5CZ1A

Crystal structure of the catalytic core domain of mmtv integrase
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
RGLKPRVLWQMDVTHVSEFGKLKYVHVTVDTYSHFTFATARTGEATKDVLQHLAQSFAYMGIPQKIKTDNAPAYVSRSIQEFLARWKISHVTGIPYNPQGQAIVERTHQNIKAQLNKLQKAGKYYTPHHLLAHALFVLNHVNMDNQGHTAAERHWGPISLEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Mouse mammary tumor virus
publication title Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
pubmed doi rcsb
molecule keywords integrase
total genus 52
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cz1A00
1BL3A 2Z1GA 3O3HA 1WAJA 5HRNA 4C8LA 3LDSA 3TAGA 1NK9A 3V1RA 1L3VA 1BQNA 4OGCA 3NHGA 4FLZA 1CXUA 1SL2A 4JS4A 3CFPA 3SUQA 3O4NA 3VQ8A 1NK4A 3S3OA 1Y97A 4DSJA 1RTDA 1B9DA 1GOCA 3B6OA 4CESA 1VK0A 4IFYA 1KRPA 2VG7A 1JKHA 2G8HA 3SQ4A 5K14A 3AVJA 3OYAA 1IKWA 3RRGA 3OYEA 3KKSA 4FM2A 2Q3SA 1RT3A 1RBVA 2RKIA 1IKYA 1EETA 2OPPA 4FK0A 1XC9A 1KCFA 2BANA 1NK7A 3G10A 1NKBA 2XHBA 1WSFA 1KTQA 2O4GA 3EYZA 4OLBA 4FJMA 4CJPA 3DLKA 3L3UA 2YNFA 3LP3A 4OKJA 2YNHA 4I2PA 3QLHA 2FBVA 2IS3A 4IBNA 3KK3A 2GBZA 3NH2A 4K8XA 3EY1A 4BWMA 2FC0A 1JLBA 4RW9A 1TK5A 3BDPA 3V1QA 3BGRA 5FROA 1NJYA 4KI6A 4QCLA 3L8BA 1TKTA 3I0SA 3SCXA 4B9NA 4ZHRA 1CXQA 5FRNA 4CEZA 2I5JA 4FW1A 3U6FA 4KAZA 4J2BA 4QOZB 3ZSXA 3TAQA 4KI4A 1RBTA 4AHUA 3MEDA 5HRSA 4UQGA 3L2QA 2IOCA 3L2WA 5C25A 4FM0A 3KLGA 1G15A 3HVRA 4BE1A 1J53A 2ZE2A 3OVNA 4DLGA 1NKEA 1ASVA 1N5YA 1S5JA 3HPGA 3V9ZA 3K2PA 3K5NA 3TANA 4B9LA 3D45A 4CF0A 1W9HA 3HL8A 2KZMA 3AVGA 1UWBA 3HPHA 5KGWA 3LWLA 2Y1IA 4LSLA 1DLOA 3ZCMA 4CJTA 4E1MA 3KLHA 2R7YA 3DRRA 3VQPA 4XIUA 3CM5A 3TABA 4E7JA 3SI6A 3V9SA 3SPYA 3AVHA 4KO0A 3QEWA 3DLEA 3LANA 1WSIA 4Q0BA 3ASMA 3OY9A 1SV5A 3LP1A 4PQUA 1IKXA 4M3WA 3VQAA 4CJKA 