5AZIB

Crystal structure of glycerol kinase from trypanosoma brucei gambiense complexed with 4np
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
513
structure length
512
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Glycerol kinase of African human trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity that can be exploited to accelerate anti-trypanosomal drug design
rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Trypanosoma brucei gambiense
total genus 176
structure length 512
sequence length 513
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
B PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziB01
3ID8A 2J4RA 3LDLA 4EIAA 3DXKB 4BC4A 4EHTA 3ENOA 1NGDA 3FZHA 1TUUA 4MLHA 1RDWX 3H46O 4F9OA 4B1VA 3CJAA 3FFKB 4Y0WA 4LC9B 4NO7A 5AQSA 4EFHA 3DXKA 3A5LC 1DKGD 2CH5A 2HF3A 5BN8A 4JAXA 5AFUH 5FPEA 1YUWA 3I33A 3QBXA 3VF6A 3CI5A 3FZLA 4KBOA 2CH6A 2W40A 3TU5A 4MO4A 3HZ6A 4ISEA 3WUHA 3LDPA 4MO5A 1MA9B 3H1VX 3MN6A 1XC3A 5AQMA 3UE5A 4QS7A 2IVNA 1SAZA 2GELA 4YDUC 3CJCA 3R9PA 4EAHD 5CE3A 1X9JA 4BR2A 5AQWA 1NGCA 1SQKA 5AQIA 3IFRA 1OKJA 5AZJB 3CJBA 4DCHA 3VEVA 1BUPA 1NWKA 5F2RA 3D2EA 3J8AA 2WUSA 2E1YA 2VCPA 4FWNA 4AM6A 1TUYA 4RWTA 5AZJA 5AQHA 3CJ7A 4BR9A 3U4LA 5EOYA 1BA0A 4FL9A 3L6QA 3FZMA 3CERA 3WXJA 3U9ZA 4M7YA 1ATNA 3O6WA 4NB4A 5LY3A 4K42A 2CGJA 3VESA 4BRLA 3FZKA 3LDQA 4A2BA 5BREA 4WQ5C 5BRHA 1YVNA 1GLCG 3AAQA 2A40A 1Z05A 3DAWA 4BC2A 1IJJA 1NLVA 2NRHA 5I9EB 2ZGZA 3KHYA 3M1FA 3AY9A 5AQXA 3VEYA 4XEIA 3HTVA 4BRMA 2BUPA 1K8KA 3A0IX 3EKSA 3ENHA 2HMPA 3VEWA 4CZMA 3H1QA 5F0XA 2QW9A 3VEZA 3IMXA 3W0LA 1T6DA 3FE1A 5AQPA 4ISFA 2AA4A 1ZXOA 4BVOA 3O5BA 1G99A 2QWOA 4FWKA 2GTDA 3CQYA 1BG3A 2FF6A 2P9NB 4GNIA 2FSNA 1SZ2A 2OANA 3B8AX 1KAZA 1NGGA 4IZ9A 3EL2A 2P9NA 5AQTA 4WQ4A 5AQJA 2ITMA 4H5WA 2P9UB 2P9IB 3GBTA 3SK3A 3H45C 4HWIA 