5CZ2A

Crystal structure of a two-domain fragment of mmtv integrase
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
159
structure length
151
Chain Sequence
VNPRGLKPRVLWQMDVTHVSEFGKLKYVHVTVDTYSHFTFATARTGEATKDVLQHLAQSFAYMGIPQKIKTDNAPAYVSRSIQEFLARWKISHVTQAIVERTHQNIKAQLNKLQKAGKYYTPHHLLAHALFVLNHVNMDNQGHTAAERHWG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Mouse mammary tumor virus (strain br6)
publication title Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
total genus 46
structure length 151
sequence length 159
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF02022 Integrase_Zn Integrase Zinc binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5cz2A00
1KRPA 3HK2A 4EZ6A 3QO9A 4NCGA 1UWBA 3ZT0A 3OJUA 1I39A 3C6UA 3NH0A 1J5OA 3HVRA 3LAMA 5HLFA 4BACA 2F96A 4OVLA 1D9FA 4L8RB 5CY4A 4Z4EA 1C0TA 2HHSA 3V4IA 4W5TA 2VG7A 2ZQBA 3AVKA 3HPOA 4I7FA 4YNQA 1IKYA 4IFVA 1RT7A 2X74A 2QKBA 3HM9A 1WLJA 3SPZA 4LY7A 4IBNA 5KGWA 1U4BA 3O4QA 1KFSA 3TANA 3SYZA 1X9WA 3AVAA 4CGIA 1K6YA 2E6LA 4DSFA 1GOCA 2X6NA 3L2WA 1QSLA 3WNGA 2IAJA 4DF8A 1C1CA 2HHUA 1RT1A 3AA4A 3ZSOA 3WNFA 1SKWA 3CQ8A 1JLAA 4BDZA 4FLXA 1NJYA 4CJEA 3IAYA 1J53A 1YTUA 3QNNA 1NOYA 4C8MA 3NAEA 4DSLA 1NKBA 1ASVA 3SPYA 4FJIA 1HNVA 4M3XA 3MEEA 3A2FA 5KGXA 4FZYA 3QEIA 1T03A 4QCLA 1VSLA 1WSJA 3VQ7A 2GBZA 3L2VA 1B92A 4CE9A 1XI1A 3U3GA 3TARA 5FRMA 4DTMA 1MU2A 3DM2A 1FKPA 3SQ1A 2FBXA 2HNZA 2YKNA 3OS1A 1RTJA 1Y97A 1ZBFA 3HT3A 4E7KA 1VSEA 5J2MA 2IC3A 2OZMA 3DRSA 1ASWA 3OVNA 1SUQA 2P5OA 1RDCA 3KK2A 4KTZA 1QSYA 1JLFA 3SQ2A 1D8YA 4CK2A 1BIZA 3OYEA 4FLWA 4C8LA 3SZ2A 4CFDA 1HYVA 3LP2A 3M8PA 3OYGA 4KB0A 3NCIA 1RDAA 5I42A 4H4OA 1RT2A 4OLBA 4NYNA 1VRTA 4CJ5A 4N56A 1NK9A 4F8RA 4CERA 1IKVA 4CGJA 5KI6A 4QAGA 1KCFA 4DTJA 3PY8A 