4PA1A

Crystal structure of catalytic core domain of fiv integrase
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
151
structure length
151
Chain Sequence
HMGIWQMDCTHFDGKIILVGIHVESGYIWAQIISQETADCTVKAVLQLLSAHNVTELQTDNGPNFKNQKMEGVLNYMGVKHKFGIPGNPQSQALVENVNHTLKVWIQKFLPETTSLDNALSLAVHSLNFKRRGRIGGMAPYELLAQQESLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Identification of phe187 as a crucial dimerization determinant facilitates crystallization of a monomeric retroviral integrase core domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Viral protein
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 50
structure length 151
sequence length 151
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-04-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4pa1A00
4B8AB 4CJLA 3QERA 1A5VA 3NF6A 4B9VA 3V9XA 4FCYA 1ZYQA 1ZBHA 1ITGA 4CF8A 4E1NA 5FROA 2FBXA 2ATQA 3AVJA 2BE2A 3QO9A 2E4LA 1NK7A 4GMJB 3HVRA 4FLYA 1IKVA 2JLEA 3M8PA 3WNEA 1U04A 3K5MA 4RW4A 4OLAA 2OPPA 3T1AA 1NK0A 3AVGA 3TARA 4CF1A 4WE1A 3OYCA 2KFNA 1L3UA 3V6DA 4J2EA 3B6OA 2NUBA 3AVMA 3VA3A 1XI1A 4N76A 4CEAA 1XHXA 3ZSYA 5I3UA 5D3GA 4K8XA 4DF4A 2Z1IA 4UQGA 2G8HA 4W5NA 4IBNA 2HHWA 4O44A 3CFPA 3NF8A 5FRNA 4DSKA 4Z4IA 3OYFA 5E41A 1TK8A 3RRGA 4FM0A 3RTVA 3OYEA 3U3YA 1BISA 3DOKA 1BI4B 4PUOA 3OJUA 1HMVA 3V9UA 3TAEA 4CJKA 4AHRA 4CGDA 1QSLA 3KIOA 3ZSQA 3PX4A 2X6NA 1CZ9A 3LPTA 4RW9A 4CHOA 3TWHA 1SL2A 4FZYA 4IFYA 1D5AA 2XY6A 1U45A 1JLEA 2HMIA 2P5GA 3VQAA 4F2SA 4DU3A 1NJZA 1IKYA 4FZZA 1D9FA 2AJQA 3ZSOA 4E0DA 4DSJA 4DS5A 4O5BA 3ZSXA 1CZBA 1WAJA 3DYAA 4CJUA 3U6FA 2Y1JA 3S9HA 3TANA 4DLGA 3NH0A 2KZMA 2A1SA 4E7LA 4KI4A 3SYZA 1A5XA 3U3GA 1RT3A 2P51A 4CF9A 3KLHA 4DQSA 4DSEA 2KTQA 4CJ3A 3NGZA 3NGYA 3A2FA 3HPGA 3L3UA 1EX4A 4EP4A 1LWCA 1VSJA 3VQ5A 1JKHA 4DU4A 2XHBA 3CFRA 1T03A 