4O0JA

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor (2s)-tert-butoxy[4-(4-chlorophenyl)-6-(3,4-dimethylphenyl)-2,5-dimethylpyridin-3-yl]ethanoic acid
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
154
structure length
140
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A New Class of Multimerization Selective Inhibitors of HIV-1 Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Integrase
total genus 49
structure length 140
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4o0jA00
4CIEA 4FYDA 2VG7A 3V6DA 3HVTA 3EYZA 1QSYA 1RTHA 5C24A 4ZTJA 4ELVA 4DQRA 2DFEA 4XIUA 4CK2A 4LH5A 4F8RA 3KIOA 1QSSA 1HYVA 1UOCA 3IG1A 4BDYA 4E0DA 3OY9A 3ZSOA 2VWJA 4IG3A 3PO4A 4FK0A 1FKOA 1HYZA 4Z4FA 4J2BA 1WSFA 5HRPA 3ZSZA 4K8ZA 4DSEA 4DSJA 1WNSA 1ASUA 3ULDA 3LP3A 4B9UA 3SUQA 3NGZA 4OKEA 3SYZA 1FKPA 4CJRA 3O3HA 4CF2A 3AVLA 4NCGA 1XC9A 4RW8A 2YHAA 4O4GA 1S6QA 4DTNA 4DFJA 2PYJA 2F96A 2Q3SA 3DLBA 4B9VA 4AH9A 1A5XA 4F3OA 4OGEA 4N47A 2A1RA 2F8SA 2P1JA 4FJHA 3S3OA 3P5JA 1TV6A 2QXFA 3CFOA 4CJEA 1C0TA 4JLHA 3QEIA 4NCBA 2RF2A 4KFBA 1RT2A 2HMIA 2FBTA 4CFDA 3TAQA 3VQAA 1UWBA 4IFVA 4FJMA 4Z4IA 2GUIA 3C6TA 4DF8A 3SJJA 4IFYA 3S3MA 1LV5A 2PY5A 1QHTA 1N6QA 1I39A 3K57A 3TWHA 4DU3A 4KTZA 1IO2A 4BE1A 1X9MA 3AVGA 3NCIA 4CF0A 3L2WA 4B8AB 2HVHA 1ZBHA 3QIPA 4AHUA 1XHXA 4KPYA 4NYNA 4CFAA 5C42A 4M41A 2R7YA 3SPYA 2KZMA 1U45A 4IG0A 4LY7A 3VN5A 5KGWA 3DRRA 2OZMA 1B9FA 3NF8A 4M3WA 2XY5A 3ZSQA 1BI4B 1RT5A 4DU1A 2XY7A 3DRPA 4E1MA 3OJUA 4DTJA 4CGFA 5J2QA 3KTQA 1IH7A 2QKKA 3NGIA 4DQQA 3NF9A 1CLQA 3LZJA 3MEGA 4CJLA 2IC3A 3ALYA 3QNNA 5JS1A 4E3SA 1KVBA 1UAXA 1HYSA 2ZE2A 3DI6A 1VSMA 1SL0A 4KHNA 2X78A 4CJTA 3VQQA 1KVCA 1A5VA 3NFAA 1G15A 3AA3A 4EZ6A 4HCCA 3AO3A 3HP9A 