4PA1A

Crystal structure of catalytic core domain of fiv integrase
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
151
structure length
151
Chain Sequence
HMGIWQMDCTHFDGKIILVGIHVESGYIWAQIISQETADCTVKAVLQLLSAHNVTELQTDNGPNFKNQKMEGVLNYMGVKHKFGIPGNPQSQALVENVNHTLKVWIQKFLPETTSLDNALSLAVHSLNFKRRGRIGGMAPYELLAQQESLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords Integrase
publication title Identification of phe187 as a crucial dimerization determinant facilitates crystallization of a monomeric retroviral integrase core domain.
pubmed doi rcsb
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 50
structure length 151
sequence length 151
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-04-07
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4pa1A00
3MXIA 2VWJA 1VSLA 2IOCA 1U47A 1JL2A 4DS4A 2G8KA 2HNZA 1TVRA 4RW7A 3OYIA 4DU1A 1RDBA 2QKBA 1JLCA 1DTQA 1HJRA 2F8TA 1HMVA 3AO3A 4CJQA 2QK9A 1IH7A 3MEEA 3CM5A 1XC9A 1IKYA 3F9KA 1XI1A 3RR7A 4FZYA 1BIZA 4CJTA 1CZ9A 2ZD1A 1J5OA 1WSJA 3IG1A 4CHPA 4Z4CA 3SQ0A 1QSYA 4CGIA 1L3SA 1L3TA 4E7HA 2F96A 1TL3A 4NCGA 4HUGA 3SPZA 3PO4A 3O4NA 1BCOA 1SV5A 4OPKA 3LZIA 2P51A 1NK9A 4B9LA 4KI4A 4J2AA 4I2PA 3NH0A 3DLHA 2PY5A 2X78A 3AVHA 4CEAA 1UAXA 3QEPA 2FBYA 1RTJA 4CEDA 3LANA 4Y1CA 4RW4A 4IG0A 3T3FA 1S6PA 2DTUA 4CJPA 3L2VA 3V1QA 2Z1GA 4DMNA 1BL3A 4FJLA 1KLMA 4B3OA 3H08A 3V1RA 3AO1A 3L2QA 4QAGA 2R7YA 4CE9A 2DFHA 1I39A 3S3MA 2E6LA 3VQ7A 5K14A 4FJ9A 3KKSA 1BQNA 4QOZB 1RT7A 3NHGA 1LW0A 1VK0A 4O55A 4FK4A 1ITGA 5FDLA 4FM1A 5I42A 4KO0A 4HVJA 2YKMA 3AVAA 3KK3A 1U04A 1NK6A 3HYFA 1VSDA 4FJ8A 1TAQA 4NYNA 4KHYA 4KREA 5SWMA 4BWMA 2W42A 3G0ZA 4OJRA 3VQBA 4FCYA 3LPTA 4KTZA 4OKKA 4H8KA 4CGGA 2QKKA 4DTXA 4O5BA 4DF8A 4KRFA 2LSNA 3P1GA 5I3UA 4FW2A 4G1QA 1WSIA 3SUQA 