4O55A

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor (2s)-tert-butoxy[6-(5-chloro-1h-benzimidazol-2-yl)-2,5-dimethyl-4-phenylpyridin-3-yl]ethanoic acid
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEFGESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A New Class of Multimerization Selective Inhibitors of HIV-1 Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Viral protein/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 45
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4o55A00
2HVIA 4CGHA 1T7PA 2OYQA 1Z25A 1GOCA 1QTMA 5KGWA 4I9LA 4TSXA 1LAVA 4DTSA 1SKRA 3AVFA 3VQDA 3MEGA 5DK5A 4M3ZA 4Y1DA 3RMCA 1D8YA 1C1BA 3ZSZA 2HNYA 3BGRA 2XY8A 1RT7A 4CJVA 2E6LA 1U47A 1JLAA 3M8RA 1RBTA 1BQMA 2ZD1A 4F3OA 3VQ6A 4GMJB 1L5UA 2KTQA 4I2QA 4OPKA 5HRPA 1NJXA 4XIUA 4JS5A 2YNHA 3LANA 4CHNA 4HHTA 3F9KA 3QINA 1S6QA 1UAXA 4RW6A 2OPRA 3ZCMA 4AHRA 1U04A 3KLEA 3QNNA 1KTQA 3S9HA 5HROA 2G8FA 4KB1A 3KLGA 3L3VA 2G8UA 3NE6A 1RDDA 1T05A 4CECA 4B9VA 5D3GA 3OYGA 3KK3A 2HHTA 1JXEA 3OS1A 3AVAA 1S1UA 4O4GA 2XY5A 1L3VA 3QEVA 2IOCA 3DRSA 4FLYA 1HJRA 3LZIA 1D9FA 1N6QA 1MU2A 1X1PA 2D0CA 3HYFA 5E41A 4CJPA 4FW2A 3V9XA 4W5NA 3IG1A 3D0PA 3V1OA 3C94A 4LY7A 3F73A 3CFRA 3SI6A 2WONA 3O4NA 4O0JA 4RW7A 4CHOA 3RTVA 4E3SA 1NK8A 1RT3A 4B9NA 4CJLA 4OGCA 3WNHA 1RCHA 4CJTA 1L3TA 3C95A 2Y1IA 4Z4CA 2RPIA 3OVNA 5HLFA 3SNNA 5T7BA 4OKEA 3NBPA 1ZBUA 4N5SA 4FM1A 3PX4A 2QK9A 2O4GA 2QKBA 3LP2A 4DWIA 4CHZA 1S1TA 4CK1A 1GOBA 4R5PA 1RBUA 3MXIA 2KFZA 4CJKA 3MEEA 4KO0A 1S6PA 1TVRA 3SUNA 3CFPA 4O44A 4Q0BA 1RILA 2A1RA 1RDAA 2YHAA 1U45A 2VG7A 3MECA 4JS4A 1TL1A 3AA2A 4IG3A 1CZBA 4W5QA 1IG9A 2OZSA 3LPUA 3JSMA 3VA0A 4E19A 2XY6A 1LV5A 3AVHA 4KHQA 1BGXT 2G8WA 4KFBA 4Z0UA 2IGIA 