5EU7A

Crystal structure of hiv-1 integrase catalytic core in complex with fab
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
143
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEFGVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Preserved HTH-Docking Cleft of HIV-1 Integrase Is Functionally Critical.
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Integrase
total genus 48
structure length 143
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-11-18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5eu7A00
3VQDA 3AVFA 3OYEA 3V9UA 3SQ0A 4JS4A 1RT1A 5CZ1A 1DTQA 3PO5A 3VA0A 1UAXA 3IS9A 4KPYA 2F8SA 1EP4A 5KGWA 1TKZA 1B9FA 1KCFA 1UWBA 2HB5A 3AO4A 4BDPA 4AHUA 1CZBA 3O3GA 3TABA 2Z1JA 3VQ7A 4CJVA 3LZJA 3G10A 4FLVA 3TANA 1LV5A 4B3OA 4HUFA 3ZT3A 5KGXA 1C1AA 1VRTA 3MECA 4DMNA 1XWLA 3KLGA 3KK2A 1UOCA 1HPZA 1I39A 2WOMA 1A5XA 2P51A 4KHSA 1RBTA 5HRRA 3L3UA 4E7JA 3RTVA 3QIOA 1VSJA 4CEFA 4KTWA 2P5OA 4B9MA 3AO1A 5EU7A 4E3SA 3KK1A 3RRGA 3QEWA 1RTJA 4W5OA 2VWJA 3HYFA 3AVKA 4HUEA 1HJRA 3K57A 1BGXT 1JKHA 4DSJA 2YV0X 2YNIA 2X6NA 2QKKA 1L3UA 1UA0A 2YNHA 3D45A 4CJQA 2OPQA 1VSIA 4FJ7A 4CHZA 2FBYA 2OYQA 2JLEA 1JXBA 4NYFA 5C25A 3RR7A 1C1CA 1VSDA 4CIFA 3HVRA 1F21A 3K2PA 3VQPA 1FXXA 3EYZA 4B8CA 4KHYA 5FRMA 4H4MA 3LP0A 3NBPA 2HHQA 4LH5A 5CY4A 5HBMA 2DFHA 4FLWA 3QINA 4FJGA 3VN5A 4DTPA 4FW1A 3VQ8A 3M8RA 3RMCA 3B6PA 2GUIA 1S6PA 1FKOA 4KHUA 5HRPA 3TWHA 2EHGA 2ETJA 2G8UA 2PY5A 1KSPA 4F8RA 1W9HA 3KLHA 3V9WA 4RG8A 1RCHA 3L2UA 1JLBA 4E7LA 4DTNA 3OS2A 3L3VA 2XY8A 3QEPA 4E19A 4F3OA 4I9QA 3ASMA 2YNFA 4UQGA 4CJUA 4FM0A 3ZSVA 4FLTA 5HP1A 3NGIA 5HLFA 4E0DA 4CK3A 1S5JA 3O4NA 4DQQA 4RW4A 4CJ3A 4J2AA 4CF1A 4B9LA 1HQEA 2JGUA 1KRPA 1MU2A 4LD0A 4Z4GA 1C1BA 