4O5BA

Hiv-1 integrase catalytic core domain complexed with allosteric inhibitor (2s)-tert-butoxy[6-(5-chloro-1h-benzimidazol-2-yl)-2,5-dimethyl-4-phenylpyridin-3-yl]ethanoic acid
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKTAWWAGIKQEFGIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein/inhibitor
molecule keywords Integrase
publication title A New Class of Multimerization Selective Inhibitors of HIV-1 Integrase.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 40
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2013-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4o5bA00
3K57A 2DFFA 4NCBA 1DLOA 2OZMA 1B9FA 1ZBLA 1FXXA 1HYSA 2RN2A 4E1NA 4N5SA 3F73A 4EP4A 5CZ1A 4DTUA 4DTRA 4QOZB 2G8VA 2XY7A 3NGZA 3VQQA 4Q0BA 3LP1A 1KFSA 3MXMA 4NCGA 5I3UA 1NOZA 4C8MA 4FK4A 3CYMA 3V1QA 1TKDA 4KB0A 2XO7A 1NK4A 4CHOA 5JS1A 4DG1A 2IGIA 4CJLA 3KLEA 4FJJA 4OKKA 4H8KA 1BIUA 2ZQBA 3AV9A 4CGJA 3KKSA 3OYIA 3L8BA 1I39A 2D0BA 3TAQA 2RF2A 1BHLA 4E19A 2XY5A 4LH4A 3ZSOA 3QINA 4KREA 1GOBA 4CF1A 4I2QA 3QNOA 1N5YA 4H4OA 4Z4IA 4UQGA 3D0PA 5FRMA 4N47A 2HMIA 1ZBHA 3DLRA 3KK3A 3C95A 1ZBUA 1O1WA 1RDBA 3LPTA 1FK9A 1LWEA 4HHTA 3MXJA 4RW9A 4KHQA 5E41A 5CY4A 1C1AA 2IAJA 3VA3A 1RT5A 3TAMA 3ZSYA 4FM0A 1RT2A 3MECA 2FBYA 3OY9A 3HM9A 4FLWA 1G15A 1JLAA 3DRPA 4LD0A 4N56A 1TL3A 4B8AB 4DTOA 3OJSA 1RT4A 4CJTA 4KHYA 3M8PA 3SQ0A 1VK0A 1L3SA 4FJ8A 4DSJA 4M3ZA 2HHTA 5HROA 2QK9A 2QKBA 2P51A 5HRPA 1VRTA 4Q5VA 4DTMA 3WNEA 4DFKA 3AVJA 3IS9A 4DU1A 4FJHA 4CGGA 3PX6A 2B4JA 4BE0A 3S3MA 3KLHA 1RBVA 2YKMA 3QIOA 3ZSVA 4CK2A 3HJFA 2O4IA 3OS2A 1TAQA 1KLMA 2ETJA 4O55A 2Z1IA 2XY8A 5FROA 4Y1CA 2D0AA 4NYNA 4DFMA 1FKPA 3TABA 2B6AA 2KZMA 1UOCA 1CZBA 2G8IA 2AJQA 2BDPA 2E6MA 4IG3A 3TANA 2HHWA 3DLHA 