4OJRA

Crystal structure of the hiv-1 integrase catalytic domain with gsk1264
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
150
structure length
131
Chain Sequence
PGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSATVKAACWWAGIKQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Allosteric Inhibition of Human Immunodeficiency Virus Integrase: LATE BLOCK DURING VIRAL REPLICATION AND ABNORMAL MULTIMERIZATION INVOLVING SPECIFIC PROTEIN DOMAINS.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Integrase
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 50
structure length 131
sequence length 150
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ojrA00
4YFUA 4ELUA 1KFSA 3OYKA 3VQEA 2RF2A 1EXQA 3NDKA 1L5UA 1Q9XA 4FYDA 4I2QA 4FJMA 1SKSA 3KD5E 2FBTA 4CEQA 5FDLA 3ZSXA 4O0JA 4FLVA 3PY8A 1TVRA 2GUIA 3KIOA 1WSHA 5HP1A 2VG5A 3ZT4A 1S1TA 3VQ6A 1BHLA 1RT3A 4Y1CA 4B9TA 4JRPA 4FJNA 4N76A 4I9LA 3AO2A 3KJVA 3PO5A 4CCHA 1HPZA 3HL8A 3KK1A 1JLBA 3L3UA 3TR8A 1VSDA 4FJLA 3C94A 1ASVA 3AO5A 4CE9A 4E7IA 3TABA 4FK0A 4KHWA 1JLAA 4KTZA 4GMJB 4CECA 3QINA 1GOCA 3NH0A 3AV9A 4ID5A 4E1NA 1RTJA 4HHTA 1BIZA 4ELVA 4DSIA 1SUQA 4AHTA 3M8RA 1NK6A 5CYMA 4M3XA 4FJ5A 3T19A 4CJUA 1D9DA 2XY6A 4DTOA 3V6DA 2E6LA 3HXMA 3BDPA 1S1UA 1ZBFA 1WAJA 4B08A 4CERA 3OYLA 4W5OA 2ITGA 3AVNA 4B9UA 1VSJA 4EP4A 4B3OA 4O44A 3L2UA 3CQ8A 3SV4A 3HPHA 3H08A 4KHQA 3WNHA 2Y1IA 5J2NA 2RN2A 1RT1A 3LDSA 1IO2A 4CFDA 2IC3A 4DQQA 2P5OA 4KB0A 1KVCA 4J2DA 1TAQA 2FBVA 4NCGA 4Z4HA 4PQUA 4Q0BA 3MECA 4KRFA 3VQ8A 3CFRA 2EX3A 3AVCA 1TKTA 3DI6A 3DMJA 2Z1GA 3M8SA 4B9VA 2B4JA 3DYAA 4FLUA 1C0TA 4ICLA 3ZSYA 3UIQA 4KHNA 4DS5A 2Y1JA 1VSKA 1TKXA 5C24A 4NYFA 3NF9A 3ZSQA 3TAGA 1RBSA 4CGHA 1JLCA 2OA8A 2VG6A 4DFMA 3D45A 2HNYA 2IGIA 