4O5BA

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor (2s)-tert-butoxy[6-(5-chloro-1h-benzimidazol-2-yl)-2,5-dimethyl-4-phenylpyridin-3-yl]ethanoic acid
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTAWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A New Class of Multimerization Selective Inhibitors of HIV-1 Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Integrase
total genus 40
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4o5bA00
4DTRA 1BIUA 2VWKA 3OS1A 4ID5A 3QEXA 1EP4A 1RBTA 2YV0X 4IG0A 2ZQBA 1J5OA 2HNZA 5HLFA 2Z1HA 2E6MA 2WONA 1YVUA 4OKKA 5C24A 4DG1A 2D0BA 3OYFA 1GOBA 4CEEA 3QERA 4H4OA 3ZT4A 1SL2A 1XC9A 3VQDA 3LP3A 4RW6A 3NF6A 3ZSXA 3NH0A 3KLEA 3HK2A 3AVAA 1ZBLA 3AVGA 5T7BA 4C8LA 2KFZA 4DQSA 2QKKA 4CEOA 1LAVA 4DLGA 2OZMA 4FJ5A 3RTVA 1LWFA 4CJUA 1HYVA 3K5LA 1IG9A 4M3XA 1I39A 4DFMA 3QIPA 1L3UA 1UAXA 3ISNC 2HHQA 3AO5A 2O4GA 1BQNA 3V6DA 3ZT2A 1JLQA 3HP6A 3QNNA 1TL1A 3TWHA 3SV3A 4OGEA 2G8UA 3CG7A 3PV8A 5KTQA 1T03A 3DLBA 1Q8IA 1ASVA 4B08A 1RT4A 2YNIA 4FLVA 1TK0A 2F8SA 3CM6A 4CK1A 3KK2A 3C6UA 2ATQA 4CJ4A 3VA3A 4E1MA 1WAJA 2KFNA 2ITGA 3AO1A 4FLUA 2YHAA 1WN7A 3ZT0A 3LPUA 4F2SA 4R5PA 3NGYA 3V9ZA 1KVAA 4JLHA 4OPKA 2ZD1A 3QEWA 4EZ9A 3VQ9A 1NK9A 2XY8A 2OPQA 3KD1E 3OYJA 4E7KA 2G8FA 1RT3A 3SUOA 4GVMA 1C0MA 2XHBA 5HP1A 1TKTA 3VQ4A 1RDBA 1L3SA 3PUFA 3KLHA 4JS5A 4O0IA 4FZXC 5DMRA 2P51A 4YFUA 4DF8A 4KHYA 3QEVA 1WLJA 1VK0A 3TAEA 1JLAA 1RBRA 4CHQA 4B9UA 4I7FA 3OY9A 4CGDA 4CEDA 1VSHA 4FZYA 1N6QA 1ZBIA 1S1UA 4CJTA 3QNOA 1CZ9A 4Z4CA 1DTQA 4E7HA 5FRNA 1NKCA 2HNYA 3C94A 3HSTB 1RDAA 4OVLA 4DS4A 4O55A 4RW4A 4CJPA 4CGHA 4DSEA 1JL1A 1SKWA 4FJGA 3ZSRA 1VSIA 5FRMA 4E3SA 3AV9A 2BANA 1JKHA 3AO3A 1WSEA 4RW8A 4KO0A 