4Y1DA

Cyclic hexapeptide cyc[ndpoppkid] in complex with hiv-1 integrase core domain
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
153
structure length
141
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transferase binding protein
molecule keywords Integrase
publication title HEXAPEPTIDE MIMETICS OF LEDGF IN COMPLEX WITH HIV-1 INTEGRASE
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 49
structure length 141
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4y1dA00
3AO2A 5KTQA 4HUFA 5E41A 3QERA 4F2RA 5C25A 1JLEA 1S9EA 1ZBIA 4DSEA 3ISNC 1U04A 3OS0A 1UA0A 4PWDA 5J1EA 1XHXA 3OYHA 1ZBFA 4CFBA 3SPYA 4KHNA 1VRTA 1C0TA 3AA4A 1LWFA 1B92A 5CZ2A 1ZYQA 1NKCA 3SUPA 2DFHA 3RRHA 4I7FA 3VA0A 2PY5A 3L2RA 2HHTA 4AHCA 3AVFA 4KO0A 1VSEA 3DLEA 4DLGA 5HLFA 1NJZA 4CHPA 4DU1A 4BWJA 2D0AA 4RW7A 1C1BA 4CFDA 2HHXA 3U3GA 3KK3A 5J2QA 4CEFA 4B9UA 4KRFA 2F96A 3ZT1A 4CJEA 4Z4HA 4IDKA 3SUOA 4K8XA 1S1UA 3WNFA 2KFNA 4OKEA 4CGGA 1CZ9A 4CF2A 4AILC 1TK5A 3HK2A 3IG1A 4E3SA 2ITGA 1NK7A 4KHWA 1QHTA 4J2EA 4KI4A 2PYLA 1KSPA 3MXIA 2D0BA 2Z1JA 3O3HA 4E89A 5J2PA 4HUEA 5J2NA 3SCXA 3SYZA 1CZBA 5FRMA 3HJFA 1Y97A 3EYZA 3K58A 3P5JA 3NDKA 3LZJA 4FJHA 1TKXA 4CJWA 2FBVA 3V6DA 2HW3A 3RWUA 1VSFA 3AVMA 1KFSA 1BGXT 4LH5A 4CGDA 1BHLA 3DLBA 3IAYA 3CM6A 5C24A 4FLUA 1Q9YA 3SQ0A 5EU7A 1GOCA 1RT4A 1S9GA 2YNFA 4DFPA 4FK2A 3HL8A 1ASWA 1WSEA 3V4IA 3TANA 3S9HA 3C94A 2OZSA 3AO3A 3MXMA 5I3UA 1NK4A 1CXUA 5SWMA 2YHAA 2OPRA 4JLHA 3NF7A 1I39A 4H8KA 1A5WA 4K8ZA 4HCCA 3KLGA 1ITGA 1RTIA 4Z4IA 4M41A 4FJXA 4E7LA 4DQRA 1D9FA 3LPTA 4CHZA 3U6FA 3L2VA 5KRTA 4FZYA 2F8TA 1SL1A 4FXDA 3DRPA 2Y1IA 3PUFA 4CJ4A 4DTJA 2P5GA 3OS1A 4M3RA 1UAXA 2G8KA 1I3AA 2GUIA 1MU2A 1RT2A 4PA1A 4YFUA 5HRRA 1HJRA 1BI4A 1JKHA 1S1TA 4N5SA 4OGEA 4I9QA 4FJ9A 3ZSXA 1O1WA 4DLEA 1N6QA 3VA3A 2HVIA 1RBRA 3CFPA 1R0AA 3QLHA 2X6SA 4IG3A 3K57A 3ZSVA 4E7IA 4KFBA 4E1MA 1ASVA 1LAWA 1W9HA 4IBNA 4AHTA 1SKSA 4Q5VA 4B9VA 4RW4A 1WAFA 3KD5E 