4DTUA 1JLQA 2EHGA 3WNHA 2B6AA 3T3FA 3K5OA 2KZZA 3DMJA 5FDLA 4G1QA 1L3TA 3SV4A 2G8IA 1S1XA 2ETJA 4CJUA 1EKEA 4DTRA 1RDDA 1L3UA 3ZSYA 3LZIA 2XY6A 3DM2A 2KFNA 4KHYA 4FXDA 3QINA 1HJRA 4DTXA 1TVRA 1VSEA 4CGIA 4ID5A 3AA2A 4IDKA 3QO9A 3V1QA 4FM1A 2HHVA 2HB5A 5FROA 1YVUA 4DF4A 4DSLA 5C25A 4M3XA 1CZ9A 3CFRA 3A2FA 1TKTA 3OYMA 1GOBA 3M8QA 4O5BA 1TL1A 1RBRA 1WLJA 3L2VA 3HP6A 1U04A 2XHBA 2OPPA 3SQ0A 2Z1HA 4W5RA 2VWKA 4M3RA 3KD1E 2KFZA 4NCAA 2YNFA 1WN7A 3AVJA 4DFKA 4N76A 1T05A 1ASWA 1IKVA 1C6VA 3VQ9A 4B9TA 4FJ9A 2ATQA 3JYTA 3NH1A 1YTAA 1L5UA 1EX4A 1S9GA 1BI4A 1LAWA 3DLKA 3KK3A 3S3NA 2B5JA 4RW7A 4AHCA 5HRSA 3NAEA 1W0HA 4E7HA 2YV0X 4CIFA 3I0SA 1SL1A 3DYAA 1NK7A 1Q9XA 3THVA 1VSKA 2HHTA 4O0JA 1B9DA 3O3GA 3M8SA 1LWCA 4CF8A 3U6FA 4CFCA 4Y1DA 4FJ5A 5CYMA 1B92A 5JS2A 1ZBLA 2GBZA 4H4OA 1J54A 1WSIA 3T1AA 4ZHRA 3IAYA 4KB1A 2F8TA 3ZT4A 4DQIA 3OS1A 1LW0A 3RR7A 5HLFA 3OYCA 3V1OA 4CJ4A 1D9FA 4N41A 1HQUA 5HRRA 4E89A 3ZT1A 1NK9A 1QS4A 4CE9A 3HSTB 3VA0A 3QIOA 4DU4A 1R0AA 3QESA 4C8NA 3ASMA 3QERA 4QOZB 1WSJA 4HUGA 3VQEA 1NJZA 3V4IA 3TI0A 1ZBUA 3VQDA 3VQ8A 3OYAA 3L8BA 3LANA 4M3TA 1T7PA 3BGRA 5FRMA 2KTQA 1QE1A 1ZBIA 3NGYA 3KLHA 3MECA 2YKMA 3G10A 1RT6A 4DSKA 1LAVA 1RDBA 1ZBFA 3ZSXA 2ITGA 2KW4A 1WSEA 3OVNA 4DTOA 1Q8IA 2IGIA 4OLAA 3V1RA 4LSLA 3NHGA 2O4GA 4JRPA 3AA5X 3L2QA 3AVFA 5CZ1A 1QQCA 4LH4A 4YNQA 2G8UA 1UA0A 3PX6A 1TKZA 1XI1A 1DTTA 5KGXA 1IG9A 3SV3A 3P1GA 4FM2A 1L3SA 3LP1A 4FM0A 1VRTA 3OYJA 3KK1A 4FLXA 4OKKA 5K14A 3QNOA 3SQ2A 4M3YA 4Y1CA 2HNZA 3G0ZA 3KLIA 3HL8A 1J9AA 3I0RA 3TAEA 1XWLA 4B9NA 2BDPA 3MXJA 4CEOA 4B3OA 4CCHA 3PV8A 2HVIA 3VQPA 1S1VA 4Q0BA 1TK8A 1U4BA 4H4MA 1VSIA 2FBXA 3ZSWA 1KLMA 3IS9A 2Z1IA 3KJVA 4KKOA 4DTMA 4BDZA 4CEFA 3AO2A 2DFHA 3NBPA 1NOYA 3K2PA 