5AZIB

Crystal structure of glycerol kinase from trypanosoma brucei gambiense complexed with 4np
Total Genus 176

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
513
structure length
512
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Trypanosoma brucei gambiense
publication title Glycerol kinase of African human trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity that can be exploited to accelerate anti-trypanosomal drug design
rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 176
structure length 512
sequence length 513
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
B PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziB01
3FGUA 3G25A 1IJJA 3SLCA 1X9JA 5F2RA 1ZBSA 2GELA 3O5BA 4BRFA 1ESVA 4FWNA 3U9DA 5AQWA 3ZX3A 4BRQA 3A5OC 1NGFA 2AA4A 4A61A 3MN5A 5EVZA 2HF4A 1LCUA 2YHYA 1V4TA 1XQSC 2VYPA 5LY3A 5AQGA 3VGKA 2Q1NA 3SK3A 3A8YA 5BN8A 4BRNA 4BR2A 2ASMA 3WQUA 4HTLA 3SMSA 5E26A 3GOIA 4CD3A 1C0FA 5AQIA 5AQVA 1QZ5A 2V52B 1SQKA 1KAZA 2CGKA 4PL7A 2VWBA 2CH5A 5AQPA 1GLJO 2E1ZA 2GWKA 3WEEA 1NGGA 2ASPA 4BRLA 3VESA 5B8HA 4CZEA 2W41A 5EX5A 2V7YA 1KXPA 4JNEA 4CZGA 1NGDA 2FSJA 4B1ZA 4B1VA 2IVPA 3QBXA 1J6ZA 5JICA 3IDHA 3DXMA 5AFUH 2P9UB 3GDQA 5BR9A 3GL1A 5BRFA 2P9KA 2QXLA 3EKUA 4FOEA 5JMVA 3ATUA 3D2FA 2I7PA 4CZJA 3A5LC 4NB4A 2P9PB 3MN7A 2P9SB 3WXIA 4F9OA 4RWTA 3AARA 3ATVA 3EL2A 5BRHA 2E2QA 4BG9A 3LDPA 3CJCA 1K8KB 2FXUA 1HJOA 3SMPA 4FWOA 2ZGZA 2QM1A 3ID8A 1HKGA 3BUZB 2KHOA 1BA1A 2P9IB 3MK6A 4EIAA 5FPNA 2QWOA 4BQZA 1CZAN 2NRHA 4IWVA 3DXKB 2Q0UA 4PKHA 2PBDA 4BGBA 2IVOA 3EO3A 4JHDA 3DAWA 2A42A 3CJ9A 3TPQA 2ZWHA 3CI5A 5EY4A 1OKJA 2WUSA 3CERA 3S41A 1QQOA 3O08A 3U9ZA 1WUAA 3BF1A 3LM9A 5ADXA 5KPTA 2NZTA 4H5VA 5AQNA 4BVOA 3JXUA 3A5NC 2P9LA 4BR7A 1DGKN 3QBWA 4I6MA 3BF3A 3R6MA 3RSEB 1SAZA 1TUUA 4CZLA 3MCPA 2D0OA 4BRPA 2P9NB 2BTFA 1DKGD 4J8FA 1ATNA 3VF4A 3WXLA 2W40A 1HKCA 4EFHA 2YCHA 3BEXA 5AQYA 3FFKB 5AQFA 3LDOA 4HWIA 1NGHA 4H5NA 1GLBG 2GTDA 3LL3A 2FSKA 4H0TB 5BPMA 1H1VA 3ULEB 1YVNA 1MDUB 1KAXA 4B1WB 4GNIA 4JD2B 3B8AX 2ZF5O 4A2AA 3LDQA 