The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
|
sequence length |
116
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structure length |
116
|
Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16S rRNA
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| publication title |
A structural basis for streptomycin resistance
rcsb |
| total genus |
25
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-12-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2E5L K; 4DV6 K; 3T1H K; 1HNW K; 2ZM6 K; 4DV2 K; 2UU9 K; 4NXN K; 4DR1 K; 4LF6 K; 5FLX O; 1N33 K; 4V19 S; 2VQF K; 2UUB K; 4DV7 K; 2UXC K; 4JI4 K; 4B3S K; 1XMO K; 4AQY K; 4DR6 K; 4X65 K; 3JAM O; 4LF4 K; 4DR7 K; 4LFC K; 3J7Y P; 4LF5 K; 5AJ3 K; 4CW7 B; 5BR8 K; 1IBK K; 4DR5 K; 1XMQ K; 4CVN E; 1N36 K; 5IWA K; 4JYA K; 4B3R K; 4X62 K; 1HNX K; 1N34 K; 1IBL K; 2UUC K; 4GKJ K; 1XNQ K; 5IT9 O; 4NXM K; 4OX9 K; 4B3T K; 1FJG K; 1HR0 K; 4LFB K; 3T1Y K; 4DV0 K; 4YHH K; 1J5E K; 4DV3 K; 4K0K K; 4JI6 K; 3J80 O; 4DUZ K; 1IBM K; 5LL6 Z; 4DV4 K; 4KHP K; 4X66 K; 4JI7 K; 5LMN K; 4LFA K; 3OTO K; 4JI3 K; 4DUY K; 2UXB K; 4YY3 K; 4DR2 K; 4JI2 K; 4LF9 K; 5A2Q O; 4DV5 K; 1N32 K; 4B3M K; 4DR3 K; 2UUA K; 1HNZ K; 4LF8 K; 3J7A P; 4DV1 K; 4DR4 K; 4JI5 K; 4LF7 K; 4JI1 K; 1I94 K; 1XNR K; 2VQE K; 3J81 O; 4JI8 K; 4JV5 K; 2HHH K; 2UXD K; 4JI0 K; 2F4V K; 4GKK K; 5LMU K; 4X64 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1LCU A; 1NGB A; 2X74 A; 1NGF A; 1YF5 L; 1TL3 A; 3T1H K; 4RW4 A; 4W5Q A; 2ZM6 K; 4DV2 K; 2JWL A; 1LWE A; 4IKF A; 4M7Y A; 5AQM A; 4LY7 A; 5J2Q A; 4O8K A; 4B8C A; 1C1A A; 4JKA A; 2XHB A; 3V9U A; 2NLX A; 4KAZ A; 2W6L A; 3LDS A; 5GAH P; 4N76 A; 4I6M A; 5CZ2 A; 4ID1 A; 1XUP O; 2P5G A; 4CHO A; 2BDP A; 3AO3 A; 3RMD A; 4BVO A; 4LF4 K; 3OYN A; 3J7Y P; 4DQR A; 3WT0 A; 1JCG A; 4YOU A; 4ILG B; 4OKK A; 3K59 A; 1YTU A; 4GY2 B; 2YV0 X; 5DK5 A; 3SQ0 A; 2ITM A; 3MXM A; 2Z1I A; 3LAM A; 4EZ6 A; 1LWF A; 4DLG A; 1C0U A; 4ELT A; 3DAW A; 3V9S A; 