5AZIB

Crystal structure of glycerol kinase from trypanosoma brucei gambiense complexed with 4np
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
513
structure length
512
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Glycerol kinase of African human trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity that can be exploited to accelerate anti-trypanosomal drug design
rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Trypanosoma brucei gambiense
total genus 176
structure length 512
sequence length 513
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
B PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5aziB01
4BRDA 3FFKB 5AZJA 3ZX0A 2P9NB 3ULEA 2VWBA 1U2VB 2F9TA 3BF3A 3U9DA 1SQKA 3F9MA 3UKUA 5BRHA 2A42A 4PL8A 1XUPO 2YJEA 1X9JA 3ATVA 2E2QA 2V52B 2GTDA 5AQKA 3VEYA 4WQ5A 1GLDG 3HI0A 4L3QA 4BC5A 3MN7A 1QQNA 2YHYA 3JXUA 1HUXA 2GUPA 3KVGA 4K43A 1V4TA 4WQ4A 4FOIA 1IJJA 2A41A 2E2OA 3I33A 4PKIA 5KPZA 1BG3A 3RSEB 2PBDA 3I8BA 3GBTA 2FF6A 1YAGA 1NGFA 3TPQA 4CJ7A 2AA4A 4H5VA 4M63C 3AAPA 3HTVA 2QM1A 5AQSA 3AARA 1E4GT 5BRFA 3MDQA 2P9IA 4K42A 5AFUH 3BF1A 2Q2RA 2P9LA 2ZGZA 2Q36A 4BQLA 1MWMA 1TYQB 2ASPA 5FPDA 4FSVA 3IDHA 2D0PA 3M3ZA 3VEWA 4BRQA 4B9QA 3WEEB 3EO3A 5AQLA 4E1JA 1YUWA 2W41A 1Z6RA 4JN4A 3QBXA 3VEZA 3LDLA 1EQYA 3H3OB 4H0XB 4GNIA 5LY3A 3O80A 5JLFA 4MO4A 4BREA 1KAYA 4B1XB 3H3NO 3JS6A 4BGAA 2Q0RA 3GDQA 1U6ZA 4CI6A 4DCHA 1HKCA 4JD2A 3WXLA 1WOQA 2A5XA 5AFUA 2HF3A 4BR0A 3BUZB 3QDKA 4BRHA 1C0FA 1KXPA 2KHOA 4PKGA 2YJFA 3UKUB 5KPTA 4IJNA 2D4WA 3DXKA 4BC2A 1ZXOA 1HPMA 5EVZA 2Q97A 3MCPA 2HMPA 4XH1A 3QB0A 4H5NA 3SMSA 4HTLA 3ZEUB 3KZBA 4JHDB 2P9KA 4K41A 4Y0WA 4DHYA 3J8AA 2HF4A 2P9UA 3G25A 2CH6A 1YVNA 3H45C 5EY4A 3WUHA 5FPEA 3D2FA 1HJOA 1BWFO 3GG4A 5BPLA 3BP8A 5KQ8A 1NWKA 3QBWA 3O1BA 3WXKA 4MO5A 4LC9B 5AQNA 2QW9A 3CQYA 1GLFO 3A5LC 1XQSC 3FR0A 3AAQA 4CBUA 2YCHA 4IZ9A 5BR9A 3C0BA 2P9PA 4FWKA 4PKHA 2P9LB 2YHXA 3ZX2A 4CZJA 2VCPA 1GLJO 2P9SB 2F9WA 3DJCA 4IO8A 3D7EO 1NLVA 3QICA 2NLXA 5EOYA 4EFHA 4I6MA 4BR5A 4BVOA 4H0VB 4K25A 5AQRA 4AM7A 