1KRPA 1QSLA 5HROA 1EP4A 3MAQA 4KREA 3DRSA 2YHBA 2NUBA 3K5NA 3QETA 1TGOA 3LP2A 4YFUA 4FJGA 1RDCA 4J2AA 3ZCMA 2OA8A 2HHQA 4Z4EA 2QK9A 1C0UA 1ZYQA 1D9DA 1RILA 4Z4GA 3HPHA 2X74A 3V9WA 5J2NA 4JS4A 3V9XA 3ZSVA 2P5GA 2YNGA 3OYDA 2E4LA 4KV8A 4ZTFA 2XRIA 1K6YA 4M45A 5DMRA 1BQMA 1C0MA 4KTQA 5I42A 3K5LA 1HPZA 1GOCA 2VG6A 1BISA 4BE2A 2HHSA 4ID1A 4CEAA 4CEBA 4PWDA 3VA3A 1JLBA 1CXQA 4BE0A 3PUFA 4BACA 1NK4A 3OYLA 3JSMA 1JLCA 1W9HA 3NF7A 5CYQA 4FK2A 2D0BA 4OGCA 4QAGA 4E7LA 2YNHA 2E6LA 3T19A 4CHQA 4CGHA 3OJSA 4FJLA 3FFIA 3L3UA 1U48A 1YTUA 4E7KA 2RKIA 4H8KA 1JKHA 1JL2A 3RMBA 3CYMA 4OPJA 4EP5A 3LALA 2WONA 3O3FA 3OYHA 4HCBA 1F21A 3DOLA 4FLZA 1LWFA 3C94A 4GMJB 4EP4A 2HHWA 4DSIA 2OZSA 1TAUA 3AA4A 4DLGA 4HUFA 4J2DA 3LAMA 4AHVA 1WAFA 4I2QA 4FLWA 1BHLA 1NKCA 2JLEA 4CJSA 3KLGA 4ELUA 3QEVA 3NE6A 4CGJA 4PY5A 2P51A 1ITGA 4FJXA 4CEDA 4CJ5A 1UA1A 2G8WA 2Y1IA 4C8KA 3E01A 2Z1JA 3AV9A 3CM5A 3LWLA 1BIZA 3RMDA 3SI6A 2X6SA 1JLGA 3NDKA 1LWEA 1BCOA 1JXBA 5D3GA 4KRFA 3PX4A 1S5JA 1SV5A 3VQ5A 1NJXA 3TAFA 3ZT2A 3KK2A 4F4KA 4PUOA 4CJ3A 1JLAA 5J2MA 1C1BA 1FK9A 1BIUA 1REVA 1RCHA 1S1WA 3AVIA 1RTJA 4W5QA 1T8EA 2G8KA 1I3AA 5HBMA 4CK1A 2HW3A 3VQBA 1RT3A 3B6PA 3HXMA 4DTPA 1MU2A 2IOCA 4B9LA 1D8YA 4W5NA 4FVMA 4OVLA 3C95A 4CJVA 3RMAA 4FJ7A 3I8DA 4B08A 1NK5A 4KI4A 1KCFA 3KLFA 2AJQA 3LP0A 1KTQA 3VQ4A 4OPKA 5FRNA 3K59A 2BANA 4FLVA 4DFMA 4CEQA 3CFPA 1KFDA 1HMVA 4TSXA 5HRNA 4DS5A 3SQ4A 1IKYA 5E41A 3AVAA 2GV9A 4KO0A 2B4JA 4N56A 2O4IA 3TABA 3NH2A 4KHQA 2JGUA 4DMNA 2LSNA 4O44A 3ZT3A 3HM9A 4DQSA 1RT1A 3TARA 1KLNA 4W5TA 3HO1A 2OPQA 1RT4A 1WSHA 1Q9YA 4JS5A 4M42A 3OYFA 1Y97A 3CQ8A 1VSDA 4CHOA 3OYIA 1IKXA 5KI6A 4FLYA 2Y1JA 1NK0A 4E19A 3BDPA 4DLEA 1DTQA 4Z0UA 1RTIA 3L2UA 3SCXA 4C8LA 2YNIA 4GW6A 