4NYNA

Crystal structure of rnase h1 from halophilic archaeon halobacterium salinarum nrc-1
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
GGRVHAYFDGASRGNPGPAAVGWVLVSGDGGIVAEGGDTIGRATNNQAEYDALIAALEAAADFGFDDIELRGDSQLVEKQLTGAWDTNDPDLRRKRVRARELLTGFDDWSITHVPRATNERADALANEALDDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of RNase H1 from halophilic archaeon Halobacterium salinarum NRC-1
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Halobacterium
molecule keywords Ribonuclease HI
total genus 49
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2013-12-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13456 RVT_3 Reverse transcriptase-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4nynA00
3B6OA 4BWJA 1VSMA 1VSIA 3S3OA 4Z4FA 1BHLA 3MXJA 3OS2A 3B6PA 1S6QA 4IG3A 3SI6A 3DMJA 3G10A 1NK8A 4FJHA 2Z1GA 4CE9A 1Q8IA 3SV3A 4G1QA 4OKKA 4LSNA 4FK4A 2DTUA 1S1VA 2ATQA 4CJSA 3OYEA 4DTMA 4DU4A 3MAQA 5SWMA 2IS3A 1KRPA 3TAPA 3HPOA 2XY5A 4EZ6A 3WNGA 3G0ZA 4CJKA 4CK3A 1K6YA 2KZZA 1FK9A 2HHTA 4DS5A 1N6QA 1KSPA 1ZBLA 4IFVA 2D0CA 3SQ0A 1X9WA 1C6VA 1KVCA 3HP6A 3KTQA 3VQCA 4E7HA 4FLYA 3AO4A 3NH0A 3I0RA 4FLVA 4DQSA 3RRGA 4KPYA 3TR8A 1ZYQA 4BDYA 2O4IA 2X6SA 2IC3A 2HNZA 3V9ZA 3RWUA 2QKBA 1WSFA 3CFRA 4CGFA 1KLMA 4KHNA 1DLOA 1RTHA 3SUNA 2KZMA 2HVHA 4R5PA 1Q9YA 4I9QA 2I5JA 4FJ9A 2G8FA 1TL3A 1RDAA 4CGGA 4FM0A 5C25A 4K8ZA 4E7LA 2WONA 1T03A 3KKRA 4OVLA 4N56A 4NCAA 4PQUA 5CZ1A 4FJXA 1JKHA 4J2AA 1LWEA 1UWBA 3DYAA 4CJUA 4J2DA 1S9GA 3OYBA 4CJ4A 3QERA 4JS5A 4M42A 1NOYA 4DSLA 2Z1JA 1TKTA 5KI6A 3ZSYA 3OYDA 4DTNA 5J2NA 1KFDA 1NJWA 2FBXA 2VWKA 3IAYA 2VG7A 4B8CA 1Q9XA 3HK2A 4CF8A 5T7BA 4OPJA 5HRSA 4FJNA 3MEEA 4I2QA 1HNVA 4KTZA 5SZTA 3ZSQA 1UOCA 4I2PA 1S9EA 3QEIA 4KHQA 1HJRA 4RW4A 3ZSOA 4CGJA 1NK5A 1HYZA 4O0IA 3SQ2A 2QXFA 5HROA 1EX4A 3ZSRA 1QQCA 5D3GA 3V1OA 3DLEA 1NK7A 3HO1A 4I9LA 3VQ4A 3LP0A 1SKRA 1RT6A 2HHUA 4C8MA 4C8OA 4M3ZA 1JLCA 3K57A 3EY1A 2D5RA 3KLFA 2PZSA 1LWCA 1JXEA 3ZSXA 3ZT3A 4OKEA 3F73A 