4PA1A

Crystal structure of catalytic core domain of fiv integrase
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
151
structure length
151
Chain Sequence
HMGIWQMDCTHFDGKIILVGIHVESGYIWAQIISQETADCTVKAVLQLLSAHNVTELQTDNGPNFKNQKMEGVLNYMGVKHKFGIPGNPQSQALVENVNHTLKVWIQKFLPETTSLDNALSLAVHSLNFKRRGRIGGMAPYELLAQQESLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Identification of phe187 as a crucial dimerization determinant facilitates crystallization of a monomeric retroviral integrase core domain.
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein
source organism Feline immunodeficiency virus
molecule keywords Integrase
total genus 50
structure length 151
sequence length 151
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-04-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4pa1A00
3DM2A 1TKZA 3AVKA 3SZ2A 1LAWA 3L2RA 4CEDA 4Z0UA 3DOLA 1JLFA 2BANA 4I9QA 1C1AA 2KTQA 3DLBA 3VQCA 1BQNA 1HRHA 2E4LA 3B6PA 4DSLA 4LH5A 3TAGA 2GBZA 3KD1E 2DFEA 2WOMA 2BGGA 4O55A 4PY5A 4NCBA 1VSJA 1RDAA 4KB1A 3OS2A 3CG7A 3ZSZA 2QK9A 2KW4A 3DRPA 5HP1A 3SNNA 3V1QA 2X78A 2XO7A 5J1EA 1T8EA 4FJ7A 1U45A 3HK2A 4BE0A 4MFBA 4CF2A 1KCFA 3DMJA 3CM5A 4NCGA 3OYGA 4BACA 4BE2A 4DQSA 1VSMA 5KI6A 5SZTA 3T3FA 2YNGA 4DQIA 3LANA 4W5OA 2QXFA 4KV8A 3OYHA 2G8KA 4Q0BA 3QIPA 2HHTA 4FM1A 5FRMA 3KIOA 4GVMA 1JLCA 4AHRA 4CJ3A 5CY4A 2A1RA 4YFUA 3AVFA 3ZT0A 3HJFA 2VWJA 2R7YA 4K8XA 1S6PA 3F73A 3OYMA 1WSHA 3OVNA 1WAFA 4KHWA 2DTUA 1YTAA 3AVHA 2X6SA 3CFRA 4FW2A 4E3SA 4CK1A 1NK8A 5KRTA 4CJ5A 4DTPA 4E7LA 5HLFA 2B6AA 2YNIA 3PV8A 4FK0A 2X6NA 3S3NA 3OS0A 3K5NA 3DLRA 4CF1A 2XY7A 4OKKA 1UA1A 4DF4A 3VQ7A 3HPOA 4DLGA 3THVA 1NK6A 1Z25A 3KKRA 1JLQA 1G15A 3HPHA 1RTJA 3KK2A 3PX0A 1A5WA 1S6QA 1IKYA 2WONA 4ELTA 1TL1A 4OGEA 2OA8A 1Y97A 5C42A 4B9SA 