4BC5A 1NM1A 4BR5A 4FWLA 2E88A 3H6EA 1HX1A 3L0QA 1X3MA 2P9UA 2P9IA 5AQOA 2ASOA 4CI6A 1C0FA 4FSVA 1BA1A 2NLXA 1BU6O 2P9SA 1EQYA 3WXIA 4BC3A 3O8MA 5EXWA 2V7YA 3R6MA 1NGFA 2Q1NA 2QM1A 2QWPA 5KPRA 5AFUA 3GL1A 1NBWA 3BEXA 2V7ZA 3D2FB 4DHYA 4CZEA 2PAVA 2PBDA 1QHAA 1V4SA 3IUCA 1P8ZA 3MN7A 3D2FA 1S3XA 5FPDA 2A5XA 4BRDA 4CBUA 2UYTA 3SMSA 3C0BA 3EO3A 4FO0A 5AQFA 2I7NA 3S41A 5B8HA 2FSJA 1XUPO 1D4XA 4Z94A 1BWFO 2ZWHA 4B1XB 5AQKA 5BPNA 3CIPA 2F9TA 4BRNA 4IXCA 1QQMA 1ATSA 3O1BA 3VEOA 2Q0RA 4BRGA 1WUAA 5FPMA 3UB5A 3ZEUB 3D2EB 4FWOA 2YJFA 4M7XA 2I7PA 3BF3A 1JCGA 2QWNA 1C0GA 3MN5A 2CGKA 3RSEA 4B1WB 3ZEUA 3VGLA 1QQOA 5FPNA 3LDNA 4BQLA 3HI0A 1GLAG 3MK6A 4CZHA 5ADXA 1ESVA 3EZWA 2HOEA 4JN4A 3WXLA 4B1ZA 3O4WA 4BG9A 3DXMA 2KHOA 3O80A 1XQSC 4H03B 3WXKA 4JD2B 5KPZA 2A6AA 3CETA 3FZFA 1DEJA 1HKGA 3QDKA 3ZX2A 2D0PA 3C7NB 5BPLA 3GG4A 4JD2A 5ELZA 4CZFA 1K8KB 3DJCA 3JS6A 1IG8A 2H3GX 4H0XB 3C7NA 4A2AA 4QS8A 2D0OA 2QWMA 5JLFA 5BRFA 1NGEA 1ATRA 1HLUA 3CJ9A 4RCHA 1MWMA 3A8YA 4IJNA 4BRIA 4GY2B 4FWSA 3GDQA 3EN9A 4CZIA 5AZIB 3H3OB 4H0YB 4JHDA 1QZ5A 1KAYA 4WQ4C 4A62A 2HF4A 3SLCA 4I6MA 4HTLA 3VETA 3SJHA 3ATUA 4MLEA 5BPMA 2YHXA 4BRKA 3F9MA 1MDUB 5AZIA 1LOTB 3LL3A 1HKBA 4BR0A 2YJEA 3TPQA 3AARA 1GLFO 4H5NA 4BROA 5AQRA 2Q31A 3CJ1A 4WQ5A 4BG8A 2ASMA 4BREA 4IO8A 3VOVA 5AQNA 3ATVA 1CZAN 4FWMA 1QZ6A 1T44A 3BP8A 5BN9A 1GLEG 1NGJA 5AQYA 3MDQA 2P9SB 1E4FT 1GLJO 2D4WA 1U6ZA 3HM8A 4BRHA 5E84A 4O8KA 2V52B 3H3NO 3LDOA 3UKRA 4PL7A 1S22A 3WQUA 2E2QA 2E20A 1Q18A 1NGIA 5JICA 1GLBG 1DGKN 5AQGA 4CZJA 3LM2A 2VWBA 2YI1A 3ZX3A 2CGLA 4H5TA 1KAXA 4BRAA 1KXPA 5E26A 3GOIA 3MN9A 4PL8A 2Q36A 1J6ZA 4FOEA 4BGAA 3KVGA 3IDHA 2A42A 1RFQA 3CQXA 4K43A 5AQZA 2E2PA 3GE1A 3FLCO 1V4TA 1HKCA 4BRCA 2P9KB 4H5RA 4H0VB 4CD1A 2Q0UA 4BR4A 1MWKA 3QFPA 1TYQA 4BRQA 4XH1A 3AAPA 3QICA 1RGIA 2P9KA 3RSEB 2P9LB 4PKGA 5KQDA 