5AZIB

Crystal structure of glycerol kinase from trypanosoma brucei gambiense complexed with 4np
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
513
structure length
512
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Glycerol kinase of African human trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity that can be exploited to accelerate anti-trypanosomal drug design
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Trypanosoma brucei gambiense
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 176
structure length 512
sequence length 513
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
B PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziB01
2YI1A 3SLCA 4CZMA 4FO0A 3CJCA 1MDUB 4Y0WA 3KHYA 1Q18A 3O08A 4FPAA 4DHYA 4PL7A 2YJFA 5CE3A 1HLUA 3FE1A 1GLFO 1QZ5A 4K41A 2GWKA 3H3OB 4A62A 1XC3A 4NO7A 1LCUA 2E20A 1DGKN 1LOTB 1BA0A 5EOYA 1YVNA 4YDUC 1GLAG 1K8KA 3W3DA 3WXJA 4FWMA 3MDQA 2FSJA 1DEJA 2FSKA 3CI5A 4H5TA 3DXKB 5AQKA 2HF4A 2YHXA 3VEVA 1NBWA 5AQSA 2GUPA 1NGCA 3H3NO 1BA1A 1X3MA 3GG4A 2FSNA 3D7EO 2YCHA 1QQOA 3MN5A 3VEOA 4JD2A 3ZETA 3H46O 1NM1A 3FZMA 4FWPA 4J8FA 4BR9A 3WXLA 2FF6A 3VPZA 1XQSC 3IFRA 2BUPA 5AQNA 4BRAA 2E88A 5AQOA 2PBDA 5AZJB 1NGGA 3VGLA 3VF2A 2D0PA 1YAGA 3O5BA 4FWLA 3ZX0A 3SMSA 3LDPA 4EAHD 2W41A 2IVNA 4JHDB 4PKIA 3IUCA 3U4LA 3A5LC 4JAXA 2P9NA 1G99A 4EIAA 5AQQA 3CETA 4QS7A 2QWNA 4M7XA 2GTDA 3QBWA 5AQVA 4BRPA 2P9LA 4MLEA 1MWMA 3RSEA 1RFQA 2ASPA 4BR2A 1K8KB 2HF3A 3VESA 2GELA 4BRNA 4IZ9A 4ISFA 2HMPA 1NGDA 1U6ZA 2I7PA 5BN8A 3BF1A 2Q97A 3BF3A 5BRHA 3C7NB 3L0QA 3D2FA 3CJ7A 3ZETB 1BU6O 5ADXA 1NGEA 4H5NA 2A41A 3FZKA 4E1JA 4FSVA 5AQZA 4BROA 3AAPA 2ZF5O 2ASOA 4KBOA 2A40A 5F1XA 4K25A 4K43A 1KAYA 3WT0A 3WXIA 4FWNA 4B1ZA 1C0FA 3VEWA 4BR0A 3EL2A 2J4RA 3KZBA 5AFUA 1QQMA 2E2PA 4B1VA 4HTLA 3ZEUB 5BPNA 4BC3A 3ATVA 3S41A 5F2RA 4H0YB 3MMVA 2Q2RA 3H1VX 5AQPA 4LC9B 2CH6A 4CBUA 3DXMA 3HZ6A 2OANA 4CZGA 1GLBG 1TYQB 4ISGA 1NGAA 5AQYA 1ATSA 2QM1A 3WUHA 2GEMA 3O80A 4WQ5A 5AR0A 4BRDA 5TKYA 4GNIA 1HJOA 2AP1A 3CHWA 3D2FB 1HX1A 1KXPA 1S22A 