5CY4A

Crystal structure of an oligoribonuclease from acinetobacter baumannii
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
184
structure length
182
Chain Sequence
HMSSTLNTRLIWIDLEMTGLDTDNDQIIEIATIITDDHLNVLAEGPVLAIHQPDRILNAMDEWNTRQHGQSGLIERVRRSKLTARDAELQTLEFLKKWVNPKVSPMCGNSICQDRRFLHRLMPELEQYFHYRNLDVSTVKELSKRWRPEIMSGLKASHLAMDDIRDSISELKYYREYFFIMN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of an oligoribonuclease from Acinetobacter baumannii
rcsb
molecule keywords Oligoribonuclease
molecule tags Oxidoreductase
source organism Acinetobacter baumannii
total genus 65
structure length 182
sequence length 184
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2015-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cy4A00
4XIUA 5J1EA 2B4JA 4HUEA 2B6AA 4AILC 1S1VA 1W0HA 4HCBA 4N5SA 2HMIA 4DTNA 4B08A 3QINA 3K5LA 3DI6A 1RDDA 3C6TA 3U3YA 5C25A 4W5TA 3OYJA 4ID5A 5I3UA 1WSJA 4M3UA 4LH4A 1JXEA 1LWCA 1UAXA 3VQ9A 3ZCMA 1VSKA 4I9QA 4FJMA 3TAEA 3VQ8A 2XY5A 4BWMA 3RMCA 1I3AA 3KKSA 2HVIA 5I42A 2ETJA 4KHSA 3AVKA 1L3TA 1VSMA 4DSEA 3KK3A 2YKNA 1RT7A 1N6QA 4CK3A 4KHWA 3F9KA 2B5JA 4E1MA 4E7IA 4BDZA 4F3OA 2HHUA 4CJQA 3HSTB 4EZ9A 3P83D 2PY5A 3KIOA 3QIOA 4KTWA 1VK0A 4AHUA 2G8VA 3C94A 2RPIA 1C0MA 1RTHA 3M8RA 4KV8A 4E0DA 1S9EA 3NF9A 4M3ZA 4CHNA 2BDPA 1QSLA 3DOKA 3B6PA 1SL0A 2OZMA 1KFDA 3VQDA 3SNNA 2FBXA 4DFMA 4B3OA 3V9SA 4CIFA 1X9SA 5DMRA 3RMDA 4GW6A 2IGIA 1SKWA 1C6VA 1NK8A 3ZSXA 4FM2A 4IDKA 4CGGA 4DU4A 1RILA 4RW4A 4DFJA 3S3MA 1T7PA 4FLZA 5J2NA 4CF9A 3EZ5A 2OA8A 3ZSWA 4CHPA 3A2FA 4KHUA 1EETA 2XY8A 1JKHA 3VQ4A 4IG0A 4TSXA 3HVRA 4FLVA 3AVNA 3SUPA 4B9MA 3QEIA 4B9VA 4FLXA 4FJXA 3THVA 4M3WA 4CFBA 4B9TA 4FJNA 2IDOA 3AVGA 4H4MA 4NYFA 3NDKA 4CF8A 3NH2A 3MAQA 1NJYA 1L3UA 5EU7A 3ISNC 3KTQA 4OKJA 