4O55A

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor (2s)-tert-butoxy[6-(5-chloro-1h-benzimidazol-2-yl)-2,5-dimethyl-4-phenylpyridin-3-yl]ethanoic acid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A New Class of Multimerization Selective Inhibitors of HIV-1 Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Integrase
total genus 45
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4o55A00
4DSLA 2YNFA 4CJRA 1NJXA 4FK2A 4FZYA 3D45A 4GW6A 3RMBA 4KREA 1FKOA 4HHTA 1QS4A 1L3SA 3L3UA 1SKRA 4CEZA 3AVFA 3QEWA 4ID1A 4B9VA 4W5OA 4DQSA 5K14A 3VA3A 4HCBA 4F3OA 1Z25A 1NK9A 3AVIA 3DI6A 4KFBA 4LY7A 3WNGA 3DLBA 1A5WA 4FJNA 4C8OA 4CK2A 4HCCA 1QSYA 3PX4A 2KFZA 3ZSVA 3RMDA 1KSPA 4DQRA 3SJJA 2KQ2A 3TR8A 2D5RA 4EZ6A 4C8LA 4I2QA 4FM2A 2QKBA 3PO4A 2HHSA 4AHCA 1VSIA 4O0JA 4CIGA 3I0SA 1S5JA 1TKZA 2GBZA 5HBMA 1O1WA 5C25A 1SL2A 4B9LA 1BISA 3AA5X 3B6PA 3LALA 4RG8A 5KGWA 3WNHA 4J2DA 3E01A 3NF6A 1UOCA 3O3GA 2BANA 2P51A 1YTUA 1RBTA 3SCXA 1ZBUA 1KLMA 3DM2A 1NK7A 1D9FA 1S1VA 5HROA 2JLEA 2FBVA 3C95A 3OVNA 4DQPA 4N76A 2YKNA 3QNOA 3V4IA 4Z4GA 2RN2A 1ASVA 3AVNA 2OZSA 4UQGA 2NUBA 4FM0A 1CXQA 4CHOA 4OJRA 4EP5A 3SZ2A 3V81A 4WE1A 1QE1A 5T7BA 3S3NA 3B6OA 1J54A 3RMCA 3A2FA 1BCMA 3L2QA 3NFAA 4CJ4A 3TAEA 3MXIA 1HPZA 4DSIA 2GUIA 4DLEA 4CHPA 2HHUA 3HT3A 2XRIA 1JLEA 2PY5A 4NCGA 1UWBA 2X6SA 4AHTA 4DG1A 3KLGA 4KHYA 2G8IA 2B4JA 1VK0A 2HB5A 4F8RA 4O44A 2HNYA 1C0MA 3NF7A 3ZT3A 3EZ5A 1C1BA 2KZZA 4O55A 5CZ1A 3O4QA 3OYMA 1VSEA 1QTMA 3HSTB 4IKFA 3V6DA 1RT1A 1RDDA 4CEDA 3NH0A 4FXDA 3M8RA 1IKYA 3NGZA 4I7FA 3NH1A 5CYQA 2DY4A 2FC0A 2X74A 4FZXC 4FLZA 3AVGA 5KI6A 4Z4HA 3HVRA 3AVJA 1XC9A 1RDCA 1KFSA 4FJMA 3UIQA 1WSJA 1D5AA 3RR7A 1ITGA 1S6QA 2OPPA 3DLKA 