5BRDA

Crystal structure of trypanosoma cruzi glucokinase in complex with inhibitor benz-glcn
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
367
structure length
367
Chain Sequence
MNIKELSLHELCEELKTPAWNVPLTFVGDVGGTSARMGFVREGKNDSVHACVTRYSMKRKDITELIEFFNEIIELMPASVIKRVKAGVINVPGPVTGGAVGGPFNNLKGIARLSDYPKALFPPGRSAILNDLEAGGFGVLAVSDAHVFSEYFGVMWEGTQWRTCEQEPAGSVIGRGRCLVLAPGTGLGSSLIYYNPMNQQHIVVPLELGSQTIPMRKDIDYIQTLHAELKLLPNYENMVSGAGLEFHYRQVVRGSRPPCSAGEIAKLASEGDANACKAMKKYHEYLMRVGSEASMALLPLTIVLVGDNIVNNAFFYRNPQNLKEMHREALNHEMERFGFQSRVTYLRQKKLLNLNLMGCYRCGLDLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based approach to the identification of a novel group of selective glucosamine analogue inhibitors of Trypanosoma cruzi glucokinase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glucokinase 1, putative
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Trypanosoma cruzi (strain cl brener)
total genus 124
structure length 367
sequence length 367
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2015-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02685 Glucokinase Glucokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5brdA01
3.40.367.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Hexokinase; domain 1 Hexokinase; domain 1 5brdA02
4WQ4C 1ESVA 2V52B 3VF6A 2P9SA 2D1KA 3GG4A 1T44A 2YHYA 3HZ6A 5BPNA 3ZETB 5BR9A 5FPEA 1MWKA 4BC5A 5JLFA 3U4LA 2NLXA 3CQXA 4H5WA 5EXWA 2YJFA 1S22A 5TKYA 1SQKA 3MK6A 4WQ5C 3FZKA 2A42A 1BA0A 3S41A 3U8XA 2V7ZA 4Y0WA 5CE3A 4IO8A 5AQUA 3VGLA 3L4IA 1ZBSA 5KPZA 3BUZB 3KHYA 3QFUA 2Q1NA 2YHXA 4M7XA 5F0XA 1SZ2A 1T6DA 1K8KB 1IG8A 3M1FA 5AQZA 5AZIA 3FZLA 1TYQB 4IZ9A 3RSEB 3MN5A 3ZEUA 4BRQA 1GLEG 5AQKA 4EAHD 3KZBA 4MLHA 1BDGA 2W40A 1V4SA 3G25A 2YHWA 3O5BA 4PL8A 3DJCA 3R8EA 1BOTO 2QWMA 4BRGA 3FR0A 1YAGA 1GLAG 2A41A 4B1UB 4H03B 5I9EB 3FLCO 5E26A 2QWLA 2P9KA 4MLEA 5KPRA 2J4RA 3H45C 4M7YA 5KPTA 5AR0A 2QWRA 1HKGA 2IVNA 2P9LA 1D4XA 4BQLA 2ITMA 4BR7A 3CI5A 5AZIB 1H1VA 5JMVA 2FF6A 3L0QA 2E2QA 2WUSA 4ISGA 2GUPA 3ZX0A 4H0TB 3MN9A 3TPQA 3H46O 3ZEUB 4IWVA 3VEYA 4CBUA 3VEXA 3CJBA 5BPLA 3MCPA 2Q2RA 3SMPA 4BQZA 4FL9A 3WEEA 5FPNA 4QS9A 1QQNA 2F9TA 3WUHA 4CZKA 1NGHA 2V51B 