5JS1A 4Z4HA 4KO0A 4KV8A 4BACA 3AO1A 2G8FA 4CFBA 4IDKA 1RBVA 3KKSA 3T3FA 2HNDA 3P83D 1EKEA 3KD1E 3D0PA 1NKBA 4CJFA 2KFZA 1JXBA 1WSJA 4CEEA 4FK2A 1RTJA 2DFEA 4KAZA 2HHSA 2G8IA 1S1WA 3VQEA 1KVAA 1LWEA 4M3WA 4RG8A 4EZ6A 3OYKA 4AHCA 4CJWA 4IKFA 4W5TA 5HRRA 3ZT2A 5JS2A 3ZT1A 3K5OA 3PO4A 2ZD1A 3MXIA 4CJEA 1JLBA 1NOYA 1TKZA 4KB1A 3HSTB 1DTTA 2OPSA 3QEWA 1QSSA 3CYMA 3H08A 4B08A 1T7PA 1GOAA 4M3YA 4BE1A 1S1VA 1BI4A 3AO5A 3DLHA 2XO7A 1WSHA 5HRNA 2VWKA 3BDPA 3D45A 4FJXA 4C8NA 3TAQA 4ZTFA 1X9SA 1Q9YA 1VSIA 4XIUA 4DQIA 4B9MA 4DU1A 3OY9A 3HT3A 3SUOA 4EP5A 2X74A 3LALA 2HNYA 4DTMA 2QKKA 3DM2A 2DFHA 4FLWA 4YFUA 3ZT0A 1N6QA 4Q5VA 2PY5A 2BDPA 4CJVA 3DRRA 1HYSA 3ZSWA 3CG7A 1KLMA 3E01A 4OGEA 3CM6A 3V1QA 4CEOA 1Q8IA 3QEIA 3QEPA 4QCLA 1HPZA 4LSLA 1JLFA 1NKEA 3RR7A 4FLZA 3DLBA 1W0HA 3LP3A 3IAYA 2DY4A 4FJ9A 1HQEA 4KHWA 2HW3A 3G10A 4CHZA 1BHLA 3L2UA 4AILC 1FK9A 1KVCA 2D0CA 3DI6A 3MEEA 3QLHA 5T7BA 4BDYA 3HO1A 4ELTA 5HP1A 3AA3A 3AO4A 1IKWA 4CF0A 3NGIA 4DG1A 2XY7A 3QNOA 1GOCA 4CEBA 1RBSA 4M3XA 4RW8A 1U47A 5KRSA 4FJGA 3C94A 3MEGA 3VQ7A 4C8LA 4FJ5A 2YNFA 3S3MA 4HCCA 3TABA 4NCBA 1TL1A 2IOCA 3NF9A 4Z4CA 4BE0A 2ZE2A 2OYQA 4KI6A 3L2VA 2FC0A 4W5OA 4E89A 3V1OA 3UIQA 2HHXA 2KZZA 3OYIA 1JLAA 4Z4EA 3OYMA 2G8WA 4Z0UA 3I8DA 2YNHA 4LY7A 1DTQA 4FJNA 3THVA 4HUGA 3HPOA 3AVLA 1FKOA 3AO2A 2GBZA 2OPQA 4CEQA 3V4IA 3MXMA 1TKDA 2Q3SA 1GOBA 4NCGA 3PY8A 4KRFA 1NK5A 3ALYA 4K8ZA 2D0BA 1J5OA 2HHUA 3PUFA 3OS1A 3OS0A 1D8YA 5DMRA 1TAQA 2RN2A 4FJLA 2QKBA 3L2RA 3KLEA 3JSMA 1L3SA 3SPZA 1SV5A 3OS2A 4FVMA 3O4QA 4JLHA 3O4NA 4QAGA 3QINA 3RMBA 4B9NA 1KCFA 1S5JA 3SUNA 3F9KA 1VSKA 3L2WA 4FK0A 4BDPA 1C1CA 4PY5A 4KFBA 4N47A 3HK2A 4RW6A 3SQ0A 4MQ3A 1RBRA 4CHQA 1QE1A 2WOMA 2E6MA 1RBTA 4DTSA 3SJJA 4Z4FA 3KLGA 1C0TA 3HM9A 3M8QA 1IH7A 4C8MA 1D9DA 2DFFA 2G8UA 4FJ8A 3FFIA 1EETA 1KRPA 2B6AA 1XC9A 