5DMRA

Crystal structure of c-terminal domain of mouse erf1 in complex with rnase h domain of rt of moloney murine leukemia virus
Total Genus 37

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
160
structure length
139
Chain Sequence
PDLTDQPLPDADHTWYTDGSSLLQRKAGAAVTTETEVIWAKALPAGTSAQRAELIALTQALKMAEGKKLNVYTDSRYAFATAHIHGEEIKNKDEILALLKALFLPKRLSIIHCPHSAEARGNRMADQAARKAAITETPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/translation
source organism Moloney murine leukemia virus (isolate shinnick)
publication title Structural basis of suppression of host translation termination by Moloney Murine Leukemia Virus
pubmed doi rcsb
molecule keywords Reverse transcriptase/ribonuclease H p80
total genus 37
structure length 139
sequence length 160
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5dmrA00
1XC9A 1ZYQA 4BWJA 3KK1A 4ZTFA 3OYAA 4M3UA 3SQ4A 1J53A 3QETA 4OGEA 3MEDA 3IRXA 3VQ8A 3V9XA 3VA3A 4CJEA 3KK3A 4B9SA 4I9LA 4OLBA 3QEPA 3ZT4A 4DSKA 2KFNA 1RBVA 2OZMA 4O0JA 4M3WA 5JS1A 1VRUA 1WAFA 3KLIA 2Y1JA 4FJKA 3OS0A 1RILA 3AVNA 4NYFA 5HBMA 4DMNA 4DFMA 4DQIA 4RW8A 4FLTA 1TKDA 4B8CA 1ASWA 1I3AA 4LSNA 3F73A 3SI6A 3V1RA 2Z1HA 4TSXA 4HTUA 2HHSA 4B9LA 1D8YA 3TWHA 2E4LA 3V1QA 4DTMA 3EZ5A 4CHOA 3I8DA 4CF9A 3SUPA 2HHXA 4OKEA 2KFZA 1VSFA 4F2RA 1REVA 3FFIA 3MEEA 3T1AA 1WSEA 3O3HA 4EP5A 3OYMA 3M8RA 4CHZA 3HVRA 1SL2A 1NK0A 3KK2A 3AO4A 4FXDA 5CZ1A 2IS3A 2G8FA 1TAUA 4FLVA 5J2MA 4GW6A 4CFAA 1C0UA 4CEBA 3OYLA 5SWMA 3L3UA 3T3FA 1VK0A 4FJ5A 1SL0A 2DFHA 4FM0A 5CYMA 3KLGA 1NJZA 4QAGA 3K5NA 4FJGA 3AO2A 4K8XA 4DQQA 1KCFA 2DTUA 1J9AA 5FRNA 4CEAA 2B5JA 3DMJA 3ZSVA 2IDOA 3HP6A 3LZIA 2HW3A 1LWEA 4CEDA 1C0TA 5HP1A 4IDKA 4CF2A 1ASUA 1RNHA 1RT5A 3ZT0A 4ID1A 3NF6A 1A5VA 1JL2A 3NF9A 3KLFA 3VN5A 3DYAA 4DTUA 1IKXA 1WSGA 