5CZ1A

Crystal structure of the catalytic core domain of mmtv integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
RGLKPRVLWQMDVTHVSEFGKLKYVHVTVDTYSHFTFATARTGEATKDVLQHLAQSFAYMGIPQKIKTDNAPAYVSRSIQEFLARWKISHVTGIPYNPQGQAIVERTHQNIKAQLNKLQKAGKYYTPHHLLAHALFVLNHVNMDNQGHTAAERHWGPISLEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Mouse mammary tumor virus
molecule keywords integrase
total genus 52
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cz1A00
4CF0A 4FK0A 1RBTA 3QIOA 4CJEA 4Z0UA 1CXQA 4CF8A 2HB5A 2RPIA 2D0BA 3WNFA 2FBYA 4KHUA 2YV0X 4AH9A 2HNDA 1BQNA 1KVAA 3VQ7A 4DTOA 4GVMA 3JYTA 3T3FA 1NK4A 4ELTA 1JL2A 1TKDA 4B9LA 1FKOA 1HPZA 1RT6A 1UWBA 3OY9A 4QOZB 1WSIA 1NK5A 3V9UA 2I5JA 1L5UA 4I2PA 3NBPA 4M3YA 3MAQA 2OZSA 4J2EA 1RT2A 1YT3A 4OKJA 1NJWA 2XRIA 4IG0A 1QE1A 1TAQA 1VRTA 3MEDA 5KRSA 5KGWA 2OZMA 4DQIA 1RDAA 1VSFA 4E1MA 3NH2A 5I3UA 1WAJA 4DTJA 3AVLA 1WSFA 1WSJA 3KK1A 4M3ZA 3OS0A 3HP6A 2JLEA 4G1QA 4DF8A 3KD1E 4CE9A 2X6NA 3LWLA 2PZSA 4B9VA 5HP1A 1XI1A 5EU7A 3L2UA 4DLEA 4KV8A 4FJXA 4FYDA 3QEVA 3LPUA 3OYHA 4W5TA 3K57A 1ITGA 2IC3A 3DLHA 4KI6A 1VSMA 4FW1A 4DU3A 5JS2A 3VQBA 1S1VA 5CZ2A 2KTQA 2G8FA 3K2PA 1HMVA 1WSGA 2PYJA 4O4GA 3KLGA 1L3UA 1QTMA 3KIOA 4O44A 3QEPA 4DSJA 4NCAA 1NJXA 3VQQA 2HHXA 2F96A 1LW2A 4OPKA 3SQ2A 4CJPA 5FRNA 3OS1A 1ASUA 3AA2A 3EY1A 1IKVA 1NJZA 4QCLA 3KKSA 4CHNA 5KGXA 4CEAA 2XY5A 4B8AB 1JLEA 1S6QA 1TGOA 1RDBA 3AA5X 3ZSOA 1IKYA 3I8DA 4FLWA 2G8IA 4W5NA 3B6OA 2DFHA 4DU1A 2FC0A 5CYQA 3TARA 3LP3A 1XHXA 4C8MA 1VSKA 1B92A 1REVA 1WSHA 3H08A 3TAGA 2YHAA 4B08A 1LWEA 5CY4A 1VSDA 3QEXA 1U47A 4B9MA 3OYAA 2HVIA 4KTWA 3AO4A 4Z4HA 3OYMA 1XHZA 1X1PA 3O4NA 4CFBA 2Q3SA 2OPPA 2A1RA 4DSFA 4FJJA 4DWIA 4FK4A 3AO2A 1ZBFA 