4OVLA

Interrogating hiv integrase for compounds that bind- a sampl challenge
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
153
structure length
149
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords Integrase
publication title Interrogating HIV integrase for compounds that bind--a SAMPL challenge.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 149
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.1: Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase.
pdb deposition date 2013-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ovlA00
3L2UA 2P5OA 4O44A 5KGXA 1D5AA 3ASMA 4M3RA 3HPHA 4DSIA 4Y1DA 4CFBA 3PX6A 3LZJA 1U04A 4CEEA 3SJJA 1UOCA 2IC3A 3SQ2A 3ULDA 1WSFA 1D9FA 2HW3A 4FLYA 1JLCA 3SV4A 1X9SA 3LAKA 3AVJA 1ASUA 1EP4A 4CK3A 1ITGA 4M3YA 3F9KA 1GOBA 2NUBA 1U48A 4PQUA 2YV0X 3SUQA 4DQSA 3OYJA 3HYFA 4CF1A 4RW9A 4FK2A 3OY9A 2FBTA 1XI1A 4I2PA 2YNFA 1RBVA 3DOLA 1X9MA 3AVLA 3HPOA 4OKJA 1RNHA 3ZT3A 4CJQA 1VRUA 2YNHA 2QKKA 2BANA 2E4LA 2WONA 3QNOA 4CGJA 4IFVA 4J2AA 2LSNA 4CERA 3KK3A 1NK4A 4IDKA 4KI6A 2R7YA 4F3TA 3VQ9A 4IG0A 2ETJA 3NF6A 5CYQA 3OYLA 4AHCA 2A1RA 4FJ9A 4KHYA 3AVMA 3KKRA 4OGCA 4DFPA 4DU3A 4ZHRA 4KHUA 1VSFA 2HVIA 3TWHA 4W5NA 1WN7A 4CE9A 3TAPA 3VQ6A 3HXMA 4E19A 3DM2A 1QHTA 1S5JA 5J2NA 4DWIA 3HK2A 3QINA 4CECA 3K2PA 4B9VA 5J1EA 2PYLA 3OYDA 1VK0A 4FVMA 3CM5A 4HTUA 3AA2A 2HVHA 1WSHA 2KW4A 4KO0A 4O0JA 4BWMA 1R0AA 3JYTA 3LP2A 5DK5A 1VSIA 5KTQA 4CJ4A 1SKWA 3V81A 3ITHA 2GBZA 5HRSA 1FXXA 3PY8A 3DOKA 3IRXA 3G0ZA 4AHRA 3PV8A 1NKEA 3VQAA 4B9TA 3TAEA 4IBNA 4DFMA 1WSIA 3AVBA 5FDLA 1ZBLA 4RW4A 4KB0A 3LANA 4FLVA 2XY7A 1WSJA 4KTWA 1JLEA 1RDCA 1RTHA 4CEZA 3LDSA 1NJXA 3AO2A 2O4IA 1RCHA 4EP5A 3OJUA 3RTVA 5I42A 4C8NA 4K8ZA 1HMVA 3C94A 