5BRDA

Crystal structure of trypanosoma cruzi glucokinase in complex with inhibitor benz-glcn
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
367
structure length
367
Chain Sequence
MNIKELSLHELCEELKTPAWNVPLTFVGDVGGTSARMGFVREGKNDSVHACVTRYSMKRKDITELIEFFNEIIELMPASVIKRVKAGVINVPGPVTGGAVGGPFNNLKGIARLSDYPKALFPPGRSAILNDLEAGGFGVLAVSDAHVFSEYFGVMWEGTQWRTCEQEPAGSVIGRGRCLVLAPGTGLGSSLIYYNPMNQQHIVVPLELGSQTIPMRKDIDYIQTLHAELKLLPNYENMVSGAGLEFHYRQVVRGSRPPCSAGEIAKLASEGDANACKAMKKYHEYLMRVGSEASMALLPLTIVLVGDNIVNNAFFYRNPQNLKEMHREALNHEMERFGFQSRVTYLRQKKLLNLNLMGCYRCGLDLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based approach to the identification of a novel group of selective glucosamine analogue inhibitors of Trypanosoma cruzi glucokinase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glucokinase 1, putative
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Trypanosoma cruzi (strain cl brener)
total genus 124
structure length 367
sequence length 367
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2015-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02685 Glucokinase Glucokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5brdA01
3.40.367.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Hexokinase; domain 1 Hexokinase; domain 1 5brdA02
1D4XA 1QZ5A 3M6GA 2P9SB 3W3DA 2AP1A 4BG8A 5BREA 2YJFA 4BRFA 3HI0A 1BO5O 4CJ7A 4H0TB 5BN8A 3FLCO 4BRAA 3WXJA 1KAZA 2D0PA 3MN5A 3D7EO 2D0OA 3EO3A 2GWJA 1R59O 1JCFA 3QDKA 3FZKA 3SLCA 5ELZA 1NGGA 4MLHA 2QW9A 4M7YA 4FPBA 5EVZA 3BUZB 2A5XA 2QWPA 4Y0WA 2NLXA 4BRDA 3L4IA 1X9JA 4EIAA 3KVGA 3ID8A 5BRHA 4EHUA 3ATVA 5FPNA 4H0OA 2YI1A 1NGBA 1MDUB 1NGHA 1ATRA 2A42A 4PL8A 1TUUA 1YXQA 4K25A 4FO0A 1Z6RA 3VERA 3O4WA 1Q18A 2CH5A 4BC2A 1ESVA 2VCPA 5LJWA 4CZLA 4XEIA 5AQMA 1C0FA 2P9LA 3EKSA 2J4RA 3FZFA 3HSCA 3IMXA 4IJNA 3FZLA 2QWRA 2YCHA 1ZBSA 3LM2A 4H5RA 3DWLA 4HWIA 1BA1A 4BGAA 4H5TA 5AQVA 2FSKA 4YDUC 5AQXA 1NWKA 2EWSA 1JCEA 2E1ZA 2P9NB 3LDOA 3EZWA 3CETA 4GY2B 4JN4A 3A8YA 5EXWA 3RSEA 4WYBA 3WEEB 1E4GT 5AQKA 4B1WB 1GLCG 3ZEUA 3D2FA 3GOIA 3HBTA 4FOEA 3KZBA 1V4TA 1DGKN 3MN7A 5BRFA 3HM8A 1NGEA 2I7NA 1HJOA 4BR4A 4BRQA 3LDLA 4BROA 4CZFA 4AM6A 2F9TA 3IUCA 1GLDG 3O5BA 