4OJRA

Crystal structure of the hiv-1 integrase catalytic domain with gsk1264
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
150
structure length
131
Chain Sequence
PGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSATVKAACWWAGIKQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Allosteric Inhibition of Human Immunodeficiency Virus Integrase: LATE BLOCK DURING VIRAL REPLICATION AND ABNORMAL MULTIMERIZATION INVOLVING SPECIFIC PROTEIN DOMAINS.
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords HIV-1 Integrase
total genus 50
structure length 131
sequence length 150
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ojrA00
1Q9XA 4CF0A 4CJSA 2HHVA 3IS9A 3ZSYA 1LV5A 3AV9A 5HRSA 4F2SA 2PZSA 2ITGA 4CHYA 3OYMA 3EY1A 1KRPA 2RN2A 2XRIA 1NK6A 3AVGA 1BIZA 3SQ0A 1LAVA 2IAJA 2OZMA 3VQAA 2HHUA 1D8YA 4B9NA 4DU3A 3DLGA 3CYMA 4J2AA 1C1AA 1VSFA 1YVUA 1CXQA 2YHAA 4IG3A 3M8PA 4KREA 3L3UA 1RTDA 2HHQA 3ULDA 3THVA 1T05A 4IDKA 2BE2A 3M8QA 1RBUA 1T8EA 4F4KA 1NK7A 4E7LA 2ATQA 4FJNA 1ZBIA 3KK2A 2QKBA 3AVJA 1GOAA 3LAKA 3HM9A 3KD5E 4E1MA 3DMJA 3MXMA 3U6FA 4EP4A 2YKMA 1SKSA 4FLWA 1NK5A 4CJFA 4AILC 1BIUA 1LW2A 2XHBA 3A2FA 1SL0A 3AA2A 5FROA 4N47A 3NCIA 4LSLA 2DFEA 3O3HA 4BWMA 3O3FA 5SWMA 1J54A 4DFPA 4KHSA 4B9SA 3OYKA 4JLHA 2I5JA 1BCOA 1W0HA 1L3UA 2G8WA 4O0JA 3CFPA 1WAFA 4W5TA 1L3SA 4LY7A 3AVHA 1S1VA 2XY8A 1RTJA 3DLBA 1BI4A 4KRFA 1RBVA 4I2QA 4CEOA 2Y1IA 3OYFA 4BWJA 5CZ1A 3QNNA 2P5OA 4W5OA 3JYTA 4FM1A 4CF1A 4PY5A 2X74A 1BGXT 3KK1A 4B9MA 4ID5A 4HUEA 4DTNA 1R0AA 3T3FA 1WSHA 4GVMA 4OKEA 4YFUA 3SJJA 3M8SA 1U04A 2X78A 1J9AA 3O3GA 1HRHA 1JLBA 4Y1DA 2A1RA 4KV8A 3SNNA 3MEEA 4DU4A 3NF6A 4Z4IA 3NFAA 1JXEA 3HL8A 3OYAA 4FK2A 1RT5A 2YNHA 4CHOA 1EKEA 3QEIA 1WSIA 5HRNA 1N5YA 1WSFA 