3SQ1A 4Z0UA 2VG7A 3G0ZA 3O4NA 1X1PA 1HYZA 3VQQA 2W42A 2XY6A 1TAUA 4FCYA 2E6LA 1NKCA 3NGZA 1F21A 3PX0A 4KTQA 4FZZA 1RT5A 3WNEA 1KTQA 4CJSA 4BE2A 5HRRA 2IC3A 4OGCA 1KLNA 4DG1A 2RKIA 2YV0X 1TKXA 2X6SA 4OJRA 3MEEA 2XO7A 1UOCA 1WLJA 3B6OA 3P1GA 1JLEA 4LD0A 1WSIA 2Z1JA 2HHWA 1S9GA 4Y1CA 3QNNA 3TWHA 4IG3A 2ITGA 3E01A 3LWLA 1HRHA 1K6YA 4HCCA 3AVLA 3RTVA 1D8YA 1VSDA 3TARA 3OYIA 1QS4A 3V9UA 3OYKA 1RT1A 3TAFA 4KREA 4W5RA 3M8PA 1KVBA 1CLQA 1IO2A 4CJEA 1NJZA 4B9LA 3KD5E 1NOZA 1S6PA 3NAEA 2OPQA 3RMBA 1RBSA 3L2WA 2G8HA 3AO3A 5HRPA 4J2DA 2VG6A 3NH0A 3OS2A 1TK0A 3NGIA 4FJ5A 2A1RA 3ZT1A 1JLFA 1NJWA 4RW6A 3WNFA 3MXMA 2PYJA 4DWIA 1KSPA 4IFYA 3C95A 3AO1A 3MXIA 4L8RB 3LANA 4PQUA 2G8KA 4F3TA 4G1QA 1X9MA 1UA0A 4FM0A 4C8KA 1VSJA 3HO1A 4AHRA 3OYBA 4FM1A 4DSIA 4FJJA 1S1XA 2O4IA 4AHVA 3OYMA 3V1QA 4H4OA 3VA0A 3JYTA 4JRQA 1VRTA 1LWEA 4CERA 4DTRA 5HBMA 3V1OA 4Q5VA 3KJVA 1D5AA 4HVJA 1DLOA 4E7LA 3O4QA 3L2UA 1RTIA 3DRRA 4DSJA 1WN7A 1T8EA 1REVA 1RT6A 2E4LA 4K8XA 4DSFA 2YHAA 1IG9A 3RRGA 3OYFA 1B9FA 1Z26A 1NOYA 3TABA 4IKFA 4NCAA 4FVMA 2PZSA 1C0TA 4JRPA 4FYDA 2OPRA 3TR8A 3OY9A 4FJ9A 3CFRA 4RW8A 3PV8A 4CJ5A 2EX3A 4DMNA 2Y1IA 1JLGA 1FXXA 1S1WA 1YT3A 3AA2A 3VQBA 4CGFA 3I0SA 3M8QA 1B9DA 3V6DA 3V9XA 3V9WA 4DSKA 4LSNA 5KGXA 1J54A 3TAPA 5D3GA 1D9FA 5JS1A 1C0UA 4DQPA 2KZZA 4FW2A 5CZ2A 4FJGA 4J2EA 4FJKA 2KFZA 1ZBIA 4OKKA 2XY7A 4CGJA 1QSYA 2FBTA 4RG8A 5J2QA 4FK2A 1RDCA 4CGDA 5KI6A 4CCHA 4EP5A 3TAQA 1VSFA 2GV9A 1WSEA 1LAVA 1XWLA 3I0RA 3C6UA 4Q0BA 1A5VA 3PY8A 2F8SA 4F2RA 4DFKA 2D0AA 4CEOA 1RTJA 1HQEA 2O4GA 1WAJA 2X74A 3T1AA 3ZT4A 4FLUA 3AA4A 2A1SA 2D5RA 2DFHA 3K5OA 4CESA 4CJRA 1J5OA 4I2QA 4ZTJA 2KTQA 4LY7A 4DTPA 2ZQBA 4BWJA 4CEBA 3IS9A 3QNOA 4YNQA 5J2PA 3LP1A 1HMVA 4W5OA 2HHSA 3S9HA 1NJXA 4KHNA 3AVBA 2KZMA 4O0IA 3EY1A 2VG5A 