The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
119
|
structure length |
119
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S rRNA
|
| publication title |
Crystal Structure of 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus
rcsb |
| total genus |
30
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4V19 S; 4B3R K; 4DUY K; 4GKJ K; 1HNZ K; 1FJG K; 4LFA K; 4X65 K; 2UUB K; 4LF7 K; 4JI1 K; 4LFC K; 3J7Y P; 4DV7 K; 5LL6 Z; 4DR1 K; 4DR6 K; 4JI0 K; 2HHH K; 2F4V K; 4DR7 K; 5AJ3 K; 4X66 K; 5LMU K; 4YY3 K; 4LF9 K; 2UXC K; 4NXN K; 1I94 K; 4B3T K; 2ZM6 K; 4LF8 K; 4DV1 K; 4B3M K; 4OX9 K; 4LF4 K; 4LF5 K; 1HR0 K; 1J5E K; 4JI2 K; 1N33 K; 2UXD K; 1N32 K; 2E5L K; 4JI6 K; 4DV5 K; 4NXM K; 4DV2 K; 4LFB K; 3JAM O; 4DR2 K; 4DUZ K; 5LMN K; 2UXB K; 1N36 K; 3J7A P; 3OTO K; 5FLX O; 4CVN E; 4DV4 K; 2UUC K; 3J81 O; 4DR5 K; 4X64 K; 1IBK K; 4JI3 K; 5IWA K; 4JI4 K; 4X62 K; 4AQY K; 3T1Y K; 1XNQ K; 4JYA K; 4KHP K; 4DR3 K; 5A2Q O; 3J80 O; 5BR8 K; 4YHH K; 1HNW K; 3T1H K; 1IBL K; 2VQE K; 1XMQ K; 2UUA K; 4K0K K; 4JI7 K; 4DV6 K; 4DR4 K; 4DV3 K; 1XMO K; 4LF6 K; 1N34 K; 4JV5 K; 1IBM K; 4JI8 K; 1HNX K; 4JI5 K; 4CW7 B; 2UU9 K; 4B3S K; 2VQF K; 1XNR K; 5IT9 O; 4GKK K; 4DV0 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3L2W A; 2E2Q A; 4A2A A; 3BDP A; 4B1Y B; 1WSI A; 3WQU A; 1VQ8 N; 4W5T A; 2Y1J A; 1QHT A; 1YF5 L; 2D0A A; 3BEX A; 4H0Y B; 3KKR A; 4J2A A; 4KRF A; 3OYB A; 2RN2 A; 2QWQ A; 1NJX A; 4IOA L; 3H1Q A; 5KQD A; 5AQL A; 3QEW A; 4Z4H A; 2QWN A; 3ZSV A; 3QO9 A; 5C15 A; 3ZX3 A; 3LPT A; 3WXI A; 3THY A; 4DR7 K; 2YV0 X; 3ZT1 A; 1LAV A; 5BN9 A; 1RBU A; 2OCE A; 1HJR A; 5CZ2 A; 5GIO A; 1BQM A; 2QXF A; 4PUO A; 4DQR A; 3UKU B; 2GBZ A; 4FLY A; 3SI6 A; 2G8I A; 2YHB A; 4FLU A; 5FPN A; 4B8C A; 4BRN A; 4KKO A; 4JI2 K; 1LW0 A; 4H0V B; 3VEW A; 4XH1 A; 1BGX T; 4CJT A; 4BWJ A; 4B08 A; 4LC9 B; 1C1B A; 1TYQ A; 3BF3 A; 3SV4 A; 1XQS C; 3TAP A; 1RDW X; 2XRI A; 4A57 A; 1U47 A; 5EXW