4NYFA

Hiv integrase in complex with inhibitor
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
155
structure length
149
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSATVKAACDWAGIKQEPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Discovery of BI 224436, a Noncatalytic Site Integrase Inhibitor (NCINI) of HIV-1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 155
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4nyfA00
4CGHA 3PO4A 1RNHA 2KZMA 1Y97A 1TGOA 1L3SA 4M42A 4CEOA 5I42A 1S1VA 3HYFA 5J2MA 1TVRA 4N41A 1C1BA 3HL8A 4C8MA 4W5TA 1GOBA 1HQEA 3RRHA 2VG7A 4F3OA 4KI4A 4KHYA 4IDKA 3AA5X 1D5AA 3WNGA 3HO1A 1C1CA 4GW6A 5C42A 4BDPA 4MQ3A 4CJVA 1RDAA 4B8CA 3SPZA 4OJRA 4AHTA 3MECA 3MEDA 4CFCA 4CHOA 1NKCA 4LY7A 4NYFA 3VQ6A 3G0ZA 3ZSOA 3L2QA 4DS5A 1VSLA 4RG8A 3QERA 5FRMA 3I8DA 1VRTA 3QNNA 3OYDA 4FM1A 4DFJA 3LDSA 1KRPA 4FJ7A 3DRRA 4HCCA 3JYTA 2A1SA 3QEWA 3VQBA 3ZSZA 3HJFA 4QAGA 3ZSVA 1HNIA 1FK9A 3I0RA 3VQ4A 1WN7A 4CJWA 2DY4A 3AVGA 3QEPA 3T3FA 5J2PA 3KD1E 4B9UA 3P1GA 2KW4A 4FJHA 4FW2A 4KHNA 4IG3A 3VQ5A 1UOCA 4FZZA 3QEVA 4OVLA 1ZBFA 1S1TA 4DS4A 4CJPA 3I0SA 1HYVA 4IG0A 1TL3A 1D9FA 3ZT0A 3AVMA 3SUQA 2HVIA 1A5WA 4C8KA 2O4GA 4CEBA 4GMJB 4M3XA 1EKEA 1C0TA 3C6TA 2P51A 2DFHA 3LALA 3VQEA 3AVBA 5J1EA 5KTQA 3U6FA 3RMCA 3RMDA 5C25A 4CEDA 3KD5E 3MAQA 4EZ6A 4CFBA 3OYIA 4EP5A 1KTQA 1RTIA 3LAMA 2FBXA 4O0IA 3QESA 4OLAA 3T1AA 4KI6A 1CXQA 3L2RA 2E4LA 5KRTA 2RPIA 4M3RA 2QXFA 4NCGA 1XWLA 2OPSA 3VQDA 3ZT1A 1MU2A 4JRQA 3V9SA 3TAGA 3ISNC 3F9KA 4CJLA 3H08A 3RRGA 2WOMA 2GBZA 1GOAA 3QETA 1BCMA 1FKPA 4CGFA 3RR7A 3NH0A 1ZBUA 3NCIA 4BDZA 2HHWA 4OKKA 2P1JA 5E41A 3PY8A 4KHQA 3TAQA 3THVA 4M3WA 4CJEA 4CEAA 4PA1A 1TKZA 4CF0A 1TK8A 3L3VA 