5DM6L

Crystal structure of the 50s ribosomal subunit from deinococcus radiodurans
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGKLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title Crystallographic characterization of the ribosomal binding site and molecular mechanism of action of Hygromycin A.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S ribosomal protein L1
total genus 17
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5dm6L01
2QA4N 3CCLN 4WFBL 3I56N 2OTLN 5GAEP 1KD1O 3PIOL 3J7ZO 1KC8O 4WF9L 5JVGL 1VQ8N 1QVFM 1Q86O 3CCQN 3CC2N 1VQON 3CCUN 1VQNN 1K8AO 4U67L 5GADP 3CMEN 1OVYA 4WFAL 1VQMN 1VQ6N 3CCVN 3CD6N 1YIJN 1N8RO 2ZJPL 2ZJRL 1VQKN 2ZJQL 1W2BM 3CPWM 3G71N 3CCMN 1QVGM 4IOCL 1Q81O 3CCSN 3CC4N 1YJ9N 1M1KO 3I55N 3DLLL 3CXCM 4WFNL 2OTJN 5JVHL 5DM7L 1VQ4N 3CF5L 3CCEN 3G4SN 2QEXN 1KQSM 3PIPL 1NJIO 4IO9L 3CMAN 5MLCQ 1YHQN 1S72N 4UY8O 1VQ7N 1VQLN 1YJNN 1YITN 1JJ2M 3CCJN 5H1SQ 1VQPN 3CC7N 1VQ9N 1ILYA 1YI2N 3CCRN 5DM6L 1K73O 4WCEL 5GAHP 4IOAL 1K9MO 3G6EN 1Q7YO 5GAGP 5HL7L 1Q82O 1VQ5N 1YJWN 3OW2M 1M90O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ATQA 4BDYA 4DR6K 4KHSA 4B1WB 4JLHA 2V7ZA 3HRGA 4Y0WA 2UUAK 2NRRA 4RG8A 2O8CB 3PIOL 2GEMA 2HB5A 4GY2B 3N4QA 3JYTA 3EN9A 3JAMO 4OPHA 2IAJA 1X9WA 1ASWA 3NFAA 4FJJA 3LPUA 5KQ8A 3LZJA 1EQYA 2E20A 3HPGA 4CEBA 1NGGA 1WAJA 4MDBA 3FZFA 2EX3A 4WQ4C 3VESA 4ISEA 2ZWHA 3WT0A 1EP4A 3OJSA 3D6RA 4ELUA 3EKUA 5AQWA 5KTQA 1VRUA 4FLWA 3K5LA 2YHXA 3KTQA 1W2BM 2Y1IA 1RTDA 4BVPA 4PY5A 4IOCL 4DB3A 1XNQK 2WOMA 4DV1K 5EX5A 1U48A 3H08A 3IFRA 3AA2A 3LP0A 4CF0A 3TAEA 4KPYA 1RNHA 3KVGA 5F1XA 2A5XA 4A62A 4EAHD 3SNNA 1UWBA 3O9QA 2NRZA 5CHIA 5HP1A 5AZJA 1VQ4N 1NM1A 3ZX2A 4W5RA 4BDPA 4E1MA 5E84A 4YY3K 1JXEA 2VYPA 2QWLA 3ZSVA 2ITMA 2O4GA 3TTFA 3ULDA 3BY5A 4DSJA 4BRMA 3O4QA 1YITN 3S3NA 1HLUA 1K8KA 1BUPA 4BROA 3HJFA 3HXMA 3J7AP 3OYLA 4I9LA 4BY9C 1W0HA 3ZT2A 1L3VA 4LSLA 5LY3A 4FJIA 4OKKA 4BC3A 3KWGA 4QOZB 3M1FA 4NYNA 1E3MA 4DR2K 3H6EA 2HF4A 1S6QA 4N47A 3K5MA 4JRQA 4BDZA 5GAEP 1C6VA 2VGNA 4CK1A 3S3MA 2O8BA 4JKDA 4EHTA 1MA9B 4YOVA 1KC8O 2Q36A 4DFPA 4X64K 2F9WA 2GWKA 1REVA 