4QAGA

Structure of a dihydroxycoumarin active-site inhibitor in complex with the rnase h domain of hiv-1 reverse transcriptase
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
LWYQLEKEPIVGAETFYVDGAANRETKLGKAGYVTNKGRQKVVPLTNTTNQKTELQAIYLALQDSGLEVNIVTDSQYALGIIQAQPDKSESELVNQIIEQLIKKEKVYLAWVPAHKGIGGNEQVDKLVSAGIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of a Dihydroxycoumarin Active-Site Inhibitor in Complex with the RNase H Domain of HIV-1 Reverse Transcriptase and Structure-Activity Analysis of Inhibitor Analogs.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 40
structure length 133
sequence length 133
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-05-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4qagA00
1TK5A 4B08A 1LAWA 4M3YA 4CF8A 4CJWA 2D5RA 2E6MA 3SPZA 1DTTA 1U49A 1TKXA 1NOYA 1WNSA 4GMJB 3V4IA 3TABA 3AVBA 4RW9A 1RTDA 1CLQA 3AVIA 3L8BA 2YNGA 2KZZA 4FYDA 1LAVA 4EZ6A 4PY5A 1QHTA 4E7KA 3V1RA 2F8SA 3AVFA 2B6AA 4FLTA 4CJLA 4DFPA 3CM5A 2QKKA 1X9WA 2OPQA 3KJVA 4FM0A 3SUOA 4FJNA 4H4MA 3QEXA 2D0AA 4O4GA 3SQ2A 3KLHA 1CXQA 3I0SA 3RR8A 4DSFA 2E6LA 4DSLA 4KTZA 1JLBA 3T3FA 4O5BA 1NKCA 4OLAA 4KFBA 3HM9A 4NCAA 3OVNA 5KRSA 1JLEA 1VRUA 3A2FA 3MAQA 1QSSA 3AA3A 4LD0A 2YHAA 3P83D 4KI4A 3HVTA 1NKBA 1RBTA 3F9KA 4J2DA 3ZT1A 3OYHA 3BGRA 1SKWA 1ZBIA 1ASVA 4ELTA 3SQ0A 4M42A 4LH4A 1CZ9A 4FK4A 1SL2A 4FJ5A 3QIOA 3HK2A 2HB5A 3HP9A 1IO2A 1HNIA 1S1TA 3LAMA 4DFMA 4E7HA 5FRNA 3C95A 3LDSA 4OKKA 4RG8A 1L3UA 4IDKA 1LW0A 1TGOA 2YNHA 5FROA 3LPUA 4CGFA 5SWMA 3NE6A 2OZSA 2QXFA 4ZTJA 1XWLA 4CJPA 3SNNA 2KZMA 2KQ2A 3L2VA 5J2QA 2IC3A 2EX3A 1VSFA 4M3XA 4B3OA 3LANA 3L3UA 3PX0A 1G15A 3HPHA 3K5NA 1BL3A 1ASUA 3CFRA 1QSYA 1HQUA 3SUPA 2JGUA 3V6DA 4DLGA 4ICLA 4BWJA 2HNZA 4EZ9A 4ID5A 3RRGA 3ZSWA 