5AZJB

Crystal structure of glycerol kinase from trypanosoma brucei gambiense complexed with 4np (with disulfide bridge)
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
513
structure length
512
Chain Sequence
FTMKYVGSIDQGTTSTRFIIFDERQRPVSVHQVPHTQHTPHPGWLEHDPMEIFRSACKCMSVAIAKLRQKDASFRKIEAIGITNQRETTVAWDRVTKEPLCYAPVWNDLRTYDITKKVTAELGGGDSMFASKITGLPVSTYFAAFKMRWMLENVPAVADACRRGTLCFGTIDTWLMYKLSGGKAFVTDVTNASRTFLMDLRTRKWSPELCEKLKIPMETLPEIRSNSELFGYVETDECGVAAALNERTPIMGSIGDQQSALFGNMCFEKGEAKNTYGGCFLLMNVGEEARFSKHGLLSTVGFQVGRDGPCYYALEGAIACAGATVEWMRRNMNLFSHITECEKLARSVPGTQGIVFVPAFSGLLAPYWDPSARGTIVGMTLKTTRAHVIRAALQAIALQLNDVVGSMKRDAGLNLSSLRVDGGLSKNGLLMEIQASLLGVDILVPSMHETTALGAALCAGLAAGVWTSLEEVKAVSRRENSWKTVSPSGSAMEREAMIAEWREALKRTKWAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Glycerol kinase of African human trypanosomes possesses an intrinsic phosphatase activity that can be exploited to accelerate anti-trypanosomal drug design
rcsb
molecule keywords Glycerol kinase
molecule tags Transferase
source organism Trypanosoma brucei gambiense
total genus 178
structure length 512
sequence length 513
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2015-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
B PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5azjB02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5azjB01
1U2VA 1MWMA 3DJCA 1QQOA 3VETA 1HKBA 5F2RA 3D7EO 4B1WB 4FWQA 4IXCA 3UKRA 1SQKA 3GDQA 1YXQA 3R6MA 2QWPA 2V7YA 1E4GT 3D2EA 3VEXA 2E2NA 4H0OA 4H5NA 2IIRA 3VEYA 1RGIA 1QQMA 1IG8A 2QWLA 4CZKA 1ESVA 3ZETB 1GLEG 1S22A 2Q36A 5BRDA 3CJ9A 2GUPA 1GLLO 4Y0WA 3W3DA 3QICA 3SJHA 4A2BA 2P9SA 3MN5A 1X9JA 1DEJA 5AZJB 4BG9A 4BR0A 5KPZA 4IO8A 3VGKA 4CBUA 2V52B 4YDUA 2P9NB 3FZKA 4XEIA 4I6MB 3FGUA 1BA0A 1NGFA 1ZXOA 3H3OB 3UE5A 3VPZA 4BG8A 3DWLA 1BDGA 3BF1A 3DXKB 1NGCA 1JCFA 3HSCA 2BUPA 4K43A 3L4IA 4K42A 4BRHA 5E84A 1E4FT 3BUZB 3A5MC 5FPNA 4JD2A 3HBTA 4FWOA 4CZHA 5BN8A 4EFHA 