The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
136
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structure length |
136
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Chain Sequence |
SFSIYPPIPGQENSLRWAGKKFEEIPIAHIKASYNNTQIQVVSAAHQPLAHASCGTEGFRNAKKGTGIAAQTAGIAAAAKATGKGVTHVRVVVKGLGPGRLSAIKGLTMGGLEVISITDNTPIPHNGCRPRKARRL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Ribosome. The complete structure of the 55S mammalian mitochondrial ribosome.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
MITORIBOSOMAL 12S RRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
27
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| structure length |
136
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| sequence length |
136
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-02-20 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DV5 K; 4X64 K; 3T1H K; 4DR7 K; 4DV6 K; 4B3S K; 4YHH K; 2F4V K; 2UUA K; 4DR1 K; 1XMO K; 2UUC K; 4JI6 K; 4LF5 K; 4NXM K; 1XMQ K; 3J7A P; 4JI5 K; 4DV4 K; 4JYA K; 1HNX K; 4LFA K; 4LF7 K; 4LF6 K; 1FJG K; 4JI3 K; 4LFB K; 4DV2 K; 4CVN E; 4DUY K; 1IBL K; 5LL6 Z; 4DR5 K; 4JI7 K; 1HNW K; 4LF4 K; 1XNQ K; 2UXD K; 1N36 K; 4X66 K; 1I94 K; 4LF8 K; 5LMN K; 5IWA K; 4GKK K; 5BR8 K; 1HR0 K; 5AJ3 K; 2ZM6 K; 3J7Y P; 4DR6 K; 4GKJ K; 3J81 O; 2UUB K; 4DUZ K; 2VQF K; 1XNR K; 4OX9 K; 1IBM K; 2HHH K; 4V19 S; 5IT9 O; 4X62 K; 4DR3 K; 4DR4 K; 4NXN K; 1N33 K; 4JI2 K; 4LF9 K; 1J5E K; 3OTO K; 2UXC K; 4YY3 K; 1N32 K; 1HNZ K; 4DV0 K; 2UU9 K; 4B3M K; 4B3R K; 5FLX O; 3JAM O; 4JV5 K; 5A2Q O; 4X65 K; 4DV7 K; 2VQE K; 5LMU K; 2UXB K; 1N34 K; 4JI1 K; 4DV1 K; 4DR2 K; 4LFC K; 4B3T K; 4JI8 K; 4K0K K; 2E5L K; 4AQY K; 3J80 O; 4CW7 B; 3T1Y K; 4DV3 K; 4KHP K; 4JI0 K; 1IBK K; 4JI4 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4FWQ A; 3HK2 A; 5FRM A; 3D0P A; 4BRF A; 4M42 A; 1A5X A; 3A5M C; 3L3V A; 2XO7 A; 1RTD A; 3ZX3 A; 2KW4 A; 4CEB A; 3VQP A; 1Q9X A; 1XMO K; 3J7Z O; 1ZBL A; 4Z94 A; 3S3M A; 1X1P A; 1S1T A; 1S1X A; 4JI5 K; 3OYB A; 3DXK B; 4W5N A; 3LDL A; 4DQP A; 1EKE A; 3OYI A; 4BQL A; 2X74 A; 3ZT3 A; 3VQ9 A; 5HP1 A; 5AQL A; 3CG7 A; 4LF7 K; 3H1V X; 4PL7 A; 1E4F T; 5AQH A; 1ATN A; 1TAQ A; 3HM9 A; 4IJN A; 3SPY A; 3A0I X; 1IBL K; 4DR5 K; 3VQ7 A; 3MXM A; 1NK6 A; 2HBJ A; 