1RT2A 3V1RA 1RT5A 3VQPA 4CFCA 4CHZA 1VSHA 3QNNA 2HVIA 3LALA 4CGFA 4H8KA 3SQ1A 1QSLA 1KCFA 3OYFA 3P83D 1D9FA 4DSKA 2AJQA 2Q3SA 1DLOA 2LSNA 4O55A 4DS4A 4RW4A 1NOYA 5DMRA 1TV6A 3OS2A 4FZYA 4CEOA 4OKKA 4PUOA 3OYHA 1XHXA 3QEPA 5FRMA 3TANA 4C8LA 3LWMA 1WAFA 4OPKA 1RNHA 2G8VA 3QERA 4CJWA 1RT4A 1REVA 1I3AA 1QSSA 4FXDA 3OYDA 1KLNA 3DLRA 2E6MA 2IOCA 4CF8A 1YTAA 3ZSZA 3ZSRA 4OGEA 3SV3A 4CGJA 4BACA 1VSFA 1NJXA 4E7LA 4KPYA 1S9EA 4FW2A 4CGIA 3HPGA 4CK3A 4M3TA 1A5WA 4CIGA 1S1VA 5E41A 4AHSA 4RW7A 3TAFA 4DF8A 1WSJA 2HHTA 4DWIA 2OPSA 3NGIA 1L3UA 4B8CA 4CEAA 3D0PA 4DTNA 1Z25A 4CK1A 5JS2A 3HO1A 1HNVA 3RRHA 1JLEA 3ZT2A 1SV5A 4B9SA 2KZZA 3VQ4A 4BWMA 3DRSA 4CGGA 3MXIA 1NJYA 1NKBA 1X9SA 4EZ9A 3TAEA 3VQBA 1BGXT 3AA3A 4IG0A 1NK4A 1XWLA 4PA1A 4HTUA 3SPYA 1HJRA 4E3SA 4OJRA 4FZXC 1BL3A 3LZJA 1U04A 1R0AA 4H4MA 5EU7A 1NJZA 1S5JA 5C42A 3RMCA 1JL1A 4FJKA 4PWDA 1JLFA 3ZT0A 4I7FA 3PO4A 1YT3A 4N41A 3LANA 1ZBUA 4M3RA 2X6NA 4N5SA 2JLEA 3OYJA 4FJHA 4PY5A 3AVJA 3LP2A 4GVMA 4DG1A 1J5OA 4FJIA 1I39A 1A5XA 1FK9A 5KTQA 1RDBA 2G8KA 1VK0A 4F4KA 5HRSA 3JSMA 3NGZA 3MAQA 3K5MA 4KB1A 2ATQA 1HYZA 1X9WA 1HRHA 4CEBA 4CEZA 3KLEA 1LWFA 5J2MA 1CXUA 1L3VA 3QETA 1YTUA 2FBYA 4G1QA 3EY1A 1RDDA 3ZSVA 1JKHA 2XY7A 1J54A 4FK4A 2YNGA 5FROA 2G8WA 1A5VA 3L2VA 3QEIA 3DM2A 4CJTA 3V9SA 4B9NA 1MU2A 1RBUA 2FC0A 4Q5VA 4BE2A 3DLHA 1WSFA 4Z4EA 2KFNA 3V9ZA 3VQQA 4CHPA 3O3FA 3RR8A 1UOCA 4RW8A 2KZMA 4R5PA 5I3UA 4CGDA 4JS5A 1O1WA 3KK3A 2X6SA 2HMIA 4KHUA 4LSNA 5CZ2A 3PV8A 4OLAA 3AA5X 1UAXA 4FJXA 1NKEA 1RT6A 4FLZA 4QCLA 2B6AA 3NGYA 1F21A 3U3GA 2HHXA 1NK9A 4DTSA 2A1SA 3U6FA 4CJRA 3EYZA 3MEEA 4KHSA 2IDOA 2YNFA 3OYEA 3IRXA 3SQ2A 2E4LA 2QK9A 2YHBA 4CFAA 5KI6A 3HVTA 1FKPA 2FBXA 4AHVA 4CJ4A 3K57A 1KVBA 3DLEA 2IAJA 3TAMA 1G15A 1QTMA 4E89A 3NAEA 2BDPA 