1ITGA 2PY5A 1S1WA 5FDLA 2BANA 5KGXA 1HYVA 1L3TA 4Z4IA 2LSNA 4O55A 3ZSQA 1S6QA 2GBZA 2HHWA 2NUBA 1BIZA 4DF8A 4HCBA 1FXXA 1RT7A 2DFHA 1IKWA 3CG7A 3NF6A 4CK1A 5I3UA 3VN5A 4PUOA 3HO1A 3K5OA 5C25A 4RW7A 4CF9A 2YKMA 4KHUA 3HT3A 4BDZA 3V9SA 3AVGA 3SV3A 2YNFA 3LPTA 4FZYA 3T19A 3VQQA 1C6VA 4FJKA 1RNHA 3AO2A 3TR8A 4AHTA 2G8FA 3KD1E 2DFEA 4IFVA 4CJ3A 3F73A 3QNOA 4DSJA 3TI0A 1CZBA 1VRTA 2RPIA 4QOZB 3LP0A 3ZSZA 3PX4A 4HTUA 3RTVA 3DI6A 4J2AA 4YNQA 1A5XA 2RN2A 4C8NA 4FJLA 4KI6A 1JLQA 4MQ3A 3KD5E 3OYKA 4CERA 1HQEA 1UA1A 2B4JA 4KHWA 1X1PA 3LZIA 4W5QA 3H08A 4TSXA 3VQ8A 1BI4A 1ZBLA 1C0UA 4CEZA 2BDPA 4B9MA 1WAJA 2XHBA 1JKHA 2VWKA 4CJVA 4B9VA 3KLEA 1SKSA 4DQRA 3HL8A 1C0MA 4DG1A 3TARA 2HHTA 3QINA 4GW6A 1SL1A 1NOZA 5J1EA 3QESA 1RBSA 2OZMA 3K57A 2FC0A 4CIGA 2VWJA 1TAQA 3SZ2A 2OYQA 2G8IA 1VSIA 4FJHA 4G1QA 1TK0A 3K59A 1RTIA 1YTUA 3QERA 1CXUA 3DLGA 4M3TA 3QETA 2HVIA 4KRFA 3TAFA 3CYMA 3OYDA 3DMJA 1YVUA 4W5RA 2YNIA 3LP1A 3OYLA 3U6FA 5JS1A 1C1AA 1D8YA 2FBYA 4E7LA 4DU3A 4QAGA 5I42A 4CFDA 1Q8IA 1U45A 4XIUA 3WNFA 2DTUA 4E89A 5CZ1A 4FW1A 4FJJA 4CGJA 3O3GA 3SJJA 2JLEA 4CIEA 1D9FA 1Z26A 3UIQA 4Z4FA 3M8PA 1NK7A 1NK5A 4CJUA 4FXDA 3OYJA 4DQSA 4DTMA 2KFNA 3IG1A 1C1BA 1JLFA 1KVAA 4KHNA 2VG5A 4NYFA 3V1QA 2G8WA 3G10A 4JRPA 4F3TA 1SUQA 2BGGA 4DSEA 1RBVA 3SCXA 3ISNC 1J54A 3OYFA 3SYZA 3DLBA 4F4KA 3TANA 1U4BA 4N41A 1HYSA 3OS2A 2YV0X 3KK2A 2O4GA 3S3OA 1X9MA 3I0RA 3AVLA 3V9UA 4OJRA 3AVMA 3K2PA 1J5OA 1KCFA 4B8AB 4DS5A 1VSKA 5E41A 1TAUA 4Q0BA 2Q3SA 3JYTA 1SKRA 4DS4A 3JSMA 2ZQBA 1B9FA 4W5OA 3L2UA 4E19A 5CYQA 4ZHRA 4KO0A 4CEEA 3VA3A 1HRHA 2X6NA 3EY1A 3OS0A 2ITGA 1T05A 3PO4A 2HHQA 1VSDA 3OYBA 4AHCA 4FZZA 1Z25A 1GOAA 3KK1A 4FK0A 1GOBA 1TL3A 1HMVA 4O0JA 4H4OA 2HNYA 3CQ8A 1TK8A 5HRPA 3TAGA 3HSTB 4DTSA 4DTOA 3SI6A 4RW4A 3HPGA 3VQBA 