2G8FA 1ITGA 1WLJA 2EHGA 4HUEA 4FVMA 3P5JA 5KGXA 1NK5A 3MEGA 1SKSA 1Z25A 4BDPA 1IKVA 1TGOA 3AA3A 3S3NA 1U47A 2XY6A 1FXXA 3O3GA 2E4LA 3MECA 3NGZA 1QHTA 2F8TA 1XHXA 2D0BA 3SQ1A 1KFSA 4HCCA 2RN2A 4KTQA 3DLBA 3E01A 5FDLA 3VQ7A 4E19A 1QSSA 2QK9A 1Q9YA 1BIUA 1HPZA 1SKWA 4FW2A 4H4MA 4W5RA 1VRUA 3RR8A 4F4KA 2PYLA 1L3TA 2O4IA 1WNSA 2FBYA 1S1WA 4F3TA 1DTTA 5HBMA 1VSLA 2ITGA 4RW8A 3ZT4A 4O0JA 2G8WA 1KVCA 4MFBA 3V1OA 4CFDA 4Z0UA 4CHZA 3HM9A 2HW3A 2VWKA 4CJ5A 3QNOA 4DQRA 5KI6A 3VQ9A 1XHZA 1U49A 1LV5A 3VQQA 3LZIA 1ZBHA 1RBUA 2BDPA 3L2RA 3P83D 4W5QA 3OYFA 1A5WA 4K8ZA 3ISNC 4H8KA 3OYGA 2HHXA 2KQ2A 4OVLA 5C24A 1IG9A 4KREA 1LW2A 1TL1A 4C8MA 1JL2A 3TAEA 2GV9A 2Z1IA 1XWLA 4CERA 3DLHA 4DS5A 4FYDA 4DU1A 1C1CA 4Z4EA 4CJ3A 1NK6A 2A1SA 3IS9A 5I42A 5CZ2A 1KLNA 1GOAA 1R0AA 4DSLA 4B9VA 2G8VA 1D9DA 2P1JA 4B9SA 4FJKA 4DS4A 3OJUA 4N41A 4E7HA 1JLEA 3M8PA 3ZT1A 3LP2A 4O44A 3AVIA 3QESA 3NDKA 1S1UA 1TV6A 1L3SA 2YKMA 3MXIA 3TAPA 1RDCA 3AVMA 1YT3A 3LZJA 2HHVA 4E0DA 4EZ9A 1ASUA 1C0MA 3AV9A 3NF6A 3C95A 4LY7A 4FLUA 4CHOA 1RNHA 3RMDA 2QKKA 1FKPA 1BCMA 1F21A 4CHPA 3MAQA 4B3OA 4AHCA 1ZYQA 4CJWA 4CFBA 4NCAA 1RT1A 2OPRA 2WOMA 4I2QA 4CK2A 3OYBA 4IDKA 2W42A 4PA1A 4FJ9A 1BGXT 1JXEA 3LPUA 3KK1A 4F3OA 4CIEA 3HP6A 4KHQA 2IC3A 3AA5X 1VSKA 2IDOA 3DOLA 1RCHA 3VA3A 1KFDA 3PX6A 4OKEA 4FK4A 1VSMA 1HRHA 3OYNA 4FLWA 4PUOA 2KFNA 2XO7A 2VG5A 5E41A 3RMBA 1RBSA 2Z1JA 2RPIA 4DTRA 3C6UA 1A5XA 4DLEA 4FJXA 5DMRA 4DU4A 3G0ZA 4FLVA 5HROA 4CHQA 4Z4FA 3DM2A 4DTOA 3KK2A 3KJVA 4CJ4A 1C1AA 1HYSA 1LWFA 3AVBA 1RTJA 1T03A 4M45A 2KFZA 4CGDA 4Y1DA 4DSIA 4CJLA 4B9MA 1T7PA 2BGGA 3T3FA 2HHSA 1KLMA 4AHRA 3K57A 3VQCA 1VSIA 1KSPA 1RTHA 1LWEA 1TK0A 3DRPA 4DFJA 4CE9A 4DTMA 4KKOA 1NJZA 1CLQA 4B9UA 4O0IA 1BHLA 3SZ2A 4FJNA 2DFFA 