4O5BA

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor (2s)-tert-butoxy[6-(5-chloro-1h-benzimidazol-2-yl)-2,5-dimethyl-4-phenylpyridin-3-yl]ethanoic acid
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTAWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A New Class of Multimerization Selective Inhibitors of HIV-1 Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Viral protein/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 40
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4o5bA00
2Y1JA 3L8BA 3ZT4A 2X6SA 4KPYA 4Z4EA 2ZD1A 3LAMA 2JGUA 1NK6A 1QQCA 4DSFA 3B6PA 3VQPA 3I0SA 2YHBA 4GMJB 4DFJA 4KKOA 1LAVA 1VSEA 4CK1A 1T03A 1JLQA 2F96A 4KB0A 3SNNA 1RT7A 4FK4A 3K5OA 3VQ4A 1YTUA 1BCOA 3NGYA 5KTQA 5T7BA 2RN2A 4LY7A 4O4GA 4KI4A 3IS9A 1ASWA 4B9LA 5C25A 3OYJA 3DLRA 3SI6A 4FJLA 1SL0A 4BWMA 3PV8A 1TKDA 4LD0A 5HBMA 1KLMA 3HK2A 1S1UA 1D8YA 1JLAA 3ZSOA 1BCMA 3L2QA 2G8UA 4CF0A 1J54A 1TKZA 4CJVA 3NH0A 1GOCA 5J2NA 1L5UA 1J5OA 2OA8A 1BIUA 4FJJA 4M3WA 2D0AA 2F8SA 1JLGA 1JL1A 4CJ5A 1C6VA 1S5JA 1WLJA 5CZ1A 3HT3A 4CJTA 3FFIA 2QKBA 3OYLA 4DTOA 4M3YA 3K59A 1C1AA 3C6TA 4GVMA 3ZT3A 4HVJA 3OYCA 4C8OA 3U6FA 5HROA 1NOZA 4DTPA 1TK0A 2O4IA 1ZBUA 3AA2A 2EHGA 3LAKA 4CHOA 2AJQA 3HM9A 4FM2A 2QKKA 3NF9A 3V9SA 1UA0A 4CHZA 1C0MA 4MQ3A 4ZTFA 3QEPA 3S3NA 4B9TA 3QESA 4F2RA 3T19A 3SPZA 1T05A 4NCGA 3S3OA 4CHPA 1TVRA 1WAFA 1D5AA 4CFDA 2Y1IA 1U4BA 4CFBA 3ZSWA 2X78A 4B9VA 3T1AA 5C42A 4KI6A 3G0ZA 1JLEA 5D3GA 2RPIA 4YNQA 4E1NA 3SUNA 1RNHA 4E7LA 4Q5VA 3ULDA 1UWBA 1TL1A 3AVGA 1YTAA 1TKTA 2P1JA 4CJWA 3QNNA 3ZT2A 4K8ZA 2YNFA 3AO5A 1EXQA 1NJWA 3MAQA 2PYLA 1S9GA 1X9WA 4DTNA 1Y97A 4M3UA 1JL2A 3IG1A 1DTTA 4FLWA 3SQ0A 2HNZA 1RILA 3DOKA 2X6NA 4CJ3A 4BE0A 4FLZA 