2CGJA 5AZIB 1BWFO 2P9KB 4FPBA 5JLFA 4CI6A 4CZIA 4BR7A 3I33A 1K8KA 3H1VX 5AQKA 2CH6A 3MK6A 4BRMA 4XH4A 1ZC6A 3C7NA 5AFUA 3U9ZA 2ZGYA 3IFRA 1TYQA 1D4XA 4GY2B 4CZGA 3LDNA 2IVPA 1BUPA 2GELA 4H0PA 5BPLA 3S41A 4QS9A 4BVPA 4LC9B 4IZ9A 3LL3A 2OANA 2QM1A 3EKUA 4FO0A 1HKCA 4CBXA 3CERA 2A6AA 3DXMB 2QXLA 2Q31A 4BRPA 2UYTA 1YVNA 3WUHA 1J6ZA 5AQUA 4DCHA 1QHAA 4EHTA 1BO5O 3JS6A 1JCGA 4BR5A 4BRKA 3H6EA 1LCUA 3H1QA 5AQFA 3QFUA 4JHDA 5I9EB 1JCEA 3ENHA 4B1UB 4NB4A 1ATRA 2E2PA 2HF4A 1KAYA 2GEMA 3AARA 3ZX0A 4YDUC 4PKIA 1V4TA 3UKUA 3MDQA 2ZGZA 3CJCA 3QFPA 3VF2A 3AY9A 3CQXA 5AQXA 4BRQA 4BVOA 1T6CA 1BA1A 3IUCA 3GL1A 2V7ZA 1Q18A 3VENA 1KAZA 3FE1A 5EXWA 3CIPA 4CZLA 1GLBG 3ZEUA 4XH1A 5LJVA 5BN9A 3R8EA 3L0QA 4CZFA 4FWKA 4B1YB 1NM1A 4F9OA 3W0LA 5AQQA 1QZ6A 3AAPA 4BRCA 5KQDA 4WQ5C 5EY4A 4CJ7A 5E26A 5JLHA 4K25A 3VGMA 1NGAA 2P9LB 4JAXA 5FPEA 3H3NO 1X3NA 4BRLA 3A5LC 1V4SA 2NLXA 2YHXA 4FWSA 4H03B 3ULEA 3VOVA 5AQPA 1XC3A 2IVOA 3FFKB 3WXJA 4MLHA 3F9MA 3L6QA 4FWNA 3ATUA 3DAWA 4FWPA 1EQYA 1TUYA 5AR0A 4JNEA 1TUUA 3BEXA 5AQTA 4IJNA 3IDHA 4CZMA 4BROA 3WXIA 5ADXH 1HKGA 3CJ7A 4FWLA 2IVNA 5BPNA 4PL7A 3CJBA 1Y64A 4Z94A 1NGJA 3GBTA 1P8ZA 4K41A 1X3MA 4NO7A 4PKGA 4DB3A 2V51B 2YCHA 4BR2A 1ATNA 2A5XA 2FSNA 3EL2A 1OKJA 2YI1A 2QWNA 2ASOA 2E88A 3FZMA 1HUXA 3SK3A 2P9IB 3EZWA 4RCHA 3D2FA 3HZ6A 4DHYA 1NGGA 1HX1A 2I7NA 1XQSC 2ZWHA 5EVZA 2P9UA 3WEEA 4BQLA 3M1FA 3HI0A 4H5TA 1DGKN 4H0XB 2P9PB 4A2AA 3HM8A 1HJOA 3O1WA 1NGDA 2AA4A 5AQYA 5KQ8A 2ITMA 1T44A 1U2VB 4WQ5A 1RDWX 5B8HA 3U8XA 2A42A 5EOYA 3C0BA 4M7YA 2Q0RA 1MWKA 4ISGA 3LM9A 3UKRB 2ASPA 4QS7A 2EWSA 1YAGA 3RSEA 1QQNA 3D2EB 4B1VA 1T6DA 4A62A 4BC3A 1BOTO 1SZ2A 2VYPA 1GLAG 1DKGD 3BF3A 5AQGA 4BC4A 2FXUA 2YHYA 4BRGA 2QWOA 3SMSA 5JICA 2HF3A 1Z05A 3VEOA 3VERA 2P9SB 5F1XA 3WXLA 3JXUA 1GLDG 3A0IX 5JMVA 5EX5A 2E8AA 2VWBA 2NRHA 3LDPA 2A3ZA 4BR4A 5FPDA 5TKYA 1GLFO 2DPNA 4AM6A 2VCPA 3WXKA 4WYBA 4BGBA 2QW9A 2A40A 4JD2B 3ZETA 4J8FA 4FSVA 1GLCG 2CGKA 3WQTA 2I7PA 4QS8A 2D0OA 4M63C 1K8KB 