4CESA 1BIUA 3V1OA 5J2PA 3SQ2A 5CZ2A 3KLEA 4JRPA 1W9HA 5J2QA 2PYLA 1A5XA 5DMRA 1B9FA 3VQPA 4M42A 1VSKA 4DS4A 3SI6A 3AVHA 3LDSA 2B6AA 3AO1A 1JLQA 2RKIA 4KKOA 4AHVA 4BDZA 3PX6A 1VRUA 4CE9A 1S9EA 1RT4A 3OYCA 1KFDA 4CF9A 4CK3A 2HW3A 3DRSA 4KO0A 4FJ9A 1UAXA 4KAZA 1RTDA 4DMNA 1X1PA 1U47A 3ZT2A 3V9WA 4HTUA 1RT3A 2X78A 3HXMA 1Q9XA 3QEIA 1QSSA 1IG9A 4DF8A 4EZ9A 4H8KA 4CJFA 2Z1GA 4H4OA 5HRNA 3MAQA 1RT5A 2EHGA 3QEPA 5CY4A 4YNQA 3ZT1A 4E7HA 3TANA 1NJZA 1NOYA 1K6YA 3PO5A 4GMJB 3P5JA 2F96A 3LAMA 4MQ3A 2KZMA 3LZIA 3VN5A 2IOCA 2YKMA 4RW8A 1LWFA 2XY8A 5SWMA 1VSDA 2D0BA 3KKSA 1WAFA 1HJRA 4AHUA 4B9UA 2IDOA 3G10A 1BGXT 3CM5A 4M3RA 1SL0A 4CHYA 1IKVA 3AVKA 4DSEA 4M45A 1MU2A 1L3UA 3MEGA 3V9ZA 2G8HA 3G0ZA 3QLHA 3SUOA 4J2BA 1VSJA 4I9LA 5KGXA 4B8AB 1RILA 3AVMA 4W5QA 2OZMA 4E7JA 3SPYA 3ZT0A 4NCAA 3HL8A 4CF1A 4DSFA 1CZ9A 1NKCA 4KV8A 1RTIA 3NCIA 3KLHA 4DTNA 2HHVA 4W5RA 3DRPA 5JS1A 4FK4A 1Z26A 4JS4A 3QNNA 3RTVA 1FKPA 4GVMA 3L8BA 4H4MA 3SV3A 4NCBA 1RT6A 2F8TA 2WONA 4B9SA 4DS5A 4OLBA 3OYFA 1DTTA 3QIPA 4OKKA 2VG5A 2XO7A 2G8KA 2G8WA 2F8SA 3L2RA 3SV4A 2PYJA 3AV9A 3KD5E 1TKXA 4N41A 5D3GA 4FVMA 4CERA 4CFCA 1WLJA 3DLEA 1FK9A 3AVAA 4DU4A 5J2MA 4F2SA 4JLHA 1RNHA 2ZQBA 1N6QA 5FRMA 2DFHA 3OYEA 3IAYA 4DFPA 3OJSA 2VWJA 4CEBA 3NBPA 4CJVA 4CJWA 4DLGA 1IKWA 3AVLA 3PUFA 3AVBA 3SYZA 2HHXA 1BI4A 3TAQA 3QEVA 4IG3A 1WNSA 5I3UA 1TL3A 2FBTA 3ZSRA 2LSNA 3KLIA 4CJPA 2RPIA 1LAWA 2Z1JA 4E3SA 2X6NA 1TK5A 3K2PA 4CJTA 1JLBA 4XIUA 1KVCA 3LP1A 4CK1A 3DYAA 5FDLA 1JLAA 2FBXA 4K8ZA 3K5MA 2QXFA 4DF4A 4Z4FA 4B08A 1RCHA 3AO3A 4CEFA 4E1NA 3OYIA 4ICLA 3L2UA 4PWDA 4DFJA 1HMVA 1L3TA 3P1GA 5FRNA 1NJWA 1IKXA 3K5LA 4M3ZA 4CEQA 1F21A 1HNVA 4OVLA 3ZSYA 3LANA 3V9XA 3QETA 3KTQA 3HP6A 5EU7A 