5AZIB

Crystal structure of glycerol kinase from trypanosoma brucei gambiense complexed with 4np
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
513
structure length
512
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
source organism Trypanosoma brucei gambiense
publication title Glycerol kinase of African human trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity that can be exploited to accelerate anti-trypanosomal drug design
rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 176
structure length 512
sequence length 513
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
B PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziB01
2W40A 3J8AA 3H3OB 5BN9A 3ZX3A 3VEVA 4IZ9A 4BRHA 2GWKA 3FLCO 1OKJA 3IUCA 1KAYA 5AQQA 4DHYA 4ISEA 1BA0A 2V52B 3FZKA 3O8MA 2CGJA 3QDKA 3H6EA 4FWQA 1XUPO 4HWIA 4FL9A 5AQKA 3EKUA 3VEZA 3M3ZA 5KQDA 3U8XA 1E4FT 4GNIA 3EZWA 3SMPA 1YXQA 4AM6A 4BRDA 4B1VA 2A42A 3JXUA 5AQIA 4L3QA 3BP8A 2CH6A 3FZFA 4I6MA 4K25A 1HUXA 5BPNA 5EX5A 4QS7A 4CZEA 5CE3A 2FSJA 4FWPA 3S41A 2AP1A 5KPTA 3KHYA 5LJWA 5ADXA 3VF2A 4BQZA 3ZETA 4PKIA 3FZLA 1QZ5A 1S22A 2BTFA 3HM8A 4M63C 3ZEUA 3HZ6A 4XH5A 1ATSA 3D7EO 4EHUA 1NGAA 3BEXA 4FWOA 4WYBA 3L6QA 2P9UB 1Z6RA 3KZBA 3LDLA 1SZ2A 1NGBA 4A61A 4FO0A 4FOIA 3UKUB 4XH4A 1MA9B 3ENHA 3R6MA 3FZMA 2E88A 1K8KB 2Q1NA 2P9NB 1HJOA 1BA1A 4JHDB 4JN4A 3BF3A 3CJBA 5AQTA 2ZGZA 1YUWA 3VETA 1NGFA 2DPNA 3LM9A 3VENA 1MDUB 5BPMA 2YHWA 5I9EB 3MN6A 3FE1A 4H03B 3VEYA 3W0LA 4CBXA 1J6ZA 2ASOA 2PAVA 5FPNA 4CZFA 4BR4A 2A6AA 3RSEA 1NMDA 2H3GX 1E4GT 2D4WA 3IFRA 1ESVA 4QS9A 3LDQA 4BRAA 3D2EA 2IIRA 2FF3B 1TYQB 3LL3A 1H1VA 3O80A 1JCFA 3CQXA 2V51B 2V7YA 1MWMA 1JCGA 3MMVA 2CGLA 3H45C 2A5XA 4CZHA 2VCPA 2NZTA 1P8ZA 3ATUA 4A2AA 3EN9A 3QICA 4H0XB 4M7YA 2QWMA 1NGJA 4FWNA 1U2VB 2Q97A 3CI5A 2E2OA 3CETA 3LDOA 4FPAA 4JAXA 2QWPA 2A40A 4F9OA 5ADXH 3DWLA 3CHWA 1RDWX 1NGCA 4BRQA 2KHOA 5B8HA 4ISFA 2E2QA 1BOTO 2V7ZA 1T6CA 5EXWA 3CJ9A 2QWOA 4IO8A 1D4XA 3P4IA 3HTVA 5LY3A 2P9SA 4BVOA 2D1KA 1T6DA 2J4RA 3MN9A 2P9KA 1ZC6A 4K42A 4BG8A 3DXKA 