5C2DA

K428a mutant gp2c of large terminase subunit from bacteriophage sf6 with calcium
Total Genus 84

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
241
structure length
227
Chain Sequence
MAIIKREWLEAATDAHKKLGWKAKGAVVSAHDPSDTGPDAKGYASRHGSVVKRIAEGLLMDINEGADWATSLAIEDGADHYLWDGDGVGAGLRRQTTEAFSGKKITATMFKGSESPFDEDAPYQRTIGDVFRNKRAQFYYALADRLYLTYRAVVHGEYADPDDMLSFDKEAIGEKMLEKLFAELTQIQRKFNNNGKLELMTAVEMKQKLGIPSPNLADALMMCMHCP

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
AH1 (218-224)TII1 (224-227)EMPTYUpdating...
connected with : NaN
molecule tags Metal binding protein
source organism Enterobacteria phage sf6
publication title Two distinct modes of metal ion binding in the nuclease active site of a viral DNA-packaging terminase: insight into the two-metal-ion catalytic mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Gene 2 protein
total genus 84
structure length 227
sequence length 241
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF17288 Terminase_3C Terminase RNAseH like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.240 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5c2dA00
3C6HA 5M1PA 5C15A 4IDHA 4IEEA 5C2FA 3C6AA 5C2DA 3CPEA 5M1OA 5M1QA 5C12A 5M1FA 5M1NA 5M1KA 4IEIA 5C10A 4IFEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1E3MA 2KFZA 4LY7A 3BF3A 4F4KA 3P5JA 5DMRA 2A42A 2R7YA 4C8KA 1XWLA 2GBZA 4CBWA 4CJUA 3RR7A 3P1GA 4R79A 2D0BA 1GOBA 4NYFA 3AVKA 3O9SA 3V1QA 1KQSM 1LCUA 3MXMA 1EWRA 3BUZB 5AQPA 4IOXA 1J53A 1QSYA 3I8DA 3DLBA 4BDPA 4ELTA 3HVTA 5CYQA 2Z1HA 2OANA 3UKUA 3IMXA 1GLCG 3OYFA 1YT3A 2HOEA 3C95A 3QEPA 4MQ3A 2O8EA 1XUPO 3ZT4A 4C8OA 2ZM6K 3HT3A 3M8SA 1SAZA 2WC9A 3PV8A 1HYSA 4TSXA 4FLYA 2KZZA 3O1BA 2VYPA 5AQOA 1GOCA 4B3SK 4FWLA 4JK8A 4H5TA 4CZKA 3VQ4A 4KFBA 3TSUA 4ELUA 2E2QA 3MCAB 1RBVA 3V1OA 1HNXK 1VQ6N 3KHYA 3VTHA 2OTJN 2AA4A 1TKTA 3VQ9A 3IDHA 4CF8A 3T1AA 1XHXA 3RSEA 2KQ2A 3DLGA 4MO4A 1QSSA 4ISGA 4IG3A 4DS4A 4E7LA 3G4SN 1EXQA 2GELA 4WFBL 1NGAA 4OPHA 