4MQ3A

The 1.1 angstrom structure of catalytic core domain of fiv integrase
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
MGIWQMDCTHFDGKIILVGIHVESGYIWAQIISQETADCTVKAVLQLLSAHNVTELQTDNGPNFKNQKMEGVLNYMGVKHKFGIPGNPQSQALVENVNHTLKVWIQKFLPETTSLDNALSLAVHSLNKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Identification of phe187 as a crucial dimerization determinant facilitates crystallization of a monomeric retroviral integrase core domain.
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein
source organism Feline immunodeficiency virus
molecule keywords Integrase
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-09-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4mq3A00
4ID5A 3TANA 2P5GA 4FLWA 3AVAA 1VSFA 1IKXA 4IFVA 1NK0A 4KHNA 5CZ1A 4W5TA 4C8OA 2FBXA 4CK3A 4CCHA 3LAMA 3LP1A 1XWLA 4DSLA 3KD5E 1S6PA 2R7YA 3AVKA 4FLVA 2DFEA 1LW0A 2P1JA 1JLQA 3DI6A 3P5JA 4CECA 4OVLA 4E89A 4DTMA 1QHTA 4B8CA 2PYJA 4M3ZA 3NGIA 3DLKA 1EX4A 2HW3A 5J2NA 2IOCA 3SV4A 4Z0UA 3OYFA 4E7HA 1IKWA 4OJRA 1QS4A 3BDPA 4N41A 4CK1A 1YT3A 3D0PA 4DLGA 1UA0A 1WAFA 3S3OA 2NUBA 1RT7A 1EETA 1C6VA 4CHYA 3M8QA 1F21A 3PX6A 2QK9A 3RRHA 1RTDA 2D0AA 3AO5A 3V1QA 1CZ9A 4CESA 3CQ8A 3HT3A 1QSSA 4DQIA 1NKBA 4PUOA 1SV5A 4J2DA 3ASMA 1UAXA 2IGIA 5FDLA 4CFDA 4ELVA 3HM9A 4FW2A 1NOYA 3ZT4A 1B9FA 5KGXA 4UQGA 1KCFA 4CF0A 4HUEA 4DTPA 1QSYA 3DM2A 1ZBIA 5KI6A 1IH7A 3FFIA 2VG5A 3QERA 1QSLA 1B9DA 1GOCA 3SQ1A 1O1WA 4W5QA 3K5LA 2HHQA 3ZSZA 3DOLA 3T1AA 4CERA 3L2QA 4DF8A 4PQUA 2HB5A 4E1NA 1BQMA 3DOKA 3RMBA 2HHWA 3VQ5A 4FJJA 2FC0A 2IS3A 1X9MA 3AO1A 3NF7A 4GW6A 2P5OA 3KLIA 5HRSA 1QTMA 3O4NA 4CF2A 3O4QA 5C42A 1KFSA 4J2EA 4KHUA 1NK5A 2HVHA 1UOCA 1C1CA 3VQBA 3U6FA 3ZT3A 1SKSA 4E19A 4CFAA 4CEAA 3QINA 1JLBA 4KHYA 3M8RA 3SUQA 