4MO4A 4CBXA 1GLAG 1HJRA 4FM2A 4UQGA 4CECA 3CCUN 4XEIA 4C1NI 4B9SA 4FJ8A 4XH5A 4O0JA 4FVMA 1RBSA 4NLCA 4JI4K 4BGBA 4WFAL 3R9PA 2B6AA 4ISFA 3U3YA 3ZSYA 3THXA 5KI6A 3CJCA 3EZ5A 3G71N 3CCMN 1T3VA 2CH6A 4FLUA 3B6OA 2QTDA 3KWIA 3P31A 5HRSA 2Y1JA 2HHWA 4CF1A 3CC4N 1YVNA 3TAGA 4CEZA 3SCXA 3EZWA 4ILGB 3NGIA 3L8BA 3SK3A 3OS1A 4FXDA 2RF2A 3VENA 3BUZB 3SYZA 3TARA 1HR0K 4JKBA 4FWOA 1WNSA 2V7YA 4CEEA 4B9UA 4K25A 4F8RA 4B3OA 1Q18A 4KTQA 2HOEA 1NLVA 1TK8A 4FJ7A 1S6PA 3L2VA 3RSEB 1FJGK 2EWSA 4FWRA 3HM9A 3MXIA 4X65K 2P9PB 4A2BA 3OYFA 4H0YB 3M8SA 3MN9A 1HNXK 1KTQA 4I2PA 3QBXA 4FWLA 1Q82O 3DXKA 3MMVA 3BP8A 2I5JA 4QS8A 2Q0UA 3HOSA 3WEEA 1WSHA 1LWFA 1NGAA 4OGEA 2P5OA 4B9QA 4BRIA 1RT6A 3B8AX 5J1EA 4CGDA 4C8OA 4DLGA 4CJUA 4K0KK 1NNEA 5KPTA 4CZIA 3S9HA 2DFFA 1KAYA 4QS9A 4BR2A 5ADXA 3TTCA 4Q0BA 3NDKA 4MFBA 4FO0A 3M8QA 2NRXA 4RCHA 4YDUC 3IDHA 1GLCG 5BRDA 1X3NA 3QB0A 2VG7A 4AH9A 4OO1J 2IGIA 4FW1A 4IJAA 1KAZA 4M7YA 3VEZA 3VQ5A 3JSMA 1VQNN 3SQ1A 1K8AO 2JLEA 1NG9A 1QHAA 2UUBK 3CMEN 3TANA 4FPAA 3LAKA 4LSNA 1KLMA 3MWTA 1YIJN 1RT3A 4A5BA 4JKFA 4BACA 2PBDA 3PO4A 4NCGA 4CJPA 4KB0A 3U4LA 2ZGZA 3AVMA 3C0BA 1GLEG 3TAQA 3SAHA 1KRPA 2F9TA 3P38A 2E2PA 1VSFA 3WXLA 1C0TA 5CYMA 4TSXA 1VK0A 4CJFA 3KLIA 4DSFA 3TU5A 1Z05A 4DWIA 1MU2A 3MX5A 4LF7K 2UXCK 2QXFA 1NJIO 1NWKA 4B08A 4A2AA 4DQPA 3OS0A 2ZF5O 2P5GA 2HBKA 3UKUB 2W42A 5DK5A 2P1JA 4AF1A 3EY1A 2VWBA 3M3ZA 3KK7A 5GIOA 1ILYA 3WNHA 3AVCA 4IZ9A 3G25A 3TWHA 3SBTA 3CCRN 3HK2A 3HYFA 2P9SB 1XHZA 1HKGA 3SQ4A 1NOZA 4CJQA 4CJ4A 1J6ZA 1Q7YO 1VRTA 3L3VA 5ADXH 3HPOA 3VF4A 3AVBA 1M90O 1YTAA 3KZBA 1U45A 4CHZA 5AQPA 1T6CA 2FBXA 4IEEA 1ZXOA 4CHPA 4KI6A 5KPZA 1WSGA 4DR3K 1WAFA 1OH5A 3DXMB 2FBTA 3VA3A 4HUFA 4B1ZA 3OYKA 4WF9L 4CGGA 3KKRA 3QLHA 5J2MA 3THYB 4K8XA 4I2QA 2PY5A 3OA9A 3CC2N 1Q9YA 4YOXA 2FBYA 1YTUA 3WXKA 1X9MA 3AO2A 2O8DB 1DLOA 3WNGA 3RMBA 2KTQA 4B3RK 2FF3B 2Z1GA 1BU6O 4NB4A 2RPIA 1U49A 5KQDA 3VQPA 1Y64A 4O4GA 1QVGM 2G8KA 1Q81O 4GVEA 3MWPA 3HM8A 4BRFA 3LM9A 3WXMB 2KZZA 1YJ9N 1BWFO 2VGMA 4IEIA 1M1KO 1DEJA 3RRGA 1GLFO 1DT9A 1ZBIA 2E6LA 2DPNA 4JNEA 4Z4HA 4M3UA 4CK3A 1RGIA 3SV4A 2CGJA 4I6MB 2KLAA 3AVNA 1L3UA 3HL8A 4MO5A 