3P4IA 5AZIB 4BC3A 2Q97A 3O80A 3MN6A 4BROA 4C23A 3H45C 2QWNA 3KVGA 4ISGA 3GBTA 2FF3B 3W0LA 2CGJA 3QICA 3HZ6A 4CBWA 4FPAA 3GG4A 3CJBA 3IMXA 4QS8A 1QQNA 1NLVA 3H46O 4JAXA 3DJCA 3FR0A 4WQ5A 2E8AA 2A41A 3MDQA 3TU5A 4K41A 3SJHA 1QZ6A 3UKUA 1JCEA 4CBXA 3VERA 1T44A 1XUPO 2P9UA 2YHWA 4YDUA 1NGCA 3VEVA 1NM1A 5I9EB 4IJAA 5KPZA 1YUWA 3CJ1A 3R8EA 5BN9A 3HBTA 4BRIA 5AQTA 4EHTA 3L4IA 3WXKA 1NGEA 3CIPA 2P9PA 1NGJA 1S22A 2P9SA 4RTFD 1S3XA 3UKUB 4PKIA 1QQMA 1Y64A 4IJNA 4Z94A 1D4XA 3O1BA 5AQUA 1BA0A 1K8KA 1X3NA 1BDGA 5EOYA 5KQDA 4XH5A 2GUPA 2A6AA 5AQMA 3CQXA 2HF3A 2P9IA 1BWFO 4FOIA 2YJEA 3WQTA 1V4SA 3HSCA 3QMLA 3DXKA 3FZFA 3J8AA 3ZX0A 4XEIA 1NMDA 3F9MA 1NGBA 2BUPA 3HM8A 1IG8A 3VEYA 4AM7A 2EWSA 2IIRA 3C7NB 1NGIA 2OANA 4FO0A 4M7XA 1GLFO 4H5RA 2A3ZA 1WOQA 1JCGA 2ITMA 3VETA 1X3MA 4A62A 2PAVA 3O6WA 5BRDA 3ZEUA 2AP1A 3EZWA 4BRDA 1G99A 4H0PA 3WXJA 4FWRA 4K43A 2YJFA 1RDWX 4BREA 2A40A 4FPBA 4WQ5C 3H1VX 5AZJB 4ISFA 4AM6A 2D0PA 2YI1A 4FWKA 1E4FT 4ISEA 3RSEA 2FF6A 2GWJA 2UYTA 2NLXA 2P9NA 1Q18A 4FWPA 3I33A 4YDUC 4DHYA 2QWRA 4MLEA 1T6DA 4BC5A 5BPNA 2J4RA 4WQ4A 1T6CA 5AQOA 1MWKA 1RGIA 1JCFA 2H3GX 3ZEUB 4BC4A 3M1FA 3CETA 1SZ2A 4O8KA 4CBUA 1E4GT 2E88A 4BGAA 2HOEA 2ZGYA 1NGAA 3ULEA 3CHWA 4H5WA 4MO5A 4JD2A 3FLCO 2F9TA 5AQRA 4XH1A 4BRKA 3H3OB 5AZIA 4DQ8A 4CJ7A 3WT0A 3L0QA 3VEWA 2E1YA 4B1UB 5CE3A 4CZFA 3GE1A 3MN9A 2F9WA 3D7EO 5AFUA 1Z05A 3KZBA 5E84A 5F1XA 3UKRB 1U6ZA 2Q0RA 2CGLA 1BOTO 1ZC6A 4EAHD 4JN4A 1QHAA 3M3ZA 2E2NA 2FSNA 1BO5O 2D4WA 3OHRA 5AQQA 2Q2RA 5AR0A 1KAYA 3JS6A 1NWKA 3H1QA 1RFQA 3LDLA 3UB5A 4WYBA 3EN9A 4CZMA 5AQXA 1HX1A 3AAQA 3MMVA 4K25A 5FPMA 5F0XA 1GLCG 4M63C 1BG3A 3W3DA 5KQ8A 1U2VB 2V51B 3VGLA 1HLUA 5FPEA 4FWQA 4BC2A 4KBOA 4H03B 4WQ4C 4BR4A 3IUCA 3VEOA 2E20A 4FL9A 3ZX2A 1DEJA 2I7NA 3KHYA 5ELZA 3D2EB 4H0OA 4IXCA 2QW9A 3M6GA 4L3QA 5LJWA 2QWQA 4M7YA 1P8ZA 5EXWA 5BREA 2D1KA 3LDNA 4DCHA 5BPLA 4BVPA 3FZMA 4BRMA 4CZHA 4BR9A 3C7NA 4PKGA 5ADXH 3FZKA 1Z6RA 4Y0WA 2QWLA 1GLLO 4QS7A 3VENA 2ASOA 5AQHA 3VOVA 3R9PA 1GLEG 3CJ7A 4IO8A 4CI6A 2QWPA 5JLHA 3A0IX 3O8MA 3ZETA 1R59O 5AZJA 