2YNGA 3SQ4A 4CIFA 4FJJA 2PZSA 1C1AA 2BE2A 4FLTA 2YNHA 3AA4A 4RW7A 3WNFA 1BCOA 2YHBA 4CCHA 1LWEA 3AO4A 4CGIA 3SUNA 3SPZA 4FJHA 4ELTA 4CF0A 1ZBIA 1TV6A 1HQEA 2YNIA 2A1SA 2HNDA 2O4GA 5DK5A 5JS2A 3SUQA 3S3OA 1SKSA 1RBVA 4HUGA 3H08A 2HVIA 3AVCA 4FLWA 3KK3A 3L2VA 2W42A 4CGFA 4E89A 4CGJA 1EXQA 3QESA 3KKRA 5HRRA 2E6MA 3ZT4A 1CLQA 3TAGA 5KRTA 4Z4IA 4KHQA 1DTQA 3HM9A 3HYFA 1CZBA 3VQBA 1LV5A 4ELVA 3QINA 4AHRA 3QEXA 3PV8A 2HNZA 1ZYQA 4CJ5A 5SZTA 3NF9A 3V9SA 4DTOA 4R5PA 2P5GA 4ELUA 4CECA 3OYLA 1SV5A 2WOMA 1C0UA 4CJEA 2QKKA 1RT7A 4DTSA 1KVBA 2DFEA 3LPTA 3VQ6A 1R0AA 3VQ5A 4CJUA 4Q5VA 1TL1A 4F2RA 4DU1A 2XY5A 1U4BA 5KTQA 1A5VA 2XHBA 4KRFA 3OYNA 4FJXA 2HHTA 4IFYA 3NDKA 3NGIA 1TGOA 2IAJA 3ZSWA 3K58A 1VSMA 2YHAA 4CHZA 1L3VA 1I39A 4J2EA 3I0RA 2Z1IA 3TWHA 3L2WA 3EYZA 4FJLA 4PA1A 4CGDA 4CF8A 1RT2A 2IC3A 3CM6A 4AILC 4DFMA 3LAKA 1TK0A 1G15A 4PUOA 2Q3SA 4HUEA 1I3AA 3ASMA 3HVTA 5E41A 3EY1A 2JGUA 3TABA 3DOKA 4DWIA 4N56A 4CIEA 4BE2A 4CGGA 4YFUA 4J2AA 3TARA 3ZCMA 5J1EA 4O5BA 2HHWA 4DSJA 3TI0A 4E19A 2OA8A 1JLFA 1TVRA 4OKJA 4IFVA 3TAMA 4OGCA 4CJKA 4FCYA 4IBNA 4M3XA 2VG7A 4DTUA 3NE6A 3MECA 4DSKA 3OYGA 4G1QA 3CG7A 4FJKA 4QOZB 4E7LA 4CEAA 4CEOA 1C1CA 1U48A 3SQ0A 1ZBFA 4TSXA 3SUPA 1D8YA 4M3TA 3JSMA 4KHSA 4KHWA 2ATQA 3K5NA 4RW9A 1L5UA 1YVUA 4KTWA 3KJVA 3U3GA 4OPKA 3T3FA 1T8EA 3DLGA 3RR8A 4LH5A 4FZZA 4Z4EA 4CJLA 4Q0BA 1BQMA 4CFBA 1EKEA 4DQIA 1JXBA 1NK5A 3SNNA 1ASUA 4NYNA 3T19A 1FXXA 3OYJA 3HK2A 4B9MA 2XY7A 1B92A 3NAEA 3CQ8A 1T7PA 2I5JA 3P83D 3AA2A 4FLXA 1HYVA 3KK2A 3KLFA 1LAVA 4FJGA 4OKEA 4W5TA 1NK6A 2O4IA 1C0TA 3OS1A 4KB1A 4LSNA 3VQCA 2VG6A 4HUFA 1SKWA 1D9DA 2G8FA 1SL1A 1HNIA 2IS3A 3K59A 3V1RA 3V9UA 3VA0A 1UA0A 1U04A 4Y1DA 4CHQA 4RW4A 4W5NA 4B3OA 