2YCHA 1Z6RA 3I8BA 4DB3A 4H5VA 1R59O 3EKUA 1GLLO 4EHUA 4XH4A 3W3DA 2P9LA 2GUPA 3KZBA 1X3NA 3QB0A 3ULEB 3QFUA 3DXMB 2ZF5O 4WYBA 4A61A 2YHYA 3VF4A 4FPAA 4CD3A 4DQ8A 3ULEA 3MCPA 3HBTA 3A5OC 2A41A 4FPBA 1BO5O 1NGAA 2EWSA 4IWVA 3FGUA 2FF3B 2QWQA 2ASPA 3CHWA 5AQVA 5TKYA 3SMPA 3FR0A 4C23A 1LCUA 5AQUA 3QMLA 5AQQA 1ZBSA 3HSCA 4B1YB 2QWRA 5EX5A 1WOQA 5AR0A 4E1JA 3LM9A 1JCFA 2IVPA 4RTFD 4B1UB 3WEEB 4BRPA 4YDUA 2QWLA 4M63C 5EVZA 3MMVA 4JHDB 4K25A 3U8XA 5F1XA 5BRDA 3U9DA 4I6MB 3WEEA 5KQ8A 5ADXH 1H1VA 1HUXA 3VENA 3VPZA 5KPTA 2GWKA 2IVOA 2Q97A 2YHWA 4CBXA 5LJVA 3M6GA 3G25A 2FSKA 1NMDA 5JMVA 2GEMA 4BVPA 4L3QA 4QS9A 3WQTA 1NGBA 2FXUA 4CZLA 4FWQA 5BR9A 2GWJA 1U2VB 4FOIA 2P9PB 4J8FA 2QXLA 4CZKA 1JCEA 2V51B 2Q2RA 1YXQA 1T6CA 3O1WA 3OHRA 3R8EA 1YAGA 1QQNA 2BTFA 2D1KA 3ZX0A 3WT0A 1ZC6A 1U2VA 4O5FA 4H0TB 2P9PA 4H0PA 4PKHA 3UKRB 4ISGA 4BRFA 4CJ7A 3BUZB 2A3ZA 4CZGA 2NZTA 2ZGYA 1E4GT 4PKIA 2E8AA 4H0OA 2AP1A 3M3ZA 3VERA 5AQLA 5EY4A 4FWRA 3D7EO 2E2NA 3VF2A 1BDGA 2IIRA 4AM7A 3O08A 3VEXA 3VGKA 3ZETB 4FWPA 1HJOA 2VYPA 5JLHA 5LJWA 3A5NC 1GLDG 4JNEA 4XH5A 2E2OA 3UKUB 2F9WA 3JXUA 4K41A 2E1ZA 3ZETA 4IJAA 4CBWA 3L4IA 1HPMA 2FLOA 2DPNA 4B9QA 3VGMA 3P4IA 3DWLA 1NGHA 1TYQB 3QBWA 3UKUA 3BF1A 1BOTO 4BR7A 4BQZA 3A5MC 2W41A 4BGBA 1Y64A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WFAL 3ID8A 3LDLA 4N5SA 2RKIA 3H08A 4BC4A 4EHTA 3EEQA 1TUUA 4B9LA 1I39A 4DSEA 3A5LC 3OS1A 4GVEA 5FPEA 5AFUH 1YUWA 4DR5K 4RW6A 1VQON 1K73O 1GOAA 3CI5A 1ZYQA 1SL1A 3BDPA 3VQ6A 1YITN 3SUNA 3OJSA 4MDAA 1NU0A 1RDAA 3TU5A 4DSFA 4MO4A 4X62K 3WUHA 3LDPA 3SUPA 4UY8O 4IOAL 3V9UA 1KFDA 2IS3A 5CE3A 3BY5A 2PYJA 2X78A 1NGCA 3CJBA 1REVA 4DCHA 3J81O 1NWKA 5F2RA 4AM6A 1DLOA 4RWTA 4DG1A 1NKCA 5AQHA 4BR9A 3U4LA 4DTXA 3PO5A 4IO9L 4GKKK 3CERA 3HM9A 3U9ZA 2IOCA 4FJGA 1F21A 3QESA 3HVTA 3DLBA 3AVGA 4DTOA 1NJYA 