5CZ2A

Crystal structure of a two-domain fragment of mmtv integrase
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
159
structure length
151
Chain Sequence
VNPRGLKPRVLWQMDVTHVSEFGKLKYVHVTVDTYSHFTFATARTGEATKDVLQHLAQSFAYMGIPQKIKTDNAPAYVSRSIQEFLARWKISHVTQAIVERTHQNIKAQLNKLQKAGKYYTPHHLLAHALFVLNHVNMDNQGHTAAERHWG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Mouse mammary tumor virus (strain br6)
publication title Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
total genus 46
structure length 151
sequence length 159
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cz2A00
1DTTA 1TVRA 2KW4A 4CJRA 3OYFA 4LSNA 3MEDA 2F8SA 1BI4B 4KPYA 4RW6A 1NKBA 3HM9A 1BQMA 1RDAA 3OYGA 4N5SA 3V9SA 4Z0UA 3FFIA 3VQ9A 5KTQA 4Q5VA 1L3TA 3KLEA 1S1TA 1NJYA 1NKCA 2IAJA 4EZ6A 4KB0A 1N5YA 4LH5A 2RPIA 4M3YA 1WSFA 1U04A 4W5OA 3RMDA 4E1NA 1VSHA 4DS4A 2FBVA 3U3YA 4CCHA 2DTUA 2XY5A 1HYSA 3I0SA 4CIEA 1RBSA 1UWBA 3AO2A 4RW7A 3K57A 1KSPA 4NCGA 3K5NA 1LAWA 4DSEA 4IKFA 3EYZA 3S3MA 4FJKA 4N76A 4BE2A 3G0ZA 2QK9A 1J5OA 4QOZB 3OYEA 3L2UA 4CJ4A 4DSKA 4JLHA 2PYLA 1RNHA 4CJ3A 1CZBA 1IO2A 3TAQA 1Y97A 4CJPA 3OVNA 1KVAA 4HUFA 4ZTFA 4BDYA 1JL1A 3AO5A 1HMVA 3NAEA 3LZJA 4N41A 3HP6A 3C94A 1KLNA 4K8XA 3M8SA 4FZZA 1S9GA 1VSDA 4CHNA 2GUIA 3QNNA 3S3NA 4AH9A 4FJ7A 4CEEA 5FDLA 3T19A 5DK5A 4KTZA 3T1AA 1VRTA 4CJVA 4I7FA 2OPRA 4O5BA 3V81A 1LV5A 3O4NA 4ELVA 1REVA 1C0UA 3ZT3A 3V9ZA 2A1RA 1D8YA 1U48A 3AO1A 2Z1GA 3DLGA 3WNEA 3VA0A 3H08A 4BDPA 1C1BA 1EETA 4CHZA 3AVKA 3LDSA 1EXQA 4CHQA 1HQUA 3O4QA 3LAKA 2IGIA 1T7PA 4CK1A 3K2PA 2FC0A 4DTXA 1WAJA 5KGXA 1DTQA 1ZBFA 1NK4A 1GOCA 3MXMA 1VRUA 4B08A 3LP2A 1B9DA 2D0AA 4C8NA 3SQ4A 1QTMA 5CYMA 1C1CA 1XHXA 4KTQA 2P1JA 2HNZA 2OPSA 3DI6A 3DLEA 4DU3A 4B9NA 4DSJA 