1J9AA 4CF9A 4FXDA 3HPOA 4H4OA 3CYMA 4RW7A 3HM9A 3NDKA 1X9MA 3DLRA 4E1NA 3ZSYA 3OYGA 3NFAA 4DMNA 5C25A 4EP4A 1EP4A 1QS4A 1UA1A 3ISNC 2FBVA 1JLFA 1RBRA 4CJ4A 4FJKA 3QESA 2O4IA 4DFMA 1CZ9A 3ASMA 1RDDA 3NF6A 3OVNA 4Y1CA 4CIFA 3S9HA 2ZE2A 4OKEA 2HHWA 1ZBIA 3K5OA 1YTUA 1SV5A 1FK9A 3EZ5A 1UAXA 1Q8IA 4MQ3A 3CM5A 2XY7A 4DTRA 4AHVA 1RT3A 1VK0A 3OYNA 1S6PA 2W42A 2RN2A 1ZBLA 4M3TA 2VG5A 3KK3A 1KSPA 3VQ4A 3ZT1A 1D9FA 3OYIA 3V9XA 3KJVA 2Z1GA 1QHTA 1VSHA 5CYMA 1QSSA 4CK3A 2G8HA 2D0AA 3ITHA 1N5YA 4N41A 2YNHA 2O4GA 1NK7A 4KAZA 4CGIA 2GBZA 4EP5A 3IS9A 4BE2A 4F4KA 2KFZA 4CHYA 4ZHRA 3LALA 1ASWA 3VQAA 4Z4FA 5I42A 1RBVA 4KB1A 4FJGA 4I9LA 4M45A 1RCHA 4M3RA 3KLEA 4DSKA 3AVKA 2Z1IA 1A5VA 3IG1A 2A1SA 2PYLA 3AA3A 4W5QA 1SL1A 4BDYA 1XC9A 3HK2A 1MU2A 1C0TA 4DF4A 4FZYA 1QSYA 3NCIA 3PX4A 3LZJA 4E7IA 4C8OA 4BDZA 3VQ8A 4B9NA 3LANA 4BDPA 1TL1A 4CGJA 3SV4A 4XIUA 4Z4CA 2HVHA 3O3HA 4K8ZA 4B9UA 4CJTA 3I0RA 3JSMA 4M42A 1W9HA 2IAJA 3LWMA 3T1AA 1NKEA 3OYKA 3MXIA 2P5GA 4CFDA 4RW8A 4NYNA 3U3YA 4C8NA 3NHGA 1NK6A 5D3GA 4EZ6A 1B9DA 3DRPA 1NKCA 2YNFA 1SL0A 4NCGA 4B9TA 5C42A 3RR7A 4HTUA 2GV9A 4FJ7A 3MECA 3HVRA 1EKEA 4FZZA 4FLUA 1ZBUA 2IOCA 1Z25A 3AVMA 3NGZA 1NK9A 4B9SA 1J53A 5E41A 1BCOA 4CHQA 4Z4GA 3DLKA 4CECA 2HMIA 3V1QA 3AVBA 3LPTA 1EETA 1BHLA 1NOYA 1JLBA 3ZSXA 3CQ8A 4BE1A 4CCHA 1HRHA 1S1UA 1TAUA 1J54A 5SWMA 2GUIA 3V1RA 1J5OA 1CLQA 1T8EA 4DFKA 2HNZA 4FCYA 4MFBA 1S5JA 4N5SA 3ZT0A 1RTDA 4KHSA 1NK8A 1D8YA 1RT1A 4OGCA 5JS1A 4AHTA 1O1WA 4KPYA 1R0AA 3DRRA 3ZSRA 3VA3A 3DOKA 4RG8A 3AVCA 4DG1A 3V6DA 4J2AA 1I3AA 4FJIA 1TK0A 2KFNA 3V9SA 1BIUA 4CHZA 4UQGA 4FM2A 3U3GA 2KZZA 3RTVA 4HUGA 2ITGA 2KZMA 4CJKA 3NE6A 4YNQA 3ZCMA 2Y1IA 4Y1DA 4OPJA 1WNSA 3ZSQA 3P1GA 2G8KA 3SZ2A 4C8KA 3PY8A 