4Y1CA

Cyclic hexapeptide cyc[ndpoppkid] in complex with hiv-1 integrase core domain
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
152
structure length
145
Chain Sequence
SSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEDGIPYIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase binding protein
molecule keywords Integrase
publication title HEXAPEPTIDE MIMETICS OF LEDGF IN COMPLEX WITH HIV-1 INTEGRASE
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 50
structure length 145
sequence length 152
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4y1cA00
2VWJA 2XY6A 2ZD1A 4B8AB 4CIGA 4ZTJA 4KHQA 3CFOA 3NAEA 3LPUA 4BACA 1D8YA 4CEEA 4FJJA 3KLIA 4FW2A 3DLHA 4CGGA 4CJFA 2YHAA 3QEXA 3PUFA 3QEVA 4ID5A 1UA1A 3C95A 3CFPA 3KKRA 1F21A 4N5SA 4B9VA 3QEIA 2YKNA 4KPYA 4IBNA 3ZSZA 4EZ9A 2BGGA 2D0AA 3NF8A 2YNHA 4CEAA 4CHZA 2QKBA 1RBUA 3CM6A 1U48A 3F73A 2FBVA 4CK3A 4OLBA 2KZZA 3KLGA 1LWEA 1BIUA 3BDPA 1X9WA 1U4BA 1WSFA 3RR7A 3SJJA 1KVCA 1VSMA 5FDLA 3V9XA 3SI6A 4O4GA 4PQUA 1NJWA 2AJQA 4JS5A 4DU1A 1C0MA 1BI4A 1JLFA 1QHTA 3VQBA 4AILC 3DM2A 3SQ2A 1HJRA 5CYMA 3AVFA 4Z4FA 4H4OA 3UIQA 4J2EA 1RT4A 3QO9A 1GOBA 1IG9A 3HK2A 5CYQA 1C1BA 4F3OA 2ETJA 4C8MA 3ZT3A 1IKWA 5FROA 2OZMA 3TAGA 3O3HA 1VK0A 4DQRA 4L8RB 4KI6A 1TGOA 4FJ7A 3WNGA 4O44A 3SUNA 1XC9A 1TK5A 4O0JA 4JS4A 5HRPA 5CY4A 1VSKA 2VG5A 4EP5A 5J2QA 1N5YA 1SL1A 3S3NA 2YKMA 3H08A 4DQIA 2Z1GA 3L2QA 2KFNA 3L2UA 3O4QA 1NOZA 4CHNA 1SKSA 1CXUA 4G1QA 3HVRA 4FLYA 5HRSA 4CCHA 4HUEA 4CF9A 3ITHA 4DWIA 4M3XA 3QINA 3LPTA 1FKOA 1Q8IA 1S6QA 5HLFA 4FK0A 1RDCA 1IO2A 3L2WA 3HXMA 1JLAA 1NK6A 5FRMA 3ASMA 1JLQA 3EYZA 1SL2A 4AHUA 4HHTA 4DTOA 5T7BA 1YT3A 3LDSA 1L5UA 3OYJA 4DG1A 4BWMA 4DTXA 3AVMA 1T7PA 4IG3A 4JLHA 5KI6A 3NCIA 