5BR9A

Crystal structure of an uncharacterized protein with similarity to peptidase yeaz from pseudomonas aeruginosa
Total Genus 63

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
217
structure length
217
Chain Sequence
HMSTLLALDTSTEACSVALLHEGRALSHYEVIPRLHAQRLLPMVRDLLDEAGVALSAVDAIAFGRGPGAFTGVRIAIGVVQGLAFALQRPVLAVSDLAILAQRAYREQGAERVAAAIDARMDEVYWGCYQLQQGEMRLAGSEAVLPPERVAVPWDAAAADWFGAGTGWGYVERMPQRPVALDASLLPHAEDLLSLAGFAWARGEGVEAEQALPVYLR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS1 (4-8)S2 (13-20)TII1 (31-34)AH4 (188-201)S3 (23-30)TIV1 (19-22)AH1 (38-50)S4 (59-63)S5 (90-93)TI3 (206-209)AH3 (95-107)TVIII1 (109-112)S6 (111-118)TIV4 (157-160)S7 (122-131)TI'2 (119-122)TIV5 (173-176)S8 (134-144)TIV2 (130-133)3H3 (146-148)TI1 (154-157)S9 (161-163)S10 (179-181)TI2 (181-184)3H4 (165-172)TVIII2 (177-180)3H2 (54-56)3H1 (35-37)AH2 (69-86)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Unknown function
source organism Pseudomonas aeruginosa (strain atcc 15692 / pao1 / 1c / prs 101 / lmg 12228)
publication title Crystal structure of an uncharacterized protein with similarity to peptidase YEAZ from Pseudomonas aeruginosa
rcsb
molecule keywords Uncharacterized protein
total genus 63
structure length 217
sequence length 217
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-05-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00814 Peptidase_M22 Glycoprotease family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5br9A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5br9A02