1WSGA 3NF8A 2Y1IA 3SQ1A 2OYQA 4M3YA 1SUQA 4K8XA 3HPHA 2E6LA 1RBUA 3LP3A 4BE0A 3ISNC 3CFRA 1NKBA 3WNEA 3BGRA 4B8CA 3QERA 3LWMA 4F3TA 1VSHA 5HRSA 1KVAA 2Z1HA 3NGYA 1BHLA 1J9AA 4FLUA 1EP4A 4LD0A 3ITHA 1GOCA 3AO2A 4BWMA 4AH9A 1NK8A 3RRGA 4DTJA 1VSFA 1WSFA 1HRHA 4FLVA 3VQAA 1X9WA 1EETA 4C8MA 2YV0X 5I42A 3QO9A 3HP9A 4CGHA 1RDAA 1ZBLA 1TAUA 4I2PA 4Z4CA 3MXMA 3K5OA 4QCLA 4BACA 3MEEA 4NYFA 5FROA 4FJIA 4FK0A 3C94A 2XY6A 2P1JA 3TAFA 4FJ8A 1LW0A 3DLRA 3VQ9A 4E1MA 2ZE2A 3M8QA 1JKHA 1JL1A 1TKDA 3U6FA 4KHNA 4DTXA 2R7YA 4CEEA 4DFKA 4I9QA 1T05A 3F9KA 4PQUA 3DRRA 4O4GA 3OS2A 4L8RB 1BQNA 4M3WA 1RTHA 2HMIA 3RWUA 1HYSA 4F4KA 3ZSOA 2E4LA 2BGGA 4OGEA 3ZSQA 1DLOA 1CXUA 1LW2A 3S9HA 4CHNA 1RBSA 2IGIA 4ZHRA 3TAPA 1RTJA 4C8NA 2RF2A 3OYBA 1N5YA 4FJ5A 1IO2A 1WSHA 1JL2A 3ZSZA 4DTRA 1REVA 3IG1A 1S1UA 3ULDA 3DOLA 3QIOA 3IS9A 1NJYA 1YTAA 2ITGA 4FM1A 1HQUA 3OJUA 3LP2A 3OS0A 1B9DA 4LSLA 4KI4A 1Y97A 3IRXA 3ZSXA 1U49A 1XWLA 4KB0A 2AJQA 4AHSA 3OY9A 2P5OA 1WSIA 3AA3A 5HP1A 1TKTA 3VQ4A 3CFPA 3CYMA 1WSEA 3O3FA 3LZJA 4CJSA 2B5JA 2D0AA 4DTMA 3HJFA 4BWJA 3I8DA 3HO1A 1JLGA 4HVJA 1KRPA 4KPYA 4CFAA 4B9TA 4OPJA 2GV9A 3D0PA 4PY5A 1VRTA 3THVA 2BDPA 4E7IA 4KTQA 4DQQA 1XI1A 2OPSA 4M3UA 4DU3A 3KK1A 5J2NA 1S1TA 3KIOA 4M41A 1JXEA 1RDBA 1YT3A 1RBRA 3F73A 1QSLA 1C6VA 1LWCA 3OYAA 3JYTA 4CFDA 3U3YA 1U45A 1KLNA 3K57A 4FJ7A 4KI6A 2KTQA 2KFNA 4CJQA 3M8SA 3L3VA 4N47A 2OPRA 3BDPA 3MXJA 3RRHA 3NH2A 1BI4B 4ID5A 3C6UA 2Y1JA 2KW4A 4QAGA 1NOZA 1S1WA 3HPOA 3NHGA 4JS5A 1Q9YA 4O0IA 1NK0A 3LP0A 3O3HA 4EP4A 3MEDA 2EX3A 3S3MA 4ZTJA 3C6TA 2G8UA 1TK8A 2ETJA 2ZD1A 3OYDA 4FW1A 2G8VA 4BDPA 1XHZA 4B9NA 4FW2A 2VWKA 1EX4A 1UA1A 4E7KA 4E0DA 3OYHA 2OPQA 1QQCA 4ZTFA 3FFIA 4MFBA 1NK4A 1S9GA 1QHTA 