1JCEA 3CERA 3ID8A 1NGGA 4KBOA 3ZX3A 5CE3A 3VOVA 4CZEA 4RCHA 3VERA 1R59O 2QWMA 1NMDA 3L6QA 5ADXA 3D2EA 3LDPA 4BRAA 1S22A 3DWLA 2W40A 5BREA 2H3GX 1ATRA 2CGJA 4CZGA 1NGCA 4A62A 3W3DA 3CI5A 1NM1A 4A2BA 4B1WB 3C7NA 4H03B 1JCGA 5AR0A 2HOEA 1JCFA 3ATUA 3ZETB 1RDWX 2YI1A 1T6DA 2FF3B 5KPRA 4F9OA 2FSNA 4B1YB 3FGUA 4DQ8A 1ESVA 1QZ5A 3O6WA 2FSJA 3FZFA 1KAXA 3VF6A 1HLUA 1XC3A 5AQPA 2Q1NA 3EKSA 2DPNA 2E88A 4MLHA 4YDUA 4CZKA 2VYPA 3U8XA 4A61A 3GL1A 4CBWA 1K8KA 3DXMA 1ZC6A 3LM2A 2V7ZA 4FWLA 3LDQA 4BRPA 3S41A 4BR9A 1ATSA 2J4RA 2E8AA 5AQHA 5FPNA 3EN9A 1C0GA 3FZHA 3TU5A 4XEIA 1SAZA 1Z05A 4BG9A 4FPAA 4CZMA 4H0OA 1GLEG 3UE5A 3CJ1A 5LJWA 3VGMA 1G99A 4H0YB 1U2VA 4EIAA 3CQXA 5AZJB 4NB4A 5AQVA 3SMPA 2A3ZA 2QWOA 3WQTA 4RWTA 3ULEB 5F1XA 4H0PA 2ASOA 3CJAA 3EL2A 3H46O 1SZ2A 1D4XA 2E2PA 3QFUA 1J6ZA 1ZBSA 2I7PA 1ATNA 1NGBA 4YDUC 1NGIA 3A5OC 3MN5A 4O5FA 1KAZA 5AQQA 3O5BA 5BN9A 1H1VA 3HM8A 3VENA 3WXIA 2D0OA 2V7YA 4FWPA 4QS9A 4WYBA 4BRMA 1IG8A 1QQOA 4GY2B 1BUPA 5FPMA 1NGJA 3H6EA 3RSEA 4FPBA 2CGLA 4B1ZA 3SJHA 4ISFA 4A2AA 3WT0A 2I7NA 3C7NB 3R8EA 3CJCA 3HZ6A 2Q0UA 3B8AX 4BRNA 3CIPA 1LCUA 4C23A 5ADXH 4BR2A 4IJAA 2QWQA 2GEMA 5AQGA 2NRHA 2A6AA 3R6MA 5EXWA 2P9IB 5B8HA 4H5TA 3FE1A 3GOIA 3DAWA 3P4IA 2ITMA 5EX5A 3VEOA 1NGEA 4H5RA 3WEEA 2GWKA 3CJ9A 5F2RA 4EHUA 3U9ZA 3A8YA 2FSKA 4RTFD 5AQJA 4B1VA 1NGAA 5LJVA 4ISEA 3VEXA 3MN6A 5JLHA 3H1QA 4BR7A 3A0IX 4XH5A 2CH5A 5AQXA 4QS7A 5AQYA 5BN8A 1BDGA 1CZAN 1NGHA 3A5NC 1QHAA 2NZTA 5AQUA 4PL7A 4DB3A 1P8ZA 1RGIA 2ZGYA 4BC3A 3W0LA 4CZHA 2FLOA 4FOEA 4JD2B 5AQWA 1Y64A 3AY9A 4CD1A 5AZIA 3QFPA 3U4LA 1T44A 4CZFA 5E84A 3VGKA 3FZKA 1MDUB 2PAVA 3BEXA 5E26A 4BGBA 5AQZA 3QMLA 4J8FA 3O1WA 3VF2A 3DXKB 3LDOA 1TUUA 1GLAG 3IUCA 4BRFA 2E1ZA 5JICA 3ZEUA 1GLBG 3CJ7A 4JHDA 4BQZA 3UB5A 1DGKN 2QXLA 1HKBA 3VEVA 2ASMA 4FO0A 2P9KB 4M7XA 3VETA 1RFQA 4IXCA 4BRKA 1BA1A 1TUYA 2E20A 2P9UB 3CHWA 1E4FT 2V51B 1T6CA 1NBWA 2Q31A 3D2FB 1BOTO 1OKJA 4M7YA 1QQMA 3L4IA 3HSCA 4FWSA 4IWVA 1GLCG 4CBXA 1DEJA 5BPNA 3FZLA 5TKYA 1X3MA 5AQOA 2YHWA 3UKRA 3M6GA 3H1VX 4FWQA 1NGDA 3ENHA 4CZLA 