4NYFA

Hiv integrase in complex with inhibitor
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
155
structure length
149
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSATVKAACDWAGIKQEPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Discovery of BI 224436, a Noncatalytic Site Integrase Inhibitor (NCINI) of HIV-1.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Integrase
total genus 55
structure length 149
sequence length 155
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4nyfA00
3AVGA 1WAJA 5KI6A 3CM6A 3OJSA 4KB1A 1Y97A 4EZ9A 4LY7A 4EP4A 1A5XA 5EU7A 1TK0A 4CJFA 4DLGA 1UWBA 1X9WA 3PUFA 5FROA 4CIGA 2P5GA 2O4GA 2RPIA 4PUOA 1VSIA 1RNHA 1CLQA 3OYLA 1NOZA 4CGFA 4DTMA 1WSHA 3SPZA 1BL3A 4RG8A 3RRHA 4KTQA 3SCXA 3VQ5A 2G8KA 1KFDA 3NH2A 3V4IA 3NH1A 1LWFA 3KK1A 3P5JA 3PX0A 2OPQA 2XO7A 1BISA 4DTXA 3TAPA 4KB0A 4FJ7A 3TR8A 2FC0A 4B8CA 4FLXA 3LWLA 2F96A 4LH4A 4CJ5A 3QETA 3DLBA 1S1TA 4OGCA 3VQAA 2Y1JA 4GW6A 2G8FA 3L3UA 1HYSA 3U6FA 2KQ2A 3CQ8A 3RMBA 3M8RA 3RMCA 1X9MA 3LDSA 3CM5A 2F8TA 2Z1HA 3OS2A 3SQ4A 1A5WA 1RDBA 4O44A 4CFAA 1SKSA 4JS4A 1EX4A 4MFBA 1LWCA 3SPYA 2F8SA 3KTQA 4QCLA 1XI1A 2OPPA 3JSMA 3TANA 4CHZA 1A5VA 5KGXA 1ZBLA 1NK6A 1QSSA 4CEZA 1ASUA 2PZSA 2YNFA 1L5UA 3AO3A 2P1JA 3AV9A 3DLKA 4E0DA 3HVTA 4PA1A 4WE1A 3EYZA 4KHUA 4EP5A 3SUPA 3FFIA 1NJYA 1SL0A 3L8BA 3LALA 1WSEA 1HQEA 1IG9A 4IBNA 1WLJA 1GOBA 1QE1A 3ZT4A 4DS4A 3QEPA 3S9HA 4PY5A 4E7IA 3AO5A 2G8HA 3NGZA 3LANA 3TABA 1L3UA 4HCBA 2GBZA 3O4NA 3AVMA 4IG3A 3ISNC 4I9LA 4NCBA 1B92A 3QO9A 3DM2A 4CF2A 2OA8A 3DOKA 1ZYQA 3AVBA 4LSLA 4BWMA 3ZSYA 4CK1A 3O3GA 3RR7A 4DQPA 4NCGA 4G1QA 4IKFA 4C8MA 3NF8A 3OS1A 2G8UA 5CZ2A 3DOLA 3QIPA 3KK3A 3TAQA 4FJJA 3AA5X 3DMJA 4LSNA 