1S9GA 4RW7A 2VG5A 2FBVA 1SL1A 2PYJA 2F8TA 4LSNA 4F3OA 4F3TA 4DTRA 3V1RA 4GVMA 1WSEA 1NK4A 4FM1A 3AA4A 1EXQA 1KLNA 2IAJA 3OYBA 5KTQA 4DQQA 4B9LA 4AHUA 3PX0A 3VQQA 3VQCA 4CGFA 3LAKA 3MECA 4I9LA 3NFAA 5KI6A 1LAWA 4ICLA 4B9UA 4FW1A 2F96A 4LH5A 4FJJA 1R0AA 3L8BA 4DTUA 3SQ1A 4OLBA 4KTWA 3HL8A 2VG6A 4JS5A 4J2BA 4CGHA 3LWLA 3OJSA 4CGGA 4DTJA 3K58A 2BANA 1QHTA 4PA1A 4CESA 1NJXA 1RT7A 3M8RA 4DTNA 3TAGA 2HHQA 3I0SA 2Z1GA 4OPJA 1NK6A 4IFVA 1KFSA 4CE9A 1IG9A 2X78A 1CXUA 4OKEA 4CK2A 3M8SA 3P1GA 3K5LA 3SUPA 1ZBLA 1RT1A 1SKWA 3AV9A 1REVA 3AVHA 3K57A 1XHZA 1VRUA 3C6TA 3WNGA 4AHSA 2YHBA 1BIUA 1UAXA 3NBPA 3LP0A 3WNHA 3NCIA 3V9ZA 4F2RA 2HHVA 1UOCA 1EP4A 4ID1A 4GW6A 1C1BA 1F21A 1JXEA 3AA2A 2PYLA 1RT5A 1ASWA 2X6SA 5J2NA 3AVNA 1WN7A 2ETJA 2HNZA 4CFAA 3ISNC 1RTHA 5HRPA 3F73A 3AVBA 3I0RA 3KK2A 1WAFA 4W5QA 3OYLA 5J2MA 3DLRA 4FW2A 1K6YA 4KREA 2G8KA 1ASUA 4N56A 4M3TA 1RBUA 3KJVA 3HYFA 1HNVA 3QIPA 3NAEA 1O1WA 1VSLA 3KLFA 1FKPA 1NJYA 2Z1JA 1KVBA 2D5RA 4CFCA 3ULDA 3SV3A 4L8RB 4CGJA 1SL0A 5CZ1A 1ASVA 4JRQA 5SZTA 5CY4A 4ID5A 4DFKA 1U49A 2LSNA 3HJFA 1C6VA 4DFPA 4I7FA 1TL3A 4DQPA 4FZXC 1ZBUA 4G1QA 1LW2A 2VWJA 3AVFA 4JS4A 4KHSA 1J53A 4Q0BA 2IC3A 2O4GA 4CJ4A 2EHGA 4BWJA 3V9WA 1UA1A 1QSYA 5HBMA 4N41A 2GV9A 4FXDA 4CJPA 3KKRA 1WSGA 1S1UA 3DRPA 4CGIA 3SUQA 4NYNA 3KK1A 4FYDA 5HRSA 1BQNA 4CJ5A 2YNIA 4O0IA 4FJ7A 4PWDA 1RT4A 1WSIA 2XRIA 3P5JA 1YTAA 4IG3A 1BGXT 1WSFA 3HVTA 4O0JA 4BE2A 3RMCA 3ZCMA 2RF2A 3SZ2A 4B8CA 3TAFA 3QEXA 2O4IA 3S3OA 3O3GA 1XWLA 2R7YA 1RT2A 3QEVA 5J2QA 3HP9A 3V81A 1G15A 3HPHA 3EY1A 3K59A 2HVHA 4B9SA 3DRSA 4DSLA 4I2PA 1NOZA 3RRHA 5HROA 3AVAA 1HYVA 2EX3A 1RT6A 2JGUA 3LP1A 5C42A 5J2PA 1FXXA 4I2QA 5K14A 1T8EA 4HVJA 4KHNA 1MU2A 3ZT4A 3VQ6A 4BWMA 4C8OA 1IO2A 3MEDA 3SI6A 4H4MA 4NCAA 4E3SA 1L3TA 1WLJA 1X1PA 4DQRA 1NK9A 1VSDA 1L3VA 4DFMA 3AA5X 1HJRA 