4MQ3A

The 1.1 angstrom structure of catalytic core domain of fiv integrase
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
MGIWQMDCTHFDGKIILVGIHVESGYIWAQIISQETADCTVKAVLQLLSAHNVTELQTDNGPNFKNQKMEGVLNYMGVKHKFGIPGNPQSQALVENVNHTLKVWIQKFLPETTSLDNALSLAVHSLNKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords Integrase
publication title Identification of phe187 as a crucial dimerization determinant facilitates crystallization of a monomeric retroviral integrase core domain.
pubmed doi rcsb
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 43
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-09-15
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4mq3A00
5FRMA 3PX0A 1VRTA 3ZT2A 3AVKA 1RT2A 3FFIA 3ULDA 3SUOA 3ITHA 4DQQA 5J2NA 5I42A 1F21A 3THVA 1IG9A 1RBUA 1CLQA 1NK7A 2G8UA 4CJLA 4R5PA 3AVHA 4I9QA 3OS1A 4NCAA 4KRFA 5DK5A 4HVJA 3DOLA 3QLHA 2HB5A 3QNOA 1NJWA 4E7LA 3HK2A 4H4OA 4UQGA 4E89A 5EU7A 1SL1A 1IH7A 3B6PA 3AO2A 4O5BA 2RN2A 2QKBA 4MQ3A 3ZSQA 1VSDA 3HVTA 4CJ4A 1S1VA 3ZSXA 4PA1A 3PX4A 3OVNA 1S9GA 1JL2A 4M42A 1NJZA 4FXDA 3SV3A 3I8DA 3HJFA 1TK0A 4GMJB 1QTMA 4Q0BA 3RR7A 4Y1DA 3NF9A 3QO9A 3NGIA 1L5UA 1GOBA 1TK8A 4CEBA 4FLYA 2EHGA 3IRXA 3HM9A 4OGEA 4AHSA 4F8RA 3CG7A 2QKKA 4GW6A 2WONA 1A5XA 3AA3A 3CQ8A 4BWMA 4CEEA 4BE0A 3S3MA 1L3UA 4I2QA 5KTQA 2G8VA 3LPUA 4EP4A 3QETA 3DRRA 2W42A 2KZZA 1VSHA 3KD1E 2XY7A 2YNGA 1D9DA 1KRPA 2OA8A 1VSKA 3UIQA 4DFKA 3PX6A 1HQUA 3HP9A 3VQ8A 1HYSA 1NJXA 3JSMA 2E6MA 2Q3SA 3OYEA 4CF9A 3ISNC 2OPQA 3OYNA 2D0AA 3OYAA 1BIZA 4FCYA 2VWJA 1NKEA 1EX4A 1SL2A 4JLHA 4IDKA 1Q8IA 2DY4A 4CHNA 4CEOA 4BWJA 4HUEA 1RILA 2PY5A 4KTQA 4CGFA 4FK2A 2RPIA 4IKFA 3K5NA 5CYQA 4Z4FA 2VWKA 4ELTA 4M3WA 3O4QA 3TR8A 3U3YA 3RMAA 1LWEA 1Y97A 2HNZA 2ZQBA 3D45A 3ZSOA 