5EU7A

Crystal structure of hiv-1 integrase catalytic core in complex with fab
Total Genus 48

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
143
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEFGVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYO1 (91-93)AH2 (124-133)O2 (22-96)TI4 (118-121)S1 (60-68)TI2 (78-81)TI1 (57-60)S3 (84-89)S2 (71-78)AH1 (94-107)TIV2 (119-122)O7 (134-194)TI3 (79-82)TIV1 (67-70)S4 (112-115)S5 (136-139)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title The Preserved HTH-Docking Cleft of HIV-1 Integrase Is Functionally Critical.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
total genus 48
structure length 143
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-11-18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5eu7A00
1HMVA 4CJKA 3OYIA 3SUNA 2KW4A 4HCBA 1T03A 2AJQA 1HRHA 3VQ7A 1J5OA 3EYZA 1IH7A 4AH9A 3VQAA 1EETA 5T7BA 2LSNA 3HVRA 3F73A 4OGCA 3SV3A 4HCCA 4KREA 2QKKA 3AVBA 1HYZA 5SWMA 3K5MA 4KAZA 1UAXA 2XRIA 3KK2A 4KTWA 4RW9A 4KHQA 1REVA 4J2AA 3DI6A 1S1VA 4H4MA 4DTSA 3QINA 4NYFA 1DLOA 3O4QA 4DFMA 1QS4A 3AVKA 5KGWA 1IKYA 2DY4A 1C0MA 3QERA 1VSMA 3AV9A 3MEGA 3M8QA 3VQQA 3OYNA 3K5NA 3MXJA 3LZJA 1RBRA 4F3OA 4CFAA 3LZIA 2JLEA 4Z4CA 2ATQA 3LWMA 4H4OA 1VRUA 2VG5A 1SKRA 4DFKA 1L5UA 1NOYA 4FCYA 4FVMA 4DF8A 3VA3A 4Z4FA 1JXBA 3KTQA 3AVLA 3I8DA 4KTZA 3B6OA 2XHBA 4DU3A 1RTJA 1S6QA 3I0RA 3OS0A 5I3UA 1GOCA 3D45A 1YTAA 3K5OA 1VSJA 3LP0A 2ZQBA 3AVGA 4CF0A 3SQ1A 4FZYA 3SJJA 1VSFA 3IRXA 4DMNA 2P51A 1JL2A 3SQ4A 1J54A 2FBTA 3SV4A 3MAQA 2YV0X 4O44A 2KTQA 1S1XA 5CZ1A 2KFNA 2YHAA 1U4BA 1EXQA 4PA1A 1RT7A 2PYLA 4DTPA 1XC9A 4PY5A 3LANA 4CHZA 3OYKA 3SNNA 2FBVA 3BGRA 4H8KA 1HYVA 2P1JA 4OKKA 3OYCA 4ZTFA 3IAYA 3ZT3A 2D0CA 4CJSA 4F2RA 1QSLA 2F96A 3RMBA 4OKEA 