5DM7L

Crystal structure of the 50s ribosomal subunit from deinococcus radiodurans in complex with hygromycin a
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGKLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystallographic characterization of the ribosomal binding site and molecular mechanism of action of Hygromycin A.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S ribosomal protein L1
molecule tags Ribosome
total genus 18
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5dm7L01
1Q81O 3DLLL 5GAEP 4U67L 1K73O 1Q82O 1KD1O 5DM7L 3I56N 3CCLN 3CCVN 1M90O 1S72N 3G6EN 1K9MO 3CMEN 5GAHP 1YITN 1VQ8N 1NJIO 3I55N 3CCUN 1KQSM 1YHQN 1YJNN 1KC8O 2QEXN 1YJWN 5GADP 2ZJQL 3G71N 1YI2N 3J7ZO 4UY8O 3G4SN 1N8RO 4WFAL 1VQ4N 1VQKN 3CCSN 4IOCL 4WFNL 3CMAN 4WFBL 1VQMN 1OVYA 3PIOL 2ZJPL 3CCMN 2OTLN 5DM6L 1QVGM 3PIPL 1Q7YO 3CCJN 1Q86O 5GAGP 5JVHL 3CCRN 1YIJN 1VQ6N 3CC4N 3CPWM 1ILYA 3CD6N 3OW2M 3CCQN 3CXCM 2ZJRL 3CF5L 4IO9L 1VQNN 3CC7N 1YJ9N 3CCEN 4WCEL 5MLCQ 1QVFM 1M1KO 1JJ2M 3CC2N 1VQLN 4IOAL 1K8AO 5H1SQ 4WF9L 1W2BM 1VQ5N 5HL7L 1VQ7N 2OTJN 1VQPN 2QA4N 1VQ9N 5JVGL 1VQON
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2WC9A 1IBMK 4CHPA 3SYZA 1NK4A 2E1ZA 2QKBA 4JYAK 2R7YA 3K5NA 4W5QA 4XH1A 3RMBA 3TABA 4OPHA 3VTIA 3NGZA 4YOWA 2F9TA 3CCVN 1SV5A 3MX5A 3CMEN 3NF6A 3QEPA 3HOSA 1U4BA 4OO1J 4FYDA 4B1VA 2E1YA 2GV9A 1R0AA 3UKRA 2QW9A 1ZC6A 3KK3A 4CIEA 4GV6A 1TL3A 3AGRA 3L0QA 4HCCA 3TAEA 3WEEA 3EKUA 3N4QA 4DSLA 1C0TA 3GOIA 4B1XB 3SPYA 2YNFA 4ELVA 2ASPA 3VERA 3OYJA 4DR3K 3DXMA 1GLDG 2FXUA 4BQZA 3QO9A 3WXKA 3MXJA 3DRSA 2I7NA 4QS9A 4CHYA 3LDPA 3VF4A 4JHDB 4WFBL 5J2PA 1TUUA 4FZZA 1DTQA 2OTLN 3AVGA 3E9LA 4FVMA 5AQWA 4RTFD 1RDCA 3PIPL 4KI4A 1V4SA 4XH4A 2HHQA 4IFEA 5AZIA 3FZMA 4FWLA 2VGMA 3HPOA 2JWLA 4CHZA 1BWFO 3K5OA 4B1ZA 1UOCA 5FRMA 3LDQA 4CJ7A 1NOZA 1NGDA 1BA0A 3LAMA 4CF2A 4CGIA 4BG9A 3OYFA 3K5MA 2RHKA 3M8SA 2W6LA 4J2EA 2E88A 4M7XA 