4BDYA 1HNIA 2KFZA 1CLQA 3MXJA 5DMRA 4C8KA 3S3OA 3VA0A 1TKDA 3H08A 1WAFA 3CFRA 4M42A 4W5TA 1TK5A 4DSKA 4KREA 3AVAA 3VQ8A 2I5JA 1BL3A 3QETA 3OYGA 1TK8A 4EZ9A 2YNIA 4Z4IA 2YHBA 4CIEA 2XRIA 3VQ7A 4FJ8A 5FROA 3OYBA 4E1NA 4W5QA 3OYMA 1RBTA 3ISNC 4CEFA 3NCIA 2FBVA 2FBYA 2D5RA 3I0SA 1NK5A 4KHNA 1B9DA 3V9ZA 1BQMA 4LH4A 4ZTJA 1DTQA 3CQ8A 1IH7A 4DF8A 3I8DA 1KLMA 1WSEA 3RR7A 2DFHA 3K59A 4DQPA 3DYAA 3NGIA 4DSFA 1RT4A 1EXQA 1C0MA 3RMBA 2ZQBA 4Q5VA 2X6NA 4E7JA 3BGRA 3UIQA 3CFOA 4KB1A 3THVA 4FJIA 1RT5A 3K5MA 4Z4GA 2HHUA 2KFNA 3MXIA 1NK8A 1XHXA 3AVIA 3V1RA 4DTPA 5J2MA 4Z4HA 2VG7A 1RTIA 3P83D 4C8MA 3QEVA 4B8CA 3RMAA 4CJTA 4PWDA 3NBPA 4PUOA 1FKOA 1KVBA 3NF7A 5CZ2A 5HP1A 2HMIA 1A5WA 4O5BA 5I3UA 4C8OA 3KD5E 1SV5A 5EU7A 4CIGA 3SUPA 4JLHA 1SKRA 4FLWA 4KHQA 1NOZA 3SPYA 2XY5A 3ZSVA 1QSLA 1JXBA 3VA3A 1I39A 4DF4A 4B9MA 4MQ3A 3L8BA 4F2RA 2YNGA 1RDAA 1IO2A 3VQDA 3MEDA 2IS3A 1GOCA 4UQGA 4CHYA 3HP6A 1U4BA 1B92A 4KTQA 1LWEA 1IG9A 4E7LA 3DRSA 2KTQA 3LP1A 3SV3A 4E1MA 1MU2A 3PX0A 3QNNA 2G8IA 4AH9A 4CGHA 4FM1A 1S1VA 2DTUA 1S1WA 2JGUA 3SQ0A 3VQPA 2PY5A 3DLHA 4DSEA 3K5NA 4NCAA 4FJXA 3T19A 1ZBFA 4Y1CA 3V9WA 3DLBA 3HSTB 1I3AA 4CJ3A 2Z1HA 3C95A 3L2WA 3SCXA 4FZXC 2QXFA 3AVCA 4RG8A 3OJSA 4DTMA 3S9HA 2B4JA 3K5OA 4AHVA 4CEDA 4DTJA 3O4QA 3SI6A 2G8UA 2B6AA 4Z4FA 4FJ5A 2GV9A 3NH1A 4F3OA 3MECA 4B3OA 1Z25A 3LAMA 3OYHA 2P51A 1RBSA 3VQBA 4FM0A 5HROA 4I9QA 3WNFA 2Y1IA 4LY7A 3DLKA 3KD1E 1RT2A 5SZTA 3NDKA 4KV8A 3RWUA 2ZD1A 4HCCA 5KGWA 5HRRA 1N5YA 3LPUA 5J2QA 4M3ZA 2VWKA 4CGGA 3LALA 4CJWA 3SQ1A 1G15A 1U45A 3U3GA 1J54A 1S1UA 1NK7A 4TSXA 1VSKA 3OYNA 3NHGA 2Z1IA 4FLTA 3WNHA 3LWLA 3IG1A 3L2VA 3TAFA 2RN2A 1RTDA 2W42A 3HVTA 3AVFA 2G8KA 1ZBIA 4FXDA 3CYMA 2RPIA 3OVNA 4BE2A 3VQ4A 4K8XA 2ZE2A 1RT6A 1BGXT 