3SK3A 3A8YA 3P4IA 5AQTA 4H0OA 5BN9A 4QS8A 3MN6A 1GLCG 4FWSA 1U2VA 2NZTA 4XEIA 2H3GX 3GE1A 3ZX2A 2E8AA 2VCPA 5AQHA 4JNEA 4CBXA 3UKRA 4O8KA 3UKUB 4RTFD 2QWPA 2I7NA 1TUYA 1BO5O 2P9IA 3QMLA 1SZ2A 3GL1A 2DPNA 5FPEA 3WEEB 3EZWA 2QWOA 2CGJA 3QFUA 1NWKA 4FPBA 4I6MA 2QWQA 4EHUA 1GLEG 2D4WA 4FWQA 1HKBA 2P9SB 3VGMA 2E2QA 2P9UA 3AAQA 4DB3A 5AQXA 5EXWA 5BREA 1NGFA 4BRHA 3HBTA 2VYPA 1RGIA 3EO3A 3FGUA 1S3XA 4BRIA 3ENOA 3U8XA 3QFPA 2FF3B 5ADXH 4A2AA 3SMPA 1SQKA 2YHWA 3FZHA 5AQGA 4BVOA 3FZLA 1E4GT 3GDQA 3CJ9A 1P8ZA 2A42A 3WQTA 2Q0RA 3TPQA 4IWVA 3J8AA 1JCGA 2W40A 1GLDG 5KPTA 2CGLA 3D2EA 4F9OA 3UKRB 5AFUH 3R8EA 4BC5A 4BRGA 4BRMA 3MK6A 4FOEA 3G25A 1V4SA 1YUWA 4I6MB 3VF6A 3CJ1A 1H1VA 1NMDA 3LM9A 3FFKB 2A3ZA 4PKGA 5E26A 2P9UB 2IIRA 2Q1NA 3HSCA 1JCEA 4Z94A 2D0OA 2QXLA 1KAXA 4JD2B 3VENA 4CZHA 2YJEA 5JMVA 1GLJO 4IXCA 2E2NA 2V51B 3LL3A 3QBXA 5AQIA 5JLHA 4IJAA 3CJBA 4BRLA 3F9MA 1ATRA 3BP8A 4CD3A 3IMXA 2P9PA 4BRFA 3DJCA 2NRHA 5AQRA 3H6EA 5F0XA 1ZC6A 3ID8A 4XH4A 1Z6RA 3D2EB 2E2OA 2D1KA 2P9NB 2P9KA 2QWRA 3VEYA 2P9LB 3QICA 4L3QA 4CZEA 1HUXA 2HOEA 5EX5A 3RSEB 3ULEA 1ZBSA 4WQ5C 3JS6A 2QWMA 1CZAN 1WOQA 3BUZB 5FPMA 4PL8A 3M1FA 4IJNA 4CZJA 4RCHA 5AQWA 1BWFO 3QDKA 2IVPA 3EKUA 1X3NA 4JN4A 1NGJA 2GWJA 1Y64A 4HWIA 3DXKA 3VF4A 3LDNA 4XH5A 4PKHA 2V7YA 5EVZA 3C0BA 5FPNA 3UE5A 2ZWHA 4WYBA 1YXQA 3W0LA 3FLCO 1JCFA 3EKSA 3LDOA 3VOVA 1J6ZA 4H5VA 4WQ4A 1RDWX 3MN9A 5AQFA 5JICA 2IVOA 1TUUA 4BRKA 1ZXOA 2F9TA 2P9KB 4GY2B 4H03B 4BRQA 5JLFA 5KQDA 5ELZA 5AZJA 3DAWA 4MLHA 3A5OC 5I9EB 1NGIA 3ULEB 3CIPA 3DXMB 3M3ZA 5LJVA 3VERA 1NLVA 1R59O 4M63C 4DQ8A 3EN9A 3CQYA 2V52B 2ZGYA 4JHDA 3HI0A 4AM7A 4BG8A 3VETA 4BVPA 3CERA 4BC2A 4BGBA 5EY4A 5AQUA 1GLLO 1HKGA 3TU5A 1BDGA 1XUPO 5KPZA 3VEXA 3WXKA 1NGBA 4B1YB 3A5MC 4M7YA 1SAZA 1IJJA 4K42A 2F9WA 4YDUA 4CBWA 1X9JA 3HM8A 4H5RA 1U2VB 1V4TA 3C7NA 2A6AA 3M6GA 3CQXA 3O8MA 4AM6A 3VEZA 4BGAA 4BQLA 5BRDA 1QHAA 4BREA 2ZGZA 3I33A 2NLXA 3OHRA 3I8BA 5AQMA 4FWRA 1QZ6A 2P9IB 3A5NC 3GOIA 2QW9A 2VWBA 4EFHA 4B9QA 4CJ7A 2Q36A 3A0IX 4MO5A 3O1WA 2CH5A 5BRFA 1T6DA 1KAZA 4FWKA 3L6QA 