3KLHA 2BGGA 3T1AA 1S1WA 2KQ2A 4KTQA 3SV4A 3TR8A 4NCBA 4CFAA 3VQBA 4DWIA 3SJJA 4KKOA 4WE1A 2NUBA 1J54A 4OVLA 1KVAA 1S6PA 3DI6A 3KLEA 1HYSA 2D5RA 2YNHA 2KW4A 4DTXA 2IS3A 2IOCA 3MEDA 3DRRA 4IFVA 4KTZA 1SKWA 1CLQA 3I0RA 1A5VA 4Q0BA 5HBMA 3ZT3A 2D0CA 3KK1A 3MXJA 4AHVA 3HSTB 3AO1A 3QESA 2XY6A 4B08A 3V9UA 1W0HA 4AH9A 2OA8A 4FZZA 3T3FA 2VWJA 2P5OA 4F3TA 4O0IA 1UA1A 1C1CA 1JLAA 4BE0A 3DLHA 3C6TA 4CJFA 3VQ7A 3RR7A 3AVAA 4LD0A 4LH4A 4CESA 1D5AA 3NHGA 4DFKA 1TVRA 3VQCA 3NGIA 2HNZA 3ZSRA 4GVMA 4FM0A 1HNIA 2Q3SA 5DMRA 4OKKA 3RMCA 4DSKA 3TAGA 3NGZA 3TABA 2A1RA 3B6PA 2LSNA 3K59A 3CFOA 5HP1A 2YNGA 4OJRA 4FJGA 1LW0A 4FJMA 1EP4A 1S6QA 1BQMA 3EY1A 4FLXA 1FXXA 3DOLA 2O4GA 4FJJA 4RG8A 1NK8A 2HHVA 3D0PA 2ZQBA 1IKYA 4O44A 4DSLA 3RR8A 4RW8A 3M8SA 1TKTA 4CEDA 3L8BA 1L3VA 1RTJA 1YTAA 2YKNA 2ZD1A 1BIUA 4FZXC 1RNHA 4ID1A 3PO4A 3PX0A 4I2PA 3RRGA 1TK8A 2DY4A 4CGFA 1J5OA 2DTUA 2YV0X 3M8RA 1TAUA 4CEBA 2IC3A 3IRXA 3AVHA 3PV8A 3LPUA 3CYMA 3HYFA 3OYLA 4IKFA 3QEVA 2Y1JA 2G8UA 2JGUA 1RBSA 5DK5A 3RMBA 2HHUA 1U48A 4NCAA 3LP0A 4HTUA 2E6LA 4PQUA 3HXMA 3VQ8A 4G1QA 2G8WA 4M42A 1WNSA 1Q8IA 1JLFA 4H4OA 4CEEA 4KV8A 4CK2A 4C8OA 1IKVA 4LSNA 4OPJA 2B6AA 2X78A 3AVBA 3KK2A 4M3ZA 4B3OA 4HCBA 4DQIA 4BE1A 3LP2A 1RBVA 2GBZA 2ZE2A 4E7KA 1RTDA 2OPQA 4CEQA 4Z4EA 1LW2A 3S3OA 4I9LA 4C8LA 3ASMA 2B5JA 2IDOA 2X74A 1U49A 1JLQA 3V1OA 3VQ6A 3ZT2A 1RILA 4CJKA 4MQ3A 1X1PA 3MECA 1F21A 4JS4A 4DTUA 4KHQA 2XY7A 4UQGA 1SKRA 1ASUA 1NKBA 2QXFA 4AHRA 4CGJA 1RDCA 3OYMA 1Q9XA 1VSHA 2E6MA 2HNYA 1KVCA 1TKZA 1YVUA 3I8DA 3V1RA 3VQAA 4KPYA 2XY8A 1QS4A 3V9WA 5KI6A 3NAEA 5J2MA 4Z4GA 5KGXA 4W5RA 2VG7A 3PX4A 2I5JA 3DM2A 1NJYA 1RT3A 2OZMA 4CHQA 1XWLA 1T7PA 3OS2A 1EETA 1T03A 3VQQA 2G8IA 3WNHA 1GOAA 1VK0A 2XHBA 3OYGA 3L2WA 1KTQA 5FROA 1BQNA 3RMDA 4BACA 1QTMA 1J9AA 4CJ3A 3K5NA 2DFEA 1NOZA 1TKDA 2G8VA 3ALYA 3VQPA 1C1AA 3O3GA 4QAGA 4DSFA 3AVJA 2FBTA 2P51A 2YKMA 4CEAA 1RDAA 1NK5A 4DTPA 4CF9A 1YT3A 5HRPA 1HMVA 4FLYA 2OPSA 3M8QA 