3NE6A 5HRNA 4E7KA 4CJUA 4FJKA 4F8RA 4CIEA 5HRPA 3OYBA 4Z4IA 1NKBA 1S6PA 1R0AA 2B4JA 1NK0A 4FJIA 3F9KA 1NK7A 4IDKA 3U3GA 4F4KA 2YKMA 3SUOA 4B9NA 1C1BA 3T1AA 2ITGA 4CGGA 1RT2A 2Y1JA 4CHPA 1KRPA 2G8UA 4E7LA 5CZ2A 3DLBA 3OS1A 1SL1A 2ETJA 3KKRA 4AHVA 1HNVA 3HXMA 4CFBA 3AVCA 4PWDA 3SPZA 4BACA 4O0JA 1TKTA 1NJZA 1LV5A 4WE1A 1CLQA 3V1OA 1SV5A 3S3OA 4M3TA 4CIFA 3PO5A 3NGZA 3QIOA 4CEZA 3HVTA 3KLGA 1WLJA 1T05A 2G8VA 1NK4A 1KVCA 3AVJA 3MEDA 3SCXA 3QIPA 3JSMA 2G8WA 1JLQA 3B6PA 4E1MA 2B5JA 3WNFA 1A5VA 3AVNA 3VA0A 4DTOA 3ZSOA 1QSYA 1QSSA 4EZ6A 4Q5VA 4CESA 2HHWA 2X6NA 3AO2A 4CJ4A 4FLZA 3SPYA 4BDPA 1C6VA 3OYHA 5KGXA 4KB0A 3LAMA 3L8BA 3CQ8A 3LP2A 3EZ5A 4DQPA 5I42A 1RT5A 3NHGA 3ITHA 4BE2A 2DTUA 4DTXA 1KTQA 3NF7A 4E7JA 1VSDA 3HL8A 4CEAA 1SKSA 3NGYA 2NUBA 2G8FA 1TK8A 3AO5A 4ZTJA 4KHWA 4KV8A 2F8SA 4B9UA 4HVJA 3LDSA 4W5NA 4FLUA 1ZBLA 4DSFA 4IKFA 4RW4A 4FXDA 4CHYA 2YKNA 3OJSA 3WNHA 3ASMA 4HTUA 4AILC 1VSIA 3V9SA 3JYTA 1RTIA 1RNHA 4KI4A 1JXEA 3CYMA 2ZD1A 5HP1A 1RTDA 2KZZA 3ZT2A 4CEOA 3THVA 1JLGA 3AO1A 1Q9YA 4R5PA 1BQNA 1ASUA 4CJVA 3SQ2A 5C25A 3MEEA 3V1QA 4IG3A 1ASVA 1TKZA 3DRPA 1TVRA 4RW7A 3L2WA 3VQEA 5SZTA 1NJWA 4DLGA 4LY7A 4AHSA 1JKHA 4CGFA 4JS4A 1L3TA 2OA8A 1CZBA 1WSHA 4DSKA 4CERA 2YNIA 1TK0A 4ID5A 2IS3A 4KHUA 3PX0A 4PUOA 4DTNA 1RILA 1VK0A 3VQDA 3V9WA 4NCGA 1RDDA 1IO2A 3UIQA 1EP4A 3ZSXA 4B08A 4IFVA 4HHTA 1S1WA 4FJMA 1KSPA 4DU4A 1C1AA 4AHRA 1BCOA 3BDPA 5FRNA 3O3GA 5J2NA 1ITGA 2E6MA 1LWFA 2ZE2A 3M8SA 2YNGA 4FM1A 4FLYA 3AVHA 2YNHA 3DOLA 1TV6A 1IKXA 4LH5A 4RW6A 4AHUA 1T8EA 3RWUA 2YHBA 4K8ZA 3OY9A 4L8RB 4DSJA 4N76A 1NKCA 3L3UA 4DSIA 4CFCA 4IFYA 4CJWA 3AO4A 2OPSA 3C6TA 3NBPA 1I39A 4HUGA 1HJRA 4DQIA 2O4GA 4M3WA 2QKBA 5HRRA 1O1WA 3OVNA 3KLIA 1KCFA 4OVLA 2Z1GA 2XY8A 1NOZA 4F3TA 4AHCA 1B92A 1GOBA 3TAFA 3K57A 4KRFA 