4Q5VA 1SL0A 1J5OA 2G8FA 1KVAA 1B9DA 3F9KA 3I0RA 3CQ8A 4AHCA 3ZT4A 5J2NA 3PY8A 2DTUA 2BE2A 1ASUA 3DLRA 1RBRA 2VG6A 1YT3A 4DQPA 5J2QA 4CEBA 2NUBA 4JRQA 2KZMA 3ULDA 3LPTA 2B5JA 3BGRA 1HYSA 2VG5A 4O4GA 1HQUA 4CJSA 4CJKA 4DQRA 4GVMA 2XY7A 1L3VA 3KD5E 2XHBA 1ZBIA 4IDKA 1WAFA 3O3FA 1S6QA 1S9GA 1SKWA 3MEGA 3SV3A 4DTMA 4B8AB 3HXMA 4O5BA 2OPSA 3NF7A 4IG0A 4AHTA 2B6AA 3K58A 2W42A 3SPZA 2RPIA 4ID5A 4KFBA 1ZBFA 3TAQA 3CFPA 1SL1A 1T03A 1TK0A 1XHXA 3WNHA 1GOCA 3IG1A 1ITGA 3DRRA 4CK1A 3OS1A 2HHUA 3E01A 3AA3A 1WAJA 2EX3A 3QNNA 4KREA 2BANA 4KV8A 4CFCA 4FYDA 1TAUA 4CJ4A 4XIUA 3C95A 4Y1DA 3KLIA 1TL3A 4YFUA 4BWMA 1RT3A 3CM5A 4IFYA 4FJ9A 3OYBA 4DFKA 2O4GA 4OVLA 5JS2A 4J2EA 4B9TA 4B08A 1BI4A 2GV9A 3ZSQA 1IG9A 1L3TA 5FRNA 3K5LA 2G8HA 1SL2A 3C94A 4CHOA 4MQ3A 4IFVA 4DG1A 4DLEA 1IH7A 5JS1A 2G8KA 5SZTA 4HCCA 4FLXA 4I2PA 4FCYA 3AVCA 1S1UA 3I0SA 3VQ6A 4M3WA 2I5JA 3AVHA 1J54A 3LANA 1JL1A 4WE1A 2VWKA 3SQ4A 1JLFA 1TKTA 3AO3A 4DTRA 5I3UA 2O4IA 1Z25A 2E6LA 3K5NA 1NK7A 3AVAA 3ZT0A 5C42A 2KQ2A 3OYAA 3KLFA 4LSNA 3FFIA 4HHTA 4E7HA 3NCIA 4EZ6A 4CHNA 3TAFA 3ZCMA 4HUGA 3TAMA 3BDPA 3KKRA 1YTAA 4DTXA 1L5UA 1T8EA 5CYMA 3HVTA 1GOAA 4DF4A 3QESA 4CJLA 2X74A 3KTQA 3F73A 2X78A 3V9XA 4F3TA 1ASWA 1EXQA 3V6DA 5SWMA 4B9UA 4FLUA 1KLMA 4CHQA 4PY5A 1X9SA 3MXMA 1WSIA 2HVHA 4Y1CA 2D0AA 2PYLA 4FZXC 4W5NA 1RILA 4FXDA 3WNGA 3AA5X 1TVRA 3SUNA 3RMDA 1NJXA 5J1EA 1YTUA 5KRSA 3SZ2A 3T1AA 3SI6A 4ZTJA 1NKCA 3L8BA 1U48A 1ZBUA 4CFDA 2DY4A 1HRHA 1UA1A 4CIGA 1IKWA 1EETA 1TK8A 5E41A 3OYIA 5KRTA 2VG7A 3AVGA 4OKEA 4CEZA 4E7IA 3RRHA 4N5SA 3ALYA 2GBZA 4CJPA 1GOBA 4W5RA 2D0CA 5FDLA 4FJ5A 1WN7A 4FZZA 1BL3A 1KTQA 4DTOA 3HT3A 1KLNA 4FJ8A 4PA1A 3ZSRA 1JLCA 1JLEA 1BCOA 4DU3A 1BI4B 1Q8IA 3L2RA 4BACA 3NH1A 3MXIA 3LP2A 