A; 4F2R A; 4CEO A; 1QS4 A; 3EZW A; 4WE1 A; 1HKC A; 1QQC A; 1DGK N; 3FZH A; 4JI3 K; 3F2K A; 3WT0 A; 4NLC A; 3BGR A; 1C6V A; 3U8X A; 3T1Y K; 3IUC A; 1WNS A; 1Q86 O; 4WFB L; 2NZT A; 2CGJ A; 3LP1 A; 5AFU A; 2JWL A; 4Z4E A; 1XHZ A; 1JXB A; 1YJW N; 3BZC A; 3DRP A; 4Z4G A; 4EAH D; 2PYJ A; 2YKN A; 3QFU A; 4DR4 K; 1T03 A; 3LDS A; 3VTI A; 4BDP A; 3SMP A; 3SUO A; 1NJW A; 4BGB A; 3WNE A; 3EKU A; 2BGG A; 3ISN C; 4B3S K; 4HTL A; 1QZ5 A; 1KAZ A; 2O8C A; 4KHY A; 4PKH A; 3AVF A; 1HQU A; 1U48 A; 1FJG K; 3P39 A; 3ZYY X; 1NK6 A; 1EO1 A; 1HLU A; 2NRZ A; 4CEF A; 3RMC A; 2NRR A; 3CF5 L; 1TKD A; 2KKZ A; 1T7P A; 5EOY A; 3RWU A; 5BPL A; 4CK1 A; 1J53 A; 4NCA A; 4CJP A; 2AP1 A; 4UQG A; 2FBX A; 1KVB A; 4E3S A; 3P31 A; 4HVJ A; 2VWB A; 4ILH A; 5EX5 A; 2D1K A; 1FXX A; 5KPR A; 4JKG A; 2OTJ N; 4FPA A; 1BOT O; 3MEG A; 3HST B; 4CF0 A; 1KLM A; 1VSE A; 2YNG A; 4MO5 A; 2Z1J A; 1OH6 A; 2HMI A; 4BGA A; 4IEE A; 3KLF A; 3S9H A; 3M5R A; 4BRF A; 3U3G A; 1ILY A; 3S3N A; 4DLE A; 4KAZ A; 4DSL A; 4IZ9 A; 1IG9 A; 3SUN A; 3VEY A; 3VET A; 3ZET B; 4DU1 A; 2UXD K; 3D45 A; 1N32 K; 1NGF A; 1RIL A; 2NRH A; 4MLH A; 3EO3 A; 4LFB K; 5TKW A; 4I9Q A; 4DR2 K; 4HHT A; 1X9J A; 1TVR A; 5JS2 A; 4F8R A; 4BRQ A; 3S41 A; 2F7T A; 4JAX A; 1IKW A; 4ELT A; 4JHD B; 5BPM A; 2YCH A; 3CCV N; 3QES A; 1UA0 A; 4FZZ A; 3DXM A; 4QS9 A; 4N41 A; 1MWK A; 5FDL A; 4FWP A; 3QB0 A; 1S1T A; 3TR8 A; 1GLE G; 2HF4 A; 3DLE A; 3F5T A; 4ID1 A; 3L2Q A; 1Z05 A; 4B8A B; 1QTM A; 1U04 A; 4YDU A; 5E84 A; 2VG5 A; 4C8M A; 2V7Z A; 4FVU A; 4F4K A; 3WXM B; 2GWJ A; 3THY B; 4OLA A; 4FJ7 A; 4J2B A; 2QI2 A; 2P9P A; 2NRT A; 3K58 A; 2DY4 A; 3HM8 A; 3G6E N; 4JK8 A; 3AVK A; 3UKR A; 3HZ6 A; 3AA3 A; 1JLE A; 1RCH A; 4L3Q A; 3DYA A; 1XNR K; 3O9R A; 1C0G A; 4FJ5 A; 3KVG A; 4JS5 A; 3V1Q A; 1RDC A; 5FRO A; 4DUY K; 2E1Z A; 2Z1G A; 1NKC A; 4X65 K; 1HYZ A; 3VGM A; 4FM2 A; 3ZSZ A; 1TYQ B; 4DR6 K; 1HQE A; 4KHU A; 1QSS A; 4H5W A; 3PO4 A; 1TAQ A; 4W5N A; 3CJ1 A; 4H4M A; 