1EQYA 4O5FA 1BU6O 4BRHA 3VGMA 4DB3A 1XC3A 4IZ9A 3VEZA 4BG8A 3L6QA 3H3NO 2Q36A 4GY2B 4H0XB 3U4LA 1ATRA 3EKSA 1YXQA 1GLAG 3H6EA 1TUYA 4BR0A 3WEEB 1HUXA 4B1YB 2GEMA 3QFPA 3U8XA 3VF6A 2VCPA 5AQLA 4FWSA 3FZHA 3ZETB 5LJVA 4NO7A 2V7ZA 1GLDG 3DXMB 4H5TA 4E1JA 1YAGA 3BP8A 1MWMA 5AQJA 4B9QA 3IFRA 2P9KB 3AAPA 2A5XA 4FWMA 2FLOA 3AY9A 3D2FB 2DPNA 4FWLA 3HI0A 4RCHA 2HMPA 4MO4A 5AQKA 3ENHA 3QB0A 4BR5A 3UKRA 4QS9A 1BUPA 2E2PA 3CJAA 1NBWA 3ENOA 5AQSA 1HPMA 3O1WA 1C0GA 3C0BA 2YHXA 3A5MC 3WUHA 2IVNA 5FPDA 1TYQA 4CZKA 3DWLA 4LC9B 4MLHA 3VEXA 3FE1A 2Q31A 4BRCA 3QFUA 4CZIA 4JHDB 1MA9B 2E2OA 3CQYA 4BRGA 3VF2A 3UE5A 5JLFA 3VPZA 4XH4A 3HTVA 3QDKA 5AQZA 1HKBA 1ZXOA 1LOTB 1U2VA 3LM2A 4PL8A 2CH6A 4FSVA 3O4WA 1TYQB 4B1XB 3FZLA 4CD1A 4H0YB 4H0VB 5TKYA 1ATSA 5KPRA 4A2BA 4BRAA 2P9LB 2QWMA 3D2EA 4EHUA 4I6MB 3I8BA 4K42A 4BQLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T1YK 3FGUA 1WN7A 3NGYA 3N4PA 3S3OA 4DR5K 4JEPA 2GELA 4BRFA 1X9WA 4KHSA 3HT3A 5AQWA 3ZX3A 4BRQA 2EHGA 2P1JA 4NLBA 4DV7K 1VAZA 3MN5A 2HF4A 2WONA 4DTOA 4KHQA 3C65A 5LY3A 1YT3A 4HVJA 3SK3A 3JAMO 1TK0A 1HNXK 2Y1IA 4E89A 3NF9A 4M3YA 3WNFA 3EY1A 1SQKA 1QE1A 4B9LA 3P38A 3U6FA 1XNQK 4B3MK 1W9HA 2ITGA 1BI4A 1T8EA 4BRLA 1VSFA 3LP3A 3G10A 2V7YA 3G6EN 4B1ZA 1C1CA 4B1VA 4DSIA 5JICA 1GOBA 3DXMA 5AFUH 3EEQA 3GDQA 2QKKA 1HPZA 2G8KA 5BR9A 4E7IA 1CLQA 5DMRA 2QXLA 4IG3A 2GBZA 4AF1A 3HM9A 1REVA 1VHXA 3WXIA 3ISNC 1BIUA 4F9OA 4RWTA 4IG0A 4FZXC 5H1SQ 2R7YA 5J2PA 3ENBA 4LFAK 4KHUA 1K8KB 1WB9A 1IKXA 1IO2A 2QM1A 2X6NA 1NMNA 3LAMA 4M3UA 3MK6A 4NYNA 2P9IB 4OO1J 4DV6K 4IOCL 5FPNA 2QWOA 1NJIO 4IKFA 4LSNA 2Q0UA 4KREA 2OPQA 2LSNA 3DAWA 3VN5A 3TPQA 4O0JA 4CEEA 1IV0A 2ZWHA 1XNRK 5HOOA 4LF8K 2F7TA 5EY4A 3OYIA 3CERA 4BE1A 3I0SA 3CFRA 4FJ5A 2GUIA 1X1PA 1WUAA 1VQ4N 3ZSRA 5KPTA 4H5VA 5HRSA 4BVOA 3A5NC 2P9LA 3ZT1A 4I9LA 4I6MA 3R6MA 1HNWK 1VRTA 4CZLA 3OYHA 4DQRA 4J8FA 4V19S 4CEZA 1BQMA 1HKCA 2IOCA 4CIGA 1DTQA 5AQYA 4RG8A 4FLUA 4JKBA 5HLFA 4JI2K 3ZSZA 3LDOA 4DS5A 1NGHA 4BWJA 4FJ8A 1H1VA 4JD2B 2KTQA 2RHKA 2ZF5O 1VQ9N 3LDQA 5AJ3K 1WAJA 5AZIB 