4C8LA 1NK9A 3M8QA 1S1WA 3V81A 4FJKA 1BQNA 4C8NA 4DS4A 1RT5A 3ZSZA 4DFJA 2B4JA 3LALA 1I3AA 4HVJA 1KFDA 2X6SA 4NYNA 3SPYA 4M42A 2A1RA 1JLGA 1S1XA 1TK5A 3TR8A 1Z26A 1ZBLA 1NKBA 2QXFA 2XO7A 4FJHA 3B6OA 1S1VA 2HVIA 5DMRA 1T05A 3V9SA 2HHSA 3OYLA 3DM2A 4KKOA 4DSKA 2Z1HA 3S9HA 1BIUA 1WSGA 3U6FA 4M3ZA 3TAGA 4AH9A 3V9ZA 3KKSA 3V4IA 3P5JA 5FROA 4ID1A 2LSNA 3QLHA 4CF0A 3OYMA 3OS0A 1IKYA 3JSMA 3SUQA 4JRPA 3AO5A 1LAVA 4BWJA 3C6UA 4KRFA 1IKVA 4M41A 3K59A 4AHRA 3NDKA 4FM1A 2AJQA 3QETA 1LWFA 3VQCA 3S3NA 4CF9A 3RMAA 4CFBA 2DFEA 1BQMA 3SQ2A 4CIEA 3PX4A 2BDPA 3DLGA 2IS3A 4FW2A 4O0IA 3OVNA 4ZHRA 1RDDA 3ZSWA 1NK5A 2XY5A 2Z1IA 3AO2A 3LPUA 3V1OA 4QOZB 4NCAA 2R7YA 4RW7A 4J2BA 3TAPA 1IKXA 1LWEA 2KZZA 3DLKA 3SV4A 2BGGA 3HJFA 1TKXA 2HHXA 4I2QA 4GMJB 3VQ5A 4EP5A 1U49A 2OZMA 1RDAA 1JLAA 3NHGA 3M8PA 4OGCA 3ZSYA 3LDSA 2OA8A 1JL2A 2HHVA 2D5RA 1U04A 4F2RA 3HPGA 2IC3A 1ZBHA 4AHVA 2QKBA 4CJFA 1BHLA 2WONA 3JYTA 4CGHA 2IOCA 1NK4A 4I9LA 3NF6A 2FBXA 3NGYA 3L2QA 2OPPA 4FVMA 4KI6A 1YVUA 4O0JA 1K6YA 4DQIA 1RTHA 3HP6A 4DFMA 1RTIA 3MXJA 1QE1A 1FKPA 1KVBA 5K14A 4N47A 5J2MA 4IKFA 2G8IA 4Z4IA 1ZYQA 4KO0A 3LZIA 3C6TA 3LP1A 1TAQA 1VK0A 3TAEA 1NJZA 5D3GA 1ASVA 1WLJA 2Z1GA 4I7FA 4CJTA 4DWIA 3KLEA 2F96A 3DRSA 4KB1A 1TV6A 3SUPA 3AVNA 3SJJA 2HNYA 4M3UA 1RNHA 1L3SA 4HCBA 4CF8A 3PO4A 3AA4A 4OKJA 4CJ5A 3EZ5A 1NKEA 4ICLA 1B92A 4KAZA 1CLQA 3SQ1A 4DU1A 4M3XA 3LWMA 3PX0A 4DQSA 3HP9A 3QEXA 1O1WA 1SUQA 3QIPA 4CJEA 2YNGA 1VSEA 4FM2A 3TARA 4Z4EA 4JS5A 4DS5A 1NJYA 3OYNA 3MEEA 2HW3A 1EX4A 1EKEA 1BCMA 3AV9A 4E89A 4CF2A 3T19A 1XI1A 3PV8A 2PYJA 4PQUA 2KTQA 1Y97A 3ZT1A 4C8OA 4O55A 3T3FA 4CERA 1S9EA 3HPHA 4Q0BA 3DOKA 3P83D 3A2FA 4IG3A 1CXQA 5CYQA 3QEIA 3HSTB 1DLOA 1RT4A 3WNEA 4CEOA 1A5WA 4Z4CA 3OJUA 2G8WA 4CCHA 