1DLO A; 2Z1G A; 5DM7 L; 4NXM K; 3TR8 A; 1NNE A; 3SZ2 A; 1RTI A; 3O3G A; 4U67 L; 1ZBS A; 4YDU C; 3UIQ A; 1G99 A; 4IFV A; 3K57 A; 2CGJ A; 4WQ4 A; 3HPO A; 1XC3 A; 3MCP A; 1QVF M; 3AA4 A; 5AQW A; 3MMV A; 4CJ5 A; 1CZB A; 1SKR A; 4DTU A; 2ATQ A; 1D9F A; 5BRD A; 3HT3 A; 4DR2 K; 1BQM A; 3HM9 A; 5M1O A; 2R7Y A; 3R3L A; 3ULE B; 4B3M K; 1IG9 A; 4ZTF A; 2QWM A; 5CY4 A; 3KD5 E; 4FZX C; 3LZI A; 1ZBL A; 4PHT X; 1YAG A; 2HHU A; 3KD1 E; 4DCH A; 2YHW A; 2GBZ A; 1CZ9 A; 3CCL N; 1XNR K; 3J81 O; 5E84 A; 3VQC A; 1KQS M; 4CF8 A; 3C6H A; 4H4M A; 1O13 A; 1DTQ A; 3VQ7 A; 4X64 K; 3O1W A; 4FWN A; 5C12 A; 4WCE L; 4JK9 A; 4M3U A; 3L2W A; 2OCE A; 3UKU B; 1C1B A; 3TI0 A; 4LF6 K; 3ATU A; 3DWL A; 1YUW A; 4FLX A; 3SK3 A; 1NJX A; 4KHS A; 1FXX A; 5E26 A; 4B3O A; 4Z4F A; 3VER A; 1N5Y A; 1Q82 O; 5FPN A; 3M8R A; 2ZJQ L; 1Z05 A; 2O4I A; 2A5X A; 4FWM A; 5KTQ A; 4DTO A; 1YJ9 N; 2HHW A; 1JLA A; 2YKN A; 3TSP A; 2YHA A; 4FLU A; 4BE1 A; 3MN9 A; 3UB5 A; 2Q31 A; 3MXJ A; 3AVC A; 5B8H A; 3PIO L; 5AZJ A; 3U9D A; 1S3X A; 3N4P A; 3W0L A; 2E2O A; 3R1X A; 4X62 K; 3AV9 A; 3CFO A; 3PX4 A; 1QHA A; 2OA8 A; 1RDW X; 1UA1 A; 3AO4 A; 4B08 A; 3NGI A; 3NGZ A; 3RMB A; 1WLJ A; 2OZS A; 3WXM B; 3EZ5 A; 1U45 A; 4CIE A; 4AIL C; 4FOE A; 5AQT A; 4YHH K; 3DLG A; 3G4S N; 2PY5 A; 5JLF A; 4IO9 L; 4JRP A; 4DU4 A; 1NOZ A; 5KRS A; 2ZJP L; 2E1Y A; 3VA0 A; 3CCS N; 1ATR A; 3CJA A; 3GOI A; 4JI7 K; 3OTO K; 4JAX A; 5HL7 L; 3E9O A; 4JI2 K; 2OTJ N; 1RBS A; 4U7B A; 3U9Z A; 3VGK A; 4CZJ A; 4H0V B; 2GWK A; 3V9Z A; 1V4S A; 1YVN A; 3PX0 A; 3HBT A; 4HUG A; 3SUN A; 4KHY A; 1FKO A; 1VQP N; 1B92 A; 3CHW A; 3R9P A; 4CK2 A; 1A5W A; 1VRT A; 3LDP A; 3TAP A; 4FK2 A; 3KK7 A; 1BA0 A; 5AZI A; 3AVK A; 4CD3 A; 2DY4 A; 4RW7 A; 1BI4 B; 1RT3 A; 4CHY A; 4I2Q A; 4CHP A; 3CJ9 A; 1X9J A; 4E7J A; 2I5J A; 1S1U A; 3NCI A; 3K9K A; 3DXK B; 2NRH A; 1OKJ A; 4DSK A; 1BIS A; 5FPM A; 4C8N A; 4JKH A; 3TTC A; 4B9M A; 3WQU A; 2KFZ A; 4E1N A; 3JS6 A; 5AQS A; 5GIN A; 2JLE A; 1LAV A; 4X65 K; 3PLA A; 3EZW