5CY4A

Crystal structure of an oligoribonuclease from acinetobacter baumannii
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
184
structure length
182
Chain Sequence
HMSSTLNTRLIWIDLEMTGLDTDNDQIIEIATIITDDHLNVLAEGPVLAIHQPDRILNAMDEWNTRQHGQSGLIERVRRSKLTARDAELQTLEFLKKWVNPKVSPMCGNSICQDRRFLHRLMPELEQYFHYRNLDVSTVKELSKRWRPEIMSGLKASHLAMDDIRDSISELKYYREYFFIMN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of an oligoribonuclease from Acinetobacter baumannii
rcsb
molecule keywords Oligoribonuclease
molecule tags Oxidoreductase
source organism Acinetobacter baumannii
total genus 65
structure length 182
sequence length 184
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2015-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cy4A00
3KLHA 3K5LA 4O4GA 4DLGA 5KI6A 4EZ9A 2X6SA 4RW7A 3AVLA 3EZ5A 4CGDA 3AO5A 2E6MA 4CGGA 2JGUA 1XHXA 5CZ1A 2PZSA 1BHLA 2RKIA 4TSXA 3K5OA 5HRPA 4N76A 4B8AB 4BDZA 3ZSYA 1WAFA 1EXQA 4BACA 1I3AA 4HCCA 4CJLA 4ELUA 4CEBA 1NJXA 3VN5A 1CLQA 1VSEA 4Y1DA 1WSFA 3SCXA 1U48A 5DK5A 1ZBHA 3SQ1A 1JLBA 3SNNA 3TAGA 2P5OA 2EHGA 1BCOA 1RTIA 3I8DA 4KHNA 1KSPA 1J53A 4B9LA 3TAPA 4EP5A 4DSIA 4CJ4A 2E4LA 2O4GA 4CJUA 3S3MA 4F3OA 2ZQBA 4DS5A 1JLFA 4BDPA 4L8RB 3ZT4A 3RMDA 2YNHA 1DLOA 1RT1A 3DLGA 2YKNA 1KFDA 1Y97A 1FKPA 3TI0A 1A5WA 2WONA 4CEDA 1QE1A 3K5NA 1G15A 4FJLA 3AO1A 5DMRA 1EP4A 3SV3A 4DTOA 3KK1A 4AHRA 3SUPA 5FDLA 4OLAA 3HJFA 1NKBA 1BI4B 3L3VA 4CEFA 3MAQA 4FJNA 1HNIA 3KIOA 4KB1A 4YFUA 1SUQA 1JL2A 4R5PA 3U3YA 4OKJA 3DMJA 4CGIA 3O3FA 3M8SA 5CY4A 5E41A 4M45A 4W5RA 3QIOA 3IS9A 4I2QA 3WNEA 4DMNA 2KFZA 4E7LA 3VQDA 3LPTA 4FCYA 4FLVA 4B9UA 3NHGA 1NK4A 1KVAA 4CEQA 1W9HA 4C8OA 2KZZA 1R0AA 3AVFA 2DY4A 1HYZA 2ITGA 1LAWA 3ZSZA 3LZJA 4FM2A 4FJMA 4KHYA 4W5TA 2X6NA 2IS3A 4B9NA 3NF8A 4AH9A 4OGCA 4J2AA 1J54A 3EYZA 3PO5A 1C1AA 3DOLA 2G8UA 1T8EA 4DS4A 4NCGA 4M3TA 1UA1A 4DTMA 3ASMA 3BGRA 3VQPA 4W5OA 1B9FA 1QQCA 3CG7A 4KHQA 4OPJA 3QEPA 1DTTA 3WNHA 3NH1A 2GV9A 2Y1IA 3LALA 3TWHA 4DFJA 4CK3A 4CESA 3QERA 