2KZMA 4DQPA 5CYMA 3SV3A 4Z4GA 4DTSA 3NE6A 1TL1A 2D0BA 2QKKA 2RPIA 4KKOA 3SUOA 2Z1GA 1JXEA 5SZTA 4Y1CA 1L3UA 5FDLA 3NF6A 1JLBA 1FK9A 2IOCA 2G8IA 4EP4A 3QEWA 3KLHA 3E01A 4KREA 3AV9A 4B8CA 2HHQA 5T7BA 4FM1A 4CFBA 4O44A 4DU3A 4Z4FA 1YVUA 3K2PA 3HVTA 4F3OA 2HHTA 3I8DA 2GV9A 4JLHA 3THVA 1TGOA 1HNIA 2XY7A 2Z1IA 1Z25A 1L3TA 2XHBA 2OPRA 3TAFA 3AVCA 2EHGA 3TAMA 2OYQA 3LP3A 3V1OA 1TKXA 1IH7A 4B9NA 4AHVA 1I3AA 3DRPA 5FROA 4KHWA 2HVHA 3QINA 1JXBA 2PYLA 1X1PA 3DRRA 4LH4A 3DYAA 2KFZA 3K5LA 3ZT2A 1SKSA 1RT5A 3AO4A 4CHNA 1SL1A 2YKMA 1NJXA 2ZD1A 4FW1A 2G8WA 4KAZA 3P1GA 3L3UA 1RTHA 2KW4A 3NFAA 3OYFA 3PX6A 4K8ZA 1TV6A 4E1NA 3O3GA 3LWLA 2OPSA 1UOCA 4B9VA 2WONA 3KK3A 3KLFA 1UAXA 3LP0A 4EZ9A 3V9WA 4IKFA 5J1EA 3QEXA 1TKDA 3I0SA 4CJVA 3SNNA 1LW2A 3KD5E 2HB5A 4ZHRA 4CHPA 5I3UA 1JL1A 3ZSYA 2IS3A 3OYNA 3VN5A 3KLGA 3VQAA 5C42A 4B8AB 1A5VA 2JGUA 4RW8A 3RR7A 4Z4IA 4OKJA 1TK5A 2NUBA 3MECA 4HTUA 5HROA 4CJTA 3CFPA 3VQ9A 3O3HA 1WSEA 4GVMA 3AVFA 3AVLA 2X6SA 4CFCA 4CJ4A 3PX0A 3SUPA 1IKWA 1U04A 1XHXA 1S9GA 3ZSZA 3L2QA 3LWMA 4FM2A 4ELVA 3EZ5A 4Z0UA 1DLOA 4E7IA 2G8UA 4OKEA 2IGIA 1NOZA 3WNHA 3D45A 4GW6A 4CEBA 3L2UA 1Q9YA 1ZYQA 4CJFA 5HP1A 4XIUA 1VSJA 4CHOA 1EKEA 3NF9A 3NGZA 1L5UA 3LAKA 2VWJA 2XY8A 3QEVA 4LH5A 3SQ4A 4DLGA 3BGRA 2VG5A 3KD1E 4GMJB 4WE1A 4CHYA 3QERA 2F8TA 3S3MA 1HJRA 3M8SA 4CF1A 3RMCA 1W9HA 3DOKA 3HPHA 4PY5A 5KRSA 3RMBA 1U49A 4TSXA 3RRGA 4DQIA 1C6VA 1D5AA 1QTMA 2G8KA 4YFUA 3QNOA 2PYJA 1S9EA 2BDPA 4Z4HA 3QIPA 4FK4A 1S1VA 4E7JA 1NKEA 1IO2A 1LAVA 4Q5VA 1KSPA 3MXMA 1B9DA 3NDKA 4FJ9A 3P83D 1JL2A 4ELTA 4B9SA 4J2EA 5E41A 2I5JA 1VSHA 1EX4A 1WSGA 1S6PA 4E3SA 4C8KA 3S9HA 4AHTA 3G0ZA 3HO1A 3ZSWA 3QETA 1SKRA 1BI4A 5C25A 4E19A 4AILC 2QK9A 1VSDA 3HP9A 1RNHA 1S1UA 3K57A 1FKOA 4LD0A 1N5YA 2P5GA 3OYDA 3MAQA 