1R0AA 1LWEA 3M8PA 3HP6A 2OPPA 1U49A 1KVAA 1TAQA 4JRPA 3HP9A 4KPYA 4FJGA 2E6LA 3SUOA 4B9TA 4ELUA 3LPUA 3QNNA 4FJMA 2F96A 1U04A 3AO2A 3ALYA 1D9DA 1JXBA 1JKHA 3OYHA 5J2PA 4XIUA 3L2RA 2RPIA 4DTNA 4HVJA 3VQ8A 4AHSA 5KTQA 4HTUA 4CGFA 2ATQA 3HVTA 3LP0A 3QEWA 5HROA 1UA1A 1CLQA 4CGIA 3KLEA 4I2QA 1JLCA 1L3VA 2OYQA 2OA8A 1FXXA 4CHPA 3S3NA 1WSEA 1HJRA 4F2RA 3SNNA 4PWDA 4ZHRA 5DMRA 4E7LA 3TAEA 4CEFA 2QKKA 5KRSA 1JL2A 1W9HA 3V9XA 1T03A 1N6QA 3QNOA 3DLRA 1WNSA 1NK7A 1U45A 4NYFA 4FZZA 4KHWA 3B6OA 3HL8A 3NH1A 3TAMA 3O3GA 3AVGA 3LWMA 4W5RA 4EP4A 4CJEA 1EP4A 3WNGA 5HRPA 4O4GA 4JRQA 4E7IA 4FJ5A 3K5MA 3K5OA 3I8DA 2Z1JA 3NGYA 3V9WA 4CJSA 1I3AA 5D3GA 3LWLA 2RF2A 1BISA 2W42A 1T8EA 2O4GA 1TL1A 3CG7A 4AHVA 4BE2A 2DTUA 3IG1A 2XY5A 4CEDA 4E7KA 3VQ6A 2EX3A 3NH2A 4RW4A 1U4BA 4KRFA 3DLEA 3RTVA 1D9FA 3P83D 1IG9A 3OVNA 4KO0A 1BL3A 1NJXA 1JLGA 1WLJA 3C6UA 4MFBA 4CJ3A 3PO5A 3QIPA 4DSIA 2D5RA 3TAGA 4DS5A 2LSNA 3TI0A 4CJRA 1HNVA 3AVMA 4CIGA 4IG0A 4HCBA 1VRUA 1ZBFA 3OYEA 2B6AA 2Y1JA 3NCIA 1LV5A 4OKJA 5J2MA 5I42A 4CFCA 2OZSA 1GOBA 5I3UA 1U48A 4CJ4A 4CF1A 2YNGA 3OYMA 1Q9YA 2HMIA 3VA0A 1A5VA 2YNFA 3HPOA 3AVIA 4NYNA 1TK5A 3G10A 4ELTA 1RBSA 1BHLA 2GUIA 2O4IA 5JS1A 4B9VA 4H8KA 1JLFA 3MXIA 2HHUA 1DTTA 1RBVA 1VSLA 1S1TA 3QLHA 3ZT2A 4KREA 4BE0A 3QESA 2HNDA 4AHRA 3MXJA 3SJJA 4KTWA 2BDPA 2OPQA 5T7BA 4OKEA 4RW6A 1HPZA 4CJFA 3RR7A 1QE1A 4JLHA 4EP5A 3VN5A 4W5OA 4I9QA 4DU4A 1SL1A 2DFFA 1W0HA 2HNYA 4I7FA 3PV8A 2P51A 4B9LA 3CM5A 3KK1A 4FZYA 1LWFA 5K14A 4AH9A 4N5SA 2WONA 4NCAA 2IDOA 2YNHA 4CGGA 2OPRA 3KKSA 2B4JA 4F4KA 4CHOA 4DF4A 3ISNC 3QETA 4KHQA 1XHZA 3NBPA 2Z1HA 2Y1IA 1ZBLA 4L8RB 4CJPA 1SUQA 4O0IA 3F73A 4MQ3A 5HBMA 3RR8A 4IG3A 4FK2A 2G8IA 1J9AA 3T19A 4CIFA 4DS4A 1K6YA 2VG6A 3VQQA 3K5NA 1RT2A 2IAJA 3AVHA 1NK9A 2HHXA 