2W42A 2P5OA 3VQPA 2GBZA 5FRMA 1C0UA 4AHSA 4FJMA 1KFSA 3C6TA 3QESA 4AILC 3ALYA 3WNEA 4FLUA 4KHUA 1TKZA 5C42A 4HUFA 3ZSXA 4M3TA 4DLGA 3KK1A 4CFDA 4KKOA 2OZMA 4ZHRA 3AVMA 1IKYA 4NCAA 3RMAA 4KTQA 3HPGA 1SL2A 3NF8A 1LW2A 3CYMA 3HP9A 3VQ4A 3OYMA 3V9UA 1XI1A 1R0AA 2D0AA 1KRPA 4FZZA 3S3NA 4CIGA 3NAEA 4W5RA 2FBYA 4LH5A 2G8IA 3L3UA 4CFBA 3H08A 2BGGA 3KLIA 5J1EA 4DSKA 4OLAA 3WNFA 4C8MA 1RT1A 1TKTA 4N56A 1HYZA 3S3MA 5KGXA 4KHWA 3OYHA 4RW9A 1JLEA 4CK2A 2YV0X 3B6OA 4H8KA 3KTQA 4DU1A 1GOAA 3ZT2A 2FBXA 4B9LA 4CEDA 4BWJA 3LZJA 1BL3A 2IS3A 3LWLA 3HVTA 3I0RA 2HHUA 3OYIA 3QEXA 1J9AA 3QIOA 4OVLA 1VSJA 4FLTA 4Q5VA 1I39A 4RW8A 1TGOA 3PX6A 3VQCA 4FLXA 3TAEA 1F21A 4DTJA 1RT2A 3KKSA 3MXMA 1I3AA 3DLRA 3SUQA 4FZYA 3NDKA 4CJWA 4YNQA 2FBTA 1ITGA 1EXQA 4C8NA 5SWMA 4E7HA 2DTUA 2KZMA 3V6DA 4FM0A 4FJNA 4NCGA 4DTRA 1IKWA 4CIFA 4OPJA 2B5JA 2WOMA 3DRPA 5JS2A 3QEIA 1NKCA 1W0HA 4BE2A 2BDPA 3L2RA 4M3WA 1C6VA 3LALA 3M8QA 5I3UA 4DQIA 3SPZA 1EP4A 1RT4A 3OYDA 3K5LA 4DFPA 1K6YA 1HNIA 1SKWA 2ITGA 2G8HA 4ELTA 1WAFA 4BDZA 3DM2A 4Z4EA 1JKHA 3G0ZA 3L8BA 2EX3A 4CGFA 4AHUA 1BCOA 3TARA 3AVGA 4OJRA 2RN2A 3AA4A 3AVNA 2JLEA 4BWMA 3WNGA 1VRTA 4ZTFA 1SV5A 2IC3A 3U3GA 1J5OA 3AA5X 3E01A 1WNSA 3C6UA 2D0BA 1TAQA 3SUPA 1Q9XA 3IAYA 4CJFA 3HXMA 4N47A 3QEWA 4KPYA 3ZSRA 1BI4B 1VSMA 2NUBA 1RTDA 4OKKA 2HW3A 1CXQA 3MAQA 1TV6A 1U4BA 3RRGA 4HCCA 3BDPA 4HCBA 1VSDA 2X78A 3TAFA 4B8AB 3TAMA 1Q9YA 1VSFA 1IH7A 3O4QA 4FW1A 3ZT4A 4CGJA 4E7IA 4DQSA 1BQNA 2YHBA 1QSSA 1RBRA 3TWHA 1J53A 5KI6A 3RMDA 3AVIA 2VG5A 1NJWA 2VWJA 3OS2A 3NGZA 3I0SA 4IDKA 3PX0A 3DLBA 4DSLA 1VSHA 1TKDA 2RKIA 1L3UA 3SQ0A 1X9WA 3V81A 1T03A 1CLQA 3VA3A 1JLQA 1BIUA 3D45A 3K5MA 4CCHA 1C1CA 4KHSA 1JLGA 2GUIA 3OY9A 3EY1A 4GVMA 4CF8A 3OYFA 4PWDA 