1T7PA 3CFPA 2WOMA 2YHAA 3HP9A 1RT2A 1RT6A 2XO7A 2HHVA 1BI4B 2PYJA 2XY5A 4UQGA 4M3RA 4H4OA 2OPQA 2P5OA 4FW2A 5SZTA 3IRXA 1WNSA 3QIPA 2IOCA 3V1QA 4DU1A 4KO0A 5KRSA 1U47A 4DMNA 2ZQBA 1BISA 3M8RA 1WSFA 3LALA 4KHNA 3VQ7A 4DU4A 1KRPA 3AO3A 1U45A 2VG5A 4J2AA 1TV6A 3VN5A 1LWCA 2RKIA 3KKRA 3AVFA 3AVBA 3TARA 4OPKA 5EU7A 4DFMA 3QNOA 4HUGA 1BGXT 3DYAA 4EP5A 3QO9A 4FJGA 2B4JA 4FM0A 3QEXA 2HHQA 4FCYA 3OS0A 1HYZA 4KB1A 3I8DA 4NCAA 4KREA 4W5QA 3ZT0A 3HO1A 4NYFA 1S6QA 1ZYQA 1C0TA 2E6LA 4CIGA 3KLFA 4ZHRA 3AVLA 1RT4A 1RTHA 4Z4CA 4DF4A 3V9ZA 5J1EA 4N56A 4DTMA 5HRPA 2ATQA 5J2PA 1SL1A 1HYVA 4E19A 3KLGA 3TAFA 3RMCA 2BANA 3KLEA 1TKXA 4PUOA 2X74A 4Y1DA 4N5SA 1HQEA 3RWUA 1UOCA 1IKXA 3ZSRA 3SQ1A 1NK9A 4B9UA 4IKFA 4FJKA 3JSMA 2VWJA 2FBXA 4E7HA 4E7KA 1NOYA 4BDZA 4C8NA 4KAZA 4ICLA 4CECA 3D0PA 4IDKA 3V4IA 1IG9A 3O4NA 4FLYA 3S9HA 3ITHA 3KD1E 4LH5A 3NF8A 1CZBA 4DS4A 1FKOA 3VA3A 3VQBA 1S1TA 2GUIA 3F9KA 3OYDA 4FJ9A 3UIQA 3DLBA 1ASVA 3LANA 4Z0UA 3M8SA 1A5XA 4HUEA 3PO4A 4F8RA 3MXMA 1CLQA 3D45A 1ZBFA 3NHGA 4CHNA 3HVTA 2IAJA 4DFKA 4AH9A 3C6UA 4O55A 1W0HA 4CJKA 3U3YA 4JS4A 4KTQA 4E1MA 1T8EA 4OJRA 3KTQA 3QLHA 1JLCA 4O0IA 4CJUA 3VA0A 4B8AB 2FC0A 5JS1A 1WSEA 1KFDA 3RR7A 2GBZA 1HJRA 3AA3A 1TAQA 2OPPA 4FJHA 2DY4A 3L2VA 4DFPA 4PY5A 3AVKA 4FJIA 4DF8A 1LW0A 1UAXA 4IG3A 4CJLA 2G8KA 4IG0A 4DQSA 4DSEA 4ZTJA 1EP4A 3HPGA 5CYQA 3TAPA 1X1PA 1REVA 4HHTA 4AHRA 4CGHA 2IC3A 1S1XA 1RTJA 4DQQA 4I9QA 2HHUA 4E89A 4BDYA 3DLKA 2HVIA 1QSSA 1LWFA 2A1SA 1JKHA 1U48A 3BGRA 1QE1A 2OPSA 3AA4A 4DLEA 2ZE2A 2OZMA 2D5RA 4JRPA 1KLNA 4B3OA 4AHVA 1B92A 4CJSA 4LSNA 3HVRA 2KZMA 4B9SA 3AO1A 4CEEA 4FLTA 4O0JA 3T3FA 4DSLA 1F21A 2I5JA 3V81A 1ZBIA 2LSNA 4DS5A 3SCXA 4KRFA 1QHTA 2PY5A 4N47A 3NDKA 4L8RB 4M3XA 4RW9A 4H8KA 