1WSGA 1LAVA 4DG1A 3VA0A 4KHYA 4DTNA 1MU2A 5JS2A 4O5BA 1JLCA 1HQUA 1TAQA 4M3RA 3WNFA 4CEFA 1KVAA 3VQEA 2HHQA 4BACA 1S1TA 1WN7A 3LAMA 3NFAA 3OYLA 3V4IA 1EP4A 3SUNA 2KTQA 4FLTA 3U3GA 1HJRA 3CFOA 3ZSRA 1A5VA 3MXMA 4M3ZA 1CZ9A 2HNDA 3T19A 1NK0A 2P5OA 1FKOA 1U48A 4CIFA 3CFRA 3DMJA 2JGUA 5KTQA 4HUFA 3PO4A 4KRFA 1RTIA 2XY5A 4C8OA 4OPJA 3ZT3A 4Z4HA 5HRPA 4FCYA 3IAYA 3AO5A 5HP1A 2DTUA 4CGGA 4LH5A 2KW4A 2YNGA 1QSYA 4Z4GA 3QIPA 3NF9A 4B8CA 3U3YA 5J1EA 5CY4A 3LP0A 1REVA 2Y1JA 3DOKA 4YNQA 4CFAA 3AA2A 2ETJA 1ZBLA 1VSDA 1NOYA 3QETA 2X6NA 4LSNA 1HMVA 4TSXA 4M3UA 3B6PA 5CYMA 3K59A 3QINA 4HVJA 4OJRA 1Q9XA 4FXDA 3SJJA 3QEPA 2HNYA 1L3UA 4CCHA 2AJQA 4NYFA 4RG8A 4AH9A 5KRTA 1SUQA 4FK2A 1J5OA 4KHUA 4F2RA 1ZBUA 1S6QA 5CZ1A 4BDZA 4CEQA 4E1NA 1RDBA 4AHVA 4CEEA 3ZSYA 3A2FA 4E7IA 1XI1A 3SPZA 3QERA 2IGIA 5I3UA 1BISA 2Z1HA 4CJUA 3JYTA 3RR7A 4RW4A 4CEBA 4FZZA 2DFEA 2P51A 3IRXA 1FK9A 4FLXA 4DU3A 4B9TA 3AVFA 3OS2A 4DF8A 1EKEA 3ZT2A 3QO9A 2VWJA 1DTQA 2OPQA 3NH1A 1QTMA 4IFVA 4FJ8A 1BQMA 3S9HA 2OZMA 3OYKA 3AVNA 1JLQA 3NBPA 1NOZA 3KLIA 1TVRA 4DQSA 5EU7A 1VSJA 4KB1A 4J2AA 3T1AA 4NCBA 4G1QA 1B9FA 3AO2A 3PX0A 4M3XA 2G8IA 1RDDA 4CJVA 2YHBA 3WNGA 4C8KA 2OZSA 1ZBIA 2HHWA 3I0RA 1GOBA 1RT6A 3ITHA 1SL1A 3NGYA 5J2PA 3V9WA 1NJWA 2G8UA 4B08A 4CF9A 2ATQA 2D0AA 4JLHA 3OJSA 4FM1A 4KTWA 3V81A 4AHSA 2B4JA 3FFIA 3OYIA 1X9WA 4FJ7A 4KPYA 4Z4IA 1ASWA 1VRTA 3H08A 1D9FA 1HNIA 3OYHA 3AA4A 4FJGA 4DTSA 1TL3A 4ELTA 3AVKA 2DY4A 3F9KA 3L3VA 4Y1CA 3M8SA 3K5MA 4M42A 2OYQA 3KLEA 4O4GA 4BDYA 2NUBA 1KVBA 1JXBA 2PYJA 3DLGA 1S9EA 3KKRA 1RT5A 3OS0A 1NJXA 3EZ5A 1J9AA 2HNZA 2YKNA 3SYZA 3SUOA 4KB0A 1TKXA 4DSFA 4BWJA 3SNNA 1X1PA 4CJEA 5SZTA 1BI4B 1TAUA 1SL0A 1WSJA 3OYMA 3HPOA 5T7BA 3AO3A 2HMIA 3DYAA 4RW7A 4DQIA 