4M3ZA 3OS0A 2ZE2A 1U45A 4FJMA 2BDPA 1B9FA 1BISA 1XC9A 1G15A 1YT3A 1HNIA 3KJVA 3HVRA 3RRHA 1S1VA 3VN5A 5HBMA 4CJFA 2PYJA 4GW6A 3AVLA 4OLAA 1RT2A 3KK2A 1QSSA 2IDOA 4CF0A 3TR8A 1HYZA 3HPHA 4FW2A 4H8KA 4DF4A 3V6DA 4O55A 1RBRA 1WNSA 3VQEA 4LSLA 3TAEA 4Z4IA 1LW2A 4KI6A 4I2QA 4ID5A 3LPUA 1BGXT 4CJLA 1KFDA 1BCOA 2XY7A 1Q9XA 4DQSA 5KRTA 4DTOA 4JRQA 3LALA 4DF8A 4KHSA 1EKEA 5FROA 3V9XA 4DTSA 2P51A 3AV9A 2Y1IA 4DTRA 4B9VA 3KD5E 2Z1IA 1VSFA 2HHTA 1UAXA 1EP4A 1RDBA 4F3OA 4L8RB 1YTUA 3QEPA 4WE1A 3NH2A 4I2PA 3OY9A 3OS1A 3MEGA 3OJSA 2YKMA 1JLGA 1I3AA 3IG1A 1BL3A 2E4LA 3AA4A 2QKBA 1BIUA 3QERA 4IDKA 2X6SA 4RW4A 1W9HA 3QNOA 1CXUA 2EHGA 3C95A 4EP4A 3OYCA 1KVBA 3HP9A 4E7IA 4DTNA 3NHGA 3EY1A 1ASVA 1S9EA 2YNHA 5I3UA 1YTAA 4CHYA 5HP1A 1RTDA 4MFBA 2D0CA 3V9UA 2OZSA 3IAYA 2GV9A 3C6UA 3EZ5A 1ASUA 3ULDA 4OGEA 1RBVA 2OPQA 3ZT1A 4CJQA 2P5GA 4JRPA 3NH0A 2IC3A 3CQ8A 1U47A 2YHBA 1TKDA 2QXFA 3DM2A 4Z4HA 3S9HA 4M3WA 4DFPA 2FBXA 4FK0A 3LWLA 3DRSA 4FM0A 2Z1HA 4DMNA 3U6FA 3VQ6A 3SJJA 3AO3A 4OKKA 4FK4A 4Z4EA 4PWDA 1IKVA 2LSNA 1FKPA 2E6MA 3KLGA 1T8EA 4DS5A 4B9TA 4DFJA 2KFNA 3KKRA 1TAUA 3NCIA 2YNGA 4CEBA 3RWUA 4F2SA 4FJHA 4B9UA 2VWKA 1TK0A 4R5PA 1KCFA 3QEWA 1RILA 2HMIA 4FLTA 1WSIA 1NK7A 1HQEA 3ZSZA 4RW8A 2HHQA 4O0JA 1TKTA 2B4JA 1J54A 3AVGA 3DOKA 4CEFA 5HRNA 2WOMA 3TAMA 1BI4A 1C0MA 3VQAA 1U4BA 2PZSA 4I9QA 1QQCA 5C24A 3SI6A 2YNIA 3L2QA 2D5RA 1RT3A 4E89A 1RT5A 1HJRA 1LWEA 3ALYA 2Z1JA 1WN7A 3OYLA 4B3OA 2VWJA 3DYAA 3IRXA 2F96A 3L2RA 1VSKA 2ETJA 1R0AA 3PV8A 3SV3A 4FJXA 3D0PA 3SPZA 4IG0A 3V1RA 1W0HA 4CFBA 1FK9A 3V9WA 1XI1A 1TL3A 4FVMA 4ZTJA 1F21A 4O44A 5SZTA 3G10A 1SKSA 3KLHA 1U49A 3NFAA 4HUGA 4Y1DA 3OYDA 1JXBA 4DQRA 2W42A 4BDZA 3KLFA 3BDPA 1SUQA 4KTWA 2VG7A 4CHPA 2OPPA 3AVNA 4QAGA 4O0IA 2HVHA 