1RBSA 4BE2A 3AVKA 4CEDA 2HHUA 4ID1A 4Z4CA 4W5RA 4DTJA 1W9HA 2X6NA 1SL0A 1Q9YA 1TAUA 3NF7A 1FXXA 1IH7A 3ZSWA 1EETA 3KK3A 3DYAA 3PX6A 1KSPA 1S5JA 1X9MA 3KLHA 4GW6A 4KB1A 4FJMA 3IRXA 3MEGA 4ZHRA 3AO2A 3NF6A 3THVA 4N76A 1J9AA 3VA3A 2B6AA 4OKKA 3O4NA 4E89A 4OPKA 1CLQA 3AVIA 1BQNA 3OVNA 3KK1A 4FLXA 3RWUA 3AVBA 4NCAA 2XRIA 4DQPA 5SWMA 1EKEA 1QSSA 2VG7A 3KD1E 3V9WA 3V1RA 3DLGA 1B9FA 3OYBA 1A5VA 1DTTA 4Q5VA 4K8XA 3OYAA 2IAJA 4BE1A 4FJLA 4PWDA 1TK8A 1RCHA 3VQEA 3HP6A 5KTQA 2E6LA 3D45A 4M41A 3HT3A 3SUPA 4ELVA 4FK4A 4AH9A 1TV6A 2BDPA 3CM5A 3V81A 1D9FA 4I9QA 3VQ4A 1S9GA 4CEZA 3DLRA 4DQQA 3V1OA 1BCMA 3RRGA 3KD5E 2DY4A 1WSHA 3TR8A 3RMBA 4F8RA 1CZBA 2JGUA 3DRPA 3B6OA 1QTMA 1BIZA 4I9LA 3OYCA 3QEPA 4YNQA 3OYFA 1Y97A 2OPRA 4E7KA 3NFAA 4CGFA 1T8EA 3OYHA 1I3AA 4CGDA 2D0CA 2PZSA 4FJIA 2QKKA 1HYZA 3JSMA 3VQ8A 1JXEA 3PX0A 4CERA 1K6YA 1SUQA 2HB5A 4OPJA 4DU3A 1KRPA 3MECA 2DFEA 4OKEA 3L8BA 1IKXA 1WNSA 2B5JA 3AA3A 1S9EA 2R7YA 1BI4B 4FYDA 4J2BA 4OLAA 1C1CA 1JLCA 1YTAA 1LWFA 4NYNA 4I7FA 4BDYA 3SV4A 1RBTA 3VQ7A 5JS1A 1HMVA 3KLEA 3V9SA 5SZTA 4CEQA 4RW8A 3I0RA 2HHWA 4B3OA 3HPHA 3DI6A 3HPGA 4LY7A 3I8DA 2ATQA 3OYMA 4C8NA 3KLFA 2E4LA 2HHTA 3HPOA 4CIFA 4DTSA 4FK2A 3P5JA 3G0ZA 3VQ5A 2P5GA 4HUGA 4W5NA 4CGJA 4DTPA 1WAFA 1EXQA 2BANA 4CEOA 1JKHA 1UWBA 1EP4A 1CXQA 3P1GA 5C42A 1LW0A 1RT3A 2ITGA 2G8FA 1ZBIA 3IS9A 3MEEA 1SKRA 1KVAA 4BDPA 3L3UA 4OGCA 4JRPA 4FM0A 3T3FA 1ZBUA 2DTUA 1WLJA 1RT5A 1W0HA 4UQGA 3OYIA 4JRQA 1NK7A 4HCCA 3AA4A 4E1MA 2HVIA 3VN5A 1ZYQA 1VSEA 1YVUA 4OKJA 4DQSA 4HTUA 3V6DA 3CG7A 2HNYA 4O55A 4CGIA 3TAFA 4FJ9A 2KZMA 3NGZA 2YNFA 2HNDA 1RTIA 5JS2A 4FLUA 2PYLA 3ZCMA 3S3OA 2FBYA 1KLNA 3HP9A 3SZ2A 4K8ZA 1L3UA 4KO0A 2WONA 4DS5A 4CJ3A 1NJYA 3OY9A 3HJFA 2Q3SA 1WN7A 2F8TA 3BGRA 