1QHTA 3L2VA 3DLHA 2HHSA 2X6NA 3PX4A 1IH7A 1RTHA 1WN7A 4DTSA 2B6AA 1ITGA 5DMRA 4AH9A 1K6YA 1TK8A 4DTPA 3HVTA 3QIOA 4CK2A 3OYDA 4B8CA 1HYSA 1NOYA 3PO5A 1C6VA 1RT4A 4ELTA 1JLGA 5KRSA 2XO7A 3MAQA 3L3VA 2HMIA 2FBVA 4DSLA 2OPPA 3MECA 1A5WA 3H08A 2IOCA 2YNIA 5KRTA 3V1RA 4B9LA 4CHNA 1JKHA 3V81A 4FJMA 4C8NA 3AVKA 4BE0A 4EZ9A 3ZT1A 5EU7A 2DFFA 3TR8A 1ZYQA 1QQCA 4BDYA 2YHBA 5JS2A 1IKYA 3VQEA 1ASVA 1FK9A 4CJ3A 4PA1A 4C8OA 5HLFA 3V9UA 1IG9A 1Z26A 2ZQBA 4QCLA 1KLMA 4HCBA 3NE6A 4CIEA 2VG7A 4DSIA 1TKTA 1U49A 1W9HA 4H4MA 3ZCMA 2YNGA 4JRQA 4FLTA 4JRPA 3QERA 2OA8A 1IKVA 1BL3A 4NYFA 4OKKA 2JLEA 4E19A 1EXQA 1I39A 3NGYA 5T7BA 2WONA 1S1WA 4O55A 1NK4A 4KHQA 2O4IA 3SV3A 3MXJA 1L5UA 2HVIA 3L2WA 3AVBA 4F3TA 1YT3A 4CEEA 3G10A 3TARA 2GV9A 4KI6A 4CJKA 2HHTA 3KLHA 1MU2A 4Y1CA 3OYHA 2KTQA 5I42A 1BQNA 4YNQA 3BDPA 4FJ5A 2KQ2A 1VSDA 3DLRA 3DM2A 3ZSOA 3AVNA 3VA0A 3HVRA 4PUOA 4AHTA 4FJHA 1F21A 1TVRA 5SZTA 3ZSWA 5J1EA 4DFMA 2KFZA 5HBMA 2FBTA 4WE1A 1TKZA 2BGGA 1VRUA 5FRNA 5CYQA 3OS0A 2EX3A 3AA3A 1LWEA 3CM6A 2G8VA 4E0DA 1KVAA 2XY7A 1RDAA 3ZSXA 1X9WA 1X1PA 1TAUA 1EETA 2RKIA 3TAQA 1QSSA 1WSGA 4FM0A 1JLFA 4DS4A 4CEAA 4HUGA 1TK5A 3OYNA 3K5LA 1BCMA 4M3ZA 4HTUA 1T03A 4MFBA 4KTZA 4DSKA 4FZYA 4DSFA 3QNOA 4TSXA 3NBPA 2XY6A 3LP3A 2KFNA 4DS5A 2ZE2A 3KLEA 2HNDA 2DY4A 3S9HA 3MEDA 4CFAA 3P83D 1TGOA 1RBTA 3QEXA 3PV8A 1KFSA 1NOZA 1XWLA 1D5AA 2IGIA 2ZD1A 3IAYA 4FYDA 3KD1E 1ZBHA 1S6QA 3BGRA 1UA1A 4MQ3A 3UIQA 4CGIA 4CJWA 2AJQA 3QIPA 2OZSA 2IC3A 3P5JA 4AHUA 3SZ2A 3LP0A 3QETA 4CGGA 4JS5A 2QXFA 4OGCA 1HQEA 4G1QA 4I2PA 4CF8A 1D9FA 2YV0X 2VWKA 3AVCA 3HXMA 3SI6A 5FRMA 4CEFA 1KTQA 4I9QA 1NJYA 3LPTA 1TKDA 3DLKA 4CFCA 2D5RA 2G8FA 4O4GA 1U45A 3NH2A 2O4GA 3RMCA 4RW9A 1RBRA 4DF8A 3V9XA 3I0SA 3ZT2A 3C6TA 3D45A 5CY4A 4C8MA 3AO1A 