2HHXA 1UA0A 4BWJA 3QLHA 4ID1A 3QEPA 1EETA 3M8QA 4ZTJA 3RRHA 1R0AA 2RF2A 1NKCA 4KTWA 4FLVA 4DTXA 3MXIA 1JLQA 3O4NA 4C8NA 3WNEA 4BDPA 1CLQA 1TAQA 3HSTB 4IDKA 3ZT1A 5K14A 3EY1A 1ASUA 4CJQA 3U3YA 4E7LA 2PZSA 4JS4A 3F9KA 4RW4A 1RTDA 1IG9A 1YTAA 2DFFA 4Q0BA 4DU1A 3AA3A 2P1JA 1BL3A 4EP5A 4DF4A 3AA2A 1HRHA 4FJKA 1J54A 3ZSVA 2G8HA 1XWLA 4KHUA 3OYAA 3SUQA 4FJXA 4F3TA 2O4IA 4OKKA 1A5XA 1HQEA 3DLGA 1VSMA 5JS2A 4CGDA 4W5OA 3PV8A 5DMRA 1RBRA 4CEEA 3NGYA 4CEOA 1IKXA 5FRNA 4C8OA 1HQUA 1CZ9A 1F21A 4KO0A 3VQQA 4PWDA 1VSFA 1JKHA 1T05A 3HP6A 1LWFA 4DSJA 4HHTA 1TVRA 3OYMA 4CK3A 3TABA 1WSFA 1X9MA 4FXDA 1SL2A 2AJQA 4MQ3A 4CJKA 1KVCA 2DY4A 3L3VA 2KFNA 2ZE2A 3LDSA 3KTQA 4FJHA 4AHSA 3V9SA 1SV5A 5EU7A 1KLMA 3KLIA 2D5RA 1QSSA 4AHUA 5JS1A 1RBUA 2RN2A 4NCBA 3BDPA 1YT3A 1SL0A 2E6MA 3G10A 4FM0A 4E89A 1RBSA 2Y1IA 3AO3A 1ZBHA 3ZT3A 4DSEA 5J2NA 1S6QA 4I2PA 1BCMA 4DFMA 1VSKA 1LWEA 3AVNA 1BI4B 4M45A 4CJSA 1HYZA 1QHTA 4CEFA 5HBMA 4Y1DA 1REVA 4KTQA 4CK1A 2HMIA 2DFHA 3NF8A 4JRQA 4Z4CA 4W5RA 4M3TA 1LW0A 3LP1A 4CEDA 4KI6A 1BIUA 4B08A 3VA0A 1ITGA 1XC9A 4FJLA 2W42A 4CEAA 1BCOA 4AHRA 3QESA 2Z1HA 3V1RA 3SJJA 3JSMA 3IRXA 1X9SA 4KHYA 3HYFA 2E4LA 4H4MA 1TKZA 3OYCA 1O1WA 4J2DA 1HYSA 1WN7A 1Z26A 1L3VA 1CXQA 2KQ2A 3VQCA 3OY9A 1JLEA 3OYIA 1NK5A 4FJJA 1ZBIA 3LPUA 2BANA 4DFPA 3HJFA 2VG6A 1UA1A 2G8FA 4FLYA 1LV5A 4PA1A 2Y1JA 3VQ6A 2VWKA 1EP4A 4DTRA 4E7HA 3VQBA 4W5NA 4FJNA 1RTIA 2Q3SA 3SCXA 2FBVA 3ZSXA 3C94A 3O3FA 4DFJA 4ID5A 1L3SA 3KLEA 4CHZA 4F4KA 2R7YA 1C0MA 4I2QA 4O0JA 5C24A 3CFRA 4B9UA 1J9AA 1BQNA 3DLBA 4M42A 3V9UA 4AH9A 4DTPA 3ALYA 1WAJA 3RMAA 3AO2A 5KRTA 2LSNA 2A1SA 4DMNA 3V9XA 1Q8IA 3L2RA 2D0AA 3VQPA 4DTOA 4CJ3A 4BE2A 3AVMA 4HVJA 4IG3A 3NGIA 1TK8A 1RCHA 4FZZA 3LZJA 4DTNA 2DTUA 2HNYA 3OS2A 1QS4A 4BE0A 1BGXT 2A1RA 