3AO2A 3AA5X 3MEDA 4W5TA 3PO5A 4LSNA 3TAFA 4ID1A 4DU4A 3MEGA 1S6QA 3OJUA 5J2MA 1U48A 4E7JA 4FJMA 4L8RB 2D5RA 4W5RA 1K6YA 4B9UA 3LWLA 2HHSA 3OS0A 1NJXA 4CFCA 4CJWA 4Z4HA 4EZ6A 2IS3A 1TL1A 1WSGA 4LH4A 3V81A 2RPIA 4Z0UA 4CEEA 4DSKA 3SQ1A 4AHVA 1IG9A 1JLGA 3V9SA 3RMAA 3ZSVA 2EX3A 5HLFA 1KRPA 5J2PA 4EZ9A 2AJQA 2YNGA 5KGWA 3D0PA 3ISNC 4E1MA 3OVNA 1B9FA 4FVMA 4CJLA 3OYEA 3M8RA 4FYDA 3LP0A 4CGFA 3TR8A 2I5JA 3AVBA 3IS9A 4N5SA 4JS4A 3LALA 1R0AA 1VSIA 3DRSA 2B5JA 1WSEA 2F8SA 1L3UA 2RKIA 4ID5A 1GOAA 3NF6A 3O3HA 4DSIA 2OPPA 3QIPA 4HCBA 4CK3A 3ASMA 3NH1A 4IBNA 4ZHRA 3K5LA 5HROA 3HM9A 1RBSA 1GOCA 1JXBA 1ZBFA 1SL2A 2G8IA 1HYSA 4F8RA 4DTOA 4FJKA 4ZTFA 5HRPA 4NCBA 3RR8A 4KKOA 4CFAA 4CEBA 4IDKA 2HHWA 3KD1E 3DRRA 1IKXA 3KD5E 1FKPA 4DSJA 1RT2A 3OYGA 4E7KA 3QERA 4DLGA 2FC0A 4LD0A 3C6UA 4DFKA 1RT1A 4KFBA 4FJNA 5HRNA 4DTPA 1HRHA 3HT3A 3WNEA 4ELVA 4F2SA 4CHOA 1TK5A 2OZMA 2D0CA 3HPHA 3V1OA 1JL1A 3AO4A 3ULDA 3AVMA 1X9WA 1EX4A 3CG7A 1XWLA 2G8UA 2PYLA 4OLBA 1U45A 4CJFA 2G8HA 4FJGA 2FBVA 4DLEA 1VSJA 1WAJA 1Z26A 1RT4A 2OPQA 3G10A 4FJHA 3CFOA 5CY4A 2VG7A 1KFSA 1BGXT 2FBTA 3DOKA 4OGCA 4CERA 3NCIA 3NBPA 4CF8A 3AA2A 3P83D 4YNQA 3RRHA 3BDPA 1KVBA 3VQDA 1A5VA 3DRPA 2ZQBA 1I3AA 2B6AA 2D0AA 3KLFA 3DOLA 3OYHA 3DLEA 3CFPA 3ZSZA 2ITGA 5C42A 4DTMA 1B92A 5CZ2A 4CJUA 4CF9A 3CFRA 3K58A 3U6FA 3TAPA 5DK5A 1REVA 3HSTB 3OYAA 4DSEA 3OYDA 3SYZA 3ALYA 3HVTA 2XY5A 2IC3A 3CM6A 1RTIA 3NDKA 4YFUA 4DQRA 4FM2A 2OZSA 5SZTA 3V9XA 4CEQA 1ASVA 2GUIA 4DFJA 3L2WA 2OPRA 3QNNA 4C8OA 2ZE2A 1ZYQA 3AA4A 3SUOA 3NF8A 3NAEA 4AHCA 3CYMA 1QSSA 1UA0A 1WLJA 4C8NA 3VQ5A 4PUOA 1RBTA 4Z4FA 4Z4EA 2E4LA 2HW3A 3QO9A 4GMJB 1BISA 4CEZA 4N41A 2BANA 4CJSA 3LDSA 3HP9A 1KVCA 4DFMA 2IGIA 4CCHA 3PX6A 2GV9A 1Q9XA 2YKNA 3C6TA 2G8VA 3SZ2A 3O3GA 3PV8A 1CLQA 4F3TA 2XY7A 4N47A 