4CEOA 1RT2A 4FJLA 5DK5A 1N6QA 2QKBA 2P5GA 3RTVA 4KHNA 2KZZA 3K58A 1EXQA 4BE2A 1UA0A 3KIOA 3KD5E 4E89A 4ELVA 1BCOA 2OPSA 3NGIA 3O3FA 3S3MA 1BI4A 4DFMA 1QE1A 1U04A 3SQ0A 4CGIA 4W5OA 4DMNA 4W5TA 4BE0A 4CHYA 4EZ6A 2X6SA 1HQEA 1LAWA 3LPTA 1WAFA 1QQCA 3P1GA 1HYZA 4RW6A 4DTXA 4O55A 4H4OA 1LW0A 2VG6A 4KHSA 3VQDA 4CJRA 4Q5VA 4F8RA 4ICLA 5D3GA 1S9GA 2ZQBA 3HSTB 2F8SA 2HVIA 3VQ6A 4DFKA 3HT3A 4CJFA 1TKZA 1D8YA 3RRHA 4NCGA 3TAFA 4L8RB 3I8DA 3PX4A 1QSLA 4M41A 3AVLA 1QS4A 2ZD1A 4W5NA 1VSFA 3HK2A 4M3TA 4DTPA 4I9LA 4CJSA 1C6VA 4FJIA 4KHWA 3QEIA 1NKCA 4DSKA 4IG0A 3M8QA 2GUIA 1B92A 4JRPA 3THVA 4ZTFA 2XY8A 3C6TA 4FZXC 4DQQA 4CFCA 1YVUA 4C8NA 2HVHA 2OA8A 2X74A 4IKFA 1LWCA 3NE6A 2D5RA 4JRQA 4DQPA 3OS1A 1JLFA 1RT7A 4CF8A 3VQ5A 3HXMA 4B8AB 3PV8A 4PWDA 4IG3A 4N76A 4ZTJA 3C94A 1I39A 5CYQA 3F73A 4FJJA 3VQ4A 2YHAA 3NF8A 3KD1E 3CM6A 1NK8A 4AHTA 3AO1A 4QAGA 4EP4A 4HTUA 4CJQA 3NF7A 5SWMA 4N5SA 3AO4A 4KFBA 1K6YA 1C1BA 3OYDA 5FRMA 4NYNA 1C0UA 1X9MA 2EX3A 4OGEA 3QEVA 3HVTA 4CEDA 4LH4A 1JLGA 1S1VA 3D0PA 3MXJA 1O1WA 1Z26A 4CF2A 4JS5A 2JLEA 1TKDA 1JLAA 3ZSQA 1VSHA 3ZSZA 3SQ2A 4FJHA 5JS1A 3OYJA 3V9XA 3HP9A 3SUPA 3K5LA 4DTUA 3WNEA 1EX4A 3OYCA 3M8RA 1U4BA 1YTUA 3ZSVA 3PY8A 3TI0A 4DFPA 1HYVA 4CEAA 3PO5A 3SV3A 4GVMA 4OKKA 4CGFA 4F2SA 3ULDA 3V6DA 3AVCA 4E7LA 1L5UA 3JSMA 2QXFA 2E6LA 4J2EA 5HLFA 3CYMA 4DTJA 4YFUA 4ELUA 5J2MA 3QIOA 3CG7A 3ZT0A 2FBXA 4DF4A 3RMCA 3ZSOA 2F96A 2IAJA 2HHUA 3O4QA 5HRRA 3TR8A 4CIGA 1RDAA 1CZBA 1TK8A 3HJFA 4AILC 4WE1A 4N47A 3NAEA 2FBTA 3VN5A 4DWIA 2YNIA 4E3SA 5J2QA 2PZSA 2WONA 1VSEA 2HB5A 4ID5A 4J2DA 4PY5A 4CK3A 1BIZA 4R5PA 4HHTA 3NH0A 1J54A 4EP5A 4M3YA 1T05A 1UAXA 4OPKA 3L2VA 1WSEA 3LWMA 4CECA 1T8EA 3MEEA 4KTZA 5C42A 2LSNA 1UA1A 3HO1A 1U45A 2DFHA 3PUFA 4CHNA 