4PL7A 3JS6A 1U2VA 4IO8A 1WOQA 4A61A 4IZ9A 3LM9A 3SMPA 2YJEA 4EFHA 5BRDA 4O8KA 5EOYA 3CQXA 4EAHD 2P9LB 4FOIA 2P9SA 2V51B 2VWBA 4K42A 4M7XA 3DXMA 5FPEA 1MWKA 4CI6A 2PAVA 2HF3A 3ZETA 3SMSA 5AQPA 2QWNA 3VENA 3FR0A 4DHYA 1KXPA 1LOTB 3VGLA 4B9QA 2V52B 3A0IX 4MO4A 3ZEUB 4M63C 3VF6A 5CE3A 3RSEB 4CBUA 5EX5A 5AQOA 4BRNA 3D2FB 2HF4A 4BRLA 3FZMA 4FWRA 4HTLA 3FE1A 5JMVA 4YDUA 1XQSC 5AQZA 4K43A 2FF6A 3VEVA 2ASPA 2F9WA 3H1VX 2D1KA 1U2VB 3HZ6A 4RTFD 4J8FA 5AQLA 3LL3A 2E1YA 3AAQA 3MMVA 4QS8A 3VEYA 1GLAG 3O6WA 5EY4A 4PKIA 1T6CA 4WQ4A 1YVNA 2YHYA 4FPAA 1OKJA 3DXMB 3GG4A 5AFUA 1TUYA 3ZETB 5AZIA 3L6QA 4L3QA 5AQNA 1QQOA 3ZX3A 2P9PB 2IVPA 1Y64A 4KBOA 3C0BA 4BQLA 1DKGD 2E2PA 3U9DA 4BR5A 1HX1A 1TYQB 4H0XB 5BN9A 4A2BA 1KAYA 3O1WA 4RWTA 5AQTA 2P9IA 3QBXA 5AR0A 1S22A 3U4LA 1BDGA 2GWKA 3CJBA 5E84A 3H3NO 2P9NA 5AZJA 4B1YB 3BEXA 4IXCA 3TU5A 3WEEA 5AQFA 3LDPA 3WXLA 4CZJA 4H5NA 2IVOA 4B1XB 3FZHA 4BRKA 2Q97A 3DXKA 1T6DA 3CHWA 3DAWA 4CBWA 5BPNA 3CIPA 5AQWA 5AZIB 5F2RA 2NRHA 3B8AX 4FWMA 2WUSA 4H5VA 5E26A 4FL9A 1C0GA 1NGFA 3VF4A 4H5WA 2YHWA 4QS9A 4BR7A 1XUPO 2E2OA 1BA0A 2W40A 4CZHA 4DB3A 4BG9A 2D4WA 3U9ZA 2E8AA 3WQTA 5AFUH 3QFPA 1KAXA 3AY9A 2P9IB 2HMPA 4I6MB 5ADXA 3VESA 3CJ9A 3WXKA 1RFQA 4XH4A 3GL1A 4LC9B 2FLOA 2UYTA 4FWKA 3GE1A 4B1ZA 5AZJB 1HLUA 5AQRA 4PKGA 4PKHA 1NGCA 3M1FA 2Q31A 4BC4A 3DXKB 3ULEA 1Z05A 1U6ZA 2H3GX 3UE5A 4CD3A 5AQHA 1J6ZA 3WUHA 1QQNA 2Q2RA 4EHTA 2Q0UA 3CJCA 3UKRA 3LDQA 5I9EB 1SAZA 3MN9A 2FSJA 3ATUA 5AQUA 2E88A 3O1BA 4H0PA 4NB4A 1WUAA 4H0VB 3MN6A 3HTVA 2P9PA 4BR0A 2FXUA 3C7NA 1IJJA 3KHYA 2CGKA 3O8MA 4ISGA 5JLHA 2Q0RA 2ASOA 1TYQA 4FWLA 3R8EA 3VEZA 3A5NC 1RDWX 2NZTA 1S3XA 1EQYA 3ULEB 5AQQA 5ADXH 3CERA 3R9PA 3MDQA 3SK3A 3G25A 5KPTA 1NGIA 3H46O 1GLEG 1LCUA 2Q36A 4E1JA 1RGIA 3MCPA 3UKRB 4XH1A 2QWMA 5LJVA 4IWVA 4BC5A 5AQIA 1BOTO 4B1UB 3CJAA 4A2AA 4BGBA 3VGKA 3O08A 3H1QA 3OHRA 4GNIA 4ISEA 4JNEA 2QWLA 5JLFA 2V7YA 1HKGA 1SZ2A 3AAPA 1NLVA 4FSVA 2FF3B 2Q1NA 5F0XA 2A3ZA 5JICA 3C7NB 2IVNA 1H1VA 4H03B 5KQ8A 2FSNA 3H6EA 5KPRA 4BR9A 4H0YB 1K8KA 3ENHA 3P4IA 4BRCA 1X3NA 3DJCA 1QHAA 3GBTA 4I6MA 2GUPA 4CZKA 3M3ZA 4AM7A 3CQYA 4JHDA 3D2EB 4IJAA 3QMLA 3R6MA 3AARA 3O80A 4O5FA 3SJHA 4CZGA 3VEWA 3F9MA 3FGUA 2W41A 2CGLA 5BR9A 3S41A 3VEOA 