4KHNA 4N5SA 1VSHA 4Q5VA 3VN5A 4W5OA 1RT1A 4Z4IA 3OYGA 1KVCA 1VSJA 5KRSA 4DSEA 1SL2A 3OYIA 5HLFA 2ITGA 2EX3A 3SUQA 4FJ8A 2E4LA 4YNQA 2HVIA 5KTQA 4ICLA 2E6MA 3K5MA 4FK0A 1C6VA 3WNGA 4B9LA 1RT4A 5HBMA 4M3YA 2Z1JA 3SQ2A 3C95A 1BHLA 3NGYA 1J5OA 4FLUA 1XHZA 1JXBA 4HTUA 1JLQA 1TKXA 5FDLA 4CGDA 4CHPA 5SZTA 2VG7A 4IG0A 4H8KA 3G0ZA 1LV5A 3QESA 1DTQA 4CJQA 4C8OA 3ZSXA 1D8YA 3KKSA 2DTUA 4FJXA 3MEGA 4FJIA 2D0BA 4CFDA 4DG1A 3I0SA 1U49A 3ZSRA 4F3OA 3AO4A 4LH5A 2X78A 4CECA 3M8SA 4FLTA 2HHUA 3QIOA 4NYNA 4CEEA 4DU3A 4O0JA 3V81A 3V6DA 4CK2A 1JLGA 1FKPA 3M8PA 3PV8A 2XY8A 4Y1CA 3AVFA 1C0UA 1BQMA 1XHXA 4KV8A 4KKOA 1G15A 3T19A 3KLIA 3QINA 2JGUA 4BACA 4DTOA 1KSPA 2BANA 4FJNA 2BGGA 4FXDA 3ZSVA 4HUEA 4H4OA 4O0IA 3QNNA 1NK7A 4KHYA 4HCCA 1VSEA 2QKBA 1TVRA 4DSKA 1SL1A 4F3TA 1BIZA 3H08A 2HNZA 3EZ5A 2XY6A 4I9QA 2D0CA 3HL8A 5C25A 2IAJA 3S3OA 1QS4A 2VG5A 4F2SA 2KTQA 5J2QA 4CGHA 5HRNA 1C0TA 3OS0A 4DTRA 4B3OA 3ZSOA 4W5NA 1ZBFA 3OYEA 1KVBA 3DLRA 3DLHA 2YNGA 4N76A 3U3YA 1C1CA 5J1EA 2D5RA 4FLYA 3ULDA 3K2PA 3SQ1A 3M8QA 5T7BA 3DRRA 2IOCA 4RW4A 5J2NA 3CFPA 4KI6A 3VQ9A 4CJEA 1QQCA 3VQBA 3OJUA 4LD0A 4FVMA 3K57A 3QLHA 3K59A 3KLFA 4DQQA 4OVLA 1BGXT 1REVA 4RW7A 2KFZA 3NF6A 4F4KA 4DFMA 2HHVA 1FKOA 3HVRA 1SV5A 4ZTJA 4DTNA 1NKEA 3SUOA 4DF4A 4QOZB 1Q9YA 4J2AA 1UAXA 2D0AA 4OPKA 2X74A 1IO2A 3THVA 4ID5A 4FJGA 1LW0A 1GOCA 1KLNA 1RDDA 1MU2A 3SQ0A 3IS9A 4KREA 3VA0A 2VWKA 1ASVA 1NJXA 4R5PA 2DFEA 4F2RA 1IH7A 3VQ7A 3TI0A 3O4QA 1RDCA 2XRIA 2R7YA 4W5TA 2GUIA 2ATQA 4FYDA 3L2RA 2IC3A 3OYMA 3HPGA 1TV6A 3G10A 3PX6A 3K5OA 4DSLA 1Q9XA 1N5YA 3OVNA 3IRXA 1YVUA 2B5JA 3WNFA 4E89A 3IAYA 4FM1A 4CF1A 3TARA 4DLEA 1B9DA 2BE2A 2XY5A 2G8VA 4NYFA 3AVLA 1TGOA 3V1QA 4AHUA 4BE1A 3HYFA 4DFPA 2YKNA 4DFJA 