1WAFA 3LP3A 3L2WA 4CGJA 1B9FA 2B4JA 1EP4A 4CJKA 3TAFA 3V9WA 4L8RB 1HMVA 4FLVA 3OS1A 3VA3A 2QKBA 3S9HA 3DLBA 3PX0A 3C95A 4KHWA 1JXBA 2O4IA 3QINA 2G8KA 1Z25A 1RDDA 2XY5A 2BDPA 4KV8A 4Z0UA 3RWUA 1NK8A 3QLHA 3KLIA 5FDLA 4CIGA 5SWMA 1VSDA 1ZBHA 4I2QA 1TAQA 3HVRA 2X78A 4DTSA 1VSEA 1S9GA 1S5JA 4ELVA 1G15A 3HK2A 1BISA 3HP6A 1NK4A 1D8YA 5HRRA 1UAXA 2DTUA 4E89A 1RILA 5T7BA 1SV5A 1SKRA 2IC3A 4FXDA 1UA1A 5HP1A 4CCHA 2YHAA 1KVAA 1C0MA 1U49A 1C0UA 2YNGA 2OPPA 4O44A 3TAEA 4HVJA 3K5MA 4W5QA 3CM5A 3QNOA 3DOKA 4AHSA 3OS0A 2PYJA 1YTUA 1HNVA 1TAUA 1BI4B 3TARA 1FXXA 3LWMA 1QSSA 3O3FA 1IG9A 4W5RA 1RT3A 3L2VA 1BQMA 3WNHA 3WNEA 3WNFA 4ZHRA 2YKMA 2R7YA 2IGIA 2LSNA 1B9DA 3V1QA 1VSJA 3V9ZA 4CHNA 2BANA 2HVHA 4N56A 4IBNA 1VSIA 3TAMA 3IRXA 4AHCA 3SQ2A 3HXMA 1JLGA 1NKBA 3ITHA 1NK7A 1RT6A 4CJ4A 1NJXA 1IO2A 1U04A 1VRUA 4RW9A 2HHSA 4AHUA 4JS4A 1RT2A 4CGDA 1VK0A 1IH7A 1TK5A 4I2PA 3KLEA 1CLQA 4NYNA 3OYNA 1CZBA 1TKTA 3LPTA 4CF1A 4DTUA 3IAYA 4F8RA 3O3HA 1QSYA 1O1WA 2KQ2A 3ZCMA 4KHSA 3AO2A 3MEGA 4RW4A 3KTQA 4DFMA 3V81A 3KKRA 4TSXA 4B9NA 4R5PA 4DWIA 2FBYA 2GV9A 2XY6A 4KAZA 1RBTA 3SNNA 1J9AA 2FBVA 3L8BA 5DMRA 1T8EA 4BE2A 1NOZA 2D0CA 2E6MA 4HUGA 3M8QA 3VQQA 4BACA 3SQ0A 2HNYA 3L3UA 1U48A 2HHUA 4ID5A 4F2RA 3AVJA 5HROA 4DTRA 4EZ9A 3M8RA 1JLCA 4CECA 1RBRA 1SL0A 4UQGA 4FJMA 3NAEA 1W9HA 4LSLA 3HP9A 4Z4IA 4Z4CA 1N5YA 2GUIA 3DRSA 1K6YA 2IAJA 3OYGA 3VQPA 3CG7A 4Z4HA 3ZT3A 4E19A 4CE9A 3MXIA 1HJRA 1JL2A 3V1OA 1S1UA 4CGIA 3K58A 3U3YA 3M8SA 1RDBA 1BI4A 4DG1A 3CFRA 4DTXA 2VG5A 1TKDA 1KLMA 2OPRA 4CJRA 1VSFA 2VWKA 1NJYA 2XO7A 4CEZA 1ZBLA 4J2AA 4C8NA 1KVBA 3AO5A 1ZYQA 4Y1DA 2Z1JA 1C6VA 4KO0A 4CJQA 3HM9A 3OVNA 1C1AA 4C8OA 5K14A 4CF9A 5J2QA 4KPYA 3A2FA 4LD0A 4DSJA 2AJQA 3AA4A 3S3OA 