1ESV A; 2CGL A; 3SMP A; 1NKC A; 1RBT A; 1KLM A; 3VQ5 A; 2GBZ A; 5F1X A; 3MCA B; 4BRP A; 2E2O A; 4N5S A; 1L3V A; 4B1Y B; 4FJN A; 3WT0 A; 4FM2 A; 3MEG A; 2FC0 A; 3DXM B; 3NF9 A; 3AVL A; 1TUU A; 1Q9Y A; 3UIQ A; 4BRE A; 3QEP A; 5CY4 A; 3G0Z A; 2QXF A; 2DY4 A; 3E9L A; 1TK8 A; 3ZSR A; 4DS4 A; 1VSJ A; 5E41 A; 4LF9 K; 5HRP A; 1GLJ O; 4FWN A; 3VGK A; 4LD0 A; 4G9Z A; 1X3N A; 2NRX A; 2P9I B; 1NJZ A; 2IS3 A; 3TAG A; 3CD6 N; 3CFR A; 4BR7 A; 3C7N A; 4JV5 K; 3DLB A; 1VQ4 N; 3HT3 A; 3JYT A; 1NKB A; 4CJR A; 1HQE A; 3RSE B; 3OS1 A; 3CM5 A; 2HHT A; 4DS5 A; 5AQK A; 3H1Q A; 4JK7 A; 2ZQB A; 4I2P A; 3TAB A; 3RR7 A; 4B1V A; 5M1O A; 1RBV A; 1X9J A; 3LDS A; 4LH5 A; 4A62 A; 4CHZ A; 5HRN A; 3LDO A; 2B4J A; 3HL8 A; 3B6O A; 2UUA K; 4J8F A; 1ZYQ A; 4O8U A; 2NZT A; 4YOW A; 3CC7 N; 4DB3 A; 4LSN A; 2YI1 A; 5AR0 A; 1TL1 A; 4BDY A; 3NHG A; 1TAU A; 3DLR A; 3KLH A; 4JYA K; 3THX A; 2YHX A; 3VQ8 A; 4BRQ A; 3HYF A; 4JD2 A; 5CZ2 A; 1YJW N; 2KQ2 A; 1KSP A; 1DEJ A; 1LW2 A; 2E4L A; 1WB9 A; 1VQN N; 3F9M A; 4H03 B; 3K5O A; 2ATQ A; 4W5Q A; 3OYA A; 3V4I A; 3K57 A; 4KTZ A; 3MDQ A; 4FJ9 A; 1YAG A; 2W40 A; 4GVM A; 4FL9 A; 2Q36 A; 3AVJ A; 3WEE A; 4DF8 A; 1N36 K; 1NM1 A; 2QEX N; 1WSI A; 2NRT A; 4DQR A; 1VRU A; 4CJF A; 3A2F A; 3G10 A; 3OW2 M; 4Y0W A; 5KPR A; 3DYA A; 1NJX A; 1QE1 A; 3BZK A; 3P4I A; 4FXD A; 5C25 A; 4PHT X; 1J6Z A; 3NFA A; 1NGB A; 5JS2 A; 3VA0 A; 1X3M A; 3AV9 A; 1LAV A; 4UQG A; 3U8X A; 4CF0 A; 3KHY A; 3LM9 A; 4YOV A; 4WE1 A; 3OYC A; 3LDN A; 3TI0 A; 1J5E K; 2HND A; 4M3U A; 4OPA A; 2QA4 N; 3NF7 A; 5E84 A; 3PIO L; 3CC4 N; 3I8D A; 1TYQ B; 3MWT A; 1V4S A; 5KPZ A; 4DTN A; 5MLC Q; 3SI6 A; 4I9Q A; 4JI1 K; 4DU4 A; 1SL0 A; 2HVI A; 3M5R A; 4H4O A; 1L3S A; 1HYZ A; 1GOB A; 2G8H A; 1RT6 A; 1ZBS A; 4K0K K; 4FJJ A; 5E26 A; 2CH5 A; 3U6F A; 2CGK A; 3ZSX A; 1WSJ A; 3K9J A; 4M41 A; 4FSV A; 4B9V A; 3O9R A; 1I39 A; 3K59 A; 4F4K A; 3SPZ A; 4KRE A; 2W6K A; 1Q7Y O; 2P9K A; 3ZT1 A; 3A5N C; 1OH5 A; 3BGR A; 1O1W A; 4GW6 A; 4JKH A; 4C23 A; 4KRF A; 5JLH A; 1MU2 A; 4FWM A; 1IKX A; 2GUI A; 3AA4 A; 3VOV A; 3FZF A; 4B9L A; 4F2R A; 1U4B A; 4CZL A; 2V7Z A; 2CGJ A; 4B9S A; 4JKD A; 4CVN E; 1D9D A; 1RT1 A; 3VEX A; 4BRI A; 3P39 A; 3V6D A; 1VSF A; 2QKB A; 1HNW K; 4OGE A; 1L3T A; 4LF4 K; 2QWQ A; 1SKS A; 2Q97 A; 1ATS A; 2YX6 A; 3BZC A; 4E1J A; 3HSC A; 4FWO A; 