3L6QA 3O80A 5F2RA 4X66K 4KHQA 1RBRA 1YJNN 5LL6Z 1HJOA 1SUQA 1BCMA 4H8KA 1OH7A 3U9DA 1V4SA 2A3ZA 1TUYA 4JKAA 1MWKA 4YOTA 4FK0A 2QWNA 3CJ7A 4CF9A 4MDAA 5LJWA 2OPSA 2AJQA 5F0XA 4FK4A 1IBKK 2P9PA 3AARA 3K59A 1BA0A 4LF8K 3A5OC 3WUHA 4N5SA 4FJGA 3ZSXA 4O5BA 3V1QA 1BGXT 2HBJA 3BDPA 4H5VA 1VSEA 2HW3A 2OANA 2QWRA 2OTLN 4CZEA 1T05A 1QZ6A 1LW2A 4E0DA 1IG9A 3QEVA 3MEDA 3T3FA 4CCHA 4A59A 4CJEA 1NJWA 3F73A 1ZBLA 1JKHA 1VQ8N 1Q86O 4DTMA 3AA3A 5FPDA 2YX6A 3T7ZA 1VQON 3ZT4A 4FWKA 3HVRA 4AM7A 1HYVA 3D2EB 4O5FA 3VQ8A 1JLQA 1GLLO 3PX4A 3J80O 1SZ2A 5C10A 1XUPO 5AJ3K 3CJAA 3L3UA 4C8NA 4HTLA 1UOCA 4CD1A 2O8FB 4Z4CA 4AHTA 2E5LK 3THXB 4OX9K 3FLCO 3F5TA 1D4XA 2AP1A 4IG3A 4DLEA 4L3QA 3MN6A 4IFEA 4HUGA 2E1YA 4Y1CA 4CHNA 3CMAN 1NGBA 3MAQA 4GV6A 3I0RA 4JI7K 4ELVA 2Z1HA 3AGRA 3C6HA 4ZTFA 1XMOK 4JK8A 5BR8K 3TABA 3C95A 1IKVA 3CCJN 1GOBA 3O1BA 3K9KA 1ASVA 1TL3A 5AZIB 3VEVA 3UKUA 2YNIA 4OLBA 5FLXO 5AFUA 3ZYYX 3C6TA 2F7TA 3W0LA 1H1VA 1BL3A 3VEOA 4B1XB 4B3TK 4IOAL 1HX1A 5AQIA 3G6EN 3KLEA 5GAGP 4DV5K 4HWIA 5C12A 3D45A 1BDGA 3VTIA 3LAMA 1DKGD 1NKBA 3CCLN 3B6PA 3QERA 3NF9A 1YAGA 5I3UA 3TAFA 3ZETB 1KVCA 1QQMA 5TKYA 3NF6A 3RMDA 1A5WA 1ZYQA 3DXKB 3QFPA 3CQ8A 3VQ6A 4WQ5C 1NGDA 3HVTA 1NK9A 1RDWX 1NKCA 3VMFB 4K8ZA 3DXMA 3L2WA 1VSDA 2XY8A 2D4WA 3AVLA 3DRRA 3NVKA 1RT4A 5GIPA 2NUBA 1BO5O 2BUPA 1BQNA 3THYA 2IDOA 1TK0A 1VSKA 3H46O 1U2VB 2F96A 3OTOK 2ETJA 1RBTA 3WNEA 2RHKA 4H0PA 3AVGA 3ID8A 3DLRA 4HHTA 2OA8A 2O8DA 3RR8A 4A57A 4DG1A 4M3XA 4CIEA 1EXQA 3M8PA 4E7JA 2W41A 2Z1IA 4M42A 3HT3A 4FJLA 4FZZA 1Z6RA 4DU3A 3I55N 3DLLL 3PV8A 4PQUA 2YHAA 3HP9A 3CXCM 5AQYA 5FRNA 2O8CA 5JVHL 2OPPA 4FYDA 2UXDK 3DRPA 3ULEB 1JLFA 4OLAA 3SJHA 3T1AA 1HYSA 2P9KB 4KRFA 1J53A 4J2BA 3C65A 2G8HA 4H5NA 4I6MA 2KHOA 4GVMA 5AFUH 3QEWA 3OVNA 4C1NK 3NGZA 5HLFA 3FFIA 4HCBA 1J9AA 3TSPA 3U6FA 3L0QA 4ISGA 2KQ2A 3SBGA 1IH7A 2BE2A 4BG9A 3IAYA 2YHYA 1XC9A 2E2OA 4JYAK 3VGKA 1X9JA 4BE1A 3NBPA 3O4WA 1NGCA 4FOEA 4IJNA 3ZT3A 3VEWA 4DQ8A 1S9GA 4M7XA 4CFAA 5AQHA 5JS2A 1RT7A 2YNFA 3CYMA 4NXNK 1VSJA 2ZQBA 1HPMA 3W3DA 1SAZA 4DTXA 4DV3K 1SQKA 4E1NA 4RTFD 3VTHA 3SLCA 5BRFA 2D0CA 3L2QA 1B9DA 4OPJA 4FJ5A 4RW9A 