4NYFA

Hiv integrase in complex with inhibitor
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
155
structure length
149
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSATVKAACDWAGIKQEPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title Discovery of BI 224436, a Noncatalytic Site Integrase Inhibitor (NCINI) of HIV-1.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 55
structure length 149
sequence length 155
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4nyfA00
3KIOA 3SUPA 3DOLA 3V9WA 3DRRA 4DSLA 4NCAA 3V9ZA 1IG9A 4YFUA 3C95A 3MECA 3ZSZA 3OYGA 3DLHA 3KD5E 4EZ6A 1RBSA 1TKXA 4E7JA 4FW2A 1U45A 1HQUA 3IS9A 1T05A 1L5UA 3DLEA 4CHPA 5D3GA 1HNIA 2XY8A 3K5NA 1LWEA 3SUNA 1LV5A 4Z4HA 3ITHA 4CIGA 3DRPA 4CEOA 3V9XA 4F2SA 1NK6A 4DTNA 4IKFA 3CFPA 1FXXA 3LP0A 4J2EA 3HPHA 4OGCA 3QEIA 1RCHA 2XY6A 1WSFA 4KV8A 3ZSYA 1BCMA 3TAQA 2KQ2A 4IG0A 4DFMA 4E7IA 2I5JA 2WOMA 3AVKA 3ALYA 4CJLA 3HO1A 4CHNA 4E1MA 3QESA 1WN7A 3O3GA 3SJJA 4FJ5A 4I9QA 3KKSA 2PY5A 1GOCA 3K5LA 1NK0A 4J2BA 4CK2A 3NHGA 3S3OA 1KVAA 4N5SA 3OYFA 2ZQBA 1RBRA 1S1UA 3ZT4A 3B6PA 3V81A 2F96A 1FK9A 3EZ5A 2F8TA 2ITGA 3OYEA 3ZSOA 4FZXC 4PWDA 4CJQA 4C8KA 1SKSA 1BI4B 3RMAA 4BWJA 4B8CA 4YNQA 5T7BA 3AVIA 4KHNA 4B9SA 3OJSA 3L2WA 4DWIA 1EX4A 1ASWA 3KKRA 1VSKA 3QIOA 3AO2A 4M3YA 3LP3A 3WNFA 4HUFA 3TWHA 3S3MA 4FJ7A 2D5RA 2IS3A 1TL3A 4CEAA 3OYJA 3CG7A 3NH2A 1C1BA 2OPRA 3AVJA 1T7PA 5DMRA 4CHYA 1JLQA 2G8IA 4W5TA 1T8EA 1EXQA 1F21A 1NJYA 3OYBA 3UIQA 1UWBA 4G1QA 4DU4A 1LAWA 1RBUA 2DFHA 3HT3A 3HPOA 1JLFA 1NJZA 1IKXA 1J5OA 3THVA 1IKYA 2X6NA 2HHWA 2ZE2A 4W5OA 2GBZA 3OYMA 1BISA 3OS1A 4BACA 1I39A 2Z1HA 4CFAA 4FLTA 4E7HA 2XY7A 4B8AB 1TK5A 4CJWA 1L3UA 2OA8A 3O3FA 2F8SA 3EYZA 2HB5A 1TK8A 