3EL2A 1JCFA 1X3MA 1XQSC 1HX1A 1NLVA 3DJCA 1ESVA 3EO3A 4PKIA 4EIAA 3ZETA 3EKUA 4PL7A 3WXIA 3CQXA 4BR0A 5BPNA 5AQSA 5KPZA 1BA1A 2E1YA 2CGKA 4BRIA 1BU6O 5EX5A 4BG8A 4BGBA 2Q1NA 2V51B 4K25A 3VF2A 4JD2B 1NGHA 1DGKN 2AA4A 3IMXA 4F9OA 5KQ8A 2IVPA 2Q0UA 1DEJA 2P9KA 3A5MC 3EN9A 5AQFA 5BN9A 4BR5A 2V52B 4H03B 3CJ9A 4M63C 4B1VA 1Z05A 3D2FA 3GL1A 1GLFO 4BGAA 3FZKA 4BREA 4BRHA 4RTFD 2P9UA 3VEOA 1Y64A 2QWPA 4BVPA 3L6QA 2YI1A 3DXMB 1X3NA 2Q36A 3D2EA 5E26A 2A40A 2ZGZA 1CZAN 3ENHA 4WQ4A 5AQJA 4FWLA 5EVZA 3CJ7A 4BRCA 1U2VB 3A0IX 3U4LA 4C23A 4FSVA 2FF6A 2CGLA 2E8AA 3HM8A 2IVOA 3FZFA 3GG4A 3VPZA 2CH6A 4BR9A 3C7NB 3QB0A 3QBXA 3VF4A 1JCEA 4BRFA 4MLEA 2Q0RA 5AQUA 3VEYA 3FR0A 3ATVA 5AQKA 1HUXA 1TUUA 2PBDA 3BP8A 2HF4A 2FSKA 2D0OA 2H3GX 4CZJA 3EKSA 5FPMA 2OANA 1QZ6A 2P9PB 3FZMA 5BN8A 5CE3A 3A5LC 4ISFA 2E20A 1HPMA 4BR7A 1MWMA 5AR0A 1BDGA 1RGIA 2IVNA 3ATUA 2P9NA 3CETA 3H3OB 2YCHA 1J6ZA 3M3ZA 2AP1A 1BWFO 5BR9A 1GLLO 2P9UB 5AQRA 4PL8A 4FWQA 3LM2A 4WQ5A 1IG8A 1NGJA 4FWPA 1C0FA 1NMDA 2GWJA 2BUPA 4BRDA 2QWRA 2HF3A 5EOYA 2Q2RA 1HKCA 1Z6RA 3BUZB 3ULEA 3CJBA 4IJAA 2P9SA 5JICA 3A5OC 3MN9A 2Q97A 4BRPA 4E1JA 3U9ZA 1Q18A 2E88A 3WEEA 4B1YB 1GLDG 1V4TA 3VOVA 4NO7A 4QS7A 3HTVA 1ATRA 5AQHA 3D7EO 1RDWX 3UE5A 4A2AA 1D4XA 1SQKA 3S41A 5AQZA 3VGMA 3UB5A 2A6AA 1HKGA 2ZGYA 3MDQA 3WUHA 1U6ZA 3IDHA 5AFUA 2QWMA 4WYBA 3TPQA 4H5WA 4BC4A 3WQUA 2J4RA 4H0VB 3LDPA 4H5NA 4IXCA 2P9IA 1XUPO 5EY4A 5AQGA 3R8EA 1BUPA 3TU5A 4BVOA 3O80A 3MK6A 4CD1A 2QXLA 1QHAA 2V7YA 2I7PA 3L0QA 4CBUA 3SK3A 1KAYA 4WQ5C 3WXLA 4DQ8A 5AQQA 3VENA 4CJ7A 4RWTA 4NB4A 3LM9A 3ZEUA 1BG3A 3UKUB 5EXWA 1TYQA 4FOIA 5BRFA 3VGLA 1ATNA 1NGIA 5AZIA 5AZJB 4CBWA 4FL9A 3UKRA 3CQYA 5I9EB 4JHDB 3VF6A 3FE1A 2VWBA 3LDOA 4I6MB 2A42A 2ASPA 5AQIA 3M6GA 5JLFA 3AY9A 1NGGA 4YDUC 4EFHA 3H1VX 1NM1A 5FPNA 4BQLA 3R6MA 3QBWA 5JMVA 3FLCO 5F1XA 4H0TB 1E4FT 5KQDA 1IJJA 3MN5A 2F9WA 2FLOA 4BRQA 2W41A 4BRMA 4MLHA 4GY2B 3DAWA 5E84A 4XH5A 4EHTA 2W40A 3SLCA 3QMLA 1ZBSA 2DPNA 2YHXA 1OKJA 2P9LA 3BF3A 4FWMA 4CZGA 2FSNA 3O5BA 1S3XA 1BOTO 5BREA 1K8KA 1ATSA 4AM7A 1NGFA 1X9JA 3CJAA 