4CEOA 4CBWA 3VOVA 2V52B 1JLGA 3RR7A 4BWMA 1ATRA 3E1YA 1XWLA 1TL1A 4O8UA 2QWPA 1LCUA 5FPNA 4CJ5A 2YCHA 5E41A 3EEQA 5KRTA 4B8AB 4EZ6A 1J5OA 2BH1A 2KW4A 2F8TA 4K41A 3ASMA 5LMUK 3K0SA 4CEFA 1EKEA 3CJ1A 4V19S 4H5TA 4DF8A 1LV5A 3MEEA 3ENOA 1NU0A 4EIAA 4DFMA 1S1XA 2P9NB 3CQYA 3D2EA 2LSNA 3CHWA 3EE8A 4CZKA 4DS4A 2QM1A 3V1RA 1GLBG 1YVUA 2ASPA 1C1BA 2P9UB 4GW6A 3O9SA 1JLBA 4PKHA 1HKBA 3K58A 4OKJA 3NH1A 1RTHA 4DTOA 5BPLA 2O8FA 4IKFA 1P90A 1GLJO 5ELZA 3GE1A 4IXCA 1X9SA 3JS6A 1WBDA 3QEPA 5D3GA 2HF3A 3O9UA 4DF4A 2G8FA 4DV2K 4IWVA 5BPMA 2W6LA 1MWMA 4JK9A 3P39A 3F9KA 1TAUA 2YNGA 3ZEUB 4FLYA 4ILJA 4WYBA 3JXUA 3DJCA 5J2PA 5C42A 3P83D 3SAGA 1YXQA 4FWMA 1HUXA 3FGUA 1RCHA 4MLEA 3A5NC 4BG8A 3HSCA 4H0TB 5AZIA 1D8YA 4KI4A 2HSTA 3E9OA 3P4IA 4KTZA 3IUCA 4LC9B 2DY4A 4CFCA 1YJWN 3AA5X 3CI5A 2QWQA 2HNDA 2QXLA 4FL9A 4J2AA 2NRWA 3I56N 3THVA 1EO1A 3RVCA 2ZD1A 1CXUA 3PX6A 3OBWA 2OPRA 3AVAA 4X62K 4BREA 3CPEA 4FWSA 3S3OA 4BE2A 2CH5A 4F2SA 4CJWA 1ZBHA 4WQ4A 4PWDA 2P9LA 3AVFA 3ZETA 4O8KA 3G10A 4EHUA 3I8DA 1WSEA 4CGJA 1S1VA 4KKOA 4W5QA 3H1QA 3V9SA 3QINA 3P5JA 4U67L 4B9MA 3U9ZA 4M45A 2ZE2A 2D5RA 5HRPA 1NKEA 4BC2A 4H4OA 4KH4A 2GUPA 2D0PA 3LPTA 1BIZA 4CJTA 3FE1A 3UKRB 1U2VA 5A2QO 3V6DA 2GELA 4FZYA 4CK2A 1OH6A 1HPZA 2BTFA 3WQTA 3OYJA 1CXQA 1T44A 2A6AA 3R1XA 2E2NA 2G8VA 3KK3A 4JKEA 4M3RA 4HUEA 2HHXA 3E66A 1WB9A 2GTDA 4YORA 3CM5A 2YNHA 3PX0A 2H3GX 1LAWA 3ALYA 1SV5A 1WSFA 2E8AA 1S3XA 3ULEA 2ZM6K 4MLHA 3OYCA 1IJJA 1V4TA 2P9KA 2OPQA 4LH5A 4BRQA 3NE6A 4NXMK 1SL1A 3E01A 4RW7A 3TSUA 2JWKA 5FROA 5C2FA 1GOCA 2B4JA 2UYTA 2GX9A 4IBNA 3L2RA 4BGAA 2IOCA 2VG5A 3OYNA 1IBMK 2OZSA 4LH4A 1RDBA 2P51A 3A0IX 1D9DA 3ID6A 3HTVA 3DLKA 3EKSA 4YOYA 3CFPA 5C24A 2R7YA 3AVJA 3WQUA 3V4IA 2XO7A 4BRLA 4CJ3A 3OS2A 4L8RB 2I7NA 4DSIA 3MCAB 4CEAA 3J81O 4JS4A 5AQVA 2XY5A 2RKIA 2HBMA 3NGYA 3LDLA 4CFBA 1RT1A 2DFHA 1L3TA 1I3AA 5JVGL 2A1RA 4B3SK 3RMAA 4JD2B 1C0GA 4H0OA 3CFRA 2XY7A 1LWEA 3MX2A 3IG1A 3KD5E 4DUZK 2VWKA 4AHRA 2WTUA 3V81A 3VQ9A 1OVYA 1VQMN 1NK8A 3A5MC 1HNIA 4CD3A 4N56A 3KJVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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