4DTUA 4WE1A 1TKDA 3PX6A 1I39A 3V9SA 3O3FA 1C0TA 4CEQA 3LWLA 4DTOA 2HB5A 4ID1A 5CZ2A 3MXIA 4M3RA 4CK2A 2D0BA 3L2WA 3QIOA 1IKVA 4GMJB 3I8DA 1C0MA 3CM5A 3AO2A 1B9FA 2RN2A 3OYCA 2ZQBA 2DFHA 1NKBA 1C0UA 3OYFA 4H4OA 1EKEA 3L2RA 3QESA 3VQQA 2W42A 4B9VA 3ZT2A 3RMAA 3V81A 1RDBA 3VQEA 3DLGA 4CJPA 4CF9A 3LDSA 3OYLA 1HNIA 3I0SA 1ZBHA 2HHVA 1RT4A 3AO5A 1B92A 2GV9A 4E7IA 2YNHA 5J1EA 1SL1A 4L8RB 1YTAA 1LW2A 1U4BA 1MU2A 1RNHA 1ASUA 3ZSWA 4M3XA 2DY4A 4Z0UA 2BGGA 2HNDA 1SKWA 1S1UA 4W5QA 3LZJA 4DF4A 4HCCA 2F8SA 5HRNA 1GOAA 4DTJA 4BE1A 1U49A 3PX0A 1IH7A 2HHWA 4FK0A 1SV5A 2P1JA 1CZBA 1CZ9A 4AHCA 3OYMA 4FJJA 1RBRA 4CF1A 1QSYA 5JS1A 2G8WA 3K5LA 1TAUA 1IG9A 4KHSA 4NCGA 4KHWA 3OYAA 4O0JA 4C8NA 3RR8A 4FLZA 4CEOA 2G8HA 3C95A 5J2MA 4JS4A 4FJKA 1LAVA 3KKSA 4Y1DA 5EU7A 2Z1IA 1NK0A 4M3WA 4Z4IA 3RTVA 5FROA 2RF2A 3AA5X 4Z4EA 1GOCA 1RBUA 2A1SA 4W5TA 1LV5A 1N5YA 5KGXA 1BISA 1HMVA 1RT7A 4GW6A 3QEVA 3AA3A 3AVIA 3DRPA 1O1WA 1TV6A 3NF8A 4CHNA 2GBZA 4H4MA 3HSTB 3O4NA 3NH2A 4E7KA 1NJZA 3ITHA 4F4KA 2PYJA 3WNHA 1C1AA 4KV8A 4FLWA 3PUFA 2ITGA 3NGYA 3VQ5A 2Z1HA 1S5JA 1T05A 4E3SA 2OZMA 3D0PA 4DFKA 4KHYA 1IKWA 2B4JA 3HYFA 4RW6A 1YTUA 4CHPA 4N41A 4JLHA 1NK9A 4TSXA 4F3TA 4O5BA 3P1GA 4LSLA 3V9XA 3TAEA 4Y1CA 4N76A 4FW2A 1BQNA 3K2PA 1W9HA 1QHTA 3LAKA 4IFYA 3QEWA 3SJJA 5K14A 4H8KA 2X6NA 3CQ8A 1NK4A 3VQPA 3NCIA 4KHUA 3IG1A 4LD0A 5CY4A 3SCXA 1CXUA 3VQBA 3OS1A 4ZHRA 4Z4HA 4Z4GA 2FBYA 3LP3A 1HQUA 4AHUA 3HT3A 3M8SA 3EYZA 3ALYA 1X1PA 4DSEA 4DQIA 4F8RA 2QK9A 4B9TA 2VWJA 3KLGA 3L8BA 4HVJA 3T3FA 4CFBA 3QIPA 1TVRA 3AA4A 3CM6A 1KLNA 2IAJA 2XRIA 4CEEA 4HCBA 4DTPA 4K8XA 2VG6A 1D5AA 2ETJA 1J9AA 4QCLA 1WNSA 1L3UA 3DLHA 4KI6A 3NF9A 3DRSA 4DQPA 1XC9A 1ITGA 1HYVA 4CJQA 2RKIA 2XY7A 4KI4A 1XI1A 1TAQA 4LH5A 1NJYA 3BDPA 3P5JA 1RT3A 2YHAA 5CYQA 4DMNA 1TGOA 1Y97A 3IS9A 4C8LA 4ICLA 4BE0A 4OLAA 3T19A 3V9WA 3JSMA 3F9KA 4ZTFA 2P5GA 3BGRA 1BCOA 1BIUA 4KFBA 1WAJA 4AHRA 3DI6A 4FM1A 2E4LA 4EP4A 1CLQA 3M8QA 1VSFA 1HPZA 1W0HA 4OGCA 4CIGA 1WSHA 4CGDA 1ZBIA 4OGEA 3O3GA 