4FM0A 3L2UA 4C8LA 1YTAA 1NK5A 4FJXA 4CJ5A 2YNHA 3VQCA 4C8KA 1RT3A 4FXDA 1QHTA 1TAUA 4E7LA 2XY8A 1KTQA 3OY9A 4GVMA 3VQ6A 1L5UA 1EXQA 3QIOA 3QEVA 5J2NA 4IG3A 2JGUA 4ELUA 4AH9A 3LP1A 2KZZA 2OA8A 3ZT1A 1TK0A 4M3TA 1S5JA 1S1VA 4LY7A 1TK8A 2OYQA 4PQUA 1UA1A 4KHNA 2XY6A 1FK9A 1NKBA 3DLKA 1HYVA 2KW4A 2VG6A 2YV0X 3HL8A 4IFVA 4CGHA 4EP4A 4W5OA 3AV9A 3MAQA 4FLWA 4DQQA 3S9HA 4CIFA 1HQUA 3WNGA 3L3VA 3NGZA 4FLTA 1KCFA 3KTQA 4O4GA 2RF2A 2Z1IA 3QEXA 4TSXA 4ELTA 5C24A 3L8BA 1RBUA 3JSMA 1WSFA 3THVA 2WONA 4OGEA 4M3UA 3ITHA 4AHUA 4I9LA 3DLGA 3TWHA 3HO1A 1RBRA 3LZJA 4JRQA 2Y1IA 3RMBA 4CK2A 4FLYA 1HNIA 3K5OA 1HYZA 4B8AB 4HCCA 3NF9A 3QEWA 4LH5A 4CHZA 3LWMA 4FJJA 1LWCA 3OYBA 3DLBA 1A5WA 2BE2A 3QINA 4BDYA 3OYMA 1BIUA 3OJSA 1NK8A 1VSFA 3SI6A 4BE2A 4ZTJA 2HNYA 4AHSA 4OLAA 1BI4B 4HTUA 3PUFA 1T05A 1CZBA 1VRUA 1RDDA 4RG8A 4RW8A 4AHRA 3OYNA 1T8EA 4B9TA 3SUNA 3T1AA 2B4JA 3AO5A 1U49A 3ZCMA 3T19A 3LAMA 3TAMA 4IKFA 3NH2A 1X1PA 5KI6A 2O4GA 1JLAA 4CHYA 2IDOA 3O4QA 4B08A 1RT6A 3MXJA 1SL1A 4W5NA 1CXUA 1JLFA 3DLRA 1LW2A 4KI6A 3ZSRA 3HXMA 1RDCA 2KFNA 4CHNA 4QCLA 3AVGA 5C25A 1KSPA 1EKEA 2O4IA 1Q8IA 3RTVA 1NK4A 1YVUA 4KHWA 4PY5A 3EYZA 3U3YA 1D5AA 3NGYA 3ZSYA 3AVKA 4IFYA 4M3RA 4M41A 3KLGA 3E01A 3L3UA 2KQ2A 3NGIA 5J2QA 4DQIA 4DSLA 4CGDA 4LSLA 1VSMA 3V9WA 2Z1HA 1S9EA 4F3OA 2KFZA 4J2EA 1ZBHA 3ZT2A 5JS2A 3K5NA 4WE1A 1X9SA 3SQ2A 1L3VA 1D9DA 4M42A 1RBVA 4O44A 4JS5A 4FLUA 3ZSOA 3TAQA 1N6QA 3KK2A 3V4IA 3HPOA 3QNOA 4BDPA 4CJEA 1J9AA 3AVLA 4UQGA 4Q5VA 3ZSXA 3SQ4A 4DTRA 3AA3A 1B9DA 1RNHA 1KVAA 4CF2A 3ZSWA 3OYJA 2HHTA 3B6PA 3TAGA 1EETA 4RW9A 3OYFA 1T03A 2ATQA 3C94A 4JLHA 2ETJA 2OPSA 3KK1A 4B8CA 5KRTA 1LV5A 1BCMA 1JXEA 3SJJA 4J2BA 3HK2A 1C0UA 1ASWA 3V9ZA 3VQ4A 3VN5A 1TKDA 3AVIA 1SL0A 1KFDA 1NKCA 3KLIA 1QS4A 3SCXA 4BDZA 3EY1A 3ZT3A 1BHLA 