4EZ6A 4PUOA 3MAQA 2Z1IA 4BWMA 4YFUA 1EP4A 1NK8A 3OYGA 3K58A 4K8ZA 4OKKA 2F8TA 4KHQA 3ZSWA 2XY8A 1HJRA 5C42A 3L2QA 3ZT1A 3BGRA 4W5OA 1D9FA 3LP0A 4OPJA 3UIQA 4Z4FA 1TVRA 4N5SA 3MEGA 3E01A 4JS5A 4AHUA 2KW4A 4B9MA 1TK0A 4B9NA 3O4NA 1C1AA 1WN7A 4E7IA 1Q8IA 4KRFA 3DRRA 4O5BA 3U3GA 1WSHA 4CJKA 5I42A 4E7KA 2FBVA 4KTQA 3LWLA 3RMAA 1KFSA 3AO5A 4FJNA 3OJUA 3JYTA 4ZTJA 2HHTA 3S3MA 4CK2A 1I39A 3OYDA 1UA0A 4AHVA 3ISNC 4CJ5A 3D0PA 1KSPA 1KVAA 3DRPA 3TABA 3LPTA 4FJ8A 1K6YA 1RBTA 2F96A 2OZSA 3RMBA 1EKEA 4RW7A 3SUOA 4EZ9A 1LW2A 3ZSYA 4FK0A 3SCXA 1QE1A 1RTIA 3OYJA 4KFBA 2XHBA 1TK8A 3AVLA 4KHSA 2KQ2A 4M3XA 1VSDA 4N41A 4B08A 1SKRA 4FJJA 3ZT3A 5FRMA 3LANA 2PZSA 4LH5A 1VSEA 3OYIA 4Z4CA 3L2VA 5I3UA 1Q9XA 4PQUA 2KZZA 1QSLA 5D3GA 1TKZA 4YNQA 3NFAA 3HJFA 1YTUA 3HL8A 4E1NA 4RW6A 1L3VA 1SV5A 3D45A 3OYNA 4AILC 3MECA 3QESA 1N6QA 3ZT2A 4CJUA 1CZ9A 3DLBA 5HRPA 3B6OA 3TAMA 4KTWA 2RN2A 4N47A 1BQNA 4LH4A 1G15A 4HUGA 3QINA 3TAEA 4LD0A 1VRTA 3VQ5A 1U47A 1GOAA 4CGIA 3KD5E 5CZ2A 1TAQA 4OPKA 5KRTA 3PX4A 4E1MA 3HPHA 3OYHA 4F2SA 4IKFA 1TL3A 4CCHA 1KRPA 2XY6A 2VG7A 4FYDA 1BCOA 2DFEA 3AVBA 1BISA 3DI6A 2OYQA 3NGIA 1X9MA 2JLEA 1U45A 1BHLA 2VWJA 4J2EA 1CXQA 3AVKA 3O4QA 2YKMA 2HHVA 1FXXA 5K14A 3DLGA 2HB5A 1YT3A 3KKRA 4CE9A 5T7BA 1N5YA 4M3TA 2G8HA 4IBNA 4LY7A 5KTQA 3OYBA 2P5OA 4J2AA 1RT6A 3MXJA 4AH9A 4ICLA 3V81A 4C8KA 4CEQA 1JL1A 4HCCA 3WNFA 4DTNA 3ULDA 1XI1A 4DTOA 2EHGA 5CYQA 3VQBA 2XRIA 4FJXA 3MXIA 3WNHA 4OGCA 4RW4A 1DTTA 1RBRA 1ASVA 1HYSA 3VQAA 3TARA 1S1TA 2P1JA 1HNVA 4I2QA 2HNYA 3AVJA 5KI6A 3L8BA 4CIGA 3KLEA 4KI6A 4GMJB 2YNHA 1B9DA 1RCHA 4Z4GA 4FW2A 2B6AA 4DTPA 3VQPA 3NDKA 4DFPA 3SJJA 5HLFA 2ATQA 1J54A 2RKIA 3VQEA 1TL1A 3S9HA 4W5NA 2D0AA 2PYLA 1B9FA 1RT4A 4CEOA 4FCYA 4ELTA 2O4GA 1CXUA 2LSNA 3K2PA 5C25A 4B9UA 3AA3A 4H4MA 4IFVA 3QIOA 3NH0A 