4FOEA 5AZJA 3CHWA 1NGIA 1NMDA 2FF3B 3C7NB 2P9NA 2Q2RA 2F9WA 1TYQB 1HLUA 4I6MA 5AQRA 5LJWA 4EAHD 1G99A 4DQ8A 1HPMA 3DXKA 2FSKA 1KXPA 3O4WA 4CZJA 4B9QA 4FL9A 2BTFA 4JN4A 4BQZA 3U4LA 2E1YA 2HMPA 5AZIA 3M3ZA 2P9KA 1C0FA 1KAXA 4WQ4C 4FOIA 5AQVA 3MN9A 2CH5A 4CZEA 3MN6A 4L3QA 2QWQA 5ADXA 2J4RA 5AQHA 3VEWA 4E1JA 3VEZA 4JHDB 4XH5A 4H0TB 3R9PA 2F9TA 2FSJA 3ZX2A 3EO3A 4RTFD 2D0PA 1R59O 4BC5A 2ASMA 4MO4A 4FWRA 3UKUB 3VF6A 3KZBA 2PAVA 3CI5A 5AQJA 3DXMA 3IMXA 1S3XA 4O8KA 3QBXA 3GG4A 4M7XA 2FLOA 3O6WA 2YHWA 3M6GA 4BRNA 2W41A 1C0GA 2W40A 1XUPO 4BRAA 4EIAA 3QBWA 1BU6O 4CD3A 4H5RA 5AQSA 3FZHA 3SLCA 4IWVA 3FZFA 3VESA 3ZEUB 3H46O 1ZBSA 4CD1A 3CJ1A 3UB5A 2GWKA 3LDOA 4H0YB 4BRIA 2Q0UA 2QWRA 3AAQA 5AQIA 5AQNA 3FZLA 4ISEA 4B1ZA 2WUSA 3BP8A 3U9DA 1SAZA 4FWMA 3VGLA 1H1VA 5BPMA 1NGBA 3O1BA 4PL8A 5F0XA 1CZAN 5KPRA 4MO5A 2E1ZA 4BC2A 1RFQA 3KHYA 3GOIA 1MDUB 2AP1A 3SMPA 3ZX3A 3ULEB 2GTDA 3A8YA 4A61A 5KPTA 3TU5A 1NWKA 2E2OA 2Q97A 2ZF5O 5AQLA 3I8BA 3MMVA 4WQ4A 1ATSA 1NGHA 2YJEA 3WT0A 4GNIA 4HWIA 3B8AX 2YJFA 5AFUH 2P9LA 3H45C 3ID8A 4H0VB 4HTLA 4B1XB 3ATVA 2D4WA 4FPAA 5AQWA 5LY3A 1YUWA 3EN9A 4BRFA 3CJAA 3VEVA 5AQZA 3QB0A 4CBWA 4BGAA 4C23A 2KHOA 5AQOA 4PKHA 3D2FB 1Z6RA 3OHRA 2H3GX 2HOEA 3KVGA 3MCPA 4BREA 3O80A 1GLJO 3LM2A 4ISFA 1WUAA 1WOQA 2P9UB 3EKSA 4KBOA 3WEEB 4IJAA 3TPQA 5BRHA 1NBWA 4EHUA 1NGEA 1BG3A 4MLEA 1IJJA 2E20A 3LDLA 3A5OC 3WQUA 3O8MA 4O5FA 3VF4A 5BREA 2Q1NA 3LDQA 1U6ZA 3CETA 5FPMA 2CGLA 3QMLA 3O5BA 2E2QA 4BR9A 3CQYA 3MN7A 2P9IA 1MA9B 2PBDA 4H5VA 3FLCO 2GWJA 3RSEB 1LOTB 3P4IA 5BRFA 5CE3A 1NLVA 3GE1A 3FR0A 3A5NC 4RWTA 1QZ5A 2NZTA 3G25A 3J8AA 5AQMA 2A41A 5ELZA 2P9PA 3O08A 5BR9A 2FF6A 4H5WA 3QDKA 2D1KA 2QWMA 3HTVA 3ENOA 4AM7A 4BRDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CR4A 4DU1A 4CF0A 4HTUA 1QQOA 3VETA 1VRTA 2D0CA 2HHSA 4M3TA 5JS2A 3TABA 1XHZA 3GDQA 3VEXA 3D2EA 2E2NA 3VEYA 4MDBA 4OGEA 4CZKA 2HHHK 1NKEA 3ZETB 3OYFA 2P51A 1S22A 5BRDA 5J1EA 4YOWA 4E89A 3K9JA 2P9SA 4L8RB 1DEJA 4BR0A 