3LWLA 3O4NA 4FLYA 3AO5A 4C8KA 1X9SA 1X9MA 3PX0A 3VQ7A 5C42A 1J5OA 1NKEA 3KD1E 1S6PA 4LH4A 1KCFA 4BE1A 1W0HA 2QK9A 1WN7A 4JRQA 4Z0UA 3PY8A 3V1QA 1J53A 4KHUA 4CJ3A 3RMAA 2HHQA 3OYKA 1BIZA 1Q8IA 1KTQA 4CF2A 2D0CA 4IG0A 3T1AA 4N5SA 4Y1CA 1GOBA 3VQEA 2HVHA 2DTUA 1JLCA 1T03A 3DLHA 5HLFA 3VQQA 5KRSA 1TAQA 4BDYA 1WAJA 5C24A 3LPUA 4IDKA 1VSLA 3CFOA 2A1RA 3DMJA 4KTZA 1ASWA 5HRPA 4OLAA 1XHXA 1S1XA 3VQ8A 4RW6A 5CYMA 4FYDA 1IH7A 1BL3A 3HPGA 2FBYA 1HYZA 3M8PA 2DFFA 3VQDA 1ZBHA 4DTPA 1GOAA 3ALYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5F2RA 3D45A 4GW6A 1IBKK 2FF3B 4KREA 3ZX0A 4HHTA 3TU5A 4CEZA 4DUZK 3CCJN 3DXMA 4DQSA 1Z25A 3AVIA 4LY7A 3WNGA 3DLBA 4CK2A 4DQRA 4EZ6A 5AQLA 4FM2A 3PO4A 3D2EB 1LCUA 4AHCA 1VSIA 4BRMA 1OKJA 1MWMA 3I0SA 5HBMA 1BISA 4JHDB 3B6PA 5KGWA 5EVZA 4J2DA 1GLJO 4YHHK 2A41A 1J5EK 1RBTA 1KLMA 3OVNA 5C12A 4DQPA 3QNOA 1HR0K 2RN2A 1ASVA 2OZSA 1ATSA 1K8KA 4UQGA 4CHOA 1NLVA 3V81A 4WE1A 1WUAA 3S3NA 3B6OA 4K25A 5TKWA 5LMUK 4PL7A 3TAEA 5E26A 3MXIA 4DLEA 4CHPA 3W3DA 2HHUA 4DKWA 4FPAA 4NCGA 3KLGA 3BF3A 2HB5A 4JD2B 1C1BA 1BU6O 4CEDA 4FXDA 3O9TA 2FC0A 3HSCA 3AVGA 3EKSA 3G6EN 5KI6A 4Z4HA 1XC9A 1EO1A 3CMEN 4FJMA 2A3ZA 1WSJA 1BIUA 3KLEA 4U67L 1BA1A 4DS4A 3AVHA 4BDZA 3AO1A 3RSEB 1S9EA 3CHWA 1NG9A 1LOTB 4CK3A 4KO0A 2CH5A 2X78A 1D4XA 2ASPA 4M7XA 5AQMA 2UXDK 4JKAA 4O8UA 2Z1GA 5HRNA 3CCLN 3QEPA 4YNQA 2Q97A 3THXB 2P9NB 5AQJA 1M90O 3LAMA 2KZMA 3VN5A 4YORA 5AQGA 1LWFA 5SWMA 2GWKA 3EE9A 1HJRA 3O9UA 1SL0A 4M7YA 3A5OC 1QZ6A 3TSUA 1IKVA 1NGDA 1QHAA 4M45A 2G8HA 4BG8A 3SUOA 4I9LA 5KGXA 4B8AB 2OZMA 4A5BA 3HL8A 1CZ9A 1EQYA 1TYQB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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