3NF9A 2HHXA 4Z4GA 3AA5X 2XO7A 3VQCA 4ELUA 4W5TA 4FM1A 1KFSA 4KV8A 1NOYA 4FW1A 3L2VA 3S3OA 2G8VA 4FJ5A 3PY8A 4CGGA 3RMBA 1N6QA 3KK1A 4E7HA 3TAFA 4M3RA 5K14A 4F3TA 4CFDA 1RBUA 4G1QA 3QIOA 2OYQA 2KTQA 3ZSXA 3AVAA 3SPYA 4IBNA 4CESA 2X74A 4HHTA 1RTIA 4CEZA 3HPOA 4EP5A 5CZ1A 3F9KA 4KRFA 3QESA 3ASMA 2F8TA 4KI4A 4OLBA 4KHWA 1JKHA 2VG6A 2RF2A 1RTHA 4DTPA 3QETA 4UQGA 1NK0A 3RR7A 1NOZA 3HXMA 3VQPA 4Y1CA 4DSLA 1TL1A 4CGHA 4DQQA 3AA3A 3I8DA 1SL0A 4B9MA 3SUNA 3L8BA 3M8PA 4AHSA 2G8WA 3P1GA 3PO4A 1RDCA 3P5JA 1XHZA 2HW3A 1WLJA 4CHOA 4CGIA 2P5OA 4CFAA 1RBTA 3DRPA 3SCXA 1S6QA 5HROA 2BANA 2ZD1A 3KKSA 4FLXA 1VSJA 1L5UA 2G8FA 3DLBA 3OYKA 3LWMA 3UIQA 4FZXC 2E6LA 4KHYA 3DMJA 4CEDA 4FM2A 1JXEA 2HNYA 2X6NA 1QS4A 4KHQA 5FRNA 3L3VA 3PX6A 4F4KA 4K8ZA 1NK9A 3MXIA 2BGGA 3CYMA 1SV5A 3HYFA 3LAMA 2HB5A 4RW9A 1ZBLA 1KVCA 1JLEA 3NGYA 1O1WA 1WAFA 3QIPA 4KO0A 3ZSQA 3VQ8A 2HHSA 1Z25A 4XIUA 3VA3A 4AHCA 3SV4A 3ZSWA 3K59A 3K58A 1UA0A 4NCAA 5D3GA 4BWJA 4CJ5A 1QSLA 4NCBA 4CECA 3ZT0A 2JGUA 3AVMA 3E01A 3VQ4A 4OPJA 3PX4A 1A5VA 4ICLA 3ZT4A 5JS2A 1BQNA 4CERA 4GMJB 3CG7A 3SQ0A 3SUQA 2O4GA 3TWHA 3SQ2A 1LAVA 4EZ9A 3NF7A 3WNFA 1D9DA 3ZT2A 4HCBA 5CYQA 3RR8A 5DMRA 5SWMA 3V1QA 4CEAA 3NGZA 2KQ2A 3OYBA 4H4OA 4FCYA 3LP1A 1SKWA 2G8KA 4HCCA 4CJEA 3TARA 2XHBA 3TI0A 5E41A 3I0RA 3NF8A 1FKOA 4RG8A 4FJ8A 1T03A 3VQDA 1CXQA 4AHRA 2HVIA 5I42A 4CK2A 1C0TA 4DTMA 4QCLA 3C6TA 3CFPA 4M3XA 4M45A 1WSEA 3OYJA 1A5XA 2I5JA 2X78A 3LP3A 3NDKA 4Z4CA 4KREA 4LH4A 3PUFA 5J2PA 2VG5A 4B9SA 2YV0X 4ZHRA 1XWLA 4PUOA 5J2MA 3HO1A 1GOBA 4E1MA 4YNQA 3U3GA 1TK5A 3TAGA 1X9SA 3KTQA 4KAZA 2D0BA 4HVJA 1Q8IA 2O4IA 1WSJA 1TAQA 3KIOA 4BWMA 4CJWA 3L3UA 3RMAA 3M8RA 4BE0A 3SNNA 4DTUA 2FBYA 3ZSOA 1S1UA 1JL2A 1RT7A 3BGRA 2HHUA 3AVCA 1LW0A 5HRSA 1IG9A 