4KI6A 4AILC 1VSEA 2HHXA 2E6LA 1VSJA 4CJQA 3SPYA 1RDDA 3K57A 3O3FA 4M3UA 3RWUA 3DLEA 3TI0A 4O0JA 4CJKA 3CFRA 4I2QA 4CEAA 3NH2A 1KVBA 3TANA 1KVCA 4NCAA 2G8IA 4IBNA 5CYQA 4KHNA 4FJ9A 2BDPA 4F3TA 4K8XA 4CEZA 5HRRA 1NJYA 3VQ6A 4DLEA 1SKSA 4IFYA 3NDKA 3CYMA 1NJZA 2G8KA 4F8RA 4PQUA 2VWJA 3OYKA 3O4NA 5FDLA 3HJFA 4CF9A 3NBPA 4CHPA 3K59A 4DTPA 3AVKA 4J2EA 3OYMA 4DS5A 1TVRA 1QSSA 3TR8A 2JLEA 1WSJA 3RMDA 3FFIA 1FXXA 2Z1JA 2IS3A 1D9FA 1BL3A 5EU7A 3NH1A 1X9SA 4KTQA 4LSLA 2ZE2A 3WNGA 4BDYA 3SQ4A 1BISA 4W5QA 5D3GA 3DOKA 4M3TA 3EYZA 3PY8A 4DTMA 4CJEA 3NF9A 3RRGA 1JXEA 4KKOA 1HYSA 3NHGA 3DLRA 4FZZA 3PX6A 2PY5A 4DTXA 3QO9A 1SUQA 4KREA 1S1TA 3DRSA 5J2MA 3QETA 1S9GA 4Z4EA 1UOCA 4CF1A 1D9DA 3F9KA 3ZSVA 4CFBA 2VG5A 3TARA 2XRIA 3AVHA 1J53A 3QLHA 4OJRA 4WE1A 3PX0A 3DLKA 3HYFA 3KJVA 2HVHA 2OPPA 4KV8A 1UA1A 1U49A 2XO7A 2DTUA 3TAGA 4FXDA 4FJHA 1IKXA 1UWBA 4RG8A 4OLAA 4M3RA 1X9WA 5SWMA 3HVTA 1D8YA 4IDKA 1BIZA 1RTJA 3BDPA 4KB1A 4KPYA 1EETA 2EHGA 1J9AA 3LPTA 3EY1A 2G8WA 1HRHA 1BI4A 4I2PA 2A1SA 4OKEA 1SL1A 1FKPA 4BE2A 1VSLA 3T1AA 4CESA 1S6PA 3OYHA 2HHVA 4H4MA 1QSLA 2RPIA 3ZSZA 3MEEA 3QINA 5C25A 3HXMA 2VG7A 3LANA 4KHWA 3LAKA 4Z4IA 4DWIA 4CHZA 4ZTFA 4HUGA 3OYNA 2Y1JA 1RTDA 1ZBUA 4B8CA 4DQQA 4DFPA 2WOMA 2KW4A 3JSMA 3TAQA 2KZMA 1BI4B 5KI6A 5J2PA 4RW7A 2BGGA 5HRPA 1VSFA 1UA0A 3MXJA 4CIEA 4CHNA 1JLGA 4UQGA 3M8SA 4I9LA 3V1QA 1SL0A 2O4IA 3HPOA 1NOZA 1QHTA 4Z0UA 4DTSA 4FJ8A 2HW3A 4Y1DA 4FLZA 3M8PA 3ZT3A 4W5RA 4NCGA 2YNGA 4AHRA 4ZHRA 4OPJA 4FJIA 3OVNA 2Q3SA 2QKBA 3P83D 4Y1CA 1B9DA 4OGCA 1BHLA 3SCXA 3NGIA 2IDOA 1KSPA 3HVRA 1U45A 5KGWA 1RT2A 1LW2A 4BE1A 3OS2A 2W42A 3L2UA 4FLYA 4TSXA 3VQQA 2JGUA 2X6NA 2OYQA 2DFHA 1EKEA 1HJRA 4DQPA 4FVMA 4E7JA 2QK9A 4DTNA 3K2PA 3TAPA 