5BRDA

Crystal structure of trypanosoma cruzi glucokinase in complex with inhibitor benz-glcn
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
367
structure length
367
Chain Sequence
MNIKELSLHELCEELKTPAWNVPLTFVGDVGGTSARMGFVREGKNDSVHACVTRYSMKRKDITELIEFFNEIIELMPASVIKRVKAGVINVPGPVTGGAVGGPFNNLKGIARLSDYPKALFPPGRSAILNDLEAGGFGVLAVSDAHVFSEYFGVMWEGTQWRTCEQEPAGSVIGRGRCLVLAPGTGLGSSLIYYNPMNQQHIVVPLELGSQTIPMRKDIDYIQTLHAELKLLPNYENMVSGAGLEFHYRQVVRGSRPPCSAGEIAKLASEGDANACKAMKKYHEYLMRVGSEASMALLPLTIVLVGDNIVNNAFFYRNPQNLKEMHREALNHEMERFGFQSRVTYLRQKKLLNLNLMGCYRCGLDLS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Trypanosoma cruzi (strain cl brener)
publication title Structure-based approach to the identification of a novel group of selective glucosamine analogue inhibitors of Trypanosoma cruzi glucokinase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glucokinase 1, putative
total genus 124
structure length 367
sequence length 367
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.1.2: Glucokinase.
pdb deposition date 2015-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02685 Glucokinase Glucokinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5brdA01
3.40.367.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Hexokinase; domain 1 Hexokinase; domain 1 5brdA02
3WUHA 3C0BA 4BRCA 3O08A 5AQGA 5BR9A 4BRNA 2YJFA 4BG9A 3ZEUB 3VEYA 5E26A 3SMSA 4F9OA 5BPMA 1TUYA 5E84A 1RFQA 4ISFA 3CJAA 2A3ZA 1TYQB 4MO5A 5FPDA 4K41A 2VWBA 3CJCA 1P8ZA 2UYTA 1GLEG 2CGKA 2P9SB 3H3OB 4FWNA 5AQMA 3FZKA 1YVNA 2PBDA 3AAQA 2FSNA 2VYPA 3TU5A 2WUSA 5JLFA 5AQOA 5AQQA 4CZJA 2HOEA 3M3ZA 3VEVA 4BVPA 4WYBA 3ENOA 3CJ7A 5CE3A 1HKCA 1RGIA 3CJ9A 4XEIA 3VF2A 1NWKA 4HTLA 5AQJA 3WEEB 4H5TA 4WQ4C 3FZHA 3RSEA 3HBTA 3IFRA 3JS6A 4BROA 3VETA 4PKIA 4B1ZA 2AA4A 2FSKA 3CI5A 1HKBA 1NGJA 2AP1A 4JAXA 4BG8A 3L4IA 2Q0RA 3CIPA 3LDNA 4CD1A 1MWKA 3M1FA 1NGEA 2E88A 1T6CA 3WXKA 1WUAA 4BR0A 3SMPA 3U8XA 3ID8A 2P9UB 2GUPA 1C0GA 3ZEUA 4MLHA 1OKJA 1NGAA 4FWMA 2V7YA 4EFHA 2QWRA 3W3DA 1JCEA 4JN4A 5BN9A 4JNEA 1XQSC 1KAZA 2P9SA 4H03B 3BF3A 2YJEA 3D2FB 3OHRA 3H1QA 4HWIA 2Q1NA 2QXLA 3DWLA 3UB5A 4H0XB 3IUCA 5TKYA 4BR2A 2E2NA 2IVPA 3EL2A 1U2VA 2D1KA 3IMXA 3JXUA 