4FLYA 1Z26A 3ITHA 3AO1A 1NK0A 2A1RA 1QQCA 4CJEA 3OYBA 3C6UA 2WOMA 1RDCA 3NH1A 3OYAA 4B8AB 3RTVA 3I0SA 3OJUA 1SL2A 2BE2A 2DFHA 1HNIA 3QESA 2G8FA 3EZ5A 5I42A 4EZ6A 4ELTA 1D5AA 1TK8A 4CF1A 5T7BA 4Z4IA 1CZBA 1KRPA 2PZSA 4Z4FA 4NCBA 4FM1A 4B9MA 4LD0A 2HW3A 3ZSWA 1VSEA 3VA3A 3TI0A 4I9QA 4CIEA 2I5JA 3OS1A 1TGOA 3K58A 4ZHRA 3AVBA 3AVLA 4FW1A 5SZTA 3QLHA 4WE1A 2WONA 3VQ9A 4JS4A 1J53A 1RBRA 1T03A 3P1GA 2PYLA 4B9LA 1W0HA 3NF6A 1GOBA 3AVKA 1IKXA 3NHGA 4DTPA 1W9HA 4M3WA 1BCOA 1RBVA 1K6YA 1RDAA 1RTHA 2D0AA 3O4NA 4MFBA 3HT3A 1JLGA 4BE0A 3DRPA 2HNDA 1IKWA 3TWHA 3SYZA 2YKNA 4DF4A 3S3OA 3DLBA 1SL1A 5SWMA 1U4BA 3RMDA 3K59A 2G8HA 4HUGA 3RWUA 3S3MA 1Q9YA 5KGXA 1C0UA 2ZQBA 1TL1A 4JRQA 3MEDA 3THVA 4CF9A 5HRRA 4DTXA 1WLJA 1FXXA 1S6QA 3DOKA 3I0RA 3KK2A 3QIOA 4J2AA 3L2RA 1NK7A 3LAKA 2Z1JA 4FCYA 3TAPA 4J2EA 1VRUA 2NUBA 3ISNC 1HQUA 3WNGA 3OYCA 3SQ4A 4GW6A 4KKOA 4HCCA 1BQNA 2XY5A 1KSPA 4XIUA 4E19A 1NK8A 3AVFA 4L8RB 5DK5A 2OPPA 4FK2A 4AHCA 1B9DA 1RTIA 3SUQA 4CHNA 3NCIA 1ZBLA 2KW4A 1NKCA 2YKMA 3TARA 4K8ZA 1ZBHA 4BDYA 5KRTA 1C1BA 5HRNA 1B9FA 5KRSA 2X74A 2DY4A 4O4GA 1QHTA 4HUEA 5HLFA 4DLEA 2HHWA 4DSJA 3G0ZA 1TL3A 3AVHA 1U47A 1QS4A 3C95A 3L3VA 4IG3A 3ZCMA 4M3ZA 2RKIA 4MQ3A 4C8NA 2QXFA 1N5YA 3P5JA 4CF0A 1EKEA 3DRRA 3ZT1A 3L2QA 3AVMA 3HM9A 1U45A 4HCBA 4Z4GA 4C8MA 5CYQA 4Z0UA 3VQAA 5HBMA 2DFFA 5HROA 1VSMA 3L2WA 4FM0A 4IKFA 3AVAA 4F2SA 4DQSA 2YNHA 3K2PA 4ZTJA 3ZT3A 1YVUA 4LH5A 3V4IA 3KLIA 2HVHA 1LWCA 4BDPA 4FJGA 3ZSOA 1BQMA 1HYSA 3LPUA 1RT7A 4F3OA 4AHRA 3SUOA 3C6TA 4KFBA 4DSFA 2JGUA 2PYJA 1B92A 2KQ2A 4FLTA 3LP3A 1D8YA 3VQ5A 4DSEA 3DLGA 1NOZA 4CJQA 2XRIA 3QEWA 1KTQA 1LAWA 2GV9A 2OPRA 3MEGA 2D5RA 2P1JA 2YHAA 3PUFA 4DMNA 1JXBA 4DQRA 5K14A 3U3YA 4DTRA 3KD1E 4M42A 3SJJA 1BISA 2HB5A 3O3GA 2P51A 1U48A 1RTDA 