The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
143
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structure length |
143
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Chain Sequence |
PVENEAVAPEFTNRNPRNLELLAVARKERGWGTVWPSREFWHRLRVIRTQHHIEALVEHRNGQVVVSASTREWAIKKHLYSTRNVVACESVGRVLAERCLEAGINFMVYHPTPWEAASDSIKRLQHAMTEGGVVLREPRRIYE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
MITORIBOSOMAL PROTEIN BL27M, MRPL27
|
| publication title |
The Complete Structure of the Large Subunit of the Mammalian Mitochondrial Ribosome
pubmed doi rcsb |
| total genus |
25
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| structure length |
143
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| sequence length |
143
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-09-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| S | PF00861 | Ribosomal_L18p | Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VQF K; 1XNR K; 3J7Y P; 3OTO K; 2UUC K; 4DR4 K; 2UXB K; 5BR8 K; 4LFB K; 4YHH K; 1FJG K; 4DV1 K; 4DR7 K; 2UU9 K; 3T1Y K; 4NXN K; 4JI8 K; 4DR6 K; 4NXM K; 4DUY K; 3T1H K; 2UXD K; 4B3M K; 4DV0 K; 1XNQ K; 3JAM O; 4LF9 K; 2VQE K; 2UXC K; 1IBK K; 2HHH K; 4DR3 K; 4GKK K; 5IT9 O; 1I94 K; 4LFA K; 4AQY K; 1HNX K; 4GKJ K; 4OX9 K; 4JI1 K; 4X62 K; 4DV4 K; 4JI3 K; 1N32 K; 4DV6 K; 4JV5 K; 2UUB K; 4LF4 K; 4YY3 K; 3J80 O; 5LL6 Z; 4B3T K; 4JI6 K; 1IBL K; 4LF7 K; 5LMU K; 4DV2 K; 4DV3 K; 4LF5 K; 1N33 K; 4JI4 K; 4JI2 K; 1HR0 K; 4DR5 K; 5A2Q O; 4X66 K; 2E5L K; 2F4V K; 4JI7 K; 4CVN E; 4DR1 K; 4CW7 B; 1HNZ K; 1J5E K; 1N34 K; 5AJ3 K; 4X65 K; 5LMN K; 2UUA K; 5FLX O; 1XMQ K; 4V19 S; 1HNW K; 4B3R K; 4JI5 K; 5IWA K; 4LF8 K; 2ZM6 K; 3J81 O; 4DV5 K; 1IBM K; 4DR2 K; 1N36 K; 4KHP K; 4B3S K; 4JI0 K; 4LF6 K; 4K0K K; 4LFC K; 4JYA K; 3J7A P; 4DV7 K; 4X64 K; 4DUZ K; 1XMO K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2P51 A; 5BRF A; 4O8K A; 3FZL A; 5JMV A; 5E41 A; 3LAN A; 4FJX A; 4AHT A; 3V9W A; 4L3Q A; 4C23 A; 3DLE A; 2O8D A; 4JRP A; 4BRN A; 3D2E A; 1IV0 A; 2KKZ A; 4GY2 B; 1LW0 