4N56A 4DQIA 4YFUA 1F21A 4DSKA 1IKYA 3AO4A 3WNGA 3O3HA 1D5AA 3NH1A 1RDAA 4DFKA 3NF7A 4FLVA 4FJXA 4FLXA 1IG9A 4UQGA 4I7FA 4N47A 3OYIA 1BGXT 3ZT0A 1X9SA 4FZXC 3G0ZA 3KKSA 3MXIA 3ASMA 1RT5A 4OKJA 4CFAA 1Q9YA 2A1RA 4QCLA 1T8EA 4KREA 4I2PA 4M45A 3NF8A 1RBUA 3VA0A 1LW2A 4CJTA 4DQQA 3M8QA 4B9UA 4CJ4A 1TKTA 2AJQA 3V9ZA 2FBTA 2IDOA 3BDPA 4KHSA 2XO7A 4KTWA 3V81A 4M3WA 4FJ7A 1WLJA 3TAQA 4IFYA 4E1MA 1A5WA 3VQDA 3AVKA 4AHUA 3OYMA 4J2BA 3TAMA 3IS9A 2HHUA 3RMBA 4CJ5A 2B5JA 4CJEA 1NJYA 3KTQA 5FRMA 2ETJA 3LWMA 1BQMA 1FKPA 1NJWA 1KLNA 4FLZA 1RDDA 4CIFA 1Y97A 3QIPA 5JS2A 4Z4GA 3CFOA 4PA1A 4E3SA 2X6SA 3DOKA 4LSNA 3THVA 4OGEA 4C8KA 3MEGA 1LWEA 2Z1JA 1ZBFA 1TV6A 3OJUA 3B6PA 1KRPA 3IAYA 2IAJA 4WE1A 4ELUA 2PZSA 4OPKA 3KIOA 3OYAA 1WSIA 3AVCA 1EETA 4NCGA 1WSJA 2DFFA 1RILA 4Y1DA 5C24A 4FK2A 1TVRA 2ZD1A 4I9LA 4E7JA 1S9EA 4J2EA 2PYJA 4F8RA 3AA4A 1HPZA 5HLFA 1S1VA 3NGZA 4CGIA 1JXBA 3U3GA 1NKEA 1VSJA 3WNHA 4LH5A 4DU1A 3DOLA 1J9AA 3AO3A 3QO9A 3PV8A 1L5UA 3V9WA 4Z4HA 1KLMA 2Y1JA 1WSFA 1ZBUA 4E7IA 4PQUA 2XY6A 4CGHA 3FFIA 2FBXA 3NH2A 1EX4A 1HJRA 3DM2A 4KB1A 3VQEA 4KKOA 1I3AA 4E1NA 3AV9A 3LP2A 1RCHA 4KAZA 1WAFA 3VQ9A 1JLCA 1RT3A 2O4IA 3M8SA 1NJXA 3DRSA 3HJFA 4HHTA 1XI1A 3ZSYA 3DLHA 3OJSA 3NCIA 1SL0A 2HHVA 3VQPA 3RWUA 2P1JA 2X78A 4ID1A 4CGGA 1NK9A 1B9DA 3C94A 1WSGA 4N76A 1RT4A 3AO1A 3NBPA 4FJGA 3SQ1A 1KSPA 5EU7A 3K5MA 5K14A 4CFBA 3DRPA 2HHSA 5SZTA 2OPSA 4FM2A 4IBNA 3NGIA 3VQ4A 3LP3A 3S3MA 4K8ZA 3AA5X 4IG0A 4BWMA 3TAEA 3KLFA 4E0DA 5KTQA 3I8DA 4GVMA 1FKOA 1KFSA 1QQCA 3QNNA 1UOCA 4CK3A 3C6TA 1QTMA 4CEBA 4CF1A 2W42A 3IRXA 1TKZA 4ELVA 4W5NA 1ASWA 3MEEA 2P51A 1RDCA 2HNDA 3NAEA 2WONA 1QSLA 1TL1A 1S1UA 3O4NA 2EHGA 4B9NA 4DTXA 4CCHA 4OVLA 2GUIA 4CJKA 4DMNA 3NHGA 3S3NA 1W9HA 5HRSA 3O3FA 1L3SA 1XC9A 1REVA 3ZSXA 3L3VA 4O44A 