3KHYA 3ZEUB 4PUOA 4M3TA 1YJ9N 3NVMA 1ZYQA 1NKEA 5KQ8A 1QZ6A 4IOAL 4HUEA 3IS9A 1G15A 4FWPA 5H1SQ 4WF9L 3NHGA 1W2BM 3ATUA 5BRFA 3R3LA 4CECA 1VQ7N 1RBSA 3SQ4A 3LM9A 1TAUA 5AQUA 1QZ5A 2YNGA 3EKSA 4DV2K 3P83D 1CZAN 3OYLA 3CHWA 3L8BA 4CW7B 4BRQA 3AO2A 2RE2A 3OYAA 1RNHA 5M1QA 3WNGA 4OX9K 3VQBA 3MCAB 3VQ8A 2Z1GA 1BU6O 3VN5A 4BDZA 2ATQA 4I9LA 3THWB 2ZGYA 4DSKA 4FJHA 5K14A 3Q7BA 3NH2A 4AF1A 1S9EA 3U3GA 4CZEA 4M3WA 1VRUA 4CGFA 3V1QA 4DR7K 2QEXN 2Z1IA 1NMDA 5GADP 4CJFA 5BREA 3SV4A 3UB5A 3AAQA 4YDUC 4JKAA 3GDQA 3CCSN 1C0FA 3I0RA 3CMAN 4CJTA 2YHXA 1EETA 1C0GA 4K25A 1NGEA 1OVYA 3L2UA 3HOTA 4H0PA 4LD0A 4M3XA 4BREA 1GOBA 2AJQA 4E7JA 4C1NK 1SL1A 2Q2RA 3BEXA 3OBWA 1D5AA 5AQLA 3RMAA 3MCPA 4BRHA 3BF1A 1B9DA 4LF4K 1HKGA 1VSEA 3KK2A 4H0OA 2QTDA 3A5MC 3AVBA 4FL9A 4ISFA 3ULEA 4OVLA 5TKWA 2D4WA 3CF5L 1K8KB 2YNIA 1O1WA 1QSYA 3EO3A 4BC5A 1JLGA 4B3TK 2O8CA 1MDUB 3TPQA 2P9NB 4EIAA 3NH1A 3O9QA 4Z4GA 4ISEA 1HYVA 1GOAA 3RTVA 1Z26A 2GUIA 4IDKA 1FKPA 2YHYA 3LP0A 4ZHRA 5HBMA 4CERA 2NZTA 4JAXA 3B6PA 1S9GA 5KI6A 2QA4N 2HF3A 4W5NA 4Q0BA 5CR4A 3LP3A 1VQON 1J53A 4M3RA 4DR2K 1BIZA 1BG3A 1T05A 3THWA 1TKZA 4CJUA 3M8QA 3DOLA 3RMDA 5DM7L 4BE0A 5J2QA 4JLHA 3H08A 3AVFA 4DFJA 2BDPA 4H4MA 4F9OA 3VQDA 3AA2A 1FK9A 1J5EK 2HBJA 5M1OA 2QXFA 4CEQA 1S6QA 3CYMA 2GELA 4OLBA 1X9WA 3O1WA 2VYPA 3VQCA 1IJJA 1GLJO 4DFMA 2YJFA 2YJEA 3BUZB 3OYEA 4EZ9A 1N8RO 4JRQA 1ZBFA 2Z1HA 4KH6A 2O8EB 4IJNA 4BR7A 3QERA 2CGLA 1NJZA 2GWJA 1NOYA 4BRPA 1TGOA 4GNIA 3CJCA 3HTVA 4AHRA 4ID1A 5LL6Z 4MDAA 4M3ZA 2DTUA 4KTWA 2E20A 3DXKA 1CXUA 2IOCA 3ZSZA 3D6RA 3ZSOA 3HP9A 3NCIA 2D5RA 1Z25A 3U9ZA 2P9NA 4K41A 2FLOA 3ID8A 3MEEA 3LAKA 5GIOA 1KXPA 1TK8A 2OANA 5F2RA 5EXWA 4DMNA 2OPQA 3O80A 3U9DA 4I9QA 1HUXA 4DFPA 3I0SA 4Z0UA 4GVMA 3TAFA 2XY7A 3JXUA 2GWKA 1YXQA 1NWKA 4WQ4C 3LWMA 3M8PA 2D0OA 4H5RA 4CK1A 4PQUA 2BH1A 1L3VA 4OKKA 4E0DA 3MN9A 5C42A 4FJMA 4DHYA 3H1VX 3M8RA 4O8UA 3O4QA 3DLKA 4BWJA 4GY2B 5GAGP 1WSHA 1NMNA 3S3OA 