3VA3A 2GV9A 1NK9A 4KHSA 4BWMA 4AHCA 4FXDA 5J2MA 2YHBA 4N41A 4DU1A 4KRFA 3TAMA 3MECA 3TAEA 3ISNC 5JS1A 3QNOA 2IC3A 4KO0A 4EP4A 3E01A 3LDSA 2FBVA 2E6LA 4AHSA 4EP5A 4H4MA 3VQ8A 1BCOA 4CJ5A 4BACA 1K6YA 3U6FA 3PX6A 1T8EA 1J9AA 3QIPA 1NJWA 3PO4A 2YKMA 3TAFA 1W9HA 3C95A 4N76A 4PY5A 4F2SA 4CIGA 4YNQA 3O3GA 2XO7A 4CHPA 3LWLA 4CK1A 5HRPA 1XI1A 4CHYA 1TGOA 1DTQA 4KV8A 4M45A 3VQBA 3PX0A 1HNIA 3TAQA 1XHZA 4L8RB 1Z25A 1LWFA 5C24A 1A5WA 4NCAA 4CGGA 1HJRA 1WAFA 4CIEA 3MAQA 1ZBLA 3AVAA 3PUFA 2RPIA 3MXIA 1RT3A 3HL8A 1JLBA 5HBMA 4JRPA 4NYNA 3KD5E 2HHTA 2XY6A 4FZXC 4CEFA 4B9SA 4OLAA 1NJZA 5DK5A 3G10A 3LZIA 4KHQA 4RW4A 2GUIA 3LALA 4E19A 4CJRA 3JSMA 1IO2A 3ZT0A 2FC0A 3L8BA 2Y1JA 4DG1A 3SQ2A 1RTJA 3AVBA 4CHOA 2ETJA 4CEEA 1S1WA 1NK4A 4B9TA 4ELUA 3OY9A 1NK0A 2G8VA 4OKEA 4DLGA 5CZ1A 1U48A 1KRPA 1G15A 2ZD1A 3KIOA 1NKBA 3PO5A 1LW0A 3WNEA 3MEGA 4CJUA 3SPYA 4ELTA 3QEWA 3CFPA 4DQPA 3VQ7A 4AILC 1JLAA 1O1WA 4LSLA 4KI4A 1U49A 1JXBA 3HYFA 4OJRA 3K58A 1L5UA 1WLJA 3DOLA 5HRSA 1N5YA 3V9XA 1C1CA 2R7YA 4CEOA 2IGIA 3PY8A 4ID1A 4MQ3A 2DTUA 4KKOA 1TL1A 4ICLA 1C1AA 3AO3A 4H8KA 1Z26A 1VSEA 3VN5A 3VQEA 3OYCA 1Q9YA 2HNDA 4AHTA 4CESA 1KCFA 2B5JA 4RW9A 4CGJA 2G8WA 5FROA 4CEDA 2HNYA 4KFBA 4DSKA 1T03A 4DQRA 1RDDA 3AO5A 1L3UA 4LH4A 2D0AA 3O4QA 2FBTA 4E7KA 3OJUA 4W5QA 1D9DA 3OJSA 4B8AB 2WONA 4O55A 1NKEA 4Z4GA 3AA5X 4IDKA 1KSPA 3DLHA 5D3GA 4B9UA 4W5NA 4B9VA 3TI0A 1REVA 1L3SA 4KHUA 4QCLA 4DFPA 3VQ6A 3DYAA 3H08A 5I3UA 4DTMA 3HPGA 1U04A 2OPPA 3LP1A 3TR8A 5J1EA 2G8KA 1VSDA 1B9DA 4B9NA 2XY5A 4G1QA 3ZT3A 1RBRA 2JLEA 2YKNA 3V9UA 2X6NA 3P83D 3AO1A 3SUPA 3P1GA 4DF8A 1NJYA 2GBZA 4CF0A 1RTIA 4TSXA 3NCIA 4CJ3A 1YTAA 1RNHA 3ZSWA 1XWLA 1SL1A 1C0TA 2JGUA 4DTJA 3QERA 3TANA 1VK0A 1Q9XA 3QO9A 4I9LA 1TAUA 4B9MA 1RBTA 1CZ9A 2PY5A 4KREA 2XY8A 4KI6A 2E4LA 2ZE2A 3ZSOA 