4JI3K 2E5LK 5J2PA 4WE1A 5EX5A 2OYQA 4LF9K 5GINA 3H3OB 1V4TA 2HF3A 1JLBA 5FRNA 3A5NC 4B1XB 1Z25A 4B9TA 5C0YA 4CJKA 4BG8A 1X9WA 5AQNA 2IDOA 5BRDA 3C7NA 4CEAA 1VRUA 5JVGL 1X3NA 3ZT2A 5ADXA 4O55A 1VSJA 1ZBIA 1B9FA 2E1ZA 4RW4A 3QO9A 2WBNA 2KFNA 1HYZA 1FK9A 4B1ZA 1U04A 5HLFA 2O8DB 2IOCA 4DV4K 4E0DA 1UA1A 3ZYYX 5GAGP 4HWIA 4FLWA 3G10A 4UY8O 4JK7A 3I56N 1LW2A 2ZD1A 1W0HA 2QM1A 1KD1O 2ZJRL 3AO5A 1Q82O 4Q0BA 3CM6A 2LSNA 2HMIA 1ASUA 2HSTA 3MN6A 4EFHA 4DTMA 2W6LA 1X3MA 3KK1A 3SMPA 4I9QA 1RGIA 3OJSA 3LPUA 4PL7A 2BUPA 1K73O 4GVMA 1BI4B 1S22A 4CE9A 3VPZA 2VGNA 3HM8A 3VN5A 3FZHA 4RWTA 4FCYA 4CGIA 4L3QA 1VSEA 4ID5A 4KO0A 1JCGA 4YOXA 5C42A 5GADP 1G15A 2F8SA 4KHWA 2O8BB 4KI6A 3LAKA 3O8MA 2RE2A 5EOYA 1QQCA 4FZZA 2HHVA 3R3LA 1NK7A 4NLBA 4DSJA 1JKHA 4FM1A 3PUFA 3C6HA 5E41A 1N36K 4JHDB 1RT7A 1SQKA 3VQ8A 4FK0A 1IBMK 1KVBA 3ZX2A 1RDWX 5F1XA 4FJ7A 4BROA 3QLHA 4DCHA 4JI5K 3Q7CA 4BY9C 4GY2B 3LDNA 4BG9A 3EN9A 3VGMA 4EP4A 4HCCA 3A5MC 3DXMB 3K5MA 4B9SA 5SWMA 4B3RK 4CIEA 4CW7B 5A2QO 3O9UA 2V51B 4H0TB 4BRLA 4KHYA 1LWFA 1NKBA 1E4FT 3G25A 1Q86O 1HQEA 3HP6A 3LDOA 3GE1A 4CJ3A 3P39A 5J2QA 1IH7A 3SAHA 3QMLA 5BR9A 1NMNA 3CM5A 4CBXA 4UQGA 4BWJA 1WAFA 3TWHA 3VQDA 1IKXA 1MWMA 1FKOA 1EP4A 3ULEA 4AHCA 3CJ1A 3AO2A 4O8UA 2XY6A 3DM2A 4Z4EA 3AO3A 3R8EA 1YTUA 4FZXC 1IKVA 5C24A 1LWCA 2XY5A 4FWMA 2Y1JA 4F2RA 1ESVA 4C1NK 4HCBA 3NMUA 1VSDA 1C6VA 3VEYA 3KLIA 4ILGB 4JKGB 4HTLA 4IO8A 3ZSQA 2VG6A 1L5UA 3P83D 4A2AA 2FXUA 1HQUA 3NBPA 4CJ4A 4BREA 4KBOA 3AVHA 4KH6A 3A5LC 4CZGA 2QWMA 3QETA 2D0CA 4YY3K 3ZSVA 2P9KA 4AHVA 1HNZK 2FSJA 4BWMA 3VETA 3F73A 2PBDA 4CHYA 1M90O 4YHHK 3RWUA 1HKGA 1HPMA 1P90A 4CHOA 1X9JA 3LAMA 4CD1A 4FWQA 5I3UA 4DFPA 4M3YA 4LSNA 3ATVA 1IKWA 3CCJN 2Z1IA 3ZSXA 4CF9A 2UUCK 5CR4A 3KJVA 2E6MA 2P9PA 1RBSA 4IEIA 3SQ2A 3OTOK 1OVQA 3NHGA 3CFPA 3GBTA 3SUOA 1MU2A 4CERA 1CZAN 3CPWM 4DTRA 1MDUB 3OYCA 4H5RA 1NK9A 2V7ZA 1NGCA 3RMBA 3CERA 1RBUA 3AAQA 3AVJA 4M3WA 4FWNA 4FJ5A 2P9IB 3LALA 4BVOA 1F21A 4CHNA 4XH1A 5C12A 4BVPA 2P9LB 3O08A 5KPRA 2ZWHA 1NGHA 