4AHVA 4CF9A 1LWCA 1WSHA 1VSIA 4M3TA 1I39A 4Z4FA 5C25A 3KD1E 4CF1A 4FJJA 1QE1A 1TK8A 1GOAA 4OKEA 4E3SA 3SUOA 1A5WA 1D5AA 3LP0A 3LZIA 1X9MA 1LWFA 4O4GA 1ITGA 4FLYA 4E7KA 3P83D 5HRPA 3PO5A 2PY5A 3HK2A 4FLUA 4CK3A 3K5LA 1SL2A 2R7YA 5JS1A 3O3FA 3JSMA 4IG3A 3D45A 4Q0BA 4AHTA 1IKXA 3WNHA 4CJSA 4CJKA 4IFYA 3CM5A 4NYFA 4JS5A 3WNGA 2OA8A 4FXDA 1ZBUA 4J2BA 2ZQBA 4AILC 2BE2A 4FJLA 4N47A 4LY7A 2G8IA 1VSMA 1EX4A 1BCMA 1X1PA 1DLOA 3L2WA 3MEEA 2DFHA 2IOCA 3TAPA 2QKKA 4M3UA 1L3VA 3A2FA 1ZBHA 1UOCA 5CZ2A 1KRPA 3AVIA 3OYIA 1QSYA 4W5NA 3ITHA 4OVLA 1ASWA 1C1AA 2Q3SA 3ZSYA 2GBZA 5FRMA 2XRIA 4E19A 1S5JA 3F73A 2A1SA 1VK0A 3T3FA 5J2QA 3TABA 4NYNA 1BIZA 3VQ7A 4DSIA 1J53A 2DFFA 4CE9A 4CIFA 1YVUA 1RDDA 2DFEA 1IKWA 1L3UA 5J2NA 3OYMA 3NF6A 2YNFA 4KB1A 4BE1A 1ZBIA 4CGFA 4PA1A 4CGDA 4W5QA 4DSFA 3DLHA 1NJXA 3VQ5A 3PX0A 5KGWA 1T05A 3QINA 1TKXA 3SYZA 1HNVA 4LD0A 2NUBA 5KRSA 4J2EA 4PY5A 1QHTA 4DG1A 3DLKA 1NKEA 3QEIA 1D9FA 3NGIA 3DLRA 3HVTA 4DLGA 4C8OA 1TKZA 3ISNC 4DFMA 1X9WA 1NK5A 3QO9A 1CLQA 4F8RA 4DU1A 1L3SA 4CEQA 3K5OA 3QEXA 4FYDA 4CJTA 4FLVA 4CEOA 1JLCA 1Z26A 3TANA 4PQUA 3HT3A 3AVHA 1RT1A 1RCHA 1C6VA 3KLIA 2KZMA 2HHWA 4HUEA 4OPKA 4E0DA 3K5MA 3O3GA 3DRRA 1CZ9A 5J1EA 3AVFA 2XY6A 1Q9YA 3VQQA 1S1WA 1RT6A 1VSLA 2YHAA 3RRGA 3MXJA 3V4IA 3SZ2A 4M42A 5C42A 2ATQA 3CM6A 2G8UA 4YFUA 1KLMA 1K6YA 1WSGA 2JLEA 3NE6A 5EU7A 1IH7A 1KTQA 3IS9A 3AVJA 1SL1A 2B6AA 1HRHA 3ZCMA 5CY4A 2RN2A 4KKOA 5HRRA 4CFCA 3SUPA 4C8KA 3AA2A 4CF8A 4M41A 4FJNA 2ITGA 2RKIA 3SQ1A 4OGCA 4J2AA 3OJUA 1S1XA 1UA1A 4B8CA 3ZSRA 4CJUA 4BACA 3O3HA 4FLWA 4FJIA 3MECA 3OS2A 1S6PA 2B5JA 2WONA 1RTJA 1NK6A 2OZMA 1JLQA 3NH1A 4HTUA 2FBTA 3HJFA 3AVBA 3ZSVA 4KHNA 4DFKA 4B9LA 4FLZA 1NJZA 3HL8A 5KI6A 2DY4A 4KFBA 2G8HA 5HLFA 3B6PA 4J2DA 4C8MA 