1N6QA 3LWMA 5K14A 4KHSA 4FLWA 4YFUA 1D9DA 3K5LA 3SV4A 1RCHA 4DSIA 4M3WA 4CJSA 5C24A 3ITHA 2QKKA 2OYQA 1WNSA 2FBTA 3WNEA 4CEOA 3AVAA 4AHRA 3QEWA 3ZCMA 2BDPA 4GMJB 4FM2A 4FJLA 4E7LA 4I2QA 1T03A 2RF2A 4CGIA 3NH0A 2EHGA 3SV3A 4C8KA 4PQUA 4KO0A 3V1RA 3T3FA 1FXXA 1IKWA 1EKEA 3L3VA 2Y1IA 3HXMA 1EETA 3NBPA 1VSKA 4E3SA 4FW2A 1L3TA 3AVJA 3B6OA 4ID1A 4CFCA 1W0HA 3MAQA 4FLVA 4RW8A 4Z4FA 3UIQA 1JLEA 5HRSA 4W5RA 3AVIA 4CEDA 1NK0A 2FBVA 4O5BA 3RMDA 4KHQA 4KAZA 1NK9A 1B9FA 2AJQA 4DSJA 1RBSA 4M3RA 3TWHA 3MXIA 2OZSA 3ZSQA 2KZZA 1TAUA 3V9ZA 5D3GA 4AHCA 4JRQA 1BCMA 1L3SA 4BDZA 3F9KA 2X6SA 3CFOA 4FZZA 4Y1DA 2HHXA 1RT5A 3C6TA 4CJUA 4CHQA 4DU4A 2Q3SA 4CCHA 2HNYA 4FK4A 4F8RA 4J2DA 4Z4GA 3V9WA 3SYZA 1TKZA 3NGIA 1U4BA 4OGEA 1RDAA 4DFKA 5HROA 2QK9A 1NK5A 3BGRA 1YTAA 3SJJA 1FK9A 5CYQA 1C1AA 1DLOA 4FJHA 3TAMA 4AHSA 4CIFA 4E7KA 2KZMA 1S5JA 2VWJA 4KTWA 1Z26A 3ZSZA 3PO5A 2YKMA 4OKKA 1CZ9A 3L2QA 2DY4A 1WSGA 3C6UA 3DRPA 2HNDA 1VSDA 4M3UA 4E7JA 1TKDA 3NF9A 4KHWA 3T1AA 4TSXA 1NK4A 4IFVA 1S6QA 5I3UA 2HHTA 1IKVA 1RBUA 4IDKA 1VRTA 4CJKA 4DTUA 3E01A 1R0AA 3C94A 4H4MA 3ZSWA 4CIEA 1O1WA 5SWMA 1RBVA 1U48A 4B9MA 3LPTA 2W42A 4O4GA 4CJWA 3VA3A 4L8RB 3ALYA 4CEFA 3SI6A 1JLBA 1HYZA 2ZE2A 3OYCA 2P5OA 1HNIA 5FRNA 1RT3A 4CJRA 3LAKA 5CYMA 1F21A 2QXFA 5HRRA 2HB5A 4FM0A 2XY7A 4HUGA 2PY5A 1HJRA 4CEQA 3LP1A 3VQCA 4ELVA 1KLMA 4CGJA 4FZXC 4N41A 5C42A 4FJMA 4N56A 4FJ5A 1RTHA 1S9EA 4FZYA 3PX4A 4AILC 3TAGA 2FBXA 4C8NA 3AA3A 3NCIA 1S1UA 1TL3A 3L2UA 3NDKA 4DQSA 5I42A 1QTMA 3HJFA 3O3HA 3K5NA 4KI4A 4DTSA 2ETJA 3K58A 1T8EA 3MXJA 3OYHA 4AH9A 3NFAA 1HMVA 1CXQA 2LSNA 1BCOA 4OJRA 2IGIA 3LP2A 3VQ6A 3KJVA 4BE2A 4E19A 2PYLA 3QERA 4B9NA 4CJPA 2G8IA 2B6AA 3PO4A 2YNHA 2KFNA 3KKRA 4DSFA 1QSLA 