4E89A 3SPYA 5HRSA 4B9MA 4CIGA 4R5PA 3IRXA 1YT3A 4M3ZA 4CK1A 4BACA 1NK0A 3ZT0A 3DI6A 4B9SA 1RTHA 3VQ8A 3OS1A 4M3XA 2KZMA 1GOBA 4JRPA 1WSHA 2E6MA 4FZXC 3D45A 3SUPA 5CZ1A 1NJWA 4B9NA 4AILC 2KTQA 4O0IA 2HHVA 1ASUA 5E41A 4CECA 4NCAA 2Z1JA 1QSLA 1C0MA 4Y1DA 3HVRA 1NJYA 5EU7A 1IKVA 3TABA 3K57A 4E7IA 2HHXA 2BGGA 3PX4A 1LWFA 3I8DA 4M3WA 3LPUA 4K8XA 3HP6A 1JKHA 3I0RA 4FK2A 4CJVA 5FRMA 4DFPA 2HHUA 1O1WA 4DTUA 3L2RA 2HMIA 4KPYA 1SKWA 4RW6A 4FZZA 4CEOA 1S1XA 1C0TA 3KLHA 3V6DA 3SV4A 3K2PA 4I7FA 4M45A 3CQ8A 4E3SA 1QQCA 3O3FA 4KB0A 4NYFA 4KV8A 3KLEA 4CESA 1KLNA 4K8ZA 2X74A 2QXFA 1QTMA 3C95A 3BGRA 1TGOA 1ZBIA 1FXXA 1UWBA 1VSHA 1Y97A 4CIEA 3B6OA 1LAWA 1RDAA 1S9GA 3VQEA 4E19A 3HJFA 1N5YA 2DFFA 1C1BA 2XRIA 3A2FA 4Z4IA 5CYMA 1EP4A 1TKZA 1VRTA 3KKRA 2HVIA 5DMRA 3LP2A 3AVJA 3U3GA 3TI0A 3RRGA 5JS1A 4CJ4A 3ZSQA 1HPZA 2DFEA 3V9UA 1YTUA 2YHAA 4DG1A 1S1TA 5CYQA 4KHUA 3VQQA 1TKTA 1Q9YA 1WAFA 3K5MA 5HRRA 4OKJA 4BWJA 1CXQA 1RT5A 4E1NA 4DTSA 3MXMA 4KTQA 1HNVA 2YNFA 3TAEA 3PY8A 2PZSA 3ZT4A 4N76A 4CHQA 4DTJA 3RMDA 4PWDA 3AVNA 3TARA 3M8SA 5HP1A 4M3YA 3K59A 4HUEA 3VA0A 1NOYA 3EZ5A 4J2DA 1TV6A 1S1UA 4ICLA 1LWEA 2NUBA 1LAVA 2VWKA 4CFDA 4H4OA 1ZBLA 4CFBA 2XHBA 4B9VA 4I2QA 4CEFA 4CJ3A 5KTQA 4FJIA 4XIUA 1C1CA 2XO7A 3FFIA 4MFBA 3VA3A 1S1WA 2YNIA 2D0BA 1FKOA 4CJKA 3KIOA 1SKSA 3QEIA 1BI4A 4DTNA 4FJ7A 4CF0A 3LAKA 3IAYA 4MQ3A 3SV3A 4E0DA 3LP3A 4KTWA 2VG5A 3NE6A 4HUFA 1NK7A 5FROA 3OYCA 1T7PA 5D3GA 2RN2A 4DQSA 4FJ5A 3RWUA 3PX0A 4FLVA 1VSEA 2WOMA 3DYAA 3NFAA 4O0JA 5KGXA 2EHGA 4FLXA 1RTDA 1UOCA 2PYJA 4N56A 4DU3A 4KHSA 1BQMA 4FLZA 3VQAA 3DM2A 1SKRA 4DSFA 1D8YA 2Y1JA 3JYTA 4Q0BA 1X9MA 2HNDA 3DMJA 3M8QA 1SUQA 4CGJA 1G15A 2FBXA 3QLHA 3S3NA 2P5OA 4BE1A 1RILA 3NF7A 4GW6A 4H4MA 3MECA 3QETA 1IKWA 3F73A 4FK0A 3VQPA 4F4KA 3AVCA 2GBZA 2P1JA 