1MU2A 4CFDA 4LD0A 3DLBA 3CYMA 2D5RA 4J2DA 4HCBA 3AO5A 1YTUA 5EU7A 1T03A 1LV5A 3ZSOA 4RW4A 3OYGA 2G8WA 3NGYA 3C6TA 1QE1A 3TABA 3PV8A 4KTZA 4IFYA 3ZSYA 1UA0A 1B9DA 3VQAA 3V4IA 3OYDA 3LWMA 1J54A 4PA1A 1KFDA 1VSDA 5HROA 4DSIA 4FJGA 1XHZA 1B92A 1A5WA 4C8LA 4M3YA 4Y1CA 2GUIA 3KIOA 1REVA 4CFAA 3RMAA 1BCOA 3OYKA 4FXDA 3NHGA 3SNNA 4NCGA 3LAMA 1D9DA 4FJ8A 3B6PA 4H4MA 4CF0A 2Y1IA 3OS1A 4KRFA 1ASVA 2RF2A 5K14A 3QESA 1LW2A 3ISNC 4TSXA 4DMNA 3O3FA 1JLGA 1S1XA 3DOLA 1LAWA 1QSYA 2DFFA 4FJKA 1UAXA 3SQ0A 3KJVA 4KB0A 3OYEA 1Z25A 3T1AA 4CE9A 1XI1A 3RTVA 4CECA 3RR8A 1S1VA 1VSHA 4E0DA 3AVCA 1WSGA 2Z1HA 3AO1A 3E01A 1GOAA 1FKPA 4RW9A 1BGXT 3DMJA 1KLMA 2GBZA 2HVHA 2WOMA 3VQDA 3U3YA 4CHOA 5KRSA 4KTWA 4QOZB 2ZQBA 1LAVA 1Q9XA 3V1QA 4HVJA 2IS3A 4XIUA 3QERA 3HO1A 4BWJA 2IGIA 3AO4A 1BQMA 1C0UA 3L3VA 5HRRA 3V9UA 4DTRA 5J2MA 3AVLA 2G8KA 3PY8A 4EZ6A 1CZ9A 1VSLA 4Y1DA 4AHCA 1S1UA 4ELUA 4F2SA 5HRNA 4E7LA 3K5NA 1RDAA 3VQ9A 4DF4A 2EHGA 4N47A 3WNHA 1X1PA 4IFVA 3VQ6A 2HW3A 4CFBA 4OVLA 1JL1A 2XY8A 1HNVA 3QIOA 5DMRA 1VRUA 4FZXC 1HNIA 3ZSQA 4PUOA 5C25A 5I42A 2EX3A 3SQ1A 1TKZA 4OGEA 4DSEA 4IG0A 2XY7A 3K5MA 3DRSA 4NYFA 1IKVA 4M45A 1D5AA 1RBRA 4CJTA 2QXFA 4CJVA 3OYNA 3SQ4A 1ZBLA 4DLEA 3O3GA 4FZZA 2RKIA 4FLTA 4AHSA 4MQ3A 3TI0A 1IKYA 2HHVA 4LH5A 4EP4A 2G8UA 1RDDA 1FK9A 2NUBA 3DLKA 1I39A 3HL8A 1KCFA 3LP3A 3ZSXA 4RW7A 3NBPA 3ZSVA 4DSJA 1ZBHA 3FFIA 3NH2A 1NK0A 3RMDA 2FBTA 2PYJA 2A1RA 4IKFA 3K5OA 2IC3A 3QEWA 1QQCA 2E6MA 4KV8A 4DFJA 4M3UA 5C24A 4BDZA 1BHLA 3S3MA 4ELTA 1TVRA 1TL1A 4CIEA 1U45A 1G15A 3PX4A 3LP0A 5J2NA 1S6PA 1WSEA 3SYZA 1RTDA 1RBVA 1C0TA 4Z4EA 3OJUA 2YV0X 3M8PA 3D0PA 4W5OA 4KHUA 3NH0A 4QCLA 3RMCA 3AVNA 3L2RA 1RTHA 3P83D 4KAZA 1U49A 3I0SA 3OS2A 4FJHA 4R5PA 3MXIA 4CJWA 1S1TA 3AVGA 4CK1A 