3ZT2A 4OPJA 3V9XA 4FK2A 1S1WA 4BWJA 1GOAA 1U45A 1JLFA 3ZT3A 4NCAA 2VG6A 5HP1A 1SKWA 1RTDA 4DQIA 2X6NA 3CG7A 5CY4A 4OKJA 3OYAA 4I7FA 1D5AA 3RTVA 3OYKA 4CHNA 4J2EA 1LAWA 1JL1A 3RWUA 5FRMA 4UQGA 4MQ3A 1IKYA 4M3ZA 1TKTA 1XWLA 1BI4A 4M41A 2P51A 1RILA 4RW6A 3VQEA 2PYJA 4ZTFA 4B9SA 1LWEA 3S3NA 4CJ4A 2IS3A 4OLAA 3NAEA 2E6LA 1QSYA 1WSIA 2G8WA 3AVCA 1VSLA 1LW2A 2WONA 4RW9A 3JYTA 3BDPA 4Q0BA 4DQRA 2OPSA 3OYBA 3U3GA 4CERA 2WOMA 4DTJA 5KRTA 1WSJA 4XIUA 3PY8A 3LP0A 1UOCA 3ZT0A 3DI6A 1VSFA 4W5QA 1TK5A 4ZHRA 2FBYA 4CF0A 3OYJA 3NE6A 3HT3A 2IDOA 3MEDA 4CK3A 4DMNA 2Z1GA 1J9AA 3HO1A 2A1RA 3SUNA 4Z4HA 3L2VA 4FCYA 2JLEA 4Z0UA 1NK8A 3LZJA 5JS1A 4PWDA 1S6PA 4B9UA 5J2PA 4ELUA 4Z4EA 3LPUA 1VRUA 1S1XA 3VQPA 1X9SA 4FJKA 3LP3A 4B08A 1YTUA 1Q8IA 3KLGA 3AA4A 2OZMA 1Z25A 2I5JA 3KLHA 1ZBHA 3OYDA 1EXQA 4B9VA 4E1NA 1NKBA 5HRPA 3ASMA 4CESA 2HW3A 1HQUA 1C0MA 4KRFA 2GV9A 3VQ8A 2O4IA 3KLEA 4KPYA 3AO1A 3HSTB 1J54A 1JXEA 1RT6A 5E41A 1UA1A 4CF9A 4AHTA 3AVKA 4JS5A 5J2MA 1S1VA 1TL1A 3QEVA 1I3AA 4E7HA 4M3TA 1KTQA 4Z4CA 1RBTA 1S9GA 2HHSA 1KCFA 4HVJA 1TK8A 2OPRA 2DFHA 3OY9A 3KD5E 1WN7A 4CJVA 1YT3A 4CJ3A 5CZ1A 4M3XA 1JL2A 4CE9A 4N47A 2YNIA 1TAQA 4CF8A 3DYAA 4J2BA 4CGGA 3OYNA 3V9SA 4QAGA 3AVNA 4BDPA 1J53A 1BI4B 4DWIA 1X1PA 1C1BA 3MECA 5DK5A 4CJTA 1SUQA 4EZ6A 1HRHA 1U04A 3I0RA 3CFRA 3AA2A 3KIOA 1ASWA 4M42A 4BDYA 1VK0A 3WNHA 1KVAA 1KRPA 1W9HA 4DU1A 1DTTA 1L3VA 3EY1A 4B8AB 5DMRA 2HHWA 2DFFA 1JKHA 5JS2A 1RT2A 2YV0X 4CJLA 3VQDA 3DRSA 1IKXA 2ZQBA 2XHBA 1NJZA 3AVHA 3AO2A 3KK2A 2HHQA 4I2PA 4CEAA 1JLCA 4BE0A 3P83D 2NUBA 4DF8A 1CZBA 1VSMA 2B4JA 3HP9A 5KGWA 4HHTA 3QEXA 4FLZA 1D9FA 1RTJA 3LAMA 1RT7A 4KTZA 3HPOA 3SNNA 4JLHA 3OYFA 4M45A 4CHOA 3IG1A 1NOYA 1KFSA 1NJWA 4JRPA 4AHVA 4E1MA 