3ZT2A 4KI6A 4E1NA 1ZBUA 4CECA 5HROA 2HHVA 4CJ4A 3SUOA 1QE1A 2QKKA 3D0PA 3NGYA 1U4BA 1W9HA 3TAGA 4GMJB 1BIUA 1NK7A 2QKBA 1NKEA 1RBTA 4Z4GA 5J2MA 4ZTFA 3HPGA 3PX4A 4CJUA 4Y1DA 3LPUA 1J9AA 5CYMA 1TK8A 2OYQA 3V9ZA 4KHQA 4MFBA 3KK1A 3CFPA 4Z4HA 3MEGA 3WNHA 3V1RA 4OPJA 1S1TA 3NCIA 1QSSA 3HM9A 3EYZA 4RW7A 4M3YA 1Y97A 4CJFA 4KRFA 3K57A 3LAMA 2HNYA 1CXQA 2E6MA 3QLHA 2PYLA 4KB0A 4CHQA 2VWJA 3DM2A 1JLQA 3OYDA 1YVUA 3G10A 3H08A 4CHYA 1KVCA 1BHLA 3ITHA 3PUFA 2KFNA 4DLGA 1IKVA 1UWBA 3V81A 1IH7A 3HP9A 1FKOA 4DTOA 4FZXC 3OS0A 4FLYA 2QXFA 4E7KA 2VWKA 3LAKA 4OGEA 4DTMA 1KLMA 1LAWA 3OYLA 3K5MA 1XC9A 1HPZA 1N5YA 1BGXT 1S6QA 3OVNA 4DQIA 4M42A 2ATQA 4KO0A 1RDAA 1BCOA 1BQMA 3OYGA 3ZSVA 4DS5A 3NFAA 4O0JA 3T3FA 4DF8A 1SV5A 3ASMA 4LSLA 4AHSA 1NK0A 1NK6A 4BDPA 4AHTA 3BGRA 4JS4A 1XHXA 2BANA 5FROA 4R5PA 3LP2A 3DOLA 4E3SA 1L3SA 1KRPA 4F8RA 2F8TA 3AO4A 1BI4A 4CEZA 3HPHA 4C8OA 4N47A 3HVTA 3SCXA 4CEFA 3BDPA 5KGWA 4DF4A 1CXUA 3OJSA 2HB5A 5SZTA 4BE0A 1SKSA 2X78A 2D0CA 1Q9XA 4N76A 4KAZA 4FXDA 4FK4A 2JGUA 2HHXA 3DLHA 4KTZA 3PX6A 3O3FA 1VSLA 4I2PA 1R0AA 1YTUA 4W5NA 4Z4CA 5E41A 3SI6A 1TAQA 4KI4A 3SQ2A 3NF7A 1BL3A 1HNIA 4ELVA 4QOZB 1TKDA 1RBVA 3MECA 3OJUA 2KW4A 4CK1A 1Q8IA 5JS2A 3ZT0A 3KD1E 2WOMA 3QO9A 3NF8A 4I7FA 2R7YA 5C24A 3TANA 1U45A 1Q9YA 2G8IA 1NKBA 3KK2A 3RR7A 2JLEA 3AVJA 3OYNA 1U49A 1NK4A 4DTJA 1BQNA 4OKEA 1CZ9A 2Z1GA 2RN2A 3KLGA 3DLKA 3AVIA 3SYZA 2XRIA 3K2PA 1B92A 4I9LA 4O55A 2Z1HA 1RT3A 3HPOA 3LDSA 2YKMA 4FLWA 3SUNA 2F96A 2P51A 4CJKA 1NK5A 4CFCA 3SV3A 3OYHA 2DFEA 4FJ7A 1FK9A 1EP4A 4BE1A 5CYQA 2FBYA 4PWDA 3L3VA 1IKWA 1A5XA 4IFVA 3JSMA 3K5NA 1G15A 4E7JA 2G8UA 1RCHA 1JL2A 3HYFA 3IAYA 4FK0A 3U6FA 3L3UA 3SUQA 1C1AA 3OYEA 3HK2A 4CIGA 4CK2A 1LW2A 1KVAA 1I39A 3IRXA 3NBPA 3QETA 5CZ1A 4CF0A 3AA5X 3O3GA 1TKZA 4Z4IA 