4CFAA 1Q9YA 2G8VA 1WSFA 3QERA 2IGIA 4W5TA 3LWLA 1VSLA 3S3MA 4DSLA 1VSFA 1C0TA 4OKKA 1LW2A 3K5MA 1HNIA 3ISNC 4K8XA 2HHTA 4Z4HA 4FK2A 1RTDA 3RWUA 4FLYA 1HYVA 3NFAA 4RW9A 1RBSA 3CFOA 1J9AA 4CJRA 2HNZA 3OY9A 3SUOA 3AVMA 4OLBA 4PWDA 4DLGA 2DFFA 1SV5A 3NH0A 3NF8A 3V1QA 1NK6A 1NOZA 3QEVA 1D8YA 3IRXA 1JLQA 1WSEA 1U47A 1T7PA 3HO1A 3OYGA 3DRPA 3IAYA 1LAWA 4FK0A 1RT2A 4FK4A 4CHPA 4OPJA 4O44A 3CM6A 4M3RA 1C0UA 1RBUA 4CGIA 1N6QA 4CEEA 3OYJA 1SKSA 3AA2A 4E1NA 5KI6A 4BE2A 1TKDA 2QK9A 1QTMA 3HK2A 4JLHA 1VSMA 3AVJA 3ZSOA 3AVLA 3RMBA 1QHTA 4LY7A 1RT6A 4CESA 1BISA 2ZE2A 1J53A 1HYZA 1D9FA 4CJWA 4PUOA 4NCGA 2Y1JA 4M45A 4ELVA 2ITGA 1DTTA 3VQEA 4FJMA 4C8MA 4DTUA 3PX6A 3THVA 4ELUA 3AVBA 3PUFA 4DFPA 4KTQA 4M3TA 1G15A 3KIOA 4DSIA 3DYAA 2A1SA 2YKMA 4LH4A 3SYZA 5CZ2A 1VSHA 2Q3SA 4H4OA 1CXUA 4N76A 4RW6A 1VRUA 4FLZA 1BIZA 1C6VA 3OYHA 3VQ4A 1REVA 3NH2A 1SKRA 3U3YA 2HMIA 3KK3A 1RDCA 1RBVA 3HL8A 4LSLA 2Y1IA 3OYKA 4Z0UA 2KW4A 3OYCA 3AVIA 4QCLA 2D0BA 4CEAA 4CGFA 5HRSA 4CE9A 3M8SA 2RN2A 4EZ9A 3G0ZA 4N56A 4DTJA 2IDOA 3OYFA 1NOYA 4B9SA 4N41A 4KHQA 3RR8A 4CEQA 2KFNA 1D5AA 2E4LA 5HROA 3VQ9A 2RF2A 4MFBA 4Z4FA 1QS4A 3V1RA 3SCXA 2YHBA 1WSJA 3K5OA 3CYMA 1N5YA 1WSHA 1C0MA 3MAQA 3D0PA 1NK0A 4J2DA 2FC0A 3ZT2A 4H8KA 4E1MA 4DF8A 3SNNA 4KHWA 4DSEA 2ATQA 4RW8A 1TL1A 5J2PA 1QSLA 4F2SA 3TI0A 4NCBA 3CFRA 4G1QA 4TSXA 1W0HA 4YNQA 1U45A 5HRNA 1VSKA 3CG7A 1KVCA 3DMJA 3LAMA 1XC9A 2ZQBA 3WNFA 4AHSA 2E6MA 3VA3A 4DU4A 4W5QA 3O4QA 4OJRA 4KTZA 4BDYA 2XY6A 3L2VA 1NJWA 1D9DA 2XRIA 2P5GA 1LWCA 4DTSA 3NF9A 1X9MA 4FJIA 3ZSXA 1R0AA 2FBVA 3EY1A 4R5PA 3OJSA 3S3OA 3HM9A 3LP3A 4L8RB 2YHAA 4FJNA 1QSYA 3P1GA 2F8TA 4KHNA 1Q9XA 1IO2A 4OLAA 1HNVA 3DI6A 3DLEA 3NAEA 5DK5A 4CEDA 2FBTA 2PZSA 2RKIA 4QAGA 1TGOA 3LAKA 