3LDNA 1U2VB 4M3UA 5FPDA 3SPZA 1NK5A 3CCLN 4CJSA 2ZGZA 3TARA 4AM6A 3AV9A 3KZBA 3C6AA 4CESA 1VQ8N 1NJIO 4FWKA 3IAYA 1ZXOA 4JI6K 3IUCA 3A5NC 4BR4A 4DQIA 5AJ3K 3C6HA 4B9QA 2HHUA 1U45A 3NGIA 2O8EA 2XY5A 4FLYA 3ZT0A 3QIOA 2A41A 1WAFA 3T1YK 3EEQA 3SBGA 2HNDA 2WTUA 2PY5A 3TSUA 1HQEA 2E8AA 2BANA 4LFCK 1X9SA 1XWLA 1JLCA 4IKFA 3SNNA 4FWRA 3SI6A 1BHLA 3CQXA 4IFVA 4HUGA 5TKYA 1GLCG 2HHHK 4FOIA 2P9PB 4CZGA 1U49A 1XHXA 5AQGA 1J5OA 3O3HA 4BGBA 5M1KA 1Q86O 3HRGA 5C10A 4FPBA 2IS3A 3L2RA 1WSJA 5SWMA 2D0PA 1TK0A 4KI6A 4O8KA 1Q18A 2ZJRL 4YNQA 1NLVA 3RMCA 3GL1A 1NGHA 3F2KA 3KTQA 5AQTA 3K9JA 5HLFA 4AH9A 4NCGA 4Q5VA 4JI0K 1QSSA 1VSDA 4H0YB 3CI5A 5AQYA 4KTZA 4HCBA 4J2BA 1OH6A 2KHOA 3CPEA 4CJ5A 1GOCA 1WNSA 3DAWA 4JN4A 4BE1A 2UXBK 3THYA 4B9MA 3J7AP 3OY9A 5I42A 3DRRA 3CC4N 4LSNA 3ENOA 2HVIA 3SQ0A 2FSKA 4U67L 1D8YA 1S5JA 4H5NA 3H3NO 4F3TA 4KFBA 2P9IB 1S72N 2OCEA 2LSNA 3CIPA 4LC9B 1KLMA 2ITMA 2XO7A 2VQEK 3AVAA 4C8MA 3CCUN 4H0VB 4ILHA 4DLEA 4CZMA 3C0BA 3FLCO 4FZXC 3I8DA 5EY4A 5JICA 4KHWA 4NCBA 1EO1A 3MECA 4IZ9A 2VGNA 2NRTA 2NLXA 3DRPA 3G71N 1HNZK 3DWLA 1NKCA 3V81A 1OH8A 2X74A 1RT1A 5AR0A 2RKIA 1J9AA 5I9EB 1R59O 4BRAA 3LL3A 4YFUA 4IOXA 1N32K 4O55A 4RG8A 4E1NA 2P9PA 4KHUA 3ASMA 3DLGA 4E19A 3NMUA 2KQ2A 3EE8A 5M1FA 4CEZA 4M41A 2UUCK 1EWQA 4A62A 3NGYA 1S1TA 5HRNA 4O5FA 3CETA 3VF6A 4HUFA 4CIFA 4H03B 4KH5A 4CGGA 3MN6A 3D2FB 4BRCA 5AQKA 4FLWA 3CERA 1YIJN 2VQFK 4CD3A 3G25A 1ILYA 3CD6N 3V9SA 4JKDA 3JSMA 3CJ7A 3L2WA 4IO9L 1JLQA 2ZD1A 3WXLA 4BC3A 4JKFA 4DV6K 3LZIA 5M1NA 4Y1DA 3RSEB 4FJKA 3QFPA 1E3MA 4PA1A 4CJ3A 3ZT1A 2NRZA 4MFBA 3NF8A 4H0TB 2OPSA 3T7ZA 3NBPA 2OA8A 2OTJN 3U4LA 5AZIB 4KAZA 4CEFA 4AHTA 2UXCK 4IG0A 1IBKK 2UXDK 2ZWHA 5J1EA 1D9DA 4DSEA 4DLGA 3AVMA 3NAEA 2FBVA 3O9RA 1IKXA 1TKTA 1N34K 1KLNA 1JLBA 1Y64A 3VQEA 3TR8A 5EVZA 3R9PA 4HHTA 1QQOA 3OS2A 4BRFA 4KRFA 2X6SA 3HYFA 4WQ5A 3NF7A 4BROA 1W97L 3O08A 3MXMA 4B9NA 1VAZA 3S9HA 2QWQA 3RR7A 2F8TA 2D0BA 4CE9A 3OYMA 