4OPKA 3KLGA 4O44A 1RT6A 4ZHRA 1RBSA 2B5JA 5C42A 4DU1A 4DTXA 4DTJA 4W5NA 3MEGA 4Z4GA 4NCBA 4M3XA 4N76A 3AA5X 1DLOA 1SV5A 3QO9A 1FXXA 4DQSA 1C1CA 2LSNA 4KI4A 3KLIA 4HUFA 4KB0A 4B3OA 3KK3A 3WNFA 3NH1A 4K8ZA 2R7YA 1SL2A 3WNEA 1C1BA 4FJIA 3KTQA 4FJXA 3HJFA 3O4NA 1S9GA 4CESA 4NCAA 3AO2A 4NYNA 3LP2A 3AVLA 2PYJA 2HW3A 3TAFA 1JXBA 3ZSZA 4HVJA 4Q5VA 4FLYA 1J5OA 2FC0A 3E01A 3SPYA 4FJJA 4ID1A 5C24A 3LANA 3V9ZA 4CJTA 1HPZA 5DK5A 4BDPA 3V4IA 1VRTA 4DLGA 5FDLA 3DRRA 2G8UA 3QEVA 1B9FA 3QINA 4E7JA 1UA0A 4ZTFA 3L8BA 3SUPA 1U47A 1NK9A 1NJXA 1CLQA 1JLEA 3QLHA 2Z1HA 1XHZA 1XHXA 1SUQA 4CJRA 4CHPA 3VA3A 1KCFA 4FLZA 4DTOA 4DTUA 4DFJA 4FZXC 1HYZA 4AHRA 3KIOA 4H4OA 3OS2A 4IKFA 4J2DA 4QOZB 1LWFA 3S3OA 3HPOA 3LAMA 4DMNA 3C6UA 3DI6A 4Z0UA 4W5QA 3EYZA 4FXDA 1WLJA 2IS3A 4M41A 3OYBA 1KSPA 4M3UA 2HVHA 5E41A 4DWIA 4Z4CA 4CFBA 1JLAA 3S3NA 3K5OA 2FBYA 3ZT0A 3NH0A 5JS1A 3WNHA 1VSLA 3NAEA 4FLVA 2F96A 3IG1A 4CGFA 1SL1A 4CERA 3P1GA 2GUIA 4EP5A 3PY8A 4F8RA 1RTIA 1CZBA 3OYJA 1L3TA 4J2EA 4N41A 3ALYA 1IO2A 1VK0A 2E6LA 4KO0A 3K58A 1NJWA 4CJ5A 2XY5A 3L2UA 1TV6A 1GOBA 1U48A 3NDKA 4FZZA 1C0MA 1NK0A 4FLUA 1NK8A 3HPGA 1I3AA 3SQ2A 1S1UA 4KTWA 4NCGA 3HO1A 1J53A 2BANA 4CGDA 4K8XA 3KKRA 4O5BA 4M45A 2P51A 4IBNA 1S9EA 2G8IA 4FM2A 1Q8IA 4RG8A 1N6QA 4DF4A 3OS1A 2P5GA 3V9SA 4CGHA 4FK0A 3HK2A 2FBXA 2PYLA 3KJVA 2OYQA 4KAZA 2OPQA 2Z1JA 1CXUA 4LH5A 3VQDA 3ZT3A 2P1JA 1HMVA 4AHCA 3KLFA 1QSLA 4EZ6A 1JLCA 4QAGA 4LSNA 4ICLA 5K14A 3CFRA 1DTQA 1HNIA 3OYEA 2F8TA 1JL1A 1A5XA 2A1SA 3V9WA 3LZIA 2OPRA 5KTQA 4RW6A 4CEZA 1SKRA 1BQMA 1UAXA 4N56A 2HNZA 3LALA 1QE1A 1RILA 1ASUA 1RT7A 2RPIA 3VQCA 1JL2A 1HJRA 3SUQA 1NJZA 2D0CA 3SQ4A 1XI1A 4DTMA 2KZZA 5HRPA 4KTQA 1YTAA 3CFOA 3NF9A 3L2QA 1VSEA 2VG5A 3ITHA 4GMJB 3TI0A 4F2RA 4CE9A 2F8SA 1RDBA 