2FBYA 3OYJA 3HXMA 4E1MA 4HUEA 4C8KA 4CHNA 4CERA 3V9SA 4DSFA 1TK5A 5FDLA 1JL2A 4CHPA 3OYGA 4FJIA 2F8SA 4KKOA 1C0MA 3QESA 1CLQA 3VQBA 1VSEA 2IS3A 3DLEA 4KTZA 2QXFA 4CEDA 4DLEA 1ZBIA 4KHQA 3CM5A 1BCOA 2OPRA 4CIEA 1B92A 2B4JA 4CK3A 1SKRA 4KPYA 3MAQA 4R5PA 2Z1HA 3RMDA 3SPYA 2KW4A 3AVKA 1W9HA 3K2PA 4LH4A 4CCHA 1ZBFA 1HNIA 1VK0A 3MXJA 4IG0A 3SV4A 1RTDA 3QIOA 1Z26A 2OA8A 1RILA 4EZ9A 1RNHA 1VSMA 3L3VA 1JLCA 3EZ5A 4I9QA 4KTQA 5EU7A 1JLQA 4LD0A 4M42A 3OYHA 4HHTA 2YKNA 4Y1CA 2G8VA 2ITGA 5CZ2A 4OPKA 3ITHA 4ELUA 4DTOA 1RDDA 1YVUA 2D0AA 2PZSA 2I5JA 4CEZA 4M41A 4DS4A 1WNSA 4H4OA 1LW0A 3TI0A 1J9AA 1NJWA 3LANA 5DK5A 3NHGA 4DTPA 4PQUA 4FJHA 1B9FA 1YT3A 2HB5A 4YNQA 3KD5E 3ZSVA 3NE6A 1Z25A 4B3OA 1C1AA 1RCHA 5KGWA 3AVIA 1RDCA 2B5JA 3ZT3A 4ZHRA 3RMAA 3AVCA 1TAUA 4N5SA 4KB0A 4FLTA 1L5UA 1N5YA 3C95A 3AO3A 1U4BA 4E7KA 1TKXA 5KRTA 3LPUA 3RR8A 4OKKA 3VQPA 2E6LA 3LP2A 1RDBA 3ZSZA 4E7IA 4DSIA 3DOLA 5C24A 4CIFA 1TV6A 3IS9A 3HP6A 4DF8A 3VQ9A 1VSFA 3QETA 1A5WA 4DFJA 4HCBA 4O55A 5FRMA 1X9MA 2KQ2A 4HTUA 4FJMA 1QQCA 5CYMA 4FLUA 3DMJA 3IRXA 5C25A 4W5RA 4J2AA 2BGGA 1C0UA 1QS4A 5J1EA 4F4KA 4CIGA 4CJSA 4O4GA 3KLIA 3O3FA 4TSXA 1KFDA 3O3HA 4OVLA 2OZSA 1S1TA 1S1XA 3LDSA 4ELVA 1BCMA 4Y1DA 3ZSRA 4CJQA 1SKSA 1RDAA 3KTQA 3PV8A 1UA0A 3OYDA 3LWMA 4QOZB 2FBTA 4J2DA 1BQMA 4AHVA 3VQDA 4FM2A 1QTMA 1HRHA 3LAMA 3SNNA 4DWIA 2W42A 1NK8A 1J54A 5CYQA 2YV0X 1TVRA 1IKXA 3WNFA 4ZTJA 3SQ2A 4FK4A 3LZIA 1TGOA 2ZQBA 5KGXA 3VQ8A 3OYAA 3L2QA 1JLGA 2IDOA 3DLGA 3OVNA 3K5NA 3PO5A 4KHYA 3TR8A 1I39A 4KHUA 4OGCA 4OJRA 1LV5A 4NYFA 3IG1A 4M3RA 3EYZA 2XY5A 3PX6A 3CQ8A 2A1RA 2HHTA 1HQUA 4CHYA 4M3UA 1X9WA 4BDZA 2YNGA 4CJRA 3NF7A 3VQ4A 2Y1IA 2WONA 1CXQA 4CF2A 3QNNA 1LWFA 2P5OA 1T05A 3LZJA 4F8RA 2HVIA 2RKIA 4CFDA 2IGIA 2P1JA 2DTUA 1TKTA 2GUIA 1I3AA 3KK3A 1VSHA 4E7JA 3S3NA 1S6QA 3C6UA 3VN5A 1NKCA 