1MU2A 1D9FA 4B9SA 2KZMA 4Z4CA 3AVGA 3OS1A 4CK1A 3MEGA 3NFAA 4M3XA 1ZYQA 4DU4A 1BL3A 1BIZA 1B92A 3O4NA 4CIFA 3IAYA 4CGJA 4CIGA 3C94A 5KGXA 5HLFA 2BGGA 4FZYA 3SPYA 2RN2A 1FXXA 3V6DA 5FRMA 1U04A 4J2EA 4W5NA 2RF2A 4G1QA 1N6QA 1K6YA 4FM0A 1U47A 4N56A 3OS0A 3BDPA 4DTJA 4F2RA 4Q5VA 3DLRA 3B6OA 3ZT1A 3CFPA 1IKVA 2XHBA 3D0PA 4QCLA 1ZBLA 1N5YA 1L3SA 1NOYA 4Z4GA 4I9QA 2HHVA 4FLWA 1A5VA 1SL0A 2OPSA 2I5JA 1VSFA 4ZTFA 1RT7A 3HO1A 2HVIA 4AHTA 2HVHA 1ASUA 1HMVA 2Z1IA 5KRTA 4HUFA 1DTQA 2W42A 1NJWA 4HUGA 1NK5A 3B6PA 4DQRA 1WAJA 4Z0UA 3TANA 3AO3A 3AA2A 4CJ5A 4GW6A 1RT5A 4EP4A 4YNQA 5J2PA 1TK8A 2G8KA 3RMBA 4BDYA 4WE1A 1NK0A 4DSLA 2Z1JA 2HHQA 4F4KA 3ALYA 3VQBA 3M8QA 1S1XA 1CZBA 3UIQA 1SKWA 3VQAA 2OPRA 2VG5A 1QTMA 4O0IA 1HQEA 3ISNC 3LP1A 2Z1GA 1S9EA 4FJJA 2YHBA 3MXJA 1VSMA 4KAZA 3AVAA 1UAXA 4CF9A 3ZT2A 3QEXA 4HVJA 1TKDA 3HVRA 1S1VA 4JLHA 2GBZA 3SV4A 2JLEA 3KD1E 1RTJA 1NK7A 3DLEA 4BWMA 4M3RA 5HRSA 3T3FA 2Y1JA 1JXBA 3DRRA 4FVMA 3O3GA 4CHZA 1X1PA 3K5MA 2VG7A 5T7BA 3HXMA 3KLEA 4CJVA 1GOBA 4DQSA 3QINA 3CFOA 1T05A 1O1WA 4H4OA 4KI6A 2HHXA 5J2MA 1NKEA 2P51A 2HHSA 5HRRA 4LH4A 3L2UA 3RRGA 1WNSA 3AO2A 4KV8A 3T1AA 2PYLA 2FBYA 4FLTA 4DSKA 4LD0A 1KFSA 3ULDA 2Q3SA 1XHZA 4KB0A 1QSLA 3DM2A 4O55A 4CHOA 5CZ2A 3LPUA 4XIUA 1FK9A 1C0MA 3K59A 4MFBA 4OKKA 2A1RA 3QEVA 3FFIA 3DYAA 3P83D 3V4IA 4FK0A 3CQ8A 1BCMA 4DU1A 3MEEA 3ZSRA 3OYCA 3RR7A 5I3UA 3KK2A 4FZXC 1RT3A 4Z4IA 4HHTA 3V9ZA 1VSHA 4CHQA 1U45A 4IG3A 4FJKA 4RW6A 4FK2A 4CERA 2OYQA 1JL1A 1VSIA 4FLUA 1T03A 2OZSA 4CHNA 4CJKA 2OPQA 3TAEA 3WNGA 1NJYA 2D0CA 2OPPA 3NGYA 4KKOA 4ELTA 2HNZA 3OYMA 4BE1A 1S1WA 4AHCA 1NKCA 4FZZA 2B4JA 1RT2A 4CFDA 1VRTA 2X78A 3THVA 2DFEA 3RTVA 2HW3A 1KLMA 4RW8A 1S9GA 3OJSA 4O0JA 1UA0A 1X9MA 3ZSXA 5KGWA 1JLGA 4PA1A 4AHUA 4CJQA 1HRHA 5J1EA 3TAQA 3NBPA 3DRPA 4PY5A 2ZD1A 3L3UA 4B08A 3SJJA 3RRHA 4B9MA 1RDCA 1HJRA 2D0BA 2XRIA 4LSLA 4J2BA 4NYNA 4N5SA 4JS5A 2DFFA 4FLZA 1UOCA 2HNDA 3S3OA 3JYTA 1Z25A 3QEIA 3CFRA 1RCHA 1WSJA 2VG6A 4M3ZA 3O3HA 1C1CA 4LY7A 1KTQA 4QAGA 5J2QA 