3DXKA 3P4IA 5AQXA 2Q31A 1KAXA 4O5FA 4BC2A 2IIRA 3VEZA 4H5VA 1NWKA 3ZETB 5BRHA 2E2NA 3AAPA 2UYTA 1GLBG 1JCGA 3CJ1A 5AQTA 4BR4A 3ZX3A 3ZEUB 1WOQA 3HI0A 5AQNA 3B8AX 3MN6A 5AFUH 2P9KB 3WXKA 3L4IA 1S22A 4WQ4C 4ISEA 2NLXA 3D2FB 4H5RA 1G99A 2GTDA 4FWSA 5JLHA 1KAZA 5F0XA 5AQYA 2D4WA 4B1ZA 4B1XB 3SMSA 3AAQA 3W3DA 1RFQA 5AQWA 3D2EB 5BPLA 3SMPA 3VEXA 2QWLA 5AQVA 3I33A 5LJVA 3KVGA 2GELA 2QWQA 5AQPA 4H0OA 3CERA 4EAHD 3VETA 1P8ZA 1HJOA 2P9LB 1SZ2A 2E2OA 4BRLA 4K42A 4BROA 1SAZA 1QQOA 4CZFA 3F9MA 2A5XA 3DXKB 4BRGA 1E4GT 2ZF5O 2YJFA 4IJNA 3M1FA 4FPAA 4CZKA 1QQMA 3OHRA 4M7XA 5FPDA 3A5NC 3O6WA 1NGBA 3VESA 3DXMA 3KHYA 3HZ6A 1TUYA 4XEIA 2HOEA 4RCHA 3CJCA 1U2VA 3CI5A 1MWKA 4K41A 3QICA 1NBWA 4H0XB 2E2QA 5TKYA 4JAXA 4CZLA 3U9DA 4KBOA 4CD3A 3MN7A 4H0PA 3C7NA 5LJWA 1T6CA 3MMVA 1LOTB 4A2BA 5AQLA 3H46O 1NGDA 4L3QA 4Z94A 3VEVA 4QS9A 3AARA 4PKHA 2GUPA 2P9NB 5AQMA 4BRAA 3EZWA 4QS8A 3R9PA 1YUWA 4IZ9A 2KHOA 1GLEG 5KPRA 3LL3A 4FWRA 2NZTA 4BR2A 4HWIA 3LDNA 1BO5O 3QFUA 1NGEA 3GOIA 1XC3A 1H1VA 4IO8A 2P9PA 2ASMA 3IFRA 2CGJA 2HMPA 3ULEB 1EQYA 3J8AA 2P9SB 3FFKB 4EHUA 4Y0WA 2EWSA 1V4SA 3HSCA 1QZ5A 3W0LA 2E1ZA 2QM1A 3C0BA 1C0GA 3DWLA 3GBTA 3WEEB 4AM6A 4MO4A 4J8FA 4DCHA 3O08A 3QFPA 4B1UB 4BQZA 3WXJA 1ZC6A 3IUCA 2FF3B 2A3ZA 4BC5A 5ADXH 2ITMA 4FWOA 2YHYA 4CZIA 1YXQA 2V7ZA 1T6DA 2QW9A 3O1WA 1DKGD 2YJEA 4FWKA 4H5TA 4JN4A 1BA0A 3I8BA 3H3NO 2P9IB 4FOEA 1T44A 3H6EA 4FWNA 4FPBA 2E2PA 3BF1A 5FPEA 2NRHA 3LDQA 2I7NA 3VGKA 3ENOA 4CZHA 3VEWA 2CH5A 4BG9A 1GLJO 4DB3A 4XH1A 3GE1A 3RSEA 4ISGA 3SJHA 1QQNA 5AQOA 4DHYA 1WUAA 3MCPA 1GLAG 4XH4A 2WUSA 3CHWA 1TYQB 4CBXA 5BPMA 4BRNA 4PKGA 2QWOA 2ASOA 3HBTA 1HKBA 5LY3A 3G25A 3ID8A 5AZIB 1YAGA 3ZX0A 2A41A 4IWVA 3GDQA 3UKRB 3CIPA 4CZEA 2VCPA 4BRKA 3FZLA 2VYPA 4O8KA 3O1BA 5ADXA 5KPTA 3FZHA 3KZBA 3H45C 4FO0A 1NGCA 3UKUA 3BEXA 3VERA 2D1KA 2QWNA 