3K59A 1ZBFA 1KLMA 4CERA 3K5LA 4KPYA 4O0IA 4CESA 1EETA 3AO1A 4DSJA 3VQ9A 1RBSA 1RT7A 3PO5A 2OPPA 1QQCA 3DLEA 4KTZA 3L2WA 3NCIA 3PX6A 4B9VA 4C8LA 1SKWA 3CM6A 4B8AB 4ELUA 3VQ4A 1FK9A 1X9WA 1T03A 4BDPA 4J2BA 3V9WA 4M45A 3CM5A 3DLKA 4ID5A 1X9SA 4E0DA 2G8IA 4PY5A 2YNIA 3I0SA 4CGDA 1BIUA 1KTQA 1NKCA 1Q9YA 1CLQA 4OVLA 3G0ZA 4CF0A 3SYZA 4KHWA 1CZBA 1VSIA 4DFKA 3U6FA 3VQ6A 1LAVA 1S1UA 2RPIA 4G1QA 3VQ7A 1JLCA 3ZSRA 3L2UA 2G8KA 1NKEA 3KD1E 4CEZA 1A5WA 3C6UA 1TGOA 4O4GA 4NYNA 3WNGA 4M3ZA 2WONA 1KVCA 4F4KA 2BE2A 5DK5A 2FBXA 2KZMA 2HNZA 4FLWA 3A2FA 3OY9A 1WNSA 4DS5A 4O55A 3AVHA 3KIOA 4E7LA 4Z4IA 1JLAA 4KO0A 3DLHA 1C0MA 4CF1A 4FK4A 4FW1A 1T7PA 2OA8A 4L8RB 1S1WA 3P1GA 3ZSOA 2ZD1A 1HYVA 3NF7A 4H4OA 4H8KA 4IG3A 4AHCA 3PV8A 1U49A 1NK7A 4DSIA 1VSKA 4CHYA 1VSMA 4RW9A 2E6MA 1LWCA 4CECA 5J2NA 4R5PA 3NAEA 2YHBA 3OYCA 4E89A 1JLFA 2X78A 3L2RA 2QK9A 4C8NA 3HK2A 2GV9A 1JLBA 3NHGA 3C6TA 4MFBA 4CJLA 4FLZA 3SUNA 2YHAA 3RRHA 4CK3A 1L5UA 1D5AA 1RDBA 1U04A 1WLJA 4OJRA 4CHPA 1XHZA 1JXBA 3NF8A 1BL3A 4CGHA 3ZSZA 2XY5A 1UWBA 3ZCMA 1QTMA 3LPUA 1JLQA 1VSHA 4DFJA 3AV9A 3SZ2A 2VG5A 3RR7A 4BDYA 1F21A 4DLEA 1FKOA 2RF2A 4DLGA 1IKVA 4WE1A 2E6LA 2IAJA 1L3TA 1KFDA 3SV3A 4CJ3A 4FJHA 2AJQA 1BI4B 4N56A 3QEIA 1S6QA 5SZTA 4PWDA 4HVJA 1NOZA 5EU7A 4Q5VA 3HO1A 4KHNA 3JSMA 3WNEA 1TK5A 4JS4A 2Q3SA 3B6PA 1RTJA 2YNGA 1T8EA 5HRSA 3LAMA 5J2QA 1VSJA 3HVTA 4BDZA 2HNDA 3S3NA 3EYZA 4AHSA 3TR8A 4EP4A 3HXMA 3OVNA 3RMDA 2Y1IA 1WSJA 1KLNA 3QIPA 3QLHA 3PO4A 1RDCA 4CJVA 4ZHRA 1JLEA 1QHTA 3DRSA 3HP9A 4HHTA 2OPSA 4AHTA 1XHXA 5E41A 1T05A 3AVFA 2PYJA 1ITGA 1SL1A 4N76A 4Z4HA 1QS4A 3KKSA 4MQ3A 4C8MA 3RTVA 4CIFA 4KI4A 3TAGA 2X6NA 2OPQA 3ZSQA 4BE2A 4FLUA 2QXFA 5KGWA 1NK9A 3KTQA 4E7HA 4J2DA 4QOZB 1RTHA 4O44A 1BGXT 4CIEA 4DU4A 1NJWA 1S1VA 1UA1A 1S9EA 5HROA 2D0BA 1NJXA 