3ZT4A 4DTSA 2Y1IA 5JS2A 2OYQA 2G8IA 1UWBA 4AHTA 4ZHRA 3KK2A 3EZ5A 1HNVA 1LAWA 3I0SA 4JRQA 1U45A 3LPTA 1KVAA 3MEGA 4KTWA 5KRSA 4CEFA 4F2RA 3NH1A 4DQIA 4DQSA 2G8HA 2B5JA 4KHQA 4E19A 5J1EA 4CHQA 1ZYQA 1SKSA 1JXEA 2HHXA 3NH2A 3O3HA 3AVIA 1JLAA 3SPYA 4CJQA 4KAZA 3KLIA 3P83D 4KFBA 3ZSVA 1D8YA 3V9ZA 3LAMA 2PYLA 5C25A 4Z4CA 3SYZA 3WNGA 1BL3A 5HLFA 1ASUA 1EXQA 1SKRA 4M3UA 3SI6A 1TKDA 3DLGA 3HO1A 2HHVA 3O3GA 3V9SA 1SKWA 2OPPA 1X9SA 3SUQA 4CJTA 1NKCA 2D0BA 2A1RA 4PUOA 5C42A 4E1MA 1EETA 4HUGA 2HW3A 4MFBA 4CIFA 1ZBLA 1YTAA 4DSJA 1BHLA 2FBYA 3HP6A 4DTPA 2XY5A 3LWMA 5I3UA 4CEQA 1QSLA 1TL3A 4FLUA 2G8WA 5SZTA 3TWHA 1TAUA 1JLEA 4CE9A 3DLHA 1WSGA 4BDPA 3A2FA 1BI4B 1S1TA 1UOCA 3LANA 4NCGA 1X9WA 2P5OA 2YNIA 1NK8A 4CJKA 3RMDA 1U49A 2BGGA 1C0UA 1HJRA 4N56A 3LAKA 4AH9A 1ASVA 4KTZA 2I5JA 1KLMA 2GV9A 3IG1A 4IFYA 4OPJA 4FJGA 5T7BA 1S1XA 3OYDA 3VA0A 3AO1A 3P5JA 1JLCA 3VN5A 1WNSA 2ATQA 4LY7A 4DTNA 2VG5A 2RF2A 3ZSYA 3C94A 4CECA 4C8OA 2X78A 3K2PA 1XHXA 2Z1HA 3SQ2A 2OZSA 3KD5E 4W5TA 3V6DA 5HBMA 3TARA 4CEAA 3DM2A 3SNNA 1TKTA 2LSNA 2NUBA 1U48A 2F8TA 3SV4A 3QEXA 3TAEA 1JKHA 4H8KA 4CF0A 4E7JA 2HHTA 4W5QA 2F8SA 3M8SA 3AVBA 4J2AA 3QEWA 3VQ5A 4FW1A 1G15A 1WSJA 4DF8A 1ZBIA 3G10A 1LW2A 3DYAA 1NK0A 4Z4GA 3EY1A 3KTQA 2E4LA 2FBVA 5FRNA 4DFJA 4GVMA 5HRSA 4CJPA 3D0PA 3AVCA 3DRPA 3CFRA 3CFPA 1S1WA 4DTRA 1QHTA 3AVLA 3OS0A 5CYMA 4O0IA 4B9TA 4AHRA 1XC9A 4BACA 1T03A 1TAQA 1SL0A 4LSLA 1L3TA 4Q5VA 1VSFA 4CFDA 4F2SA 4FYDA 2BE2A 4M41A 3L2WA 1Q9YA 1WSFA 2VG6A 4FJJA 4FM1A 3SQ0A 4FJMA 1SV5A 3S3NA 2XRIA 4Y1CA 1LAVA 3ALYA 1QE1A 2XY8A 4FM0A 3NF7A 4IBNA 3VQ4A 1QSYA 4J2BA 4FM2A 4CGJA 1HMVA 3HPOA 1TKXA 1WN7A 3AVGA 3SQ1A 1RBTA 2DFEA 1IKXA 2ZE2A 4CFCA 4DLGA 4CERA 3C95A 2IGIA 4Z4EA 4FK4A 3DLRA 1YT3A 3OYFA 4K8XA 3M8PA 4I2PA 