A; 1KAZ A; 1BI4 B; 1NMD A; 1BCM A; 5AQF A; 2DTU A; 1HX1 A; 3VEZ A; 3TAM A; 1DEJ A; 1ASW A; 4DUY K; 3LP0 A; 3DRP A; 4IDK A; 3LP2 A; 1QHT A; 1RDC A; 3AVB A; 3VEV A; 4Z4C A; 2QI2 A; 3ZEU A; 4C1N K; 4OPK A; 4CGF A; 2UXC K; 3CME N; 3CCV N; 3IG1 A; 1SS6 A; 3C94 A; 4R5P A; 4BVO A; 2W6K A; 4NB4 A; 4DSK A; 3W0L A; 4PHT X; 3PV8 A; 3SNN A; 3VEO A; 1U4B A; 3V6D A; 2HND A; 3QEV A; 4HHT A; 2A1R A; 4JKB A; 4KTQ A; 1J6Z A; 3ZET A; 4XH1 A; 4FJI A; 3IAY A; 5AQL A; 3RMA A; 1HJR A; 4FWO A; 3VES A; 2E2O A; 1BWF O; 2W6L A; 4CK1 A; 1NK7 A; 3LWL A; 3VGK A; 4DTN A; 4QCL A; 2NRV A; 4OPH A; 4FPA A; 4H0P A; 2AP1 A; 3ENB A; 3WNH A; 4KHY A; 4DU1 A; 2D0B A; 2QKB A; 2KHO A; 3ZSZ A; 4I6M A; 1SZ2 A; 4EP5 A; 2X6S A; 3CCQ N; 3ZSV A; 3CD6 N; 1IKX A; 2F96 A; 3THX A; 3VA0 A; 1D5A A; 1RT4 A; 2AA4 A; 3V1R A; 4JI0 K; 4AF1 A; 4ELU A; 1SUQ A; 2QA4 N; 4FJ5 A; 4FW1 A; 3RSE B; 2XHB A; 2O4G A; 4UQG A; 5I3U A; 1NM1 A; 2VQF K; 5BN8 A; 1VQM N; 2BH1 A; 2D4W A; 3GDQ A; 4CJU A; 3HSC A; 3J7Y P; 3VF4 A; 1KAX A; 1HKG A; 1FK9 A; 2HMI A; 3OYE A; 4DV1 K; 3QFU A; 3VN5 A; 2HW3 A; 1C0F A; 4WFA L; 2CH6 A; 1QSY A; 4MO5 A; 3NF6 A; 5M1K A; 4KPY A; 4UY8 O; 1SAZ A; 2IS3 A; 1JKH A; 5EY4 A; 4IZ9 A; 4C8M A; 1BG3 A; 1YI2 N; 1QQN A; 4FM1 A; 3HJF A; 4W5Q A; 2OCE A; 3LDL A; 4CEE A; 2HHW A; 3LPT A; 5KPZ A; 4OJR A; 3TAR A; 3HP6 A; 5GIP A; 4CEQ A; 4FWL A; 2E8A A; 4KH5 A; 3V1Q A; 5GAE P; 2KQ2 A; 1RBT A; 4CD1 A; 3CPW M; 1BGX T; 2CGJ A; 3H3N O; 1EWR A; 4CBX A; 3SAH A; 4JKG A; 3ULD A; 3MX2 A; 5HRO A; 1D9F A; 2GUP A; 5KI6 A; 4FM2 A; 3VQB A; 3OYD A; 5M1N A; 3I56 N; 3GBT A; 4JI4 K; 1K8A O; 4KB1 A; 4JS4 A; 3TSP A; 3DXM B; 4J8F A; 4O44 A; 4F4K A; 2YKN A; 4JI7 K; 4CF1 A; 4WFN L; 1JLG A; 4BG8 A; 4FL9 A; 1YJW N; 1TGO A; 2I5J A; 2JLE A; 3GG4 A; 1U48 A; 3RMB A; 2O8F A; 5E84 A; 3AVH A; 3N4P A; 4LF8 K; 3GOI A; 1T44 A; 4JKC A; 3FLC O; 3MN6 A; 3JXU A; 3H1Q A; 2G8I A; 3PX0 A; 4NCG A; 3ZSW A; 2YJE A; 1HKC A; 3C7N B; 3VEN A; 2OTL N; 3A5O C; 4IDH A; 4ILG B; 4CGI A; 3J7Z O; 1WSE A; 1YTU A; 4E1N A; 4CHP A; 3TAF A; 3NGZ A; 3C6U A; 4E89 A; 3MCP A; 1HQE A; 1C0T A; 