4QAGA

Structure of a dihydroxycoumarin active-site inhibitor in complex with the rnase h domain of hiv-1 reverse transcriptase
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
LWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of a Dihydroxycoumarin Active-Site Inhibitor in Complex with the RNase H Domain of HIV-1 Reverse Transcriptase and Structure-Activity Analysis of Inhibitor Analogs.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H
total genus 40
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-05-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4qagA00
3EY1A 1X9MA 5J2QA 1RT1A 1NK6A 3HT3A 1S6QA 1R0AA 4FK4A 3B6OA 4IG0A 3NF8A 1CXUA 1RT7A 4FLVA 4CF0A 3OYGA 2KFZA 1TKTA 3PO5A 3HPHA 1F21A 4B9VA 4CEQA 3LWLA 3NFAA 3VQCA 4DTJA 4F3OA 1VSJA 3ZCMA 3SUNA 4KB1A 3L2RA 4F4KA 4BDPA 1U45A 3U3GA 5FROA 3IS9A 3SQ2A 5J1EA 4DU4A 1X9WA 4CIGA 4PWDA 4M41A 3NGIA 1IKXA 1HJRA 2OYQA 4NYNA 4B9UA 4ZTFA 4KO0A 2OZMA 2DTUA 3C6TA 1ZBUA 1QS4A 5FDLA 1NKEA 3V9ZA 4B9SA 1J5OA 1HNIA 4HCBA 4FJ8A 1EXQA 2ITGA 3KLFA 3K58A 3NF9A 3K5NA 4O4GA 1S1UA 2DFEA 4CJWA 3LP2A 3RTVA 4KHNA 4PQUA 2ZE2A 1D9FA 1RBVA 4OPKA 4YNQA 1C0MA 3L3UA 4FJXA 1S1TA 3I8DA 5CZ2A 2A1SA 4FJGA 1RDCA 1W9HA 2X6SA 1Y97A 2ZQBA 4GW6A 4N47A 4Z4CA 4ICLA 4CJEA 3OJSA 2F8TA 4IBNA 2HHWA 1RBRA 2KQ2A 1LW2A 4DTNA 2XO7A 4KFBA 2KZMA 1RT3A 4CHOA 1FK9A 1RT6A 4HVJA 1IKYA 3DRSA 2BE2A 4HUEA 4JRPA 1SV5A 3T3FA 3WNFA 1TKDA 3M8QA 3ISNC 1LW0A 1ITGA 4L8RB 3C94A 5DK5A 3SZ2A 1IKWA 1C1AA 3LP3A 4JLHA 1UA0A 2HB5A 5FRMA 3LP0A 2BANA 1BI4B 3ZT1A 4B9MA 4RG8A 4AHTA 1QHTA 5HROA 3DLKA 4OLBA 1U49A 4Q0BA 4O0IA 4DQIA 3DOLA 3TWHA 2D5RA 2JGUA 3TAMA 4DSLA 3OYIA 1JL2A 4ELTA 2GUIA 4BE1A 4B9TA 1T8EA 1ASVA 1JXBA 3KLIA 3HPOA 1JLAA 4O5BA 3AA3A 3PV8A 