4HUFA 2P1JA 4JS5A 4ELUA 2R7YA 2OPRA 2IAJA 3QIOA 3DOKA 3MAQA 3U6FA 3H08A 4W5NA 3CM5A 3HSTB 1TGOA 3NGYA 1BIUA 1RT5A 4B9UA 1CXQA 4IFVA 2X74A 3HT3A 4PY5A 4CHOA 4XIUA 4FZXC 2HNYA 1D5AA 3L2VA 3TI0A 1I3AA 3I0RA 4NYFA 1T05A 3ZSWA 4CHZA 3ZSRA 1ZBHA 3M8QA 1BGXT 4F3TA 3QERA 4CF1A 4J2DA 3VQCA 3F9KA 3HVRA 4PWDA 2WOMA 2DTUA 3IS9A 4H4MA 3VQ7A 4IG0A 2HNDA 4FLVA 4RW6A 4BDYA 3TAFA 3AO4A 2P51A 1WSEA 1RBVA 4KV8A 2IC3A 4ID1A 5D3GA 2QK9A 4DSKA 4EZ9A 1LWCA 3KLGA 3O4NA 5FROA 3ZT0A 3HYFA 4CGDA 1KVCA 3OYGA 3CM6A 4AHUA 1RDAA 4KI6A 1S1UA 1LWFA 3OYCA 4DSFA 1X9MA 3QINA 4M3TA 1WSIA 4FJLA 1RTDA 1DLOA 1VSMA 2HHQA 3L3VA 1NJYA 1HYZA 1HQEA 4TSXA 4DTOA 4M45A 4Z4HA 2HHWA 3M8RA 1D9FA 2KW4A 4CIGA 3TABA 4CJRA 3SJJA 1N6QA 3RR8A 4FZZA 1DTTA 4EP5A 3SZ2A 4DF4A 1TK5A 4CK1A 4O55A 5KGXA 3ZCMA 1GOCA 2JLEA 1RDCA 4DTJA 3RRHA 3K58A 4OGCA 4FLXA 3MXJA 2Y1JA 3KKSA 5J2MA 3OY9A 5JS1A 1UAXA 3DLEA 4OLAA 5KRTA 3NF6A 1R0AA 4Z4IA 3F73A 1RCHA 2XHBA 4B8AB 3WNFA 1KCFA 3E01A 2F96A 2BDPA 1HRHA 3LP3A 1JLGA 2X6NA 5K14A 4C8KA 4F3OA 2HVHA 4FZYA 1RNHA 3LP2A 3CFOA 3VA3A 4CK2A 3IAYA 4K8ZA 3DLKA 4FVMA 4DG1A 2QXFA 3T1AA 2ITGA 2YHAA 3ZSZA 3DRSA 4KHSA 3PV8A 4DSIA 4CJFA 1VSEA 1KLNA 2G8KA 3JYTA 4B8CA 2YKNA 2YV0X 3KK3A 4DLEA 2KQ2A 3OYLA 1XWLA 3SPZA 4CF8A 1KFDA 1FKPA 5DMRA 1IKYA 4L8RB 1SUQA 3HXMA 4W5OA 3AA5X 1C6VA 1S5JA 2YKMA 1K6YA 4CJ3A 3KK1A 4I9LA 3HL8A 1U04A 4LH5A 3NF8A 1RT1A 3NE6A 1T7PA 4HCBA 4FJ7A 4OLBA 4Z0UA 4OKKA 1JXBA 4DU3A 5CZ1A 4ICLA 4J2EA 3OJUA 1YTUA 3TAGA 3SUNA 3MXMA 3OS2A 1L3VA 1WAFA 4HHTA 4KI4A 4HTUA 1A5WA 2XO7A 5KI6A 4OJRA 2FBTA 4QAGA 1WSHA 1A5VA 2XY6A 3K57A 4CEZA 4N76A 2D0CA 3VQEA 5HROA 3NHGA 3C6UA 2B6AA 1RBRA 3NCIA 3K59A 3AVMA 1XI1A 1UA1A 4NYNA 4KHUA 4E7KA 1CXUA 3TANA 4FW2A 4FJIA 1B92A 1NOZA 2IOCA 4RW4A 4B9MA 2A1SA 1VRUA 3SUPA 