4OKEA 3VA0A 3K2PA 2ZE2A 5C24A 4CJ3A 3SPYA 4YNQA 2G8UA 2Z1HA 1JKHA 4PWDA 1SUQA 3TAPA 4O0JA 3QEIA 4AILC 1RT7A 1WSFA 5JS2A 4CJSA 4E1MA 4FJKA 3SJJA 3NGYA 4ZTFA 2QK9A 1S9EA 1LWFA 4CFDA 3AVCA 2I5JA 1HYSA 1ASVA 1REVA 1F21A 3DRPA 4N47A 4BWMA 3OYCA 3OYKA 2Y1JA 2Y1IA 5I3UA 3S3MA 4FK4A 4DSFA 4I9LA 1RBSA 3NGIA 5FROA 1T05A 2P5GA 4N76A 3OJUA 3G10A 3OYBA 1QQCA 4RW6A 4C8LA 4PY5A 2Z1IA 3OYFA 3HT3A 3DYAA 4DTMA 3SUNA 3C94A 4FCYA 1WSHA 3NBPA 1RBVA 3VQ9A 1XC9A 4ELUA 4Z4FA 3SQ1A 1YVUA 4ZTJA 5EU7A 2B5JA 2EHGA 1RDCA 4KHUA 4FJ8A 4Z4EA 2B6AA 2X74A 2YNHA 4M41A 3CM6A 3KLGA 1N6QA 4DQPA 2OZSA 3QIPA 4FLTA 3AVLA 4OGEA 1U45A 3HPOA 2HW3A 4M3UA 3V9UA 1Z26A 5FRNA 4HUEA 4MFBA 3NH1A 5SZTA 5HRNA 4DMNA 1TK0A 3B6OA 3T19A 4K8ZA 2YNFA 3AO4A 3DOLA 3IS9A 1LWEA 4AHRA 4CHZA 1YTAA 3OYEA 4FM2A 3HPHA 2OYQA 2HNZA 4XIUA 2G8FA 4FJGA 2D0AA 4KB1A 4M3YA 2PZSA 1LAVA 1FKOA 4CF2A 3AO3A 4CERA 3K5LA 4IFVA 4CEQA 3HPGA 3NF9A 1WNSA 4KRFA 3TWHA 4ELTA 3SUPA 2HNDA 4ID1A 1JLEA 1WSEA 5KGXA 1HPZA 4CK1A 4DF4A 1IKYA 3AVIA 1UA0A 1KCFA 1RTJA 2NUBA 4B9SA 3V9XA 2KFNA 3NF7A 1BL3A 3DMJA 4PQUA 4FLWA 4FVMA 3SCXA 3OYAA 2X6NA 3KK2A 2W42A 4J2DA 1YT3A 3SZ2A 4J2EA 3D45A 3LAKA 1X9WA 4FZXC 3ZSYA 4CHYA 1CXUA 4KTZA 1SKWA 1L3UA 3O4QA 4F4KA 1BHLA 3QO9A 4E7KA 1ASWA 3O3GA 2DFFA 4OPJA 2BGGA 1KFSA 2ZQBA 3SQ4A 3KLHA 4DF8A 4N5SA 3L2UA 1RT1A 1TKXA 4HHTA 4HTUA 3KK1A 4E1NA 3LWLA 3AVKA 2WONA 3MXJA 4DU1A 1NJWA 3ZT2A 1SL1A 4KTQA 1I3AA 3O4NA 5J2NA 1QSLA 2XHBA 4BDYA 4RW7A 4E7LA 3V1RA 1L3TA 1ZBIA 2HHQA 3MEEA 1Q9XA 5HLFA 4M45A 3NDKA 1QS4A 4CIEA 1JL1A 3RTVA 1NOYA 3KK3A 3DM2A 1NKEA 4NCBA 2HHXA 1XHZA 3LPUA 4BE1A 2RKIA 2EX3A 1NK5A 3CFPA 1RT5A 2KTQA 3QEXA 4NCAA 2F8SA 1IKXA 4E7IA 2HHVA 4M3ZA 4WE1A 1EXQA 4O5BA 2F8TA 2D5RA 1VSMA 