3MEGA 4I9LA 3ULDA 3TAGA 1NK8A 4O5BA 3OYJA 4H8KA 3L8BA 1C0UA 2O4GA 1C1BA 4FVMA 1XHZA 4KB1A 3OYKA 4KHNA 4CFAA 2GUIA 3KKRA 4OPJA 3U6FA 4OGEA 3V81A 3DLEA 3T19A 5HRSA 2OPPA 4ICLA 4CGGA 1RILA 3EYZA 2OA8A 2PY5A 1QQCA 1T8EA 1WNSA 4CJRA 4DQQA 3AO1A 4N47A 1WSHA 4DTUA 3PO4A 3NF7A 1KTQA 3SUNA 5HRRA 4PUOA 3H08A 4FJ8A 1WSIA 4G1QA 2DFEA 4O4GA 1CXUA 3OYLA 4DQRA 1S1WA 4JRPA 1CZBA 2KTQA 4E1MA 1VRUA 3VQ5A 2YHAA 4RW9A 3ZT4A 3V6DA 3KKSA 2JLEA 4J2BA 3NH2A 1T7PA 3PO5A 3IG1A 2OZSA 1RT4A 1RDDA 3PUFA 3K5MA 1LAWA 4O0IA 3V9ZA 2YNFA 4FLTA 4FZXC 1NK0A 4HCBA 4IG0A 2D0CA 4CHQA 1JLGA 4FLUA 1LWCA 1S1TA 2YHBA 4KHSA 4LSNA 4CEZA 3SI6A 3F73A 3HXMA 2OPQA 4CF0A 3P5JA 2YNGA 1EXQA 4DFKA 1C1AA 4KFBA 4B9MA 4DS5A 3DLRA 3TWHA 4CJUA 3OS0A 4DU4A 3JYTA 4NCAA 4CJWA 4CF9A 4KI4A 4M3RA 4CGFA 4LSLA 4F2SA 1RT6A 2B4JA 1HMVA 4K8XA 4FYDA 4FJMA 3MXJA 3VQEA 3LALA 1D9DA 4ZTFA 2ITGA 3K5OA 4M3UA 2FC0A 3AA5X 3K59A 1NJZA 5SWMA 3TAPA 4DSKA 3LPTA 3B6PA 1RBTA 3M8RA 3C95A 1RDBA 2HHVA 3K58A 2XY6A 3DLKA 4CF8A 3VA3A 4QOZB 3IS9A 4CJPA 3S3NA 4B3OA 1S5JA 4OPKA 2ATQA 1FXXA 1RT3A 1VK0A 3MEDA 4CF2A 2HW3A 2G8VA 3RR8A 1S1XA 4E0DA 3DI6A 3NHGA 3ZSRA 4CIFA 1BISA 3HL8A 4RG8A 4BWMA 4CECA 3KIOA 4M41A 5CYQA 2BGGA 1TAUA 1N6QA 1KVAA 4RW7A 3CG7A 1ZBUA 2B5JA 3QIOA 4RW6A 4CGHA 4R5PA 2X78A 1RBVA 2ETJA 3B6OA 4N76A 3RMDA 1NK6A 3UIQA 5CZ1A 5CZ2A 2BE2A 4N5SA 4AHCA 3S3OA 1W0HA 4HUEA 4M3YA 4M3WA 1TKTA 3T1AA 3OJSA 4NYFA 4HCCA 4CJLA 3NH1A 3D0PA 2KZZA 2YNIA 3TAQA 3PX4A 4DLEA 3SV4A 2QXFA 3AVHA 3AO5A 3ASMA 1B9FA 4DSIA 1TK0A 5DK5A 1Q9XA 3DLHA 4FCYA 3CYMA 2P51A 1VSIA 3LANA 3ISNC 4KHQA 2F8SA 1BHLA 1G15A 4MFBA 4F2RA 4PQUA 5HRPA 4W5QA 3LZIA 4I9QA 3NBPA 4CIGA 3DOLA 3CM5A 4FW2A 2IDOA 3KK1A 3HPGA 4OJRA 4CESA 4FJ7A 3SQ0A 4OLAA 1NJWA 1A5WA 3VQ4A 2HNDA 1DTQA 5KTQA 4KPYA 4OGCA 