5EU7A

Crystal structure of hiv-1 integrase catalytic core in complex with fab
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
143
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSTTVKAACDWAGIKQEFGVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGGIGGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The Preserved HTH-Docking Cleft of HIV-1 Integrase Is Functionally Critical.
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Integrase
total genus 48
structure length 143
sequence length 153
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-11-18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5eu7A00
4CFAA 4H4MA 2BANA 1UA0A 1TV6A 4CEOA 3VQQA 4F4KA 1LWFA 3NE6A 2DY4A 1VSDA 4N5SA 3KLHA 3DLBA 3E01A 1RT1A 2YNGA 5KI6A 4DQQA 4DFJA 1MU2A 1VRTA 2OA8A 3O4NA 4FM0A 1NKBA 4Y1DA 1IG9A 3PY8A 4N76A 2I5JA 4PUOA 3I8DA 3V1QA 1VSHA 1JL1A 3ZSYA 4E0DA 3RWUA 3AVNA 3DOKA 4CJKA 4PY5A 4XIUA 2HMIA 3AA4A 3AVJA 4QAGA 3AA3A 4CJQA 3BGRA 3KJVA 4CGDA 3B6PA 3KLGA 1XC9A 1SV5A 2JLEA 3KTQA 2OZMA 3V9UA 5FROA 3VQDA 2YNFA 4FK4A 4BWMA 4B9TA 1JLFA 2FBXA 1RDDA 3NFAA 3L2VA 1DTTA 3SYZA 3RMBA 4IFYA 3QIPA 3ZT4A 2GV9A 4HVJA 1EXQA 3QEIA 2ITGA 4R5PA 5KGXA 2OPRA 3MECA 4O0JA 2P51A 3DRPA 3KK2A 3NHGA 1HQEA 2HHVA 4OKJA 3HL8A 1S1WA 3OYFA 4BDPA 3HSTB 4M3TA 1IH7A 3NF8A 2G8FA 4FLUA 4DQIA 3ZSQA 3LALA 3LP1A 4KREA 3QIOA 3THVA 2JGUA 2WONA 1NK4A 3RR8A 1C0TA 1RBUA 3K59A 4BE2A 1FKOA 4HCCA 4N56A 1QE1A 4CE9A 3T19A 3ZSXA 1CZBA 4E7IA 1RTIA 4ID5A 1W0HA 4RW7A 4DTUA 3V9ZA 1QSSA 1JLAA 1RILA 1NJZA 4DTOA 4B9MA 2FBYA 3OYIA 4CFCA 1XHXA 5E41A 3OYGA 1HYVA 3RTVA 4E7LA 5SWMA 4FYDA 1S6PA 2XY6A 1C1BA 3OYEA 4DSIA 1FXXA 1TKZA 4RW9A 5DK5A 4CHNA 3OS0A 1JLQA 2LSNA 3QETA 3TAFA 2F8TA 3KIOA 3CM5A 4Z4IA 2Z1JA 3AA2A 1JLEA 2ATQA 1XHZA 4L8RB 3MAQA 4DLGA 1WAJA 1Z25A 3VQ7A 1NKCA 2ZE2A 3KD5E 4IDKA 1VRUA 4BE0A 3TWHA 3RMDA 1WSHA 4IG3A 4KHNA 2XHBA 1X9WA 3EZ5A 4YFUA 4B8AB 5K14A 2ZD1A 1RBRA 