5E41A 4CF1A 5HRPA 1WSHA 2FBVA 1NK7A 1S5JA 3K58A 3NE6A 3K5OA 5CYMA 4PA1A 1YTUA 3AO4A 4NCBA 4CECA 1MU2A 4DTRA 2ETJA 3LWLA 4N41A 3VQCA 1QSYA 3VQ8A 1BQMA 4DU1A 1U47A 1B9FA 2JLEA 3VQAA 3V9UA 5KTQA 3ZT1A 1IKWA 4AHRA 4CJVA 4Y1CA 3NGIA 4FLYA 3RMCA 4KO0A 1CZBA 2IOCA 4JRQA 4BE1A 4OGEA 3KK2A 1CXQA 2Z1IA 3G10A 1D8YA 1HYVA 4CGHA 4F4KA 4Q5VA 3CFRA 1D9FA 2RPIA 4CK1A 1NK9A 3V4IA 4KAZA 4HCBA 4L8RB 4ELVA 1S9EA 4E3SA 1WSGA 3T3FA 3LAKA 4KTWA 4OKKA 1U4BA 2HHXA 3AVLA 1VSMA 3MEGA 1TKTA 5J2MA 2YNGA 1RTHA 3TAGA 2YKMA 1VRUA 3OYHA 3VQ4A 3VN5A 1J9AA 3V9SA 2DFFA 2VG6A 4Z4GA 1S6PA 4CEFA 1TL1A 1ITGA 1VSLA 3NDKA 4AH9A 1QS4A 1Z26A 4OJRA 4W5RA 3KLEA 1VSDA 1BGXT 1D5AA 1EKEA 4Z4FA 5HBMA 2Z1GA 3CM5A 3LP2A 4FLVA 1NKCA 5EU7A 4CF0A 3HPGA 4CEDA 4DTXA 4FLWA 4FJ9A 4CCHA 3U3YA 1CZ9A 1NJXA 3LPUA 5CZ1A 1C6VA 4C8LA 1CLQA 4KHSA 2X74A 5JS1A 2VG7A 1WSJA 1YVUA 1HRHA 4CJ3A 2D0BA 4O44A 4CJUA 1SL2A 1RDAA 4DTJA 4FZZA 1S9GA 1X1PA 4O55A 4DSFA 1NK5A 3P1GA 3DM2A 4CF8A 3AVHA 3RWUA 3SQ2A 3LAMA 4BWMA 2IDOA 1RT1A 1WSEA 4LSNA 3LWMA 3TAEA 4DTPA 1TAUA 1O1WA 4J2DA 4KREA 4CEQA 2FC0A 3PO4A 4FJGA 3E01A 2DTUA 1TV6A 3K59A 3MXMA 5DK5A 4FYDA 3CM6A 3VQ9A 1VK0A 4RW9A 2B4JA 3KLFA 3HSTB 4AILC 3I8DA 3I0SA 2Z1JA 1XHXA 4FK2A 1RT2A 4DMNA 4KHYA 4KB0A 1ZBUA 3KK1A 1N6QA 4HVJA 2XO7A 2A1SA 5J1EA 3C94A 3WNHA 1KSPA 5HLFA 4DSIA 1Q8IA 4I2QA 2E6LA 1HPZA 3IG1A 3VQPA 4CEBA 4DSKA 3NF6A 2HHVA 4HUGA 3T1AA 4CJ5A 4LY7A 4PUOA 1EETA 3LPTA 4K8ZA 1RT6A 3NBPA 1KCFA 1S1WA 1TKZA 1KVCA 3QEPA 4AHVA 4DS5A 4DLGA 3NGYA 5C24A 4CHZA 4DTSA 1W0HA 3TABA 1Q9YA 4EP5A 3BDPA 3RR8A 3DI6A 3LP1A 4JS5A 1JXBA 3F73A 3AVNA 1SKRA 1HYSA 2RF2A 4CESA 3QNNA 4CEZA 3TARA 1LWCA 3CYMA 1RBTA 4JS4A 2HNZA 3U3GA 4ID1A 1ZBIA 3AO1A 3M8RA 3RMBA 4UQGA 4W5QA 1JKHA 2P5OA 