5FPMA 5LJVA 3VERA 4B1WB 2VYPA 5BRHA 3O4WA 4BQLA 5JICA 3ULEA 2A3ZA 4EHTA 5AQGA 5AQNA 2PBDA 2FSKA 4FWKA 4PKGA 1YAGA 5BR9A 3G25A 4I6MB 4NO7A 1JCEA 5AQZA 1HKCA 3CJ1A 1NLVA 1NGIA 1Y64A 1LOTB 3MK6A 4K41A 3UKRA 3GOIA 3O1BA 4B1UB 5AQSA 3VEWA 2YI1A 3DJCA 2I7PA 3UB5A 2A41A 5KQ8A 1QZ6A 5E26A 4RWTA 3QFUA 4BRMA 4EIAA 5AQUA 2IVOA 4B1ZA 4CZJA 4LC9B 3FGUA 2QXLA 3ZEUB 2YJFA 4O5FA 4YDUC 3GG4A 3IDHA 4CZGA 2CGKA 2E1ZA 4FWSA 1LCUA 2F9WA 4XEIA 1WOQA 3WXLA 2HF3A 2WUSA 4H0VB 4FWMA 3KVGA 4JD2A 4PL7A 3B8AX 4DQ8A 2P9IA 1Q18A 4ISGA 4FOEA 3L4IA 2YHXA 5AQVA 1KAZA 3SJHA 4CD3A 5AQLA 3WEEA 2FLOA 5AFUA 4PKHA 4BRKA 3HBTA 1GLAG 3VPZA 1HPMA 4CD1A 1NM1A 4IXCA 1DKGD 2ZGYA 3A5MC 1ATRA 3FR0A 4CBWA 3O1WA 3D2FA 2AA4A 2ITMA 1QQNA 1V4TA 3H1VX 2UYTA 2Q0UA 1GLLO 1ATNA 2P9UA 3WUHA 4CBUA 3VESA 2YCHA 2ZF5O 3WQTA 2VWBA 2NRHA 5AZIA 4A62A 5AQMA 2OANA 3R8EA 1KAXA 3MDQA 1S3XA 3O5BA 1TUYA 4QS8A 4H5RA 2QW9A 3D2EB 4H5NA 2D0PA 4BR5A 3DXMB 4H0OA 4HTLA 4CZLA 5KPZA 2P9NA 5AQFA 4JHDA 3VF4A 5AQXA 5ELZA 4CZKA 4NB4A 3ID8A 4A2BA 2P9PB 4FWLA 3UE5A 3VEOA 4EFHA 4BRGA 1X9JA 3LDPA 4B9QA 1ZBSA 4BR7A 3L0QA 4WQ4A 4K43A 2P9LA 4IWVA 1U6ZA 5AZJA 3IMXA 1ZXOA 5E84A 3FZHA 3C7NB 4YDUA 5EVZA 1QHAA 4CJ7A 1YVNA 1NGGA 2BUPA 4FSVA 5BN8A 4DB3A 4MLHA 3QBXA 4BRLA 2QWRA 1HKGA 4BC2A 4BR2A 1EQYA 2FXUA 1NGDA 3R9PA 1IJJA 4H5TA 3JS6A 4MO5A 3C0BA 2ASPA 2W41A 5BRFA 1BO5O 4EAHD 1T44A 3H3NO 1TUUA 2P9SB 2QM1A 1KXPA 4IJAA 1GLJO 2P9KB 2E2NA 2FSNA 3EL2A 3SMSA 3DXKB 1SAZA 2ZWHA 5AQYA 3WXJA 1U2VA 4J8FA 1NBWA 3WQUA 4RTFD 3ULEB 1QQMA 4CZIA 4IJNA 4BG9A 1XQSC 4CZMA 3CJCA 3WT0A 4H0PA 5AFUH 3ENOA 4B1YB 3A5OC 1BG3A 3A5NC 2NLXA 3VGMA 2GWJA 4Y0WA 2HOEA 2Q2RA 5F0XA 5AQWA 1BU6O 4H5VA 3UKRB 4BC5A 3ZX0A 5EY4A 3QB0A 5FPEA 2HMPA 1NGHA 4BGBA 5TKYA 5JMVA 4JNEA 3MN7A 4XH1A 2GEMA 3M1FA 1R59O 3VF6A 1RFQA 3ZETB 4WQ5A 2QWLA 4WQ4C 2D0OA 3U9DA 4BGAA 3GBTA 5FPDA 5EOYA 5AQOA 5AR0A 1BDGA 2E2PA 2IVNA 3AY9A 2E20A 4BRCA 5BREA 3TPQA 3TU5A 3VGKA 1NGEA 1HX1A 3EO3A 4H0YB 3F9MA 4JD2B 2GELA 4H5WA 2P9IB 3HSCA 2CH5A 4RCHA 2FF6A 4FPBA 1GLEG 5AQHA 3WEEB 4MO4A 2Q31A 1GLFO 3FFKB 3VEXA 