5CY4 | Genus

Total Genus 65

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	65
sequence length	184
structure length	182
Chain Sequence	HMSSTLNTRLIWIDLEMTGLDTDNDQIIEIATIITDDHLNVLAEGPVLAIHQPDRILNAMDEWNTRQHGQSGLIERVRRSKLTARDAELQTLEFLKKWVNPKVSPMCGNSICQDRRFLHRLMPELEQYFHYRNLDVSTVKELSKRWRPEIMSGLKASHLAMDDIRDSISELKYYREYFFIMN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

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loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__338925419931174__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__338925419931174__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5CY4/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__338925419931174__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"338925419931174","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5CY4/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__338925419931174__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Acinetobacter baumannii
publication title	Crystal structure of an oligoribonuclease from Acinetobacter baumannii rcsb
molecule keywords	Oligoribonuclease
total genus	65
structure length	182
sequence length	184
chains with identical sequence	B, C, D, E, F
ec nomenclature	ec 3.1.-.-:
pdb deposition date	2015-07-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00929	RNase_T	Exonuclease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	5cy4A00

2XY5A 3KLFA 4CHPA 1HQEA 2Y1JA 4FXDA 1BISA 4HHTA 1HNVA 3LALA 1VSLA 3TAPA 4CJWA 3NCIA 3THVA 3HP9A 3LANA 1D9DA 1SL1A 4MQ3A 1BQNA 4KHUA 1CZ9A 1S1WA 3LP0A 5KGXA 4CJUA 5SWMA 4FLZA 2KTQA 4DU1A 2HVIA 4IFVA 1W0HA 4CF2A 2YNIA 4HUFA 2HNDA 1FKPA 3OYJA 3KKRA 3KD1E 1WLJA 4CHOA 1S1TA 3L3VA 3HPHA 4LY7A 1NJYA 1T05A 4PA1A 1C0UA 4CJVA 4CFDA 3DLEA 3HYFA 3VQDA 5J1EA 3DRPA 3ZSVA 5J2QA 3PO5A 2D5RA 3CFRA 4E89A 3SNNA 3TAMA 3V9ZA 1SKWA 4KHSA 2B4JA 4M3UA 4E1NA 