3SJJA 5KRSA 3AO4A 3B6PA 1LAWA 1SKRA 4PUOA 4DU1A 4IG3A 3OVNA 4DTMA 2IS3A 4N41A 2FBYA 4EZ6A 1REVA 2ETJA 4CF1A 3TAEA 4KB0A 4DQRA 4BACA 4TSXA 4CHPA 1KFSA 5C25A 2NUBA 4XIUA 5EU7A 1KLMA 4RW4A 2FC0A 3OYCA 2DY4A 4LSLA 4CGJA 3KKSA 3AVKA 4OGEA 4CHQA 4CERA 3VQ5A 4ID5A 4Z0UA 1BHLA 4DF8A 4E7KA 2HMIA 4CJ5A 3BGRA 3VQ4A 1QE1A 1A5VA 1RDAA 4Y1DA 3MEDA 4BDZA 3V1OA 3F73A 4H4MA 3F9KA 1RILA 1T7PA 1WSEA 1C0TA 3PX4A 4C8LA 4CJFA 4CGIA 3C95A 3MEEA 3VQ7A 3FFIA 3HXMA 2KTQA 4DU3A 2XY6A 2G8UA 4CJSA 3PUFA 2IOCA 4RW9A 4KHQA 1T05A 2P1JA 3HVRA 3NE6A 1C1CA 3ZSWA 3VQPA 3K57A 1Z26A 4M3WA 4HTUA 1DLOA 2PYJA 4CFCA 3U3YA 1NK7A 3CYMA 2VWJA 1LV5A 1VSKA 3O4QA 5CY4A 3EYZA 3QINA 1WSHA 5DMRA 3VQ9A 1S1XA 2FBTA 4EP4A 1ZYQA 4CGGA 3OYLA 3G0ZA 1UWBA 1WNSA 4M3RA 1JLGA 4O55A 4N5SA 3EZ5A 3DI6A 4FCYA 1XC9A 3NH0A 2O4GA 1KFDA 3S3OA 4BDYA 1X1PA 2HHUA 3I0RA 4FLXA 4AHUA 2LSNA 3VQ8A 3RR7A 1CLQA 4FZXC 1NK4A 3K2PA 3RMDA 3V4IA 2GBZA 1G15A 4O44A 4DLGA 4CJRA 4WE1A 3LZJA 2XY7A 3VQBA 5KRTA 3OYHA 3LDSA 4BWMA 3HO1A 4F3TA 2B4JA 1HNVA 2F96A 2E6MA 4IFYA 4Z4HA 5SWMA 4CFBA 3NH2A 3L2QA 3IAYA 4CK2A 4CK1A 1HMVA 1VSFA 3AVBA 4E1MA 1TK0A 3V6DA 1KSPA 4Y1CA 2G8HA 1TGOA 1HQEA 1VSDA 5K14A 3K5LA 1S6PA 1HYVA 1VK0A 3AO1A 1W0HA 2QKBA 4EP5A 2BDPA 1VSIA 3IRXA 1QSLA 4FJ9A 1DTTA 1XHXA 1RTDA 5C42A 2KW4A 3V9WA 2XRIA 1ZBFA 5HRNA 5HRSA 1WAJA 4KHSA 4K8XA 3ZT2A 4FJJA 2EX3A 1NJZA 3V9XA 4CIEA 3SV4A 4F2RA 3VQEA 4JS4A 2XY8A 1EETA 4CJQA 2HNYA 3LZIA 1ASUA 1NK0A 3NGZA 1WSFA 3P1GA 3HVTA 3O4NA 3QEIA 4J2AA 4CFAA 4CEDA 3CFPA 1NJXA 2Z1JA 3OJUA 2GV9A 3ZSRA 4FYDA 3S9HA 4FK2A 4KI4A 3K59A 5HRPA 4CK3A 3RR8A 4OVLA 4B3OA 3WNEA 1L3UA 4ID1A 4AHCA 4CIFA 3OYEA 3TARA 1L3VA 4CJKA 3AVAA 3CM5A 4H8KA 1JXEA 3QEXA 1BGXT 4PA1A 1S1VA 5JS2A 4E19A 1ZBLA 4DFKA 2OPQA 1SKWA 