1ATNA 2QK9A 4IDHA 2CH5A 3KIOA 3TTFA 1HNIA 4O0JA 2YNHA 3CETA 3KKRA 3A8YA 4JN4A 2H3GX 4K8ZA 1UAXA 3OBWA 1S9EA 2F9TA 1CZBA 1YJNN 4CZHA 3CFRA 1DLOA 1D9FA 1D9DA 1HR0K 3D2EB 2FC0A 4MLEA 4CJ7A 4JV5K 5EY4A 4B9NA 3GDQA 1EX4A 4BGBA 3PSFA 3HO1A 3PLAA 3QICA 3ITHA 3E9LA 1L3SA 4CZJA 2GUPA 4XH4A 4BQZA 3O3GA 1OH6A 3SV4A 4DTXA 1JLCA 3FE1A 3OYIA 4GKJK 2WFBA 4HHTA 2OZSA 3LDSA 1C1CA 4AF1A 4CBUA 3DXKA 4WCEL 2P5GA 4LF4K 4M42A 4DV3K 3EEQA 3WEEB 4OO1J 2BDPA 4CFCA 2Z1JA 1BA0A 1FKPA 4O4GA 3NAEA 1NBWA 5AQYA 4DKWA 4CJFA 5AQVA 2W6KA 2OPRA 3NGIA 1S6QA 1YAGA 4B3OA 4CF2A 2G8UA 4JD2B 4DV6K 3OYMA 5CZ2A 1U4BA 4YDUC 3V4IA 3K5NA 4BRQA 3SLCA 4FLXA 5LMUK 4H0XB 1MA9B 1T6CA 3QEIA 4NCGA 4JS4A 3SQ1A 2VWKA 4YOWA 2QXFA 1S72N 4K42A 4KV8A 4M3TA 2YJFA 4FWKA 2YCHA 4QS8A 4IXCA 3L6QA 4CVNE 2I5JA 1N34K 2YKNA 4OKEA 4DMNA 1K8KA 4N76A 1C0MA 1J9AA 2YNIA 4H5VA 5FROA 2KHOA 4AH9A 4BDZA 3RMCA 2ZE2A 1VK0A 4CIFA 1IG9A 3EKSA 4KKOA 2B6AA 3EE8A 3VA3A 2D0PA 3E01A 2Q97A 4B08A 2A1RA 1RCHA 1BU6O 2QWPA 2QWRA 1BQMA 2P51A 5M1OA 3NH1A 1J5OA 3AVLA 3I8BA 2UXCK 2KKZA 1JLFA 1WLJA 3M1FA 4A61A 3HBTA 3KLEA 4HUEA 1VQ9N 5CE3A 3TSPA 1QZ6A 1TV6A 2O4GA 4GV3A 3DOLA 3CG7A 2YX6A 2HHQA 1JLQA 3ZSYA 3QINA 3JAMO 4HUGA 3VGLA 4FZYA 3UB5A 3TR8A 1IV0A 2IGIA 1TYQB 1S5JA 2IVPA 2NRRA 3IS9A 4B1UB 4ZHRA 2WONA 4FPBA 2Q31A 4DUYK 3C65A 3D2FA 5GAEP 4NXMK 4I6MA 4CJRA 5HROA 1SKWA 4E7JA 1O1WA 3O80A 3QEXA 1GLLO 1YI2N 3NVMA 1QHAA 4O0IA 1JLGA 2CH6A 4XH5A 4CEOA 3QEVA 3SI6A 1XI1A 4Z0UA 4IG0A 3TAEA 3DLLL 5KTQA 2YJEA 3QFUA 4I2QA 3THXB 4E1NA 3UE5A 1U2VA 1NKCA 4CZIA 1L3UA 3U8XA 4HUFA 3K2PA 5GIOA 1HUXA 4KI4A 2GWJA 1VHXA 5CZ1A 1NK5A 4CI6A 4BC3A 1TKZA 3N4PA 3VOVA 2IAJA 3K58A 5TKYA 1SL1A 3OS2A 1B92A 2YHWA 3CFOA 2HBJA 1TKDA 1N5YA 1TVRA 2WOMA 1D8YA 5AQGA 3DJCA 5GAHP 4DSIA 2Q0UA 3VQ6A 1NK8A 1T03A 5LJWA 4WYBA 1GLAG 2P9UB 1QZ5A 2Q1NA 1Z26A 2IC3A 4DWIA 3SYZA 3AA2A 4CF0A 2ETJA 2YI1A 5KGWA 4BRFA 4FW1A 3BZKA 1JL2A 3IKMA 1U6ZA 5C25A 1EO1A 1BHLA 1TUUA 5CY4A 5AZIB 4CGDA 1S1WA 3JSMA 5GIPA 4H4OA 5HRPA 3LM2A 4DV0K 1NGFA 4CEZA 