1YTAA 3B6OA 3ZT4A 4HHTA 4ELTA 2EHGA 4IG3A 3DMJA 2OZSA 2JLEA 3EYZA 1GOAA 1TKXA 2OPSA 4RW6A 1L3VA 2OA8A 4CF8A 3OYAA 1Q9XA 2IOCA 3A2FA 1YT3A 3O3FA 4KTZA 4CHOA 3AO1A 3NH0A 3E01A 2X78A 1A5XA 5JS1A 3PX4A 3RRGA 4DQIA 2WOMA 2OZMA 4GMJB 4OKEA 1SKSA 3QEWA 3O4NA 4H8KA 1JLBA 4CEAA 3L3UA 3L3VA 4CHQA 2HHTA 4R5PA 3G10A 1RBRA 4FYDA 2XO7A 3HM9A 3AA5X 1JL2A 3QIPA 4CF0A 4CJ5A 4ID5A 4CEOA 4B08A 4DTNA 4FJHA 4OKKA 2XHBA 4DFKA 1TKTA 1QTMA 1UAXA 2HNZA 4IFYA 1L3TA 4NCBA 4KHSA 2KZMA 4FK4A 3NE6A 2BE2A 4E7HA 1HYVA 3KIOA 4DS5A 2PZSA 3HL8A 1C1AA 1KFDA 2B5JA 2P1JA 3SQ4A 1N6QA 4F8RA 4RW8A 4J2BA 4B9LA 2G8WA 5CZ1A 2DY4A 3QEPA 3NF9A 5HRPA 3ZT2A 4C8LA 4LSLA 1XHZA 3V9SA 3K5LA 4M3UA 1HQUA 2E6LA 1T7PA 4Z4CA 1HJRA 4NYNA 4DS4A 1NJZA 1RDBA 1BQNA 4NYFA 4B9SA 2FBXA 4FLZA 4KHWA 4CJLA 3MXMA 4NCGA 4DTOA 2IDOA 4CF2A 1J5OA 4CCHA 1KVAA 1RT3A 2X6SA 1C1CA 4CJFA 1HRHA 4CK2A 4CIFA 3VN5A 3KJVA 3JSMA 2VWJA 3NH2A 4FW2A 4DSLA 4AHSA 4CF9A 1EKEA 1VRTA 4I7FA 5KRSA 4YFUA 1IKYA 2A1SA 1CZ9A 5C25A 3ZSWA 3NFAA 1RDDA 4CJVA 4DTRA 4Z0UA 1U49A 1BCOA 3AVNA 3TR8A 4FLUA 3OYKA 4FZYA 3HPGA 3NGYA 1CXQA 2ATQA 1FKPA 1F21A 3LP0A 5K14A 4CEBA 1TAQA 1X1PA 1NKCA 2QKBA 1SL1A 1Q8IA 2OPPA 1J9AA 3QESA 3TI0A 2HB5A 1BI4A 4W5OA 4DU4A 3QEXA 3WNEA 1KFSA 4ELVA 4GW6A 1QSSA 2F8SA 1NOYA 2VG5A 3AO5A 3O3GA 3V9XA 4DSJA 4F4KA 4G1QA 4L8RB 1LV5A 3BDPA 1TAUA 4N5SA 1TVRA 3EY1A 1KVCA 3KLIA 3ZT1A 1JLAA 4OPJA 1RILA 2VG6A 3V1QA 4CGFA 3OYIA 1ZBUA 2FC0A 4N47A 3RMDA 1EX4A 1QSYA 4QCLA 3AO4A 3HO1A 4LD0A 2RF2A 4DTSA 3NGZA 1JLGA 1VSDA 3ZCMA 1TK0A 3CFPA 2IGIA 4DLGA 2Q3SA 1LWCA 1Q9YA 3ZSYA 1NJYA 3AA4A 4CHPA 2HHXA 4CJEA 3M8QA 4O0IA 4JS4A 3P5JA 1BIUA 2KQ2A 3K58A 3SPZA 2OYQA 3D45A 2YHAA 1QS4A 4JS5A 1L3SA 4AHUA 1KTQA 2HNYA 5C42A 1NJWA 3T1AA 4CJSA 5SWMA 3SNNA 