3H1QA 3I33A 4DCHA 3D2FB 1GLCG 5F1XA 5F2RA 3CJ7A 3SLCA 1MWKA 4GY2B 1C0FA 4BC3A 3VOVA 4B1XB 1QQOA 4BRNA 5AZIB 4O8KA 2GTDA 3GL1A 3LM2A 4AM7A 3OHRA 4BVPA 3QMLA 5BPLA 3MCPA 3U9ZA 2GUPA 3MN5A 1C0GA 3UKUA 3U4LA 3RSEB 5JLHA 3DAWA 2E1YA 2QWQA 1DEJA 2F9TA 1BUPA 1Z05A 4BC4A 1K8KA 4Z94A 3WXKA 3O6WA 3A0IX 4BR9A 4M7XA 1V4SA 5BRDA 3GE1A 4WQ5C 1NWKA 3BUZB 2IVPA 3BF1A 3SK3A 3A5LC 1GLBG 5AQRA 5KPRA 1G99A 3EKSA 3ZX2A 1X3NA 2QWNA 3CJAA 4H0TB 4MLEA 3H46O 1X3MA 4E1JA 2P9LB 1GLDG 3I8BA 5AZJB 1HKBA 1DGKN 2YJEA 1HLUA 3AARA 2Q0RA 1SQKA 3ATVA 3W3DA 3DXMA 2I7NA 4BR0A 2HF4A 3QBWA 1TYQA 3CERA 5AQPA 3GDQA 3M6GA 4PL8A 4BRFA 3O08A 4BREA 4KBOA 3LDNA 4FWRA 4CI6A 5JLFA 5AQJA 1XC3A 3CQYA 2Q36A 4BROA 3HI0A 1RGIA 2P9PA 4C23A 1CZAN 1WUAA 2EWSA 3AAQA 4BRPA 1IG8A 3CIPA 2ASMA 3VGLA 2E8AA 3AAPA 3QFPA 4BRIA 3A8YA 1BWFO 3WXIA 3C7NA 2YHYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2W40A 1JXEA 3OVNA 1NKEA 4X66K 1L3SA 1KD1O 3THWB 1WLJA 1T05A 3ZX3A 3I8DA 2O8FB 4CGIA 2A1RA 4OGEA 4CGJA 5AQQA 3TAPA 4DV0K 4FJLA 2IS3A 1S5JA 3L3UA 1J54A 1BGXT 3CM6A 1LAVA 4IFVA 5AQKA 4A57A 4WFAL 1ZBFA 2B6AA 2KKZA 1VQ6N 2DFHA 2HBMA 2Y1JA 3U8XA 1ZBUA 4DTPA 1IKVA 3SV3A 4BRDA 4J2DA 4ZHRA 5C42A 3JXUA 3AVAA 3PV8A 3J7AP 2AJQA 2E5LK 4JV5K 2HNZA 4N47A 4CJPA 3B6PA 3QIPA 1HUXA 1VSKA 4LF6K 3ZSQA 5KPTA 1NKBA 5LJWA 3ZT1A 4BQZA 5KGXA 3K9KA 4PKIA 3HM8A 4M63C 3NH1A 1VSEA 1TK0A 5CZ1A 3ZEUA 4XH5A 5DM6L 4EHUA 1NGAA 3LAMA 1OH7A 4WYBA 1IV0A 4JI7K 4IG0A 1SZ2A 1RT1A 3PY8A 4F8RA 4FLUA 4XH4A 4YFUA 3AO3A 1C6VA 4OO1J 4JI3K 4BDZA 2NRTA 4I2PA 1HYZA 4M3UA 1BA1A 3BF3A 4QCLA 3SPZA 1YUWA 2VGMA 3VETA 4B9VA 3VENA 1UAXA 4FLVA 5I9EB 3AV9A 3MN6A 3FE1A 4JS4A 2O4GA 4H03B 4CBXA 3MXMA 3L3VA 2PAVA 3S3OA 1BISA 4CZFA 3AVJA 3D2EA 1TYQB 2HHVA 3LL3A 1H1VA 3O80A 3MCAB 2HHXA 2FBTA 1RTIA 4O5BA 3ISNC 2A5XA 2VCPA 2QKBA 1NOYA 2NZTA 3DI6A 4JRQA 3Q7CA 1J5EK 4KREA 4H0XB 3VA3A 3KIOA 4M7YA 5H1SQ 1NGJA 3O9SA 4KAZA 4DLGA 4O55A 2E2OA 3LDOA 4FPAA 4E7LA 1VSLA 3L4QA 2G8FA 5A2QO 3OYBA 3DLEA 4GKKK 4M3YA 1RDWX 3TAGA 4KB0A 2HNDA 3KLFA 4IKFA 1E3MA 3I0RA 1YIJN 4KPYA 2E2QA 