4DFMA 4DU1A 4E1NA 1I39A 1RTIA 3V9WA 5KGWA 2VG7A 5HRPA 1RTJA 1C0TA 3PO4A 3AVAA 4CGHA 1O1WA 4AHVA 5HRRA 4FLTA 4B9LA 2HHSA 1RT4A 3OYKA 3OYHA 1J9AA 1IKVA 1HNIA 3AVJA 3U3GA 4FJXA 1FXXA 4DFPA 1EKEA 1MU2A 1C0MA 3V1QA 3VQPA 1T8EA 2YHBA 1S9EA 4FJKA 3AVNA 4CCHA 1C1AA 2BANA 3V4IA 3PUFA 3K5MA 4BE2A 1S6QA 3MECA 3NFAA 5HRNA 2OZMA 2GUIA 4EZ6A 1KTQA 3AV9A 3PO5A 2D5RA 3SCXA 3PY8A 3K5OA 4AHCA 1UA0A 4CJUA 1XHZA 4I7FA 4KB1A 3QIPA 1WLJA 5C24A 4CEDA 5SWMA 3LZJA 1L3SA 4LSNA 3AA4A 1TKZA 1S6PA 4IG3A 1J5OA 1C1CA 4E3SA 1LV5A 4CHYA 1ASWA 4G1QA 4CJVA 3K5LA 1HYVA 4CFBA 4JRPA 1QS4A 3G0ZA 3TAPA 4CGGA 1CZ9A 1Z26A 3RTVA 4DU4A 3VQ9A 3TAQA 4C8LA 4PQUA 3L8BA 2G8FA 4WE1A 3RMCA 1RT7A 4OKJA 2O4GA 4YNQA 4FJ8A 4DSLA 5HP1A 1VK0A 3P1GA 4RW8A 3L2RA 5J2PA 1BQNA 4CESA 4ZTFA 3L3UA 3MEEA 3WNHA 4CJEA 1W0HA 4E7IA 4DTMA 3TAMA 2YNFA 1NK4A 4CIEA 3OYMA 4QOZB 1RDBA 1FK9A 3C6TA 4RW7A 2KFZA 1B9DA 1VSLA 4M3RA 1VSIA 1W9HA 2P5GA 2ETJA 4B9SA 3QEVA 3BGRA 4CJSA 4CGIA 3RMBA 1KFSA 4ZTJA 3OYBA 4KREA 1TVRA 2DFFA 4KB0A 1IO2A 1B9FA 3AVFA 3T3FA 1RTHA 1BCOA 4ID5A 3ASMA 4AILC 4DQPA 3CYMA 4B08A 3OYIA 1NK6A 1FKOA 4DSEA 4DMNA 4OPKA 3QEPA 3B6OA 1ZBUA 4CJWA 3AO3A 4KPYA 1BI4A 3LP1A 4C8NA 1LW0A 1C1BA 2E6LA 3ZT3A 5FDLA 3KLFA 3KLHA 1NKBA 4ELVA 1BCMA 4F4KA 3O3FA 1Q9XA 1QSSA 3NH0A 1REVA 4E0DA 2IDOA 3RWUA 3KJVA 1N5YA 1VSJA 1J54A 4FLZA 3BDPA 4DWIA 4CK3A 4N41A 3QESA 2FC0A 3DMJA 4DQRA 1Z25A 3V81A 4RW9A 4QCLA 3ZT1A 3HPHA 4B9VA 4FJHA 3LDSA 4E7HA 2KZMA 2O4IA 4CHPA 4RG8A 1RT6A 3LP0A 4O44A 1CZBA 1TV6A 3MEDA 3VQ6A 3VQAA 3VQDA 3NAEA 2Z1IA 4JS4A 5J2QA 4KHWA 4M3XA 2YNHA 4LD0A 2JGUA 1IKWA 4N5SA 4DS5A 2PYJA 2KFNA 3NGZA 1RBSA 4KHNA 1J53A 4N47A 1ITGA 1NK9A 4KKOA 3L2QA 5CZ2A 2ZD1A 3L2UA 3S9HA 1BQMA 4DTXA 1JLQA 2Z1JA 4FK0A 3DI6A 1RT3A 3QEIA 4FJ9A 3NDKA 2GBZA 1TL1A 