4F4KA 5BPNA 4EFHA 3TAMA 5BN9A 3SAHA 4H0XB 2ZE2A 3QLHA 1MU2A 4KHNA 4FWSA 2F8SA 4C1NI 5E84A 1JXEA 2Q97A 1WN7A 1GLFO 4YOYA 3D2FA 1TV6A 3H46O 4O44A 3DLEA 5C2DA 3FFIA 3HJFA 3W0LA 4IXCA 2Q1NA 4JD2B 4XEIA 1ZBLA 2P9KA 3EZ5A 3OW2M 1DGKN 3RSEA 2W40A 4DQSA 2IDOA 1Q9XA 1C1CA 3IRXA 1VQNN 4B9UA 3NFAA 5BPLA 2KZMA 3D7EO 3SV3A 3P4IA 4DTOA 5AQSA 4CFDA 3QINA 2D0CA 1HNXK 2P1JA 4KHYA 4PL7A 1L3UA 1HPZA 4GMJB 3V9WA 2HNYA 2KFZA 3HZ6A 3NH0A 2HHXA 3DI6A 1XHZA 1SKRA 3ULEB 1W9HA 3HP6A 4CEEA 4CIGA 4B3OA 3VEWA 3OYHA 1NGBA 3E01A 1NK9A 2XY6A 1K73O 4F2RA 1Q82O 4OPAA 1RFQA 4X65K 1DEJA 3AO1A 1NJWA 4CJLA 1ATSA 2CH6A 1M90O 1LWEA 2O8CB 3PV8A 1BQNA 4MLEA 4BDPA 1NKBA 4WE1A 3QEVA 3LDLA 1RDUA 3SJJA 3HT3A 2AP1A 4CFAA 3ZSXA 3H3OB 3S41A 4LFBK 1QE1A 1YJNN 3CJBA 5CHIA 1B92A 2IVOA 4DCHA 4YORA 1KAXA 3IKMA 3M6GA 3WNHA 4B9SA 3BF3A 1KAZA 3VGKA 3QBWA 4V19S 4CF1A 3D45A 2JLEA 2EWSA 5AQPA 3KKRA 4K0KK 2Q0UA 4KV8A 2HF4A 1SL0A 4JI2K 1JKHA 2G8UA 5C24A 4BY9C 4HTUA 1FKOA 1NG9A 4CGJA 3RRGA 4JD2A 3SAGA 1TVRA 3R8EA 1B9FA 4E1JA 1WSGA 3IDHA 1IKYA 3ENHA 3H6EA 4CEAA 1HNWK 3J80O 1MWMA 4DTMA 4NXNK 1RT7A 4X62K 3CXCM 1RDDA 2RPIA 2O8BA 3NF9A 4W5RA 4PKHA 3C7NA 3O9UA 1OKJA 3AO3A 4PKIA 3OVNA 3CJAA 1TK5A 2VWJA 4Z4FA 4FJGA 1S1VA 5C25A 1S1WA 3V6DA 4H5VA 2QI2A 4CHNA 3RRHA 4YHHK 4KHPK 3U8XA 3SUPA 5FDLA 4GV3A 4CHQA 4DG1A 3DXKB 1Q81O 5GINA 1RDWX 1Z6RA 4C8KA 3DLLL 4CBXA 3O9TA 2CGJA 4CGDA 1WSFA 3AA5X 4N76A 5KTQA 1JCFA 1IH7A 3VOVA 3A8YA 3CQ8A 3FR0A 4CZFA 4MQ3A 2X6NA 1ZBIA 4FO0A 4DR5K 1YVUA 3OA9A 1EKEA 4FW1A 1N6QA 2ZQBA 1U6ZA 4FJ7A 3VF2A 3P5JA 1KQSM 2FSNA 1RTHA 4YOTA 1HYSA 1FW6A 4RW9A 3EE9A 5EU7A 5JLHA 3F73A 2OZSA 5KGWA 4A5AA 1NJYA 5AQNA 4K8ZA 4BE2A 1I3AA 3G0ZA 3ATVA 2P9LB 4CF0A 3CQYA 3V9XA 2WFBA 3PLAA 4CZJA 3ZSRA 2Z1JA 3Q7CA 2XY8A 1CXQA 4CD1A 4BRNA 4BGAA 3J81O 1KVCA 2YKMA 3GG4A 4DR4K 4A2AA 3MEDA 2HHTA 3ZCMA 4FXDA 3O9SA 2NRWA 2YCHA 1ESVA 3O1BA 3P31A 1BIUA 1YTUA 2G8FA 3CM6A 4OKJA 3MMVA 3TAPA 4FJ5A 4JKEA 4O0JA 