3ATU A; 1TUY A; 4R79 A; 3VTH A; 4X66 K; 3NH2 A; 1RT1 A; 4E89 A; 4CJ7 A; 3MEE A; 4LH4 A; 4PWD A; 4CJ3 A; 1L3T A; 3THX B; 3CC2 N; 1L3S A; 4BC4 A; 2WFB A; 3T1A A; 1QVF M; 4JS4 A; 1N6Q A; 3AO4 A; 4BRH A; 2B6A A; 4FJL A; 2F8S A; 3Q7B A; 2OPP A; 5J2Q A; 4LF5 K; 1S3X A; 1WLJ A; 4ID5 A; 4CZI A; 3OYA A; 5MLC Q; 1NGD A; 2RE2 A; 3E1Y A; 1IG8 A; 3OYF A; 2O8B A; 1JLC A; 3VQQ A; 5FRM A; 3FGU A; 4BRP A; 4NO7 A; 5LMN K; 1NGB A; 3CER A; 3SNN A; 4CJE A; 1NK9 A; 1OH5 A; 2OZS A; 3AY9 A; 1NJY A; 1ZBI A; 1NGG A; 1D5A A; 3VQA A; 1HPM A; 2HHT A; 4GNI A; 3K59 A; 1NNE A; 3VF4 A; 1NGE A; 4Q0B A; 3HOS A; 2O8C B; 3V9W A; 4DTO A; 1JCE A; 1RDD A; 4BRI A; 3LDN A; 1SKR A; 4EIA A; 1ZC6 A; 2LSN A; 1JL2 A; 4FPB A; 3FZK A; 4OPJ A; 3P38 A; 4E1N A; 4YHH K; 3NH0 A; 2DFH A; 2VCP A; 3OYI A; 2RHK A; 4FVM A; 4IXC A; 3OYJ A; 3RMA A; 4JNE A; 4O4G A; 4IG0 A; 2O8D B; 1O1W A; 4FO0 A; 3CJC A; 4DS4 A; 2DTU A; 3G71 N; 5AQI A; 3NF8 A; 4A5B A; 3PX6 A; 4JKG B; 3D6R A; 1W97 L; 1TL1 A; 3NCI A; 3LM9 A; 4QOZ B; 2HBM A; 5AQX A; 3AVA A; 3GBT A; 1E4F T; 1M90 O; 2D4W A; 3U6F A; 3CXC M; 4CZM A; 4GV9 A; 4M42 A; 4LF7 K; 1KSP A; 3OYC A; 3VEZ A; 4C1N K; 5AQQ A; 4A62 A; 1VSM A; 3O8M A; 5LJW A; 4FYD A; 4FWN A; 3OYL A; 4B1X B; 1Q81 O; 2QA4 N; 3M3Z A; 4BRE A; 4HUF A; 3ZX2 A; 5CZ1 A; 3TAR A; 1HNV A; 4DTN A; 2A5X A; 3TSQ A; 4CHY A; 4FLX A; 1HNI A; 5AZJ A; 3IKM A; 3QEX A; 4KB1 A; 4L8R B; 3WUH A; 4EHU A; 3SAH A; 3TAB A; 4NXN K; 4NYF A; 1BCM A; 3L4Q A; 3CMA N; 4FM0 A; 4M3Z A; 5E26 A; 3RSE A; 3PV8 A; 3OJU A; 2QWP A; 3K9K A; 4IOC L; 3OJS A; 3TTD A; 3VA0 A; 1DEJ A; 1XI1 A; 3G10 A; 4M3T A; 2E5L K; 3V1R A; 2VGM A; 3DXK A; 2OPQ A; 1VSD A; 1BQN A; 4FWM A; 4KB0 A; 1S5J A; 3NH1 A; 3NGZ A; 1K8K A; 2J4R A; 4E7J A; 2A41 A; 3TAQ A; 2O8F A; 4H0P A; 1T3V A; 3L3V A; 5HP1 A; 1IBK K; 4F3T A; 2CH5 A; 1HYV A; 1EX4 A; 2QW9 A; 3VA3 A; 2D5R A; 3UKR B; 5FPE A; 3MAQ A; 2X6N A; 3C7N A; 3CM6 A; 3NFA A; 1ATS A; 4DQ8 A; 4B9Q A; 3J8A A; 4CF8 A; 1TUU