2OPPA 4FJGA 3K2PA 1J9AA 4CHNA 3PV8A 3VQ8A 3KD5E 3ZSYA 1D9DA 3DLKA 3OYJA 2WONA 4DWIA 4CEDA 4E89A 2IC3A 1IKVA 1N6QA 4FJ9A 4DQQA 5CYQA 2FBXA 4K8XA 3LP1A 3K5LA 4CGHA 2RKIA 1LAWA 2HHTA 1TGOA 3MECA 3TARA 2FBYA 1DTTA 3HO1A 5C42A 1N5YA 3AA3A 3DRSA 2OPQA 4I2QA 3SUQA 1SUQA 1NK5A 3HT3A 4CGIA 3HP6A 1WSJA 2PYJA 3DRRA 5KTQA 3V81A 3E01A 4NCBA 4C8LA 3U3YA 1LW2A 3C6UA 4GVMA 1IG9A 1YVUA 1QQCA 1RDBA 3DM2A 3ALYA 4QAGA 2W42A 4OGEA 3VQ9A 3AVFA 2XY7A 2P5GA 4N41A 1EX4A 3ZSQA 3A2FA 3NFAA 4B9LA 4CK1A 5CYMA 4N47A 4DFJA 4Z4GA 3M8RA 4ELVA 1RDAA 4E1NA 3SQ0A 1G15A 1FK9A 4G1QA 4FK0A 3NDKA 1LAVA 3VQCA 4CJPA 2JGUA 4I9QA 5C24A 4YNQA 1Z26A 3ULDA 1RBUA 3QEIA 1HQUA 1SKWA 1NK9A 1QE1A 4E7IA 1WNSA 3KLHA 4O55A 4C8MA 3VQPA 3CM5A 3O4NA 1VSLA 3CG7A 2Y1IA 4HUEA 2QK9A 4BE1A 4I2PA 3VN5A 3NGIA 5J2MA 3HPHA 4CF1A 1TL1A 3LAKA 4M45A 4CE9A 3OYLA 1X9SA 1F21A 2BE2A 3L3VA 2IDOA 4MFBA 5DK5A 3KLEA 1S1UA 1BI4A 2KQ2A 5KI6A 4CF2A 1VRTA 3OYAA 3D0PA 3TAEA 3TI0A 4FJLA 4FLTA 4KPYA 1BISA 1W0HA 3QEPA 2P5OA 1LWEA 5HLFA 1C0UA 3OYGA 4E7HA 4GW6A 4CIGA 3SZ2A 4FZXC 2IAJA 4CJEA 4DSEA 1J53A 2HVHA 3AA4A 3RRGA 1WAFA 1KLNA 1UOCA 4O5BA 4FLVA 5J1EA 5J2QA 3RMCA 1BI4B 2GBZA 4CK2A 3OYDA 1ZBFA 3OJUA 2BGGA 1UWBA 1S9EA 4CJFA 1TAUA 4CJ3A 1JLEA 4Z0UA 4B8AB 3HYFA 4GMJB 4KHSA 4DU1A 1BL3A 1UA1A 3KIOA 3LALA 3ZSZA 1C0TA 1LW0A 1BHLA 4FLWA 4EP4A 5HRSA 4N56A 1S1TA 3PY8A 3QNNA 1RT4A 3KK1A 4J2DA 4OKJA 4B3OA 4ID1A 3TWHA 5FDLA 2HB5A 4RG8A 1BIZA 2BANA 3AVIA 3NH2A 1FKPA 3C94A 2G8IA 3HP9A 4CHOA 4QOZB 2WOMA 1ASWA 1CZ9A 1RCHA 4CF9A 4FJNA 5DMRA 3HK2A 1WN7A 2BDPA 4LSNA 2D5RA 4CJRA 2XY5A 1RDCA 2HNZA 3TABA 5K14A 1NK6A 1L3SA 2KZMA 1WSIA 3WNGA 4M41A 4CJTA 1SL2A 3OYEA 2HMIA 1BCMA 4UQGA 3TAMA 4B8CA 4FZZA 4CGJA 4F2SA 4FJ7A 4W5RA 3OYMA 5KRTA 3NF9A 1JL1A 3M8PA 4CGDA 5E41A 3AO3A 4LSLA 2RN2A 1RT1A 5J2PA 