1VSHA 1HQUA 3RMAA 1TK5A 1JL1A 3LZJA 1SL2A 2DY4A 3VQ5A 3ZSYA 4M41A 3LPTA 2G8FA 1WSGA 2WONA 4J2BA 5HRNA 1BI4B 2IS3A 3NF6A 1TL1A 4FJHA 4PY5A 3TAMA 1SL1A 3L2VA 1L5UA 2OZSA 3S3OA 3KLEA 3OYCA 4BACA 4M3TA 2KQ2A 1Z25A 4UQGA 1XHZA 4CJVA 3SQ4A 2Q3SA 5FRMA 2FC0A 4NCGA 1ASWA 1TKTA 4CF1A 3TI0A 3M8SA 4FJLA 4B8AB 2EHGA 3LZIA 1HJRA 1ASUA 4CFDA 3PO4A 1BISA 3SPYA 4HTUA 1A5WA 4KFBA 1ZBHA 5FRNA 4O44A 3WNGA 3ZT3A 4DTXA 1MU2A 2Y1JA 3LALA 3ULDA 2GUIA 3KLHA 4BDYA 3AO2A 1J53A 3AVAA 1RT4A 1WAFA 4EZ6A 1WNSA 2HNZA 2QK9A 2YNIA 4ID1A 4O4GA 4CJ3A 3MXJA 3VN5A 1KFSA 4Z4FA 4FW1A 1QHTA 1VSIA 4B9NA 4ELTA 1DTQA 1RBRA 4B8CA 3CQ8A 3K58A 3L2QA 1BIZA 4B9UA 4OLBA 3ZSQA 3HL8A 3LWMA 3FFIA 2X6NA 2P5GA 1RBUA 4CHOA 3QEPA 3DLGA 5K14A 4JLHA 1LV5A 1YTAA 2D0BA 4HUFA 3HJFA 3AVFA 1S5JA 4RW9A 5FDLA 4CEAA 3I8DA 4B9SA 4N56A 1FKPA 4O5BA 3VQAA 5KTQA 1SUQA 2AJQA 3SQ0A 4N41A 4M3RA 4QAGA 3DRPA 3RR8A 1EKEA 1EXQA 4KKOA 4CGHA 3AO5A 4IBNA 3AVMA 4ZHRA 3F73A 1DTTA 4DU3A 3QEWA 3ZSZA 4QCLA 1RNHA 4DSLA 2YNGA 5T7BA 4ELUA 3VQEA 4FZYA 3O3HA 4MQ3A 3ZSOA 4CHZA 1ZYQA 1O1WA 2YNHA 1U04A 5KRTA 3VA3A 1C1BA 1TGOA 3QEVA 1JLCA 3QERA 3LP0A 3RWUA 1TV6A 3ZSRA 2OPPA 4CJWA 3NHGA 1BCMA 1RTDA 1IKYA 4ICLA 4YFUA 1QTMA 5C42A 1RT2A 3HP6A 4CJLA 2XHBA 5HLFA 4C8NA 4KB1A 3MEDA 1LW0A 3D45A 4DLEA 2G8WA 2DTUA 2YHBA 1QQCA 1ASVA 1KCFA 1JLAA 4F4KA 3DYAA 4LH5A 3AVHA 4HHTA 4DFPA 1X9WA 1NK9A 4OVLA 4CE9A 2GBZA 4OPKA 3L2RA 3HXMA 1JXBA 4CIEA 1L3VA 4CEQA 4J2AA 4CEDA 4DQRA 4DTUA 3HT3A 1JLBA 3DMJA 1UA1A 2HW3A 4NYNA 3SJJA 3VQ6A 3AV9A 4NCBA 3CG7A 1TL3A 2I5JA 1ZBLA 3DRSA 3VQPA 5DK5A 4WE1A 5CY4A 1GOCA 3RRHA 1IKXA 4PA1A 3U3GA 4DQSA 2Z1IA 1EX4A 4AHCA 3NH1A 3K59A 1WSHA 3QESA 1CZBA 5HRSA 1VRUA 2BGGA 1HNVA 5HP1A 2DFFA 3CM5A 3VQ7A 3CYMA 4KHYA 3CFOA 1TVRA 3SZ2A 3DLRA 3T19A 4CEEA 4CJTA 3L8BA 3CM6A 