1VK0A 4IFYA 4BE1A 3L2VA 3K58A 2QXFA 3ZSOA 3SPZA 4B9UA 1RCHA 2PYLA 2HHTA 3AA5X 1C1BA 4KTZA 1NJYA 2A1RA 4FVMA 1TK8A 1ASWA 1KFDA 4DWIA 4N47A 4IDKA 4AHTA 3SCXA 1QQCA 3AVCA 4B08A 4CEQA 3S3MA 4OLAA 4GMJB 4DFPA 1ZBUA 1EXQA 3SQ0A 1HMVA 1VSHA 3PY8A 1TKZA 4FM0A 1G15A 1NK8A 2XY7A 3V9ZA 3RMDA 1GOAA 4M41A 1RILA 1T05A 4G1QA 4AHUA 1TKTA 4CE9A 3JSMA 4I2PA 1XC9A 2PZSA 4C8MA 3O3HA 3AVLA 3PO4A 1YTAA 3ZSRA 4DTSA 3TAPA 3CFOA 4CJQA 4IBNA 3L2UA 3K59A 3B6PA 4LH4A 3OYNA 3SV3A 1IKVA 4Z4GA 3LZJA 3L8BA 3NF6A 2XY6A 3RMAA 1LW2A 3JYTA 4FYDA 3V1OA 4RG8A 4FJ7A 5EU7A 3KLFA 4DLEA 2GV9A 3HO1A 2JGUA 1TKXA 2A1SA 3DRRA 4CJTA 3OYIA 3RMCA 1RTIA 1JL1A 1S1VA 1J53A 4ID1A 3O3FA 1WSJA 3C6TA 3OS1A 3NGZA 3ZSVA 4M3YA 2F8SA 2G8VA 3KLHA 3ITHA 4CJVA 1D5AA 2DFHA 1HRHA 3ZSYA 4FLUA 3HXMA 3AA3A 1KRPA 1S9EA 4AHCA 4QAGA 3V1RA 3AA4A 1CXQA 2B5JA 4DTOA 4R5PA 1A5XA 3D45A 1RBRA 3VQ9A 2VWJA 1Z26A 3VQPA 2KFZA 1HNIA 4O0JA 4ICLA 1Q8IA 4BDPA 4QOZB 3IS9A 1CZBA 4DSJA 2Q3SA 3IAYA 4M3XA 2GBZA 2D0CA 3MEDA 4KKOA 4LD0A 1BIUA 4CJUA 3EY1A 1L3SA 1RDAA 4HHTA 1NJWA 3DRPA 4DTRA 1Q9XA 4M3RA 1L3TA 1WSGA 3DYAA 1FKOA 4DU1A 1SL0A 4Y1DA 4K8ZA 4N76A 5JS2A 2ZE2A 4N56A 4FJXA 4KHSA 1S1XA 4CFBA 1WSIA 1RBUA 1DTQA 3KIOA 4E1MA 3V6DA 3EYZA 4CF9A 4LH5A 4O55A 1KTQA 1LAVA 4CJWA 4DG1A 3OYAA 4O44A 3MAQA 2KW4A 1U47A 4Y1CA 4NCBA 5SWMA 3NDKA 2PY5A 4J2BA 5CZ2A 2BANA 4CGJA 2ETJA 4DMNA 1YVUA 1REVA 1S6QA 4EZ9A 3QO9A 1TVRA 3A2FA 3IRXA 1SKWA 2HHVA 2FBYA 3AVBA 1C0MA 3OY9A 4Z4IA 4M45A 4YNQA 3LP3A 2BGGA 1BCOA 4DU3A 4AILC 5CYMA 4FZXC 3K57A 1RTJA 4CGDA 3TR8A 3T3FA 4Z4EA 2JLEA 3AO4A 5SZTA 2RN2A 3L3UA 2KFNA 4FJIA 1Z25A 3NF8A 3VQ7A 4E0DA 2KQ2A 4FJ9A 2IC3A 1X1PA 5KRTA 4KB0A 1KLMA 4K8XA 2Z1IA 4DFJA 4OGCA 3TABA 2OZMA 5C25A 3DRSA 1S1UA 1D8YA 3ZT0A 4M3UA 3ZSXA 5J1EA 3NF9A 3OYGA 1C1AA 1S9GA 