1RTDA 3G0ZA 4E1NA 4BE2A 3SI6A 4CK2A 3OYLA 5HROA 1VSDA 4OVLA 4C8LA 1IKYA 4ID1A 3TR8A 3M8RA 4DF4A 1XI1A 5CYMA 1WSHA 2KQ2A 3QLHA 1WN7A 3ZSQA 3AVCA 3LP0A 1NK6A 4IFYA 3PX6A 5J2NA 5K14A 3HYFA 1QSYA 1NK9A 4KPYA 3U3GA 4F8RA 1LAVA 3ZT0A 1YTUA 2QKBA 1RDAA 1RT6A 1RBVA 2PY5A 1BQNA 2KFNA 3AVKA 2YNFA 3ZSWA 1TL3A 4CEAA 3AVNA 1KVCA 4KHUA 1ASVA 2OA8A 1WSEA 4CJSA 4FJIA 4FJ7A 4CE9A 4F2SA 1IKXA 2XO7A 4JRPA 2VWKA 1TKZA 3OYKA 3LAMA 3OS2A 3QO9A 3MXMA 1IO2A 2NUBA 2PYJA 1X9SA 3SQ2A 3NE6A 4H8KA 3OJUA 2IC3A 3V9WA 4FXDA 3KLFA 2F8TA 3WNFA 4CCHA 4DFPA 1QHTA 3DOKA 3K58A 4CGHA 3NAEA 4PUOA 2YHAA 1VK0A 4FW2A 2HMIA 5HP1A 4OGEA 3VQQA 1F21A 5KRSA 3EY1A 3V1OA 2YNGA 1A5XA 1JLAA 1KLNA 4CF2A 2YKMA 4NYFA 4MQ3A 3F73A 4ID5A 1BQMA 3VQ7A 4UQGA 1BGXT 1KCFA 1C6VA 3T19A 4Y1CA 3HPHA 3OYDA 4E7HA 4Z4EA 3SQ4A 4W5QA 3G10A 4KREA 4FK4A 3OYNA 1B9DA 4DTXA 2F8SA 3CYMA 3HVTA 2G8VA 3I0RA 4EZ6A 4KO0A 4Z4FA 3V1QA 3F9KA 2QK9A 3OYAA 2HHUA 4KFBA 4DLEA 4DFMA 3KJVA 1ZBFA 1XWLA 1WSIA 4C8KA 4CJWA 4E0DA 4B9VA 1LWCA 4DFKA 3TARA 4DTNA 4GVMA 3AVHA 4I9LA 4CFCA 4FJ5A 1RNHA 4IKFA 1GOAA 3OYBA 3P5JA 5FROA 3NH2A 2E6LA 4JRQA 1U49A 1SKRA 3L2RA 4DTPA 1SL1A 3DLKA 1Q9YA 3LANA 4E7KA 2P5GA 3SZ2A 1I39A 4IG0A 3VQCA 1VRUA 3MECA 1HYVA 2O4IA 1TVRA 3AVIA 3I0SA 4H4MA 3QESA 2XY5A 3RMAA 1T7PA 2G8IA 2FBXA 4DQPA 2ZE2A 1QS4A 2FC0A 4HTUA 3VQ4A 1VSKA 4CEZA 1KVBA 3NF9A 4O44A 2GUIA 3K57A 3HPGA 4E3SA 4DQIA 4B3OA 1CXUA 4DTRA 1S5JA 3A2FA 3IRXA 4C8MA 2G8HA 3VQ8A 3DI6A 4DQQA 4PWDA 2AJQA 1Q8IA 1QSSA 4E19A 4HCBA 2HHTA 3LWLA 4B8CA 2IOCA 4CGFA 3K2PA 3KLGA 4DSFA 1TKXA 4IFVA 3SQ0A 2G8WA 3ZT3A 1J9AA 3QIPA 3OVNA 3LAKA 3RR8A 2IDOA 4CEEA 1RDBA 3QNOA 3AA3A 1S6QA 1S1UA 3AVJA 4CJTA 4CFBA 4CJ3A 1TAUA 2WOMA 3AVBA 2VWJA 5C42A 1KRPA 2BDPA 3QNNA 4K8XA 3E01A 4N47A 2BE2A 5JS1A 2R7YA 3PX4A 2ETJA 3PY8A 3RMCA 3V9SA 3OYIA 1L3UA 4K8ZA 3HSTB 3M8PA 4OJRA 3D45A 1TL1A 1WLJA 4I7FA 4AILC 4NCBA 3AO4A 3LZIA 1YT3A 3NF7A 3ZSOA 3JSMA 3S3NA 2HHWA 3KKRA 1U4BA 4O5BA 4KHWA 1EETA 1EKEA 2KTQA 4KHSA 2X74A 3OY9A 2LSNA 1ITGA 3SPZA 