4JS5 A; 2NRZ A; 3DYA A; 4CED A; 3D6R A; 2KTQ A; 4CHZ A; 1RCH A; 4IBN A; 2E2P A; 3NF8 A; 4LC9 B; 3VEW A; 1T03 A; 3QFP A; 2ZF5 O; 1NK8 A; 2JWK A; 4BE0 A; 4ISE A; 4HUF A; 3ZSO A; 4CFB A; 3TU5 A; 1IH7 A; 3M6G A; 1S1W A; 4DQQ A; 5J1E A; 4G1Q A; 4PWD A; 5FPD A; 5AQQ A; 1Q8I A; 1KC8 O; 4M3T A; 4H5N A; 3PO4 A; 3A8Y A; 2VQE K; 3DLB A; 4ISG A; 4KTW A; 2A5X A; 4B8A B; 1C1B A; 2HHH K; 1IG8 A; 4E7J A; 5SZT A; 2QK9 A; 4KHU A; 4DQ8 A; 4LSL A; 4CK2 A; 3CJA A; 3CXC M; 2HHQ A; 1QZ6 A; 3THV A; 3S9H A; 3SQ1 A; 4W5T A; 5J2Q A; 2ZE2 A; 2Q97 A; 1N32 K; 1U04 A; 2W41 A; 4ID1 A; 1Q86 O; 1RDB A; 5BRH A; 1ZXO A; 2WUS A; 3F2K A; 4J2E A; 3J80 O; 2Z1J A; 3OYG A; 4YOY A; 2ZWH A; 4ID5 A; 2HBK A; 1L3S A; 2VWJ A; 4LF5 K; 4AM7 A; 4CGH A; 3NH1 A; 3S41 A; 4WFB L; 1K73 O; 4BWJ A; 3MK6 A; 1RT6 A; 2FSJ A; 3DLG A; 4DR1 K; 3NF9 A; 3TPQ A; 2IVN A; 4IG0 A; 3VEX A; 1XMQ K; 3KWI A; 1SL0 A; 2ITM A; 2P9N B; 4DLG A; 3OS1 A; 2ZJR L; 2I7N A; 1JL2 A; 2IAJ A; 4DR2 K; 3CJ7 A; 2HBL A; 4C8N A; 1WN7 A; 4BDZ A; 3EE9 A; 5AQM A; 3ZT1 A; 3WXJ A; 3C0B A; 1MWK A; 2P9L A; 4FLV A; 3KKR A; 4X64 K; 3AVL A; 2O8D B; 1XMO K; 3WEE A; 2BDP A; 3SUP A; 1K9M O; 3VMF B; 3CYM A; 4KHW A; 2OAN A; 1X9S A; 1TUU A; 4EZ9 A; 4F3T A; 4E0D A; 1QSL A; 1OKJ A; 1NJI O; 4O55 A; 1VQN N; 1YXQ A; 4CJK A; 3D45 A; 4CGG A; 2P9S A; 3MX5 A; 4Y1D A; 1S22 A; 3AVC A; 2E2Q A; 4BGB A; 2WON A; 4BRC A; 3P31 A; 3TAP A; 1VSL A; 1M90 O; 4B9M A; 5ADX A; 1SV5 A; 1FXX A; 2YNG A; 3ZX2 A; 3ZT3 A; 3NGI A; 2QWM A; 1T3V A; 3IRX A; 3V1O A; 1E4G T; 3U9Z A; 4DQI A; 4DSI A; 5T7B A; 3MED A; 4C8K A; 1HNX K; 3OYI A; 1RT2 A; 4PKI A; 4YOU A; 1S1V A; 2GBZ A; 5FDL A; 3ZET B; 2F7T A; 4NLB A; 3THY A; 1TKX A; 2HNZ A; 5KGW A; 3OYF A; 2X78 A; 5AQG A; 2FBV A; 4WE1 A; 1YVU A; 3WUH A; 1KXP A; 4B3T K; 1U45 A; 1Q9X A; 1QQO A; 3VQC A; 4DB3 A; 4CI6 A; 4DTX A; 1TK0 A; 5M1P A; 4FWR A; 1N6Q A; 4I6M B; 4HUE A; 2CGL A; 4BGA A; 4CZF A; 3PY8 A; 1WSJ A; 1FKO A; 2IIR A; 1QE1 A; 4X66 K; 4K8Z A; 2DPN A; 4CW7 B; 2EWS A; 3THX B; 5M1Q A; 4LH5 A; 1RTD A; 1NGB A; 3AY9 A; 2HHT A; 2O8E B; 1ZYQ A; 2D0P A; 4IWV A; 4CZE A; 