4M3YA 1S1WA 4HUGA 4IKFA 4CFCA 1A5WA 1NKEA 1YTAA 1B92A 4CF0A 2DY4A 3P5JA 1YTUA 1ZBFA 1TK0A 4M45A 3NGYA 4GW6A 2VWKA 4CJSA 4ELVA 4HTUA 3DOLA 1UWBA 4LSLA 1CZ9A 3AA3A 3VQ9A 3V4IA 2YNFA 1G15A 3TAGA 2HHVA 1VK0A 1ASWA 2LSNA 1DLOA 1JLCA 1U48A 4LH4A 1FKPA 3OYAA 3KD5E 3TANA 5J2MA 1HNVA 2O4IA 1NK4A 4OGEA 2JGUA 4I7FA 3VQ8A 3SPYA 4RG8A 4HVJA 1CXUA 2FBVA 4DTUA 2HHQA 5C25A 2E4LA 5CYQA 3OJUA 3NCIA 1WLJA 3ULDA 4FLVA 3OYLA 3SCXA 2PY5A 1EKEA 1D9DA 2XO7A 4FK4A 1WSHA 2BE2A 1VSIA 4DTNA 1QE1A 1W9HA 2GV9A 5JS1A 3ZT0A 1U49A 4B9TA 4CJQA 3TR8A 4DS5A 3SUOA 5HBMA 4DSIA 1Z26A 2Z1HA 1UA1A 2KFNA 2HMIA 3AVJA 3AO2A 3TABA 4NYNA 4LD0A 5J2QA 1NK9A 3ZSYA 3VQ5A 3ZSOA 3O3HA 1A5XA 2KZZA 4QCLA 1KVCA 1KVBA 3KLFA 1YVUA 3V1RA 3K58A 2ATQA 4CEOA 3HSTB 3SYZA 5J2NA 1WSJA 2DFEA 1B9FA 3HPHA 3LP3A 4PA1A 4F8RA 3RMBA 4ID1A 1JL2A 3NH1A 4C8LA 2FC0A 4CK3A 4W5OA 3MXJA 2AJQA 4RW4A 3PUFA 1JLFA 1ZYQA 1EETA 1VSLA 4IBNA 4IFYA 2HHWA 2KQ2A 1SL1A 4CEBA 1XHZA 4KHNA 5KRSA 2X74A 2KW4A 4WE1A 5SZTA 2YKNA 1RNHA 4CHQA 3SQ4A 4MQ3A 5CZ2A 3ZSWA 4IG0A 3OYBA 4DMNA 3SZ2A 4J2BA 3L2UA 4DTPA 1BISA 1VRUA 3AO5A 3DRRA 3SQ1A 2XHBA 4O5BA 4Z4GA 2IAJA 4ID5A 4FM2A 1TK5A 3ZT3A 3EZ5A 1J54A 1FKOA 1FXXA 4KB0A 1VSEA 4FJ9A 4E1MA 4FJLA 4JLHA 4K8ZA 1REVA 4M3UA 3LAMA 3CG7A 1C0MA 3K57A 4FCYA 3K5NA 3DI6A 1ASVA 1KSPA 4C8KA 3KK2A 3O3FA 3RWUA 3K59A 2G8VA 4F2SA 4J2AA 3AVLA 3AV9A 1L3SA 4HUEA 3OYEA 3IRXA 3G10A 3DLHA 4L8RB 1NJZA 5FDLA 4CEQA 3OYCA 1S9EA 1TKXA 3UIQA 4FK0A 5I42A 4FJIA 4FXDA 2P1JA 3HL8A 3NFAA 1WSGA 4LSNA 4BE0A 1TK8A 4O55A 2QKKA 4Z4IA 2A1SA 3DYAA 3SV4A 4UQGA 3NF9A 3OYJA 3M8PA 2I5JA 3ZSVA 1KLNA 4FVMA 4ICLA 2Z1JA 4KTWA 4E7LA 4Z4FA 1NJYA 4CGDA 3VN5A 1DTTA 1RTJA 4G1QA 5CZ1A 3AO1A 1NK7A 4DSFA 3RRHA 3K2PA 5FRNA 3DLKA 1HPZA 2HHXA 4Z4HA 