4B9NA 3I8DA 1XHZA 4I9QA 5J2NA 4O4GA 4CGHA 1NK0A 1HYZA 3HVTA 2HNDA 3ASMA 3ISNC 3RR7A 1WSHA 3CG7A 3KLGA 2OPRA 1TK8A 4FJ7A 1C0MA 3OS0A 3CQ8A 1QS4A 4CJUA 4KTQA 2WONA 3LWMA 4M45A 3HXMA 3VA0A 3V9XA 4GVMA 1SV5A 1RDAA 1B9DA 4KRFA 3ZSRA 3KIOA 4LY7A 4CJPA 4DFJA 1EP4A 3ZT3A 4CFBA 4H4MA 1ZBIA 3G0ZA 3QEWA 4N76A 3NF9A 4BWMA 1S6PA 4CJFA 3C6UA 4FJMA 4O0IA 4G1QA 2A1RA 4IKFA 3O3GA 1IKWA 4FYDA 1RBUA 1WN7A 5HBMA 4I9LA 2ZE2A 3AVHA 4AHUA 1EX4A 2IS3A 2ITGA 4GW6A 4W5QA 4B9LA 1ASWA 5J1EA 1WSJA 4IBNA 3LDSA 2OZSA 3NGYA 4M3RA 3KLFA 3O4NA 3DLBA 4O0JA 3VQAA 1Q9XA 4KHWA 4AHVA 1NK6A 2YKNA 4OKJA 3ZT1A 1L3TA 3PO4A 1HQEA 1VSMA 2Z1GA 3KTQA 1BI4B 3BGRA 2HHUA 3VQEA 4HTUA 4B9SA 3PY8A 2PY5A 3SQ2A 4F8RA 1LWCA 4KAZA 4FW1A 4Y1DA 4K8XA 2E6LA 3OYGA 4AHSA 3NHGA 4C8NA 4DQSA 1LWFA 3WNFA 5J2PA 4KHUA 1BQNA 1NJYA 1J9AA 1A5VA 4M41A 3NH1A 2JLEA 3RR8A 4B08A 1KVAA 1RTJA 3ULDA 4CEAA 3L3UA 3DOKA 3HPHA 2YNFA 4AHTA 3JYTA 3HO1A 4ID5A 3EY1A 5C25A 3L2QA 5HRSA 4FJ5A 3OYFA 2Z1HA 4CEDA 5SWMA 1TGOA 3MXIA 1DTQA 3OYLA 3AO3A 1KLNA 2P5GA 3VQBA 3SV3A 4LH5A 5KRSA 2EX3A 3CM5A 3SUOA 1Q9YA 2W42A 3NDKA 1KVCA 3TAFA 1U49A 4FZYA 1IG9A 1BIZA 1TKZA 3HP9A 3O3HA 5FRNA 1N6QA 1TAUA 3QESA 2HB5A 4DLGA 3A2FA 4ZTJA 4FJKA 1VSLA 1BQMA 1RBSA 4M3WA 3S3NA 3T3FA 3LZIA 2XHBA 1S1XA 1VRUA 4M3YA 2ZD1A 2DFHA 3AVGA 3VQ8A 4EP5A 5HRNA 3V9ZA 4KPYA 4E7LA 3KKRA 4E3SA 3RMCA 3AVIA 4O5BA 1EXQA 4HUGA 3NGIA 3LP3A 1HNIA 4IFVA 3SCXA 3TAGA 3AVFA 3E01A 1U48A 2D5RA 3B6OA 1VSDA 3PUFA 5JS2A 4WE1A 5DK5A 4DTSA 1NJWA 4F2SA 2F8TA 1DTTA 1RDDA 5DMRA 4J2BA 1RT3A 4LSNA 4KHNA 1HNVA 5SZTA 2IDOA 4E7IA 4DTXA 1XC9A 4O44A 4CFCA 4E7JA 1NK9A 3NCIA 2HHSA 3THVA 1RT6A 1I3AA 1T03A 4CERA 1RILA 1WNSA 3V4IA 1JL2A 4DTNA 3M8RA 1KTQA 5J2MA 4FK2A 3NBPA 2Q3SA 5HP1A 1GOAA 1Q8IA 4CJRA 1U45A 1SL2A 