2YKNA 4ELTA 2IAJA 3U3GA 4BE1A 4AILC 4FJXA 4KI4A 4K8ZA 2ZD1A 1LW0A 4CGJA 4OGEA 5T7BA 3I8DA 4B9VA 3VQQA 4OPKA 4EP4A 3KD1E 2P1JA 1XHZA 1X9WA 3HPOA 1X1PA 4IBNA 4FJLA 2HNDA 3DOLA 4E7KA 2OPRA 4GW6A 3OYDA 3UIQA 4B9NA 1U4BA 4CGGA 3O3HA 1QQCA 5KTQA 3VQAA 1JXEA 1NK8A 5C24A 2OZSA 1KFSA 4FJJA 4M3YA 1HMVA 4BDZA 3NE6A 4ZTFA 1FK9A 4CECA 3ITHA 4F4KA 3VQBA 1QSSA 1CZ9A 3DLBA 3H08A 4HTUA 4DSFA 5I42A 3DLHA 1WNSA 3QNOA 3NGZA 3KJVA 1RDBA 1S1TA 2KFZA 4CK2A 2HHWA 3QO9A 4FZYA 4CHYA 1RT7A 3L2WA 4BE0A 4KB0A 3MEDA 4CGDA 1A5VA 4C8KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4U67L 3OYEA 3V9UA 4JS4A 2P9IA 1RT1A 3PO5A 3IS9A 4RCHA 4CZFA 5EX5A 1CZBA 2UYTA 4CJVA 3F2KA 3LZJA 4JK7A 4HUFA 4U7BA 3ZT3A 1VRTA 5M1PA 3KK2A 1XWLA 3KLGA 1HPZA 2WOMA 5C2DA 4IJNA 4JI4K 3KWIA 2HF4A 3BZKA 4E7JA 1M90O 3E66A 2E2OA 2ZGZA 3MX2A 3ZETA 3FZHA 3AO1A 2E8AA 3UKUB 4BR9A 2VWJA 4HUEA 5ADXH 2AA4A 4C1NK 4DSJA 3L6QA 5AQNA 1EWQA 1L3UA 4X65K 2YHWA 5JICA 4CHZA 4V19S 2OYQA 4BC2A 2PY5A 5IWAK 3EYZA 1FXXA 1U2VA 5FRMA 4PL7A 4H4MA 3OW2M 4HWIA 1FKOA 4KHUA 5HRPA 3UKRA 4NLCA 1VHXA 1W9HA 4RG8A 1VAZA 2IVOA 4F3OA 2Q0UA 4DTNA 3L3VA 2XY8A 2P9IB 4FLTA 5FPMA 3ZSVA 1J5EK 4DQQA 4CF1A 1W97L 2JGUA 5EOYA 4LD0A 4Q5VA 1B9DA 1OVYA 4AHCA 5J2NA 1WBDA 1YITN 1EQYA 2BE2A 3DLRA 2VG6A 4JRQA 3LPTA 3GG4A 4B1WB 3SBTA 3ZETB 2ZJPL 5AFUH 1JCFA 3ZYYX 4CJSA 2XY7A 4H0PA 5AQSA 4JK9A 3SV3A 1NU0A 3NF7A 2B6AA 4KFBA 2ZJRL 3CFPA 1TK0A 3IG1A 1NGIA 3CCLN 1GLLO 3OS1A 4WYBA 3E01A 3QNNA 2O8CA 3CETA 4JN4A 1U2VB 4CJ4A 3C95A 4Y1DA 1VQ5N 4JI0K 4YFUA 4BWMA 1RT3A 3CM5A 4J2EA 3UKRB 2EWSA 3NMUA 3ENOA 5FRNA 3K5LA 4DG1A 3EN9A 1IH7A 1K8AO 2G8KA 5SZTA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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