4KHUA 2KFZA 3M8QA 2AJQA 4DLEA 1RT4A 4FJGA 2XY8A 4ELTA 1JLAA 1BHLA 2Y1JA 3OYAA 4DU4A 1J9AA 4DTJA 4C8LA 3RMCA 1JLBA 3CFOA 3THVA 4H4MA 1VSEA 4B8AB 4CIGA 2IS3A 4N56A 3CFRA 3QEVA 1NJWA 3JYTA 4E7JA 5T7BA 3DOLA 4TSXA 4DWIA 3V1OA 4OKJA 4FZYA 4W5RA 4FJ9A 1MU2A 2HNDA 4IFVA 1NK8A 3HPGA 3MAQA 1HYVA 4I9LA 3OYNA 3NBPA 2KZZA 3B6OA 4DQIA 3VQBA 4CF2A 4DQPA 3HSTB 1HPZA 4GVMA 1FXXA 2EX3A 1TGOA 3OYHA 4CGJA 3LANA 3RTVA 4F2RA 4FK2A 1IKYA 2HHVA 3LPTA 1JLFA 4JS4A 4E7LA 1SKRA 4AHUA 1TV6A 1B92A 4OJRA 4ID1A 3KK3A 3QLHA 1ZYQA 2YKNA 4MQ3A 3AO4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DTTA 2YJEA 4JI2K 3OYFA 3E1YA 4FWRA 2E2QA 1RDAA 5JVGL 5KTQA 4Q5VA 3QICA 5DM6L 4LF5K 2IAJA 5ADXA 2RPIA 1U04A 3CJ7A 3BP8A 1ILYA 1IBKK 2QWLA 4CIEA 4IZ9A 1RBSA 1CZAN 1ATNA 3ENHA 4RW7A 3K57A 4FJKA 4N76A 3OYEA 4B1VA 3L2UA 5IWAK 3EZWA 3NAEA 3VGKA 3I55N 3R3LA 4FZZA 1MA9B 1N8RO 1VSDA 4CZHA 3HTVA 3S3NA 3WXMB 4CEEA 3Q7BA 3WXJA 1VRTA 5FPNA 4CJVA 4BC4A 3CCUN 1Q81O 2OPRA 3FLCO 3O4NA 4ELVA 3LL3A 4PL7A 4JI1K 1OVYA 4DKWA 3VA0A 4CHZA 4CHQA 3I33A 3LAKA 4YDUA 4EIAA 4CK1A 3EKUA 2H3GX 5AQWA 1NGCA 3VEZA 1WAJA 1NK4A 2GX9A 3LP2A 4DUYK 4C8NA 1QTMA 5CYMA 2EWSA 3KK7A 1TYQB 2HNZA 2I7NA 1W2BM 4DV0K 1HNIA 3HVRA 1S1VA 4CJFA 4QS7A 1RT2A 3KK2A 1QSSA 4CF0A 3CC2N 3DXKA 1HUXA 4O55A 1RBRA 4OPHA 4A5AA 2P9KA 1BGXT 1BCOA 5M1OA 2XY7A 4JRQA 3P39A 3AV9A 4IJAA 1EP4A 4F3OA 1YTUA 4IEEA 1VQLN 4I2PA 3OS1A 2WBNA 1I3AA 1HNXK 1XNRK 3KZBA 2O8DB 2RHKA 2X6SA 3H3NO 4RW4A 4B1WB 1CXUA 2EHGA 3M1FA 3CCRN 5M1FA 3C65A 3QFPA 3IAYA 3C6UA 3ULDA 4OGEA 3ZT1A 2NRXA 3CQ8A 2YHBA 3IDHA 1TKDA 1I94K 4Z4HA 3FE1A 5AQRA 3SJJA 4FK4A 2V52B 4PWDA 4B1XB 1FKPA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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