3V9UA 1YTAA 4B9SA 4CE9A 5CYMA 2HHUA 2IOCA 4DTUA 3OYAA 1XHZA 1TKZA 3QEPA 2R7YA 1WSHA 3S3MA 4B9LA 4W5OA 2HNDA 3RR8A 3I0SA 3ITHA 1BCOA 3ZSWA 3AA5X 3M8QA 5J2NA 4L8RB 3QESA 4B9TA 2DFEA 3KTQA 1VRTA 5KRTA 3SZ2A 4CGJA 1KLMA 3TAMA 4CJWA 3IS9A 4QAGA 3CM5A 3I8DA 3NF8A 1S1VA 1U4BA 3AA4A 1RT1A 1TL3A 3WNEA 4J2BA 3K5OA 4FYDA 1TKDA 2YNHA 1HMVA 1TV6A 4W5NA 4HCCA 1IKVA 4M41A 4AHVA 3LZIA 1QSYA 4CCHA 1TK8A 3UIQA 3DRPA 4CJVA 4E1NA 3SQ2A 3MEDA 4CGGA 4LSNA 3P1GA 3VQEA 1TK5A 2X6SA 4G1QA 2B4JA 3RR7A 4HVJA 4DU3A 1U47A 3JYTA 4DFJA 1C1BA 2OPRA 1VSMA 3AVBA 1XWLA 5K14A 3VQ5A 3SUNA 1RBVA 5HBMA 4FK0A 1QE1A 1T8EA 3VQPA 3LWMA 1DTTA 1CXUA 1HNVA 4MQ3A 5JS1A 1EXQA 1X9MA 3MXIA 3DRRA 3IRXA 1KLNA 4IG3A 4BWMA 1Q9XA 1SKRA 4CFCA 3VN5A 3PO5A 4B3OA 1O1WA 5C42A 2FBTA 3SQ1A 3OYDA 2X74A 3DM2A 3V9WA 1DLOA 3SV4A 2PYLA 3P5JA 4CHOA 3HPHA 3OJUA 4FJ7A 3HO1A 3AO4A 1NK6A 1WAFA 4PUOA 4J2DA 1IKWA 3KLFA 3QIOA 1RILA 1FK9A 2EX3A 4NYNA 3VQ8A 3LP1A 4CFAA 3CFOA 3V9SA 2XY5A 3MXMA 3S3NA 4FJJA 4PWDA 1S9EA 2X78A 4CF8A 1ITGA 3V1RA 4CJFA 1U04A 3NE6A 4BE0A 3T19A 3VQCA 1SV5A 2Y1IA 4Z4GA 2F8TA 1LWEA 2BE2A 4MFBA 3VQ7A 3D45A 1HPZA 4FJLA 4KI4A 1ASWA 2YHBA 4B8AB 3IG1A 1CZBA 3CFPA 1D5AA 1S5JA 3AVNA 1BCMA 1C1CA 3WNFA 1ZBFA 4I9QA 4DTJA 1MU2A 1JLFA 1S1XA 1KFDA 2FBXA 2GBZA 3B6PA 4RW9A 3HT3A 2YKNA 1LW0A 2OZSA 1YTUA 4O5BA 5CY4A 5KRSA 1K6YA 1YT3A 4GW6A 4PY5A 4HUEA 2ETJA 3VQBA 4FLXA 1QQCA 3LP0A 4FW1A 3V4IA 1KFSA 5DK5A 4ZTJA 1C1AA 4Z4HA 2HHSA 3O3HA 1JL2A 3B6OA 4FW2A 4CEBA 3U3YA 4F4KA 2LSNA 1X1PA 2YNFA 3OS0A 3KIOA 1NK5A 4M3WA 3LAMA 3I0RA 4KRFA 1LV5A 3DYAA 1C0TA 1Z25A 2D5RA 4C8MA 3NFAA 3LP2A 1B92A 1RTHA 4OKJA 4AHCA 3LZJA 1L5UA 3AA2A 4DTOA 4JS4A 4ID1A 1L3VA 3SUPA 4DSKA 3C6TA 1B9FA 3ALYA 4M3ZA 4BACA 4FJNA 4E89A 