2Z1IA 4JRPA 3A2FA 4NYFA 4N41A 1BI4A 3T3FA 2VG6A 1JXBA 1SL0A 3LP0A 1HQEA 3QLHA 4CF1A 1RBVA 1RTHA 4H4MA 3HM9A 4EP4A 3U6FA 2XY7A 4FJJA 4DFKA 4BDYA 1KFDA 3O3GA 4C8OA 4FYDA 3VQQA 4DU3A 3AO3A 1WSEA 3LAKA 1SKSA 1ZBHA 2HNDA 3SJJA 3SQ2A 4DLEA 3HPOA 1LWEA 3QERA 4KI4A 4F4KA 4KTZA 1NK0A 1LW0A 2IDOA 3QIPA 5HRSA 4KRFA 3NF7A 4FJ8A 3HJFA 4B8CA 4J2EA 3DOKA 4E0DA 3IS9A 2P5GA 1RT5A 4H4OA 4DSEA 2F96A 1A5VA 4CJ3A 5KRTA 2Q3SA 1IKXA 4CJRA 2EHGA 2F8TA 3AO4A 1NOZA 3TAPA 5DMRA 5C24A 5HRNA 1T8EA 1YT3A 4Y1CA 4M3RA 1Q8IA 4E7KA 4DF4A 4M3XA 3LDSA 3LP1A 3HO1A 3P1GA 4DQQA 2ETJA 5HRRA 3V9SA 3KD1E 3QO9A 1QS4A 4M41A 3V9ZA 4DS4A 1X9SA 4CEFA 4EZ9A 4QAGA 4E7JA 1FK9A 2YNIA 3ASMA 3OYKA 3NH0A 3TI0A 1NK5A 4DSJA 1LAWA 4FZXC 3QNOA 3SV3A 3DLEA 4CIEA 1KCFA 4BDPA 1WN7A 1HYVA 3EYZA 4CF2A 4B9MA 4YFUA 2E6MA 4OLBA 5K14A 1NK6A 4K8XA 1QHTA 3L2WA 4DTOA 1ZBLA 1TL3A 4DQPA 2QXFA 3KKRA 3HT3A 1QSYA 4F2RA 4QOZB 1NKBA 3K5OA 1Y97A 2X6SA 3T1AA 3VQBA 2OPQA 4DFJA 3PO5A 4N76A 1KVAA 3VQAA 3HVRA 2XRIA 3HP6A 2OA8A 1ASUA 3ISNC 1WAJA 4DFMA 1RDBA 2X6NA 2RF2A 3ZT1A 4I9QA 1IKVA 2HB5A 1QSLA 3PV8A 1NOYA 3OJSA 3THVA 1RBSA 3VQEA 4CF9A 3U3YA 3RR8A 1JLBA 4CHPA 2B4JA 4B3OA 4DU4A 4FJKA 2P51A 3I8DA 4FJ7A 1UOCA 3OS0A 1RT6A 2PYJA 1XHXA 4DTMA 4W5TA 2Y1JA 3P83D 4O0IA 4DF8A 2B6AA 1HYSA 3QETA 4CESA 3TAQA 3QEPA 5CY4A 1WSFA 1S9GA 4CEZA 1C1AA 4KV8A 3NF6A 4CFAA 2BANA 1SUQA 1XWLA 1X9MA 1S1XA 3M8SA 2OPSA 2YNGA 4DTXA 4B9UA 1TAUA 5HP1A 1QQCA 4FLZA 4BE1A 4FJ5A 2OPPA 2HHSA 4PQUA 1JL1A 4JRQA 3PY8A 3DMJA 4M42A 2ZQBA 4KHYA 1IO2A 3V9WA 4F3TA 1HMVA 4ELUA 1BIZA 4DG1A 4AHVA 2R7YA 4CJUA 2PYLA 4KAZA 3B6PA 4E89A 4KI6A 3HK2A 3V1QA 3NHGA 1EX4A 1HQUA 1LWFA 4CJ4A 3ZSQA 3OYNA 1DTQA 3LWMA 3DLGA 4I2PA 3KIOA 2ZE2A 2HNZA 3CM5A 1RDCA 4MFBA 1BHLA 