2GV9A 3SQ4A 3HSTB 3QIOA 1VK0A 2W42A 3V9XA 3V9WA 1WAJA 4OLAA 1QSLA 4FJKA 3L2UA 4KB0A 4DSJA 2PYLA 4Z4CA 3P5JA 4FLVA 4FJNA 3VQ6A 4O0IA 3NF7A 4DSFA 2G8UA 1Z26A 2YNFA 4JRQA 1XI1A 1LV5A 4IFVA 3ZT1A 4CF8A 2FBXA 3MXJA 4FLZA 3V9SA 3CFOA 3SI6A 3V9UA 1CXUA 4FJXA 4CHNA 4N56A 4CJFA 4CJRA 3HM9A 4E7HA 4XIUA 1VSKA 3ZT4A 3L8BA 3VQ8A 4ZTJA 3OYAA 4JLHA 2B5JA 4KKOA 3HP9A 1BIUA 1RT4A 1ASUA 4KHUA 4CGJA 3QEWA 4CJVA 4OPKA 1B9DA 1KFSA 2YHBA 2VWKA 3QEIA 3QEPA 3LP1A 2FC0A 3IS9A 2OPPA 4AH9A 4DMNA 3OY9A 1U04A 1KSPA 1HYVA 3VQ5A 2OYQA 4OJRA 3IAYA 4KHQA 2OPSA 4RW9A 4E7IA 1S1VA 5CYMA 4C8OA 3SUPA 2Z1HA 3NE6A 4GW6A 5HRRA 1NKCA 1JL1A 1BGXT 1BL3A 3ITHA 4O5BA 3ISNC 3MAQA 3MEDA 4DQRA 4DTXA 3K5LA 3S9HA 4Z4FA 4AHTA 4CEFA 3VQAA 4DG1A 4E89A 1O1WA 4AHUA 1VSDA 4ZHRA 4B8CA 4B08A 3RMAA 3SUOA 1TAQA 5J2QA 3VA0A 1SV5A 5KGWA 2G8WA 1BCOA 4IKFA 2P5OA 1KLNA 3U3YA 1QS4A 2KZZA 4RW8A 5HRNA 1XC9A 2ATQA 4IG3A 5SWMA 3KLGA 1NOZA 3DLGA 4EP5A 2G8IA 1NKEA 2X74A 1A5VA 4K8ZA 4YNQA 3PX6A 3I8DA 3EZ5A 4KO0A 3IG1A 3NFAA 4Z4IA 4FXDA 3C6TA 4FM0A 4HCCA 2HHQA 3OJSA 3SV3A 3LP2A 1RDBA 2YHAA 3RR8A 4FZYA 4C8NA 3V81A 3T19A 3ZT2A 3O3GA 1SKWA 4QAGA 4EZ6A 1GOCA 2LSNA 1GOAA 3K59A 2EHGA 2GUIA 3OYBA 1SKSA 4Z4HA 1HPZA 1TK8A 1IG9A 2EX3A 3AA2A 4LH4A 2XY8A 4Z4EA 1EETA 3DLKA 1IKXA 3ZSOA 3NF6A 4DSIA 3VQ9A 2Z1IA 2OPRA 1CZ9A 1RT2A 4CF9A 4BE1A 1KVAA 4CHPA 3EY1A 1BCMA 3KK1A 3SPZA 3LAMA 3M8RA 4OPJA 3AVAA 3PO4A 1S1TA 3TANA 1WN7A 3HXMA 2AJQA 2ETJA 1RT7A 4ZTFA 4PUOA 1ZBUA 1VRUA 4CGFA 4DU1A 2YNHA 4I2PA 2G8HA 4CIFA 2E6LA 3IRXA 1QSYA 3AO5A 3K5MA 2HVHA 1VSEA 1LW2A 4Y1CA 2YKNA 3VQEA 3RTVA 4CFDA 4F4KA 4H4OA 1WSEA 5HBMA 3QERA 3QEXA 2JLEA 1JLEA 4N76A 3AA4A 4CEOA 4Q5VA 4AHSA 1NKBA 1JLAA 3ZSQA 3TI0A 4N5SA 3AVBA 3ZSYA 3VQBA 3AA5X 4CJ4A 3VA3A 1ZYQA 4FJ9A 1LWFA 4I7FA 4IG0A 1T03A 1X9WA 1FK9A 4CHYA 