3QICA 1U2VA 1QQOA 1NGBA 2CH5A 5EVZA 3HM8A 4CZJA 3AAPA 1JCFA 3ENOA 4DB3A 2P9KB 4FOIA 4CZFA 5EOYA 1WOQA 3CJAA 4ISFA 3O80A 3DWLA 4BGAA 3WXIA 4GY2B 2UYTA 3LDQA 4HWIA 4JN4A 4J8FA 1J6ZA 4EFHA 2P9LB 5AQLA 3AAQA 3FFKB 2E1ZA 3VEZA 1BWFO 4FWMA 3LDPA 1X3MA 1BA1A 2P9UA 1Z6RA 2GWJA 2ZWHA 3ID8A 3SMSA 2V7YA 4RWTA 1HUXA 3VF4A 5AQNA 3WEEB 4JD2A 3DXMA 3W0LA 1IJJA 4K42A 5AQGA 1NGIA 2FSJA 3F9MA 1U2VB 2NRHA 3D2FA 4DQ8A 3VEOA 4IJAA 1BUPA 3BF1A 2ZGZA 1YVNA 4WQ4A 2DPNA 4FWRA 4CBWA 2P9PA 5AQHA 1XC3A 2Q0UA 5F1XA 1WUAA 1BG3A 2QW9A 3J8AA 3W3DA 3H1VX 4A2BA 3EKUA 3O6WA 1NGEA 4BRLA 4FOEA 3SJHA 2Q31A 2YCHA 3IMXA 5BN8A 3SK3A 4WQ5A 5AQMA 4L3QA 4JHDA 5AQTA 4BRHA 3AY9A 2ASPA 2Q97A 4EIAA 3HBTA 2HOEA 1S3XA 3R9PA 2P9NA 2QM1A 2FLOA 4PKIA 4O8KA 4FWOA 4JD2B 3DXMB 5ADXA 3VEWA 3QB0A 3I8BA 2A40A 4XH4A 1ZXOA 4H5TA 4A2AA 5AQJA 1NMDA 3VGMA 4BRDA 5AFUH 2QWOA 1JCGA 3FGUA 3C0BA 3LDLA 2P9PB 2P9SB 2E2OA 1NGAA 3TU5A 4CZGA 4YDUC 5E84A 4MO4A 3A5MC 2A6AA 5AQFA 3MN7A 4C23A 2KHOA 5FPMA 3VOVA 1MWMA 1XQSC 2CGKA 4BRIA 1C0FA 1NGFA 4JHDB 1GLFO 3DXKA 3KVGA 3VESA 3HI0A 4B1YB 4DHYA 4CD1A 4KBOA 2Q36A 1NLVA 3H1QA 4LC9B 4BR9A 2VCPA 5AQXA 2E2NA 2P9NB 1HKBA 2ASOA 2QWPA 4CI6A 4BR0A 5LJVA 1V4TA 2H3GX 2IVPA 4H0PA 5BRHA 3WXKA 4CZEA 5AQYA 3DAWA 1HPMA 1NM1A 4AM6A 1EQYA 3VPZA 4E1JA 3JXUA 3LDOA 1DGKN 3OHRA 5AQQA 3QBXA 3A5NC 1ATSA 4AM7A 5JICA 3IFRA 1R59O 5KQ8A 3CJ7A 3EKSA 3C7NA 3LM2A 4CZHA 2Q0RA 4RTFD 3QBWA 4H5NA 1BO5O 2A5XA 2P9IA 2E1YA 1Z05A 4H5RA 3D2EA 3AARA 2I7NA 2W41A 5AQIA 5F2RA 3BF3A 4K41A 2IVOA 3ENHA 2GTDA 3GOIA 1HLUA 5LJWA 4JNEA 2AP1A 3DXKB 3CQYA 3FZHA 1RDWX 3VF2A 4BC2A 4MO5A 1G99A 3MDQA 4BREA 2D4WA 3JS6A 1CZAN 3IUCA 3M3ZA 4BR4A 4PL7A 3QMLA 4BRAA 2CGJA 5BN9A 2D0PA 1HX1A 4BRMA 3D7EO 1NWKA 3SLCA 4FO0A 4NO7A 1JCEA 4FWKA 2E20A 3C7NB 4BVPA 4CJ7A 3QDKA 2PAVA 4FWSA 5AZJA 3FZMA 4B1XB 3D2EB 4RCHA 4CD3A 1NBWA 1NGJA 2YJEA 2EWSA 2I7PA 4BGBA 3H6EA 3ZX3A 4BC4A 5AQRA 4CZMA 4BROA 3VEVA 4B1ZA 3IDHA 2ZF5O 3FE1A 3UKRA 3ZX2A 2E88A 1LCUA 2A3ZA 3LM9A 3WQTA 1NGGA 1SAZA 4EHTA 5BPMA 4NB4A 1TYQA 3BEXA 4QS8A 3CJCA 4K25A 3ULEA 4IJNA 4JAXA 2P9UB 5FPDA 1DKGD 2PBDA 1TUUA 1QHAA 2FSKA 3WT0A 2AA4A 4H0XB 3VERA 4A62A 3GL1A 1RGIA 3CIPA 1Q18A 3CJ1A 3LDNA 3P4IA 3WXLA 5AFUA 4CZLA 1HJOA 1E4FT 5BRFA 5AZJB 