3TAGA 1NJWA 1EETA 3PX0A 1SKRA 1KVAA 2DFFA 1BQNA 3P83D 3DOKA 3AVCA 1TL3A 3PO5A 1YT3A 5CY4A 1L3VA 3OYBA 2G8HA 4KHSA 4LSNA 3WNGA 5EU7A 3QLHA 2RPIA 2QKBA 2X6NA 1DLOA 4Z4CA 3AVNA 1VSHA 3F9KA 1SL2A 4ICLA 3HT3A 4CJPA 3RMCA 4KI6A 3C6UA 2IDOA 4CF1A 4FW2A 2Z1GA 2BGGA 3F73A 2HHXA 3RRHA 1X1PA 4F3TA 4RW4A 4DFPA 1X9SA 1NKEA 3ZSRA 4L8RB 3MXMA 4CHPA 3HVRA 1VRUA 4CEEA 4DS4A 3WNEA 5KTQA 4FK4A 4K8XA 2IS3A 4C8MA 1LW2A 2KQ2A 4AHTA 4CHZA 1KSPA 4KB0A 1TKDA 2OPSA 1WSGA 3EZ5A 4R5PA 4FLUA 1RBVA 4Z4HA 4NYFA 4JRQA 3AVKA 2OPRA 2HNYA 3MEEA 4FJ8A 3SQ1A 5SZTA 2XY8A 2FBYA 4BDPA 4B8CA 3DLRA 3AO1A 1IKWA 4FW1A 4OJRA 4CIGA 3HK2A 3RWUA 4M3ZA 1JL1A 1HNIA 3TAMA 1NJYA 3MXIA 3LWMA 1VSLA 1U49A 4FZXC 4HHTA 4UQGA 3L2RA 3HJFA 4FJKA 4CESA 1VSJA 1X9WA 3SPZA 1KFSA 2E6MA 1Z26A 3LDSA 3V9SA 3L3VA 4FJIA 1SKSA 1HRHA 1J5OA 3ISNC 1BCMA 1QTMA 4W5OA 4RW6A 4FJJA 4KTWA 2VG5A 1WAJA 3VQ7A 4OLBA 4F2SA 1HNVA 2FBVA 1GOAA 1JLFA 1NK8A 3IRXA 4I2PA 4OKJA 4DG1A 3PY8A 3O4NA 1N5YA 4IKFA 4KHWA 5CZ2A 2IAJA 3AVBA 1U47A 4M3UA 2HHUA 2FC0A 3OYEA 3LAKA 1BL3A 5HP1A 4CJWA 3UIQA 1FXXA 4RW9A 1TK5A 3OYKA 3AO5A 3QEWA 4FZZA 5SWMA 4F2RA 2W42A 4CERA 4CGGA 2P5OA 1O1WA 1C1AA 3QEPA 3AVHA 2XO7A 4DSFA 3OYNA 3DLEA 1VSFA 1BGXT 3CG7A 3NF6A 4MFBA 2EX3A 4E1NA 4AILC 3SUNA 4FZYA 5I3UA 2D5RA 2D0AA 3S9HA 4CECA 4CEZA 3D0PA 1RDAA 1S1TA 4J2EA 4O55A 3M8RA 1T03A 2OYQA 1SKWA 1RBSA 3NH0A 3WNFA 4BWMA 3OS2A 2ZD1A 3VQ6A 3HYFA 4LD0A 4Q5VA 3K58A 4FJNA 4PA1A 4B9MA 4CJKA 2RN2A 3OYGA 2I5JA 2PYLA 3VQCA 5KRTA 1J53A 1JLEA 3TAPA 5KRSA 2YKNA 4DWIA 4AHSA 4I9QA 3KKRA 3M8PA 4HTUA 1RT7A 3SUOA 2BE2A 1EXQA 3CM6A 1TKXA 3ZT0A 4DQPA 3ITHA 4FLTA 4CK3A 1NK6A 3DLHA 3RR8A 3LPUA 4CF9A 1S9EA 3U3YA 5J1EA 4C8OA 4KAZA 2PZSA 3QEXA 3V9UA 4CJQA 4O0IA 2G8VA 2A1SA 3U3GA 