2PZSA 1KCFA 3FZKA 4YDUA 1I39A 2JWKA 3FGUA 3VPZA 4I6MB 3UE5A 1RT4A 3DWLA 5MLCQ 3BF1A 3HVTA 1Q82O 3VMFB 1VQ8N 2NRWA 3HSCA 3TAGA 4K42A 4BRHA 4FM0A 4DKWA 2HSTA 4AILC 3NBPA 4FK0A 3O9RA 4BE1A 4CI6A 2PFUA 4CZIA 4AQYK 1VSFA 4AF1A 5AQKA 3SUQA 4HCBA 3KIOA 2CH6A 5GIPA 4CGFA 4JI2K 3EE8A 3U9ZA 3NH0A 2R7YA 1LV5A 3ZT3A 3M8SA 3CCEN 4H0PA 4RW9A 3ZT4A 4JKEA 5GAHP 1WSIA 4QS9A 2RPIA 3OYEA 1VSJA 2OANA 2QM1A 1BCMA 4CEAA 3K5NA 3M8RA 1ASVA 4ZTFA 1YI2N 2O8EB 3V9ZA 2D0AA 4KHQA 2VG5A 4DCHA 4EHTA 3AVJA 1WSFA 2KFNA 1KQSM 4BRKA 3THWA 4FM2A 2ITGA 1C1AA 3J7ZO 5I9EB 1VQMN 4FLTA 4B1UB 2HF4A 3U6FA 5M1QA 4IFVA 1BI4A 2HBLA 1N6QA 4N41A 3UKUA 4JI8K 3QEVA 3AY9A 3MAQA 3I8DA 1LWEA 3HYFA 3VQ4A 1BA1A 2OPSA 1YF5L 1IKWA 4DV7K 1HQUA 1Q18A 4KPYA 3FE1A 1JLCA 4JLHA 5EXWA 3ZSXA 4FZZA 1CXUA 3CM5A 5BN9A 3R8EA 4CFAA 4DSIA 3CFRA 4FWKA 4W5NA 4B9NA 3AAPA 2F8TA 2X78A 4IOCL 1HNVA 3TAMA 1TL1A 5JLHA 4B3OA 5KRTA 3KWGA 1X3NA 3A5LC 2NRTA 4DQPA 4O4GA 1V4SA 2YHXA 3ULEA 3I55N 3VOVA 1HYVA 3TTDA 4DR3K 1RDCA 1XC3A 2IVOA 5KI6A 1Z26A 3ZLJA 4MLHA 3ATUA 4FWPA 3TSUA 4MQ3A 1BQNA 4CJUA 1L3SA 2Q3SA 3AVCA 3CJBA 1IH7A 3VQAA 4Z94A 4BDPA 2B5JA 1JLGA 1QVFM 3GBTA 3ID6A 3DLKA 4K41A 1NK0A 4KHNA 4PKGA 3G71N 2V51B 3AA2A 2FSNA 3EL2A 3VQ8A 3O9UA 4KRFA 4CJWA 4DR4K 5HRPA 4GW6A 4OPHA 3D2FA 4GV3A 4RW8A 4EP5A 2I7NA 3T69A 4E7IA 3EZ5A 2ZWHA 5EVZA 1N36K 4BE2A 2O8BB 3HI0A 3ASMA 3P38A 4H0XB 2P9PB 4A2AA 3HM8A 1OH7A 1SV5A 4H4MA 3BZCA 2HB5A 3IKMA 1VSKA 4CEBA 1W2BM 1U2VB 4ZTJA 4WQ5A 1RDWX 3U8XA 4FK2A 5M1NA 3QERA 4Q0BA 4ISGA 1MWKA 3LM9A 2ASPA 3QINA 4QS7A 3OBYA 4DQSA 3MEEA 4B1VA 2Y1IA 4DQRA 4A62A 1YHQN 4I9LA 4CF8A 4OKJA 2VYPA 5AQGA 3DLRA 1EO1A 1HNZK 4CHOA 3E9OA 4BRGA 3LZIA 1XMOK 4FZXC 4FJ9A 2OPQA 3SMSA 1CZ9A 2HF3A 1RBSA 4HUGA 2DFEA 3WXLA 2DFHA 4DTRA 1TKZA 2VWBA 4DV3K 1C1BA 2A3ZA 5TKYA 2VCPA 1HNXK 3WXKA 4YOVA 3KLHA 3VTHA 4WFBL 1GLCG 2HHQA 4JKGB 3SQ0A 2I7PA 1YITN 2UXDK 2KW4A 4FOEA 4PHTX 3I56N 4DU3A 1XNRK 2OTLN 2P9NA 1TYQB 3ZSVA 1HNIA 5LJWA 4EAHD 1S72N 3AVHA 3B6PA 1HPMA 