2DY4A 2VWJA 4NYFA 4KHUA 4DSEA 2HW3A 4GW6A 5K14A 1VSIA 4O0IA 3OYAA 2HVIA 4FZYA 4F2RA 4FLXA 3DLBA 1W9HA 1JLCA 1KTQA 4CGGA 1BCOA 2KW4A 4N56A 5J2NA 1HNVA 4RG8A 4KB1A 4CE9A 3OVNA 1NKEA 3KLHA 4DQIA 1TK0A 1YTAA 4LH4A 4HTUA 2PZSA 1NJWA 3PY8A 4H4MA 3WNEA 2YV0X 5SZTA 3NGZA 4DF8A 5HP1A 3KD1E 1R0AA 2HHSA 1L3VA 4IFVA 1L3SA 3IRXA 3KLIA 1C1CA 3LDSA 3L2UA 4CK3A 3MEEA 4CGIA 2GUIA 4H8KA 1B92A 4DG1A 4M45A 4FJ8A 4LSLA 4DQSA 3L2RA 3S9HA 4F3TA 4I2PA 3PV8A 4PQUA 3VQEA 4DS4A 1L3TA 3OYIA 2VG5A 4E19A 1ASUA 1BQNA 3WNGA 5I42A 2ZD1A 1JLEA 1KRPA 1EP4A 4AHCA 4CJRA 3M8QA 4ICLA 3H08A 5HRNA 2YHBA 1RDDA 2PYLA 1QSLA 4IDKA 1G15A 1JLGA 2KZZA 4W5NA 4IFYA 1RILA 4CEEA 4DSJA 1VSJA 3HK2A 3QINA 3C6TA 3SPZA 1KLMA 1TAQA 4WE1A 3QEWA 2IGIA 3O4NA 4CJ4A 1UA0A 4M3RA 4B9VA 2NUBA 3I0RA 5J2QA 4ZTFA 3T19A 2G8FA 2OYQA 3A2FA 4KI6A 4H4OA 5CY4A 5FDLA 1DTTA 3TAPA 1ASVA 4CFDA 1VSFA 4DTUA 3P83D 1RT3A 3ZSXA 3VQ6A 1KFSA 4B9TA 4CF2A 3RMDA 4M3UA 4B3OA 2O4IA 2XRIA 3B6OA 3AVFA 4DQRA 4LH5A 3K5MA 2FBYA 1Y97A 4FM1A 4LD0A 1U04A 1HYZA 5KRSA 2AJQA 2QXFA 1S6QA 3VQ5A 3SUOA 2HVHA 4M3ZA 2B6AA 2HNYA 3L8BA 1JL1A 3HM9A 4FCYA 1LW0A 1NKBA 3PO5A 2Y1JA 4B9UA 4CJTA 4ELTA 2P1JA 2O4GA 2DFEA 4Z4EA 2OPQA 2YNHA 4Z4CA 1UOCA 4MQ3A 4O0JA 4KKOA 1UAXA 2JGUA 4FM0A 1REVA 1BHLA 4DU3A 5JS2A 4BE0A 2BDPA 4B08A 4OPJA 3EY1A 4J2AA 3ZT3A 3TAMA 4HHTA 1BL3A 4K8XA 2WONA 5C25A 1QHTA 4CHQA 3SUQA 4KI4A 2BGGA 4XIUA 3OYNA 4DFKA 3D0PA 4CJFA 4HCCA 2EX3A 1GOBA 1J54A 4E7LA 1U48A 1T03A 3OYKA 3QIPA 2IC3A 1SV5A 4C8MA 3O4QA 3RRHA 4FJKA 4FK4A 3SI6A 3AVAA 4FJJA 3PX4A 2G8KA 3HYFA 4FLUA 1RTDA 3MXIA 3D45A 1LAVA 1RT4A 4EP4A 1BI4A 2RKIA 3ULDA 1BIZA 1QE1A 3VA0A 2W42A 1K6YA 1RDBA 3AVBA 3SV4A 3ZSVA 2HHTA 3LALA 5SWMA 2KZMA 5CYQA 3V1QA 5KI6A 3VQBA 3JYTA 