1NKBA 3C6UA 1T05A 1K6YA 3TAGA 1JXEA 4FJGA 3F73A 3V6DA 1ASVA 1D9DA 4J2DA 1VSHA 2EX3A 2GUIA 2DFFA 1TL1A 3DI6A 1NK9A 3OS0A 1QE1A 4OJRA 4CJUA 4M45A 3HT3A 3OS1A 4FJNA 3QO9A 3AVGA 2RKIA 2Z1JA 5T7BA 1UWBA 2HHQA 5J2PA 1RT7A 3VQQA 5KI6A 4JRPA 3AVHA 1S6PA 2HNDA 4M3WA 4FLXA 4EP4A 4B9NA 2G8FA 4DQRA 2YKNA 1JLFA 3TAMA 4FZZA 3KLEA 4Z4EA 3L2QA 3O3HA 1UA1A 4I9LA 3I0RA 4CK1A 1B9FA 1DTTA 2D0CA 3NAEA 4ZTFA 1HYZA 3TAQA 4CJKA 4OPKA 4LSNA 1YTUA 1WNSA 1D8YA 4CEQA 3PO5A 4ELUA 1W0HA 3IAYA 4CHZA 4KPYA 1YVUA 4RW7A 4CESA 4FK0A 1WLJA 2XY8A 3VQEA 4OVLA 3U6FA 5HLFA 4GVMA 5JS2A 3SUOA 2HHWA 1KLNA 1SL0A 3AO3A 4OLAA 1BISA 4H4OA 3QERA 4JRQA 2AJQA 1VSMA 1XWLA 2F96A 3LZIA 1A5VA 4DFJA 5D3GA 3WNGA 4CFCA 3KLGA 4M3TA 2OPRA 4QAGA 2QK9A 5C24A 1J53A 3OS2A 1BI4B 4KFBA 1L3UA 4HUFA 3HP9A 4FJLA 3PUFA 3LWMA 4KRFA 3VQCA 4N56A 2PYJA 1T8EA 1T03A 1IKXA 1NK6A 3ZT0A 5HBMA 3OYCA 1HYSA 5CY4A 3V1OA 3QIOA 4KI4A 1BCMA 1RTJA 2DFEA 2F8TA 3B6PA 4AHTA 5E41A 2ITGA 4FCYA 2KZZA 3TABA 3RMCA 3FFIA 4HUGA 3TANA 1C0TA 1HQEA 1RT1A 4H4MA 3MAQA 4BDPA 1LW0A 4E89A 4CJRA 1O1WA 1Y97A 3KLHA 1XC9A 3V4IA 2BDPA 3SYZA 1S1XA 1JLQA 3V9UA 1C1BA 5CYMA 4FJJA 2E6MA 4O55A 3KLFA 4BE0A 4FJKA 1JL1A 2HHVA 4EZ6A 1IKWA 3S3MA 1TGOA 2IAJA 3CG7A 1EETA 4YNQA 4E7KA 2P5GA 3MEEA 2O4GA 1S9GA 3ZSXA 1HNVA 4CJPA 4F2SA 4J2EA 3MEGA 4FW1A 3T3FA 3DLGA 1ZBHA 1LW2A 1KSPA 1NK0A 4FM2A 1C6VA 3ZSRA 3L2RA 1W9HA 3HVRA 3CM6A 1WSGA 4DG1A 1Z26A 1C0UA 3LPTA 1RBUA 1IKVA 1L5UA 1VSEA 5HRNA 1UA0A 3RR8A 2BGGA 3HJFA 4QOZB 1KCFA 4HCBA 4DMNA 3ZSOA 4CGIA 1TKZA 4N76A 1TV6A 4XIUA 3RRHA 4AILC 1U47A 3ALYA 3C6TA 3AV9A 3IS9A 4CFDA 1TL3A 4BE1A 2HHSA 4DU1A 4CHNA 4E7IA 1QQCA 1ASWA 3EZ5A 1SL2A 4M41A 3QLHA 4M3XA 3D0PA 3M8SA 2OPQA 2XY6A 2Z1GA 4WE1A 4HUEA 4DTUA 4E3SA 3SUNA 3TARA 3DRRA 3PO4A 