3TTC A; 1ITG A; 3SLC A; 5C2F A; 3T69 A; 2OTL N; 5JS1 A; 5AQX A; 4H5R A; 3MK6 A; 3SBG A; 1Z26 A; 2YNG A; 1G15 A; 2YKM A; 2HBK A; 4DUZ K; 3QDK A; 4E7J A; 4O5B A; 2G8W A; 1U2V B; 2IC3 A; 3VN5 A; 2GTD A; 1N5Y A; 2RPI A; 2NRZ A; 5M1P A; 3OY9 A; 3THY B; 3QML A; 4M45 A; 4OO1 J; 1ASU A; 1JXB A; 5HRR A; 4OPJ A; 4QAG A; 3ZLJ A; 4FWS A; 2ITM A; 1HPM A; 2ZJR L; 4ELU A; 3O5B A; 4FK4 A; 3QBX A; 2CH6 A; 4BC3 A; 3F5T A; 4BC4 A; 4WQ5 C; 3ASM A; 4L3Q A; 3AVI A; 2KHO A; 1JLG A; 4B3T K; 3CPW M; 3NGY A; 3O08 A; 4KH6 A; 3CCS N; 4R5P A; 2OPP A; 3SUP A; 1VQ9 N; 4KTQ A; 4BRC A; 4CEO A; 1VSL A; 2O8C B; 1OH7 A; 5GIO A; 5HRS A; 3ZSW A; 3OS0 A; 1IBK K; 5GIP A; 1F21 A; 3NDK A; 4DV6 K; 4B9M A; 3DAW A; 3T7Z A; 4Z0U A; 2UUC K; 4O8K A; 1NK5 A; 3K5M A; 3MEE A; 1BGX T; 1QTM A; 3CIP A; 4J2A A; 2FSN A; 1C0U A; 1EWQ A; 3SV4 A; 4LC9 B; 2QWN A; 5AFU H; 2QWM A; 4ZTF A; 4ISE A; 1QS4 A; 3BP8 A; 5J1E A; 1VQ8 N; 2X6S A; 1KFS A; 3C6A A; 1BCO A; 4O0I A; 1P90 A; 3IUC A; 4WFB L; 3WXM B; 3SZ2 A; 1RDD A; 2A1S A; 3VQB A; 3I0S A; 4CEQ A; 1HPZ A; 1O13 A; 4CJK A; 4N76 A; 2EX3 A; 1U45 A; 3NE6 A; 4JN4 A; 4CF2 A; 4DWI A; 3V9W A; 2P9P A; 4CHO A; 3EZW A; 4B1Z A; 2IIR A; 3J81 O; 2A1R A; 1VRT A; 5JLF A; 1BA1 A; 5ADX A; 2X6N A; 4M3T A; 1XNR K; 1U49 A; 4XH1 A; 4CFA A; 1CZ9 A; 4E1M A; 5BPL A; 2Q0U A; 3SQ0 A; 5HLF A; 3KVG A; 2NUB A; 4DTO A; 1HUX A; 4WFA L; 1RT2 A; 3O3H A; 1BL3 A; 5KRS A; 3CCQ N; 1K6Y A; 3QET A; 4BVP A; 3QIP A; 3DLL L; 3L6Q A; 1YIT N; 5C10 A; 4RCH A; 2E1Z A; 1NGD A; 3VQQ A; 1UAX A; 4CK3 A; 2D0A A; 3PUF A; 4A5A A; 3LZJ A; 3LWL A; 1WBD A; 2GEL A; 4CES A; 3OVN A; 3TR8 A; 4CZG A; 4E1N A; 3KLF A; 4AIL C; 4LH4 A; 3T1Y K; 5GAH P; 2G8V A; 4JAX A; 4F8R A; 1JCG A; 4DV3 K; 5C42 A; 4K8X A; 1HKG A; 3FZL A; 2X78 A; 4NCA A; 2O8B B; 4I6M A; 3EZ5 A; 4JKG B; 1ILY A; 1UWB A; 3MWP A; 3Q7B A; 2VGN A; 1MWK A; 1NGA A; 1YXQ A; 1XHZ A; 4XH4 A; 4LF5 K; 5AQN A; 5AQZ A; 1XI1 A; 4IG0 A; 2G8F A; 4DSE A; 3DLH A; 4BY9 C; 4M63 C; 4BR5 A; 3K58 A; 1GLD G; 4OJR A; 2JGU A; 5I9E B; 1XC3 A; 5FPE A; 1BWF O; 3F9K A; 4ILG B; 4CIE A; 2ZF5 O; 2ZJP L; 3ULE A; 3VEN A; 1GLA G; 3HP6 A; 2QI2 A; 4CGI A; 3C65 A; 4DSJ A; 3DOK A; 1KVA A; 5LY3 A; 2HHW A; 3FGU A; 4B3O A; 4IEI A; 3NAE A; 3ZSV A; 4BDP A; 2BE2 A; 3WQU A; 2XY7 A; 4ILH A; 5AQI A; 4B8C A; 4DU1 A; 3QNN A; 1LWE A; 2O4G A; 4NYN