4KFBA 1WAFA 3V1RA 4B9MA 1WNSA 3P5JA 3K57A 3DLGA 3DLKA 1RNHA 5CZ2A 2RN2A 3DYAA 3RTVA 4CIEA 1IO2A 1VRTA 2QKKA 3KTQA 3HP9A 3QNOA 5HRSA 2HMIA 4KTZA 1TVRA 4FJMA 2FBXA 4AHSA 4DTOA 3LZIA 4BDZA 2YKNA 3QLHA 2R7YA 3PX0A 4DTMA 2P51A 3ZSWA 3OYLA 3AV9A 3SV3A 4FJIA 2BE2A 2OZSA 3TI0A 1HMVA 3HJFA 3AVMA 1B9DA 1RT5A 5KGXA 3SNNA 3QO9A 3L3VA 5I3UA 1C0UA 2X78A 3DOKA 4RW6A 3ZSRA 3AA2A 3OYDA 3QEXA 1SKWA 1NK8A 4M3WA 1C1AA 3HL8A 4DLEA 1N5YA 3MEDA 4O4GA 4CGFA 2KFNA 1JXEA 2KFZA 1XWLA 1NK4A 3CFOA 2ATQA 3F9KA 2HHUA 1IH7A 4FJNA 4RW7A 3AA4A 4M3TA 3VQDA 3KLGA 4OPKA 3QERA 2P5GA 4ZHRA 4IG3A 2OPPA 4E0DA 1NOZA 1JLBA 2YHAA 2YNIA 1HJRA 4CGDA 5KGWA 2XY5A 3NFAA 4CIFA 1SL0A 4KHQA 4FK0A 1KFDA 4FW1A 4F3OA 3M8PA 2B5JA 1KVBA 3L3UA 3LZJA 1XC9A 4OLBA 1RT7A 1I3AA 2OZMA 1RTIA 4I9LA 3ASMA 3AVCA 4DFJA 4C8NA 2A1RA 1JL2A 1X9SA 3KJVA 2QKBA 3ZT2A 4FJLA 3SYZA 5FRMA 4CJEA 4CJPA 3CQ8A 4E7KA 3OYCA 4FLZA 4M42A 2YNFA 3L2VA 1WSIA 5C42A 3OS0A 1GOAA 3AO3A 3M8SA 3QETA 4FVMA 2GV9A 3SZ2A 1TKDA 4KHWA 3MXJA 3NH1A 4ID5A 4DF4A 1A5VA 4AHUA 4ELUA 4CERA 2VWKA 2LSNA 1FKOA 1S1XA 4M41A 3KK3A 2XHBA 4RW4A 1SL1A 1D9DA 2G8VA 1C0TA 3NCIA 5FRNA 1VSEA 4OKJA 4NYNA 4QCLA 1XHZA 2EHGA 4RW8A 2HHQA 2KTQA 1RTJA 4B9LA 1CXUA 1U49A 3HP6A 5KRTA 1Z25A 3TAFA 3OS2A 4DFPA 2PYJA 3RR7A 4B9NA 4AHTA 3JSMA 2E6MA 4GVMA 4E89A 4FXDA 1VSHA 4FJHA 2HNDA 1QQCA 4BDPA 1A5XA 2E4LA 3L2QA 3HXMA 4KPYA 1IKVA 4DQPA 3FFIA 4OVLA 1J53A 3LANA 4E1NA 1S1TA 5HRRA 4CJKA 3SPYA 1X9MA 3MAQA 2QK9A 2D0CA 3VQ7A 3SQ0A 2G8UA 4IBNA 3BGRA 2X6SA 3C6UA 4CHOA 3VA3A 3QEVA 4N76A 1DTQA 3AA3A 1ZYQA 1X9WA 4GMJB 3S3NA 3NH0A 5HROA 2FBTA 1QSSA 4Z4IA 1YT3A 4JLHA 5J2PA 3ZT0A 4F8RA 2D0AA 1XI1A 3DRSA 4Z0UA 4QOZB 3K2PA 3ISNC 3TR8A 1JLAA 3V1OA 4HUEA 4M3XA 1LW2A 4JRPA 4CJSA 1FKPA 