3HL8A 3G10A 2IAJA 3ASMA 1RBSA 4CK2A 3LDSA 4E7LA 2PYJA 4F2RA 1RT6A 4LH4A 4FM2A 4OLBA 1REVA 4Q0BA 2KZZA 2E4LA 3EZ5A 4CF0A 1FKOA 1JLEA 3KKRA 2HB5A 4O4GA 1HQEA 4KHUA 4C8NA 2QXFA 3NGZA 3AVMA 3NCIA 3VA0A 1A5XA 4B9MA 3O4QA 3KLIA 3L2RA 1S6QA 5JS2A 5HRNA 3RRHA 4CGFA 2A1RA 2P5OA 2FC0A 4N76A 3DI6A 2OA8A 1BQMA 2B6AA 4QOZB 1VSKA 1WSGA 1TAQA 4CJLA 1WSFA 4C8OA 3O3GA 3E01A 1T05A 1N5YA 3NAEA 3KLGA 4E19A 4B9NA 3IAYA 4CK3A 1WSIA 1NK8A 1JXBA 4FLTA 3AVJA 4DFKA 3MECA 3A2FA 3ZSQA 1G15A 4HUFA 3MEGA 4M3YA 3OYEA 4FM1A 5CZ2A 4CEFA 3WNHA 4CGIA 3K5MA 2PZSA 4N41A 4BWJA 1J54A 4QCLA 4EZ6A 4CEQA 2RKIA 3KK1A 4J2AA 4N47A 1RTIA 3S9HA 2DFFA 1IH7A 4DSFA 3PO4A 1KTQA 3ZSYA 2IGIA 2KTQA 2P5GA 1NJWA 3SUQA 3V9XA 3OYGA 1U48A 1CXQA 1TAUA 5J1EA 2FBVA 3OYBA 3LALA 2D0CA 2RN2A 3RMAA 1Q9YA 4E0DA 3L2QA 3DLHA 4C8KA 1CLQA 3HP9A 4GMJB 1JLCA 3C95A 4AHTA 5E41A 2NUBA 2IC3A 1Z26A 2RF2A 3SJJA 2B5JA 4FK4A 2GUIA 4HCBA 3L2VA 2HVIA 4DSJA 1RBUA 4ELTA 2HHWA 3LWLA 2YKMA 1HQUA 4PA1A 2VG6A 4DMNA 4DQRA 1IO2A 1I3AA 1KCFA 3DOLA 4DQIA 4E7IA 1ASUA 4FCYA 4JRQA 1XI1A 4FJKA 1EX4A 4HTUA 4H8KA 1KRPA 1TGOA 3AA3A 3TAFA 1ZBHA 1NOYA 3AVFA 1IKYA 4CHYA 4N5SA 3SPZA 1ZYQA 4BDZA 4EP4A 4KFBA 1HYZA 3AVLA 1WNSA 2F96A 4N56A 1RDCA 4EP5A 3K58A 1C6VA 1JLBA 1RNHA 1XHXA 4NCBA 3KKSA 3S3OA 3OYIA 3T3FA 4O44A 4FM0A 4CIGA 5I3UA 3V1OA 2D0AA 3L8BA 4DSLA 4CJRA 3ULDA 1F21A 3V81A 1R0AA 2Z1GA 1LAWA 1NKBA 4B9VA 3DMJA 4CERA 4CECA 3PX4A 1HNIA 3KK3A 1GOCA 3CQ8A 3HM9A 3SI6A 4LD0A 4ELUA 2XY7A 3U6FA 5FROA 1Y97A 4LH5A 1L3TA 3MAQA 5HROA 4Z4FA 3ZT1A 1RCHA 1NK4A 1S1WA 4KTZA 3U3GA 4KAZA 2AJQA 2HHTA 2XY6A 2DY4A 4JRPA 1VRUA 3K5NA 1C0UA 2KQ2A 1TKXA 4AH9A 1GOAA 4M45A 4CJ3A 4DF4A 2HMIA 1W0HA 1RT7A 3L2WA 3OJSA 4IKFA 1VSDA 2FBYA 4LY7A 2Z1IA 4IFVA 