5AZJA

Crystal structure of glycerol kinase from trypanosoma brucei gambiense complexed with 4np (with disulfide bridge)
Total Genus 177

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
513
structure length
513
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGTGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Trypanosoma brucei gambiense
publication title Glycerol kinase of African human trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity that can be exploited to accelerate anti-trypanosomal drug design
rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
total genus 177
structure length 513
sequence length 513
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5azjA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5azjA01
3CETA 3DAWA 3D2FB 2FF3B 4QS8A 3WEEB 2Q31A 2GWKA 4B1UB 3SK3A 4BG8A 4FWQA 5KPZA 2VWBA 3WXIA 2E2QA 5FPNA 5EXWA 3A8YA 4CJ7A 4FL9A 1V4SA 4EIAA 4BRLA 4I6MB 3HZ6A 4BGAA 3SLCA 1XQSC 3J8AA 4K42A 3L6QA 2P9NB 2QWPA 3VF6A 3ENHA 5AQFA 5F0XA 1BDGA 4BC3A 2A3ZA 2ASMA 5ADXA 3VETA 4ISEA 3CIPA 3BP8A 1XC3A 2Q2RA 4WQ5A 1KXPA 2E2PA 2QWLA 5KQDA 2GEMA 4DHYA 2P9KA 3CHWA 3BEXA 2V51B 3JXUA 5AQUA 3ZEUA 4BRNA 3KZBA 2QWNA 4WQ4C 5AQSA 5AQHA 3VEOA 1MWKA 2NRHA 3W0LA 1XUPO 4BRFA 4BREA 4JHDB 5AZIA 4BRGA 4PL8A 4CZEA 4CD1A 3CQXA 3VEWA 2A5XA 5AQPA 4B1XB 1NLVA 3A5OC 1NGBA 1NGDA 4BRQA 3BF3A 4PL7A 4E1JA 5BPMA 3VERA 2IIRA 4QS9A 1Z6RA 1GLBG 1YUWA 3ID8A 1T6DA 3IUCA 5E84A 1NGGA 1BU6O 1RDWX 3BUZB 4IJNA 5BPNA 4BRDA 3DXKB 5AR0A 4BVPA 5F1XA 3AARA 3GG4A 3ZETB 4BR9A 4QS7A 3O6WA 1NGEA 2E2OA 2IVNA 4H0XB 5I9EB 1HKBA 3WUHA 3L4IA 3DXMA 4NB4A 3ULEA 2P9UB 3U4LA 3CJAA 4H5WA 4JN4A 4WQ4A 2OANA 1NM1A 3FZHA 4CBUA 2F9TA 3VESA 4PKIA 4H0YB 4Y0WA 3IDHA 1D4XA 2Q36A 3LDPA 1ZC6A 1K8KB 4H5RA 2DPNA 3O1BA 1QQNA 2D0PA 2P9SA 3P4IA 3RSEB 5BR9A 3QBXA 3VGLA 4BRAA 3EO3A 2CGJA 4BR0A 3O80A 1JCGA 3VEVA 3DJCA 1NGAA 5AQJA 3H3OB 1S22A 4DQ8A 2HF3A 3R9PA 1E4FT 4IO8A 5AQLA 1V4TA 4GY2B 1HX1A 4CI6A 4H5NA 4IJAA 5AQVA 1GLEG 3A5LC 3MDQA 2NLXA 2UYTA 2CGLA 3BF1A 2J4RA 3SJHA 1DKGD 1RGIA 4BGBA 1QHAA 4BR2A 3H3NO 