4W5QA 1NK4A 4N41A 4CEBA 1QSLA 4NCBA 4KHYA 3T19A 3CQ8A 4E1NA 4CJ5A 5D3GA 1HQEA 1LWCA 1VRTA 1O1WA 4FW1A 3ZT2A 4CJPA 2YNGA 4CF8A 4DSKA 2HHSA 4DTNA 1TK0A 1TKDA 4Z4GA 4DSLA 2FC0A 2P5OA 2KFZA 3NH1A 2ZE2A 5DK5A 1BISA 2FBXA 4B08A 4CHYA 3TAPA 3VQCA 3U3GA 2X6SA 1J53A 3OYLA 3LWLA 1L3VA 2VWKA 2XY5A 3EY1A 3HYFA 1JLEA 4H8KA 4E7JA 2I5JA 1N6QA 2HHQA 4YFUA 4ICLA 1ASWA 3TAEA 4E7IA 3SPZA 3U6FA 3NDKA 4FLVA 1RILA 1L3SA 4CJEA 3K2PA 4C8OA 1HYSA 4B9SA 4FM2A 3M8RA 4E7HA 4DFMA 3L2VA 2OYQA 2X74A 1WSIA 2PY5A 1QS4A 4CJUA 1SKWA 3SV3A 3C94A 3ZT1A 4AHRA 4DF8A 1JXBA 4WE1A 2A1SA 3CFRA 3SPYA 1Z26A 3A2FA 3ZT0A 4CHPA 4CJRA 3LP2A 3JYTA 3ALYA 4ZTFA 1J5OA 3PO5A 3V9ZA 4FJNA 2G8HA 1A5XA 5CZ1A 4M42A 3SUQA 2KTQA 4KHNA 4KKOA 4LSLA 3K57A 1TKTA 4CJKA 4CFCA 2HHXA 4CJSA 3WNEA 1JLBA 1S1WA 3AA5X 4LSNA 2XHBA 1DTQA 5HBMA 2YNIA 1HRHA 5HP1A 4DTUA 2HMIA 1NOYA 4W5TA 3MEDA 4DFPA 2P1JA 1ASUA 2YHBA 3TAMA 4B8CA 4E3SA 4FJXA 4E19A 4Z0UA 4B9UA 4I2PA 3TWHA 2DFHA 2IDOA 3EZ5A 2O4GA 4CJQA 3OJSA 1HYVA 4CF1A 3AVJA 4B9NA 1RT6A 4DS4A 3LALA 3S9HA 4M3RA 1NKEA 1HQUA 3QIPA 3RRHA 4F4KA 3QETA 4F3TA 3MXJA 4CJLA 4GMJB 4M3ZA 5E41A 4DLGA 4FJ5A 1T05A 3PO4A 4OJRA 3QNOA 4DTMA 4B9MA 2F8SA 2XO7A 3K58A 4M3TA 1KVBA 4N56A 5CZ2A 3LZIA 2OPSA 3HSTB 4CK2A 1KTQA 2X78A 3KK2A 3G10A 2KQ2A 3AO3A 1NK8A 1RNHA 3MXMA 4FLWA 1U47A 2P51A 1RT2A 3HM9A 4HUFA 3DOKA 5FRNA 3K59A 4RW6A 5KRTA 2LSNA 1ZBFA 4O5BA 3IG1A 1VSFA 4KFBA 2Z1IA 1NJXA 3LP1A 2Z1JA 4DFKA 2BE2A 2B4JA 4AHTA 4B9LA 3OS0A 2Y1JA 1SV5A 1R0AA 4M3WA 4IDKA 1WAJA 4KHWA 2HNZA 3VQPA 1HPZA 1RT7A 1WSJA 2F96A 3VQQA 1NK9A 1XHXA 5J1EA 4FVMA 4FM1A 1ITGA 1NKBA 4AHVA 2G8IA 3M8QA 3SCXA 3IAYA 2IOCA 4LH4A 2RPIA 3KTQA 2QK9A 3DRRA 1L3TA 3MAQA 1KFSA 1C1AA 4CGHA 4KTQA 4RG8A 4O0IA 4BE0A 1UOCA 1VSJA 4FZYA 2KW4A 