4GMJB 2YKNA 3G0ZA 4Z4EA 2BE2A 3AVCA 4OGEA 3AVMA 4M41A 2Z1HA 4CGFA 3SV3A 1ZBHA 1B92A 3QEWA 4B9VA 1HYVA 1WN7A 3DM2A 4Q5VA 3P83D 1LV5A 4M3WA 1BIUA 1WSGA 2DY4A 5T7BA 4IBNA 3KTQA 3RWUA 2IAJA 4W5RA 1J54A 3OYMA 3SUQA 5KI6A 4CEOA 1RDCA 2P5GA 1RT2A 1LWEA 1VSKA 4OPJA 1S6PA 1LAWA 1JLGA 1RTDA 1J9AA 3LPUA 3O4NA 3KLGA 3OS0A 3SZ2A 4HUEA 3VQCA 1FK9A 3ULDA 3WNHA 3RMDA 4CHZA 3TANA 4QOZB 4O5BA 3OYKA 3BDPA 1VSMA 3OY9A 3HM9A 1UOCA 5HRRA 4AHCA 2YNFA 3IAYA 3C6UA 3ZT1A 4CK1A 4CK2A 4ZHRA 3PV8A 1ASVA 2P51A 4KTQA 4F3TA 4Z4IA 3NH1A 3VN5A 2G8HA 4F4KA 4E7JA 4DFMA 1A5WA 4FZZA 4DG1A 3L8BA 1BQMA 2OA8A 1HMVA 4B08A 5E41A 4Y1DA 1UA0A 4HCBA 1IG9A 4E7HA 4OLAA 2PYJA 4IFYA 5CZ2A 4DWIA 4FJ7A 2HHXA 3AA3A 2P1JA 2D0CA 4ELUA 4O44A 2BANA 3VQQA 3SPZA 3AVIA 5J2PA 4N47A 1JL2A 4HCCA 1HRHA 4BDYA 3TAEA 2G8KA 1RILA 4RW7A 4CEBA 4JRPA 4LD0A 4Z4CA 4DU4A 4FJJA 1XHXA 3AO4A 4BWMA 4GVMA 4CJ5A 3U6FA 2FBYA 2HHWA 3ZSXA 3NH2A 3RMCA 3KJVA 4E7KA 1Q9XA 2OYQA 1QSSA 4FM1A 1C1BA 1W9HA 1BCMA 4FJ8A 1YTAA 3NGZA 3SI6A 1RDAA 4W5OA 3SQ4A 4RW9A 3OYLA 1YTUA 1BCOA 2X78A 4OPKA 2OZSA 4FK4A 5KRSA 2E6MA 4H8KA 4Q0BA 1HNIA 4O0JA 4FLYA 1SKRA 4N56A 1LW0A 4RW6A 4CECA 4YNQA 3RR7A 2PZSA 4CF9A 2YV0X 1QHTA 4FW1A 4FJNA 3LZJA 3OYGA 1YVUA 3VQ9A 1RT6A 1EXQA 3FFIA 4ID1A 1T8EA 3L3UA 1IKVA 3HT3A 1KFDA 3V1OA 4DTJA 1TKTA 1VSHA 2JGUA 1FXXA 4CJEA 4FJHA 3VQ6A 4JLHA 4DTOA 4JRQA 5KTQA 1NKEA 3VQPA 2E6LA 2FBVA 2A1SA 4CJTA 4OGCA 3O3HA 2XY6A 1NK0A 3HL8A 1WSEA 3ZT4A 2Q3SA 4CJ3A 4CJQA 1U04A 1GOAA 4DSLA 4PUOA 3L2WA 3LZIA 3SQ0A 3V6DA 1NKCA 4XIUA 3L2QA 4YFUA 4E7IA 3SPYA 3QESA 4PWDA 1ZBUA 3DOLA 1NK8A 3ZSOA 4OKKA 4M3TA 3D0PA 5FROA 1IKWA 3SYZA 1D8YA 2KFZA 3SQ2A 3I0RA 3CFOA 3U3YA 1XWLA 1RTHA 1KCFA 3AVNA 4AHUA 4Z4GA 2G8IA 1A5VA 4C8OA 1NJXA 2RKIA 2JLEA 1VSFA 5CY4A 5FDLA 2Z1IA 3AVHA 4RW8A 4CGDA 3OYFA 3HXMA 1J5OA 3L2RA 4CEQA 4N5SA 1HJRA 3ZT3A 3QEPA 4CHQA 4BE2A 3QERA 3G10A 1ASUA 3AO2A 3AO1A 3IRXA 1C0TA 3NF8A 2KFNA 5DK5A 4DTRA 4AHSA 1S1XA 