5EU7A 4AHCA 1WSIA 4CGIA 2G8KA 5KTQA 1LWCA 3L2QA 3AVCA 4BACA 3AVKA 4CEAA 4CERA 1XC9A 4FK2A 4E1NA 2PZSA 4DQRA 2HVHA 2Z1GA 5FROA 4CEEA 4FJHA 3KJVA 1RTIA 2DFFA 4FLWA 1ZBIA 1C0TA 1BCMA 4FJXA 4FJGA 3CFOA 1VSKA 4OKJA 1KLMA 4ZTJA 3CM6A 3CQ8A 3S3OA 3JYTA 4PUOA 1UA0A 1HRHA 3RR7A 5J2PA 3PO4A 1D5AA 3KLHA 4CHYA 3L2VA 4CE9A 3T19A 2F8SA 5CYMA 1B9DA 1O1WA 4EP5A 4NCBA 4CJEA 3MEDA 3VQ7A 4J2DA 4PY5A 4CGGA 3LPTA 4CJ5A 4AH9A 3NGIA 2YKMA 1N5YA 2D5RA 4B08A 3AVBA 3ITHA 4IFVA 1S5JA 4AHTA 2DFHA 4B9SA 4EZ6A 4KREA 3FFIA 3NH2A 1S1VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Y0WA 2OYQA 1QTMA 4TSXA 4NB4A 4DTSA 4Y1DA 3ZSZA 2HNYA 1SAZA 3ATUA 4CJVA 2E6LA 1JLAA 2E1ZA 4OPKA 1HNWK 2YNHA 4RWTA 2GWKA 4CHNA 4AHRA 1S6QA 2OPRA 3KLEA 2ZGYA 3THWA 1T05A 2ZF5O 4B9VA 2KLAA 3KK3A 1JXEA 3OS1A 4GKKK 1BU6O 3O9RA 3R9PA 4FLYA 3P38A 4IOCL 3MX2A 3HYFA 4JD2A 1N6QA 4AF1A 3SI6A 2PAVA 3F73A 3H45C 4E3SA 3RTVA 1RT3A 3WNHA 3WXJA 1L3TA 5T7BA 4IO9L 3CIPA 3CMAN 4H0VB 3M6GA 3CXCM 4IEEA 1S6PA 1TVRA 3G4SN 4Q0BA 3L0QA 4O44A 4DR3K 4JI5K 1RILA 4JI7K 2O8CA 4JS4A 3AA2A 4QS7A 1CZBA 1IG9A 2OZSA 3JSMA 2CGKA 3VA0A 3R1XA 4CW7B 3AVHA 4QS8A 2W42A 3C6TA 3VEYA 4BRKA 5C2DA 3WNEA 1OVYA 4FLUA 1IBMK 4WQ4C 2Q97A 4KKOA 3AVMA 1IKYA 3QB0A 1S3XA 1SL2A 2VWBA 3NF8A 4I9QA 3ZX0A 1YJ9N 3OYMA 1KAYA 2D0AA 4FZZA 4CIGA 3NAEA 4I6MA 4PL8A 3TSUA 5C15A 3THYA 2BGGA 1VAZA 1J5EK 4OLAA 3WNFA 4C8MA 4DV0K 4WQ5A 4KHWA 2YV0X 1GOAA 3E66A 1ESVA 5ADXA 2FBXA 3HM8A 2WTUA 3LWLA 4FL9A 2UXCK 3HVTA 4KH5A 1HR0K 1OKJA 3OYIA 1VSJA 4FLTA 3DLLL 3CERA 3PX6A 1RT2A 3MXMA 5KQDA 3NDKA 4CJWA 5F1XA 3TTFA 2DTUA 4C8NA 4E7HA 3H6EA 3V6DA 4FJNA 4NCGA 2B5JA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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