4QS8A 3VGKA 4CZIA 5BPNA 4K42A 5FPNA 4H0OA 2A41A 4MO4A 1BUPA 5EX5A 2PAVA 1QZ5A 3QB0A 3LL3A 4BR4A 2GWJA 4CBXA 1X3NA 3GG4A 3H45C 3H46O 3ULEB 2Q97A 3WEEA 4BRAA 2Q0UA 1NMDA 4QS7A 1GLDG 3MN5A 2D0OA 1GLJO 5AZIB 2IVNA 1Z6RA 5AQFA 1YAGA 2HMPA 5AFUA 4JHDB 5KQ8A 4J8FA 3R6MA 1NGHA 3AAPA 2P9LB 4BC5A 3MK6A 3VGLA 4I6MB 3W0LA 3QFUA 1RDWX 1QHAA 4H5NA 4IXCA 4NO7A 4CZFA 1C0FA 2P9NB 4BRHA 5AQTA 2Q36A 3O1BA 2A6AA 4BGBA 4CZGA 4CBUA 1U6ZA 4BR5A 4C23A 3HI0A 4BC2A 2F9WA 2V52B 3ZX0A 3UKRB 1BG3A 4GNIA 1ATRA 1S22A 3VEOA 1T44A 1Z05A 4BRIA 3A5LC 3DAWA 3LM2A 4IJAA 5AQWA 2EWSA 1BA0A 2KHOA 3VF6A 3QDKA 3WT0A 3KVGA 3R9PA 1NGDA 2BUPA 4AM7A 3EN9A 5AQNA 3ULEA 2E2PA 2ZGYA 4BRGA 3O80A 3MN6A 1E4FT 2H3GX 2P9IB 4A62A 5AZIA 2I7PA 4L3QA 3MMVA 2QWLA 5AQXA 3GE1A 1DKGD 2FF6A 2ASMA 1YXQA 2FF3B 2P9LA 4H0PA 4I6MA 1LCUA 3WQTA 4BRFA 5AQZA 1KAXA 4XH1A 3UKUB 4RTFD 3KZBA 1ESVA 2YHWA 2VCPA 4KBOA 4BQLA 2QWQA 2FLOA 1K8KB 4A2BA 3QBWA 2OANA 3VEXA 1V4TA 1GLBG 4H5VA 1NLVA 4H0YB 2V51B 3MN7A 1T6DA 3U9DA 1TUUA 3FLCO 3UKRA 3VPZA 1DEJA 2CH5A 1SQKA 3U4LA 2E2QA 5F2RA 3O1WA 4FWOA 3LDOA 1HJOA 2E2OA 3EKSA 2P9PB 4IJNA 5JLHA 4FSVA 1TYQA 3D2EB 1QQNA 5KPZA 3C7NB 4O8KA 3FZMA 2IIRA 3HZ6A 3I33A 4B1WB 4YDUA 3L0QA 1S3XA 4IZ9A 4XH5A 3ATVA 2I7NA 3VGMA 4FL9A 3EZWA 5AQKA 3R8EA 2P9IA 3FGUA 3S41A 3G25A 4BRKA 4O5FA 5EVZA 1BO5O 5ADXH 3HSCA 3MN9A 5B8HA 1QQMA 5AQUA 4QS9A 4H5WA 3SLCA 3H3NO 2QWNA 4K43A 1ZBSA 4CZMA 4EAHD 2E1YA 2QWOA 3B8AX 4CZHA 3ZETB 4B9QA 4PL7A 4FWPA 3CQYA 1QZ6A 3KHYA 4BC4A 5F1XA 4M7XA 3LDQA 2ZGZA 3A5OC 3WXLA 1JCFA 1JCGA 4FPAA 3AARA 4BRDA 3QBXA 4FOEA 2HF3A 3WXIA 1EQYA 4FOIA 1YUWA 2CH6A 3BP8A 1NGFA 1BDGA 1Q18A 1Y64A 2P9UA 3BEXA 2NLXA 3ATUA 3VEWA 2NRHA 3VF4A 1GLAG 1MA9B 4B1XB 3AY9A 1NM1A 3P4IA 3H6EA 5BREA 2GTDA 3FZLA 4GY2B 3SJHA 4FWKA 3F9MA 4RCHA 2D0PA 3BUZB 2P9KB 3C7NA 5KPRA 4Z94A 3MCPA 4NB4A 5KQDA 3D2FA 3O6WA 4M7YA 3HTVA 3MDQA 4PL8A 3RSEB 4DCHA 5AQLA 5JICA 3ZX2A 2QM1A 4RWTA 5AQYA 4BREA 5BPLA 2GWKA 5AQPA 2YHXA 3EKUA 5FPMA 3QICA 5KPTA 2W40A 2E20A 3WXJA 4H5RA 1GLFO 2FXUA 3A8YA 2ZWHA 5BN8A 5EXWA 5F0XA 4EHUA 3VENA 3GOIA 1LOTB 3SK3A 4CZKA 4CJ7A 3ZETA 1IG8A 4PKHA 3ZX3A 4BGAA 5AZJB 3O5BA 2ITMA 4BR9A 2YCHA 3H1VX 1NGGA 4JHDA 2YHYA 4B1UB 3DXMB 4A2AA 1J6ZA 4PKGA 1SZ2A 1QQOA 4DHYA 