4NYFA 3HPGA 4YNQA 4DU4A 4CF2A 1NKEA 4FLWA 4KB0A 3KD5E 3ZSOA 1RT5A 5CZ1A 3AVIA 4DU1A 4DSIA 3THVA 4F3OA 4FJXA 2P1JA 3BGRA 3VQAA 4FK2A 3RMCA 4CJSA 2I5JA 3RMBA 1A5VA 3QEIA 3G0ZA 4KTWA 1NK0A 5HRSA 3DLGA 2G8HA 4BDPA 2GV9A 1NK7A 3NF7A 3ZCMA 3AO2A 3OYLA 1NJXA 2OPSA 3H08A 4XIUA 4ELVA 1QTMA 1BGXT 3L3UA 3TABA 4CFDA 3D0PA 5I42A 3SNNA 4K8ZA 5SZTA 4M42A 1W9HA 1LWCA 1A5WA 4AHUA 4W5TA 4HHTA 4ICLA 3M8RA 4CIFA 4KHQA 4CJ5A 3L3VA 4FJMA 1QS4A 5J2QA 4AHSA 4Q5VA 3OYCA 3SYZA 2G8VA 1T7PA 3SQ0A 4KHSA 3AVCA 3F73A 5KGXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JI0K 1X3MA 3DWLA 3U8XA 5M1FA 1OH5A 1J5OA 1BA0A 4IWVA 4B1ZA 4CEEA 2P9NB 4LFCK 3VQDA 3HK2A 1ZBLA 3SMPA 3G6EN 4H0PA 4CEOA 2OZMA 1WBBA 2ZGZA 1IG9A 1TYQA 1UAXA 2O4GA 1XC3A 1JLQA 3HP6A 3QNNA 1VQ8N 1TL1A 3TWHA 3SV3A 4B08A 1TK0A 1RT4A 2O8FA 2ATQA 3VA3A 1WAJA 3A5NC 4BC3A 4F2SA 4R5PA 2O8EB 3V9ZA 1KVAA 2ZD1A 3ULEA 3QEWA 1S3XA 4EZ9A 1NK9A 2OPQA 3KD1E 1HKCA 4E7KA 2G8FA 3SUOA 3U9ZA 3KK7A 1C0MA 4YOTA 3THYB 1TKTA 3VQ4A 1RDBA 3KLHA 3EKSA 4O0IA 3E9OA 5TKYA 2NRXA 4BC4A 2HHHK 1VK0A 3IKMA 1JLAA 4CHQA 3UE5A 2OTJN 2E2PA 1VSHA 3G71N 3KZBA 3QNOA 1CZ9A 2HBLA 3E66A 5FRNA 2AP1A 2HNYA 3HSTB 4GV6A 1XQSC 5ADXA 3T7ZA 4DS4A 4CGHA 4DSEA 4X66K 5FRMA 3ENHA 3AV9A 2BANA 2P9SA 4YOXA 3WQTA 5CR4A 2E6LA 1JJ2M 5DM6L 2DPNA 3TANA 4CEAA 5AQLA 4FJ9A 2P9LA 2BDPA 4K8XA 2A42A 3CD6N 4IFYA 5AQRA 5BN8A 3CYMA 2V52B 4U67L 2QWRA 3O4NA 1N34K 3UKUA 3CCMN 3TR8A 1FXXA 1D9FA 1BL3A 4KTQA 2O8CB 4LSLA 3PY8A 2QWQA 3NF9A 1ILYA 1JXEA 2FF3B 1HYSA 3DLRA 1BG3A 3EE9A 3PX6A 2JWKA 3QO9A 3F9KA 4B1WB 4JN4A 5AQJA 3PX0A 1U6ZA 2YJFA 3L4IA 1JCFA 1UA1A 4FXDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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