2G8KA 5T7BA 5CYMA 3OYCA 4CJSA 2IGIA 2BE2A 3NGYA 2HMIA 3L2WA 4HUGA 2OPRA 3KK3A 2Y1IA 4DLEA 1LV5A 1VSHA 4DTRA 4CHQA 3LAKA 4CHYA 5CY4A 4FLWA 3RR7A 4M3UA 4CJQA 3SV4A 1GOCA 4F2SA 4C8OA 4FJ8A 1RT6A 4C8MA 1NK8A 1WSEA 3L2QA 4HUFA 1JL1A 4CHPA 3SUNA 3HPOA 3OYGA 3HYFA 1LWCA 5HRNA 4I9QA 1RBRA 3M8RA 4F3OA 2VG6A 4NYNA 4DTNA 2G8HA 1BHLA 4DSIA 1T03A 1JXEA 3RMCA 4BDYA 1UWBA 1BCOA 4OKEA 5HRRA 4W5TA 3ZSRA 2GV9A 1J53A 3QEIA 4B9TA 2F96A 3MXMA 3HP6A 1IH7A 3P5JA 1RDBA 3AVNA 4DTJA 3DLKA 3U3YA 4FJIA 3P1GA 2I5JA 4M41A 4BDPA 3ZSOA 3PUFA 4CEFA 5D3GA 3PO5A 3RMDA 2F8TA 3AVJA 3SPYA 3HVRA 2XY7A 1U04A 4CGDA 1TKDA 1KVCA 1JL2A 2XY8A 3VQ6A 3O4QA 5KRTA 2YHBA 4CECA 3HXMA 4CHZA 1KFDA 1C0TA 3S9HA 5J2PA 1NJZA 4BE0A 1XHXA 3OY9A 4Z4EA 3NF9A 1RT2A 4CHOA 2Z1IA 4N5SA 1Q9XA 1UA0A 3AO5A 3ZT3A 2RF2A 1QS4A 3C6UA 3DYAA 3ZSVA 4CEQA 3QEPA 5HP1A 1YT3A 4IG3A 4RW8A 4AHSA 3V9XA 1R0AA 1O1WA 2QK9A 3V1OA 3LALA 4JS4A 4R5PA 1IKVA 4HUEA 4DU4A 1VSLA 1QE1A 3D45A 1UAXA 1JLAA 3WNEA 4CEOA 5DMRA 3KLIA 3K58A 2HHXA 1BIUA 4EP4A 3PY8A 4CJRA 4KPYA 4LSLA 1K6YA 2IS3A 3MEDA 4RW6A 4FCYA 1ZYQA 2PYLA 3ITHA 3CM6A 4FLUA 1IKXA 4KB0A 4M3ZA 3OYNA 4CFCA 4LY7A 3VQAA 3SQ4A 2R7YA 2G8UA 2KW4A 4DFJA 3VQ5A 1NK4A 4L8RB 3KKRA 1VK0A 1RT1A 1WN7A 4ZTFA 5HROA 4MFBA 3DRRA 1HYZA 4M3RA 1VSEA 4JS5A 5CZ2A 3QLHA 5J2MA 3ULDA 5C42A 4BE1A 3SUQA 3KLGA 4DTPA 5HBMA 3EYZA 1W0HA 4DWIA 1T7PA 1BI4B 1BQNA 4FJMA 1EKEA 3LWLA 4B8CA 2A1SA 4NCBA 4Z0UA 3NFAA 2YKNA 4AHRA 4Z4CA 1U47A 4CF2A 3LZJA 4HCCA 2QKBA 4FM1A 3D0PA 3RMAA 2XY5A 4B9LA 1KVBA 2HW3A 3ALYA 4KV8A 2P5GA 1N5YA 2X74A 5DK5A 3T1AA 4BACA 2FBVA 1EXQA 2VG7A 3AVAA 4BE2A 2HVHA 3L2RA 2ZE2A 1VSMA 2IOCA 4Y1CA 3TWHA 4PWDA 4CEAA 2Z1HA 1NK0A 3EZ5A 2OPPA 3B6OA 3PX6A 1FK9A 3QEWA 2OA8A 1S6PA 3DLEA 4OPJA 4OGCA 1C1CA 2Z1GA 1N6QA 1BCMA 4AILC 4AHVA 2P5OA 