4EZ9A 4OVLA 5ELZA 2CGLA 4DF8A 3SK3A 4FJ9A 3SJHA 3L2VA 3V1RA 4X64K 1S9GA 1KVAA 3VTIA 1ZBHA 5MLCQ 1S1TA 3C94A 2Q0RA 5FPNA 1WSHA 4K43A 3L2QA 2A6AA 2FSNA 3OY9A 3MX5A 2GTDA 1EKEA 3EY1A 1JCEA 2QWLA 1LV5A 1RNHA 4IEEA 1K8AO 3DAWA 3ZX3A 2O8FA 4JAXA 3JXUA 1X9MA 5J2MA 4BR5A 4BRKA 1BCMA 4NYNA 4L8RB 4C8NA 1HJOA 2E8AA 4GMJB 4F9OA 5M1QA 1JLAA 2P5OA 4C1NI 4CECA 3VQQA 3SV3A 1JJ2M 2GX9A 4KTWA 4OPJA 4ISEA 2FBTA 2E1YA 3PIOL 2KLAA 4Z94A 3OYNA 2UXDK 5I42A 1BUPA 1RT5A 3SMSA 3HM9A 5C2FA 1QVFM 1ZBFA 3F9MA 4H5NA 4WQ4A 3U9DA 1BIZA 3CIPA 1BI4A 4JEPA 3TAFA 4FJXA 1LW0A 2A1SA 2FF3B 3NE6A 1K6YA 3THYA 4FLTA 3O3FA 2KZMA 4JK9A 3WNFA 2HVIA 3FZFA 1WSJA 4LH4A 4BGAA 4WQ5C 2KTQA 2O8BA 3D7EO 1W97L 3E1YA 1S6PA 2UU9K 2E2PA 4J8FA 1VSIA 4ILJA 1SKRA 5FPDA 4NLCA 1LAVA 3VERA 4A2BA 4JKBA 1VQKN 3K5LA 3V9SA 4CF1A 2QWNA 2ASOA 3TTDA 3DI6A 1NKEA 3OA9A 4LF5K 1RTDA 2F8TA 3QNOA 1QQMA 1L3TA 4CJEA 5JLFA 2Y1IA 4BR4A 3O4NA 3HTVA 1RTJA 4OLAA 5FPEA 4LF6K 3RMDA 4DSKA 4DQRA 4J2AA 1CXQA 3HPGA 1RT6A 5AQQA 2IVNA 3SUQA 4FJHA 3J7ZO 1N6QA 1TKXA 2D4WA 4CGHA 4DTPA 5M1FA 4BRNA 1CXUA 3M8QA 3OS1A 3TARA 5JLHA 3PSIA 5HRSA 3CI5A 3DOKA 1WUAA 2ZQBA 4ILHA 3BDPA 2E6LA 2NRVA 3ZETA 2QKBA 3BZCA 4BRHA 5FDLA 3SBTA 1D5AA 3FZLA 4IO9L 3VQ5A 2Q3SA 1KC8O 3ZSZA 4H5WA 4KHNA 4B3TK 3V9ZA 3CXCM 2ATQA 5EU7A 3PY8A 4FSVA 4EIAA 3CCUN 4AM7A 1YJ9N 3CD6N 1Q81O 1KFSA 3T7ZA 3RSEB 1ZBLA 5JICA 3L3VA 4JYAK 5KI6A 4AQYK 1VSMA 3M3ZA 4H03B 4IFYA 3H08A 2VG5A 3O6WA 4NO7A 1BA1A 3FR0A 3O4QA 4IOAL 3L3UA 1NK0A 1X1PA 4DR7K 3WNGA 1IG8A 5LL6Z 2PZSA 3AVFA 4B1YB 5AQHA 3ATUA 2AP1A 1C0UA 1RILA 4DV5K 5JS1A 4BC5A 3VEVA 4DSFA 3H45C 2O8CA 3QIPA 3T19A 3LP2A 3EYZA 5ADXH 4DUZK 4Y1DA 1JXBA 2G8WA 4BE0A 3D0PA 1TK8A 1VSKA 1RDBA 1WOQA 3RVCA 1IJJA 2CGJA 4CJQA 4BRMA 2EHGA 3DLKA 4BC4A 1KAZA 4OGEA 3WXMB 4H8KA 4DR2K 1IO2A 5JS2A 3CCLN 2X78A 4C8LA 1K9MO 2YHXA 3VEWA 5CYMA 5BPNA 1RDUA 3PO4A 5KRSA 3V9UA 2QKKA 3ULDA 2NLXA 1L3VA 5AQKA 3WNHA 1NOYA 3VA0A 4FJKA 3CF5L 3LP0A 1T3VA 1KVCA 5FPMA 4DR3K 4DG1A 5H1SQ 3KK7A 3VQAA 3MX2A 3W3DA 5IT9O 4RW6A 