1Q9XA 3DLRA 3IAYA 4EZ9A 1SUQA 2IAJA 4CFCA 2OPSA 4BE2A 1HQEA 4QAGA 4MFBA 3SQ4A 4CGJA 4BDYA 1ZBHA 1QTMA 1LWFA 4CF9A 4NCGA 4TSXA 3RRGA 4CFBA 4C8OA 1KLNA 2G8WA 1C0MA 2G8HA 4FM2A 1TGOA 4OLAA 3SCXA 3ZSQA 3OJUA 1WLJA 3HVRA 4N47A 3PUFA 4I7FA 3NF7A 4O5BA 4Q0BA 1ZBFA 3NF9A 1RDCA 2Q3SA 4KRFA 3AO5A 3ZCMA 3NF8A 3HVTA 3O3HA 4DQQA 3U6FA 3TANA 1A5WA 1RBVA 4KTQA 1WAJA 3DMJA 3PX6A 4R5PA 1ZBLA 5FROA 3VQQA 4OKEA 3V6DA 3AVGA 3OY9A 3SQ1A 1UA1A 2BANA 1S1VA 1BIUA 4ZTJA 1NOYA 4Y1DA 3AA5X 2Y1IA 3NAEA 4PY5A 1DLOA 3G0ZA 4FJXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HWIA 1IG9A 5FPDA 2HBLA 4YFUA 4BROA 1RBSA 3A5NC 1HNIA 2ZWHA 4WYBA 5BRDA 4LF6K 4CIGA 3V9XA 4F2SA 3EKSA 4DKWA 4DTNA 2QW9A 3OBWA 1WSFA 2Q31A 5FPMA 2ZM6K 2J4RA 4DFMA 4H5VA 4GV9A 2WOMA 3VERA 4CJLA 3B8AX 4CHNA 1WN7A 3O3GA 2GWJA 2BUPA 4IJAA 1HNZK 1IV0A 4EAHD 3CCVN 4BRDA 4WFAL 1NK0A 4J2BA 3ID6A 4OPHA 4GV6A 4YOTA 2UUBK 1S1UA 5C15A 3V81A 2F8TA 4JKGA 4EIAA 3OYEA 4LFCK 4A5BA 4CJQA 3PSFA 4PL7A 3VEXA 2E1ZA 3RMAA 4BWJA 4AQYK 4KHNA 3MN5A 3OJSA 4O8UA 4K25A 3QIOA 3AO2A 3S3MA 4HUFA 2I7NA 4MLHA 3OYJA 4HTLA 1HLUA 5AQFA 4W5TA 1KC8O 1NJYA 3U8XA 3WQTA 4DU4A 1LAWA 3P39A 5JVGL 3THVA 3NVKA 2HHWA 4W5OA 3OS1A 4CFAA 4FLTA 4B8AB 5AFUA 2F8SA 2P9PA 3ATVA 4CF1A 2VGNA 3J80O 1NK7A 1S5JA 5AQXA 4NCBA 4CECA 3LWLA 3VQCA 4DU1A 4B1ZA 2QWLA 1B9FA 3VQAA 3NGIA 1IKWA 4CJVA 3RMCA 5C0YA 4JRQA 4OGEA 1CXQA 1WOQA 3WXIA 1NBWA 2RPIA 1NK9A 3T3FA 3I33A 4OKKA 1VSMA 3RSEA 1XC3A 2YNGA 1VRUA 1J9AA 3V9SA 3CCLN 2DFFA 5AZJB 2VG6A 1S6PA 1TL1A 2O8FA 3HOTA 3LP2A 4CD3A 4CF0A 1NKCA 3SMPA 4FJ9A 1CZ9A 5JS1A 4B3TK 1YVUA 1NM1A 4CJ3A 4CJUA 1I94K 1MWMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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