4E89A 4C8LA 2BE2A 2ZE2A 4CGIA 4CF2A 4CJPA 4EP4A 4M3XA 3PO5A 1U48A 4Z4EA 3VQCA 2HHTA 1VSEA 1C1CA 4E19A 4K8ZA 3NE6A 4KPYA 3QEXA 2HHQA 4DQQA 1LWFA 2FBVA 3AVCA 2OPSA 2YNFA 4DS4A 1ZBFA 3SV4A 1XI1A 1D9DA 5SWMA 4F2SA 5KRSA 1HYVA 4OLAA 4HUGA 2IOCA 2RF2A 4GVMA 1GOBA 2HNDA 4H8KA 3IG1A 3QIPA 2LSNA 3OS1A 1U47A 1HYSA 2IAJA 4W5QA 4E7HA 4DTSA 4CFAA 2P5OA 3P5JA 4FJ8A 1T05A 4DU1A 2P1JA 3AA3A 1RDBA 3KKRA 3DLBA 4FJIA 4PUOA 3SPZA 2HVHA 3KLIA 2NUBA 2ZD1A 3ALYA 1GOAA 3LP3A 3OYAA 1ITGA 4C8MA 3S3NA 1WSFA 4M45A 1T03A 3KLFA 1SKRA 4FLTA 1S1UA 3DLEA 4JS5A 3UIQA 4AH9A 3V4IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DPNA 1S1VA 3HBTA 4DTNA 4B08A 4RWTA 2D1KA 3CQXA 3C6TA 1HKBA 1WSJA 4M3UA 2IIRA 2F9TA 4PKHA 4DUYK 4JKCA 2VGMA 3VQ8A 3RMCA 5FPDA 1I3AA 2E8AA 2E1ZA 3KKSA 5HL7L 3AVKA 1L3TA 2YKNA 1RT7A 3F9KA 3TPQA 1NNEA 2VYPA 2ASOA 2O8FA 3HSTB 3QIOA 2ZGZA 4G9ZA 4AHUA 2P9IB 5KQ8A 4JN4A 4DV2K 3AGKA 1NMDA 1YIJN 1X9SA 1VQPN 1C6VA 4ISEA 3ZSXA 1NK8A 4CGGA 1RILA 4DFJA 2W6LA 4FLZA 4AM6A 1KAZA 1BA0A 2XY8A 4BRLA 4FLVA 3SUPA 4M3WA 5AQXA 2UUCK 4NYFA 4CF8A 5AQPA 3KTQA 3ISNC 2P9UB 2VG7A 1TAUA 1U6ZA 1HYZA 2A41A 1KTQA 1EWQA 3A5NC 2HHHK 4C23A 2P9NB 2GX9A 3MEEA 1WLJA 3B6OA 3P1GA 2RHKA 4ISGA 4Y1CA 3J80O 2ITGA 3E01A 2NRHA 4HCCA 3AVLA 5GAGP 1JCGA 5HOOA 1QS4A 3OHRA 4X65K 3V9UA 3OYKA 1S22A 1VQ6N 3ENHA 1W2BM 3GG4A 5M1QA 5H1SQ 4H0PA 3TAFA 5CHIA 4W5RA 3M8PA 1IO2A 3T7ZA 3LDOA 1M1KO 4JI8K 3OS2A 1TK0A 4M7XA 1K73O 5C2DA 4PHTX 1JLFA 1IV0A 4FWNA 1RDWX 3I55N 5AZIA 4BG8A 1KSPA 1T3VA 4XH5A 1IG8A 4A2AA 5AQQA 4FM1A 4K41A 1QZ5A 5AZJB 4CERA 5EVZA 2VWBA 1J5EK 2QXLA 5GIPA 3GDQA 5GAHP 1T8EA 4FVMA 1C0TA 3CFRA 2CGLA 1JLGA 2QWPA 5A2QO 1J54A 5KGXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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