3VENA 3D2FB 3A8YA 1U6ZA 1ZC6A 1GLCG 1KAYA 4BRPA 2D0OA 4EHUA 5BRDA 1KAZA 3M6GA 3UKRB 4Z94A 1C0GA 4YDUA 2CH6A 3VGKA 3CERA 1OKJA 2HF4A 4PKGA 1HKCA 2IIRA 4H0YB 3O4WA 4HTLA 1DEJA 4A61A 5JLHA 3ULEB 4BVOA 1ATNA 5ADXH 2VWBA 2GELA 4O5FA 3UB5A 1KAXA 3CETA 3A5OC 3O1BA 4BR5A 3UE5A 4CZIA 3H3OB 2ZGYA 2QWNA 4QS7A 5AQWA 4GNIA 1NGDA 3U9DA 1T6CA 1GLDG 4XEIA 5AQVA 4BR2A 4PKHA 5EX5A 3L6QA 1LOTB 3GBTA 4FPAA 4H5VA 2YI1A 3UKUA 3WQUA 3O8MA 4WYBA 1RFQA 2QXLA 1P8ZA 4XH1A 1MDUB 2GEMA 1E4GT 2QWQA 4BG8A 4FSVA 5B8HA 3A0IX 5BREA 3ATUA 4FPBA 4F9OA 1NGCA 2F9WA 3VETA 1X9JA 4I6MA 5AQSA 1Y64A 4FWQA 2BUPA 5KQDA 1ATRA 4BRCA 3CHWA 2HF3A 3WXJA 3I33A 2E8AA 3HSCA 4K43A 1YXQA 4H0OA 3EL2A 1GLLO 4FWPA 1MA9B 2E2PA 3ATVA 1TUYA 2FF3B 5AQPA 4BRFA 2ASMA 3BP8A 3H3NO 1YUWA 2OANA 3MMVA 3O1WA 3UKUB 3ZETA 1QZ6A 3EN9A 2HMPA 4BG9A 1GLBG 1X3NA 2NZTA 2P9IB 1QZ5A 4FWNA 4B9QA 4DCHA 5EY4A 2GWKA 2VYPA 4I6MB 4CBXA 1XUPO 3FZFA 4XH5A 3EO3A 4IXCA 4M63C 4BC3A 5LY3A 4H0VB 3A5LC 5AQOA 4BRNA 2FSNA 4FWLA 3B8AX 1GLJO 1K8KA 1KXPA 3MN6A 3R6MA 1QQMA 2CGLA 3CJ9A 5ELZA 4B1WB 3O08A 3LL3A 4BRKA 3HTVA 3U9ZA 3RSEA 3GE1A 4B1VA 3QFPA 3EZWA 2FXUA 1BU6O 2BTFA 3GDQA 4ISEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4WQ4C 4I7FA 5C0YA 1UA1A 5C42A 2P9SA 1K73O 3GG4A 5BPNA 3ZETB 5BR9A 2PYJA 4R79A 1MWKA 3C6TA 1JLAA 3CQXA 4DFPA 3OS1A 1SQKA 3MK6A 4WQ5C 4CIFA 3FZKA 1A5VA 4JV5K 4Y0WA 1Z26A 4DMNA 5AQUA 3L4IA 4Z0UA 3CMAN 1ZBSA 3BUZB 3LWLA 4LF6K 1SZ2A 1U48A 5AQZA 3PX4A 5AZIA 4CGFA 1QS4A 3FZLA 3RSEB 1VSLA 3AVCA 1YJ9N 5CYMA 1GLEG 1N36K 3Q7BA 2VGMA 1HYZA 3CCQN 4M3XA 4DU3A 1Y97A 3SUNA 3THWB 4E89A 5H1SQ 1BDGA 2F4VK 4KB1A 3CCEN 1VQPN 3G71N 3OS2A 5AJ3K 5KPRA 4M7YA 5KPTA 1TL3A 5HP1A 1VSMA 1IBKK 1ZYQA 4BQLA 2G8IA 3I0SA 1Q8IA 3CI5A 4PQUA 3QIOA 4JI6K 4RW6A 3V6DA 2F8TA 2YNGA 3VMFB 4ISGA 2ZJQL 4H0TB 4RW7A 3MN9A 3H46O 4IEIA 4IWVA 3BZCA 5FLXO 3CJBA 3MX5A 3JSMA 2I5JA 3SMPA 3SUPA 3PO5A 4NCAA 4GKKK 4QS9A 2BDPA 4CEZA 2RF2A 4KB0A 5C2FA 4C8LA 4RW8A 5EVZA 3H08A 1L3UA 3PLAA 4CZJA 3AAPA 4KI4A 1JCFA 4CFDA 3E01A 4DB3A 2P9KB 4IOXA 1WOQA 1WSGA 4JRPA 2P51A 4GY2B 3D45A 3LDQA 4HWIA 4JN4A 5CY4A 3IAYA 2QXFA 3ZCMA 4EFHA 1WSIA 4OGEA 1U49A 4GV6A 5LL6Z 3NH1A 4DQIA 4JKGA 4CGHA 3KK3A 4WFBL 2Z1GA 4CJWA 1RT1A 2ZWHA 