A; 1OH7 A; 3NMU A; 1X1P A; 3I55 N; 3M6G A; 4F3T A; 3LZJ A; 1JL2 A; 2WON A; 4CBW A; 2QTD A; 1HUX A; 5HRO A; 4XH5 A; 4JS4 A; 1S9E A; 1CXU A; 4B3R K; 4CGH A; 1SQK A; 3ISN C; 3ITH A; 4W5O A; 3ALY A; 4IJN A; 1B9D A; 4OLA A; 4IG0 A; 4DTX A; 1XHZ A; 4GNI A; 4KH6 A; 1TK8 A; 4BGB A; 4HCB A; 1Q8I A; 3OYB A; 2GUP A; 3GE1 A; 1SAZ A; 4HUE A; 4DFM A; 3LDO A; 1HQU A; 3SJH A; 5JS2 A; 4BRL A; 4FLY A; 3CJC A; 2P51 A; 4BRC A; 4QS7 A; 3QIP A; 2OYQ A; 3O3H A; 4H0O A; 3P5J A; 3EEQ A; 3T1A A; 1IBM K; 1IKY A; 1NK6 A; 1X9W A; 4DQI A; 3AA3 A; 4ID5 A; 1Z26 A; 2PYL A; 1Y97 A; 4CJP A; 3QET A; 1TUY A; 1HX1 A; 2HST A; 1SUQ A; 3OW2 M; 2P9P A; 1VQN N; 1DKG D; 3AA2 A; 4DR4 K; 4AHU A; 4JI5 K; 1ZBH A; 1JL1 A; 3L4I A; 4BGA A; 4O0J A; 3QEW A; 5K14 A; 5KQD A; 1FW6 A; 4DFP A; 3CM6 A; 4MLE A; 2QWL A; 4DSL A; 4FK4 A; 2HHV A; 1XQS C; 1NK8 A; 2P9I A; 3CET A; 3Q7B A; 2VWJ A; 2VG7 A; 4LSN A; 4BR7 A; 3UKR B; 4CK1 A; 4DV6 K; 2GUI A; 3JYT A; 1SKS A; 3ATV A; 4FJ5 A; 4CHZ A; 1NMN A; 1VQ6 N; 5H1S Q; 2O8B A; 4JKG B; 1C0T A; 1C6V A; 4GVE A; 1VQO N; 3TAN A; 3FZH A; 3CC7 N; 4NO7 A; 3ZSR A; 1NMD A; 2NRX A; 3V6D A; 3H08 A; 4L3Q A; 1RCH A; 4B9T A; 4CFD A; 4JI4 K; 3PSI A; 3LAN A; 1QQN A; 4WFB L; 1S5J A; 3H3N O; 4K8X A; 4DR6 K; 2F8T A; 1DTT A; 4FZY A; 2HNZ A; 3JAM O; 1HQE A; 3NVM A; 3WUH A; 4CE9 A; 4DTR A; 3O5B A; 4E0D A; 2H3G X; 2ZQB A; 3O9S A; 4B9N A; 1BWF O; 5ELZ A; 1O1W A; 1Z25 A; 4QS8 A; 4CEA A; 1N36 K; 1EKE A; 3CME N; 4EIA A; 1Q18 A; 2PFU A; 3I56 N; 5C10 A; 2P9K A; 4GVM A; 3CXC M; 3ZSO A; 2BH1 A; 1NGD A; 3RR7 A; 1VQ5 N; 3IUC A; 3OYM A; 4B3T K; 1NGG A; 2Q0U A; 1UAX A; 3ZX3 A; 3OJU A; 1LW0 A; 4H0P A; 4DQQ A; 4WYB A; 1X3M A; 4E7H A; 1LOT B; 1HPM A; 1LW2 A; 4ICL A; 3ZYY X; 3M5R A; 3VQ5 A; 3WEE B; 4CJ4 A; 2FSK A; 4Q5V A; 2F96 A; 4KBO A; 3QNN A; 4YY3 K; 4OJR A; 1RT1 A; 1HJO A; 3DRR A; 3M1F A; 4HTL A; 4DV1 K; 4F9O A; 2FBX A; 4JD2 B; 3M8P A; 3SV4 A; 3SQ2 A; 3V1R A; 4JV5 K; 2HBK A; 2ZJR L; 3KZB A; 3WNE A; 4J2A A; 4K25 A; 2E5L K; 2AP1 