2KQ2A 2G8VA 3ZSXA 3QEVA 4LH4A 3S3MA 2W42A 3L3UA 1NJZA 2FBTA 1NK8A 1SUQA 1LAWA 3LPTA 4M3ZA 3VQ5A 2KFZA 3AVAA 3KKSA 3OYIA 2HMIA 5FRNA 4FJNA 1CXUA 2ETJA 3C95A 4CJFA 4GW6A 3K5NA 4AHUA 4CGDA 4FJ7A 3V1OA 4KHWA 3SUPA 4B9NA 4HCCA 4DTXA 3VQDA 3JYTA 1NJYA 4FK0A 3PY8A 4M42A 1I39A 3NFAA 3OJUA 4BACA 4K8XA 3VQ8A 4OLAA 1JLFA 1RT3A 4BWJA 4DTJA 1LWEA 3EY1A 2VG6A 3VQEA 1TK8A 3CFOA 3CFRA 2HHSA 4FYDA 1VSMA 3DRSA 4KTWA 3VQAA 5SWMA 3PX0A 1NK4A 1TK5A 3V6DA 3OS2A 4PWDA 4N76A 1BL3A 3SZ2A 4Q0BA 2DFHA 3TWHA 4FZXC 2EX3A 3OS1A 1KVBA 4CEZA 1BIZA 2QXFA 1ZBHA 3AO4A 4JLHA 1VSFA 4KFBA 1VK0A 1SKSA 1NKBA 1J9AA 4CESA 1BI4A 2P5GA 4AILC 4N41A 4CHQA 3RMBA 2HNYA 1D9DA 5HRSA 4KHQA 4CE9A 1Q8IA 2IS3A 1QSYA 1U49A 3ASMA 4J2DA 4FJ8A 1TL3A 3AO2A 4CEBA 3LDSA 2BDPA 3ZSYA 2DFEA 3A2FA 3DI6A 3DLEA 3I0RA 3O4QA 4YFUA 4ELVA 3SUOA 3WNEA 4KHUA 3LZIA 2HHWA 3L3VA 3OYGA 1JXEA 2XHBA 4JS5A 4RG8A 2Q3SA 1C1BA 4CF1A 4FJMA 4DTSA 1A5WA 1Z25A 3AVMA 3OYBA 3DRPA 1RBRA 3M8QA 4FLVA 3AVCA 3MEEA 3NE6A 4DTUA 1LV5A 1ITGA 5KGWA 4M45A 3DMJA 3K5MA 1XC9A 2FBYA 1J53A 1EX4A 1WSHA 3AA5X 3LPUA 4ID5A 3NAEA 2RF2A 3QIOA 2XY6A 2YNIA 4CEAA 4OKJA 4CGGA 3RRHA 4DTRA 4Z4FA 4FK2A 4M41A 4HTUA 1RDBA 1RT5A 3V9XA 3ZSVA 2DTUA 4BE2A 5I3UA 3K5LA 3KK3A 1BHLA 4BDPA 1D9FA 4PQUA 3KD5E 4H4MA 2HW3A 1KCFA 3K57A 4FVMA 2VWKA 1QSLA 4EP4A 3G10A 3NF6A 1A5VA 1W9HA 3P1GA 1C1CA 5KRTA 3MXIA 1NK7A 4QCLA 3BDPA 4OGCA 4DSIA 4CHYA 5KGXA 5DMRA 1SKWA 3PUFA 2Z1HA 1KFSA 2FBVA 2Z1JA 2YKMA 3M8PA 4CJEA 1S1WA 1FXXA 4W5TA 4KHYA 2BE2A 3NF7A 3SYZA 1KVAA 3LP2A 1KSPA 2HHXA 3OYNA 4C8LA 3OYAA 5FDLA 4CGJA 3MEDA 1ASUA 5DK5A 3L2RA 3LWLA 1UA1A 1VRTA 4CFCA 2KTQA 3PX4A 4OVLA 4HUFA 1HNVA 4OKKA 4OLBA 3LZJA 1IKYA 3SUQA 3KLIA 4CEOA 4RW8A 1L3TA 3KJVA 4RW4A 2VG7A 2O4GA 2A1RA 