4LF7K 2V7YA 1HPZA 3L2UA 3MECA 4O8UA 3QINA 3WEEB 4JD2A 5AQGA 4KO0A 3T69A 4FVUA 3F9MA 1U2VB 2B4JA 1TKXA 4DQ8A 3VQCA 4JI5K 3BF1A 3CM6A 4E3SA 3P5JA 2W6LA 3TR8A 1WBDA 4FWRA 1NJIO 1C1BA 1XC3A 3C6AA 2Q0UA 1VSJA 4RW9A 3FFIA 1J53A 1VQ6N 3EKUA 4BRLA 4FOEA 4CHPA 3NHGA 1Q86O 4JHDA 5C12A 3V9ZA 2ATQA 4EIAA 1S3XA 4DU4A 1D9DA 1QSYA 2HW3A 3OYMA 2YNFA 4FWOA 4B8CA 3HPHA 1LW0A 3I8BA 3QB0A 4LFBK 1ZXOA 3ALYA 4I2PA 1BI4A 3VTHA 4A2AA 4CJ4A 1NMDA 1RDBA 1C1CA 1VQ8N 5AFUH 2QWOA 3C0BA 3LDLA 1IKXA 2P9PB 4YORA 2P9SB 4AHVA 4N41A 3KK2A 1WN7A 5AQFA 3MN7A 5FDLA 1MWMA 1XQSC 3VQPA 4CJEA 4F3OA 1GLFO 3DRSA 3VESA 1RT2A 4FJGA 4K0KK 4LC9B 1GOBA 2ASOA 3U3YA 4A59A 4CI6A 4OKJA 1OVQA 1V4TA 2DY4A 2GUIA 4CZEA 3THYB 5AQYA 3MEDA 4AM6A 4V19S 1EQYA 3THVA 3EE9A 1BGXT 1DGKN 3LDOA 1XI1A 3ID6A 1OVYA 4AM7A 1NOYA 3IFRA 5KQ8A 3KLGA 1RNHA 4CZHA 4YOXA 2NRVA 2Q0RA 3F9KA 4IFEA 4RTFD 1BO5O 2A5XA 2OZMA 2P9IA 1XNRK 1Z05A 3AARA 4CHYA 3KTQA 3WNGA 3BF3A 3KIOA 2WC9A 3O9RA 4C8NA 5LJWA 1XMQK 3FZHA 3DXKB 3N4QA 3AVNA 4BC2A 1OH7A 3MDQA 1QTMA 1ASUA 1YTAA 4Y1CA 5GAGP 4PL7A 1C0MA 1HQUA 3QMLA 5C15A 1X9SA 2CGJA 5BN9A 2RHKA 1HX1A 1WSFA 3QO9A 4LSNA 3U6FA 1BQMA 2PY5A 4FM1A 1TK0A 3NVMA 1HR0K 4CHZA 1YITN 4M41A 1L3SA 3J7AP 3DYAA 3THXB 3CCRN 5AQRA 3T7ZA 1YTUA 3BGRA 5HRSA 2IC3A 2A3ZA 3LM9A 3WQTA 1NGGA 2VQFK 3A2FA 2NRZA 5BPMA 3R3LA 3T1HK 4LH4A 3SPYA 4IBNA 3CFOA 3SPZA 3DOLA 4B3RK 3ULEA 1EWRA 5FROA 3K9JA 2OPQA 2JWKA 5M1FA 1U45A 4JAXA 3V1QA 3CC4N 1S72N 4CJFA 2HB5A 2PBDA 3E1YA 4QOZB 3CYMA 2FSKA 3CC2N 1S1UA 2OZSA 4DF4A 4F2RA 1CZBA 3HPOA 1HJOA 1N34K 3VENA 1U6ZA 3MWPA 2NUBA 4BRPA 2HNDA 3VQ7A 4Z4CA 3O3GA 4EHUA 4JKBA 4HCBA 1KAZA 3UKRB 4Z94A 4X65K 4YDUA 3OY9A 3VGKA 4FJ5A 5JS2A 4JYAK 1S1WA 4B3MK 4FJ7A 3SBTA 3SQ0A 2HVIA 3QEXA 5JLHA 4M42A 3OYJA 3DI6A 4DV2K 2W42A 5ADXH 3PY8A 1S5JA 3UB5A 2XY7A 1I94K 1VQ4N 3A5OC 3O1BA 3QETA 1QHTA 1EWQA 4BR5A 1UOCA 1ZBUA 1ITGA 3UE5A 4DTPA 2QWNA 4N5SA 1Q7YO 3HK2A 4CECA 3DM2A 2OPSA 4FJHA 1T6CA 4DV0K 4DV7K 4B3OA 4DTJA 5EX5A 4FJXA 4H5VA 4B9UA 3UKUA 3TSQA 3WQUA 3LPTA 1RFQA 4B9LA 2HHXA 2GEMA 5B8HA 4JRQA 3A0IX 5BREA 2RN2A 4F9OA 3VETA 2F9WA 3KLFA 1X9JA 3OYGA 1NK4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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