4DV5 K; 4FWS A; 3RRH A; 1HUX A; 1NBW A; 4CJ7 A; 4CHO A; 4JRQ A; 2HBM A; 1C0U A; 1Q7Y O; 3HVR A; 2F8T A; 4CZM A; 1ZBL A; 2NRH A; 4EIA A; 3NCI A; 1U2V A; 2XY6 A; 4ZTJ A; 1RDA A; 4DV7 K; 3LP3 A; 2ASM A; 3CCU N; 1B9F A; 3ASM A; 3WXM B; 4GNI A; 3KVG A; 4JKD A; 3HP9 A; 2FXU A; 1Z6R A; 4JK7 A; 2KFZ A; 1HNV A; 3HYF A; 4DU4 A; 4BRQ A; 3QEI A; 1UAX A; 3AAQ A; 3VGM A; 4QOZ B; 4GV9 A; 3UKR A; 1X9M A; 4CCH A; 2FSK A; 4KH4 A; 3NHG A; 5BRD A; 1OH6 A; 3CIP A; 4DSL A; 4DWI A; 3VQD A; 3VQ9 A; 3SI6 A; 2EX3 A; 3SUQ A; 3TAG A; 1WSI A; 5AQH A; 4BR9 A; 3QBW A; 1WNS A; 3WXK A; 4NCB A; 1VQ4 N; 3K2P A; 5EXW A; 3B6O A; 4FVU A; 3S3N A; 1TAQ A; 3A5M C; 4B1V A; 3AA4 A; 4WQ5 A; 2OPQ A; 3HBT A; 2FSN A; 2P9K A; 2ASP A; 3QBX A; 4B9U A; 4LFA K; 1KVB A; 4OX9 K; 4QS9 A; 3CG7 A; 4K42 A; 4CZJ A; 1NGH A; 4W5N A; 4BRP A; 1KCF A; 5DK5 A; 3A5L C; 5BPN A; 3SQ2 A; 3HXM A; 4DFJ A; 1JCG A; 1NK6 A; 5KRS A; 5LMU K; 4DV2 K; 3SQ4 A; 2YHY A; 4CGJ A; 4CJ5 A; 2O8F B; 1A5W A; 5GIO A; 1ATR A; 4BWM A; 1F21 A; 3P83 D; 3MXJ A; 4N5S A; 3TTD A; 3ENO A; 4FVM A; 3VEY A; 5FRO A; 4DKW A; 4M3W A; 2YHW A; 3EE8 A; 4OGE A; 1FKP A; 2P9I A; 1L3V A; 1K6Y A; 5AZJ A; 3KLE A; 1YHQ N; 1BUP A; 3QO9 A; 2GWK A; 3D2F A; 4CJL A; 3FZH A; 5AQX A; 4B1X B; 2ATQ A; 5BPL A; 3E66 A; 3HI0 A; 5AQU A; 1W2B M; 2HVI A; 3AA3 A; 3AVG A; 3DXK A; 1WSF A; 4JK8 A; 1NU0 A; 3Q7B A; 2F9T A; 5KRT A; 1KRP A; 4DS5 A; 1RFQ A; 3OYN A; 3DI6 A; 2E4L A; 5KTQ A; 1FJG K; 4QS7 A; 1VRU A; 1NGG A; 4DTP A; 4BRO A; 3SMP A; 5HRN A; 5CY4 A; 1NLV A; 4GVM A; 3LDP A; 3ZX3 A; 1KFD A; 2KLA A; 3K9J A; 3F9M A; 5LJW A; 2FBY A; 3NF7 A; 3TAE A; 1Q81 O; 4E3S A; 4CZK A; 1QHA A; 1V4S A; 5BN9 A; 2HB5 A; 1BIU A; 3QNN A; 1XHX A; 4E1J A; 4N41 A; 2ZQB A; 5GAD P; 4C1N I; 3SPZ A; 2HBJ A; 5HL7 L; 1NGI A; 4CE9 A; 3LWM A; 2ASO A; 1L3U A; 4JN4 A; 4GKK K; 4CEA A; 4H0X B; 1B92 A; 1YF5 L; 1I39 A; 2FLO A; 3ZSX A; 3AAP A; 1NOY A; 4FWM A; 4RW7 A; 3NFA A; 2OPR A; 4BR7 A; 3CF5 L; 3WXI A; 2P5G A; 2GUI A; 1HKB A; 1CXU A; 3BF1 A; 3T3F A; 3AVN A; 2F8S A; 3ZT4 A; 5E26 A; 3QER A; 4FJ9 A; 2IC3 A; 3D7E O; 4CHN A; 2UYT