2DTUA 1XI1A 4IBNA 3NF8A 3CFOA 3DOLA 1ITGA 1LV5A 4M3UA 4E1MA 1L3TA 3RMAA 4W5TA 1RCHA 1WN7A 4NYNA 2HHVA 4C8KA 1XC9A 4YNQA 2P5GA 1EX4A 4DLGA 4OVLA 2IS3A 3OYMA 3HJFA 2XO7A 2HHUA 2VWJA 2R7YA 2VWKA 4KO0A 3OYGA 2G8IA 2KTQA 3VA0A 1VSIA 1UWBA 4BDZA 4C8OA 1S9GA 3T1AA 3NF7A 3NH2A 3K5OA 1T7PA 3I8DA 3NE6A 1X9MA 4OLBA 4DTMA 4QOZB 4DU1A 4FJJA 4AILC 1X1PA 3FFIA 3LP0A 2ZE2A 3OVNA 3MXMA 4M3YA 4E7HA 5D3GA 2G8UA 4DTUA 4RW9A 4JLHA 1EETA 4CJLA 4LY7A 4OPJA 3OJSA 3L8BA 3PX6A 1C0MA 4ZTFA 3DLKA 4H4OA 1BI4A 4Z4CA 1GOAA 3AA4A 3KTQA 4FJ7A 3IS9A 2OYQA 5C25A 3NBPA 1UA1A 4KAZA 2HHQA 4CEFA 3M8PA 4CJ5A 1BCMA 2QKBA 4E7JA 1TKZA 3BGRA 3JYTA 4CEEA 1VSLA 4OGCA 1IH7A 3RRGA 4CFBA 4LH4A 3QEXA 1FKOA 4O5BA 1LW0A 3F9KA 3ASMA 3LWLA 3SPZA 4DFPA 3HK2A 3M8QA 1EP4A 4ID1A 4Y1DA 4CESA 3T3FA 1L3SA 2F8SA 2YNIA 3OYIA 4EP5A 3A2FA 2BANA 4AHUA 1XHZA 1ASWA 4KI4A 2ETJA 4FJ8A 3KKSA 4KV8A 3LAMA 4BWJA 2XHBA 1UA0A 2W42A 1SKRA 3SUNA 4N47A 2KFZA 4W5RA 3NFAA 3KLGA 1SKWA 4I2PA 4UQGA 1HYVA 3S9HA 3VQDA 3WNEA 4N56A 4KI6A 3OS0A 4DFJA 5FRNA 2Z1HA 5KGWA 3QO9A 3HP6A 2HHSA 4KTWA 1KFDA 3TAQA 2OZMA 1S6PA 5CZ1A 4AH9A 1RBTA 4KREA 3SNNA 2OZSA 1TAUA 3V1OA 3HP9A 3AO4A 3CM5A 1ZYQA 1LWEA 3G10A 3HYFA 1HMVA 5J2QA 3PX4A 2XY8A 4W5NA 3V1QA 4IFVA 3K5NA 3AA2A 1J9AA 4DU3A 1WSEA 4M41A 3OY9A 4CJKA 3AO3A 4DTJA 1U49A 4KTQA 4W5QA 4DFKA 1Q8IA 3KKRA 4IFYA 1KLMA 3SQ0A 4FLXA 3O4QA 4DQPA 4F8RA 1IKYA 4IDKA 1CXQA 3QEVA 1TK5A 2F96A 1JLQA 4BE1A 4KHYA 1S1XA 1RILA 2D0CA 4E7KA 1N6QA 5JS1A 1C1CA 1WSGA 4CIFA 3HVRA 4DSLA 2VG7A 1JL2A 4RW6A 3LPTA 3K5LA 1T05A 3VQCA 3IAYA 4FJ9A 2GBZA 4CJVA 4NCAA 4CJFA 3HSTB 3LZIA 4CEDA 4F2RA 1WNSA 1ZBIA 2BGGA 4TSXA 1BI4B 1QE1A 5CY4A 2RPIA 4CJ3A 1DTTA 1VRTA 3CYMA 3F73A 3V9XA 3QNOA 1BIUA 4OKEA 3CG7A 2HNZA 1KVAA 1Y97A 3AVIA 3VQ7A 4CJPA 1DTQA 4CHYA 