2Q97A 4BROA 4YY3K 1VQ7N 3KVGA 4PQUA 3VQ5A 2HHSA 4HUEA 1N34K 3RR8A 3MWTA 3W0LA 4AHRA 1C0MA 3ZSVA 3HZ6A 3KLGA 3KLFA 4N41A 3O9UA 4B9VA 4OX9K 1FW6A 3H46O 4CF8A 3V9ZA 3FR0A 3NFAA 3PX6A 4O8UA 2E8AA 1K73O 1J54A 3MDQA 3TU5A 2BANA 3PY8A 1QZ6A 1JCEA 1HRHA 1T44A 2DTUA 4C8OA 1NGCA 4OLBA 3THYB 2HHVA 5KPZA 2O8CB 5GIOA 3HBTA 3L4IA 3HOSA 4E19A 3ITHA 4CF1A 3NGZA 1RBSA 3UKUB 1QQMA 4Z94A 3MCAB 5AQUA 4DS4A 1BDGA 5EOYA 3M8RA 4IO9L 5SZTA 2A6AA 1NK0A 3AVBA 2HF3A 2YJEA 4Z4HA 2E4LA 1VQKN 3B6PA 1O1WA 4DLEA 1IBMK 3VEYA 4C1NK 3OYDA 1CZBA 1U49A 5GINA 1L3TA 1SKSA 1KVCA 3TWHA 3EZWA 1RCHA 1G99A 3WXJA 4B9MA 3M5RA 4BREA 4DU1A 4FJGA 3NDKA 1M90O 5BR8K 3Q7BA 3CM5A 4KH4A 4ISFA 4AM6A 2HVHA 2YI1A 4FWKA 3EZ5A 4LY7A 2XY6A 3G71N 4DLGA 2XY8A 4WQ4A 3F5TA 3K5OA 1J5OA 1E4GT 4FJLA 3ULEA 4FLVA 3CHWA 4MO5A 2F9TA 3QLHA 5AQRA 4DQ8A 1S6PA 1XHXA 1T3VA 2NNWA 1NKCA 3L2RA 5CE3A 3D7EO 4EZ6A 1Y97A 4QCLA 3KZBA 4FJKA 3V1QA 1VK0A 3VQPA 3VTIA 2Q0RA 4DR2K 4DSFA 2VQFK 4DQPA 3DLLL 5AQQA 3OHRA 5HRNA 3CCMN 2O8FB 2Q2RA 2HW3A 3E01A 1KAYA 4MDBA 3RR7A 2ZQBA 3LDLA 3UB5A 4WYBA 4CEOA 2KZMA 4CESA 4YOWA 1HMVA 2KZZA 3AO1A 2VG5A 4JKAA 3W3DA 1KRPA 3VGLA 1KFDA 5FPEA 1W97L 4JI8K 4KH6A 3DRSA 2QK9A 2WTUA 2W6LA 3LPTA 2UXCK 4KB1A 1G15A 4GVEA 1BGXT 2UXDK 4RW8A 5EXWA 1KLNA 4ILGB 1S1VA 5BPLA 4B9TA 2UXBK 4DV4K 4LD0A 4BRMA 2VG6A 4CZHA 4ELTA 4GMJB 3C7NA 4FLZA 5C24A 3V9XA 3AA5X 4FK0A 3OYBA 5KRSA 2ASOA 4W5QA 3LWMA 3NGIA 3R9PA 3SBTA 1XMQK 3SQ1A 2KQ2A 2QWPA 3C6AA 3O8MA 1WSFA 5HL7L 2WBNA 4DU3A 1X9MA 3VGMA 1XC3A 4CGIA 3KWIA 1S1XA 3H3NO 3L6QA 4H0XB 3MEGA 4BR0A 2HHXA 1BI4B 4BE0A 1JL1A 3U8XA 4CE9A 4DQQA 3ZETB 2DFFA 4O5BA 3DXMB 3TSPA 4JI4K 3KD5E 1S9GA 4BDYA 3AVAA 3KKRA 4DTNA 3SPZA 3T3FA 4EP5A 4RCHA 2PZSA 4MO4A 3AVLA 4OGCA 4NCGA 3QB0A 2W6KA 1WBDA 4NLCA 4FVUA 3OY9A 3ZLJA 5AQSA 4ZHRA 3WUHA 4LF5K 3DI6A 3IAYA 2HHQA 4IFEA 4YOVA 4CJSA 1TK5A 3CCLN 5KI6A 3VEXA 5DM6L 4BRCA 3OJSA 2BH1A 4CZIA 3C6TA 1N6QA 4BDPA 3VF2A 4L8RB 1DT9A 5C42A 3HTVA 4RW7A 1HKBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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