5FRNA 1KLMA 2PY5A 4N41A 2G8FA 1TK0A 4FJLA 3HK2A 3C94A 3QNOA 4MFBA 4I7FA 2YNHA 1NJZA 2HVHA 4AHVA 1JL1A 4JS5A 4KB0A 3IG1A 3DI6A 3ZSYA 4DFJA 3OYBA 3AVGA 4FK0A 1U48A 2F96A 3V1QA 4C8MA 4DU3A 1NK7A 1C1AA 2P5OA 3KK3A 3UIQA 3S9HA 1BI4B 3MXJA 3PX4A 4C8LA 4KFBA 1RBUA 4EZ6A 2ZE2A 3K5NA 1NK5A 3KLEA 4B9NA 3VQBA 3TARA 2I5JA 1RT5A 1A5XA 3KLIA 5JS2A 3KD5E 4F2RA 3ALYA 4DQRA 3RR8A 1YT3A 3DLRA 3B6PA 3V9UA 1IH7A 1RT3A 3V4IA 1KTQA 4FJGA 1TAUA 3QEIA 4DSEA 4ELTA 4DF4A 3KKSA 4CGGA 4ID5A 1C1CA 4CFBA 1KFSA 1QSYA 1WNSA 2X74A 4EP5A 4FLTA 3L2UA 3CQ8A 4M45A 3ITHA 3VQ5A 1L3TA 4JS4A 3AVLA 4G1QA 1VRUA 3I0SA 4BDPA 3ASMA 4DSKA 3B6OA 3WNEA 1JXBA 4DQQA 1LWCA 2BGGA 3U3GA 2G8VA 2HHVA 3TAQA 1R0AA 1S1UA 4CJKA 4BE0A 3NH0A 3TAFA 3S3NA 3OS2A 1RNHA 4IDKA 2YKMA 4BE1A 2QKBA 1ZBLA 3T1AA 1X9WA 4KPYA 1Y97A 1XHZA 1KVCA 3AV9A 1B9FA 5EU7A 4B9LA 4PY5A 2WONA 3ZT2A 3SQ1A 3P1GA 1DTQA 4KTWA 1JKHA 3SJJA 1TVRA 2IC3A 4PQUA 4KB1A 4CIFA 4BDZA 3LPTA 3M8QA 3OJSA 5I42A 5FRMA 4I2QA 1NOZA 1VK0A 4FJMA 2XY8A 3MECA 2D0AA 3AO3A 3VQ8A 1GOBA 4CF1A 1ZYQA 1IKXA 1I39A 1ZBFA 1BI4A 3AA5X 1Q8IA 1IKYA 4UQGA 4FK2A 4CJRA 4LH5A 4CHNA 4DQSA 4KHYA 1HYSA 2HHTA 3K2PA 5DMRA 1GOCA 4OVLA 2RN2A 4W5TA 1RTIA 1NK6A 4F2SA 1KLNA 2DFHA 4E3SA 2OZMA 4H4MA 2B6AA 5CZ1A 4E7LA 1BGXT 2BDPA 4FM2A 3AA4A 4I9LA 3RMBA 1SL2A 4DTSA 4AILC 1JLCA 2Z1GA 3HP6A 4EP4A 1TK8A 4M3XA 2O4IA 1ITGA 1QE1A 3NF7A 4DS4A 4DTNA 1RBRA 1CLQA 4K8XA 3EYZA 5HP1A 1NOYA 3PO4A 4CJPA 4B9SA 4NCAA 3BGRA 4QAGA 3QO9A 4CIEA 2DFFA 3WNFA 1Q9YA 1SV5A 3V81A 4KI4A 4FYDA 2RF2A 4F3OA 4I9QA 2NUBA 3OJUA 3PX6A 3EZ5A 2R7YA 4FJIA 4M42A 1RCHA 3MEEA 4E19A 2KZMA 1D9FA 2G8WA 1KVAA 3NE6A 1X9SA 3OYCA 2ATQA 2ZQBA 3F9KA 4CJLA 4K8ZA 4FJKA 3QLHA 4LSLA 2HHQA 4W5QA 3MAQA 2LSNA 2XRIA 3SUPA 4CF8A 3SUNA 4FLWA 3RTVA 4DTPA 4KRFA 2B5JA 1D5AA 2W42A 1WSIA 4IG3A 3ZT0A 2OPPA 1KSPA 4ELVA 3TR8A 4CEFA 1IO2A 3QEVA 5KGWA 4QCLA 1S9EA 3NBPA 3OYEA 3AVAA 4FW2A 3K5LA 2QK9A 1VSIA 3WNGA 3KIOA 3ZSRA 3HVRA 4DF8A 