3I0SA 1JLEA 1C6VA 1XHXA 1F21A 1WNSA 4Z4GA 1A5XA 4W5QA 1MU2A 1D9FA 2G8FA 2HB5A 5J1EA 2IAJA 4I9QA 3P5JA 4OKEA 5FRNA 5HBMA 1J53A 5KRSA 3OYKA 1NOZA 4OPJA 1ZBUA 3RMCA 1WN7A 4DWIA 4F2RA 4EP5A 1QE1A 3KJVA 2P5GA 4DF4A 1HQEA 4C8MA 2DY4A 3UIQA 3HPGA 3SNNA 3OYLA 1TKXA 4BE0A 3AVFA 1C1AA 2A1RA 4DQPA 3WNFA 2Q3SA 5T7BA 4KHQA 1DTTA 4AHTA 1NJZA 1JLBA 3OS2A 2X6SA 1W9HA 3WNHA 1RCHA 1NKEA 3VQ9A 4DS5A 1Z25A 2X6NA 4CJRA 4FW1A 2A1SA 4KB1A 2G8WA 4PA1A 1XHZA 4KAZA 4CF1A 1JLQA 3TANA 2YHBA 1VSKA 4OVLA 2BDPA 2JLEA 1IO2A 4HHTA 3M8PA 1W0HA 2HVHA 3S3OA 2HHQA 1J54A 3QESA 1DLOA 1U4BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3LDPA 2IOCA 3E9LA 1IJJA 1RGIA 3OYIA 1JLCA 1HJRA 3KWIA 3MEEA 3CM5A 1XI1A 1BIZA 2ZM6K 4CJTA 2ZD1A 3WQUA 1J5OA 2FSKA 3WUHA 4BRDA 4E7HA 4OPKA 4CD3A 3LZIA 4IOAL 3Q7BA 3J7YP 3DLHA 3CC7N 4JHDA 4PKGA 1U2VA 3CCLN 4FJLA 1KLMA 1I94K 1MWMA 4I6MB 5EX5A 3S3MA 2P9NB 3TSQA 4WCEL 1RT7A 3NHGA 1VK0A 4FK4A 3IKMA 4FM1A 1U04A 3HYFA 4KHYA 4NYNA 5SWMA 4CZEA 5AQKA 4BWMA 2E5LK 4CGGA 3P1GA 3EZWA 1N8RO 3AO2A 4LFBK 4W5TA 4LSNA 4C1NK 1U48A 3MEGA 4CZMA 5BRDA 4L8RB 1YI2N 4CZLA 4CZHA 5AQNA 4B1UB 1K6YA 3OS0A 4CFCA 1VQ8N 3THWB 4DSKA 2RPIA 4Z0UA 2V7YA 1IG9A 1KRPA 2IVOA 3UKRB 4JD2B 2NRHA 5KGWA 5EOYA 5AQQA 3OYEA 3M8RA 3LP0A 1QVFM 4AF1A 3CJ9A 2I5JA 4BRNA 4JS4A 1R0AA 1VSIA 3DRSA 1WSEA 4BGAA 5LMNK 2RKIA 1GOAA 4DSIA 4HCBA 4KHPK 1P8ZA 3ASMA 4WFAL 3NH1A 3HM9A 1JXBA 3LDNA 1NGEA 4DTOA 4BR4A 5HRPA 5C10A 4CFAA 4K42A 4YORA 4LF9K 1RT2A 4DLGA 4DTPA 1HRHA 4ELVA 4F2SA 2WUSA 4JI1K 2D0CA 4FWPA 4BRIA 3CG7A 3D7EO 1U45A 4CJFA 4FJGA 3U8XA 1VSJA 1WAJA 1RT4A 2OPQA 4NLCA 1G99A 1DT9A 2E2QA 3BUZB 3VEWA 5GIPA 5JVHL 2VG7A 1BGXT 2FBTA 3FGUA 4IO8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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