1RCHA 1KVCA 3O4NA 4CJPA 5KRSA 4J2DA 4KREA 5FDLA 2B4JA 3C6UA 4CGIA 3OYDA 1LWCA 1TKTA 3NGYA 4KPYA 1B92A 1QSSA 4B9MA 1JL2A 1JKHA 1RBTA 3AVGA 3LZJA 3S3MA 1ZBFA 1B9FA 3ZSRA 1YVUA 1EXQA 1RDCA 3U6FA 1D9DA 4Y1DA 3VQDA 1LW0A 1ZBIA 3QINA 5T7BA 2OZSA 3P1GA 4DFMA 4FLUA 1CLQA 4AHVA 4ELVA 2BE2A 3V4IA 2HNZA 2HB5A 3AO2A 3AVCA 1TK0A 1DTQA 3CM6A 2PZSA 3EYZA 3O3HA 5K14A 3C94A 1RBRA 3KD5E 4ICLA 3C95A 1C0TA 1DTTA 3HPGA 4JS5A 1WNSA 3TABA 5J2NA 2HHVA 4OLBA 1S5JA 3ZSWA 1RT5A 3WNFA 3O3FA 3DRSA 1RBSA 2RF2A 1R0AA 3TR8A 3DLEA 1HNIA 2XRIA 1C6VA 3LPUA 4M42A 1TAUA 2RPIA 2XY5A 3TAQA 1NOYA 4FJLA 1XHXA 5CZ1A 5DMRA 4H8KA 2HMIA 2PY5A 4IFYA 3NCIA 1SL0A 2KQ2A 2KFNA 4GMJB 4M3XA 1JLBA 3KLIA 2IGIA 1HQUA 2RN2A 4M41A 1C1CA 4CEEA 4HHTA 3D45A 4FLTA 3AO3A 1KLMA 3AVIA 4IDKA 3RWUA 2IAJA 1RBUA 5EU7A 4FLWA 3L2VA 2DFHA 1HMVA 4NYFA 3HP6A 1U4BA 3RRHA 1XHZA 1VSIA 4DSKA 1NJYA 4ELUA 4FLYA 1D9FA 1HYZA 2DFFA 3ULDA 1UA0A 1IH7A 2PYJA 3E01A 3OYLA 2OPQA 1QTMA 3JSMA 1C0UA 4KHSA 3VN5A 3DI6A 4G1QA 1NK4A 1Q9XA 1WSJA 3RR7A 4F3OA 4M3UA 4KTQA 4KFBA 4FM2A 2YV0X 2ZQBA 3ZSVA 1QHTA 2VG5A 4CE9A 5C25A 3TAPA 4BWMA 1D8YA 3G10A 3NF9A 1HNVA 1QQCA 2I5JA 4LD0A 5HROA 2ZE2A 2ZD1A 3SQ0A 4PQUA 1VSLA 1BISA 3AA3A 3TAMA 1ZBHA 4DU3A 3QESA 4E7KA 2HW3A 4E19A 2KZMA 3WNHA 1WSFA 3VQ4A 1C0MA 3LALA 5JS2A 4KI4A 3OJUA 4W5RA 3MXMA 4F3TA 3M8PA 3V1OA 3CQ8A 4CJLA 3RMCA 4ID1A 1I39A 5E41A 4DFJA 4FJ8A 5D3GA 4FJJA 3OYNA 3WNEA 3V6DA 1U48A 4CJQA 3KLEA 4B3OA 5FROA 4O44A 3MECA 4CJTA 2P1JA 3DOKA 4JS4A 2IOCA 3OYJA 4LSLA 1TL3A 2Y1JA 1NK7A 4LSNA 4FJGA 4RW4A 4E1NA 2QKBA 1ASWA 1LWEA 2ITGA 3G0ZA 4CGDA 3CYMA 1REVA 4DTRA 5I3UA 3LAKA 4OKJA 4QOZB 1K6YA 1JXBA 1HQEA 3PO5A 3L3UA 4KAZA 1F21A 3HO1A 2QKKA 2Y1IA 4ID5A 4M3WA 4FYDA 4DS5A 5HRPA 4DWIA 3AVMA 1L5UA 3M8QA 1LAVA 3UIQA 4NYNA 1NJXA 1T05A 4AILC 3NGIA 2HHXA 