3C6TA 3PV8A 3KK3A 3VA0A 3U6FA 1NOZA 3VQ9A 4CJEA 4M3YA 3QEWA 4LH5A 2HB5A 3AA4A 1C0TA 1EX4A 1VSLA 5JS2A 3ZSVA 3LDSA 3SUOA 4HUEA 1L3TA 4OPKA 4CJPA 3RWUA 1ZBUA 4ZTJA 1S6PA 5C25A 1NK8A 2A1SA 1HPZA 2RPIA 4JS4A 1XC9A 1L5UA 4KTZA 1BI4A 2G8FA 4OLBA 5FRNA 1D9DA 3V81A 3AA5X 3HT3A 4FYDA 4CJRA 2EX3A 4NCAA 3MXIA 3CM6A 4FJXA 3NCIA 4DSJA 2YV0X 1LWFA 5CYQA 3S9HA 2OZMA 2P1JA 3C6UA 3OYEA 3AV9A 1TKTA 3OYHA 1X9WA 1BISA 4Q0BA 1C0UA 2F96A 1TGOA 1Z26A 1JLQA 2D0AA 4DU3A 4E89A 1JKHA 4BWJA 3HL8A 1YTAA 3LP2A 3L2WA 3DLHA 4DG1A 4E7JA 5KTQA 1RILA 3VQEA 3HP9A 4M42A 4FM1A 3LWMA 1RTHA 2FBTA 3KTQA 2KW4A 3KLIA 3OYFA 3SUNA 1D5AA 4CHPA 5HBMA 1NJZA 1S1TA 2ATQA 4KRFA 3OYJA 1IH7A 1HNVA 4E1MA 1JXEA 3SUQA 1ZBIA 1RBTA 5HRNA 2DFHA 3IG1A 4CF8A 3PX0A 1C1BA 1YVUA 4J2DA 1BIUA 4PQUA 4GMJB 4RG8A 3KD5E 4Z4HA 4DTUA 1TAQA 2XY7A 1CXQA 4M41A 4CFAA 4ZHRA 4CIEA 3HM9A 4M3UA 2XY6A 3OYGA 4RW9A 1LV5A 1IKWA 4CJFA 3HK2A 1D8YA 1TK0A 3L2QA 3ITHA 4ELVA 1REVA 4CEOA 1HYSA 4KTQA 4CHYA 3LP3A 1Q9XA 5SWMA 3NGIA 3PO4A 3O4QA 4CF1A 2IGIA 3NDKA 4FJ8A 1UWBA 2B6AA 3NGZA 1WSGA 4DTSA 1RT4A 2QXFA 5I42A 1ASWA 3VQ6A 4FJ9A 1RBSA 3V1RA 1LWEA 4RW4A 4FLXA 1CZ9A 4OKEA 4M3WA 2Z1HA 2IAJA 3SYZA 1W0HA 3DRSA 1IG9A 3AVMA 4LSNA 2XY8A 4I2PA 4E7IA 4FW1A 3TABA 1JLEA 4F3TA 4QOZB 5EU7A 2YNIA 1HQUA 1L3VA 1LW2A 3H08A 5D3GA 3HP6A 4ICLA 4KI4A 1FKOA 4AHSA 2HNYA 2B5JA 3V9XA 4DSEA 3V9UA 4DF8A 1SL2A 3L8BA 2QKKA 3QETA 3PUFA 3L2VA 4DWIA 1SKSA 4N41A 4FJHA 5SZTA 1TK5A 3TAMA 4BE0A 3VA3A 4B9TA 1J5OA 1JLCA 1VSJA 4FLYA 1SV5A 3VQ5A 4FJGA 4KTWA 3NF6A 3DLBA 4IBNA 3ZCMA 4C8NA 3MEDA 4AHVA 1RDDA 4CECA 1RBUA 1TV6A 3KKSA 3HPOA 1RBRA 3NH0A 3P1GA 4IDKA 3CM5A 2FBVA 5C24A 1LW0A 2DTUA 3TAFA 1GOCA 2BANA 3C95A 2D5RA 4CF0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YDUC 1MWKA 4R79A 4ISFA 3VGMA 4DLGA 2W6KA 3AO5A 2O8EB 5CZ1A 1HLUA 4YHHK 3MWPA 3K5OA 4N76A 4B8AB 4BACA 1NJXA 5M1KA 3DAWA 3SCXA 1ZBHA 2UXBK 4JKEA 2EHGA 2QWPA 5AZIA 3CJ1A 4KHNA 3TTCA 1KSPA 2NRTA 1J53A 2AA4A 3TTFA 4CJ4A 2E4LA 5FPMA 3ZLJA 4DS5A 1KXPA 