3O08A 2P9PB 1Q18A 4BC4A 2P9SA 4CD3A 3MN9A 1BA0A 4CZIA 4BRCA 4WQ5C 5BRDA 2GELA 2P9NA 2BUPA 4AM6A 2QWPA 1LOTB 4I6MB 4BRGA 1MWKA 5I9EB 4WQ4C 4NO7A 3VESA 5JMVA 4H5WA 3EZWA 2ZWHA 3FLCO 2QWNA 2E1YA 3CJBA 3WQUA 4QS8A 5ELZA 4BVPA 2QWRA 2UYTA 3A5MC 4EHTA 2GWJA 1GLLO 5AQIA 5BPMA 3D2EB 4HWIA 4BRLA 3WXJA 3VGLA 4O8KA 4MLEA 3SK3A 2EWSA 2IVPA 1V4SA 4JNEA 5AQTA 5AZIB 3MK6A 1HKGA 2IVOA 3LM9A 3ZETA 4FL9A 4H0TB 3CETA 2QWLA 3FZMA 3M1FA 2E2NA 3R9PA 3MMVA 3KHYA 3HBTA 2OANA 3O4WA 2IIRA 4B1UB 2AP1A 1QZ6A 4BROA 3GE1A 1TYQA 2ZF5O 5F0XA 3ENOA 3IFRA 3VF4A 1BU6O 4FWOA 1MA9B 1S3XA 4BR4A 3OHRA 5AQFA 5KQDA 2A40A 1YXQA 3L0QA 4Z94A 1X3NA 4EAHD 4FWRA 3LL3A 3SLCA 3VPZA 4BRIA 1K8KB 2D1KA 1HX1A 3DXMB 2CGKA 5AQMA 3O8MA 2BTFA 2IVNA 4FWMA 3LDNA 1WUAA 1BO5O 1DKGD 4ISGA 3UKRB 4JAXA 4XH4A 4BG8A 4FWNA 2WUSA 2FXUA 3IMXA 3EKUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RBSA 4CJUA 2E6LA 1T3VA 3ZX0A 3DLKA 2WOMA 2I5JA 1RT3A 3U9DA 4DU4A 3ALYA 3LWMA 1XUPO 4DMNA 3ATVA 5KTQA 3VA3A 3HT3A 4CGJA 3K0SA 5KRTA 3QEXA 1GLDG 4KHSA 4B3OA 3MN7A 3KD1E 4LFCK 3O3GA 1BIZA 2EX3A 3KVGA 4DTPA 4ELVA 4CFAA 2A41A 2E2OA 3L2RA 2A1RA 1Q9XA 4NCBA 5KPZA 4DV4K 4F4KA 4MDBA 2VQEK 3CCSN 4O55A 3TPQA 3J7ZO 1NKCA 4M63C 3MECA 1E4GT 5BRFA 3V9XA 2Q2RA 2GV9A 2ZGZA 1NK0A 3NH0A 3IDHA 3VQ7A 3M8QA 3D45A 3CCRN 4B9QA 3E66A 4E1JA 1VQ9N 4DQIA 3H3OB 4GNIA 5LY3A 4OPHA 2F4VK 4OGEA 4BREA 1KAYA 3JS6A 2B5JA 4N47A 2BH1A 3NGIA 1HKCA 4JD2A 4FYDA 2A5XA 4CFBA 2HF3A 3MAQA 1JLGA 3AVKA 3DYAA 3OW2M 2HHWA 3V1RA 4DSFA 3NE6A 3M8SA 1QSLA 1KXPA 1WSGA 3SUOA 5IT9O 5JS1A 1I39A 1SKRA 4E7IA 5EVZA 4JK7A 2O8DB 2HHVA 4I9LA 2BANA 3QB0A 3THXA 3OBWA 3ZEUB 4CEQA 3QNNA 2HVIA 4E1NA 5HL7L 4DHYA 3LP3A 2FBYA 4CJ3A 1GOBA 3D2FA 4Z4FA 3GG4A 5TKWA 5BPLA 2QI2A 4O4GA 3VQDA 5SZTA 1QE1A 4DV7K 3S3OA 1X9MA 3O1BA 3WXKA 1W2BM 4LC9B 2W6LA 2KW4A 3VQQA 1REVA 1C1CA 1GLFO 1RT2A 2HVHA 2GX9A 3AAQA 1C1BA 5BR9A 5JVHL 2P9LB 2OZMA 2VCPA 3SAHA 3E9OA 2F9WA 1NLVA 4DTXA 5GIOA 4I6MA 4IOCL 4A5BA 4F3OA 1NJIO 4JV5K 1JCEA 3CERA 4FJ9A 3CCUN 4MFBA 2IDOA 1Q9YA 1WAJA 3RMBA 3KLEA 4CJQA 4M3UA 