3SI6A 4FK0A 4PUOA 4HVJA 1SKWA 3DLEA 3LWLA 5T7BA 1JXEA 4Z4HA 1VSHA 4KKOA 1XWLA 1RNHA 3LPUA 4F3TA 3OYAA 1QSSA 4PWDA 4HUEA 3SNNA 4RW4A 5C42A 1X9MA 3ALYA 3VQPA 4ELUA 3VQ9A 4E89A 3ZCMA 4CF2A 4CHNA 3ZT0A 4RW8A 1QSLA 4CCHA 5D3GA 4CK1A 4N41A 5FDLA 4B3OA 3TARA 3MEEA 2FC0A 3QEXA 1HQUA 4M3UA 1BCMA 2FBTA 4PQUA 3NFAA 1KCFA 2HNYA 3CFRA 2G8WA 4CECA 4OPKA 4B9MA 4CJEA 1CXQA 3PX4A 1CXUA 2KW4A 4W5RA 2OPQA 3K58A 5HLFA 4IDKA 2VG5A 4Z4GA 4FJGA 3ZSQA 3QERA 4DTJA 2FBVA 1JLGA 4FLTA 4BDYA 4DSKA 1NOYA 3OYNA 2G8HA 4JS5A 3RRGA 1QSYA 3K59A 1J54A 4CEBA 1S1UA 1X1PA 2X6SA 1YVUA 3AA3A 3KD1E 2P1JA 3ZT4A 4CIEA 4YNQA 4DF4A 2HHQA 1RTHA 1VSFA 2X74A 3V1RA 3AVBA 2WOMA 4FLZA 1NK5A 4KHSA 1QTMA 3NF8A 1J53A 3L2RA 1WSIA 4JRQA 4J2EA 2PYJA 3M8QA 3WNGA 3O3FA 3AVCA 4Z4EA 4MQ3A 3H08A 3VQ6A 3UIQA 4FLUA 4HUFA 3DOLA 1KSPA 3HVRA 2VWJA 1RTIA 2DY4A 3OYCA 3NE6A 3S9HA 2Y1JA 3TR8A 3CFPA 4FJIA 2HW3A 1XHXA 2Z1JA 3U6FA 1SL1A 4FM2A 1S5JA 1TKTA 1HMVA 4CE9A 1F21A 4MFBA 4I2PA 1L3UA 3QETA 2PZSA 1WSFA 1S9GA 3D45A 3V81A 3SUPA 4ELTA 4FZZA 1U4BA 4M3XA 2JGUA 3ZSXA 4OPJA 1W0HA 3TAEA 4L8RB 1C0TA 1KVBA 4IG0A 1TVRA 1Z26A 1ASUA 3LAKA 3VN5A 4DS5A 3V9SA 4E7HA 1S1WA 3SUQA 4KI6A 3B6PA 3L2VA 2HHXA 3HL8A 4Z4CA 3MAQA 1RCHA 4AHCA 3RMDA 2GUIA 3SPYA 3OYMA 5I42A 1D9DA 2PYLA 1IKXA 4C8KA 4FJLA 3LANA 4DS4A 1U47A 3DLKA 3VQ7A 4FJ9A 4CJ4A 4HCCA 4KB1A 4FJNA 1K6YA 1CZ9A 1U04A 2X6NA 4RW7A 3OYJA 1LV5A 4DU3A 3PV8A 1X9WA 2YNIA 3HT3A 3S3OA 2G8KA 1SKSA 3OYHA 4JRPA 4CHPA 3SZ2A 4F2RA 4DQIA 1ITGA 1FKOA 1RBRA 3SUNA 1L3VA 1IH7A 3RRHA 2F96A 4Z0UA 4CHZA 3JSMA 3G10A 4F4KA 2R7YA 4CJKA 3P83D 4CESA 4NYFA 1EETA 3ITHA 3NH0A 2F8SA 2YNHA 3K2PA 3O4QA 3SQ4A 1GOCA 1JLBA 3OYEA 4TSXA 4DFPA 1C1BA 1LW2A 1S6QA 3K5NA 3QNNA 3V9UA 4AH9A 2A1SA 1L5UA 5CYQA 3ZT2A 2OPSA 2I5JA 