3V9SA 2EHGA 4ZTJA 3RWUA 4CF8A 4FLYA 1BGXT 3S9HA 4M42A 4O5BA 4FLTA 3V9UA 3AO3A 3V4IA 2X6NA 3NFAA 3TAFA 4C8KA 1NOZA 2YHAA 4M3TA 1FKPA 1WAJA 4DSFA 4I9LA 4B8AB 4CK2A 3CFRA 3PX4A 1NKCA 3LALA 2RKIA 1I39A 2XHBA 4FJLA 3KJVA 3SYZA 3NHGA 3KK2A 3BGRA 3QIOA 1ASVA 4B3OA 4CGHA 1XHXA 5HRNA 1JXEA 3OJUA 5FRMA 2I5JA 3OYJA 1TGOA 4LSLA 2XY8A 4C8NA 3QEIA 4FM2A 3MXMA 4IKFA 3C95A 1RDCA 4DQPA 3QEPA 1VSIA 3OYCA 3CM6A 3OYBA 3ULDA 4CIEA 1N5YA 1IKYA 4FW1A 1XI1A 1TK0A 3TWHA 4F2SA 3F9KA 2HHSA 1KLNA 3EZ5A 1B92A 4BDZA 4FJHA 3SZ2A 3TARA 4CHZA 1BI4A 3NAEA 1RT3A 4FXDA 1KVCA 3I0SA 3WNHA 4CHNA 3QEXA 1L3UA 1RT1A 1WN7A 4B9NA 4B9MA 3U3YA 3LDSA 5FRNA 4KFBA 3THVA 1RTHA 3LP2A 4QCLA 3AVJA 1KVBA 1KSPA 2OPSA 3KKRA 3KTQA 2G8HA 1J54A 4KAZA 2FBVA 4F3TA 1NKEA 1BQNA 1VSJA 4FK0A 1JLEA 2YKNA 5HLFA 4LSNA 1RBTA 3KLGA 1ZYQA 1TKDA 3HPHA 1UWBA 4E7JA 2G8WA 4KI4A 2YKMA 3PUFA 4KI6A 2XO7A 1ZBHA 1VSDA 4FK4A 2WOMA 1SKRA 4FLZA 4DSEA 4F8RA 1YTUA 4HCCA 1BIZA 4TSXA 4M3WA 4FJKA 1HYZA 2Z1GA 3AVFA 3MEGA 1RT5A 3HPGA 3NE6A 4FM1A 4DTJA 2BE2A 1NK4A 1RDBA 1RT6A 3VQCA 4CEBA 4PA1A 4Z4CA 3AA2A 3WNFA 3ZT1A 3OS0A 3WNEA 4DFKA 1RT4A 1T7PA 4F3OA 3CYMA 1JLAA 1X9WA 2QKBA 2ZD1A 3M8SA 3LAKA 3U3GA 1RDDA 4KTQA 1NJZA 1FK9A 1S5JA 3AV9A 5C24A 4CEEA 3MEEA 4FCYA 1BCMA 3AVNA 2D0BA 4CEOA 4DTUA 3SQ4A 3HVRA 4DQQA 2ITGA 4PY5A 3KD1E 2HVIA 1LWCA 3DLGA 4BACA 3SUNA 3UIQA 3HK2A 4J2AA 4RW7A 1NK6A 2KTQA 3HSTB 4CHQA 4RW9A 3KK3A 4CJ5A 1IO2A 4YFUA 5HP1A 1RNHA 3DMJA 3LANA 3E01A 3CFPA 1MU2A 4DQRA 4FJNA 4Q0BA 2VG7A 3RRGA 1BI4B 4GVMA 4DSKA 1A5WA 2AJQA 3I0RA 1SL2A 2E6MA 3OYLA 3VA3A 4KV8A 3VQDA 4C8LA 2YHBA 1HYSA 2G8UA 1Y97A 2HNZA 2YNIA 1VRTA 5DK5A 1HQEA 5KGWA 3OYDA 4DTXA 3HYFA 3LZIA 4DQSA 4ZTFA 3SI6A 2E4LA 3VQAA 3VQEA 1WSHA 4WE1A 2KZZA 4JS5A 4H4OA 2X74A 3MECA 2XRIA 2YV0X 3TAQA 