A; 1C0U A; 4MLE A; 4K42 A; 3EY1 A; 5JIC A; 4FOI A; 4WFA L; 1HRH A; 3RRG A; 3MN6 A; 4DV6 K; 4C8L A; 2O4G A; 3R1X A; 4KV8 A; 4C8N A; 5JLH A; 4CBX A; 3OYK A; 2EWS A; 3OYH A; 1N34 K; 1CLQ A; 1X3N A; 3VQ5 A; 4A5A A; 5CE3 A; 1LWE A; 1H1V A; 3EE8 A; 4OLB A; 2ZGZ A; 3SAF A; 2I7N A; 3T69 A; 3FFI A; 3LP3 A; 4YOX A; 4FLV A; 1JKH A; 3PX4 A; 3MK6 A; 5DMR A; 1BI4 A; 5KRS A; 3UB5 A; 4GKK K; 3D0P A; 4CZG A; 1FKP A; 1U4B A; 4CHZ A; 3K0S A; 2HVH A; 3RRH A; 4BQL A; 5AZI A; 1S9E A; 2B5J A; 3M6G A; 4OKJ A; 4KHQ A; 1GOC A; 3CPE A; 4HWI A; 4WQ4 A; 4RWT A; 1O13 A; 5TKY A; 3QDK A; 4DFK A; 4FCY A; 4FJJ A; 4B9M A; 4FW1 A; 3QEP A; 5M1K A; 4ZTJ A; 2F9W A; 4CJ5 A; 4BG8 A; 5HBM A; 4CBU A; 4B3T K; 4CEB A; 4IO8 A; 4MQ3 A; 3V9X A; 1QQO A; 2V52 B; 2NRV A; 4FXD A; 2Y1I A; 3RR8 A; 4CED A; 4DB3 A; 3EL2 A; 4DHY A; 2KFN A; 3T3F A; 5DM6 L; 2FXU A; 3H46 O; 3KK3 A; 3MN5 A; 4O5F A; 2HB5 A; 2X74 A; 3CME N; 1ATR A; 2YI1 A; 4BR4 A; 1ZBH A; 3FE1 A; 1TK5 A; 3IDH A; 4CD3 A; 1IV0 A; 4M45 A; 1Q7Y O; 4B9N A; 1BIZ A; 4JRP A; 2ITM A; 3R6M A; 3WEE A; 4NYN A; 1ITG A; 3CHW A; 1R59 O; 3J81 O; 1UWB A; 4BWM A; 4IFV A; 1YJ9 N; 4CJQ A; 5C25 A; 5HRO A; 3PIP L; 4BRD A; 3NGY A; 4KHP K; 2OA8 A; 1RBR A; 1ESV A; 4KH6 A; 1FKO A; 3QIO A; 1KAX A; 4DTM A; 4IFY A; 3EN9 A; 4B9T A; 1HUX A; 2EHG A; 4Y1C A; 4JI7 K; 2G8H A; 4B3O A; 4DV3 K; 2FBT A; 2YNF A; 4CZF A; 4XIU A; 3ZSO A; 1OH8 A; 5AZJ B; 5BRH A; 3CCM N; 4LSN A; 3JS6 A; 1T8E A; 3MWP A; 3ALY A; 1XWL A; 2KQ2 A; 3I0R A; 3D2F A; 4OPH A; 3E9O A; 4CHO A; 3O3F A; 4DQP A; 2IC3 A; 3SZ2 A; 3RSE B; 1K73 O; 4B3R K; 3RVC A; 2A6A A; 5AQS A; 4E19 A; 3ZSX A; 3O9Q A; 1VRT A; 3SMS A; 3DXK B; 3VQD A; 3KWI A; 4Z4F A; 4WFN L; 4DLG A; 1YXQ A; 1KVA A; 4AHS A; 2ATQ A; 1RT3 A; 2OPS A; 3WXJ A; 5GIN A; 4DQS A; 1D9F A; 4RW8 A; 2HHQ A; 3D7E O; 3QFP A; 3DWL A; 1KXP A; 3K9J A; 1D9D A; 1T6D A; 2ZM6 K; 4DV1 K; 3CFR A; 5F2R A; 3VGK A; 4IWV A; 2W40 A; 4RW6 A; 4CZK A; 3MCP A; 4DF8 A; 3AVI A; 3KJV