4FJMA 2F8TA 3AA4A 2QKKA 2PY5A 3OYLA 1S1WA 2YKNA 3V1OA 3L3VA 3S3MA 3HP9A 4OVLA 4BACA 3C6TA 1SL2A 1KLMA 4FVMA 5FDLA 3ZSVA 2DTUA 1KRPA 4DSLA 4DSEA 2D5RA 1BI4A 3O3FA 1XWLA 1SKRA 4F2RA 4LH4A 1RT4A 3SUNA 1RT7A 4AILC 1U49A 4C8LA 1TKXA 4BWMA 4CEZA 1T7PA 3M8SA 1D5AA 4E0DA 3TI0A 1EX4A 5HRRA 1JXBA 4JRPA 3ULDA 4FJ8A 1QQCA 3O4QA 3HT3A 1KTQA 3EYZA 1UOCA 4R5PA 3ZT4A 3LP2A 1Y97A 1BQMA 4DTMA 3ALYA 4FLYA 1T05A 4J2DA 4LY7A 1LWFA 4FJHA 4FW2A 1HQEA 2VWJA 3THVA 4Q5VA 2BDPA 1VSLA 2KW4A 3LDSA 1JLQA 3BGRA 4PY5A 2DY4A 1G15A 4BE0A 4CJLA 4CHOA 4CJRA 2OPQA 3I0SA 4CK1A 4M3WA 2VWKA 1JLGA 4I2QA 4DS4A 4E7LA 2HHVA 2FBXA 3KK2A 2Z1HA 4DU4A 3L2RA 4OLBA 3NF7A 4ELVA 4RW6A 3RWUA 1IKXA 4F8RA 1RDCA 1S1TA 2B5JA 4JRQA 1KFDA 1NK0A 4M3UA 1IKWA 3HL8A 5C24A 3SV3A 3RR8A 3O3GA 3CFPA 4N47A 1IH7A 4LSLA 3ZSZA 3TR8A 3NF9A 1T03A 3TAMA 3D0PA 4M3XA 4JLHA 5KRTA 3RMAA 1WSEA 3MEEA 2P5OA 1JL1A 1FKPA 1TK8A 4FJ5A 4KTQA 4N76A 2WOMA 1TVRA 2OPSA 4CF2A 4OKKA 4GW6A 2DFFA 3MXJA 3DLGA 5DK5A 1HYZA 3SPZA 3PUFA 2ETJA 1ZBHA 4CK2A 1BI4B 3TABA 4JS4A 2G8UA 3RRGA 3TWHA 2HNYA 3DI6A 1JKHA 2P1JA 3SQ1A 4HVJA 3KD5E 5J2QA 3P5JA 3AV9A 4EZ9A 4CGHA 2OYQA 1BL3A 2OPRA 1BCMA 1C0UA 3OS2A 2BGGA 2G8WA 1YTAA 3L2QA 1IG9A 1RBUA 4I9QA 1RBSA 1X9WA 1ASVA 3DLEA 3VA0A 1K6YA 4DTNA 5J2MA 2B6AA 3QEIA 5HRPA 4KHNA 1CXUA 3L3UA 3NGIA 4OJRA 4NCBA 4PUOA 4E89A 4CFCA 3LAKA 2JGUA 1FXXA 4KKOA 1C0MA 1JLAA 1HYSA 4CJFA 4DFPA 1U04A 2ZQBA 4HCCA 4O5BA 1C1CA 4ELUA 3SYZA 3AVGA 4FLTA 3QNOA 1ZYQA 3TAEA 1U45A 2EHGA 3ZT2A 3AVHA 4DQSA 1VRUA 4IBNA 2VG6A 3VQDA 3WNHA 1NJYA 3RMBA 3C6UA 3PV8A 3OJUA 3PO5A 4PA1A 4BWJA 3KLIA 5KTQA 4J2BA 1NOZA 3RMDA 4E7KA 1X9SA 3V81A 2FBTA 5SZTA 2IDOA 1S9GA 3HSTB 3KLHA 3VQCA 4W5RA 3VQ6A 2YHBA 1L3VA 1S9EA 2RKIA 4LD0A 2XHBA 