A; 4IZ9 A; 4B1U B; 1OKJ A; 5BR8 K; 1BI4 A; 5HRO A; 3AGR A; 4FM0 A; 3T3F A; 5C0Y A; 4Y1C A; 5M1F A; 4CHQ A; 5D3G A; 2DPN A; 3QIN A; 4ZTJ A; 4Z4H A; 2IDO A; 3QLH A; 4F9O A; 3TSQ A; 5AZI A; 3OYE A; 5AQJ A; 5AQM A; 4NYF A; 3K5N A; 2YCH A; 3PSI A; 3CJA A; 1NU0 A; 4EHT A; 3D2F B; 1KQS M; 3K0S A; 5M1Q A; 1KC8 O; 3ZYY X; 1YIJ N; 1HQU A; 2YJF A; 2UU9 K; 1NMN A; 4B3M K; 3HXM A; 2HMP A; 4HCC A; 5LJW A; 4YDU A; 1CZA N; 5AQO A; 1JL1 A; 4DV7 K; 1T3V A; 2F8S A; 5LMU K; 1LCU A; 3AY9 A; 1H1V A; 4W5T A; 4DV1 K; 1EWR A; 3TSU A; 4CZH A; 4FZZ A; 5TKW A; 3CMA N; 1BA0 A; 1YHQ N; 3EE8 A; 5DM6 L; 5JMV A; 4IOX A; 3OYM A; 4BC5 A; 2E6M A; 2G8K A; 1SQK A; 3TAQ A; 3U9D A; 3HJF A; 1WBB A; 4DKW A; 3AO2 A; 1RDC A; 4GNI A; 3MXI A; 3D2E A; 3HZ6 A; 2YKN A; 1WLJ A; 2NRV A; 3FFK B; 3MXJ A; 1JLQ A; 1LWF A; 4DR1 K; 3VQC A; 3SQ4 A; 4FWP A; 4B9Q A; 3CC2 N; 1YUW A; 1CXU A; 3MN7 A; 4NO7 A; 4FWK A; 3ZT2 A; 5ELZ A; 3U3G A; 4DSF A; 3HRG A; 2JLE A; 3NF6 A; 1TV6 A; 1LWC A; 5FPM A; 2A40 A; 4B9U A; 2AJQ A; 3WXJ A; 1K9M O; 3DXK A; 5BPN A; 3T19 A; 3TU5 A; 4DV2 K; 3NMU A; 3KKR A; 4A57 A; 5JVG L; 4MLH A; 5KTQ A; 1EP4 A; 1IG8 A; 5DM7 L; 5M1N A; 4JI7 K; 1KFD A; 3FZM A; 2P5G A; 4FJM A; 3ENB A; 1C1B A; 1DGK N; 4K41 A; 4RW7 A; 4KI6 A; 3L3U A; 3ULD A; 4Z4F A; 2QWR A; 4DU3 A; 4M3R A; 3PLA A; 4IO8 A; 4FJ5 A; 5AZJ B; 2YHB A; 4JKC A; 1T8E A; 3VQ6 A; 2QKK A; 3UKU B; 2WFB A; 4CJL A; 2PFU A; 5HBM A; 4EP5 A; 1C0M A; 4WQ4 A; 5IT9 O; 1S72 N; 2A41 A; 3HPG A; 4DR4 K; 1J53 A; 3RR8 A; 1HKC A; 3BF1 A; 5SZT A; 3AAQ A; 3LL3 A; 2Q31 A; 4EHU A; 4FLY A; 1BG3 A; 4BC2 A; 4RWT A; 4CEE A; 4DTR A; 3IAY A; 4DSI A; 3SQ2 A; 5T7B A; 3EKS A; 2I5J A; 1IH7 A; 4PY5 A; 1WSH A; 3BY5 A; 5I3U A; 1QZ6 A; 2P9I A; 4FZX C; 3AAR A; 1N34 K; 2Q0R A; 3HST B; 4H5N A; 4DTP A; 3WXK A; 3L2Q A; 3O1W A; 1W9H A; 3F73 A; 1GLL O; 4EFH A; 4DQ8 A; 2DFF A; 2KFN A; 1YTA A; 2W41 A; 3EY1 A; 4DHY A; 4AQY K; 4A5B A; 1NOY A; 4CW7 B; 4PA1 A; 4FJX A; 4M7Y A; 4BGB A; 4DV5 K; 4FWR A; 1VQL N; 3QFU A; 2F4V K; 1RTH A; 5KPT A; 4FJH A; 1WAF A; 1R59 O; 3BDP A; 4N41 A; 3J7A P; 4HHT A; 3L2R A; 3CCM N; 3RMB A; 4K8Z A; 2E8A A; 5HL7 L; 3FR0 A; 1K8A O; 4BWM A; 2HHQ A; 3CQ8 A; 4DLG A; 1B9D A; 5JIC A; 1S1V A; 3M8S A; 3V9U A; 1D5A A; 3EE9 A; 3KKS A; 4HVJ A; 3SAG A; 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