2A40A 4Z94A 4CZJA 1NGIA 2BTFA 5BREA 3FE1A 1HPMA 1CZAN 1TUUA 3ATUA 5KPRA 4K25A 2QXLA 3SMSA 3HI0A 2P9PA 2NZTA 5AQNA 3UB5A 3HM8A 1C0FA 3EL2A 4RTFD 2D4WA 2CH6A 2P9KB 3H1VX 2E2NA 2AP1A 2YHYA 2FSJA 2FXUA 4IXCA 4MLHA 2YJEA 3ZEUB 2YHXA 2E1YA 4BRMA 1T44A 2Q97A 5AQGA 4J8FA 5AZIB 4AM7A 4MO4A 4CBWA 2ZGZA 3LM9A 4CZIA 4XH5A 3D7EO 1J6ZA 5AQQA 3FLCO 3FZKA 3WXKA 1BOTO 3I33A 3LDNA 1HJOA 1YXQA 5BPLA 3C0BA 5LY3A 3A5MC 4A2BA 2FSKA 2PBDA 2H3GX 1GLDG 1GLJO 3VGKA 4B1ZA 4B1VA 2P9LA 3JS6A 5EOYA 1JCFA 1BG3A 2AA4A 3QFUA 5AQKA 3H6EA 3I8BA 4M7XA 3DXMB 3ULEB 1NGFA 3FFKB 3WT0A 5CE3A 3FZMA 3UE5A 5JLFA 3CJ7A 1YVNA 3QFPA 1MA9B 2ASPA 1NGHA 4CD3A 5BN8A 3D2EA 3DWLA 4PKHA 4RCHA 3AAQA 3W3DA 4FWMA 3GDQA 4WYBA 4CZMA 3O5BA 1NGJA 3L0QA 3ZX3A 2P9SB 4XH4A 1ATSA 2F9WA 1X9JA 4AM6A 3CI5A 3UKUA 2CGKA 2FLOA 2QWQA 4FWPA 4JNEA 2BUPA 2W40A 4DB3A 1S3XA 2W41A 5E26A 4K41A 1DEJA 1HUXA 3M6GA 4H5VA 1NWKA 3EN9A 3A0IX 3R8EA 5AQRA 5LJVA 1H1VA 2P9IA 3CJCA 4XEIA 2E88A 4GNIA 2GWJA 1WUAA 5FPEA 3VEZA 4FO0A 3VEYA 4A2AA 4CZGA 2ZGYA 3IMXA 4EAHD 3MK6A 3LDQA 3QB0A 4ISFA 5AQZA 2KHOA 2P9PB 1U2VA 5AQMA 3VENA 5KPTA 3CJBA 2ASOA 4JAXA 4FOEA 1ZXOA 1BA0A 4FWRA 4XH1A 3B8AX 1QQMA 3O8MA 1HKCA 1OKJA 2D0OA 4ISGA 2WUSA 4FWOA 3WQTA 5AQIA 3EZWA 4B1YB 5JLHA 2YCHA 3HBTA 3IFRA 3UKRA 1U6ZA 2GTDA 3R6MA 5AZJA 1C0GA 2QWRA 2EWSA 3MN5A 3SMPA 4PKGA 4BRPA 3QBWA 4H0VB 5F2RA 2ITMA 1SZ2A 3C7NA 4JD2A 4EHTA 4BC2A 1MDUB 4IZ9A 3H45C 2QW9A 1TUYA 1TYQA 4C23A 5EX5A 3MCPA 3FGUA 4M63C 2Q1NA 1WOQA 5AQOA 5AQTA 3FZFA 3KVGA 4BVOA 3LDOA 3O1WA 5BRFA 5JMVA 3CJ9A 1IJJA 2P9LB 1R59O 3AAPA 1QZ5A 5KQ8A 3HTVA 1GLCG 5AFUA 3LDLA 4FPBA 4K43A 2IVOA 1GLAG 3GL1A 4CZHA 3MN6A 4BQZA 2ZF5O 1Z05A 3WXJA 4BRKA 4NO7A 3U9DA 1KAZA 4FWKA 3EKUA 1ZBSA 4A62A 1HKGA 3FR0A 2ZWHA 4F9OA 3D2EB 4FWNA 4CBXA 4BR7A 4BR5A 2GUPA 1RFQA 3D2FA 3WEEA 3VOVA 2E8AA 3LL3A 3AY9A 2HOEA 3TPQA 4MLEA 3U8XA 2VYPA 4H03B 2QWOA 3KHYA 2PAVA 5BRDA 1KAXA 3UKUB 2IVPA 4I6MA 5BRHA 1JCEA 2A6AA 2P9NA 3MMVA 2FF6A 4BROA 2D1KA 5EVZA 3HSCA 2E20A 1P8ZA 4BG9A 4RWTA 3OHRA 3QDKA 1KAYA 3VGMA 2VCPA 5ELZA 1NBWA 4FPAA 3O4WA 4HTLA 2P9IB 1T6CA 4M7YA 3FZLA 