4N76A 2D0BA 2Z1JA 2QXFA 3LDSA 4CK3A 3TABA 3T19A 2KZZA 4NCGA 1UAXA 1UA1A 4E0DA 2VWJA 4KREA 4CEZA 2HHUA 4FLXA 5J2NA 4DMNA 1VSEA 4W5NA 1K6YA 4I2PA 4BWJA 1SKSA 4J2DA 1HQUA 3HVTA 3V9WA 1TKDA 3V9SA 1RBSA 2E4LA 4AHRA 4FLVA 4DQPA 2O4GA 1JLFA 3OYIA 2IGIA 3LWMA 2EHGA 5C25A 3OYDA 3K57A 1BHLA 4DLEA 2X6SA 3AVKA 1JLQA 5HROA 2IS3A 5CYQA 1X9MA 4DTMA 1RTJA 4CEAA 3NDKA 5K14A 3HJFA 1TL3A 3C95A 3V9XA 4OLBA 3L2VA 1RT4A 1WSHA 4Y1CA 3SV4A 4CGIA 2FBTA 1UWBA 3C6TA 3RRHA 1L3VA 2F8TA 1L5UA 2OPQA 3CYMA 3MEDA 1XC9A 3NGYA 3SCXA 3OS1A 3K58A 4Z4FA 4DSJA 3F73A 2HB5A 4KHQA 4DTUA 4KAZA 4J2AA 3D45A 1U4BA 2ITGA 1VSJA 2DTUA 3QIPA 2HNYA 4B3OA 3AA2A 3O4QA 4ICLA 2KQ2A 1RT1A 4BACA 1U45A 1U49A 1JLEA 1EP4A 3PUFA 1TKZA 3PX0A 4IKFA 4CE9A 3MEGA 4DSIA 1HYZA 3LP2A 3O3FA 1MU2A 5CYMA 4J2EA 5HRPA 4KHNA 3VQAA 3EY1A 1CZBA 3DRRA 3VQ4A 1I3AA 4R5PA 1JLBA 1SL0A 4CIGA 1HPZA 1J53A 3DYAA 1B9DA 4E1MA 2ZD1A 4FVMA 1RBVA 4M3RA 4TSXA 4KI6A 2IOCA 3M8PA 1C0MA 1Z25A 1LWFA 2YHBA 4H4OA 4CFAA 2VG7A 3QINA 3AVJA 3JYTA 4FZXC 4C8KA 3NHGA 3IS9A 1VSDA 1TKXA 1T7PA 1RT7A 3ISNC 2VG6A 4DS5A 4Z4HA 3T3FA 5HRSA 2PYLA 3H08A 1DTTA 4C8NA 5HRNA 4ZTFA 1LW2A 4KO0A 4O4GA 4AH9A 4DSFA 4KTZA 3JSMA 1ASWA 1BIZA 2EX3A 4CF0A 3NAEA 3QNNA 3MXIA 2FC0A 2OPRA 3VQ7A 3KK2A 3VA0A 1NJWA 4CGJA 4OKEA 2G8UA 3RRGA 4J2BA 3AVFA 3K5OA 5HBMA 2VG5A 2FBXA 2ETJA 3DLKA 3QIOA 3V1RA 4FCYA 4CGHA 4AHTA 1EX4A 4LSNA 3TAGA 4FZYA 1TV6A 3OYHA 3RMAA 4FM0A 4CERA 4HVJA 3NGIA 1F21A 3DMJA 4KV8A 4LH4A 2XO7A 1QSLA 1RDBA 1WSFA 2A1RA 4F8RA 5KRTA 4CEEA 1S6QA 1CXQA 3A2FA 3NF6A 4O55A 3S3MA 1TK5A 3PY8A 3ZSQA 3K5MA 1QTMA 3CM5A 1EKEA 3TWHA 4B9TA 4FJ9A 4CJFA 1S1VA 5SZTA 4FLUA 1S5JA 1ZBIA 4HUGA 1JXEA 3AVBA 4NYFA 5C24A 4RW4A 4Z0UA 5JS1A 4EZ9A 3P5JA 2KW4A 3DOKA 3DLGA 5D3GA 1L3UA 4DTXA 4CJSA 3TI0A 1FKOA 4OJRA 3KLHA 4HTUA 2GV9A 4DQIA 4L8RB 3LWLA 2Y1IA 4CFCA 2AJQA 3ZCMA 3KK1A 3CFPA 4FJ5A 3LAKA 4CHYA 3LP1A 2IDOA 3VA3A 4KHWA 4GW6A 2WOMA 3M8RA 3M8SA 2XHBA 4B8AB 4CJ4A 1WSJA 