3RMDA 1BWFO 3DLGA 3VPZA 5BN8A 3O9QA 1NGCA 4AQYK 3KK1A 4AHRA 1HJOA 1NKBA 3MAQA 5AQVA 1RFQA 4FJNA 4R5PA 4H0OA 1ESVA 3DMJA 4B1WB 2O8BB 4I6MB 3IS9A 4ILHA 3LPTA 4FCYA 3MN6A 5FPNA 1HYZA 4H5WA 3DJCA 3DXMA 5BN9A 3LZJA 4FM2A 3QDKA 1IBLK 4NXNK 2P9LA 2E2PA 2VCPA 1NMNA 4C1NI 3HZ6A 1T8EA 4YY3K 1UA1A 3ASMA 5B8HA 4BRMA 4W5OA 4YDUA 4KHQA 4IWVA 3UKUB 4OPJA 1DTTA 3WNHA 4DFJA 4CK3A 4CESA 3QERA 4NXMK 3K9JA 4Z4CA 1WBBA 2F4VK 3LDQA 4CK1A 3A5LC 4DV1K 1ZYQA 1QVGM 5LJVA 4CIFA 3SPYA 1FXXA 1U04A 4PL7A 1EO1A 2ZJPL 3OS0A 4EAHD 1MDUB 4DTJA 1NNEA 1HKBA 2E1YA 2Q36A 1NOYA 1N5YA 2HHVA 4FLWA 2UXCK 4PKHA 4AHTA 4C1NK 2HVHA 1HMVA 5KRTA 5BPNA 3B6PA 5FLXO 1SZ2A 4DQRA 4OPHA 3SBGA 4FWQA 4DKWA 3O6WA 3TANA 4CJ5A 4GW6A 4MDAA 1RT5A 2Q97A 1TK8A 4FWMA 3WXLA 1NK0A 2Z1JA 5M1PA 4BVPA 3ALYA 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 3AVC A;  3LP0 A;  3C6A A;  5K14 A;  1JCE A;  1VQN N;  1QSY A;  5AQY A;  3VEO A;  4KPY A;  3BUZ B;  1LAV A;  1XMQ K;  1GLL O;  1RDA A;  2VYP A;  3O80 A;  3THW A;  1RT6 A;  1RBV A;  4WYB A;  3ZSW A;  3VGL A;  2HF3 A;  4BC3 A;  4FJ7 A;  1WSE A;  4XH5 A;  3U8X A;  4JI3 K;  4F2S A;  4J8F A;  1TKZ A;  2ASM A;  3QO9 A;  2NUB A;  4FOE A;  2AP1 A;  3D2F A;  3OJU A;  2IC3 A;  4CCH A;  1U2V B;  1G99 A;  3K58 A;  3N4P A;  4PUO A;  3VQQ A;  1F21 A;  5EOY A;  1HNX K;  1A5X A;  1KAX A;  5M1Q A;  3T19 A;  1BGX T;  1C6V A;  2HBJ A;  3EE9 A;  3HPH A;  2P9S A;  2ZF5 O;  3G10 A;  5JLF A;  4WF9 L;  4W5Q A;  3SQ4 A;  3ZX2 A;  2BTF A;  1YJ9 N;  3CYM A;  4KO0 A;  3MCA B;  2QK9 A;  4KFB A;  4DFM A;  1WSI A;  1NG9 A;  4CJW A;  1KC8 O;  1LWC A;  4MO4 A;  1IJJ A;  4XH1 A;  4DTN A;  3TAR A;  4CFC A;  1RNH A;  5FRO A;  4YOV A;  3AGR A;  5ADX H;  5KPT A;  1BDG A;  4DHY A;  4IG0 A;  1Q86 O;  1VRU A;  4X65 K;  1HR0 K;  2G8I A;  3I0S A;  4H4M A;  2QW9 A;  3T1H K;  3RMA A;  4JKG B;  1W97 L;  2FBX A;  4M7Y A;  1QS4 A;  3CCV N; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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