1N6QA 4DS5A 4J2DA 3NCIA 3RRGA 4MQ3A 3MXIA 4J2EA 4CECA 3A2FA 4FLYA 3SUQA 3QNNA 2HW3A 2HNDA 1IO2A 1WN7A 4G1QA 3OYFA 3OYKA 1FXXA 3ZSVA 5I3UA 3AVCA 2R7YA 1UA1A 1VRUA 2YNHA 5CYMA 3AVJA 4CJPA 3ZSZA 4FVMA 1TK5A 3MAQA 3DLEA 5KI6A 3HP9A 4FLUA 4IKFA 1YT3A 2OA8A 2RKIA 1BCMA 5KGXA 1WSIA 1UOCA 3L3VA 1GOBA 4FK0A 3DLGA 1JLFA 3KJVA 3SUOA 4F2SA 1B9DA 1NOZA 3ZSOA 3HSTB 1U48A 2D0BA 4CJ3A 4DSKA 4ELUA 3SYZA 3AVNA 4AHVA 3OYMA 4CEAA 2KFNA 1D5AA 2QKKA 3NBPA 1RDBA 4DTSA 3DM2A 3LAMA 1K6YA 2OZSA 1SL2A 3AO5A 3OYJA 3NHGA 1FKPA 1VSMA 4F8RA 4KHUA 3CM6A 3TAPA 5J2MA 3O3FA 4IFVA 4E0DA 4I2QA 1CZBA 1A5XA 4M45A 4DSEA 1QSYA 3K5OA 5SZTA 3M8PA 3IG1A 4AILC 2PY5A 4FJ7A 4W5OA 4CEOA 3AO2A 4FLTA 3AVFA 4MFBA 4LH4A 2OPSA 1Z25A 1QQCA 2Q3SA 5KGWA 3AO3A 3QESA 4AHSA 1NOYA 4NCGA 4DQPA 4B9NA 2B5JA 1JKHA 1Q9XA 1SL1A 3D0PA 3ZT4A 3VQ6A 4OPJA 2WOMA 4QAGA 3SNNA 3KK3A 4DWIA 4M3UA 2D0CA 4HUFA 1IH7A 2VWKA 4LH5A 1LWEA 4CFDA 4HCCA 1XWLA 1DTQA 3AVLA 3DOKA 1KCFA 4W5RA 1RBSA 3E01A 4EZ9A 3RWUA 1TL1A 1D9DA 5C24A 4ZTJA 1QTMA 3HM9A 2YHBA 2G8VA 2VG6A 4DQSA 1L5UA 4OLAA 4W5TA 3LPUA 1HYSA 3OS2A 3HYFA 3P83D 4CJLA 4CHZA 4KTZA 3AA5X 3LPTA 3HPGA 3SV3A 4C8NA 3ASMA 3ITHA 2EHGA 1EX4A 3TANA 1IKVA 1NK9A 4FW2A 3DMJA 4LSNA 3HP6A 3KK1A 1GOCA 1SKSA 4ELVA 2DFHA 4E89A 4Q5VA 4GVMA 2RPIA 4DFJA 4K8ZA 1O1WA 3QERA 3QEVA 2O4IA 4AHRA 3TAGA 4JRQA 2G8IA 4C8KA 4KHWA 3VQDA 3QLHA 4DSJA 5I42A 2FBXA 2YKMA 3KK2A 1HQUA 1C6VA 4DTRA 2XY5A 4CGFA 4R5PA 2IGIA 1I39A 5CZ1A 4CEBA 4CHYA 3CFRA 1C1BA 3NAEA 4BE2A 4FZZA 3MXJA 4FLZA 2AJQA 3ALYA 1TAUA 2X74A 1ASWA 4NYFA 3WNHA 3JYTA 1YTAA 2FBVA 1RT2A 1TKXA 2QXFA 2YNIA 4DTOA 4FJIA 4KHYA 2KZZA 2D0AA 1WSJA 2OPRA 4RW7A 3ZSQA 4UQGA 3JSMA 2WONA 4BWJA 3CG7A 3D45A 4CJTA 1NJYA 3DRRA 4OKKA 3NF6A 1ZBHA 5HP1A 4B9LA 1WLJA 5FRNA 