1Z26A 1REVA 1SUQA 3LP3A 5I3UA 4B9UA 3S3OA 4ZTJA 1QQCA 1WAFA 3MXMA 1N6QA 4FJXA 1G15A 1X1PA 1N5YA 3OYNA 1BL3A 2GUIA 3ZSZA 3VQEA 2HNZA 1NKBA 2QKKA 3QETA 4M3YA 1WAJA 3K59A 2F8SA 3OVNA 1NK9A 3SUOA 4DFPA 1C6VA 1VRTA 4OKJA 3CG7A 2YNGA 3AO5A 1S9GA 3HSTB 3DLHA 3I8DA 1QS4A 2YHAA 4B8CA 2RPIA 1CXUA 4DLGA 1NK4A 3HO1A 1TGOA 1TAQA 4CCHA 4M3ZA 3E01A 2XY7A 1KRPA 3LAMA 4CESA 4RG8A 4CEDA 4IG0A 5HLFA 1RBTA 3DRSA 3HPGA 3ZSWA 3NF9A 4WE1A 2DFEA 4B9MA 1JLAA 3QEXA 1L3SA 4NYNA 3DLBA 1TL1A 1KVBA 4O0IA 1O1WA 4DFKA 2X6NA 2HW3A 2HMIA 2HHSA 1RDDA 3CM6A 1U47A 1EETA 1LAVA 2GBZA 3HPOA 2VWKA 1DLOA 1T03A 1XI1A 4KKOA 3OYAA 3O3GA 3NFAA 2OPSA 5C42A 5J2MA 4NCBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2XY5 A;  3GBT A;  4E1J A;  4JKH A;  1JCF A;  1HNV A;  3LAL A;  1VSL A;  3THV A;  5I9E B;  1ATR A;  1D9D A;  1SL1 A;  4KHU A;  1CZ9 A;  4BGA A;  1CZA N;  4CJU A;  4H0V B;  4CI6 A;  3EEQ A;  4R79 A;  3KKR A;  3U8X A;  1SS6 A;  3L3V A;  1T05 A;  1C0U A;  5AQJ A;  3BP8 A;  3DRP A;  5EXW A;  1JCE A;  2B4J A;  4M3U A;  4E1N A;  5BRF A;  2UYT A;  2E1Z A;  3SV3 A;  3QFP A;  4DKW A;  4GNI A;  1LV5 A;  5AZI B;  2DY4 A;  4H5N A;  1QHA A;  2UUC K;  4W5R A;  1J54 A;  5C2F A;  3OYM A;  3SUQ A;  2E5L K;  1WUA A;  1LWE A;  1VSK A;  3ZX2 A;  3O4N A;  4EHT A;  4CBX A;  4YOR A;  3VQC A;  3RMD A;  3TAN A;  4A2A A;  4O5B A;  3OYK A;  1QQM A;  3HM9 A;  4AHC A;  5C10 A;  3HBT A;  3PV8 A;  2P51 A;  3NH1 A;  2BUP A;  2G8H A;  4YHH K;  5CR4 A;  1NWK A;  5E41 A;  3HOT A;  4IFY A;  5CZ2 A;  3SAG A;  1P8Z A;  3D2E B;  3SLC A;  3TAE A;  1RIL A;  4LD0 A;  3O08 A;  4CZJ A;  4BRM A;  2IIR A;  2FBY A;  1VQK N;  3NH2 A;  3KJV A;  4RTF D;  3EE8 A;  1RDA A;  3SQ4 A;  3MMV A;  4QS7 A;  1BCO A;  2X78 A;  4FK4 A;  1NG9 A;  2E6M A; 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5CY4A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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