1D9DA 1ZBIA 3AVMA 4F3TA 5JS2A 4W5TA 3AVIA 5HRRA 1SUQA 1A5XA 1IO2A 3HPGA 3CQ8A 2D0CA 4IG0A 2F8SA 3ITHA 4OLAA 3M8PA 1NKBA 2OPRA 4GVMA 4CJWA 1VSLA 1GOCA 4DTRA 2YV0X 1WSIA 4CGJA 3TAPA 4W5RA 3NGYA 4F3OA 4NCBA 3LP3A 3L3VA 3M8QA 1HNIA 4RG8A 1NOYA 4B3OA 4KHUA 4FZZA 4CJQA 3RMCA 1SKSA 1RDAA 4CFBA 3CFPA 1LW0A 2XO7A 3QEXA 3OYKA 4KHYA 1JXEA 1S5JA 2I5JA 3K5OA 2HVIA 4Z4EA 2DY4A 1L3UA 4DU3A 2FBYA 2BANA 3T19A 4E7JA 2YNFA 3SQ1A 2FC0A 4CJFA 4I2PA 3SQ2A 1U4BA 4M41A 4CHNA 1C1CA 4DG1A 4DSFA 2ETJA 2HHUA 1IG9A 4OKJA 3QEVA 1QSSA 5CY4A 3AA5X 3HT3A 4JLHA 3V6DA 2DFFA 2WOMA 3OS1A 3TANA 1TKXA 4Q0BA 3I0RA 3SV4A 2HHQA 2FBTA 2VG6A 4UQGA 4FJIA 1BQMA 4CJSA 4FLXA 4W5QA 3LALA 5FROA 3K5MA 1ZBHA 1JLGA 3DOLA 1RT2A 1MU2A 4CEEA 4CFCA 3TAFA 1GOBA 3LP1A 4DF8A 2D5RA 3DOKA 3O3GA 3CFRA 3SPZA 5C24A 1NJYA 2A1RA 1UAXA 2GBZA 2HMIA 2PY5A 1B92A 1HYZA 3QERA 2QKKA 5FDLA 4BE1A 4I9QA 2NUBA 3TAQA 2A1SA 4CGGA 2R7YA 4B9TA 3OYFA 4KB1A 3HPOA 4FVMA 4CK1A 2W42A 3U3YA 1J5OA 4CGFA 4FJ7A 1HPZA 3NBPA 1W9HA 4M3RA 4F8RA 2P5GA 1W0HA 1RDDA 4FM1A 3PX0A 3DM2A 3VQQA 1RT3A 1DLOA 4DF4A 4E3SA 4CF8A 2HVHA 4BACA 4FZYA 1IKYA 1DTQA 1UOCA 1FKPA 4CJTA 1L3SA 3LDSA 4JRQA 3V1OA 2HHWA 4CJPA 3RR8A 3QNOA 2VWKA 2B4JA 1RTDA 4CFDA 4HCBA 3IG1A 5KGXA 3SPYA 3ZSXA 4CEFA 2G8WA 3BDPA 4KAZA 3AVGA 3TI0A 4DTSA 3KJVA 3SNNA 4FLYA 3LP2A 3V9ZA 1JKHA 1LAWA 1Z26A 4DQSA 4FZXC 4DS4A 1YTAA 3HYFA 1WAJA 1KVBA 3RRGA 3OS2A 4CJRA 4M42A 1QSYA 3V9SA 4KB0A 4FK2A 2O4IA 1ZBUA 4CJ4A 3V4IA 2GUIA 3KLHA 1NK4A 2Z1GA 4FM2A 3VA0A 1U48A 1NK6A 4JRPA 1S1XA 4QCLA 3DLRA 3ALYA 3OYEA 3QNNA 5J1EA 2KTQA 2P51A 4XIUA 3THVA 4Y1CA 3AA2A 3H08A 3V9UA 4DTXA 2JGUA 1BI4A 1YVUA 4NCAA 4Z0UA 3SUQA 1HMVA 1HRHA 4LSLA 1C6VA 3HSTB 4DQRA 2ZQBA 3P5JA 3EY1A 1R0AA 4FJMA 3IS9A 3NH1A 5KRSA 3P83D 3CYMA 4PA1A 2ITGA 1S6PA 4KV8A 3HM9A 3SQ0A 3OJSA 