1RDDA 1UWBA 5J2QA 1C0TA 1VSMA 4BE2A 2GBZA 4FLXA 1RNHA 2BDPA 3D0PA 1X9SA 3TAPA 4CK3A 3HP9A 3OY9A 4FW1A 3SUOA 4KHYA 3OYIA 2X6SA 1IKXA 4Z4HA 3LZJA 4E89A 1TKXA 4OJRA 3NGZA 4HHTA 3TWHA 2E4LA 4ZTJA 4L8RB 1EP4A 3RR8A 4W5RA 4CIGA 4LH4A 5KGWA 3SQ1A 1XC9A 3AVMA 3B6PA 4CJPA 2OPSA 1U4BA 3PUFA 1S6PA 1FKOA 3AVAA 3V6DA 3G0ZA 3VQ7A 3VQQA 3T1AA 4B9UA 3HSTB 4DLEA 3HPHA 1KVBA 2HNYA 4FW2A 4GW6A 1QSYA 3I8DA 1HYVA 4OVLA 3QEPA 5KGXA 3SCXA 3V1OA 3SUNA 4B08A 4IFVA 3JSMA 1YTUA 1REVA 4OLAA 5I3UA 1LWCA 3AO3A 4OPJA 3K5NA 3ZSRA 3ZT4A 2PY5A 2HB5A 2KZMA 1Z25A 3WNGA 1KFDA 4Z4FA 2DTUA 4KHUA 3LPUA 4AHSA 4JS4A 4O0IA 3V1QA 5HRRA 3HT3A 3RRHA 2E6MA 1EX4A 3DRPA 3IRXA 3HP6A 3MXIA 4DFKA 3SYZA 3TABA 4B9TA 2W42A 4UQGA 3VQPA 4PWDA 2NUBA 4N5SA 3AO5A 1KVCA 3ISNC 5KI6A 3VN5A 5J2MA 3RRGA 1ASWA 4PQUA 4H8KA 4M3TA 4ELVA 3O4QA 3KKSA 4DQPA 4E7HA 3B6OA 4M42A 4KPYA 1VSHA 1WAJA 3LWMA 4DQIA 1BI4B 1WSJA 3LWLA 4LD0A 4FJ9A 1TL1A 3RWUA 1TL3A 3K59A 4BACA 1T7PA 3VQ6A 1WSEA 3M8RA 4FJGA 3ZSVA 2D0BA 3NGIA 1B9DA 1S5JA 3AVIA 1WNSA 4CEQA 4CJQA 3K57A 3RMAA 4KFBA 2G8HA 3RR7A 4C8KA 3U3GA 1ZBLA 2WOMA 1Q9YA 2B4JA 4FVMA 1VSIA 3OYLA 5CYMA 5J2NA 3OYGA 1L3VA 4DSJA 1C0UA 1RT1A 3DLEA 3DOKA 4CF2A 4FJ7A 1GOCA 2Z1IA 4E3SA 4CK1A 3L2RA 1ZBUA 4E7IA 4M3WA 1IKWA 1G15A 2Q3SA 3VQ4A 2Y1JA 2VG6A 5HROA 4CJEA 2YKNA 4KKOA 4XIUA 3RMBA 4CEBA 5HP1A 1B92A 2DFHA 1S1TA 4DG1A 1BHLA 4CF9A 1NKEA 4HCCA 4CJLA 3ASMA 1KLNA 1LW0A 1UOCA 5C25A 1RT3A 3SPZA 3TAEA 3VQBA 1NKCA 1JLQA 3VQ8A 3T19A 1FKPA 4OKJA 1NKBA 4AHVA 1TK0A 3LP1A 2RF2A 4J2BA 4E1NA 3LDSA 3OVNA 4RW4A 3SV4A 4CIFA 4DQQA 4F3OA 3VQ5A 3F73A 3TAGA 4RW7A 2QKKA 3I0RA 1RDCA 4ELUA 3RMDA 4KHWA 4IFYA 3VQ9A 3OYCA 4E7KA 3TAMA 1CZ9A 1HNVA 1S1XA 2IDOA 3QESA 1ZBFA 4B9VA 2JGUA 4BDZA 4OGEA 3QEWA 4KB1A 4RW8A 1BISA 3FFIA 4I7FA 