A; 3RWU A; 1YUW A; 3MAQ A; 1JJ2 M; 4B9Q A; 1HR0 K; 2KZM A; 1NWK A; 5EX5 A; 4DFP A; 2F4V K; 2Z1I A; 1HNZ K; 5CYQ A; 1X9W A; 4K25 A; 5AJ3 K; 3T19 A; 2UUA K; 3SQ0 A; 1JLE A; 1DT9 A; 4HCB A; 2IDO A; 2LSN A; 3P39 A; 3ID8 A; 3DMJ A; 3B8A X; 5BPM A; 4Z4E A; 1TYQ A; 3SCX A; 3BF3 A; 5AQO A; 4JAX A; 3MN9 A; 3WEE B; 2OZS A; 1C1A A; 3H45 C; 3UKU A; 4B1Y B; 4JD2 A; 2HMP A; 1ATS A; 4JYA K; 1W0H A; 4GV6 A; 2DY4 A; 3QB0 A; 4FJM A; 1S9G A; 2YHB A; 2O8C A; 1TL1 A; 1GLA G; 3R6M A; 3JYT A; 1XWL A; 1G15 A; 1RT7 A; 2W42 A; 4IOA L; 3FFK B; 2VGM A; 2P9S B; 2FBX A; 2PFU A; 3SBT A; 2UXB K; 4CEF A; 3EL2 A; 4LSN A; 4AHU A; 1GLD G; 2B4J A; 5CZ2 A; 4IJA A; 4FWK A; 1MU2 A; 4A62 A; 4ELV A; 1Z25 A; 5C25 A; 4DTO A; 3O4N A; 4A5A A; 4MO4 A; 1TKD A; 2P1J A; 3PIO L; 5AQN A; 4NXM K; 1S3X A; 1HRH A; 3KKS A; 3DLH A; 2O8B B; 1YT3 A; 3LAK A; 3JAM O; 3IMX A; 4YNQ A; 4IEI A; 3CMA N; 2HHV A; 5MLC Q; 3RMC A; 1DTT A; 3THY B; 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3QET A; 5GAH P; 1NK4 A; 2IVP A; 3T1A A; 3G6E N; 1QZ5 A; 2GTD A; 4CZI A; 4DSE A; 1VQP N; 3I0S A; 3AGR A; 3OYL A; 1KFS A; 4F8R A; 4K43 A; 3OHR A; 2IOC A; 1OH7 A; 5AQZ A; 3L0Q A; 3O9Q A; 3MEG A; 4X62 K; 4FJG A; 2XRI A; 4DU3 A; 3RR7 A; 1TKT A; 5DM7 L; 4WF9 L; 3L2R A; 2CGK A; 4BRD A; 3AA2 A; 4FSV A; 3EO3 A; 4YY3 K; 3E01 A; 5JIC A; 4YOV A; 3NGY A; 3U3G A; 1XUP O; 2Q2R A; 4CBU A; 5LL6 Z; 4F9O A; 4JI6 K; 3PX4 A; 3QDK A; 1EWQ A; 1T8E A; 4DSF A; 4FPB A; 2QM1 A; 3L4I A; 3SJJ A; 1IBL K; 1E3M A; 1JXB A; 4CFD A; 1N33 K; 3L2V A; 3MDQ A; 1U49 A; 4NYF A; 3OYC A; 4NLC A; 3QIP A; 3VER A; 1T6D A; 3QIC A; 2QWP A; 4F2S A; 3SZ2 A; 1ATN A; 1VQ8 N; 4E7L A; 5AZJ B; 1LWF A; 1NJZ A; 4OVL A; 3D2F B; 4PUO A; 4B1W B; 3W3D A; 3J81 O; 3ITH A; 4BRM A; 1IBM K; 1ILY A; 3NAE A; 2YHA A; 5M1O A; 3KD1 E; 3DXK B; 2QWQ A; 4LFC K; 3CJC A; 2GEM A; 1EET A; 4M3U A; 1Z26 A; 2YNI A; 3AVF A; 4A57 A; 5JLH A; 5CYM A; 4Q5V A; 1BI4 A; 3P5J A; 4FWN A; 4Q0B A; 4F3O A; 4OKJ A; 3TAQ A; 3OTO K; 3G71 N; 4A5B A; 3LM2 A; 2AJQ A; 3K0S A; 1BA0 A; 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