1SAZA 3WQUA 5LJWA 5B8HA 4KBOA 2HMPA 5JICA 5EY4A 4BRHA 3U9ZA 4CZLA 5AQWA 2YHWA 2E1ZA 1MWMA 1SQKA 3VPZA 1ATRA 3MN7A 3QICA 1LOTB 1ESVA 1X3MA 3ZX2A 1GLLO 2Q0RA 1U2VB 4JHDA 4B9QA 1BO5O 1HLUA 1ATNA 1X3NA 2Q0UA 2FSNA 3ENOA 4A61A 4BRIA 4FWLA 3WXLA 2I7NA 3VF2A 4FSVA 1GLFO 4EFHA 1DGKN 5TKYA 4L3QA 4H0OA 2QWMA 4YDUC 3CJ1A 5BN9A 4EHUA 3MN9A 2CH5A 5AQYA 4FWSA 1EQYA 2QM1A 3ZX0A 3O08A 5AQXA 4BQLA 1NMDA 4LC9B 3UKRB 3EKSA 5FPMA 5AZJB 2V7ZA 4BC5A 3DXKA 2YJFA 1BUPA 4O8KA 2GELA 3ZETA 2V7YA 3CQYA 1E4GT 4MO5A 1IG8A 3ATVA 3C7NB 4JD2B 2P9UA 4CZKA 3CERA 1NGCA 5AFUH 3TU5A 4CZFA 1TYQB 1Y64A 3F9MA 1BA1A 1YAGA 5FPDA 3H46O 3LM2A 4B1WB 4H0PA 2HF4A 3M3ZA 4IWVA 2A41A 3GE1A 4FOIA 3VF4A 2I7PA 3A5NC 1QZ6A 1K8KA 4BRCA 3M1FA 4YDUA 3S41A 3RSEA 1QQOA 3QMLA 2V52B 4H5TA 3GBTA 1G99A 1LCUA 2YI1A 5ADXH 4WQ5C 4DCHA 4BC4A 4BR4A 3G25A 4H0TB 3GOIA 4HWIA 4O5FA 3VEXA 2A42A 1Q18A 3H1QA 1BWFO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WC9A 3DAWA 4QS8A 4W5NA 3TTCA 4A5BA 4E7LA 2GWKA 3LP2A 3NH1A 4FW1A 5E41A 3VQAA 4DQSA 2E2QA 4CJ7A 2JWKA 4HTUA 4RW4A 4BRLA 3CM6A 4I6MB 5J2NA 3SLCA 1XQSC 4K42A 1IBKK 1RDAA 4M3TA 2OYQA 4FZZA 1S1XA 3AVHA 4YOUA 1BDGA 4BC3A 3CG7A 3ZSVA 5LMNK 3CIPA 3VQ4A 4AHSA 1YIJN 4C8KA 1XC3A 1KXPA 2QWLA 2QKBA 5EU7A 4DV6K 2P9KA 4Z4EA 1BI4A 1TKXA 1VSDA 1ZBLA 4M3ZA 4FLYA 4BWJA 1N32K 1VSJA 1QVGM 4KREA 3VEOA 4BRFA 3OYAA 4JKGA 4BRGA 3AO2A 4PL8A 3PIPL 3J81O 3DLRA 4IEIA 4CD1A 3CQXA 3VEWA 4ICLA 1BL3A 1NGBA 4DV5K 3T1HK 4BRQA 4GV6A 4E1JA 4J2EA 4WE1A 2OZMA 3TWHA 3VQBA 1SL2A 1GLBG 3ID8A 4OPKA 3IUCA 1NGGA 3SCXA 4Z0UA 4IJNA 5BPNA 3V1RA 1BQNA 2G8UA 1VQNN 4DS4A 5F1XA 3WXMB 4QS7A 4CJLA 3MXJA 1O13A 3ZSWA 1NGEA 2E2OA 1OH5A 4OPJA 1S9GA 1QSYA 3P39A 3L4IA 3TABA 3ULEA 3CJAA 4FJHA 3THXB 1DTTA 4LD0A 3VESA 3SUPA 4X62K 4F3TA 4IOXA 3IG1A 1XMOK 3IDHA 1BCMA 1GOAA 4M41A 3QEWA 3O1BA 1Z25A 3D6RA 4FJLA 5BR9A 4BRAA 4ILHA 3LAMA 3NH2A 4EP5A 4DR2K 4OX9K 1JCGA 3DJCA 1N34K 4JKAA 4KPYA 3BZKA 3WNHA 1TGOA 2BANA 3R9PA 1E4FT 1W0HA 4GY2B 2NRXA 3BGRA 3KLGA 3E66A 3TR8A 2CGLA 1LW2A 5HLFA 3VTIA 5HOOA 2IS3A 3T19A 4Z94A 1RDCA 1NGIA 2BDPA 4FJXA 2BTFA 1ZYQA 