2QK9A 3G0ZA 4M45A 2RPIA 3NH2A 4DTXA 2OZMA 1UWBA 3NH1A 1B9DA 4Z4GA 1KSPA 4H8KA 4DMNA 3JYTA 1S6PA 4JRPA 3NDKA 5HLFA 4M3ZA 3SQ4A 1YTUA 4CECA 3VA0A 4OKJA 3SCXA 3T19A 5SWMA 4HUFA 3BGRA 3TAMA 1S9EA 2VG7A 4E7HA 4B9TA 4CEFA 4MFBA 1JL1A 4AHTA 1U48A 4CJTA 4FLVA 1BIZA 2YHAA 2YKMA 3DLKA 3OYNA 1KTQA 1LAVA 3B6PA 3TAPA 4E19A 3RWUA 1VRTA 4AH9A 3ASMA 1DLOA 3CFOA 1Q9XA 4CK1A 1RTIA 1Y97A 4FLXA 5I42A 1HYZA 4FJKA 1BL3A 1SUQA 1TK0A 2XY8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QERA 4FCYA 1ZYQA 1ZBHA 3T69A 3CXCM 1YHQN 2NRTA 1NK7A 4OPHA 2UU9K 4H5VA 3F2KA 3WNEA 3K5MA 4RW4A 5CR4A 2OPPA 3T1AA 1NK0A 3CCMN 3OYCA 2NUBA 3AVMA 5GIOA 3I33A 5D3GA 3JS6A 3ZX3A 4UQGA 2G8HA 3EL2A 4JKEA 3G71N 3RTVA 1QVFM 1WUAA 1NBWA 1BISA 1BI4B 4ISGA 1HMVA 3B8AX 4MO4A 2E2NA 3PX4A 4KH5A 2X6NA 3THYA 4FZYA 1BU6O 4B3MK 1D5AA 4FL9A 2P5GA 2UUBK 4F2SA 3FR0A 4FPAA 1D9FA 2GEMA 1LCUA 1WAJA 3DYAA 4CJUA 1WBBA 3SYZA 3U3GA 3KLHA 1R59O 4CJ3A 4JKGB 3MMVA 3L3UA 3PIOL 4EP4A 5EXWA 3WUHA 3VQ5A 4IJAA 4DU4A 3CFRA 4IO8A 5BRHA 2QEXN 1YJ9N 1OVQA 5KQDA 1VQNN 1JJ2M 3KD1E 1EKEA 1QZ6A 1NKBA 4JKAA 2WBNA 2VQEK 4B3SK 4KAZA 1EWQA 3VQEA 4R79A 2E1YA 2HHHK 4EZ6A 4HWIA 4CJWA 5JS2A 1NGAA 2ZD1A 3PSFA 1JLBA 4KB1A 2HHTA 1DTTA 2OPSA 1T7PA 4BE1A 1S1VA 3FZKA 3BDPA 3CJAA 2VWKA 4J8FA 3DLLL 1NGJA 4B9MA 1NLVA 3LALA 1NGHA 2D4WA 4DTMA 2QKKA 3H6EA 4Q5VA 3DRRA 1HYSA 2E1ZA 3CG7A 2I7PA 4QCLA 2O8CB 3ZYYX 1JLFA 4FLZA 3IAYA 3O1BA 4FOIA 1QQMA 3M5RA 3O1WA 5LJWA 1HQEA 1NGDA 2HW3A 4WFNL 1GLFO 3NGIA 3ZETA 4DG1A 3MN7A 3FE1A 1GOCA 3HSCA 4C8LA 3S3MA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1MU2 A;  3ZT4 A;  4EFH A;  4Z94 A;  4CBU A;  4C8O A;  3MED A;  1L3T A;  1VSD A;  5A2Q O;  4RCH A;  2VGN A;  3HOS A;  1HJR A;  1V4T A;  3OYJ A;  3HXM A;  1G99 A;  1Q81 O;  3QES A;  3VQB A;  1VSE A;  3AGR A;  4DLE A;  2HST A;  3O5B