5J2PA 3F9KA 4FJLA 1VSKA 4CECA 3AA4A 3RTVA 1TAQA 4FJKA 4CJ4A 4CJUA 3OJSA 1QS4A 4BE1A 1Y97A 3U3YA 3NF7A 3C94A 4CJVA 2KW4A 4CHQA 4I9LA 3PX0A 3S3MA 3DYAA 3K2PA 1SKWA 3DOLA 4FJ8A 2G8KA 3DRSA 4FK4A 3NHGA 2HHWA 1RT2A 2EHGA 1A5VA 3OJUA 4KHNA 3PX6A 4DSEA 3NF8A 2YNFA 1QTMA 4IG0A 4CEDA 1X9MA 1VSJA 2Z1GA 3TANA 2HHXA 2D0AA 1D9DA 4CHZA 3CQ8A 1DTTA 4FCYA 4CCHA 4Z4EA 3AO4A 3PO4A 3AVFA 3C95A 4C8LA 1O1WA 1HQUA 5D3GA 1RCHA 3ZSQA 3CG7A 4M3RA 1LAWA 2ETJA 4M3YA 4Q0BA 3CM5A 4B8AB 5CZ2A 4DTRA 2QK9A 3HYFA 4R5PA 3K5MA 4OLBA 4DQRA 4CFDA 3EZ5A 2VWJA 4CGJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Q9XA 3BF1A 2E2NA 3MN7A 2PZSA 2O8DA 2RN2A 1BIZA 1T3VA 4DV6K 3SQ0A 2HHUA 2P9SA 4DU3A 3CYMA 4J2AA 1VSFA 1YVUA 2YHAA 4LFCK 4CD3A 5MLCQ 3ULDA 2BE2A 2Q97A 1T8EA 1NK7A 4E7LA 1YVNA 2QKBA 3AVJA 3LAKA 1SKSA 4IO9L 3SMSA 1BIUA 3A2FA 3CERA 3AA2A 4BRCA 3NCIA 2DFEA 3O3HA 3O3FA 4A59A 5AQOA 3OYKA 1BCOA 1WAFA 4W5TA 4CBXA 3QB0A 4I2QA 4BWJA 4W5OA 4FM1A 2KLAA 1BGXT 3DAWA 4B9MA 3SBGA 4DV4K 4CJ7A 4DTNA 3T3FA 1WSHA 1WUAA 4OKEA 3AAPA 2A1RA 1YI2N 4FWOA 3SNNA 4FL9A 4Z4IA 3HL8A 4YOWA 3OYAA 4FK2A 1IV0A 3QEIA 4ILHA 5HRNA 4PL8A 1WSFA 3CC4N 1QHTA 3ZEUA 1Z6RA 2Q0UA 3PX4A 4BRIA 1TK8A 1NOYA 1C6VA 4CD1A 4WQ4C 2QA4N 3BP8A 3A0IX 2YNIA 4JI6K 4CHNA 3HSCA 4EZ9A 2P9KA 2DFFA 1WBDA 5JS2A 3VQEA 1FK9A 4PA1A 1IBLK 2VWBA 3NE6A 3I56N 4DSIA 1U49A 4B3TK 4H4MA 3ZCMA 4E19A 3NGYA 2A40A 4CBUA 4DCHA 3A5NC 4F3TA 4DR1K 3G10A 4AF1A 4BVPA 3VTIA 4CJKA 4V19S 2ZJQL 5KQDA 2HHTA 2RHKA 1MU2A 4X62K 1OVYA 1N8RO 5JMVA 3CPEA 2KQ2A 1VSDA 3DLRA 1Z05A 3AVNA 1F21A 2QWPA 1U6ZA 4C23A 2O8BA 4WE1A 5FRNA 5CYQA 2D0OA 1LWEA 1ESVA 2JWKA 1RDAA 1X9WA 1TAUA 4GKKK 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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