2D0BA 5HP1A 5C24A 4CJ4A 4TSXA 3ALYA 1XI1A 4Y1CA 3CQ8A 4CEFA 3O3FA 3HXMA 3L2WA 2Z1GA 1FK9A 3NGZA 3QETA 3MECA 3SQ2A 4RW6A 4DQPA 4Z4IA 3OJSA 1RBVA 3CM6A 4DLGA 5CZ2A 4EZ9A 4Z4HA 4I9LA 1TAUA 1B9DA 2KW4A 3K58A 2XY8A 1XHZA 4F2SA 4RW7A 4CF9A 3QINA 3RTVA 3PO5A 3RR8A 1BQNA 3NGIA 4E3SA 1C0UA 4EZ6A 4C8KA 4OPJA 4CEDA 1RTIA 4CF8A 2QK9A 3EYZA 3U3GA 2PZSA 4OGEA 2G8HA 2F8TA 3HPOA 3OYFA 1GOAA 3HYFA 1IO2A 3AVIA 4XIUA 3OY9A 3V9WA 3OYKA 4E7IA 1X9SA 4CGIA 4Z4GA 1HNIA 4B8CA 1K6YA 1R0AA 3VQ9A 1S6PA 4IBNA 4B9MA 4DQIA 4KHSA 4O5BA 4CFAA 4DU3A 3AV9A 1IKVA 3B6OA 2WONA 3OVNA 4ELTA 2ITGA 3CG7A 4AHCA 4W5RA 3WNHA 4FW1A 4DQRA 3NBPA 4F3TA 1RCHA 4I2PA 3SJJA 1QS4A 1DTQA 4F4KA 2P51A 3OYHA 2YNHA 2YV0X 5CYMA 1VSHA 1VSJA 2HHTA 3DLGA 4PA1A 3ISNC 2BGGA 4R5PA 4QAGA 3O3HA 1N5YA 4FLUA 3PX6A 3RMAA 3THVA 1NJXA 2R7YA 3KK2A 3NH1A 4G1QA 4DSKA 1S1VA 4CK3A 2OZSA 3VQ6A 4KV8A 3MXJA 3CYMA 3AVNA 4CJQA 1I3AA 4O44A 5FROA 4HCBA 3QEWA 1CXQA 4C8MA 3TR8A 1Q9YA 4W5NA 1KTQA 4F3OA 5E41A 4FXDA 1WSJA 1JLBA 4B08A 3DLHA 1LW2A 5CY4A 4CIEA 1VRUA 3TANA 3TAEA 3KIOA 1RDDA 4IFYA 3LWMA 3DRRA 2G8WA 4J2BA 3ZCMA 1WN7A 5K14A 3WNFA 3KLHA 1RDAA 3HSTB 2IGIA 4ELUA 4I7FA 1XWLA 3LP0A 1Q9XA 4M3TA 1RTDA 1YVUA 3DOLA 2KZZA 1HYSA 4CCHA 4DWIA 2E6MA 3L2UA 2DFFA 4CJPA 3IAYA 3QEIA 1VSKA 1ZBLA 3HPHA 2XY7A 1QTMA 1VSIA 2Z1IA 1L3UA 1HRHA 3DM2A 1DLOA 1GOBA 4FZZA 1NK0A 3HL8A 2YNGA 3TAQA 4NYNA 1RT1A 1VSLA 1HQUA 5KI6A 3ZSZA 1KVCA 1NK5A 1VSDA 1L3SA 3P5JA 2B5JA 4AHSA 1O1WA 3C94A 1NKCA 4JRQA 3HJFA 4FZYA 4E0DA 2HB5A 3RMDA 3HP6A 4CIFA 4E7JA 1Z26A 2KFNA 3NCIA 1HPZA 5HLFA 4CK2A 1CZ9A 3TI0A 2G8FA 4CJRA 4CF2A 2OYQA 5FRMA 1RBSA 3AVHA 5HRRA 1XHXA 5J2QA 3LP3A 3VQQA 2YKNA 3V9UA 2IDOA 4FJ5A 2E4LA 2HVHA 1B9FA 2G8IA 1N6QA 3KK1A 4MFBA 4FLXA 4W5OA 