2IS3A 2PZSA 3MXJA 3S3NA 3NGYA 3U3YA 2ATQA 4HCCA 3ZT1A 4Z0UA 1BL3A 1DTTA 2Q3SA 4DTUA 3QEXA 1QTMA 3IRXA 1RCHA 3U3GA 1ASUA 1JXEA 3NBPA 3LPUA 4DTSA 2P5OA 4DTOA 3L3UA 1KVAA 4Z4FA 2G8FA 1GOCA 5CYQA 2OPSA 4C8NA 4AHVA 2OZSA 3T1AA 3L3VA 3SQ4A 2XRIA 1B9FA 4RW6A 4FLZA 4HVJA 1QQCA 1S6PA 4Y1CA 3AVGA 3SUNA 3VQCA 1EETA 2YNFA 1KVCA 1SUQA 2DFEA 2F96A 3ASMA 3D45A 3L2QA 4CHQA 4IKFA 4FYDA 3SNNA 1SKWA 4E3SA 4E0DA 1S9EA 3KD1E 1FKOA 1S1TA 1KFDA 3L2WA 1HRHA 1WAJA 2YV0X 1TKXA 4CFDA 4CHNA 1IKWA 1BQMA 4RG8A 1MU2A 4O5BA 1TKDA 1BHLA 2BE2A 4DTNA 1CXUA 1JL2A 4DSIA 4PQUA 3BDPA 5KGXA 4CE9A 3C94A 4DF4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HW3A 3OYBA 5CZ2A 2WFBA 5HRRA 3HSCA 3VQ5A 3WQUA 3MEDA 4FOEA 2W40A 3VQAA 4KB1A 4AQYK 3QMLA 4FJIA 1R59O 2QTDA 2Z1IA 4PWDA 1DT9A 1YVNA 5LL6Z 3OYHA 1K8KB 4EZ9A 2ZGZA 3CQ8A 3QNNA 2IVPA 1U4BA 3TPQA 4CHZA 4H0PA 4CF1A 3NF9A 1OH7A 1GLEG 2FSKA 4CZIA 2OA8A 3FR0A 4B3TK 4GVMA 4I6MA 2P9KA 1C6VA 3OTOK 2Q36A 3AA4A 3FFIA 1NLVA 4E7LA 3PV8A 3TARA 4DWIA 4QAGA 2BDPA 1I94K 1BQNA 2Z1HA 4CGIA 4UQGA 4W5RA 3K5MA 3S3MA 4JK7A 3M5RA 3RSEB 5JS2A 3DLLL 3THVA 1YHQN 5AQKA 2O8FA 3AA3A 4MLEA 3KJVA 5F2RA 4PL7A 4YOXA 3G25A 4WQ5A 4DSLA 1HKGA 3OA9A 2QXFA 3K5OA 2QKKA 4CJEA 1GOBA 1VSLA 3LANA 3NF7A 4LF9K 1QHAA 1TK8A 3RR8A 3P38A 4DR6K 1NGHA 2QM1A 4EHUA 1LV5A 3QLHA 4BROA 1VQKN 1HJOA 4LSNA 3UKRA 2XHBA 2G8UA 4IFYA 1UA1A 3ZSYA 2E8AA 4PKHA 4DR7K 3AO4A 3ENOA 4HWIA 4E1NA 4Z4IA 1ZBIA 2KKZA 2BH1A 2VQFK 2O8CA 1SQKA 2IVNA 1GLAG 4HUEA 4FJNA 4FLYA 1YJWN 1NBWA 4E7JA 5AQZA 2VG5A 3CCJN 4MFBA 3ZSRA 1JLCA 3SPZA 1SS6A 5JICA 3SYZA 1KAYA 1NMDA 4DSFA 2UYTA 4Z4HA 3CFOA 3MEEA 4FJJA 1RT2A 1GLLO 4DV5K 3NH0A 1TL3A 4B1XB 3ZSVA 5JLFA 4CGFA 5AQMA 2GEMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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