4KHQA 3RRHA 3ZCMA 1S1XA 1RTHA 1ZBHA 1I39A 1A5VA 3QEVA 1EP4A 4KTQA 5KI6A 3DLRA 4CESA 2D0CA 1LWFA 2XRIA 3VQCA 2G8VA 4FJ9A 3ZT4A 4H8KA 3OS1A 5J2NA 4F2RA 4Q5VA 4CJFA 4FVMA 4CE9A 2ATQA 2KTQA 1HNVA 1DTQA 3NDKA 1U48A 1SV5A 2DY4A 3CFPA 1NK6A 1D9DA 3ZT2A 4FLYA 4CHNA 4CEDA 1WSHA 4HVJA 4C8LA 3AVHA 4O0IA 1BISA 3K5LA 1XHZA 2WOMA 3AA2A 1MU2A 4B9SA 4I2QA 4JRQA 1B92A 1S9GA 4JLHA 4DF4A 2KFZA 4AH9A 3VQ7A 4K8XA 4DQPA 4DTUA 4IKFA 4OLBA 4CF0A 1JLGA 2D0BA 1RTJA 3MECA 1DLOA 3MXJA 4FW2A 1YTAA 2RKIA 3NH0A 1KTQA 3E01A 4KHYA 3TAPA 4CK2A 4EP5A 3OYEA 2E4LA 5KGWA 1L3VA 1S5JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B08A 4CJWA 4BR5A 1IBMK 1RTDA 1WNSA 4RW9A 4NLCA 3L8BA 1NWKA 2IIRA 1QHTA 4DV6K 1X9WA 4FJNA 3IMXA 4O4GA 4B1XB 4K0KK 2A40A 5F2RA 1W7AA 4DSLA 3AGRA 4KTZA 4YDUA 1JLEA 5BR9A 4KI4A 1RGIA 2VWBA 2E1ZA 3F9KA 4KH6A 4J2DA 1ASVA 1YIJN 2W41A 3HP9A 4EFHA 1HNIA 3A8YA 3C95A 4IDKA 5EVZA 4CGFA 5FROA 2YX6A 3LPUA 4JI6K 5SWMA 3NE6A 3SAHA 2OZSA 1TYQA 1XWLA 4DV2K 1YJWN 1EQYA 1FJGK 3VESA 2EX3A 1VSFA 4M3XA 3LANA 4B1ZA 3L3UA 4HTLA 2QWLA 4FWMA 1HQUA 2ASPA 4DV0K 4DLGA 4BWJA 4EZ9A 1NGDA 4DQ8A 3GBTA 2P9LB 1RFQA 3CF5L 1S1WA 4Z4IA 1L3TA 2QWNA 3T1HK 2EWSA 2NUBA 4PL7A 4JI4K 3NF6A 5LMNK 3VN5A 3K5OA 3BZKA 1VQ7N 2JWKA 4BDZA 2YNFA 3LPTA 3O6WA 3G6EN 2G8FA 4CJ3A 4IFVA 2O8CA 2HMPA 3QNOA 5AQJA 3LP0A 3ZSZA 4HTUA 2RE2A 4DR2K 4C8NA 2RN2A 5BRHA 1X3MA 1VQON 2B4JA 1X1PA 3LZIA 4W5QA 3H08A 1HLUA 4TSXA 2GTDA 3ZETA 1WAJA 5C10A 1NU0A 1MWKA 4B9VA 4MDBA 1SKSA 3HL8A 4DG1A 1NM1A 2HHTA 1VQLN 2P9PB 3LDNA 4GW6A 4M7XA 1SL1A 3THXA 1HNWK 3U8XA 4A2BA 2FC0A 2VWJA 2G8IA 4OPHA 1VSIA 2D0PA 2OCEA 4LFAK 5BN9A 1YTUA 2HVIA 1CXUA 2Q2RA 2QW9A 3U6FA 4W5RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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