4FJIA 2OPRA 1NJXA 3U3YA 4KAZA 1WAFA 3AVFA 4AHVA 4W5NA 3KK1A 2YKNA 1QTMA 2Q3SA 3RMBA 1SL0A 4DFJA 1EXQA 1NK6A 1GOBA 1RILA 4KO0A 3ULDA 4HHTA 5J2PA 3T1AA 4CHQA 4FLXA 3ZT0A 3KK3A 4CERA 4AILC 1VK0A 3KIOA 4NYNA 4NCBA 5J2QA 4B9SA 2NUBA 3NF6A 4J2BA 3HVTA 3SYZA 3DM2A 4CIEA 4QOZB 1FKPA 1ZBUA 4HTUA 3K58A 2EHGA 1L3TA 2HW3A 4FLTA 1BI4B 2X74A 4JRQA 3MECA 3C94A 4QAGA 3QNOA 1Z26A 4AH9A 3AVAA 3MEGA 3QNNA 4I7FA 3M8PA 5HBMA 4CFCA 3SUOA 4FYDA 3V1QA 3TAQA 1LW0A 1KTQA 1R0AA 1TL1A 1X9SA 4F3OA 3AVNA 3AVGA 3SUQA 4FW1A 4AHSA 4DG1A 4IDKA 3K59A 2XY6A 2A1RA 3A2FA 2XY8A 1U04A 2YNGA 4KTQA 4BACA 4KB0A 2G8IA 1QE1A 4O44A 4OLBA 4LH4A 2YNFA 4CF0A 3V9UA 4CIFA 1NOZA 3VQ7A 2QKKA 2HMIA 3SUPA 3CG7A 3LAMA 3OYJA 3NH1A 3S9HA 3QLHA 3TARA 1JLQA 1BIZA 4E1MA 4Z4CA 1SUQA 1XHZA 4FJGA 4E89A 3PO4A 2KTQA 1BQMA 4ZTJA 1X9MA 2EX3A 1I3AA 4FLUA 3HP9A 1WN7A 1JLAA 3LPUA 2ZD1A 3NDKA 3SQ4A 3VQ6A 3PX4A 1SL2A 3V1RA 3AVKA 2JLEA 2X78A 3E01A 4RW8A 3KJVA 3RMCA 3DLKA 1UA1A 3U6FA 1WSEA 3KK2A 1S6PA 3HJFA 3SPZA 4MFBA 1VSKA 3O4QA 1RTDA 4DLGA 3HXMA 4CF2A 4CHOA 1VSDA 4KRFA 4KTWA 4GVMA 4FJ7A 4CJVA 3DOKA 3RR7A 2KW4A 3TAMA 4LY7A 2LSNA 4CJRA 4DTXA 4OJRA 4ELTA 1TKXA 3SZ2A 3ZT1A 1JLEA 4BDZA 1IO2A 3KLHA 3KD5E 3V6DA 1BL3A 4CGIA 4O4GA 2OA8A 4C8KA 1RDCA 4M41A 5KGWA 2P5OA 3VA3A 4DQQA 4PUOA 3ZSVA 4CESA 2ZE2A 4YFUA 3SQ1A 5HLFA 3NGZA 4BDPA 1REVA 2FC0A 1JL1A 4FCYA 1ZBFA 1JLFA 2OPSA 2HNYA 1L3VA 1VRUA 1S1WA 3L3VA 5C24A 1RT1A 3K5OA 3AO1A 3QEXA 2HHXA 1D9FA 4J2EA 4CJLA 3CFOA 3L3UA 1U47A 3PV8A 3TANA 3AVHA 4DWIA 3K5NA 3L2QA 1XWLA 5C42A 1ASVA 4RG8A 5DK5A 4CJ3A 3UIQA 4E0DA 2E6MA 2BDPA 2HVIA 1VSLA 2HHSA 3WNFA 3ASMA 1UA0A 3TAGA 4AHTA 4M45A 3EZ5A 3QETA 1BI4A 4DLEA 1NKCA 1S1XA 3ZT4A 3TAFA 4CFDA 1HRHA 1HYSA 1A5VA 3CFPA 4CEAA 1T7PA 4IG0A 3OS0A 1WLJA 1TK5A 2O4GA 3LZIA 1TK0A 4FZXC 4FJMA 4Q5VA 3VQAA 4IKFA 4FVMA 4DS4A 3KLEA 4PWDA 2VG5A 4DFMA 3MXMA 1JLBA 3DLBA 1KVBA 4PY5A 3HVRA 3D45A 1U45A 1VSEA 5KRTA 5E41A 2F8TA 3QEPA 2G8KA 4OPKA 2JGUA 1IKXA 3ISNC 4W5RA 1RDDA 1KCFA 4DU1A 2DFEA 1IKYA 