2A1SA 2HMIA 1RTIA 3I8DA 3TAFA 3V1OA 2KW4A 2Z1IA 4CHYA 1RBRA 3RR8A 4OKEA 1SKRA 3SZ2A 4B9TA 4CEBA 4CFBA 1U47A 3RRGA 4OLBA 1HPZA 3A2FA 3O3FA 3D45A 2RKIA 1ZBIA 1CXUA 1QHTA 3HK2A 3HPHA 2HVHA 3TAEA 3NF7A 4O55A 1WAFA 3NHGA 1XC9A 3DLEA 4FW1A 2ZD1A 3VQ4A 4C8LA 4K8ZA 3L2WA 4FJ9A 1HYVA 1EP4A 1ITGA 1WSFA 3F73A 3D0PA 3P1GA 3HP6A 3MEEA 3RMAA 3KD1E 2YHBA 3HM9A 3QNOA 1I39A 1HNVA 1T7PA 1UA0A 3LZIA 3CYMA 1LAVA 3B6PA 1K6YA 2RN2A 2YHAA 4K8XA 1BQNA 4HUFA 4DTPA 1T05A 3DLGA 4KFBA 4ELTA 4GVMA 3ZT1A 4IFYA 3MXMA 1JLAA 3VQQA 3QEIA 1NKCA 3S3MA 1BIUA 1ZBUA 4DS5A 3V9UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2V7ZA 1WAJA 3O8MA 4JI3K 1TK0A 3CCMN 3D2FB 2IVPA 1XMQK 4H0OA 4X64K 1Y64A 2YCHA 4OO1J 1KAXA 1ATNA 3GDQA 3RRHA 3VQ5A 3E9OA 3NH2A 4K41A 3KK1A 4KB0A 4DTXA 3TR8A 4B8CA 4LH4A 3VQAA 4BG8A 3ZX3A 5TKWA 3C7NB 2UU9K 3OS2A 4MFBA 4BR2A 3A8YA 3SPYA 2F8SA 1HKCA 2OPPA 3JSMA 1A5VA 4X62K 1ZBLA 3CCLN 1ASUA 1L5UA 3DLKA 4E0DA 4B3SK 4KHUA 3IKMA 5AQGA 1WSEA 1IG9A 1WLJA 1GOBA 5AFUH 1VQLN 4DR5K 3TSPA 1ZC6A 5KPRA 1ILYA 1NGHA 3TABA 5DM7L 2GBZA 3AVMA 4IG3A 4K25A 4EAHD 1WBBA 4IDHA 4DQPA 4IKFA 4NCGA 4G1QA 3R1XA 3OS1A 3DOLA 3QIPA 4FJJA 3OA9A 4Y0WA 1KAZA 4IZ9A 3U9ZA 4N5SA 1VSHA 1RT1A 1KVCA 1W2BM 1VSJA 2A42A 4XEIA 3T7ZA 3SUQA 1IBMK 1NMDA 4JKAA 5F0XA 2HVIA 4WQ4A 1C6VA 3WQTA 1RT4A 3THXA 5JMVA 3O1WA 4BRHA 2FSNA 1SAZA 4FLUA 1JXBA 3DAWA 4HTUA 1LV5A 1DTQA 4QS9A 3CJBA 4FJXA 4BG9A 1VQKN 2D0BA 1D4XA 4DG1A 4F3OA 3AO4A 3F2KA 2X78A 3FLCO 4ISFA 4FLTA 4B1VA 4BRQA 4CEEA 3V81A 3LDOA 1MDUB 4O0JA 3V6DA 4J8FA 1JLGA 3M8PA 2I7PA 5LJVA 3TTDA 1BOTO 1BQMA 4JKCA 4BACA 3KLIA 4CW7B 2QM1A 3VTHA 4H0YB 4BGBA 4O0IA 1NMNA 4DR4K 1VSEA 1TVRA 1SL1A 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