3LZJA 4DSLA 1IKWA 3PUFA 4IFYA 1HQUA 1LWFA 2IOCA 3ASMA 3NE6A 2YKNA 3IAYA 3C95A 1X1PA 3MXMA 4HUFA 1EX4A 3F9KA 2X6SA 3AVAA 1TV6A 3NGZA 5HRNA 1EXQA 3M8SA 2EX3A 4AHRA 1RT1A 4FJLA 2IC3A 1Z25A 2ZE2A 4BE0A 1O1WA 3O3FA 3AVCA 3LAKA 1BCMA 4DSEA 1RBUA 1BIZA 1C1BA 2BGGA 3G10A 4I7FA 4DQPA 4DWIA 4NCGA 3RWUA 1HQEA 4E19A 3PY8A 3S3OA 1XWLA 4KKOA 3CG7A 4DU1A 3QO9A 4M3YA 1IH7A 3C94A 5DMRA 5J2PA 2QKBA 2Z1JA 2G8UA 4ELVA 1LV5A 4C8OA 3VQCA 1Y97A 3K57A 4KREA 3CFOA 4DTJA 4Y1DA 1TKTA 4HUEA 1S9GA 4CHQA 1WSFA 1NK5A 3VQDA 3AO3A 2IGIA 2X74A 3LWMA 3AA4A 2XY7A 3QEWA 1ZBLA 2BDPA 4FJ9A 2G8VA 3NH2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HBKA 1ZYQA 3SQ4A 3MEDA 4JI1K 2VGMA 4OLBA 5FPMA 5FLXO 4DSKA 2KFNA 4WQ4C 2OZMA 1QQNA 4O0JA 3KLIA 1RILA 4RWTA 3ATUA 4B8CA 4TSXA 2ZJRL 4HTUA 5GIPA 1Z05A 3F9MA 4B9LA 3TWHA 2E4LA 3SAHA 3C7NA 5AQOA 2GTDA 4GVEA 1OVQA 5C12A 3SUPA 4B1YB 2E2NA 3T1AA 1WSEA 5AQUA 4FXDA 3J8AA 5J2MA 4GW6A 4X66K 4DV0K 5SWMA 3T3FA 1Q81O 3D2FB 3K9KA 3L4QA 4JEPA 4FWMA 2B5JA 3ZSVA 3EE8A 2HW3A 3CMEN 2OTLN 1ASUA 1RDUA 1A5VA 3NF9A 4DTUA 2O8EB 1IKXA 1WSGA 3MAQA 2Z1IA 4BWMA 4YFUA 1EP4A 4K8ZA 5M1NA 1NMNA 4V19S 1D9FA 3ZT1A 4BC5A 1TVRA 1BG3A 4FWPA 4N5SA 3FZLA 1VQKN 3E01A 3CPWM 3VGLA 4B9MA 4H5WA 1C1AA 1WSHA 3KZBA 3RMAA 1NGFA 1KFSA 3AO5A 3OJUA 1UA0A 4AHVA 2F96A 1EQYA 4RW7A 3H45C 3QDKA 3SCXA 3TSQA 1RTIA 1YJWN 2KQ2A 1VSDA 4JI6K 5FRMA 1VHXA 2PZSA 4PQUA 1Q9XA 1HKCA 1HNZK 3EE9A 4BRDA 2VCPA 3OYNA 4GV3A 4IO9L 1VAZA 3MECA 3ZT2A 1H1VA 5AQZA 1CZ9A 3GDQA 3B6OA 3O9TA 3WQUA 3U8XA 4LH4A 5KPRA 4CD1A 1GOAA 4OPKA 5KRTA 4E1MA 2P9SA 4CCHA 1YAGA 1N33K 1YITN 3OBWA 3A0IX 1S3XA 3UKUA 1X9MA 1BHLA 1CXQA 4GY2B 2QTDA 2YKMA 3KKRA 4IBNA 4LY7A 2P5OA 4ICLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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