3TAFA 1RTHA 3HPGA 4K8XA 3DOLA 1C1AA 1S1XA 4KFBA 4CJVA 3QETA 1Z26A 3M8QA 5FROA 1DTTA 4KHWA 3SUOA 2X74A 3VN5A 4CERA 3NGYA 2EX3A 4H4MA 2YKMA 3QIPA 1TL3A 3QERA 4HHTA 1BIZA 5HLFA 2Z1JA 4KTZA 1A5WA 3CM6A 3TANA 3OYEA 2HHUA 4RW9A 4AHSA 4ZTFA 2ZD1A 4N56A 1EXQA 1HJRA 1DLOA 3HPHA 4M41A 1GOCA 2WONA 4F3TA 4OLAA 4CGFA 4JS5A 1HQUA 4FK2A 4Z4IA 2LSNA 5T7BA 3AO1A 4DTUA 4E3SA 4W5OA 2XY8A 2HW3A 3TAQA 5CZ1A 2HHSA 2YNIA 4LSNA 4YFUA 3K59A 3T19A 4FLVA 3V9ZA 3QINA 4FJNA 4HUFA 3VQEA 3V4IA 3OYJA 3NAEA 3SJJA 1I39A 4WE1A 1B9FA 4ID1A 4PQUA 1CZBA 2BANA 1JXEA 3LP1A 1VSIA 4FJ9A 4AHUA 1BGXT 1LV5A 3QNNA 3DRSA 4FLZA 1W0HA 3DMJA 3KKRA 5HROA 4O0JA 3WNEA 1Q9YA 2RF2A 4FJLA 4IKFA 4I7FA 1HNIA 3LZIA 4CEDA 1LWCA 1LAWA 3P83D 4FZXC 4HUEA 3DM2A 3AVAA 3MXMA 3L2WA 1KLNA 2QKBA 1KVBA 4CEBA 3DYAA 1D9DA 4IG3A 1F21A 4F3OA 3AO3A 3G0ZA 4AHCA 4O0IA 4FM1A 3DLBA 1WN7A 3RRHA 3VQPA 1NKBA 4GMJB 4AHRA 4CJ3A 3ZSWA 4F2SA 2D0CA 4CHPA 4LH5A 1N6QA 4ICLA 2Y1JA 4IDKA 3VQ5A 2HHQA 3RMCA 4CJUA 4E7HA 2QXFA 3PX0A 3VQ9A 2ATQA 3K5LA 3F9KA 2XY6A 4KHYA 3M8PA 5KI6A 3AVJA 4DTPA 3E01A 3OYCA 1HYVA 1LW0A 2YNGA 1L3TA 3SUQA 1LAVA 2E6MA 2IS3A 2X6SA 5HBMA 4CF1A 1YVUA 3D45A 1DTQA 3C94A 3HXMA 1L3SA 1KVCA 3AVIA 3QLHA 1Q9XA 4KI4A 3CG7A 1HNVA 3K58A 2P51A 4FLXA 1QSLA 2AJQA 1TKZA 3OYFA 3QO9A 3TAPA 2HHTA 3L8BA 3OYBA 3LP0A 4DFJA 3V9WA 1TK5A 4CEFA 1SUQA 3NF8A 4Z4EA 3K5NA 1A5XA 2VG7A 4O55A 4CEQA 4E7JA 4PWDA 1RT5A 4CGGA 1UA0A 2G8VA 3B6PA 3M8RA 2KQ2A 4DS5A 3HVTA 1TV6A 4CEOA 3S3NA 3HYFA 4OGEA 1SKWA 4KHQA 4FM0A 1KFSA 1GOAA 3SNNA 3BDPA 2BE2A 3HJFA 2E4LA 3SPYA 4L8RB 1WLJA 3FFIA 1C6VA 1RILA 4DTSA 4KB0A 3K5MA 5HRSA 4IFVA 1RTJA 1VSEA 4E19A 2OA8A 3MEGA 3NH1A 4H8KA 1SKSA 4DSIA 3AVFA 1JLCA 3KLFA 3SI6A 4CGDA 2NUBA 3IRXA 1VSJA 