4XIUA 4W5OA 4FJXA 1S9EA 4W5NA 4BDZA 2E4LA 3AA2A 3AA4A 4DSIA 4GMJB 2IOCA 1JXBA 4CFDA 4CF8A 4KTWA 3HPOA 3SYZA 3KJVA 1BGXT 1EKEA 1JLEA 3V1OA 5KTQA 3SJJA 1NK8A 3PX0A 4DQRA 3IAYA 5KRTA 1BI4A 3DYAA 4ID1A 1MU2A 1BISA 4CJ3A 4HCBA 1A5XA 4ICLA 4PA1A 5KGXA 4DQQA 1D8YA 4CJVA 2G8FA 4CF9A 1TKXA 1BCOA 1C0UA 1D5AA 1QQCA 3DRRA 1TK5A 3C6TA 3LALA 4OKEA 3NH2A 4B9UA 4J2AA 4DSEA 3LP2A 3AO4A 4CEOA 3AO1A 1A5WA 5KGWA 3RTVA 1ASVA 2XY6A 3QEPA 1RBTA 1IKVA 1XI1A 1S1VA 2KQ2A 3AO5A 3QLHA 2GBZA 2YNGA 3AVLA 2D0CA 1HPZA 3NAEA 1WSGA 3FFIA 3OS1A 1JL1A 1VSEA 1QE1A 2HHVA 1Z25A 4CEFA 3OYBA 1TL1A 3KK1A 4JS4A 3V6DA 1YTUA 3KD5E 2BE2A 2RPIA 2HNZA 3MEDA 3K5MA 3SQ1A 2LSNA 1D9FA 2HVIA 4BWJA 1UA1A 4OLAA 4FW2A 3HSTB 4FVMA 3OYDA 4DMNA 3RMBA 1LW0A 3DM2A 3OVNA 3VQ4A 1JLFA 1JKHA 3MEGA 2DTUA 4E1MA 4BE2A 2FBXA 4NCAA 3DI6A 1SUQA 3QIPA 1UAXA 4QAGA 1S1TA 3VQ5A 3L2WA 1NKEA 4M42A 3AVNA 3AO2A 4DU4A 1Y97A 1ZYQA 3ZSZA 1X9SA 4ZTFA 4CHQA 4DWIA 1NJXA 1YT3A 3SPZA 2QXFA 4BDPA 2KZZA 3P1GA 4E7KA 3T19A 4DQPA 4AILC 1IO2A 3OJUA 5CZ2A 1UA0A 4DTPA 3QEIA 3TWHA 3DMJA 1RTDA 4CIFA 1W9HA 1SL0A 2X78A 3LZJA 2BGGA 3WNHA 3AVMA 1KRPA 4DSLA 3HPGA 4CEZA 4CK3A 4YFUA 4FLVA 4DF8A 2VWKA 3C94A 3HK2A 1WLJA 3DLGA 1WAJA 4CGFA 3DRSA 1C1CA 3AVKA 4AHRA 3LAMA 2QKKA 3RWUA 2IC3A 3L2UA 2ATQA 3P5JA 1TK0A 4F3OA 5EU7A 4FCYA 3IRXA 1HYVA 4OGEA 4IFYA 1LAVA 4CGIA 1T8EA 1ZBFA 3K5OA 2KFNA 1VSJA 1RT1A 1VSIA 1VSKA 1WSEA 4OGCA 3VQDA 4EZ9A 2P5OA 1JLQA 2BANA 3I0RA 3QO9A 5J2QA 3I0SA 3EYZA 4JLHA 2YHAA 1QHTA 5K14A 3ZSWA 4CGDA 3K5LA 2YV0X 4B9TA 2G8UA 4K8ZA 3L3VA 4J2DA 1HJRA 2DFEA 4LSLA 4CFAA 4KTZA 2Y1IA 3RMAA 4R5PA 1BL3A 4FLXA 2OYQA 4CHYA 4PY5A 4CJSA 2KTQA 2VG6A 4CEQA 4KI4A 1NK7A 4B9VA 2XRIA 2OA8A 4CJQA 3TAPA 2KFZA 3AVAA 1IKYA 4RG8A 4CF0A 3SV4A 3IG1A 2B5JA 3F9KA 