4JD2A 4JNEA 2GWKA 5BRDA 5AZJA 2YHWA 5ELZA 2ZWHA 3U8XA 1K8KB 5F2RA 2FXUA 4B9QA 4JHDA 4A61A 4BC3A 4I6MA 3JS6A 5B8HA 1NGAA 2D0PA 4A62A 4K43A 3O8MA 1KXPA 3QDKA 4GNIA 1LCUA 1MDUB 4MO5A 4LC9B 4B1WB 3FGUA 1R59O 1GLCG 4HTLA 3JXUA 3LDLA 3RSEB 4CI6A 4CZMA 3O4WA 3WQTA 3ZX2A 1MA9B 4M7YA 1HLUA 1YVNA 2PAVA 3A8YA 3H1QA 3WT0A 2GEMA 2BTFA 4H0YB 2F9TA 2FSJA 4YDUA 1ZXOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1U4BA 3EL2A 4CIGA 3M8QA 5HOOA 1L3UA 3RWUA 1X3MA 1WSIA 2OZSA 4EIAA 3TAGA 3ZETA 3EKUA 2DY4A 1EWRA 4W5RA 3AVGA 4OJRA 4AHVA 1D5AA 2WTUA 1VSFA 5AQSA 3HVRA 2NRXA 3AA3A 3TSQA 3PO5A 4LF4K 1VQKN 5EX5A 3TAEA 3V9UA 4JI5K 4BGBA 1QQCA 4DG1A 4M3UA 1VQ8N 4YY3K 4Z4EA 4K25A 4OO1J 2PYJA 2HBJA 4KPYA 1QHTA 3L4QA 2Q0UA 1DEJA 3EN9A 3OS2A 5BR8K 4E7HA 5LL6Z 4EZ6A 2UXCK 1VQON 4B1VA 4NYFA 1GLFO 4BGAA 4DR6K 2QTDA 4RTFD 4KKOA 4V19S 2QWPA 1KLNA 1IKXA 1S1UA 3AVCA 3SPZA 3HL8A 3E01A 2A40A 1B9FA 2NRRA 5AQJA 5EVZA 3ZSXA 4DLGA 3SBGA 3AO3A 3HM8A 2CH6A 3HYFA 3QBXA 4NYNA 4KHPK 3Q7BA 1IV0A 4IOXA 3ATVA 5AQKA 4NCBA 3NH1A 3AVFA 2Y1JA 5J2NA 1NJWA 5I42A 3AVAA 2FSKA 3NAEA 3OS1A 4WFBL 4KAZA 4E7LA 5MLCQ 3LAMA 1X9WA 4JEPA 4CF9A 2P9PB 1M90O 2O8DB 5CE3A 4LF5K 3KLEA 3A5LC 4ISFA 4IOAL 2E20A 3HO1A 3E9OA 2NUBA 4OLBA 1RNHA 1JLBA 1J5OA 3ATUA 3QO9A 3THWA 1YHQN 1XWLA 1L3TA 1VSLA 4IEEA 3SUOA 4JKAA 2AP1A 5BR9A 1OH8A 3K5OA 1L5UA 4FWPA 1C0FA 2YNHA 4KH4A 1RBUA 2BUPA 4JS5A 3M8SA 1Z6RA 3AA5X 3K9JA 4C8KA 2P9SA 3A5OC 3TABA 2BGGA 4X66K 3MN9A 3QNOA 4BRPA 2DFEA 4RW8A 1QVGM 1NMNA 4JI8K 4E7KA 4ELVA 1UOCA 3NVKA 4NO7A 2NRWA 4PWDA 5AQHA 4DTMA 3D7EO 1RDWX 3VQDA 1BI4B 4BE1A 4AHSA 4DKWA 1HKGA 3TR8A 3KTQA 3VTIA 3CG7A 4IKFA 4BC4A 4FLZA 3AVLA 4H5NA 4Q0BA 4O4GA 4CGDA 4R79A 2IAJA 4FK2A 4RW6A 4B8CA 5C12A 3R8EA 4DWIA 2UXDK 4CD1A 1QHAA 5JVGL 4CHYA 3SQ0A 2I7PA 3L0QA 4CBUA 5IWAK 3DI6A 3CCUN 2HHTA 5HRNA 3F2KA 