1CZ9A 3O3HA 2O4IA 4CJSA 3KLHA 4FZZA 1SL0A 1C6VA 3LP1A 3SCXA 3MXJA 1WSIA 4CF2A 2EHGA 3IG1A 1LW2A 4F3TA 3RMBA 4DU4A 5HRPA 2DFEA 4RG8A 3B6PA 1T8EA 4QAGA 1TKDA 1C1AA 4K8XA 2B5JA 3AVGA 1QSYA 4J2BA 4FM2A 2QKKA 4HUFA 4FLWA 1S1WA 2O4GA 4O0IA 3OYNA 3VN5A 3KLFA 3SUPA 2X78A 3QIPA 5J1EA 3SI6A 1JXEA 3HPOA 4DQIA 3V9UA 4E0DA 1IG9A 3WNFA 3CFPA 2ZD1A 3V9WA 3B6OA 1ASUA 4HVJA 4CK2A 2Z1IA 2F8TA 4LSLA 3E01A 3ALYA 3V81A 3ULDA 1NJWA 1HQEA 1LAVA 4M45A 3CM6A 2PY5A 5J2PA 1NK5A 4FVMA 1CLQA 2YV0X 1TK0A 3SZ2A 4OKJA 2D0BA 1IKVA 3S3NA 3PX0A 3RR7A 2OPQA 4CHOA 4CHQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3H1VX 3OYKA 3VQEA 2RF2A 5BRHA 4I2QA 5BR8K 5JMVA 4BRGA 4JKBA 2O8EB 3THWB 3L4QA 1NK4A 1WSHA 1HUXA 4IOAL 4B9TA 4JRPA 4JN4A 3PO5A 1HPZA 4BVPA 3L3UA 3TR8A 4FJLA 3AO5A 3WEEB 4CZFA 4CECA 3QINA 3THXA 4CBUA 4HHTA 1BIZA 4F9OA 2AA4A 5EX5A 3SAHA 3T19A 5GADP 2E6LA 4A61A 3OYLA 4W5OA 2WTUA 4B9UA 3SBGA 4KH5A 2P9IB 1Y64A 3CCVN 3H08A 3WNHA 5ELZA 2RN2A 1RT1A 1IO2A 1OH7A 2W41A 2FXUA 4KRFA 1TAQA 4PQUA 3VQ8A 3CFRA 3QFUA 3M8SA 3DMJA 4U67L 4B9VA 5AQIA 3DYAA 4JKFA 3VTIA 1C0TA 4KHNA 1TKXA 3ZSQA 4DV6K 3RSEA 4CHZA 4B1XB 3SQ1A 1QSLA 3OYFA 3P83D 1DLOA 3LM9A 5DMRA 1TV6A 4FZYA 4PUOA 4EHTA 2QWMA 3QEPA 4C8LA 1WAFA 3KK7A 5GAHP 3QERA 2O8DA 1REVA 1I3AA 3ZLJA 2BUPA 2E6MA 2IOCA 1VAZA 3ZSZA 4OGEA 4CGJA 1VSFA 4KPYA 4E7LA 1ZXOA 4FW2A 2D4WA 1QVGM 5E41A 4CZEA 1XMQK 1QVFM 3TAFA 4WFAL 1WSJA 2HHTA 3M3ZA 2NZTA 4WQ5C 3HSCA 4CEAA 1Z25A 4IEEA 3RRHA 2O8CA 1NM1A 2UYTA 2KZZA 4EAHD 2V51B 1YJ9N 3FZLA 3TSPA 2V52B 1NGIA 4JNEA 4B9QA 3WXLA 4E3SA 3BF1A 4H4MA 5AQMA 5EU7A 1S5JA 5JICA 1YT3A 4JHDB 3LANA 2X6NA 1Z6RA 3AVJA 4GVMA 3O5BA 3CJ1A 1ZC6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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