1RBVA 2HHUA 4HVJA 3NF8A 1SL2A 4M3YA 3HT3A 4CFBA 3AO4A 2FBTA 4CEZA 3OYFA 4HUEA 4MQ3A 3TAFA 4CHZA 4CF0A 3OYIA 4HUFA 2IS3A 4J2AA 1TVRA 3O4QA 4E0DA 4M3ZA 1KTQA 4W5NA 1Q8IA 3L3VA 2F8SA 1NJWA 5JS1A 3QNNA 2D5RA 1NK5A 4DFKA 4PA1A 3KLHA 4RW6A 4B9TA 1RT6A 3LDSA 5FRNA 1RNHA 1BHLA 3ZSXA 4CERA 4EZ9A 4UQGA 3NH0A 1L3UA 5C24A 3S3OA 1W9HA 1J53A 1N6QA 2G8FA 2O4IA 2G8VA 1SKRA 4DTSA 4CEBA 4F2SA 3T1AA 4QCLA 1TGOA 1I3AA 3V9ZA 4DTOA 4DU4A 1KVBA 4DQQA 4CJSA 3CFPA 1NK0A 4CK2A 4FLXA 5KTQA 1IKVA 1BIZA 4CFCA 1MU2A 1T7PA 5KGXA 1TK5A 3SUNA 5CYQA 2Z1GA 3QLHA 4FZXC 4CECA 2D0BA 4R5PA 5CZ2A 1NJZA 4KTWA 4DLEA 4FJIA 3K5OA 3LWMA 4FK2A 1JXEA 4J2BA 3RMDA 4HUGA 2F96A 4JRPA 3ZCMA 4CHOA 4CIEA 3VQPA 3DLHA 4M3RA 4DF8A 3L2WA 3QO9A 3SUQA 1KFDA 4W5TA 3NGZA 4CHQA 3LWLA 1BI4B 4FK4A 3DYAA 1S9EA 4B8AB 3KLFA 1SUQA 4DTNA 1UOCA 3FFIA 1N5YA 3B6OA 3SQ1A 1FKOA 3SCXA 3HYFA 5J2PA 3SV4A 4N41A 2XHBA 1U49A 3BGRA 1UWBA 2O4GA 4OKEA 4O4GA 1WSIA 5HRSA 3OYKA 3HVRA 3KJVA 5J2MA 3WNGA 1ZBLA 3RMBA 4CGHA 2BDPA 3KK3A 3NDKA 4C8LA 4PWDA 2YKMA 1ASVA 2KFZA 4O0JA 2HNYA 4CESA 1U47A 1L3TA 4KRFA 4FJMA 4CGGA 4BDZA 1L3SA 1A5XA 4E1MA 4DSEA 1GOBA 4CJUA 1HJRA 4B9LA 4B9NA 2IDOA 3LPTA 1TV6A 1EP4A 4FVMA 4CEQA 4M45A 4EP4A 4FCYA 3SQ2A 4M3TA 3VQQA 3PY8A 4FZZA 3I0RA 1WSGA 4CJEA 2D0CA 1Q9YA 3QETA 1VSFA 4B9VA 2OZMA 1HYSA 1RDDA 3I0SA 1FKPA 3QEVA 4DQPA 1D5AA 4Z4GA 2P5GA 1JLGA 3ASMA 3ZT3A 2VG6A 1ITGA 1NK9A 1S9GA 1S1XA 2FBVA 4DFPA 1X9MA 3HL8A 3ALYA 3MEEA 3HVTA 1VRTA 3NH1A 1EKEA 1VSHA 5I42A 3H08A 1KRPA 4BWJA 4DTJA 4KI6A 2A1SA 3P83D 4WE1A 3D0PA 4FJ5A 1XWLA 1QE1A 1BQMA 4CJKA 2FBYA 3MXIA 3PX4A 4IBNA 2HVIA 4CEAA 3OYCA 1YT3A 3OS1A 1BI4A 4CJWA 3M8SA 4L8RB 3F9KA 1RTDA 3AVJA 4DS4A 1RT3A 2Z1JA 3SJJA 4OGCA 4BDPA 1DLOA 1S1UA 1RILA 3LP0A 3JYTA 1EX4A 4W5QA 3KKSA 4BDYA 4FJHA 4AHCA 3TAEA 3K58A 1J54A 