1DKGD 3AARA 2YHYA 2UYTA 2ASMA 3ZEUA 2E1ZA 3QB0A 3H1QA 3JXUA 4C23A 1WUAA 4CI6A 1EQYA 5BR9A 2EWSA 5AQJA 4RWTA 1D4XA 3CJAA 3IDHA 1BUPA 4A61A 1TYQA 2PAVA 4XH1A 3DWLA 1C0GA 4FOIA 2ITMA 1ESVA 3ENHA 3VGKA 2A5XA 4MO4A 1HPMA 4B1XB 4B1WB 1BG3A 3O4WA 5AZIA 2WUSA 1E4FT 2FXUA 3AY9A 3U9DA 3FZFA 4CZIA 4DCHA 2FLOA 4NB4A 2QWLA 3L4IA 4A2BA 4BQZA 3R6MA 4H0TB 3ATUA 5AQLA 4BR5A 3MCPA 4BR4A 4BG9A 5BPMA 5B8HA 3MN7A 5KQ8A 2BTFA 3KVGA 2AA4A 3HTVA 3UKUA 1T6CA 2KHOA 3SJHA 3LDLA 4H0VB 4IO8A 4B1UB 4CZLA 4BRCA 2V7ZA 3UB5A 5BPLA 3BEXA 3WEEA 4QS9A 1NGHA 5KPRA 4CZKA 1BOTO 3O1BA 2E1YA 4ISEA 4CZFA 3WQUA 2Q0UA 1HKCA 5FPDA 3O6WA 2P9SA 4FWOA 3LDQA 3R9PA 1IG8A 1OKJA 4WQ4C 3U9ZA 3LM2A 3FR0A 4H0PA 2P9PB 2CGKA 5E84A 4BC4A 4EHTA 3B8AX 4FL9A 5LJWA 2Q31A 4O5FA 3GBTA 1QQNA 5AZIB 3H45C 1T44A 1ATNA 5LY3A 4CD1A 3ZX3A 1MWKA 1MA9B 4H0XB 4H5WA 1Z05A 4BR7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YI1A 4FK0A 3CJCA 3CPWM 5HOOA 3CC4N 2O8EB 1RDUA 3KHYA 3WNFA 3O08A 2VQEK 4FPAA 4GV3A 1KVAA 3VQ7A 5CE3A 3FE1A 1NK4A 1GLFO 1TKDA 1FKOA 1HPZA 1QZ5A 2GWKA 3N4PA 3NBPA 4A62A 4JI0K 4NO7A 1LCUA 3P31A 1LOTB 1BA0A 1RT2A 1YT3A 4OKJA 5EOYA 3SAHA 4IG0A 4BY9C 1TAQA 1VRTA 2OZMA 2FSJA 5AQKA 2HF4A 1WSJA 4G1QA 2X6NA 5HP1A 3CC7N 1BA1A 5EU7A 3VEOA 3D7EO 4DLEA 3MN5A 4JD2A 3ZETA 4FYDA 3FZMA 3K57A 4JKCA 1VSMA 4DU3A 3WXLA 3EEQA 3K2PA 2G8FA 2HHHK 1N36K 4DSJA 2E88A 2UUAK 2HHXA 1HR0K 3AA2A 4FWLA 1NJZA 4QCLA 4JAXA 4EIAA 5KGXA 4CEAA 4QS7A 2QWNA 1TGOA 4MLEA 4W5NA 3B6OA 2FC0A 1K8KB 2HF3A 5GAEP 1VSKA 3K0SA 4B9MA 4BRNA 4IZ9A 4KTWA 1XHZA 4KHNA 2HVIA 1NGDA 4CFBA 4DWIA 2UU9K 3AO2A 5BRHA 3C7NB 3PIPL 5IT9O 3CYMA 3HM9A 3FZKA 5C25A 2O4IA 4KBOA 2PFUA 1RDDA 3NF6A 4Y1CA 4KH6A 4K43A 1SV5A 3WXIA 1FK9A 2QEXN 1Q8IA 4B1ZA 3CM5A 1RT3A 4M3TA 1S6PA 3EL2A 2VG5A 3KZBA 3OYIA 5DM7L 5AFUA 1VSHA 5BPNA 2YNHA 1KC8O 4AF1A 2GBZA 4JKDA 4H0YB 3VQAA 4KB1A 5AQPA 4FJGA 3Q7CA 4LC9B 4I9LA 2OANA 1RCHA 1NMNA 3T1HK 1NGAA 1ATSA 2GEMA 4WQ5A 5AR0A 1XC9A 4GNIA 2AP1A 3CHWA 3NCIA 3D2FB 3PX4A 3LZJA 4E7IA 4C8OA 3VQ8A 1KXPA 1S22A 3SV4A 4H0OA 4Z4CA 4B9UA 3JSMA 3P39A 4WFNL 1NKEA 