4CGDA 4FCYA 2G8FA 1S6PA 3TANA 1JXEA 4E7JA 4CFBA 1D5AA 1RBUA 3AVMA 4CJFA 3KD5E 3RTVA 3KKSA 4EZ9A 4GVMA 1Z25A 4I7FA 1S1UA 1RNHA 3SZ2A 5DK5A 2ZQBA 4B9SA 3MEDA 1RBTA 5J2PA 1CXUA 1A5WA 1RTDA 2DTUA 3K5MA 4CHNA 4WE1A 4DTSA 4RG8A 1C1CA 1HQEA 5T7BA 3TR8A 3SUPA 2DY4A 2WOMA 2HNDA 1XHZA 4HVJA 4BWJA 1NKBA 3B6OA 4KHUA 3LPTA 4PQUA 3AO4A 1TK0A 1NOZA 3V9ZA 1ASVA 4MQ3A 3KLEA 3RRGA 3SNNA 4QCLA 4ELTA 4AHRA 3HPGA 4HUEA 3H08A 3V81A 1TAQA 3DLGA 4E7IA 2D0CA 4CHYA 3EY1A 1SUQA 3OS0A 3D45A 4IBNA 1CZBA 3O4QA 3HPOA 1VK0A 4N5SA 4I9LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DV3K 4FYDA 4IWVA 1QSYA 3G71N 4DQRA 1WBBA 5LJVA 4CK2A 5C12A 5LJWA 4BDYA 4FK0A 1GLBG 4Z4FA 4DHYA 4J2BA 3DXKB 3ZSZA 4K8ZA 2IVNA 4DSJA 3CD6N 1ASUA 3NGZA 4OKEA 4PKGA 4CF2A 1XC9A 4RW8A 2YHAA 4O8UA 3P39A 3DLBA 4AH9A 4F3OA 3OBWA 5BRDA 4FJHA 4BREA 2RF2A 4KFBA 4MO4A 4CFDA 4DUYK 1TUUA 3GE1A 4BRNA 4IFYA 1QHTA 1I39A 1IO2A 4K0KK 4B1WB 1O13A 1ZBHA 3QIPA 1E3MA 4NYNA 2KZMA 2OZMA 3NF8A 4M3WA 2XY5A 2XY7A 4DTJA 1FJGK 2VGMA 1KAZA 3NGIA 3NF9A 1CLQA 4KH4A 5FPEA 3QNNA 4ILGB 4E3SA 1KVBA 2ZE2A 2O8FA 4CJTA 5EOYA 3VQQA 1KVCA 4HCCA 4DTUA 1JLQA 2EHGA 3K5OA 1L3TA 4G1QA 2G8IA 1BOTO 1EKEA 2XY6A 3OHRA 2O8EB 1Q82O 4DTXA 4OPHA 4CGIA 4ID5A 5B8HA 3VERA 4FM1A 2HHVA 2HB5A 3ENBA 4B3RK 4B3MK 4DSLA 5F0XA 1N8RO 2P9SA 3CFRA 3I33A 1TKTA 1HKBA 1XQSC 2QI2A 1JCEA 4L3QA 3HP6A 2XHBA 2OPPA 4A2BA 5TKWA 4YOYA 4W5RA 3BZCA 4M3RA 3D6RA 1XMOK 3KD1E 2ASOA 4N76A 1T05A 1ASWA 3VQ9A 1GLCG 3JYTA 3UB5A 3PO4A 1KAXA 1U2VB 3J80O 2YV0X 4CIFA 1VAZA 1HNZK 3THVA 4O0JA 3M8SA 1LCUA 4CF8A 4Y1DA 1B92A 4XH4A 1ZBLA 2GBZA 4H4OA 1J54A 3ZT4A 3OS1A 1LW0A 5HLFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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