1RBTA 3V1RA 3O3GA 1RBUA 1YT3A 1RDCA 2XRIA 4CEQA 3SQ4A 2D0CA 3CM5A 3WNGA 1EETA 1EKEA 4ID1A 1SV5A 4KTZA 1WSGA 3VQCA 3OYEA 3EZ5A 1L3VA 3K2PA 3TABA 4QOZB 3TAMA 1WAJA 3ZSQA 1SKRA 4I2QA 4J2EA 3E01A 1TGOA 1HMVA 2B6AA 4CGFA 4FM1A 1NKEA 1JXBA 4DG1A 1BQMA 2HNDA 3H08A 4DSJA 4OKEA 1X9MA 3RRGA 2OPRA 3P83D 4CERA 1IH7A 4LSLA 1U04A 4BE1A 3QERA 3SPYA 5J2MA 3MEGA 4AHTA 4WE1A 3F73A 5I42A 4NCBA 3TAGA 4FJXA 2JLEA 3ZT1A 5HRNA 1MU2A 3SV3A 3LP1A 3SV4A 2GV9A 1S9EA 3AVJA 2NUBA 4IFVA 1G15A 1FKPA 1IKWA 3OYMA 1WSIA 5JS2A 3NH2A 1SL2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DXKA 3ZX0A 4NXNK 1KD1O 5BRDA 3QFPA 4PKIA 2X6SA 3H6EA 3LAMA 1NK6A 3VQPA 4GMJB 4KKOA 1LAVA 1VSEA 3ZLJA 4JK9A 5AQMA 1K9MO 2F96A 2E8AA 4H0TB 1YTUA 4KI4A 2E5LK 2P9SA 1ASWA 4DUYK 3DLRA 1QQNA 3HRGA 1JCFA 1OVYA 1Y64A 5HBMA 4UY8O 3L2QA 2YHWA 1BO5O 1J54A 3O9RA 1ZC6A 4CF0A 1GOCA 5FLXO 3BF1A 3NH0A 4FJJA 2F8SA 1YJ9N 1EWQA 3CCMN 4CJTA 2QKBA 3SAFA 5AFUA 3U4LA 4GVMA 4HVJA 5GAHP 5B8HA 2NNWA 3NF9A 3V9SA 4G9ZA 1C0MA 4MQ3A 3CC7N 3CMAN 4B1YB 3S3NA 4B9TA 3T19A 3S3OA 1TVRA 4FWQA 1WAFA 1NMDA 1GLCG 5C42A 3THXA 2O8EA 3G0ZA 2RPIA 5A2QO 4LF4K 2P9KB 4Q5VA 4PKHA 1TL1A 1BA0A 3QNNA 3ZT2A 4K8ZA 2YNFA 3MAQA 4MO4A 4BRPA 1S9GA 1X9WA 4DTNA 1Q18A 1JL2A 3IG1A 1DTTA 3EE8A 5C2FA 1R59O 3TSPA 1HLUA 4JI5K 3I33A 1RT6A 1BI4B 1S72N 2PYJA 3R6MA 3V1QA 3O08A 2OTJN 4KHNA 1U45A 4J2AA 2ZGZA 2RKIA 3TARA 3AVFA 4OPKA 4DFMA 4FJGA 3QEXA 4KHPK 4FCYA 1HYZA 3I8DA 2NZTA 4IEEA 4NYFA 3WXKA 3CD6N 3KVGA 5AQFA 4DTMA 2ATQA 3TAFA 2E88A 4Y1DA 4N5SA 4FYDA 1BOTO 5M1FA 3ENBA 3U8XA 4CZJA 4E7HA 2YHXA 5BN8A 3BEXA 4DR4K 1RDUA 4DR3K 2Q97A 4KAZA 4CECA 3SMSA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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