5J2PA 4ZTJA 1U48A 3CFRA 2F8SA 4DQPA 3HO1A 5HRNA 3C95A 1TKTA 3UIQA 4B8CA 4CIEA 4Q0BA 5J1EA 3SQ4A 1C1BA 4CJSA 5DMRA 4DQQA 1GOBA 2X78A 4CEEA 5FRMA 4CESA 3OJSA 4NYFA 3G10A 2R7YA 1BISA 4CFAA 4IFYA 3NH0A 3S3OA 3PX6A 3IAYA 2E6LA 3OYDA 4CJWA 2IGIA 4CJ5A 2B4JA 4CJQA 1U4BA 3LAMA 2DFEA 4QAGA 4DQRA 4B3OA 1KCFA 4KO0A 1RNHA 1IO2A 4CIGA 4DTXA 4HCBA 4KREA 3KTQA 1WAFA 3WNGA 1RTIA 3PO4A 3AVNA 5K14A 5J2NA 3SQ0A 4RW4A 3A2FA 4TSXA 3ZT3A 3QEWA 3CFOA 3SUPA 3F73A 3SCXA 3AO5A 2XO7A 4ID5A 3L2VA 4KRFA 2QK9A 4DLGA 3U6FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YI1A 4FK0A 3CJCA 3CPWM 5HOOA 3CC4N 2O8EB 1RDUA 3KHYA 3WNFA 3O08A 2VQEK 4FPAA 4GV3A 1KVAA 3VQ7A 5CE3A 3FE1A 1NK4A 1GLFO 1TKDA 1FKOA 1HPZA 1QZ5A 2GWKA 3N4PA 3NBPA 4A62A 4JI0K 4NO7A 1LCUA 3P31A 1LOTB 1BA0A 1RT2A 1YT3A 4OKJA 5EOYA 3SAHA 4IG0A 4BY9C 1TAQA 1VRTA 2OZMA 2FSJA 5AQKA 2HF4A 1WSJA 4G1QA 2X6NA 5HP1A 3CC7N 1BA1A 5EU7A 3VEOA 3D7EO 4DLEA 3MN5A 4JD2A 3ZETA 4FYDA 3FZMA 3K57A 4JKCA 1VSMA 4DU3A 3WXLA 3EEQA 3K2PA 2G8FA 2HHHK 1N36K 4DSJA 2E88A 2UUAK 2HHXA 1HR0K 3AA2A 4FWLA 1NJZA 4QCLA 4JAXA 4EIAA 5KGXA 4CEAA 4QS7A 2QWNA 1TGOA 4MLEA 4W5NA 3B6OA 2FC0A 1K8KB 2HF3A 5GAEP 1VSKA 3K0SA 4B9MA 4BRNA 4IZ9A 4KTWA 1XHZA 4KHNA 2HVIA 1NGDA 4CFBA 4DWIA 2UU9K 3AO2A 5BRHA 3C7NB 3PIPL 5IT9O 3CYMA 3HM9A 3FZKA 5C25A 2O4IA 4KBOA 2PFUA 1RDDA 3NF6A 4Y1CA 4KH6A 4K43A 1SV5A 3WXIA 1FK9A 2QEXN 1Q8IA 4B1ZA 3CM5A 1RT3A 4M3TA 1S6PA 3EL2A 2VG5A 3KZBA 3OYIA 5DM7L 5AFUA 1VSHA 5BPNA 2YNHA 1KC8O 4AF1A 2GBZA 4JKDA 4H0YB 3VQAA 4KB1A 5AQPA 4FJGA 3Q7CA 4LC9B 4I9LA 2OANA 1RCHA 1NMNA 3T1HK 1NGAA 1ATSA 2GEMA 4WQ5A 5AR0A 1XC9A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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