1TUUA 4DTRA 1L3VA 3AO3A 2IC3A 3ZSYA 1C0FA 3H08A 4ZTJA 3S3OA 1LV5A 3RRHA 3TSQA 2VWJA 2CH6A 4R79A 1RCHA 3NAEA 2KQ2A 2AP1A 1KLMA 1E3MA 2FXUA 3TAMA 4FYDA 3KIOA 2YHXA 3ULDA 1FXXA 1J53A 4BRMA 4CHQA 4IG3A 5M1PA 3MXMA 5FRNA 3EE8A 3OS2A 1YJWN 3HPGA 4MO4A 4FXDA 4YOTA 1D9FA 3HOTA 3LDNA 1HJOA 4CCHA 4QOZB 4N47A 4FM1A 3JS6A 4JI6K 1BCOA 5GINA 1T03A 2W6KA 2O8FB 4OKJA 2DFHA 3DXMB 2X78A 3FFKB 3WT0A 5CE3A 2DFFA 4JYAK 2VQEK 3SUNA 4DTUA 1VSKA 3C65A 1C6VA 2ITGA 4RW7A 4KHUA 3PIOL 1MA9B 1NGHA 4CD3A 3CC4N 1HNIA 3CCMN 1QVFM 3GDQA 4DLEA 2E4LA 3K9JA 2HHXA 4HUFA 1U48A 2RE2A 1NGJA 1WSFA 1HMVA 3L4QA 2P9SB 4GV3A 3LP0A 3RR8A 1CZBA 1VQ6N 2X6SA 3UKUA 1JLFA 1NNEA 1S1TA 3T1YK 1DT9A 3HOSA 3OYNA 3P5JA 3ALYA 1HUXA 3M6GA 3T1AA 2W42A 3PX0A 4I2PA 3RMBA 3NGIA 1H1VA 3SJJA 2GBZA 2HHVA 3CJCA 1YT3A 4XEIA 3CCLN 1W7AA 4KV8A 2D0CA 4JEPA 4FVUA 3SPZA 4CZGA 2XY7A 3QNNA 4B9TA 2UU9K 4CECA 1KVCA 4N5SA 2QTDA 3AVBA 2HBJA 2E6LA 3S3NA 3ZT2A 2ASOA 4GMJB 3VMFB 3DLLL 2R7YA 3J7AP 4FOEA 1NJXA 1BA0A 1HQUA 3NGYA 4FWRA 3O8MA 2D0OA 4ISGA 4FWOA 3WQTA 3EZWA 4OO1J 4NXMK 4B1YB 5JLHA 1D8YA 1BQMA 4FVMA 5C0YA 4CJTA 4FZYA 1L3TA 3SMPA 4PKGA 4BRPA 4Y1DA 3FFIA 3CCQN 3CC2N 4K0KK 1SZ2A 3TI0A 1JLEA 4M3WA 3Q7BA 4EHTA 4IZ9A 4LSNA 1TUYA 1TYQA 2FC0A 3MCPA 5AQOA 4CF2A 3V1QA 1Y97A 3CJ9A 1U4BA 4PQUA 5M1KA 2YHBA 4FLVA 1GLCG 3LDLA 3OYEA 4GKKK 1KRPA 2IVOA 1QSLA 1NJZA 2F96A 3MEEA 3MN6A 5CHIA 3LWMA 1NU0A 4LF8K 1WN7A 4BRKA 4WFAL 4CEZA 1KAZA 3M8QA 3VQPA 3EKUA 4JKBA 2GX9A 4C8NA 5FLXO 3OYIA 4DTSA 4OKEA 2E6MA 4JRPA 3KKSA 5HL7L 3CCEN 3NHGA 4DWIA 2YKMA 3LL3A 3AY9A 4DTOA 4O0JA 2VYPA 4KHWA 2QWOA 2G8IA 5CYQA 3VQ8A 1XI1A 2QKKA 3TSPA 4CEOA 4I6MA 1JCEA 4JKCA 1SL0A 5KRTA 2A6AA 2E20A 1P8ZA 3B6OA 4KO0A 5M1FA 3VGMA 3DM2A 2VCPA 1NBWA 4FPAA 4HTLA 1T6CA 1R0AA 2YV0X 3FZLA 4CJFA 4E1MA 5B8HA 2O8CB 5EY4A 1C0MA 3DI6A 5AQWA 5HP1A 1QE1A 1SQKA 1ATRA 3MN7A 2G8WA 1XHZA 1W2BM 1LOTB 4W5RA 3TAPA 1GLLO 4C1NI 2FBYA 1ATNA 2FSNA 3VQ9A 1JKHA 1IH7A 4A61A 5CZ1A 2OZSA 3I0SA 1GLFO 1ILYA 2ZJRL 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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