5AFUA 4DFMA 4OLBA 1D4XA 1WSGA 4YNQA 5C2DA 4LFCK 1WSIA 3E9OA 2P9NB 1C0GA 2QWOA 3D2EA 1BO5O 3FZKA 1BQNA 1NG9A 3HPHA 4NB4A 4CD3A 3CMEN 2D0OA 4CJLA 1VQPN 4JRPA 1ASVA 2FF6A 2YKMA 4KB1A 2P9SB 1KXPA 3CQYA 3F9KA 3TTCA 2FSKA 5AQTA 5T7BA 1WAJA 1OH7A 2ASPA 4FL9A 3MXJA 1KFDA 4RW7A 4YOVA 1JLEA 4CJTA 3SQ0A 1R0AA 3NVKA 4JI6K 3VESA 2HHXA 1SV5A 4DLGA 1HJRA 1YVNA 3WXJA 1S1VA 4AHSA 4DU4A 1G99A 5HL7L 2G8FA 2NRXA 3FLCO 4DV2K 2HBKA 4KAZA 4CK2A 3U4LA 3QIOA 3WNEA 2GUIA 4DTNA 1WBBA 2A41A 4FM2A 2RHKA 3AVBA 3LPTA 2JWKA 3KLFA 2FLOA 1RT3A 1OKJA 3TAMA 4CJWA 5BRHA 1U47A 3U3GA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3C6H A;  5M1P A;  5C15 A;  4IDH A;  4IEE A;  5C2F A;  3C6A A;  5C2D A;  3CPE A;  5M1O A;  5M1Q A;  5C12 A;  5M1F A;  5M1N A;  5M1K A;  4IEI A;  5C10 A;  4IFE A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1E3M A;  2KFZ A;  4LY7 A;  3BF3 A;  4F4K A;  3P5J A;  5DMR A;  2A42 A;  2R7Y A;  4C8K A;  1XWL A;  2GBZ A;  4CBW A;  4CJU A;  3RR7 A;  3P1G A;  4R79 A;  2D0B A;  1GOB A;  4NYF A;  3AVK A;  3O9S A;  3V1Q A;  1KQS M;  1LCU A;  3MXM A;  1EWR A;  3BUZ B;  5AQP A;  4IOX A;  1J53 A;  1QSY A;  3I8D A;  3DLB A;  4BDP A;  4ELT A;  3HVT A;  5CYQ A;  2Z1H A;  2OAN A;  3UKU A;  3IMX A;  1GLC G;  3OYF A;  1YT3 A;  2HOE A;  3C95 A;  3QEP A;  4MQ3 A;  2O8E A;  1XUP O;  3ZT4 A;  4C8O A;  2ZM6 K;  3HT3 A;  3M8S A;  1SAZ A;  2WC9 A;  3PV8 A;  1HYS A;  4TSX A;  4FLY A;  2KZZ A;  3O1B A;  2VYP A;  5AQO A;  1GOC A;  4B3S K;  4FWL A;  4JK8 A;  4H5T A;  4CZK A;  3VQ4 A;  4KFB A;  3TSU A;  4ELU A;  2E2Q A;  3MCA B;  1RBV A;  3V1O A;  1HNX K;  1VQ6 N;  3KHY A;  3VTH A;  2OTJ N;  2AA4 A;  1TKT A;  3VQ9 A;  3IDH A;  4CF8 A;  3T1A A;  1XHX A;  3RSE A;  2KQ2 A;  3DLG A;  4MO4 A;  1QSS A;  4ISG A;  4IG3 A;  4DS4 A;  4E7L A;  3G4S N;  1EXQ A;  2GEL A;  4WFB L;  1NGA A;  4OPH A;  4JI3 K;  2E5L K;  5J2P A;  4WE1 A;  5EX5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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