1R59O 4LSNA 3L6QA 5ADXA 4BRAA 5C15A 3LZIA 3DWLA 4N76A 2W40A 4FJNA 3EY1A 2H3GX 1ATRA 3I56N 3HYFA 3VTHA 3ID6A 4CZGA 3KKSA 3U3YA 3OYJA 1U49A 3CI5A 1NM1A 3TR8A 1CZ9A 2HOEA 2GBZA 1TK8A 4FJ8A 3ATUA 2ZQBA 4DTJA 3KTQA 2D0BA 3S3MA 1YJNN 4CGIA 4FM0A 3OY9A 2YX6A 4DWIA 4CJPA 3C65A 2AJQA 1KAXA 4U7BA 1G15A 2Q1NA 4E7LA 4CEAA 3DMJA 3EKSA 4FJHA 3OYMA 4YDUA 2Z1GA 4F3TA 1K73O 4A61A 3DLBA 3GL1A 5FDLA 3HRGA 3PO5A 4JKHA 3AVAA 1FW6A 1C6VA 4DV5K 4KI6A 1WAFA 4BR9A 3EE9A 4JKCA 2J4RA 3CM6A 4GV3A 5AQHA 3KJVA 3QEVA 4FJJA 4BG9A 4CZMA 4H0OA 1Y97A 2VGMA 4IG3A 1U2VA 3LP1A 2YKMA 5DMRA 3SMPA 3WQTA 4CECA 4OGCA 3ULEB 1U4BA 2ASOA 1TK5A 3M5RA 2E2PA 3QFUA 3RR8A 4OO1J 4YDUC 3DLLL 1TAQA 1KAZA 5AQQA 5HOOA 5BN9A 4KAZA 3VENA 4YOTA 1JXBA 4KHYA 3I8DA 4QS9A 4WYBA 1QQOA 4FK4A 1HNXK 1NGJA 1VSIA 4BE1A 2HBJA 3RSEA 4FPBA 2CGLA 4CK3A 4E7HA 4B1ZA 3SJHA 2VG5A 3PIOL 3VQBA 3C7NB 4KTWA 4PWDA 3AVBA 4BRNA 3CFRA 3CIPA 4B3RK 4CW7B 1LCUA 3F5TA 1YJ9N 4BR2A 4CE9A 2QWQA 3O4NA 1BCMA 3JYTA 3T19A 3R6MA 3AVGA 1EKEA 5EXWA 3CCMN 1W97L 4H5TA 3CG7A 4CJFA 4X66K 3FE1A 2DFFA 5FRMA 1NGEA 2VWKA 1L3VA 3V9ZA 2GWKA 1TKZA 3CJ9A 5AQJA 4B1VA 5HRNA 1NGAA 4YY3K 3CF5L 2NNWA 3MN6A 4C1NK 1A5VA 4XH5A 4J2EA 2CH5A 1J5EK 1JLCA 3NF9A 3SQ4A 4QS7A 1N6QA 4K0KK 2HHQA 1VQON 3ZT0A 3NGYA 1JLFA 4CZHA 1W9HA 2YV0X 5JS2A 3HP9A 3RMCA 5AQWA 3T1YK 3AY9A 4HTUA 4CD1A 3U4LA 2IOCA 3L3UA 1X9SA 4B9LA 2W6KA 4J8FA 4IFEA 4HUGA 5JVGL 2PZSA 1NK5A 1GLAG 4BRFA 5JICA 3AA5X 4B8CA 4FJIA 4KHUA 1IKYA 2QXLA 3L2QA 3TABA 4CF1A 3VEVA 1TV6A 2P9KB 3PIPL 4A59A 1Z26A 3VETA 4E89A 1TUYA 2P9UB 2XY5A 1L3TA 1E4FT 2V51B 1NBWA 2Q31A 1NJZA 4DTOA 4M7YA 3OYNA 1QQMA 2G8VA 3SNNA 1W7AA 1L5UA 1DEJA 3OYEA 5BR8K 2QK9A 4FLYA 3UKRA 1ASWA 2B6AA 2RE2A 4KPYA 2OCEA 3O08A 4DU3A 3KLHA 1BGXT 3CC4N 1IKWA 1NOYA 3NH1A 2QWPA 3OS1A 1HNVA 3KK2A 3V6DA 3QERA 2HNDA 2JGUA 5KI6A 3VESA 4H5WA 3OS2A 4LF8K 3CCVN 3EZWA 2ZWHA 4DFJA 3CJBA 3ZSZA 4W5QA 2O8EA 4BVPA 3HPHA 1CXQA 4JKFA 4FLZA 1UWBA 5BPMA 3G6EN 1S1UA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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