3J8AA 4JD2B 5LY3A 1H1VA 3QFPA 3VOVA 1NBWA 5LJVA 1GLCG 1D4XA 1SAZA 2P9NA 1U2VB 3O4WA 5AQIA 5EOYA 1E4GT 4ISGA 3FFKB 4WQ4A 3CQXA 3D7EO 3GDQA 5AQRA 1V4SA 1IJJA 4H0TB 1GLLO 2CGLA 2P9KA 4BC3A 2V7ZA 3A0IX 1BOTO 5AR0A 2DPNA 4FWSA 5EY4A 4B1YB 1BA1A 2W41A 2YI1A 5BRHA 4BR7A 3ENHA 3FE1A 1MDUB 4H0VB 4XH4A 1HKGA 5AFUH 1NGBA 1XC3A 4FPBA 2Q31A 2A5XA 3DXKB 4LC9B 4IO8A 3VERA 2ASOA 3M6GA 2NZTA 4BVOA 4EIAA 4MLEA 2GEMA 5AQVA 3UE5A 2HF4A 3CJBA 5BRFA 3CERA 3WQUA 2A42A 4FWLA 3L6QA 1ZXOA 4WQ5A 5FPEA 3LDLA 3U9ZA 3CHWA 4CZEA 4ISEA 2E8AA 3GBTA 5AZJA 3CJ1A 4YDUC 3HM8A 1WOQA 3IDHA 4CD3A 4DQ8A 1KAYA 1KXPA 2J4RA 4M63C 3DXMA 4WQ5C 3GL1A 3UKUA 4JD2A 4CZLA 4AM6A 3A5NC 1K8KA 1MWMA 4E1JA 4FWQA 3FR0A 3FZFA 3A5MC 5ELZA 2E1ZA 1ZC6A 1DGKN 3DJCA 2GELA 1X3MA 2QWPA 4BRLA 4EHTA 3I8BA 4BQZA 1R59O 5AQHA 4CI6A 1ATSA 1HLUA 2FSJA 2D4WA 2ZF5O 4DB3A 4BRQA 1G99A 4Y0WA 5AQSA 3VESA 2F9TA 1HX1A 1NGCA 1XUPO 5I9EB 1HPMA 2P9PA 1BU6O 2QW9A 1BWFO 3LM9A 4FO0A 4B1VA 3VEZA 4BRMA 5JMVA 2ASPA 3D2EA 3BF1A 1HUXA 4FWRA 5BRDA 2QWMA 2A40A 3DXKA 3EO3A 4CBWA 2BTFA 3CETA 1NGIA 2Q2RA 3LDPA 1X9JA 2CGJA 4K25A 5ADXA 3O8MA 5LJWA 3TPQA 4IWVA 4A61A 3QMLA 4BRPA 2IVOA 1ATNA 1CZAN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2UXCK 3WUHA 4BRCA 3K5NA 3VEYA 2WFBA 3DOLA 1TUYA 5E84A 3CMAN 3CCJN 4AHTA 4ISFA 2A3ZA 4MO5A 1K73O 4DLEA 3AA5X 1YF5L 1DLOA 1SL1A 3OS1A 2FSNA 3SV4A 2PYLA 1C1AA 4HCCA 3TU5A 4ZTFA 4DTMA 1HRHA 1JLAA 4OLBA 3M3ZA 5M1OA 3BDPA 1VRUA 4E7KA 3DRSA 1S1VA 3ENOA 4A5AA 1HKCA 3CJ9A 4LF9K 1BCOA 4H5TA 2ZJRL 1IH7A 3DRRA 2AJQA 3SCXA 2JWKA 3CC2N 4B1ZA 2FSKA 4IBNA 4A5BA 1NK7A 4FJ9A 1NGJA 2AP1A 4JAXA 2O8CA 3NCIA 3CIPA 3KIOA 4OGCA 1NGEA 1X1PA 3NH1A 3LPUA 1WUAA 3O3FA 2DFEA 4HUFA 3SMPA 3ID8A 2P9UB 2X6NA 3OYGA 4YY3K 3ZEUA 4FWMA 1S1UA 4JKFA 3W3DA 4GKJK 1LWEA 2WONA 3PX6A 4NYFA 1Q7YO 3RMAA 4CCHA 4DFMA 4JI8K 4W5OA 1NK5A 3OHRA 1L3VA 3H1QA 4HWIA 3UB5A 5TKYA 2F8TA 3O4NA 2P5GA 1U2VA 2D1KA 3IMXA 4JLHA 2NRTA 5FPNA 5J2NA 4OLAA 1QVFM 2PY5A 4DR1K 3CCSN 1BUPA 4JEPA 5EX5A 3VA0A 4IG3A 2RF2A 2O8BA 3LL3A 3H46O 5KI6A 1QSYA 2Q97A 4DR7K 3T3FA 1HR0K 1EP4A 5AZIB 1FW6A 1ZBUA 3P38A 1RT5A 3H08A 3L3VA 4BWMA 3VTIA 5AFUA 4FJHA 4JHDB 5C24A 5DM6L 2NRVA 2P9LB 4CF9A 4N41A 1VSKA 3LZIA 4FLVA 4NO7A 3RWUA 2VQFK 3HXMA 