4CCHA 3ZSZA 1TL3A 1NJWA 1U4BA 4DU4A 1NK6A 1WLJA 2IGIA 4B9MA 1XI1A 4HHTA 3PY8A 4CJQA 4DSIA 4OLBA 1YTUA 4NYNA 1SUQA 3PX6A 3OJSA 3SQ1A 1VSMA 4F8RA 4ELUA 4ZTFA 3RTVA 3CG7A 1FKPA 3AO4A 3SUQA 4KI6A 2VG5A 4DTSA 4W5NA 5JS2A 3WNGA 3QNNA 3KKRA 4NCGA 1S1VA 4CGHA 2BANA 4FLZA 3V81A 1ZBUA 4CHNA 3P83D 1EX4A 4ELVA 2HHWA 2RF2A 4CK1A 3KLFA 4CJVA 3MAQA 4HVJA 3NF8A 3AVNA 3QIOA 4J2BA 4CFCA 4MFBA 3AVKA 4YNQA 1S1XA 4HUGA 1U47A 1T05A 3OYDA 5HRNA 1SL2A 3F9KA 3LANA 2PZSA 1RT7A 4J2AA 4CK3A 2W42A 3CM5A 4BDZA 2HB5A 1LAVA 3O4NA 2O4IA 3DOKA 1ZBHA 3OJUA 1TV6A 4Y1DA 5SZTA 1C0UA 4W5QA 3LAMA 3AVCA 3OYNA 3QEXA 2BDPA 4F3OA 3DRSA 4KHUA 1VSIA 3C6UA 4O4GA 1DTTA 1U45A 4E0DA 1A5XA 4M3TA 4KB0A 4CF1A 4M3XA 1LV5A 4F2SA 3PO5A 1C6VA 4O0JA 1NKEA 4I2QA 1NK0A 3TAPA 2RPIA 4M3WA 4M45A 4FLWA 1IG9A 4GW6A 4BWMA 2HHSA 1IO2A 4RW6A 4AHUA 4FW1A 3VQDA 1KLNA 2P1JA 4KAZA 2X6NA 3G0ZA 3LAKA 4Z0UA 4FK4A 3QO9A 4O55A 3OY9A 5CYQA 3P1GA 3VN5A 3ULDA 1VSLA 3HVRA 4IFYA 3CQ8A 2KFZA 4DTOA 2Z1GA 2OYQA 4C8NA 1JLBA 4ICLA 4BE2A 4FM1A 1WN7A 4DF4A 1KFDA 1S5JA 3LWMA 1TAQA 3AA2A 3V9XA 3JSMA 4CE9A 3FFIA 3AA3A 3AVGA 3NF9A 4IG0A 3DLKA 4FLVA 1X9MA 2KTQA 3QEIA 2JLEA 4FJ5A 5JS1A 4DTNA 1WSFA 3DMJA 4FK0A 3BGRA 3H08A 4FW2A 4E7JA 3OYAA 1JXEA 2ETJA 1CXQA 4PY5A 1BCOA 5I42A 4BDYA 4CEZA 4CIFA 3TAMA 4DFJA 1TK0A 1EXQA 2VWKA 3I0SA 3TAFA 4Z4FA 4B9NA 1KVBA 2YNIA 2QKKA 4CJTA 4DQSA 1D9DA 1Z26A 3LALA 1B9DA 5K14A 3VQ5A 3V9SA 4XIUA 5KGWA 1L3UA 3KD1E 3OYBA 1BIZA 3V1QA 1C0MA 1KCFA 4DFMA 3RMAA 4N41A 3E01A 3NF6A 3V9ZA 3LDSA 1WAJA 3LZIA 4DQPA 5D3GA 2HHQA 3NH0A 4E19A 1BI4B 3HVTA 2XO7A 1K6YA 1L3TA 3B6OA 1BISA 1HRHA 4CJPA 3L2UA 4DTRA 3ZT4A 4EP5A 3QEPA 2GV9A 3HP6A 1TL1A 4OGCA 4JRQA 4Z4CA 3KIOA 4CGIA 4KB1A 4ZTJA 3O4QA 4FJ7A 4CF0A 4FVMA 4CJSA 1VSDA 2A1SA 1XC9A 4CHOA 2QK9A 3G10A 4C8KA 4FJNA 3QIPA 4FLTA 4B9SA 1HQUA 1LWEA 3K5MA 3CFRA 2XY5A 4JRPA 3SPZA 5CYMA 3LWLA 2AJQA 3A2FA 2FC0A 2E4LA 2KZZA 1L3SA 1UWBA 4ZHRA 3WNEA 4FM2A 4CF8A 3TI0A 4LSLA 4DQQA 