2QKKA 3RMBA 3KJVA 4F3TA 3DLEA 4YFUA 1NK6A 2YV0X 1U4BA 4IKFA 4Z4GA 4CJTA 4HCBA 2G8WA 3KLFA 2IS3A 4CK3A 4JS5A 1JXEA 4F2SA 1QE1A 1JLFA 3OJSA 3KIOA 1UWBA 3AA2A 1B92A 1W0HA 4O55A 3DLKA 4CJ5A 1GOCA 4DFPA 3TR8A 4JLHA 4CK2A 3LP0A 1BGXT 2RN2A 3VN5A 3PV8A 3AVHA 3BDPA 3UIQA 1WSGA 3OYLA 4FJLA 2XY7A 1LWCA 4B8AB 3LZIA 3NF8A 4B9VA 3EYZA 3NE6A 3P5JA 1HYZA 4KKOA 3OYJA 2OPQA 4BWJA 3VQCA 2XY8A 5CYMA 1RTDA 3AVAA 1L3VA 4CFAA 3U3GA 1BIZA 4OPKA 4FLZA 4FLYA 1X9MA 3NFAA 1NJZA 1QTMA 2YKNA 2P5OA 4E0DA 4FJ9A 2G8IA 3VQ7A 1Q8IA 2Z1GA 4OGCA 3P83D 3ZT4A 4CHPA 4FJ5A 4EP4A 1EX4A 4DTJA 3PX4A 1SL2A 3K59A 4FJIA 1DTTA 1SKSA 1TV6A 4H8KA 4DLGA 5HRSA 4Q5VA 3QIOA 4FLUA 3SI6A 4B9TA 1J54A 3HVTA 4FLXA 2D0BA 4KTWA 1BQNA 1S1XA 3SUOA 3OS2A 3RR8A 4FK2A 3C6UA 4H4OA 4M3TA 3LZJA 2F96A 3AO1A 4KREA 3D0PA 4DQIA 4QOZB 1WSJA 1XHXA 1TL1A 1J5OA 2DFEA 5KGWA 4B08A 3E01A 2VG6A 3DLRA 4E3SA 1NK0A 1IKWA 1WSIA 4JRPA 3V6DA 5CZ2A 3ASMA 4DQQA 4CHQA 2OZMA 4DSLA 2FBTA 1I39A 4AH9A 2Q3SA 4DSIA 4DTPA 4KB0A 4I9QA 4FJJA 4E7JA 1S1WA 4HUFA 3K5OA 4DLEA 3LANA 1HQUA 1KFDA 1KVCA 3V4IA 3PX6A 1Q9YA 4CF8A 4OLBA 1VSHA 2FC0A 4H4MA 4CGGA 1X9SA 2RF2A 1BIUA 1IKVA 3LP2A 2X6SA 5HBMA 1JLQA 3ZSQA 3TANA 1KSPA 4FK0A 5KRSA 1R0AA 4DQSA 3K5NA 3CFOA 2YHBA 4W5NA 4LSNA 4BE0A 4G1QA 2HMIA 1CZ9A 1RT4A 2PYLA 2A1RA 3FFIA 2XRIA 2OA8A 3AVNA 3TI0A 2BE2A 2YNIA 5CYQA 3F73A 1DLOA 3ZSRA 1JLBA 3AV9A 3EZ5A 3CYMA 4DSEA 2HB5A 1JLAA 5CZ1A 1QHTA 2ITGA 4AHVA 1BCOA 1S6QA 3S3NA 5CY4A 1RTHA 4W5OA 4ICLA 4Q0BA 3DLHA 4QCLA 3NH2A 1D9DA 2HHTA 1ITGA 1X1PA 3NHGA 1KLNA 4KFBA 3DI6A 4B9MA 3OY9A 3NGZA 3MXMA 3VQ8A 3DLGA 3OYMA 4DTNA 5D3GA 2ETJA 3M8PA 1VSKA 4FM0A 2ZD1A 4DU4A 3BGRA 4PUOA 5DK5A 2KZZA 4O4GA 4B9LA 4CJUA 4FW1A 1LAWA 3OYHA 3KKSA 3TABA 1DTQA 