4HUEA 4E19A 3NGIA 3L2VA 1WSJA 3AO3A 2AJQA 1JL2A 1RBSA 1QS4A 3NAEA 4EZ9A 3VQDA 1F21A 1BCMA 4DSKA 2Y1IA 4FJ5A 2B6AA 2D0AA 1EETA 1JXBA 4DTRA 3OYGA 2BANA 3DLRA 4ELUA 4RW7A 3NBPA 3U3GA 1WSIA 2E6LA 3LALA 2KFNA 1ASWA 1EP4A 1QSLA 4B3OA 4DTSA 2OPPA 3CYMA 4JRPA 1J53A 3IRXA 3NFAA 3LP1A 4IBNA 3AVCA 2XO7A 2BE2A 1D9DA 1TK8A 3QO9A 4F2SA 2HHQA 3HM9A 3LWMA 4NYFA 4N5SA 4ID5A 4CEFA 4CJ5A 3OVNA 4B9NA 4B08A 5HRPA 4BE2A 5DMRA 4CEZA 2PY5A 1L3SA 4UQGA 1T8EA 2YV0X 3OY9A 4CJFA 3HL8A 3ZSZA 4CHYA 1KVAA 3L2UA 4HUGA 5I3UA 2OZSA 2DFFA 4KKOA 1YT3A 1KFSA 3PO5A 2PYLA 4ELVA 2KFZA 1L5UA 1RTIA 1LWFA 4DQRA 3NF7A 1B9DA 3THVA 4FZZA 2WOMA 3MEDA 3NE6A 3TWHA 3TABA 4KREA 5HRRA 3DOLA 4E7JA 3KLIA 3S3NA 3SV4A 4OKJA 3SPYA 2KQ2A 4Q0BA 4CECA 2B5JA 3P83D 4W5OA 3OYNA 1A5XA 1NKEA 5I42A 5FRMA 3O3HA 1HQEA 4F2RA 3LANA 3QINA 3VN5A 4CHZA 1RT5A 3AVMA 4CJWA 4CJTA 2OPQA 3OYHA 4XIUA 3DRRA 1XHXA 1VSJA 2RPIA 3AV9A 3C6UA 3FFIA 3V4IA 1RBTA 1DTQA 2P51A 3JYTA 3RMDA 2OYQA 4FK2A 1FKOA 1G15A 2XHBA 3AA2A 1C1BA 1VSHA 2IDOA 4RW9A 4B8AB 3S3MA 4DF8A 2R7YA 2Y1JA 3OYIA 1S1TA 5KRSA 4N47A 4CCHA 4MQ3A 3OYKA 5HP1A 3SNNA 4DFPA 2YKMA 4M3UA 3H08A 4CJEA 3OJSA 1JLGA 1QSSA 4DU3A 1WSGA 2YHBA 1YVUA 4FZYA 3AVLA 1C1CA 1A5WA 2GUIA 4CFAA 4YNQA 4DSJA 3VA0A 1CXQA 3VQ9A 4CEDA 1UAXA 3RRHA 1FXXA 1J5OA 3HPHA 3PY8A 4KB1A 1J54A 4DSIA 3VQ8A 1TKZA 4B9MA 1RTJA 1SKSA 1VRTA 3HPGA 1RT2A 4BWMA 4B9LA 2G8VA 3K5MA 4E1NA 3AVJA 2IGIA 3ZCMA 3OJUA 4FM2A 2FBTA 4FJLA 4HUFA 4DSFA 2G8UA 3WNEA 4M3YA 3C6TA 2YNIA 4CK1A 5FRNA 4EP5A 1RCHA 4CGHA 5FDLA 3TI0A 1RBVA 2IOCA 3M8RA 3AVBA 3KD1E 1BGXT 4PA1A 5JS2A 1DTTA 5CYMA 4CEBA 2F96A 4FXDA 4M3TA 4FJ8A 4B9UA 4O55A 1U48A 1LAWA 3NHGA 2FBVA 3LP2A 1Z25A 1D8YA 5KTQA 3LPTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VSMA 1VSIA 4JKGA 4H0XB 3MXJA 3QFUA 3SI6A 3B6PA 1TUUA 4IFEA 1NU0A 2NNWA 1Q8IA 4LFCK 4NXNK 1S1VA 4DU4A 5HOOA 2IS3A 2XY5A 3WNGA 2Q31A 2QWNA 3G0ZA 2HHTA 5AQNA 4Z94A 1N6QA 4IO8A 2GWKA 2D0CA 1QQNA 1C6VA 4JI6K 4BC2A 1NGCA 4E7HA 3AO4A 1VHXA 3I0RA 4KPYA 