3D45A 1HQEA 1YVNA 3AAQA 5C42A 4DV5K 1NK4A 2P51A 2NRHA 1GOCA 4QAGA 2JWKA 2ZGZA 3BZKA 4OPJA 4BE1A 3M1FA 1HYSA 3AY9A 1K6YA 2D0AA 3Q7BA 4XEIA 5BR8K 1Q86O 1UA1A 1C0UA 5FDLA 3DOKA 4BE2A 3VEWA 5TKWA 3H1QA 4CZMA 3P31A 2IC3A 1RBTA 1T6DA 2HB5A 5AQPA 2KZMA 1U45A 1ZXOA 3WNHA 3O5BA 1JJ2M 1G99A 2QWOA 3NGIA 2KFNA 2FBXA 4FZXC 3MCAB 4H4OA 3KLFA 3VQ7A 3LANA 4OKKA 3T69A 2YHAA 5AQTA 5AQJA 3RR7A 4KHSA 2P9UB 3GBTA 4DR7K 2GUIA 1RBSA 1N36K 4B08A 4HWIA 4B9MA 2P5GA 4BDZA 2HBLA 1NM1A 1SUQA 3SAFA 4JKBA 4F2SA 2P9IA 3K59A 4FLZA 2BANA 5AQOA 4FZZA 3MX2A 2XY5A 5GADP 2HHXA 3WXIA 4Z4HA 2V7YA 1WBDA 2QM1A 2QWPA 5KPRA 5FRNA 2VG7A 4KHQA 1VSMA 4B9NA 1QHAA 2FBVA 3MN7A 1L3VA 1B9FA 4LF9K 3HVRA 4DV7K 3SMSA 2YKMA 3AVNA 4O0JA 4EZ9A 1NJIO 5CY4A 1XUPO 5C2DA 1UAXA 2ZWHA 4KFBA 5AQKA 2UU9K 1EKEA 2HW3A 4CGHA 4IXCA 3AO3A 3IAYA 4OGCA 2Q0RA 1WUAA 5FPMA 3ZEUB 3MAQA 4GV9A 3OYIA 3BF3A 4DF8A 2F8SA 2QEXN 1RBUA 4KREA 2CGKA 3AVJA 4JKFA 3EE9A 3HI0A 3AO2A 3D6RA 4CGGA 1BHLA 2KZZA 3FFIA 4JKEA 4C1NK 4CHYA 1SKRA 5ADXA 1HNZK 4CJEA 4JN4A 2HOEA 5JS1A 4B1ZA 4BG9A 1KC8O 4H03B 4JD2B 3J7AP 4CHPA 4FLWA 1U47A 4B9UA 3KKRA 1KFSA 1JL1A 2D0PA 3OBYA 3S3MA 1EO1A 2NUBA 3QNNA 3RR8A 4A2AA 3DOLA 4GVMA 3CPEA 4CJSA 1LW0A 5M1KA 3BZCA 3CM5A 4DUZK 3AO1A 3C6HA 1TK0A 4BRIA 3THXB 5SWMA 3SAHA 4FJ5A 5AZIB 4WQ4C 3PO4A 5KI6A 4DUYK 3NGZA 4B8AB 3NF8A 1NNEA 3K0SA 4DU4A 1LOTB 2HVIA 3LL3A 5GINA 2YJEA 3ZSOA 4I7FA 4DFJA 1YTUA 1GLFO 2Q31A 3CJ1A 4WQ5A 4F3TA 5AQNA 4OGEA 4CJPA 5D3GA 3M8QA 1T44A 3MDQA 4JS4A 4NYNA 1GLJO 3HM8A 1U6ZA 2D5RA 4B8CA 4O8KA 1EETA 1VSHA 1S22A 2NRWA 3V1OA 4I9QA 3B6OA 4CK2A 3E9LA 2QA4N 3VQPA 5HROA 4CZJA 3VTIA 1HYZA 3ZX3A 2JLEA 4H5TA 3TAFA 5E26A 3MN9A 4C8NA 2HHSA 1NK9A 1D9FA 2UXBK 4DQPA 4BGAA 2G8IA 1WLJA 3IDHA 3M5RA 1L3TA 5J2PA 3V4IA 4A5AA 3V9WA 3L2UA 3PX6A 4OPHA 3GE1A 3KLEA 2HSTA 3ASMA 1V4TA 4BWJA 1HKCA 1WN7A 2DY4A 