5HLFA 1L3SA 3RRHA 5J2PA 3HK2A 3SQ1A 2G8KA 1L3TA 3K5MA 4YFUA 3SPZA 4CHNA 4NCBA 4I7FA 4E1NA 2A1RA 1U4BA 4FJ5A 4KI6A 1KVBA 2YV0X 3TAFA 4CEZA 1RT5A 1BQNA 2HVIA 3SQ0A 4C8OA 1RTJA 3HJFA 1KTQA 2DFFA 4CF9A 2X6NA 4BE0A 4M3ZA 4E3SA 3DYAA 4N76A 3TR8A 3UIQA 3V81A 2HHSA 4DSIA 1RTHA 3SI6A 3HL8A 4LY7A 4DG1A 4CF2A 4Z4IA 3VA3A 3QETA 1Q9YA 1MU2A 1KVAA 4HUGA 1TK8A 2RF2A 3PX0A 2PYLA 1EP4A 1WAFA 4ZHRA 1HYZA 4NCAA 4I9LA 3SCXA 5KTQA 1NKCA 3NGYA 1ZBIA 4GMJB 1QSSA 1JLCA 3NH1A 4HHTA 3KLEA 4FZYA 1S9GA 2Z1GA 3NF7A 1BI4A 1J54A 4W5NA 3L2WA 1U47A 3KLHA 3QO9A 3V9UA 4FM0A 4DTUA 4JS5A 4B8CA 3AVIA 3T19A 1N5YA 3KLGA 3V1RA 1SUQA 4N56A 3OYBA 3LWMA 4CE9A 4E7JA 4M3XA 1X9SA 5D3GA 3AA4A 3U6FA 5T7BA 4KAZA 3AA2A 4FJNA 5JS1A 1TAQA 3MXMA 3SPYA 1S1WA 3DLHA 2P5OA 3WNGA 1D8YA 4OJRA 3T1AA 1HPZA 4FJHA 3AVMA 1KVCA 1TL3A 2HHXA 4DLEA 4KKOA 4KREA 4RW8A 3DLBA 1J53A 3QNOA 4LD0A 1GOAA 3QEWA 4FW1A 3ZSXA 1B92A 3LAKA 3M8RA 2W42A 3NDKA 3QEPA 2Z1HA 2VG7A 1BIZA 1JLQA 4CEFA 1VSLA 4FM2A 3RMAA 1NK5A 2G8WA 3KIOA 3H08A 2Y1IA 3ULDA 2OPPA 5CYQA 4FLWA 3M8SA 5E41A 3DRPA 3VN5A 3S3MA 1KRPA 2Z1IA 4CGDA 4M3TA 2JLEA 1XHZA 4DS4A 1JL1A 1C0UA 1J9AA 3QIOA 2G8FA 4FXDA 4CCHA 1Q8IA 1TV6A 4OKEA 2IAJA 2Y1JA 1CZ9A 3L2VA 4J2BA 3KTQA 1RBUA 3OYDA 1I3AA 1RNHA 1BL3A 1RTIA 3QIPA 2I5JA 4AH9A 4CGHA 4KTQA 1YTUA 4C8MA 1JLBA 4QOZB 2QK9A 3MECA 2ATQA 3OY9A 3O3HA 3LALA 4DFPA 3VA0A 1NKBA 1JLEA 3LANA 1VRTA 3VQQA 3AVHA 4FJMA 3V1QA 1A5WA 2RN2A 4DFMA 3KD1E 1S5JA 2YNGA 4E7IA 4I2PA 1LWCA 4I9QA 1T03A 1RT4A 2ZD1A 3TABA 4DTXA 3MEGA 1BCOA 3OS1A 3KD5E 4CJ4A 3OYNA 2P5GA 4FM1A 1KLNA 3G10A 2XHBA 1CXQA 1XI1A 4KPYA 2E6LA 4DQQA 4Z4GA 5J2NA 4FJKA 4E7HA 3PX6A 1VSEA 2E4LA 4KV8A 3TI0A 2BGGA 4DSFA 4FJLA 4KTWA 4M42A 3AV9A 3CFOA 3RMBA 4CF8A 1BIUA 4B8AB 2IC3A 2YNFA 3PY8A 