3U6FA 1ZBHA 3KK3A 3QO9A 4NYNA 1YT3A 5JS2A 4KHYA 3MXIA 3RR8A 1RT3A 4BDZA 3RMDA 1VSKA 3ZT0A 1ZBIA 2HHUA 1FKOA 1KLMA 3IG1A 4BE0A 3KJVA 1EKEA 1Y97A 1RTHA 1WAJA 3O3HA 4Z4HA 1U04A 4KO0A 4DQRA 3NF8A 4DTMA 1X9MA 4ELUA 3ZCMA 4FK2A 3NF6A 4AHTA 3RMAA 3HPOA 2HNDA 4W5OA 3RRHA 4Y1DA 3V9UA 3QEWA 1FXXA 4DFPA 3C95A 3DLHA 4FJXA 4NCAA 4QCLA 4B9VA 5JS1A 1B9DA 4O4GA 1JLCA 1Q8IA 4ZHRA 1X1PA 3QNOA 4M3XA 1TKXA 3WNEA 1CXUA 2X74A 2FC0A 3ZT1A 4CFDA 3PX4A 1VSHA 1A5XA 4JRQA 3QESA 4EP5A 3PX6A 4OLBA 3TR8A 4J2EA 4CJLA 3MXMA 4M3YA 1BIUA 1RBSA 1Z25A 3LPTA 4OLAA 3PUFA 4DTRA 4DLEA 1RBTA 2VWJA 4HUFA 3HSTB 3G0ZA 1A5WA 3CFOA 5FROA 1IKWA 2E4LA 4FJHA 4C8KA 4CJ5A 2D0BA 4CCHA 3T19A 3SI6A 2GV9A 4FW1A 2E6LA 1U49A 1D9FA 2EHGA 4CEQA 1TL3A 1TAQA 2Q3SA 3DLEA 3ZSVA 3K58A 1NKEA 3AA5X 2KFZA 1HPZA 2IGIA 1XHXA 3NH1A 3O3FA 3H08A 3QETA 4E19A 4DQSA 3QEVA 4KI6A 3V9ZA 1LWCA 3LPUA 4DS4A 4DG1A 1NK8A 4JLHA 3OYFA 3L2VA 3LWLA 3OS2A 3AVAA 4FM0A 4C8OA 3V1RA 4CJQA 1SL0A 2HNYA 3ZSRA 3DMJA 3L2QA 1HQEA 2RF2A 1WSEA 2HHQA 3CM6A 4LD0A 1S5JA 4PQUA 4B9SA 2VWKA 4DS5A 4CECA 4I7FA 1MU2A 3HJFA 1CXQA 2I5JA 1BGXT 3DLRA 4IG0A 1TK5A 4IBNA 1S9GA 2OPRA 5D3GA 5FRMA 4ELTA 5HROA 2O4IA 1I3AA 2R7YA 2HHXA 2GUIA 3RTVA 4KKOA 3QEXA 1U47A 5KRSA 1JLBA 3ZT4A 3QLHA 4OJRA 2XY6A 4M3ZA 3FFIA 4BWMA 3G10A 3K59A 1X9WA 3IS9A 1GOAA 2VG7A 1RBVA 4JRPA 3I0SA 4CEFA 3P1GA 1NJXA 4Z4EA 2PY5A 2YNFA 4E0DA 4KB1A 4DTJA 2HHVA 1JLFA 1HYSA 2Z1IA 3LP3A 4CK3A 3DYAA 1KFSA 1WSFA 1NJYA 1XHZA 3VQ5A 4Y1CA 3SUPA 3L2UA 4YFUA 1D8YA 2QXFA 2A1SA 4J2BA 4BWJA 1XWLA 1L3VA 1K6YA 3TAGA 2X6SA 3S3NA 2DFEA 3NCIA 1RT6A 5EU7A 2OZSA 4W5TA 3TANA 4TSXA 1KVBA 4JS5A 4DTUA 4FW2A 4EZ9A 4ICLA 4FJ8A 4BDYA 2HW3A 5CY4A 1Q9XA 2OYQA 3ISNC 4FM2A 4FK4A 3TAPA 1BQMA 3L2RA 3V9XA 4M3UA 4KHNA 1VSEA 3NH0A 3S3MA 1TKDA 3PO4A 1WSGA 2OZMA 3KKSA 