3K57A 4DSFA 3LPUA 2HHWA 4CZJA 1OH6A 5T7BA 1Q9XA 2O8CB 1WAFA 4N47A 4RG8A 1TKDA 4CJSA 3KK7A 1KFSA 3M3ZA 4FYDA 1T03A 1ZBFA 1QSYA 2FBVA 3VQ5A 1RT6A 4CZEA 3MN6A 4J2AA 4M3YA 2LSNA 4XH5A 3VQQA 2FSJA 3ZX2A 3EO3A 3CF5L 4MDAA 4BC5A 3AO5A 1D5AA 4MO4A 2PAVA 3AA3A 3IMXA 3M5RA 2FLOA 1VK0A 2YHWA 3M6GA 3CCLN 5FRNA 3JSMA 2NRVA 3SPYA 1C0GA 5K14A 3NH2A 1FJGK 1XUPO 1KSPA 1GOBA 2X6NA 3VESA 5AQSA 3FZHA 3SLCA 4IWVA 5JVHL 4M3WA 3PIOL 1J5EK 1U48A 4FJXA 3ULDA 1SKSA 1Q9YA 3G0ZA 4H0YB 3VQCA 3AAQA 3HM9A 4ISEA 2WUSA 5KRSA 3U9DA 4DSJA 1LW0A 1SAZA 4RW6A 3PUFA 4C8LA 3I0SA 3QETA 1RFQA 2IS3A 1QQCA 3GOIA 1K6YA 1S6QA 3TSPA 1WSGA 1MDUB 2AP1A 3TTFA 3ZX3A 3SCXA 2GTDA 4M41A 1NWKA 4DR2K 3LP3A 3I8BA 1ATSA 1J5OA 4BDYA 3SQ4A 1WBDA 1KLNA 3OYHA 3RR8A 4ZHRA 1F21A 1GOCA 1U49A 1FXXA 1TAUA 3L3VA 1YUWA 3EN9A 4DLGA 1HNWK 2KLAA 3VQPA 3QB0A 5AJ3K 4C23A 1KD1O 4PQUA 1Z25A 1HYZA 3RMDA 3KVGA 4ISFA 3CPEA 4IG0A 1WOQA 4DSKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3NMU A;  3WT0 A;  4Z4I A;  4NYN A;  1EKE A;  3VQD A;  2VQE K;  4KB0 A;  5J2N A;  4JKH A;  4J2D A;  3B8A X;  4CJQ A;  3CD6 N;  2P9L A;  2X6S A;  4H0V B;  3T3F A;  4B1X B;  3ATV A;  4N5S A;  1IKV A;  3HP9 A;  2W42 A;  3NF8 A;  4B3M K;  4IOX A;  4BRF A;  3CJA A;  4DUY K;  3CYM A;  1S9G A;  4BGA A;  5H1S Q;  4IOA L;  3C6A A;  5AQO A;  1ZYQ A;  1D9F A;  5M1F A;  5M1P A;  1RT7 A;  2WOM A;  3RMC A;  2H3G X;  2HOE A;  4BRE A;  3KJV A;  3O80 A;  3EYZ A;  1CLQ A;  3V6D A;  1IBM K;  3WEE B;  1C0T A;  3EKS A;  1B9D A;  3TPQ A;  4G9Z A;  4EHU A;  1NGE A;  4DF4 A;  3P39 A;  1JL2 A;  3HPG A;  3THY B;  4DR1 K;  2OPP A;  4X65 K;  2KKZ A;  4FXD A;  1U6Z A;  3LAL A;  5FPM A;  4CEO A;  3S3N A;  3O5B A;  4JS5 A;  2E2Q A;  4CJL A;  4X62 K;  5BRF A;  1Y97 A;  3FR0 A;  4RWT A;  2NZT A;  4K8X A;  3E1Y A;  3ZSZ A;  2XO7 A;  5GAG P;  2D1K A;  2HNY A;  4BRD A;  1SS6 A;  4KH6 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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