2FBTA 2KZMA 4H4MA 1HYVA 4RW8A 3PX0A 2G8FA 1VSEA 2X78A 3SQ2A 3SUPA 3G0ZA 4BDYA 3P1GA 4CJLA 3HJFA 3V81A 1DLOA 2VWKA 3QEVA 4FLXA 4EZ6A 4OPKA 4W5NA 2X6SA 2DY4A 3VQ4A 1J5OA 4Q5VA 4JS4A 3OJSA 5CYQA 4Z4HA 4CJKA 4Z4FA 1C0TA 3OS2A 1TL3A 3LPTA 3OYKA 3NH0A 3L3VA 3SPYA 3DLHA 1C0UA 5E41A 2F8TA 1TV6A 4KB1A 4FJ8A 1WSFA 2ZQBA 3ZSQA 2G8KA 1EKEA 1ASUA 1LAWA 5J2QA 4NCGA 4E3SA 4OKKA 4HUGA 1L5UA 4DFMA 3ZSWA 4CEZA 5FROA 4OLBA 1HQUA 3C94A 4B9SA 5HRRA 1S1WA 5CY4A 3H08A 1VSKA 4BWMA 3DLBA 4OPJA 3ZCMA 1X9SA 1VSMA 4LY7A 1ITGA 1CXUA 3K2PA 4HUFA 1TAUA 4BWJA 3L2WA 4OGEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2GEMA 1IG8A 3TANA 2P5GA 5CR4A 1FW6A 3T1HK 2FBXA 4CCHA 3LAMA 4DV2K 3AVKA 3LDNA 2P9LB 1LW0A 2P1JA 3CPWM 4OVLA 4BRIA 4BR9A 4CK1A 1YT3A 4DLGA 3E9PA 1RTDA 4IEIA 4DV5K 2NZTA 1SQKA 5HL7L 3ASMA 3HTVA 3HM9A 4FW2A 1NOYA 1B9FA 4UQGA 1KCFA 1VQLN 1IH7A 3FFIA 1YHQN 2A5XA 4Z94A 1QSLA 1O1WA 4FWKA 3L2QA 1ATSA 3LDOA 5JLHA 4BR2A 4MLHA 2FC0A 2F7TA 1LOTB 3NF7A 4GW6A 3KLIA 4CF2A 4FL9A 4CFAA 1MWMA 5C15A 1U6ZA 3I8BA 1LWEA 3D2EB 1U49A 2OPPA 4BRAA 5EY4A 1E3MA 4ELUA 2NRZA 4IZ9A 1I94K 3AO2A 2J4RA 4IOAL 1GLFO 2UYTA 4HVJA 5KTQA 4HTUA 5HROA 3T69A 1UA1A 2O8EB 3FZHA 1QQOA 1CLQA 2YHXA 1L3VA 2OYQA 1FXXA 2O8DB 2A42A 4FVUA 2OTLN 3QBWA 2QKKA 4DR6K 3QFPA 3J81O 3LL3A 1ATRA 5HRPA 1QHAA 4O4GA 4E7IA 3OBYA 4FWLA 4AF1A 4CJSA 3LWLA 1T8EA 3CG7A 5AZIA 1HKGA 3IG1A 4KBOA 2EX3A 3PO5A 1NNEA 2LSNA 4B3RK 4CJRA 1O13A 3OYEA 2BH1A 4YOVA 4OKJA 1S3XA 5I42A 3U9DA 2ZGYA 3IMXA 3R1XA 2YNFA 1H1VA 1OH5A 1NG9A 2WTUA 4H0TB 1TK5A 4B1UB 1QQNA 3VEZA 4H8KA 1DTTA 3A5NC 4BE0A 2HNDA 2P9SA 4AQYK 2A41A 1HPZA 3E9OA 4CJFA 3RR7A 4EP5A 3H6EA 1RFQA 4PKIA 3PV8A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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