4M42A 4W5QA 1HNIA 1L3UA 2VG6A 3HM9A 4MQ3A 4B9MA 2X78A 2DFFA 3ZSWA 1U45A 3NAEA 4FJ5A 1KFDA 2G8HA 4DF4A 3DOKA 3P83D 2IOCA 4RW8A 4CEEA 3V4IA 3S9HA 4CHQA 3VQBA 4KTQA 5HBMA 2HHSA 2DFHA 4Q0BA 4C8NA 3RR7A 3DLGA 3HPGA 3KD1E 4O0IA 4FJJA 3AVMA 4B9TA 1B9FA 1UA0A 4CF8A 2G8KA 3EY1A 2EX3A 2Z1HA 4OPJA 1C1CA 1XI1A 3VQ4A 3V6DA 4OPKA 1QTMA 4E3SA 4M3RA 3KLFA 2D0AA 1DTQA 4CEBA 1YTUA 2Z1JA 1W9HA 4XIUA 3CFRA 2B6AA 4FLXA 2HVIA 1U48A 3SYZA 3T3FA 4FYDA 2A1RA 1KVAA 2F8TA 1ZYQA 3AA2A 1D5AA 4DSLA 4KFBA 4N5SA 3CFPA 1ZBUA 3VQ6A 4I9LA 1T7PA 3P5JA 2RPIA 4LH4A 1JLAA 2XO7A 3TAQA 2PZSA 1QHTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CJKA 3SUNA 5HL7L 1VQ5N 2KW4A 4HCBA 2P9NB 1T03A 2P9LA 1IH7A 3F73A 4OGCA 2WC9A 4JI0K 3DI6A 1S1VA 4NYFA 3CJCA 1N33K 4LF9K 3O08A 4DFMA 3AVKA 1P90A 3QERA 1VSMA 2P9IB 1YVNA 3AV9A 3H45C 3M8QA 3LM9A 2JLEA 2ATQA 4NXMK 3SAHA 3I8DA 4JK9A 3B6OA 3L4IA 3I0RA 2ZQBA 3AVGA 3CQXA 2YX6A 4CZFA 2P51A 1J54A 3MAQA 2YV0X 4O44A 1S1XA 5CZ1A 4CVNE 1EXQA 3UKRA 3ID6A 4OPAA 4DTPA 4DCHA 3BGRA 2P1JA 4OKKA 1M1KO 4YOYA 1QSLA 1QHAA 4OKEA 4FJKA 5HRPA 3OYBA 4Z4IA 4DR7K 5BREA 2VQFK 3P39A 3U3GA 4F4KA 3FFKB 4H0PA 3ZYYX 1RDUA 1RT2A 5C12A 1KRPA 2O8FA 3DLBA 2F7TA 1NGIA 2ZGZA 3KKRA 3UKUA 5EVZA 4PWDA 3CCRN 3CJ9A 1NGAA 3S3OA 2A6AA 4M3TA 3NGZA 4CEZA 5B8HA 4LFCK 3JSMA 2G8WA 1QSYA 1A5VA 1T44A 1QSSA 3FLCO 2HHWA 3SPYA 4BDPA 1E3MA 5KGXA 3LAMA 1BDGA 4YHHK 4BE2A 1KTQA 5AQWA 3NGYA 5KPRA 3G6EN 4KV8A 3ZLJA 3E66A 4HVJA 3CCEN 4CHYA 1U6ZA 3OJSA 3WNHA 4HTUA 4AILC 1RNHA 3CYMA 2V52B 3WQUA 2VGNA 4FOIA 5BR9A 3ZT2A 4CEOA 5JVGL 1K9MO 3AO1A 4WQ5C 5C2DA 5KQ8A 4O8UA 4RW7A 1TVRA 4BGBA 2FSKA 1JKHA 4CGFA 4JD2B 4DSKA 1HX1A 2IS3A 1RILA 1VK0A 5AQJA 2HBMA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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