4CZIA 1UAXA 5E26A 4QAGA 3VQPA 5AQZA 1HR0K 3ZLJA 1N36K 1X3NA 2P9SB 1P8ZA 3H45C 3S3MA 1QTMA 4DV4K 3L2VA 3VQQA 2Q36A 5MLCQ 3WXJA 1RT2A 5AQVA 4BACA 4A59A 3O3FA 3C65A 2P9UB 4CK2A 3ZT2A 3V1OA 4EHUA 2KFNA 3OS0A 1NK8A 4DS4A 5HOOA 1RDAA 1XQSC 5LMNK 4JI8K 4CZKA 4CEBA 3U6FA 1N33K 2AA4A 5AQFA 4IDHA 3O6WA 3WNEA 2A1SA 2WUSA 4NYNA 4LF6K 2YKNA 3ZX2A 1NGIA 5HRSA 3KLIA 1NGGA 1YTAA 3E9PA 4FWNA 4BWMA 3QEWA 4BRLA 3CFRA 1OH7A 4FLZA 2NRHA 4B1WB 1RTIA 1BGXT 4A5BA 1S22A 3O4NA 2A5XA 1KC8O 3KWGA 1T8EA 3B8AX 4FPAA 2ZJQL 3THYB 2P9LA 1WSIA 1KAYA 4HTLA 3TANA 1IO2A 1X9MA 5JLFA 2UUAK 2ASOA 3ZX0A 2W6KA 4B3SK 2VG7A 3A0IX 3MEGA 4PL8A 3VGLA 3LALA 4DQQA 4CFBA 4LFAK 4EP5A 2GUPA 3KJVA 3W3DA 4FLTA 3CCMN 5AQMA 4FSVA 4DSFA 4BRGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2WC9 A;  1IBM K;  4CHP A;  3SYZ A;  1NK4 A;  2E1Z A;  2QKB A;  4JYA K;  2R7Y A;  3K5N A;  4W5Q A;  4XH1 A;  3RMB A;  3TAB A;  4OPH A;  3VTI A;  3NGZ A;  4YOW A;  2F9T A;  3CCV N;  1SV5 A;  3MX5 A;  3CME N;  3NF6 A;  3QEP A;  3HOS A;  1U4B A;  4OO1 J;  4FYD A;  4B1V A;  2E1Y A;  2GV9 A;  1R0A A;  3UKR A;  2QW9 A;  1ZC6 A;  3KK3 A;  4CIE A;  4GV6 A;  1TL3 A;  3AGR A;  3L0Q A;  4HCC A;  3TAE A;  3WEE A;  3EKU A;  3N4Q A;  4DSL A;  1C0T A;  3GOI A;  4B1X B;  3SPY A;  2YNF A;  4ELV A;  2ASP A;  3VER A;  3OYJ A;  4DR3 K;  3DXM A;  1GLD G;  2FXU A;  4BQZ A;  3QO9 A;  3WXK A;  3MXJ A;  3DRS A;  2I7N A;  4QS9 A;  4CHY A;  3LDP A;  3VF4 A;  4JHD B;  4WFB L;  5J2P A;  1TUU A;  4FZZ A;  1DTQ A;  2OTL N;  3AVG A;  3E9L A;  4FVM A;  5AQW A;  4RTF D;  1RDC A;  3PIP L;  4KI4 A;  1V4S A;  4XH4 A;  2HHQ A;  4IFE A;  5AZI A;  3FZM A;  4FWL A;  2VGM A;  3HPO A;  2JWL A;  4CHZ A;  1BWF O;  3K5O A;  4B1Z A;  1UOC A;  5FRM A;  3LDQ A;  4CJ7 A;  1NOZ A;  1NGD A;  1BA0 A;  3LAM A;  4CF2 A;  4CGI A;  4BG9 A;  3OYF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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