A; 1CZA N; 5EY4 A; 1A5V A; 4I9L A; 3VEW A; 1L3S A; 4CBX A; 3VGM A; 3O3F A; 4DU3 A; 4PWD A; 2KQ2 A; 4QOZ B; 2E1Z A; 1KTQ A; 3F9M A; 3L2V A; 3AY9 A; 3LM2 A; 1NWK A; 5GIO A; 3SUO A; 4GV3 A; 3OY9 A; 2DFE A; 1RDB A; 1N33 K; 4FVU A; 3VQ8 A; 4R5P A; 1RDU A; 4HCC A; 3DJC A; 1RT2 A; 2EX3 A; 2Q0R A; 4IEI A; 4AM6 A; 4CZF A; 1VQ9 N; 2IOC A; 4WQ5 C; 3H46 O; 3NF6 A; 3VES A; 3KWI A; 2F9W A; 4K8Z A; 4HUF A; 4FJ7 A; 3S41 A; 3AVH A; 4DMN A; 3VQD A; 3K5O A; 4B1U B; 4CJQ A; 3D2E A; 2HBL A; 3CM5 A; 3KKR A; 3NH2 A; 4CGJ A; 4CVN E; 2O8E A; 5AQI A; 5AQQ A; 3IFR A; 3DXM A; 4EHT A; 1IH7 A; 1U4B A; 3S9H A; 3HL8 A; 4IDK A; 3D2F B; 3AGR A; 2P9U B; 5EX5 A; 3LP2 A; 2W40 A; 4LSL A; 1Q7Y O; 4OX9 K; 3CI5 A; 2WFB A; 4IJA A; 3DLE A; 1RNH A; 2ZWH A; 1S1T A; 3IAY A; 2X6N A; 3HJF A; 3DLK A; 3CQX A; 1HRH A; 4IO8 A; 4Y1D A; 4BRI A; 4YOV A; 1F21 A; 3G6E N; 3ZCM A; 4Z94 A; 3LDN A; 3VQA A; 3OYH A; 1HKG A; 4DS5 A; 4KHW A; 3DOL A; 1ZC6 A; 4FL9 A; 4HHT A; 4K0K K; 4M7X A; 4H5N A; 1RT5 A; 1HLU A; 3IG1 A; 3J80 O; 3ZT2 A; 3G10 A; 1TKZ A; 1U2V A; 5BN9 A; 2YHY A; 3P83 D; 2IS3 A; 4YOT A; 3CCV N; 4DV5 K; 1OH5 A; 1ZBI A; 3QB0 A; 4BRP A; 2OPP A; 1VQK N; 1CXQ A; 4ISE A; 4DTM A; 1HNI A; 5FPE A; 5M1N A; 3LP1 A; 5ADX A; 4BC5 A; 3KJV A; 4JKE A; 2F4V K; 4RW6 A; 2YJF A; 3CJ7 A; 2IC3 A; 2ZE2 A; 1CLQ A; 4FWL A; 3SJJ A; 3PIP L; 1T6C A; 4JHD A; 1TVR A; 2HF4 A; 1EP4 A; 4B1Z A; 3NF9 A; 2Q36 A; 3PO5 A; 1W97 L; 2QXL A; 2G8V A; 2PAV A; 3PY8 A; 3B8A X; 1Z6R A; 1KAY A; 4F2R A; 4XEI A; 3LPU A; 3DRP A; 1RTH A; 3MEG A; 4RWT A; 3MED A; 4M3X A; 2EWS A; 3AVL A; 3EO3 A; 4F3O A; 4LFC K; 1K8K A; 4BE0 A; 4H0T B; 5FRM A; 5KQ8 A; 1L3T A; 4H5T A; 4EP5 A; 1S1V A; 1NJZ A; 3E9L A; 3EE8 A; 1KFD A; 4GW6 A; 4FPA A; 2A1R A; 4DTJ A; 3AO2 A; 4NYN A; 3ZEU B; 4IEE A; 3O9R A; 3K5L A; 1U47 A; 1IKV A; 3OVN A; 1XNQ K; 3NVK A; 2HHX A; 4ISF A; 1BIU A; 3VQQ A; 2GTD A; 3VA3 A; 4FOI A; 2P1J A; 4DFK A; 2NRV A; 3E9P A; 4FJM A; 1RBR A; 3C6A A; 2G8W A; 2W42 A; 3Q7C A; 4M3Y A; 3H1Q A; 