3BDPA 1FXXA 2IC3A 1W0HA 3DRRA 4I2QA 4F2RA 2HHSA 3AV9A 2VG7A 2Q3SA 4H4MA 2NUBA 3K57A 4B9UA 4KHNA 1C1BA 1IKWA 4I9LA 1CZBA 3TWHA 3V1RA 3K2PA 4J2EA 3NBPA 3AVNA 2HHWA 1CXQA 1TKXA 1J9AA 4TSXA 4CIGA 1L3VA 4OVLA 2HNDA 1RT1A 3AVLA 3SYZA 1YTUA 2XY6A 1J5OA 4CFAA 4HTUA 3OYEA 3L2QA 3NHGA 3LZIA 4C8MA 4KHYA 3NAEA 3NH2A 2JGUA 4NCAA 1X9SA 3PUFA 4HCBA 1S1WA 3LP3A 4KTZA 3RRGA 5DK5A 2RKIA 1X1PA 2D0AA 4F8RA 2P51A 4N47A 4E7JA 4RG8A 3TARA 4DTUA 4LY7A 2DY4A 1RTIA 3AO1A 4CCHA 1UAXA 3KTQA 1WLJA 3U3GA 2E6MA 1RTHA 1IO2A 3A2FA 4RW7A 3SPYA 2F8TA 4DTMA 4FW1A 1TKDA 3MEGA 3QNOA 1SL1A 4CK3A 4C8KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TKZA 5KQ8A 1N33K 3DOLA 5BPLA 1JLFA 3THXB 4FVUA 5AQJA 3DLBA 3MX5A 4BRCA 3B6PA 3QICA 2GWKA 3KD1E 2BGGA 4O55A 4PY5A 3P39A 3ZSZA 3SNNA 2X78A 1U45A 4A5BA 4GV6A 4MFBA 4CF2A 4WCEL 3OYGA 4H0XB 4YOTA 4DQSA 3BZKA 3U9ZA 2P9NB 5DM6L 3KIOA 4CJ3A 4JKEA 1VQ4N 4GV3A 1S6PA 4KH5A 1RGIA 3F73A 5BRDA 3OVNA 1WAFA 3AVHA 2X6SA 3CJAA 4E3SA 2YCHA 4CK1A 1JCGA 4FK0A 1HNXK 2X6NA 3S3NA 3OS0A 4H5RA 3K5NA 4OKKA 1NNEA 4DF4A 3VQ7A 3VOVA 3VGMA 1EWRA 3HPHA 3PX0A 1A5WA 3I33A 1IKYA 5C15A 1TL1A 3CQXA 2OA8A 4B9SA 5M1QA 3V9WA 3H3OB 5JVHL 5AQXA 4BRQA 3SLCA 1QSLA 5AQTA 2P9SA 3P5JA 3VQ6A 3ENBA 4DSFA 4IFEA 1Z26A 2YNFA 4MLEA 4BROA 4JRQA 1LV5A 2HF4A 3O9TA 3ZT1A 3LDOA 3MXJA 4FLZA 3ZETB 1MDUB 3CFOA 5GIPA 3SI6A 5JLFA 4FJXA 4EAHD 1VQ9N 3TTCA 4CJRA 1VSKA 2CGLA 3L8BA 3SAFA 2B5JA 4RWTA 4EHTA 4WFBL 2YHBA 2PYLA 4H0PA 1U04A 3SAGA 2NRRA 4OJRA 2VQEK 1OH6A 4RW9A 2I7PA 3D7EO 4C8OA 3HZ6A 4GW6A 5HRRA 3EKSA 3ITHA 4DQRA 3MAQA 3ISNC 1OVYA 3S9HA 4Z4FA 4AHTA 4CEFA 3EE8A 3ZYYX 4AHUA 1VSDA 3SUOA 1SV5A 5KGWA 1KLNA 3UKRB 1QS4A 2ATQA 1NOZA 2RE2A 4K8ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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