4DF4A 3V81A 4FOIA 3VGLA 2GV9A 1NGIA 4ILGB 4C8NA 4Y1DA 2P51A 1ASVA 2XRIA 5AZJB 3HT3A 4J2BA 4CESA 3F5TA 3G0ZA 4CBWA 4FL9A 3CM6A 4I6MB 3PIPL 4YOYA 1HYSA 5AQIA 3NGZA 5J2PA 3H1VX 4FM2A 3AO4A 4B08A 1I94K 3L8BA 3LZJA 4PY5A 4BE0A 2W41A 3ZT4A 1DT9A 4DTNA 2EX3A 1TVRA 3DAWA 2W40A 4CJUA 2DPNA 1OKJA 3C65A 4W5OA 2FSNA 1UAXA 2QI2A 1K8KA 1ATSA 3RMAA 2O8FB 1U49A 5AQXA 4E19A 1WSFA 3K9KA 5GADP 4FZXC 4RW9A 4TSXA 4BACA 1NWKA 4GVMA 2E2NA 3CFPA 1BISA 3D6RA 1GLBG 5AQTA 1X1PA 3C6UA 3HOTA 4G9ZA 1XHXA 3ZEUB 3HI0A 2BE2A 3S3NA 3MN6A 2YNFA 1SUQA 1N36K 1MU2A 3SAGA 1EO1A 1RDDA 4JRPA 4N76A 1S22A 1KRPA 2NLXA 4BWMA 2XHBA 2GBZA 5JLHA 2KQ2A 3DLKA 5F0XA 1W2BM 3NF7A 1C1AA 4B1XB 3HXMA 2KFZA 3D2EB 4DR7K 5LJVA 2HHSA 2GELA 4JV5K 3CFOA 4H0OA 4CHPA 3CCLN 1RTIA 2WOMA 1P8ZA 4EZ9A 4N5SA 3P31A 2E2OA 3KWIA 4BROA 3AVNA 1VSDA 2XY8A 3C94A 4LH4A 4FYDA 1KFDA 1E4GT 3M1FA 4KH6A 2JWLA 3OHRA 4FPAA 4M3ZA 1NGBA 4DV5K 1VQNN 2RPIA 3CI5A 1MWKA 3V9XA 3V1QA 3K2PA 4CD3A 4CJFA 1UA1A 2PZSA 4H0PA 5HLFA 3MMVA 4A2BA 3T69A 4L3QA 3OVNA 2Q3SA 3AA4A 3AARA 3P5JA 5AQMA 3KK7A 2XO7A 3IG1A 3CCVN 1REVA 5D3GA 1YUWA 4IZ9A 5KPRA 2WC9A 1NKEA 3NHGA 2HNDA 4KB1A 3I0SA 3AVJA 3T1HK 4KTQA 4Z0UA 5KGWA 1XC3A 2UXBK 2P9PA 3DRRA 2O8DA 3AA2A 1U47A 2CGJA 3ULEB 1WLJA 3J8AA 4LFCK 3TAPA 3W0LA 3WEEB 1VSJA 2QM1A 4AM6A 4J8FA 1SKWA 4WFAL 3O08A 4E7JA 3QFPA 4B1UB 5CYMA 2HHQA 1SKSA 4PUOA 3OBWA 3KLIA 1VQ7N 3RMBA 4IFEA 4BC5A 2ITMA 2PYLA 2V7ZA 2QW9A 1FJGK 3L3VA 3O1WA 5M1FA 2YJEA 2G8FA 3NFAA 4FWKA 5GAEP 4GV9A 2HNYA 1BA0A 5FRNA 4H4MA 4FOEA 3H6EA 4I9LA 2E2PA 4JS4A 2KTQA 4FLVA 3ZT1A 3LDQA 5I3UA 3AO2A 3ENOA 3NBPA 4WFNL 4CEFA 1GLJO 1EKEA 4DHYA 2IS3A 5AQOA 3MCPA 3CC4N 3L2UA 4XH4A 2FBVA 4GV6A 1NK6A 1N34K 1TYQB 3D0PA 3CCEN 1BI4A 4CBXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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