1ZC6A 3A5OC 1IG8A 3LDNA 2A40A 3MK6A 5KQDA 2E2NA 5AQGA 2P9UA 5AQJA 1BG3A 2I7PA 3I33A 1HUXA 2A41A 1NGAA 4BREA 2QWQA 1GLJO 4A62A 3VOVA 1K8KB 3BP8A 1E4FT 2PBDA 3VETA 2E2QA 1QQMA 3BF1A 4C23A 3VEXA 4FWPA 2GELA 1HKBA 4ISFA 3ENOA 5FPMA 3U8XA 3ZX0A 4BVPA 4JHDB 5FPDA 1GLFO 2DPNA 4Z94A 5AQSA 1X3MA 2ZWHA 1XC3A 4BVOA 4RCHA 4FWQA 5BPLA 1CZAN 3H3OB 2CGJA 1NBWA 3VF2A 1NM1A 1T44A 2ZF5O 3L0QA 1HKCA 2ZGZA 3BF3A 1JCGA 2QWOA 5LY3A 4MO5A 2IIRA 1YUWA 1BWFO 4JD2A 4K41A 3VPZA 4F9OA 2P9UB 3QFUA 2ITMA 3UB5A 2CH6A 1GLLO 3VGMA 1QZ6A 3CJ7A 3EKUA 4CBXA 1SQKA 3WXIA 4BC3A 4QS7A 2A6AA 2E20A 1V4SA 3ZX2A 4BR2A 1ATNA 2KHOA 4CZIA 3J8AA 4DQ8A 4CZEA 4NO7A 4WQ5C 3CJ1A 2QXLA 4DCHA 4XH5A 5KPZA 4WQ4C 2P9KA 1MA9B 2AA4A 3I8BA 5AQYA 3FFKB 4JAXA 2V7ZA 1G99A 3UKUA 1HPMA 2ASMA 4FWNA 4MLEA 1DEJA 4FWSA 1NMDA 3EL2A 3IFRA 2QM1A 4B1VA 2GTDA 1YAGA 4JD2B 4BQZA 3D2EA 5F1XA 4BRPA 3QICA 1ZXOA 2YHXA 1NGDA 3JXUA 2BTFA 1GLBG 3CI5A 5B8HA 1BUPA 2OANA 1MWMA 1ATSA 4CD1A 2GEMA 3WT0A 3GDQA 3EN9A 3W0LA 4FWOA 2VYPA 4BRIA 2HOEA 5BPMA 2BUPA 1BU6O 2P9KB 3TPQA 2ZGYA 3WQUA 4BRMA 4BRGA 3QBWA 3A5MC 3UKUB 4CZMA 1NGJA 3A5LC 4BRHA 1P8ZA 4WQ5A 5TKYA 3IDHA 3QB0A 3H45C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QZ5A 2X78A 1S5JA 3JYTA 2AP1A 1VSMA 1EX4A 1JL2A 3C6UA 3P39A 4WF9L 3AVBA 3M8PA 2D0PA 1QTMA 3MN5A 4DR6K 3D7EO 1RNHA 2D0OA 3EO3A 2GWJA 3CF5L 4B3SK 4IFVA 1Q9YA 4Z4GA 4CEDA 3K9JA 3MWTA 3THYB 4CJRA 3OJUA 5HRSA 4M7YA 1TK5A 2GUIA 1VQ6N 4E7IA 4G1QA 5EVZA 2A5XA 3PY8A 2QWPA 2NLXA 4BRDA 3L4IA 1KSPA 3DYAA 4N41A 3KVGA 2Z1GA 3DRPA 3PSIA 3L2WA 4CFBA 5HBMA 2E5LK 2YI1A 3AGRA 1NGHA 1NJYA 3C6HA 1RT4A 4K25A 1Z6RA 4OJRA 4UY8O 4W5QA 3S9HA 2DY4A 3O4WA 1UOCA 4BC2A 1BGXT 4CZLA 3MEGA 3RWUA 1ASUA 4XEIA 5AQMA 4F2SA 2P9LA 3EKSA 5CZ2A 1XNRK 3FZLA 3U3YA 1HNZK 1WSFA 4ZTFA 4DKWA 3THWB 4BGAA 4H5TA 2FSKA 4ZHRA 1NK7A 3NMUA 4KI6A 3I8DA 4E1NA 4JS4A 1JCEA 3V81A 1KVAA 3A8YA 3WEEB 4DF4A 1GLCG 4RW9A 1RT6A 4AILC 3NVMA 3OYNA 3VQDA 1V4TA 1DGKN 5BRFA 5CHIA 3JSMA 2I7NA 1HJOA 4BROA 4CEOA 1RT7A 1W97L 2F9TA 2OPRA 3IUCA 2XY6A 2VQFK 3VMFB 1UWBA 4A61A 4IZ9A 2YJEA 3AA2A 3QERA 3CC7N 4EAHD 3KLHA 4ZTJA 2JWKA 3DOLA 2VWBA 5FPEA 1MWKA 3PX4A 4IFYA 4CI6A 2HF3A 3ZETA 1XI1A 4DHYA 2G8UA 3A0IX 4MO4A 3ZEUB 4M63C 2GX9A 