1ZYQA 2IC3A 2HNZA 1YITN 3H3OB 3V9ZA 3BP8A 3RWUA 2QKBA 3MN5A 3I33A 2HVHA 1Q9YA 2Q2RA 3CJCA 2QWLA 4DV4K 3VGLA 5C25A 2HSTA 4E7LA 3KKRA 1NGBA 4PQUA 5AQFA 4FJXA 3T7ZA 3CD6N 3C65A 1J6ZA 1NGJA 1OH8A 4CJ4A 1BDGA 1W7AA 4DTNA 3MX5A 4DR7K 5AZIA 3MCPA 1Q9XA 4NLCA 3HK2A 5T7BA 4KHQA 3D2FB 1UOCA 3ZSQA 4DCHA 4RW4A 3FZKA 1NK5A 1HNXK 3SQ2A 4JI5K 3PIPL 1BG3A 1NK7A 4B3RK 1JCEA 3LP0A 4M3ZA 4C8OA 3ZT3A 4CZEA 4OKEA 4WE1A 3V9SA 3O3FA 3C7NB 1C0TA 1BU6O 2ZGYA 5CZ2A 3MXIA 1JJ2M 3EE8A 1HJOA 1SAZA 2J4RA 3QIOA 1QVFM 3CM5A 3AO2A 3QB0A 3JAMO 2DFHA 3AGKA 3OYFA 3BF1A 3ZT2A 4MDBA 3RMAA 2HHVA 1HNIA 1HLUA 1B92A 4X65K 1E4FT 4M3XA 1U4BA 4A2BA 1MU2A 1RNHA 2A5XA 2HNDA 1S1UA 4HCCA 4BE1A 3PX0A 4FK0A 4YDUA 2P1JA 3H46O 4AHCA 3OYMA 4FJJA 4DQ8A 2G8WA 3VERA 4L3QA 1IG9A 3FZLA 4C8NA 3I55N 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VSM A;  1VSI A;  4JKG A;  4H0X B;  3MXJ A;  3QFU A;  3SI6 A;  3B6P A;  1TUU A;  4IFE A;  1NU0 A;  2NNW A;  1Q8I A;  4LFC K;  4NXN K;  1S1V A;  4DU4 A;  5HOO A;  2IS3 A;  2XY5 A;  3WNG A;  2Q31 A;  2QWN A;  3G0Z A;  2HHT A;  5AQN A;  4Z94 A;  1N6Q A;  4IO8 A;  2GWK A;  2D0C A;  1QQN A;  1C6V A;  4JI6 K;  4BC2 A;  1NGC A;  4E7H A;  3AO4 A;  1VHX A;  3I0R A;  4KPY A;  1ZYQ A;  2IC3 A;  2HNZ A;  1YIT N;  3H3O B;  3V9Z A;  3BP8 A;  3RWU A;  2QKB A;  3MN5 A;  3I33 A;  2HVH A;  1Q9Y A;  2Q2R A;  3CJC A;  2QWL A;  4DV4 K;  3VGL A;  5C25 A;  2HST A;  4E7L A;  3KKR A;  1NGB A;  4PQU A;  5AQF A;  4FJX A;  3T7Z A;  3CD6 N;  3C65 A;  1J6Z A;  1NGJ A;  1OH8 A;  4CJ4 A;  1BDG A;  1W7A A;  4DTN A;  3MX5 A;  4DR7 K;  5AZI A;  3MCP A;  1Q9X A;  4NLC A;  3HK2 A;  5T7B A;  4KHQ A;  3D2F B;  1UOC A;  3ZSQ A;  4DCH A;  4RW4 A;  3FZK A;  1NK5 A;  1HNX K;  3SQ2 A;  4JI5 K;  3PIP L;  1BG3 A;  1NK7 A;  4B3R K;  1JCE A;  3LP0 A;  4M3Z A;  4C8O A;  3ZT3 A;  4CZE A;  4OKE A;  4WE1 A;  3V9S A;  3O3F A;  3C7N B;  1C0T A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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