2ZD1 A; 4PKH A; 4KI6 A; 3F73 A; 4EFH A; 4MDB A; 3KLE A; 1QQO A; 1I3A A; 4KHN A; 3WNG A; 1UOC A; 4BRG A; 1XI1 A; 2ZGZ A; 4PA1 A; 3NE6 A; 4RCH A; 1VQM N; 2P9L A; 3ZT3 A; 5AQZ A; 5A2Q O; 1N32 K; 3ENB A; 2IDO A; 3KVG A; 2O8D B; 4A5A A; 3RMC A; 1MA9 B; 3AAP A; 4ZHR A; 1NGI A; 2HB5 A; 1VSM A; 1IKW A; 3I0R A; 1U48 A; 4CZM A; 2KTQ A; 2HHH K; 1YTA A; 1S1X A; 2QWO A; 2RPI A; 3KKS A; 2J4R A; 4IDH A; 2G8U A; 4HWI A; 3SPZ A; 4CJ7 A; 2I7P A; 4OGE A; 1J9A A; 3K5N A; 3VQ9 A; 4LH4 A; 3WQT A; 1D5A A; 2OPQ A; 3OBW A; 4FM0 A; 3QIC A; 2Y1I A; 3HOS A; 1HYZ A; 1SL1 A; 1VQ7 N; 5AFU A; 4V19 S; 3T7Z A; 2UUB K; 2UXC K; 4DTN A; 1FK9 A; 4YOX A; 3O80 A; 4CEB A; 3ZSY A; 1IKX A; 2QWP A; 3F2K A; 3RRG A; 4FYD A; 1HKC A; 2YNH A; 4BR9 A; 4C8L A; 1N8R O; 1OH6 A; 4FM1 A; 3NH0 A; 4AM7 A; 4QCL A; 1ILY A; 2Z1J A; 4FW2 A; 1IBK K; 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1K6Y A; 4O4G A; 4A5B A; 2VQF K; 5EU7 A; 2D1K A; 3BZC A; 4K43 A; 2D0C A; 3VEO A; 3VGL A; 4CES A; 3AVM A; 5JS1 A; 1LV5 A; 3HZ6 A; 4FJL A; 5AQL A; 4CI6 A; 5EOY A; 1WSG A; 2EHG A; 4B9U A; 3J8A A; 1ASV A; 5AJ3 K; 5E41 A; 3SPY A; 4ELU A; 5C2F A; 3THX A; 5DM6 L; 4CER A; 4O0I A; 2VYP A; 3DI6 A; 1LAW A; 2VG6 A; 4W5T A; 3CMA N; 1ESV A; 4DTP A; 3THW A; 4RW9 A; 2HHQ A; 4FSV A; 5DMR A; 5C24 A; 4K42 A; 3TTD A; 5AQP A; 1VSJ A; 5IT9 O; 4XIU A; 5AZJ B; 1WBD A; 3SMS A; 2A42 A; 4QAG A; 3T1Y K; 2KZM A; 4KV8 A; 3QLH A; 2W41 A; 4PL7 A; 4FJX A; 3TWH A; 2WUS A; 4A2A A; 1BA1 A; 5LMN K; 4UQG A; 4DUY K; 2KLA A; 2RF2 A; 1VHX A; 3VEV A; 5T7B A; 4FCY A; 1ZYQ A; 4FK0 A; 3B6P A; 5AQV A; 4FLT A; 1KSP A; 1YT3 A; 3E1Y A; 4F8R A; 4PQU A; 4FO0 A; 4OVL A; 4M42 A; 1NM1 A; 4OGC A; 3SBG A; 1S72 N; 4NCB A; 4DSJ A; 2QXF A; 2GEM A; 4JNE A; 3ZSW A; 2RKI A; 4KRE A; 4I7F A; 2E4L A; 1RT6 A; 4E3S A; 3OYA A; 3SUP A; 3ZET A; 3ZT4 A; 5LMU K; 4W5R A; 3G25 A; 4OKE A; 3CJ1 A; 2B4J A; 4N56 A; 3C65 A; 3OHR A; 4M41 A; 4IFY A; 2ASM A; 2G8I A; 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