1U2VA 2P5GA 3O9SA 1NK6A 5D3GA 4ILGB 1NKCA 3ZX2A 2E8AA 4X64K 4R79A 4YORA 4B9TA 4JKFA 4DV2K 1N32K 2GV9A 3F5TA 3MECA 2I7NA 3HVRA 2P9IA 1Z25A 5E41A 1BCOA 2HMIA 4I6MA 4DV5K 1BHLA 2P9SB 1JLBA 4CCHA 1S1UA 4DB3A 3V1RA 1CLQA 1T8EA 1NGFA 4BRHA 4FCYA 1RGIA 3FGUA 3ZT0A 4BRIA 4IOCL 3U8XA 4OGCA 3QFPA 2YHWA 1N34K 1E4GT 3GDQA 1TK0A 1BIUA 2KZZA 4HUGA 4Y1DA 4IWVA 1WNSA 2G8KA 4C8KA 2F8TA 1JCGA 3PY8A 1GLDG 2CGLA 3D2EA 3CF5L 3S3MA 3L3VA 3UKRB 3HP9A 4OVLA 5AFUH 3C6TA 4BRGA 3ZSVA 1W97L 1N8RO 4F2RA 3O3FA 5AJ3K 1VQ6N 4C8LA 1T7PA 3M8SA 3BZCA 2A3ZA 5HRRA 3ULDA 4WCEL 3HSCA 4R5PA 3ZT4A 1Y97A 4FW2A 4Q5VA 2DY4A 2KW4A 4PY5A 1JLQA 2YJEA 2O8FA 2OPQA 4CK1A 2UXCK 2VWKA 3CJBA 4CD3A 1KFDA 4BRFA 4DR3K 1IKWA 3DJCA 3HL8A 3RR8A 3O3GA 1O13A 2NRTA 5M1FA 2ZJQL 3TR8A 3NF9A 4YHHK 1T03A 3TAMA 5F0XA 5KRTA 3MEEA 2D1KA 4ILHA 4OKKA 4GW6A 2O8CA 3MXJA 3DLGA 1HYZA 4CK2A 1HUXA 3TABA 3C65A 2O8EA 1ZBSA 1JKHA 2P1JA 3KD5E 3BUZB 5FPMA 2BGGA 2QA4N 4PL8A 2OPRA 1RBSA 1X9WA 3DLEA 3OTOK 2B6AA 3EKUA 5HRPA 3QEIA 3L3UA 3NGIA 3MCAB 4NCBA 1X3NA 2GWJA 1HYSA 4DFPA 1Y64A 5M1OA 4HWIA 3VF4A 3VTIA 3LDNA 1C1CA 4XH5A 2V7YA 5EVZA 4ELUA 3JAMO 4WYBA 1YXQA 3W0LA 3FLCO 4DQSA 4IBNA 1JCFA 2VG6A 3VQDA 1J6ZA 4BWJA 5GAGP 4BRKA 3V81A 3O9QA 1YIJN 1VQKN 1S9GA 4BRQA 3VQ6A 5ELZA 4DV0K 2RKIA 4LD0A 3DOLA 1S1XA 3QETA 3CIPA 5FROA 3VERA 2X74A 3NGYA 3CQYA 2EX3A 4H4MA 4AM7A 3HI0A 5HLFA 1WB9A 1A5WA 5GIPA 1I94K 1EXQA 1HJRA 1DLOA 1GLLO 1GOCA 1BDGA 3MX5A 3VEXA 3WXKA 4B1YB 4M7YA 4K42A 4DTUA 3SAFA 5CZ1A 4CVNE 2YNIA 4LSNA 3C7NA 3O8MA 3VQEA 3CQXA 4AM6A 3OYJA 3VEZA 4HUFA 3V4IA 4DR6K 1VAZA 2ZGZA 3I33A 3TTDA 4JI6K 1OH5A 1EO1A 3NMUA 3DRSA 2QW9A 4O0JA 4EFHA 4B9QA 2RF2A 4CEDA 3P83D 3A0IX 4FZXC 4HUEA 3MXMA 4B3TK 5BRFA 3OBWA 4F3OA 1F21A 4AHCA 4FM1A 3AARA 2YHYA 3ID6A 3M5RA 2UYTA 2ASMA 3VQPA 4AHRA 4F2SA 2E1ZA 3QB0A 3H1QA 4C23A 4KHPK 5BR9A 5LMNK 3RMCA 4MDAA 5AQJA 3PX0A 3VQ9A 1VQNN 1J5EK 3RVCA 3M8PA 3AGRA 1L3TA 4FOIA 3SUQA 1LAVA 4YOUA 1YVUA 3D45A 3HXMA 1L3SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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