5CYMA 5EXWA 4LY7A 5I3UA 4JI8K 2DTUA 5LY3A 3ZSZA 1U47A 2J4RA 3QIOA 2PFUA 3G0ZA 2VYPA 4BQLA 4CJEA 4J2EA 3AA4A 5AQGA 1Q7YO 2XY6A 4B3SK 3S9HA 2XRIA 3O9QA 4WCEL 3QERA 4K8XA 5AQZA 4CVNE 1S1UA 4CF1A 4DR5K 3TANA 4YOTA 4CJ5A 1JL2A 4FK0A 2KFZA 1TV6A 2I7PA 3KK3A 1Q86O 1U48A 4B1ZA 3MWPA 1IBMK 3NAEA 2QXLA 3ZEUB 1VQ5N 3LAKA 3IDHA 2KLAA 3U6FA 3RR8A 2E1ZA 3HK2A 3QINA 3NVKA 2OCEA 4RW8A 1NK4A 4O4GA 2NRVA 4PL7A 1BHLA 4X65K 3AO5A 3BGRA 3SBGA 3KWIA 4YNQA 5AQVA 3SJHA 3LP1A 5AFUA 4PKHA 4BRKA 3HBTA 1JLFA 2ZGYA 3FR0A 1C1CA 2HSTA 3NE6A 2ITMA 5GADP 3HP9A 2UYTA 2Q0UA 1GLLO 2YNHA 4IDHA 2OZSA 1HNXK 3VTHA 4IFEA 3K58A 3MDQA 4CEFA 2QKKA 1VSIA 4QS8A 4H5RA 4CJLA 4FJIA 3D2EB 4H5NA 4KH5A 4HTLA 3VQAA 3WXMB 1GOBA 5ELZA 5C2DA 3MWTA 4EFHA 3QO9A 4DU3A 1X9JA 1ZBSA 3RVCA 2XO7A 3TWHA 1NK0A 3K5OA 4IWVA 3VQ4A 3LPUA 5SZTA 4BE2A 4NCAA 1J53A 1YVNA 3DMJA 4FSVA 2D0CA 4BR2A 1EQYA 4H5TA 1BI4A 3O4NA 2HBLA 3C0BA 5BRFA 3OTOK 1TUUA 3K57A 4E7IA 1HJRA 4ILHA 4YOXA 3QNNA 3NCIA 1U2VA 4CERA 2YHBA 1HR0K 1XQSC 3CJCA 4AHSA 4H0PA 5AFUH 3ENOA 4B9UA 4CGGA 4HHTA 5AQWA 3NH2A 3HPOA 3K0SA 1IKXA 1U04A 5EY4A 1X9SA 4MQ3A 5JMVA 2O8EA 2ETJA 3VF6A 2GEMA 3M1FA 3ZETB 1NK6A 3U9DA 3V9UA 3GBTA 5AQOA 5AR0A 5KI6A 4DTXA 3QEWA 2X6NA 1RBSA 2IVNA 2JWKA 3VGKA 1L3TA 2GELA 2P51A 1WN7A 2WONA 1HMVA 1VRUA 1IO2A 3V1QA 3O3HA 2HVIA 3ULDA 1HNVA 3VQEA 1RBRA 4CHOA 2F7TA 1GLFO 3SI6A 1N36K 4B9SA 3H1QA 4LFBK 4PUOA 3I33A 4DCHA 5F2RA 1HNIA 3CJ7A 4FJ8A 1MWKA 3KWGA 1N32K 2HHTA 1QQOA 4BRNA 3GL1A 4WE1A 3OHRA 4MDAA 5BPLA 3MCPA 1B92A 2PY5A 3LWLA 4DFJA 2PZSA 3U4LA 3OY9A 1SKRA 1WBBA 1JJ2M 2JGUA 5JLHA 1D8YA 2P5GA 4W5NA 2QWQA 1Q9XA 3VQ7A 1XC9A 4KI4A 2X74A 1BUPA 1K8KA 4B9NA 3QEPA 4M7XA 3WNGA 5BRDA 1NWKA 4DTJA 3BF1A 4PQUA 4ELTA 3OJUA 2KQ2A 1K6YA 3KLGA 3QLHA 4MLEA 3I8BA 3D6RA 1K73O 3QEIA 4CK1A 1DGKN 1Q81O 3C65A 2Q0RA 3TSQA 3ATVA 4FZXC 1U45A 2I7NA 4FK4A 4BR0A 4FXDA 3TAEA 3LDNA 4CI6A 1BI4B 4AF1A 3RTVA 1XC3A 3HI0A 2P9PA 4C23A 4DUZK 5TKWA 3QETA 3V6DA 1S9GA 2EWSA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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