4BRQA 4KB1A 4H4MA 1TL3A 3HXMA 3F73A 4H5VA 3CCUN 2D0CA 1GLLO 4XH4A 2GUPA 3QFUA 4YHHK 2ZF5O 4IOXA 1BIZA 3KLGA 3VF4A 2BE2A 4CEEA 4JI4K 4CFCA 4ZTFA 2F7TA 3K5LA 4NCBA 4CERA 1YHQN 3G0ZA 1A5XA 2GX9A 4CEOA 1Q9YA 4KO0A 4PWDA 3JAMO 2A41A 3OBWA 2E5LK 3NVKA 1EXQA 4E7IA 4N47A 5AQVA 5TKYA 1KVAA 3FR0A 5HBMA 1N32K 4C23A 3ZT3A 4E1JA 1O13A 1K9MO 4B1UB 4KB0A 3NH1A 2QWLA 4K25A 3WEEA 4Y1DA 2Q97A 4YOVA 4PY5A 1BGXT 1NMDA 3HJFA 2NRXA 5JMVA 1VQMN 3WNGA 1WBBA 2FXUA 5BR9A 4FOIA 1ZBFA 2P9PB 4CZKA 1JCEA 2Q2RA 1T6CA 4CJVA 1VSKA 3V81A 3QINA 3ZX0A 4O5FA 2UXCK 1FXXA 3VQAA 3BUZB 3O4QA 1J5EK 2ZGYA 1HNXK 4JS5A 4NCGA 4LF5K 3ZYYX 1QSSA 3V1RA 5EY4A 1VSEA 4DTUA 3TI0A 2E2NA 3VF2A 1BDGA 4AM7A 3O08A 1IKVA 4DR4K 3KTQA 4FWPA 2VYPA 1Q81O 1U4BA 2HHVA 4C8LA 3WXMB 3QLHA 3D0PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2GWK A;  2IVO A;  2YHW A;  4I9L A;  2Y1J A;  1SKS A;  1HPZ A;  4B3T K;  4W5T A;  4BVP A;  3ENB A;  2VQF K;  4L3Q A;  2A1R A;  1D8Y A;  1OVQ A;  1HNV A;  3SV4 A;  2V51 B;  1GOB A;  3CCS N;  4Z4F A;  3R8E A;  3OVN A;  3KIO A;  3WT0 A;  3AVH A;  1U2V A;  4H0T B;  4H0P A;  4PKH A;  3SPZ A;  4JKA A;  2IDO A;  2A3Z A;  3RMB A;  2NZT A;  5KRT A;  3DMJ A;  1E4G T;  4PKI A;  4CHO A;  2RPI A;  1WB9 A;  2OZS A;  4KHP K;  4FJ8 A;  4HUG A;  4FWR A;  3D7E O;  1KD1 O;  1UA0 A;  3TAN A;  1TVR A;  4ELT A;  2EHG A;  2IIR A;  1WAJ A;  3DM2 A;  4ILG B;  3VEX A;  1NJZ A;  4GMJ B;  3R3L A;  3HO1 A;  3AVA A;  1Q82 O;  4EP4 A;  1CZ9 A;  4O44 A;  3SJJ A;  3UKU B;  3JXU A;  2F96 A;  5EU7 A;  1VSI A;  4DTR A;  3N4Q A;  2FLO A;  4RW7 A;  3VGM A;  3P4I A;  3V1Q A;  3DWL A;  1NGH A;  3L2V A;  1ASU A;  1A5V A;  4BQZ A;  2W41 A;  5CHI A;  1TL1 A;  3PX4 A;  4BGB A;  4CHZ A;  3O9T A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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