4KHSA 3ZSRA 4KREA 3AVAA 3AV9A 1GOCA 5KGWA 5J2PA 3LZJA 5I3UA 2GV9A 4CF2A 2W42A 3TAQA 4B9TA 3LANA 3NE6A 4PY5A 4I2QA 3NGIA 4QAGA 2G8VA 1RT1A 4F2RA 1EX4A 4FLZA 4DU4A 3QNNA 1XWLA 4Z4HA 1VSIA 1TAQA 4Z4IA 3C6UA 3TANA 4C8KA 4CESA 3DLEA 1C6VA 1TL3A 2OPQA 3SUOA 4J2AA 1NKCA 2D0BA 3AVHA 3F9KA 1NK5A 1NJZA 1RTJA 1RDBA 2JLEA 3KKSA 2RN2A 1JL2A 4CHQA 4MFBA 3M8SA 1U04A 3QLHA 3VA0A 4DSFA 3TARA 4KI4A 4FCYA 2OA8A 5KGXA 4CEFA 3K5LA 3ZT4A 1X9SA 2OPPA 4CJ4A 3ULDA 3WNFA 3HVTA 3LAKA 1BL3A 2VG6A 3NF9A 1DLOA 1TKXA 4GVMA 3AA2A 4Q0BA 2O4IA 2OZSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2VWJA 2A40A 2ZD1A 1YVNA 4B8AB 4CIGA 4ZTJA 4KHQA 2O8BA 3LPUA 3KLIA 4H0XB 4CGGA 4CJFA 4DV5K 3R1XA 1Q7YO 4LFBK 3EEQA 2VQEK 2QXLA 5EXWA 4YOYA 4N5SA 4B9VA 3QEIA 3SAGA 2YKNA 3HRGA 4EIAA 5CHIA 3F2KA 5HL7L 2QKBA 3MWTA 3P4IA 4OLBA 1BIUA 2QM1A 3SJJA 3ENBA 3SI6A 4JI2K 4PQUA 1BI4A 3VQBA 3SQ2A 4J2EA 2PFUA 1GOBA 1GLLO 2IVOA 1IG9A 3ZT3A 1IKWA 5BREA 2NRZA 1NG9A 3CQXA 5LJWA 3CCLN 1YI2N 3EKUA 2VG5A 4EP5A 3LL3A 3U8XA 3H08A 2O8CB 1MWMA 4JEPA 1WUAA 4CHNA 4HUEA 3QINA 3LPTA 1S6QA 4FK0A 3L2WA 2P9PA 3J8AA 1M90O 3LDSA 2P9LB 3DJCA 4BWMA 1T7PA 2A41A 4JLHA 1RGIA 5KI6A 3NCIA 2YHXA 1HUXA 4Z4CA 1TAUA 4DTJA 2O8DB 5KPZA 5ADXA 1IH7A 1EETA 3M3ZA 4FOEA 3PX6A 1KSPA 1S5JA 3S41A 3OW2M 1NBWA 4GW6A 4FJMA 3IRXA 1GLDG 3THVA 4N76A 1J9AA 3DWLA 3THYA 4OKKA 3O4NA 4A57A 4E89A 1CLQA 1HNZK 3OVNA 3KK1A 4DV3K 4FWNA 4FWQA 5SWMA 1EKEA 3V9WA 4Q5VA 1VAZA 4BE1A 4FJLA 3TTDA 1TK8A 4U7BA 1RCHA 4X66K 4CZJA 2E6LA 3HT3A 3SUPA 2CGKA 4AH9A 1H1VA 3CM5A 1D9FA 1IV0A 4CJ7A 3ENHA 2DY4A 3RRGA 3RMBA 4DUZK 1CZBA 1BIZA 2KKZA 3HTVA 1T3VA 3WEEA 3QEPA 4E7KA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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