A; 1WBD A; 4IJA A; 4YDU C; 4AHU A; 3K5L A; 2BTF A; 2F96 A; 2OTL N; 2W41 A; 5M1Q A; 5KQ8 A; 3GE1 A; 1CZA N; 1C0M A; 5HRP A; 4DS5 A; 5HRR A; 4KPY A; 4KH5 A; 5FLX O; 4DSI A; 4H03 B; 3CCU N; 1TKX A; 1JLF A; 3OS0 A; 3AVG A; 3M1F A; 3V6D A; 4JYA K; 1LWC A; 3OS2 A; 3VMF B; 1SL1 A; 2ASO A; 4DR3 K; 4OGC A; 1Z6R A; 4HUG A; 5BN8 A; 3KK1 A; 4QS7 A; 3KLI A; 3O9S A; 2P9U A; 1UOC A; 4HUE A; 4O44 A; 3MXJ A; 1GLC G; 2ETJ A; 4OKK A; 2P9N A; 1GLF O; 4DTP A; 3H3O B; 4CGI A; 3TU5 A; 4JD2 A; 2E4L A; 4C23 A; 4CJ4 A; 2NRW A; 3ATV A; 1BUP A; 3KD5 E; 1GLL O; 5JVG L; 4C1N I; 5AQP A; 1ASW A; 3VER A; 3FZM A; 2VWJ A; 3ZSR A; 3HRG A; 2CGL A; 5HL7 L; 4E7H A; 3MXI A; 4GV3 A; 4OGE A; 4F3O A; 1HPZ A; 1SL0 A; 4B9V A; 1WSJ A; 1DTQ A; 2VYP A; 2ASP A; 3O80 A; 4E7K A; 1TKZ A; 4KRE A; 1P8Z A; 4FJ9 A; 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4EHT A; 3ULD A; 4I7F A; 5HRN A; 1NK4 A; 3LAK A; 2GUI A; 5LL6 Z; 1U2V A; 2E2P A; 4XH5 A; 4IDH A; 3ENO A; 2QWL A; 2GTD A; 1NM1 A; 1B9F A; 5AQU A; 4FL9 A; 2A1S A; 1TK0 A; 5CY4 A; 3JYT A; 4PQU A; 4EP4 A; 3ZSW A; 2HBJ A; 2DFE A; 4FK4 A; 5C10 A; 3ZX0 A; 4JKF A; 1Q9Y A; 5AQG A; 3J7Z O; 3PY8 A; 5F1X A; 2FBY A; 2HW3 A; 4M3R A; 4JEP A; 2P9U B; 3OS1 A; 2KW4 A; 2NRX A; 4BRM A; 1RBT A; 2P9N B; 3FLC O; 3O1W A; 3DLH A; 2QXL A; 4JD2 B; 2HND A; 1JLG A; 3TAE A; 4YFU A; 3C6T A; 4FJN A; 2ZWH A; 3AVM A; 4W5O A; 3FZL A; 4X64 K; 5KI6 A; 4M7X A; 5AQK A; 4B9U A; 1JCF A; 1KAY A; 2D0P A; 1J9A A; 4PKI A; 3O6W A; 3W0L A; 3ZSY A; 2IVP A; 3N4Q A; 3EKS A; 4C8O A; 4JN4 A; 3PSF A; 4BC5 A; 3HSC A; 3QET A; 2JWK A; 1QSL A; 1ATN A; 3A0I X; 1DT9 A; 2BH1 A; 1WB9 A; 3GDQ A; 1S1V A; 1TV6 A; 4CEE A; 4WQ4 C; 3C6H A; 1NK0 A; 4J2E A; 5H1S Q; 3O3G A; 3DMJ A; 3HM9 A; 4CK2 A; 1BA0 A; 4QS8 A; 4DFP A; 1QQM A; 1QHA A; 2UU9 K; 4BR7 A; 2I7P A; 3CC4 N; 2H3G X; 1WUA A; 1HKG A; 3DLB A; 3V9U A; 3MX5 A; 5JLF A; 1NKB A; 3HPO A; 3QNN A; 4DSF A; 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