4E0DA 1SUQA 4KAZA 4BWJA 3ZSZA 1CZBA 3NF8A 3S3NA 1LAWA 2YKMA 3OYEA 4CGDA 1CXUA 3P1GA 4CFAA 3M8PA 1X9WA 4Q0BA 3DLEA 1HPZA 1BIZA 4HVJA 4W5RA 3DRPA 4ICLA 2G8VA 3ZSQA 3K57A 2Y1JA 3SZ2A 3AVKA 1REVA 4MFBA 5KRTA 4LH5A 3KK1A 3KK2A 1WAJA 4ID1A 3QEIA 4IKFA 5FRNA 5FRMA 1FK9A 1S6QA 3OYFA 4BDZA 2X74A 3DLRA 4BACA 4DQQA 3KTQA 2D0BA 4O4GA 1KRPA 4PY5A 3VQ5A 3M8RA 1ZYQA 1S9EA 2D0AA 1DLOA 1BHLA 1JKHA 4FJMA 4OGEA 1LWFA 4I2QA 1VSJA 4B9UA 1VSLA 4DTXA 1LAVA 1S1TA 4PA1A 3KKSA 3U3YA 3AA3A 2G8HA 4FJ7A 4OLBA 3LP3A 4N41A 4KKOA 4B8AB 4DLEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GLLO 3P4IA 3ASMA 3HPHA 5GAHP 3ATUA 4OX9K 5FLXO 1U04A 2KLAA 4AQYK 4CEEA 4BVPA 3ULDA 4JK8A 2HOEA 3O8MA 4XH4A 3AVJA 2E2PA 2D1KA 4YOVA 4PQUA 2YV0X 3HYFA 1K9MO 3M3ZA 1KAZA 3M6GA 4AM7A 4FK2A 1J6ZA 2YNFA 3AVLA 3M1FA 4CBWA 3WT0A 1RNHA 1VQ5N 4EIAA 3SAGA 2ZGYA 3ZT3A 1BO5O 1D4XA 5LL6Z 2WONA 4CGJA 4IFVA 3ID6A 3KK3A 4EHUA 4IDKA 2QWRA 2OTJN 3VQ9A 3ZLJA 3IMXA 1K8AO 4AHCA 4KHYA 2P9NA 2HVIA 3MWTA 5BPLA 2HF3A 5AFUA 1NWKA 4E19A 5J2NA 4CECA 3K2PA 5E26A 2P9SA 3OYDA 1VK0A 4LF4K 4HTUA 2HVHA 3VETA 1OVQA 1WSHA 1MA9B 4QS8A 5EXWA 3JYTA 3R9PA 4H5WA 1W2BM 3I56N 4A59A 1SKWA 3J7ZO 2GBZA 3TTFA 2O8FA 3AGKA 3DOKA 3IRXA 4AHRA 3J80O 3IFRA 4KB0A 5BPMA 1WSJA 1JLEA 1RDCA 3AO2A 1RCHA 5C15A 5I42A 4GKKK 3CPEA 4BQZA 4K41A 3VA0A 3O9RA 1WAFA 3O08A 5CR4A 4B1WB 4DSKA 3AVAA 1V4TA 3C7NB 3QETA 1K8KA 2YHBA 4CIEA 4JKGA 4PKIA 3VQ7A 4FJ8A 5FROA 3FFKB 4CEFA 1QVFM 4CVNE 4NXMK 4DF8A 1IH7A 2VQEK 4PHTX 4BR9A 1RFQA 3NGIA 4DSFA 2H3GX 2X6NA 4KB1A 2O8DB 4Z4GA 2QW9A 3K5MA 2KFNA 1XHXA 4Z4HA 1HLUA 3T7ZA 3FLCO 2ZM6K 4PUOA 3NF7A 1KVBA 1A5WA 5B8HA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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