1DTQA 1RDDA 4BDZA 4FJ5A 3KIOA 3DLBA 1KVBA 2RKIA 3EYZA 4OKEA 4W5RA 4BE1A 3V9UA 3NBPA 1JL1A 1BISA 2Z1GA 4FLWA 3T19A 3VQBA 2FBXA 2EX3A 3S3OA 3AO5A 1U47A 4M3ZA 2B4JA 4B3OA 3V1RA 3VQQA 4C8MA 2HMIA 4DTUA 5CY4A 3LWLA 4OVLA 1YVUA 4FJNA 1WAJA 3LALA 3V9XA 3OYJA 4LH4A 1U4BA 4M3YA 1X1PA 2DFHA 2HVIA 3HPGA 3AA2A 4CFAA 1HPZA 4CF2A 4CJ5A 3MXIA 1KSPA 2HHUA 1NK5A 4O4GA 2OPSA 2PZSA 3WNEA 2AJQA 2KTQA 4O0JA 3KKRA 3LZIA 1GOAA 3KLEA 2X6SA 2IS3A 3OJSA 4DS4A 3RRGA 3V1OA 5E41A 3QNNA 1JLBA 4KHYA 4YFUA 4NCBA 1EP4A 1JLFA 3SQ4A 4KO0A 4HCCA 1NOYA 1QQCA 4B9NA 1ZBFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FRMA 3AVKA 5I42A 3THVA 1CLQA 4I9QA 2WFBA 2A41A 4HVJA 3DOLA 1HNZK 1LCUA 4UQGA 3DWLA 3AARA 1SL1A 2RE2A 4FWOA 4MQ3A 3BP8A 4JKHA 3OVNA 1S72N 4FXDA 3I8DA 4LFCK 1QTMA 5TKYA 1K8AO 1NM1A 5H1SQ 3QO9A 1L5UA 4FLYA 2EHGA 3IRXA 4BR9A 4AHSA 2AP1A 1GLDG 4AQYK 2QKKA 3CQ8A 2G8VA 4CVNE 2Q31A 2YNGA 3VTHA 2FXUA 3FE1A 4UY8O 1NJXA 3SJHA 2E6MA 2QA4N 4FVUA 2D0AA 4I6MA 4FCYA 2VWJA 1SL2A 2E2OA 4FK2A 1YJWN 3QICA 4M3WA 3A5MC 4RCHA 3DXMB 1Y97A 3D45A 4DTSA 3H1VX 4AHTA 3EZ5A 3MEGA 1NGGA 4BC2A 2P9SA 4E19A 5J1EA 5DM6L 4CHQA 1SKSA 4YOWA 1JXEA 2HHXA 4QS8A 1JLAA 3THXB 3LAMA 3UKRB 2PYLA 4Z4CA 3WNGA 2HHVA 1EXQA 1SKRA 1TKDA 3V9SA 1SKWA 3SUQA 4JN4A 1YF5L 4C1NK 2HW3A 1OH8A 3HP6A 5I3UA 5AJ3K 1QSLA 4FLUA 4BDPA 1UOCA 3LM9A 1X9WA 3LANA 4EHTA 2YNIA 4U67L 1NK8A 1U49A 4N56A 3N4QA 2QW9A 2I5JA 2GV9A 2F4VK 4OPJA 5T7BA 3OYDA 1VQ4N 3P5JA 4DTNA 2ATQA 1Z05A 3IDHA 1XQSC 2Z1HA 5HBMA 3TARA 3DM2A 3SNNA 2F8TA 3GE1A 3TAEA 5BR9A 2UUCK 5KQDA 4BRIA 2GWKA 1XMQK 4FW1A 1ZBIA 3G10A 3G25A 1ATRA 3U9ZA 4Z4GA 2NLXA 3EY1A 4CZHA 4O8UA 2E4LA 5GAEP 4GVMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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