3ZT3A 4O0JA 4IDKA 1SL0A 4Z4FA 2HHTA 4OKJA 3VQAA 3ZT0A 4H4OA 3THVA 1TVRA 2IDOA 2HHQA 3ZSYA 5HRRA 3P5JA 1TKZA 2YHAA 3OS0A 3L2UA 4E7LA 3SUPA 3O3GA 3C6UA 1NK8A 4DMNA 2F8SA 4CJVA 4M3YA 1BISA 1FKOA 1YVUA 3V9SA 1VSHA 2YKNA 1B9FA 1LWFA 4DF4A 1EKEA 3TAQA 2HVHA 3LP1A 3PO4A 5HBMA 4Z4EA 2P51A 3L8BA 3BDPA 1RBTA 3KKRA 3CQ8A 1HRHA 4W5QA 4RW6A 1S9EA 2B6AA 3AVGA 1BQMA 4CESA 3OYAA 2HHVA 1UAXA 4DTPA 3RMCA 1RDDA 2X78A 1U04A 3DLRA 4CEEA 2HNZA 4PY5A 4OGCA 4QCLA 3I0SA 4KRFA 3SQ4A 2VG5A 4CJUA 1RCHA 1LAVA 4B08A 1IG9A 1NJWA 1WSGA 2PZSA 3S3NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GVEA 3EY1A 4DQ8A 1X9MA 5J2QA 1BA0A 1RT7A 4FLVA 3KZBA 1LOTB 1MA9B 4BR5A 1TKTA 3PO5A 4GKKK 4DTJA 3VQCA 3O1WA 3FZHA 1U2VA 2ZGYA 4BDPA 3U3GA 5FROA 4H0XB 2NRZA 4YDUC 3SQ2A 1WB9A 4AF1A 4CIGA 4M41A 4PWDA 1IKXA 4XH1A 4NYNA 3J8AA 4JV5K 1K73O 3C6TA 2VYPA 1J5OA 5A2QO 3KLFA 1HKBA 3K58A 4ILHA 1VQ7N 2DFEA 2ZE2A 4FWLA 4FJXA 1YAGA 3L3UA 3UKRA 3NMUA 1S1TA 3I8DA 1Y97A 3OJSA 3AY9A 2HHWA 3CC4N 4DTNA 4KFBA 1MWKA 2QWRA 1RT3A 3HTVA 1FK9A 4HVJA 1IKYA 4HUEA 3WNFA 1TKDA 3G4SN 3C7NA 5DK5A 1YF5L 1IKWA 1C1AA 5FRMA 3G71N 4U67L 1RDUA 3LP0A 4FWOA 4X64K 4B9MA 2E2OA 4OLBA 4AM6A 1Q82O 3MCAB 2BTFA 4IEIA 1BA1A 2HBMA 3DOLA 1NMNA 3TWHA 2E5LK 2D5RA 3TAMA 3OYIA 1Q7YO 5BN9A 1QQOA 1NBWA 1ASVA 1JXBA 4WQ5A 3QBWA 3PV8A 4OPAA 1XNRK 3B6PA 2F9WA 3FZKA 2A40A 4DU1A 3CPWM 4CZFA 4KH6A 4DTMA 4CZJA 4CD3A 1REVA 2ETJA 4DV3K 4LFCK 1HNXK 4B3SK 4BACA 4ISEA 4CHPA 5JLFA 1NGDA 5MLCQ 4XIUA 5EU7A 1KLMA 3SK3A 5M1PA 3AVKA 2HMIA 4CJ5A 1J6ZA 3O08A 4Y1DA 1T7PA 1C0TA 3PX4A 1BG3A 4CJFA 3VQ7A 5EOYA 4DU3A 2XY6A 4DR2K 2IOCA 5KPTA 4KHQA 1T05A 2P1JA 3NE6A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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