4CJSA 3SQ0A 4BRHA 1D8YA 5GIPA 4CZGA 1S6PA 1BHLA 4YHHK 1VQ9N 4BR5A 3L3UA 2OYQA 3PSFA 3M5RA 3MECA 3ZX0A 3AVBA 4GNIA 4F8RA 2HVIA 4KTQA 4IOCL 1ATRA 4DSLA 3VEOA 1T44A 3THXB 1XMQK 4CEAA 4KHQA 3DAWA 3A2FA 4DUZK 1N34K 3V81A 1L3SA 1UWBA 4JKEA 1O1WA 4OPKA 3QEXA 3SJJA 5JVHL 5C0YA 1JL1A 2ZGYA 4DTXA 4BRGA 3O80A 3MN6A 3NF6A 3LWLA 2H3GX 2P9IB 4A62A 5GADP 3N4QA 3CF5L 5AQXA 3SBTA 3HP6A 4LF4K 3T1AA 4M3UA 2ASMA 4RW8A 1ESVA 1IKWA 1YITN 4B8AB 4HVJA 2QTDA 4A2BA 4C8NA 4CGHA 1GLBG 4DV4K 2E6MA 2V51B 5DM7L 3KD1E 3HP9A 4F2SA 3U9DA 3VMFB 4FZXC 3FLCO 4MFBA 3UKRA 4KREA 1DEJA 3TTFA 3U4LA 2HHWA 2OPPA 4KH5A 3VA3A 5H1SQ 4FJMA 4M3WA 3OS0A 5JLHA 4IJNA 2G8KA 5FLXO 4FSVA 2F96A 4FLYA 4CJFA 4LH4A 1BCMA 3VQCA 3FZMA 3HZ6A 1SUQA 4CECA 5JS1A 3L0QA 3V9XA 4XH5A 3G4SN 2FBXA 4KI4A 1EX4A 4FL9A 2UU9K 4FJ5A 1HJRA 3T19A 5I42A 5EVZA 1Q82O 4FVMA 4CHZA 3CYMA 3ALYA 4IFVA 3MX5A 1OH6A 3SLCA 3H3NO 2HHVA 2QWNA 1ZBSA 1J5OA 1C0TA 3V9ZA 4BE1A 3ZETB 1LW0A 3AO5A 5HRNA 1TL1A 4FWPA 1QZ6A 3KHYA 3MX2A 4BC4A 4M41A 1Q86O 4M7XA 3LDQA 1L3UA 4FPAA 4BRDA 1S6QA 3QBXA 1QE1A 4KKOA 4CIEA 3WNEA 4LF6K 4DTJA 4I9QA 2ZM6K 3BEXA 1NOYA 4B1XB 3K58A 1G15A 4DR3K 2UUBK 3KLGA 4FWKA 4RCHA 1JLCA 3VQPA 5KPRA 4WFNL 1JXBA 4NB4A 3MDQA 4K8XA 4FW2A 2OCEA 3K2PA 3LDSA 4RWTA 1NJXA 5BPLA 2QKKA 1JLQA 5K14A 3LANA 3L2RA 1QVGM 1Q81O 5EU7A 3L2WA 3SPYA 3WXJA 4X64K 4H5RA 3NVMA 3A8YA 1DTQA 1W9HA 1VQLN 5F0XA 4FLTA 3Q7CA 4EHUA 3GOIA 2QA4N 4CZKA 3QETA 3TTDA 5FRNA 1IG8A 1RT2A 3ZX3A 5JVGL 5AZJB 2ITMA 3VQAA 4CJ3A 4RW7A 3KK1A 2RKIA 2YHYA 1D9FA 3LP2A 4A2AA 1J6ZA 3M8PA 4W5QA 4AF1A 3QFPA 1NBWA 3F9KA 1D4XA 3CCUN 1U2VB 4CFAA 3O4WA 3SAFA 1IKXA 4ISGA 3QEPA 1HNWK 1A5XA 3CQXA 1IBMK 3SUNA 1V4SA 2O8BB 1IJJA 1GLLO 4CGGA 5FROA 1X9SA 1RBVA 3G71N 1BA1A 4BR7A 1QS4A 2KFNA 1BISA 4B9LA 3V1QA 4IO8A 4A57A 3VERA 2ASOA 4BVOA 4EIAA 3F73A 1Y97A 3SV3A 2GEMA 4X65K 2KTQA 5AQVA 3WQUA 3L6QA 1EWQA 5FPEA 4B3RK 3TSPA 1HMVA 4OKJA 1RT6A 4KAZA 3VQQA 1KXPA 5GAHP 4M63C 3DXMA 4WQ5C 1WAFA 5C2FA 2KW4A 3OYEA 4JD2A 4CZLA 3QO9A 1D9DA 4FJXA 4AM6A 3QEIA 2XY7A 3EYZA 3DLLL 2YKMA 5ELZA 1ZC6A 2PYJA 2GELA 4WCEL 2QWPA 4CGFA 1CLQA 4CI6A 1ATSA 1J5EK 3R1XA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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