4ZHRA 4M3TA 4DSFA 4OLBA 2O4GA 1RT7A 4W5TA 4BACA 3T1AA 3CM6A 4KV8A 3NF6A 3HP6A 4QCLA 5HRRA 1KFDA 2NUBA 4KO0A 5KI6A 4ELVA 4FZXC 3VQCA 1J5OA 1B92A 4C8OA 1REVA 1NKCA 1JLCA 3KK2A 1SKRA 1T7PA 5C24A 3CFOA 2EHGA 3OYKA 3KLIA 1HRHA 3NF7A 1C6VA 4DLEA 4FLYA 3PO5A 4OJRA 2OPPA 4BE1A 3U3GA 4EZ6A 5CYMA 3QEVA 4C8LA 3TI0A 1TV6A 3BDPA 4OVLA 3V9WA 4CEEA 3M8SA 1LAWA 2HVHA 2RKIA 2YHBA 2GV9A 1UWBA 1CLQA 3HYFA 3EZ5A 1R0AA 1NKBA 4Z4FA 1YTAA 4E0DA 3AA5X 3U3YA 4RW6A 1RDCA 4CIGA 1WAFA 1NJZA 4KFBA 4FM1A 4I7FA 2VG7A 4B8CA 4CJ5A 4CJWA 1T05A 4FXDA 3LP0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K57A 1NGHA 4CD3A 1K73O 4NCBA 2YHWA 4N5SA 4EP4A 2QW9A 2G8VA 4YOXA 4BGBA 3DXKB 5ELZA 1RDUA 4JKEA 3VTIA 5BR8K 1TKDA 4DG1A 4FJJA 3AV9A 1IBKK 1U2VA 3TAQA 5M1OA 4E19A 2XY5A 4BRKA 4JI2K 3ID6A 3QNOA 1N5YA 1YI2N 4Z4IA 5FRMA 2HMIA 1ZBUA 4CZMA 1WBBA 4LFAK 1FK9A 5JLHA 1LWEA 4Z94A 4HHTA 3MXJA 3L0QA 1C1AA 3C7NA 3VA3A 4QS7A 3TAMA 2IVOA 4FM0A 3MECA 4FLWA 2OTLN 4BQLA 4B1UB 4BR7A 3OJSA 1RT4A 4FJ8A 1VQPN 3IKMA 4I6MB 1BUPA 5E84A 5LL6Z 2QK9A 5HRPA 1VRTA 4DFKA 4FSVA 1VAZA 4H0YB 3QIOA 5C2DA 2O4IA 3AGKA 4IOAL 3TSQA 1FKPA 2B6AA 1UOCA 2BDPA 2Q36A 2HHWA 1K8AO 3I8DA 1XHZA 4CGHA 3OTOK 2HNDA 3RR7A 3VEOA 4M63C 3CQ8A 3DAWA 2ASMA 3HXMA 3VA0A 4OPAA 1B9DA 3P39A 3ZSRA 4CJPA 3G0ZA 4N76A 2O8CA 3RVCA 4FL9A 1RBUA 1NGCA 2ZE2A 4GW6A 4W5QA 4MO5A 1ASWA 1KAZA 3NGYA 3DLBA 3THYA 1L3TA 3PO4A 4BC4A 1HQEA 1E3MA 4J8FA 4BGAA 2HHUA 5BREA 2PY5A 3SQ2A 4FW1A 4K8XA 1KC8O 3NVKA 4DQSA 4H5RA 3A8YA 1NJYA 3NH1A 1Z05A 3RR8A 4B08A 1KVAA 3ULDA 4CEAA 3L3UA 3R3LA 3HPHA 2YNFA 4CZKA 1KXPA 1C0GA 3WXJA 3FFKB 3QFPA 3OYFA 3K9KA 4OO1J 5IWAK 4GY2B 5SWMA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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