1ZBLA 4FJLA 3KJVA 3DYAA 3HO1A 4JS5A 4E7HA 3ZSQA 4N56A 5CY4A 1IH7A 1L5UA 1UOCA 1D8YA 2Z1IA 4CJUA 3MEEA 1B9FA 2YHBA 4NYFA 2PYJA 4LY7A 3DLRA 1JL1A 3SV3A 4H4MA 4EZ9A 2FBXA 3UIQA 4E1NA 1FK9A 3OYCA 2KZMA 2WONA 2WOMA 4GMJB 3HPOA 3HP9A 3QETA 3NFAA 4DTMA 4DMNA 3S3NA 4ID5A 3L3UA 3AVLA 2IAJA 5KRSA 4B9LA 1QE1A 1RCHA 4W5OA 3S3MA 1VRUA 1KLMA 4CEOA 5FDLA 3LP1A 3SNNA 3QEWA 4OLAA 3VQ4A 4CERA 1XHZA 2QKBA 1WSIA 3QINA 1JLGA 2EX3A 3O3FA 1T8EA 3TAEA 4FCYA 2G8FA 2G8HA 4DF8A 4L8RB 4CJ5A 1X9WA 4CJLA 1NJXA 3ITHA 3ZCMA 1RT1A 3AVIA 3ZSWA 3U3YA 1WSHA 1J53A 2DFFA 4RW9A 1DLOA 3ZT0A 1N5YA 3QNOA 2BE2A 3M8PA 3L2QA 4PUOA 1RBTA 1KRPA 3THVA 3D45A 1HNVA 1VSJA 5T7BA 3BDPA 4CJRA 4Y1CA 2B4JA 2R7YA 4EZ6A 1SV5A 4BDPA 1RDDA 4EP4A 4F4KA 2RKIA 2XRIA 2F8SA 3ZSOA 3OVNA 3AA5X 3HT3A 4B8AB 4KHSA 1RT5A 1BCMA 1GOBA 3SI6A 3NBPA 3OYEA 3K2PA 3SUNA 4B8CA 1RBUA 5C42A 3OYKA 3LP3A 3EZ5A 1G15A 2RN2A 4OPKA 4FJKA 1RDBA 4J2DA 1JL2A 3JYTA 1QSSA 1IKWA 2OPPA 3NH2A 1NOYA 1REVA 3NH1A 3AO5A 3SQ4A 4ELTA 1SL0A 1LWCA 1HYZA 1EKEA 3ZSYA 4CIGA 1HYVA 3HPGA 5HROA 2Z1HA 1DTQA 3SQ2A 3NCIA 3KKSA 4O5BA 4C8MA 3OYIA 3C95A 4DU3A 5HRSA 2ATQA 1FKOA 4KTWA 3TWHA 4AHSA 1WSJA 3AV9A 4CHYA 4CECA 5CZ1A 3TAQA 4N47A 2HMIA 1VSKA 3T19A 4B9TA 1BL3A 3NE6A 1JXBA 2HVHA 3KTQA 1TGOA 1IKXA 2EHGA 3HPHA 3NGYA 1X9SA 1QSYA 4DG1A 3K5OA 4M3UA 4W5TA 1Z25A 4QOZB 3IS9A 3F73A 4DSJA 2FBYA 1QQCA 3VQ9A 3SZ2A 4FJ8A 1HQEA 4N76A 3MEGA 1HPZA 4TSXA 3L3VA 4OKJA 4FYDA 3TARA 4M3YA 4DS5A 1QSLA 3K5LA 1JLCA 4KHYA 3OYFA 1WSGA 4FJIA 3HM9A 1RT6A 4DS4A 2VG6A 1RTHA 2HNDA 5FRNA 3OYJA 3DLGA 3KLIA 3VQEA 4CIEA 4R5PA 4KREA 4QCLA 1NK9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HUFA 1VQLN 5LMUK 5C25A 4IJNA 4B1ZA 2O8DB 5KQDA 2AA4A 4CBUA 2HBKA 1UA0A 1XHXA 3OYHA 4CFBA 2W40A 4XH1A 1J6ZA 5HLFA 2HHXA 1NMDA 1S1UA 3THYA 5JVGL 3G6EN 1V4SA 2ITGA 4WQ4A 4YOXA 1QHTA 2PFUA 3MXIA 2D0BA 2Z1JA 4HUEA 3HJFA 2HF4A 1CZBA 2E2QA 3K58A 1TKXA 3RWUA 1NNEA 3K9JA 4LH5A 3IMXA 3CJAA 4FLUA 1Q9YA 