A;  3OBW A;  4I6M B;  1ZBI A;  4CK3 A;  2F4V K;  3EKU A;  5GAE P;  4CVN E;  5LJV A;  4LH4 A;  3OA9 A;  1ZBF A;  3MXJ A;  4A57 A;  1VHX A;  4FO0 A;  3J7A P;  4KTQ A;  5EU7 A;  4HHT A;  2YKN A;  3QBW A;  5CZ2 A;  3LM2 A;  3ITH A;  3O8M A;  4A2B A;  1RDD A;  2PZS A;  4BRC A;  1N8R O;  1LW0 A;  4DR7 K;  5ADX A;  4PQU A;  3NHG A;  3D6R A;  2WC9 A;  4FJH A;  2HB5 A;  3FZL A;  3NE6 A;  4OX9 K;  4BR5 A;  2QWO A;  4ISF A;  3TU5 A;  2Q0R A;  5KGW A;  4K43 A;  1K8K A;  2B5J A;  4IWV A;  4KB0 A;  3ZX2 A;  4DR3 K;  4LC9 B;  3O08 A;  3AO3 A;  1VQK N;  4A5A A;  1HNX K;  5AQZ A;  1GLJ O;  3LPU A;  2J4R A;  4OKK A;  5AQG A;  3ZSZ A;  3MX2 A;  4DV6 K;  4E7I A;  4DSI A;  3DOL A;  1TV6 A;  5JMV A;  3HP6 A;  1A5W A;  2H3G X;  3HTV A;  2CGK A;  2KQ2 A;  4FJM A;  5CYM A;  3FZF A;  3IRX A;  4J2A A;  3GBT A;  4LF7 K;  5BRE A;  4AQY K;  5J1E A;  3GDQ A;  4CIG A;  4CJS A;  2BTF A;  3N4P A;  1VQL N;  3O3H A;  1S1X A;  3QFU A;  1SKS A;  4H0P A;  3PV8 A;  5AQS A;  4FVU A;  4J2D A;  2QWN A;  4GKJ K;  4DWI A;  5KPZ A;  2GTD A;  1Z05 A;  4HTL A;  3PLA A;  3ATV A;  1QZ5 A;  4ZTJ A;  3SQ2 A;  4CZE A;  2P9L B;  3OYA A;  3VGL A;  3GL1 A;  1LV5 A;  4OJR A;  2XY5 A;  3D2E A;  2A1R A;  1X9W A;  2YNG A;  5BR9 A;  3VQ4 A;  2Y1I A;  2WON A;  5FPD A;  3QFP A;  3LZJ A;  3Q7C A;  2HVI A;  4DV0 K;  4B3T K;  3CJC A;  2DTU A;  3WEE B;  3KK3 A;  1I3A A;  4E7J A;  1VSH A;  1NKC A;  3VEN A;  2UUC K;  1P8Z A;  3TTC A;  2QK9 A;  1N34 K;  1CZA N;  1UWB A;  3NH1 A;  1B9D A;  1S6P A;  3NDK A;  4CEC A;  4OKJ A;  5SWM A;  1Z6R A;  1S9E A;  4JI0 K;  2PBD A;  3I8B A;  2CGJ A;  1BIZ A;  2YHA A;  2EWS A;  1LAV A;  2ASP A;  3J7Z O;  1VRT A;  4AH9 A;  4FLX A;  1BL3 A;  3H1Q A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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