3VF6A 5CE3A 4YOYA 1U49A 4CEBA 4BRNA 3V1QA 4BRLA 4FJJA 3FE1A 3KJVA 3AVFA 4DR3K 1TK8A 3VEVA 2ASPA 2F9WA 1C1AA 3H1VX 3O9UA 5HRNA 1U2VB 4OX9K 2E1YA 1TKTA 4JKFA 4PKIA 4CGIA 5J2NA 4WQ4A 4KRFA 4FZYA 1TUYA 5AZIA 3L6QA 1XNQK 5AQNA 1QQOA 2IVPA 2NNWA 1Y64A 3C0BA 3RRHA 4BQLA 3KKSA 1RDCA 1DKGD 4HHTA 3NGZA 4BR5A 1TYQB 4M3ZA 1GOAA 5C0YA 1KAYA 5AQTA 4I9QA 2JGUA 1RCHA 3G71N 3ASMA 1S22A 3K9KA 4B8AB 4I9LA 3OYKA 1NK6A 3RRGA 3H3NO 1L3SA 3TU5A 3WEEA 1SKRA 2O8DA 3OYFA 3NBPA 4DSKA 4B1XB 4BRKA 1T6DA 4J2EA 1CXUA 4DFPA 5F2RA 3ZSOA 2WUSA 1C0GA 5J2PA 2IOCA 4QS9A 1XUPO 3CM6A 2W40A 1IBMK 1C0MA 1EKEA 2D4WA 3U9ZA 2E8AA 3LP2A 4DG1A 4KTQA 1K6YA 3OYIA 4LF5K 1YVUA 3F2KA 4DR7K 3SPYA 3LDSA 1WAJA 4XH4A 3GL1A 4JKEA 4KH4A 1JLGA 4FWKA 3T1AA 4YY3K 5AZJB 1HLUA 5AQRA 4OPJA 4PKHA 2KZMA 1NK0A 1RT1A 1RTHA 2KW4A 4DV6K 2O8FA 3WNEA 2WOMA 4DR5K 5GIOA 1Z05A 4DU3A 1U6ZA 1RBRA 2H3GX 3OYBA 3RR7A 4IOAL 4FM1A 3HVTA 1HNIA 1UA1A 1JL1A 3VQ5A 1QQNA 3EEQA 3PLAA 3B6OA 3CJCA 3KWIA 4B3TK 1U48A 2G8FA 4M42A 5T7BA 4CGHA 5I9EB 2PY5A 2FSJA 2W6KA 5AQUA 1VSJA 3O1BA 4NB4A 5HRPA 4CCHA 1S1XA 1WUAA 1T8EA 2QA4N 5M1NA 4KKOA 4F3TA 3MN6A 1D9DA 5TKWA 4BWJA 2BE2A 5E41A 3M8SA 4Q0BA 3C7NA 1RBUA 2OTJN 1ZBLA 4ISGA 4GKJK 3TSQA 1TYQA 2O8EB 3R8EA 3V9ZA 3WNGA 2NZTA 3OYDA 3K59A 1S3XA 1EQYA 4CJKA 5AQQA 3K5NA 2DFFA 4O55A 4U7BA 3SK3A 3G25A 5KPTA 5M1QA 1NJIO 1LCUA 2Q36A 2FBVA 1IH7A 2QTDA 4JYAK 3OTOK 4BC5A 4HUEA 3CJAA 3VGKA 3AVLA 3ZT2A 5HOOA 2HSTA 3H1QA 3MWPA 3SUPA 4JNEA 5JLFA 1VQMN 1ZBIA 3QEPA 4FSVA 5JICA 5KTQA 2AJQA 5JVHL 2OPQA 2FSNA 3H6EA 3RMBA 5KPRA 4H0YB 4KHPK 3ENHA 3L2RA 2PFUA 1X3NA 2B6AA 3Q7CA 4DTNA 3SBTA 3QEWA 3CQYA 4OPAA 3ZYYX 3O80A 1HRHA 2JWLA 2BDPA 4CIFA 3AVIA 3AGKA 3RR8A 3FGUA 2W41A 1XHZA 3S41A 1YF5L 1SKWA 4FJIA 5KQDA 2P9UA 1O13A 3VQ8A 3SV4A 4CGJA 3O9SA 3SQ2A 2QWQA 1GLJO 3K5LA 1S6QA 4DS5A 3N4QA 3VQCA 3AVJA 2PBDA 1LWEA 3O4NA 3BF1A 4C23A 2UXCK 3VEXA 4KHYA 4FWPA 1HKBA 4MQ3A 1RTJA 3U8XA 4BVPA 2OPPA 1FJGK 1X9MA 4EZ6A 5AQSA 4QAGA 1Q81O 1JJ2M 3JAMO 3TR8A 3H3OB 4FJ9A 4Z0UA 1NBWA 3LPTA 3VF2A 3EZ5A 2XRIA 1D9FA 3T7ZA 4MO5A 4F9OA 1BWFO 3ZSWA 1K9MO 3CD6N 1QZ6A 1EXQA 3TSPA 1D5AA 4BE0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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