4I9QA 3UIQA 1UOCA 1IO2A 3KLFA 1S6PA 4KV8A 3AVAA 3QEXA 1X9SA 3TAMA 3L2UA 4OLAA 2B6AA 3V9UA 3K5OA 4I7FA 3TARA 3QNNA 2G8KA 4HUGA 2HHTA 3HYFA 1RT4A 4FLYA 1Q8IA 1IH7A 5J2NA 4CGHA 3SV4A 2RF2A 1S1XA 3ZSWA 4MQ3A 4GMJB 4FZYA 3DLRA 4GW6A 3CQ8A 3LALA 3DRSA 1RILA 3IG1A 4CK1A 2A1RA 3LAKA 4HCBA 2XRIA 1JL1A 2XY7A 2BE2A 3RMAA 1WSHA 3VQBA 3NCIA 4DSEA 4E7KA 3ALYA 1HNVA 3KTQA 1D5AA 2D0CA 1I3AA 4FJ5A 4ID1A 3TWHA 1C0TA 1ZBFA 2YV0X 3WNHA 2PY5A 2E6MA 4Z4CA 2B5JA 4CF1A 1RBRA 1SKRA 1YTAA 4CGJA 5KRSA 4N56A 3RWUA 2X78A 3DI6A 1W0HA 4LD0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O9TA 2Z1GA 3O3HA 1WAJA 2HSTA 1BQNA 3NHGA 4JS4A 3SUQA 3O4NA 3WQUA 1NK4A 5JICA 1KRPA 5AZJB 3OYEA 3KKSA 4FM2A 1RT3A 3CERA 1OH7A 3VGKA 1NK7A 2NRXA 4C1NI 3G10A 1KTQA 4OLBA 4OKJA 4IBNA 3MWTA 3NH2A 4K8XA 3EY1A 4BWMA 1JLBA 1TK5A 5A2QO 1H1VA 4IEIA 3SCXA 3I0SA 1BA1A 4CBUA 2F4VK 4FW1A 4J2BA 3WQTA 4O8UA 1RBTA 4AHUA 5HRSA 3M6GA 3L2WA 3MDQA 5C25A 4X64K 4EIAA 1NGJA 2NRRA 4IEEA 3OVNA 1NMNA 5AQYA 4DLGA 1NKEA 1ASVA 4DSLA 3V9ZA 2KZMA 3J80O 3AVGA 2Y1IA 1DLOA 3KLHA 3SMSA 3MX2A 3VQPA 3CM5A 3C6AA 3M5RA 3A5NC 1IG8A 3ENOA 5AQVA 4Q0BA 4FWLA 3VEOA 4M3WA 1FW6A 4LF9K 2CGLA 4CJKA 4HUEA 5CR4A 5C12A 3O5BA 3MEGA 4BDPA 4KH4A 1U47A 2RE2A 1IBMK 2D0BA 3K0SA 3E01A 2P9UA 3EL2A 4YORA 5FDLA 4E19A 1BOTO 5AQZA 4W5RA 4F4KA 3RR8A 1HNZK 1DT9A 2FBYA 5AQRA 3ZYYX 3FE1A 2ITGA 1NGAA 1SZ2A 4O0JA 2VWBA 3UE5A 4Z0UA 2VWKA 4DQRA 4M7YA 4BRMA 1ZBHA 3O4WA 3DXMB 2Q36A 3O9UA 2QTDA 1A5WA 3ISNC 4H8KA 3OYGA 3WXLA 1QQNA 5F1XA 2OTLN 4YOUA 2OCEA 2Z1IA 4GY2B 3PIPL 3UKUB 1XNQK 4NXNK 3MX5A 4CBXA 3MN5A 4PL7A 1FJGK 2P1JA 3O80A 4DS4A 3THYB 4DR1K 3ZT1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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