5BRDA 3CCJN 3CCMN 3EKSA 1BWFO 1WSEA 4LF4K 3S9HA 4B3SK 3UKUB 3EE8A 1VQKN 5SWMA 2YHAA 4K42A 4FWQA 3NF7A 3MWTA 4KH4A 4HCCA 4K8ZA 1ITGA 4Z4IA 1QQNA 3UKRB 3LPTA 3DXKB 4F9OA 1SL1A 2P5GA 5C2FA 1UAXA 4QS8A 1JKHA 4N5SA 4WFBL 4H0VB 1O1WA 4DLEA 5H1SQ 2HVIA 1ASVA 3CIPA 1WAFA 3KD5E 1YI2N 4KTQA 3SV4A 4CZIA 3KHYA 3D6RA 3DI6A 4DV4K 2IS3A 1CLQA 4IFVA 4KTZA 3TTCA 1ZXOA 3QFPA 4AHVA 3QESA 2XY6A 3V9UA 2P5OA 4O0IA 1UA1A 2QWQA 4NO7A 3VQ7A 1TVRA 2FF3B 3THXB 3JAMO 4XEIA 4BRHA 2CGKA 3CFOA 4JKBA 1EP4A 4NXNK 1S6QA 1ZBSA 4FLXA 3TSQA 4R79A 3M8SA 3L8BA 1L3VA 1YTAA 4WCEL 1BIUA 4ID1A 3PO4A 4OX9K 4CZFA 4BC5A 3EEQA 2IC3A 3LDQA 4CEBA 3AVHA 3WQUA 5C15A 5KPRA 2P9UA 4BRFA 1KAYA 5M1NA 4JKDA 2E6LA 3HXMA 3MX2A 4H0PA 5EY4A 3ZEUA 1C0FA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4HUF A;  1VQL N;  5LMU K;  5C25 A;  4IJN A;  4B1Z A;  2O8D B;  5KQD A;  2AA4 A;  4CBU A;  2HBK A;  1UA0 A;  1XHX A;  3OYH A;  4CFB A;  2W40 A;  4XH1 A;  1J6Z A;  5HLF A;  2HHX A;  1NMD A;  1S1U A;  3THY A;  5JVG L;  3G6E N;  1V4S A;  2ITG A;  4WQ4 A;  4YOX A;  1QHT A;  2PFU A;  3MXI A;  2D0B A;  2Z1J A;  4HUE A;  3HJF A;  2HF4 A;  1CZB A;  2E2Q A;  3K58 A;  1TKX A;  3RWU A;  1NNE A;  3K9J A;  4LH5 A;  3IMX A;  3CJA A;  4FLU A;  1Q9Y A;  5BRD A;  3CCJ N;  3CCM N;  3EKS A;  1BWF O;  1WSE A;  4LF4 K;  3S9H A;  4B3S K;  3UKU B;  3EE8 A;  1VQK N;  5SWM A;  2YHA A;  4K42 A;  4FWQ A;  3NF7 A;  3MWT A;  4KH4 A;  4HCC A;  4K8Z A;  1ITG A;  4Z4I A;  1QQN A;  3UKR B;  3LPT A;  3DXK B;  4F9O A;  1SL1 A;  2P5G A;  5C2F A;  1UAX A;  4QS8 A;  1JKH A;  4N5S A;  4WFB L;  4H0V B;  1O1W A;  4DLE A;  5H1S Q;  2HVI A;  1ASV A;  3CIP A;  1WAF A;  3KD5 E;  1YI2 N;  4KTQ A;  3SV4 A;  4CZI A;  3KHY A;  3D6R A;  3DI6 A;  4DV4 K;  2IS3 A;  1CLQ A;  4IFV A;  4KTZ A;  3TTC A;  1ZXO A;  3QFP A;  4AHV A;  3QES A;  2XY6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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