3AVIA 4BE1A 2YV0X 4IFYA 3V1QA 4CCHA 4M3ZA 4FLZA 1U48A 4O55A 3I0RA 3ITHA 4HUGA 3AVBA 3VQ8A 4DG1A 4DS4A 5J2QA 3TAEA 1U45A 1NK7A 3CFOA 2B6AA 2FBYA 4FK0A 1KFDA 3RTVA 3VQDA 4DWIA 2FBTA 1QE1A 4DQSA 3OYHA 3ZSQA 2XRIA 3TI0A 1KLNA 3DMJA 2Z1JA 4KV8A 4FJGA 2HVIA 4BDYA 4ELUA 2XO7A 4N41A 3KJVA 1GOBA 1U47A 4B9TA 4B9LA 2HHWA 2EX3A 3AVGA 1NK4A 1HPZA 3CM6A 4UQGA 1WAFA 3ZCMA 4CEQA 1BQMA 5D3GA 1TL3A 1GOAA 4JS5A 3C6TA 3FFIA 3OYBA 2RKIA 2YNHA 1ZBLA 1DTTA 4J2AA 5J2PA 4HUFA 5HRNA 1JLCA 4CIEA 3T3FA 4FJ5A 3RWUA 3TR8A 3K5NA 4FK2A 4KRFA 1KVBA 2WOMA 3AVJA 2XY5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KRPA 4EZ6A 1UWBA 4QS7A 1NM1A 3LAMA 4BACA 1D9FA 4L8RB 3T1YK 4GV6A 3V4IA 3HPOA 2VG7A 1QZ6A 1U2VB 3UKUA 4K0KK 1IKYA 3A5OC 4LY7A 4IBNA 1HX1A 3MWTA 1U4BA 3TANA 4CGIA 4FWQA 1RT1A 3AA4A 3LL3A 3F2KA 4FLXA 1NJIO 4XH4A 1HNVA 3MEEA 4FZYA 3C7NA 3R9PA 3VF6A 1W2BM 5FRMA 4A5AA 2HNZA 2YKNA 3VESA 1Y97A 4ELTA 3DRSA 2P9NA 2NRRA 3I33A 4KTZA 2P9PA 1JLFA 4JV5K 5JICA 3SZ2A 4KB0A 3OYGA 3NCIA 3TSUA 5I42A 3DXMA 5AQZA 4OLBA 2FF3B 4CJ5A 3CPEA 4CERA 4QAGA 1KCFA 3PY8A 2KZMA 1GLCG 5GAHP 3O1BA 3ZYYX 4Z4GA 3JS6A 2D0BA 3SUOA 4H0VB 1L3UA 5FDLA 1JLBA 5C2FA 4EP4A 2O8BA 1W7AA 4Z4FA 1YVUA 3K2PA 2QWOA 3ENOA 3I8DA 2Z1IA 1L3TA 4I6MB 3RSEB 2IIRA 1NGHA 4A2BA 2EHGA 3LM9A 3TAMA 3LP3A 1U2VA 3D6RA 1IH7A 3ID8A 1TYQA 5FROA 3EL2A 1X1PA 1SL1A 4CHNA 2YKMA 1GLDG 4FW1A 2G8WA 3P1GA 3L3UA 1N8RO 1YI2N 3PX6A 1TV6A 3J81O 4JKCA 2OPSA 3PSIA 4B9VA 3KK3A 4IKFA 4ZHRA 4CHPA 3R1XA 2VQEK 3KLGA 3MDQA 3W0LA 2ASPA 3RR7A 4Z4IA 4OKJA 5GINA 3WQTA 3MECA 4HTUA 5HROA 1ATSA 3PX0A 4GVMA 3SAGA 3SUPA 1RGIA 1XQSC 4ELVA 1S9GA 4GV9A 1VQKN 4Z0UA 1DLOA 4ILJA 4DUYK 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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