5HRPA 3RMAA 1U47A 3LP1A 2G8VA 4K8XA 4FJXA 3EY1A 4DSKA 1L5UA 4DU3A 2KFZA 3PO5A 2VWJA 4DTOA 4B3OA 1A5VA 4LH5A 3ULDA 2G8HA 3HSTB 4IFYA 3ALYA 2JGUA 3NF6A 4DFKA 1A5XA 3SV4A 4CEFA 2IOCA 3PUFA 2ATQA 4E7HA 4FYDA 2IDOA 3K57A 3ZSWA 4DQRA 3VQAA 3SV3A 1T03A 1HRHA 3CQ8A 4CESA 4CEEA 5JS1A 4CIFA 3ZSXA 3B6PA 1J53A 1RBUA 3SYZA 1XI1A 5KI6A 3JSMA 4CJFA 1NK9A 4RW8A 1RCHA 1LW2A 2JLEA 1S6PA 4I7FA 4Y1CA 2PY5A 1LV5A 4FJNA 3IG1A 2E6LA 1WLJA 1ASUA 4J2BA 1T7PA 1LW0A 4GVMA 3AA3A 4LH4A 1WAJA 4OKJA 3AVFA 4FZYA 1EETA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CBUA 1RNHA 4YHHK 4M63C 4M42A 4BRLA 4FWMA 5I42A 3CJBA 1VQLN 3HYFA 1TVRA 4FPAA 1C1BA 4ILHA 1HQEA 3SAHA 2E5LK 1D5AA 3TPQA 3WNGA 1NJIO 3AGRA 3DXMA 4B8CA 4OJRA 1XUPO 3MECA 3MEDA 1QQOA 2CGJA 4K42A 4CFCA 3ZEUA 2IIRA 5F1XA 5EVZA 3D2EA 3ATVA 4BRCA 4DFJA 4FJ7A 2E88A 3BY5A 3HJFA 3P4IA 2E2PA 1FK9A 4ISGA 3I0RA 1WN7A 4CJWA 3KD1E 1UOCA 2OANA 1ZBFA 5AZJB 4BRKA 2CGLA 1D9FA 3JS6A 3CHWA 4CEBA 4GMJB 3RMCA 2PFUA 3VQEA 3AVBA 1KLNA 5C25A 5M1QA 3T1AA 4CZLA 1YF5L 4MDBA 3FZKA 1KQSM 1NGIA 2RPIA 2P9KB 4YDUC 4M3RA 1WBDA 2OPSA 1N34K 4JI3K 3IUCA 1MU2A 4JRQA 3TAGA 4CJLA 1Q7YO 3RRGA 2WOMA 3SK3A 1GOAA 3QETA 3NH0A 3NCIA 3LL3A 3PIPL 3F9MA 4OKKA 5AQRA 3ZETB 3VETA 3TAQA 4CEAA 4CGJA 4L8RB 4FLVA 5JVGL 3QICA 2O4IA 3MN9A 1Z25A 2XY5A 5KQ8A 4PKIA 1NK8A 4CIGA 1ZBHA 1VSEA 4ELVA 3HK2A 4FWKA 3HP6A 5HRRA 1UAXA 5AZJA 1UA1A 4FWRA 5HP1A 2H3GX 1MDUB 2OPPA 4O44A 4HVJA 4AHSA 2PYJA 4A62A 1HNVA 3S41A 1NGDA 4BQLA 4W5RA 2P9KA 4ILGB 3ZYYX 4MLHA 3L6QA 2LSNA 1WOQA 1VSJA 3V9ZA 3A8YA 3QB0A 4IBNA 4X66K 3KWGA 2DPNA 1YITN 3HXMA 4DR1K 2QWRA 3ITHA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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