1RTJA 4CIFA 4AHCA 4LSLA 1WSJA 3DOLA 3S3OA 4OLAA 1VSLA 1S6QA 4DF8A 4CCHA 2OYQA 3IRXA 1KCFA 4DTJA 4DTPA 3RRGA 2G8IA 4FLYA 3AO5A 1B92A 1BIUA 3HJFA 3PX6A 2QK9A 1O1WA 1QSYA 2HB5A 4B9LA 1BL3A 4CJFA 4OLBA 4B9UA 3PV8A 2YKMA 1FK9A 4HUFA 4FM2A 3U3GA 2BE2A 3KLIA 2IGIA 3K58A 4HHTA 3SPYA 4KB1A 3C95A 4UQGA 1X1PA 1JLGA 4DS4A 3OVNA 2BGGA 1S1XA 2OPQA 4EP5A 4JRQA 2YNIA 4CF1A 2ZQBA 3VQEA 4BDZA 3DI6A 1JLBA 3HVTA 4Z0UA 1D8YA 2HHUA 1B9DA 1TKTA 2G8HA 4ZTFA 1HRHA 1X9MA 2PYLA 2HHWA 2EHGA 3B6OA 1RBTA 4CEQA 1TK8A 3L2WA 3CQ8A 2RPIA 3AO4A 4CJEA 4C8NA 1C1AA 5J2MA 3S3NA 2R7YA 4O55A 3D45A 4CJ4A 1I39A 3AVAA 1XWLA 1TKXA 4DQRA 3SQ0A 3PO4A 1ZBFA 3AVBA 4Z4CA 1NK7A 3NBPA 5FRMA 4JS4A 1JL2A 2G8WA 2KTQA 5HLFA 1JLCA 4LSNA 3M8QA 2YV0X 4KTZA 4KPYA 1RT3A 3LWLA 2YKNA 1HMVA 3VQPA 4E7JA 3S3MA 2DFHA 4FVMA 1DLOA 1TK0A 3UIQA 5SZTA 4NCAA 4AILC 1LW0A 1LWCA 5KGWA 4NYNA 5CZ2A 3V1RA 3ZSOA 3O3FA 4JS5A 3SQ2A 5D3GA 2KFNA 4G1QA 4CK1A 4E7HA 1T03A 1HQUA 2D0CA 3HVRA 1TKDA 1U45A 4DSJA 2HNDA 1SKWA 1N6QA 4C8LA 3AVCA 2KQ2A 3TAEA 1JXBA 1S5JA 1RCHA 4GMJB 1WAFA 1ASWA 1W9HA 3A2FA 3O3HA 3HP6A 3QINA 1TVRA 2HNZA 4B9SA 1UA1A 2YNHA 4FJGA 2DTUA 4FW2A 4H4OA 4NYFA 4DSFA 3DLKA 4HUGA 4DU1A 4DU4A 2HW3A 1J53A 3TAMA 3K2PA 1A5WA 3P5JA 4YNQA 4RW6A 2O4IA 1WSGA 4FJXA 3MXJA 1C0UA 1NK0A 4RG8A 1IKVA 4KI4A 3NH2A 3LP2A 4M3WA 3SCXA 5EU7A 2F96A 4FLWA 4F2RA 4FLVA 1BIZA 3QESA 1WSIA 3LP3A 1LV5A 4FXDA 4ID1A 3V81A 3LAKA 3WNEA 3SNNA 1J5OA 3L2QA 2BDPA 3S9HA 1KVAA 1ZBUA 2FBTA 3AVFA 3TI0A 3U6FA 4DS5A 4J2BA 4CGGA 1L3SA 2WOMA 4C8MA 3PUFA 1BI4B 3L8BA 4DQPA 4CJUA 2HHQA 3ZSZA 4IG0A 4CIGA 5I3UA 3O4QA 3RR7A 1B9FA 1LWEA 3SUOA 3ITHA 3TR8A 1XI1A 2QKKA 1TAUA 3F9KA 5C24A 4CGIA 4M3YA 4LY7A 1NK8A 1Z26A 4KI6A 3DYAA 4IBNA 1CZ9A 4CFDA 2A1RA 1GOBA 3HPGA 2ETJA 4AHUA 3MEGA 4DF4A 1L3VA 3C6TA 1RT7A 3NF7A 4N41A 4FJ9A 1IKYA 3AO3A 5C42A 4KTQA 4K8ZA 3TANA 4FLTA 4Y1CA 2P5GA 2GUIA 3K57A 4FJIA 4TSXA 4W5OA 4E89A 1L3UA 1LW2A 3VQ4A 3AA5X 4IFVA 3ZT0A 5J2QA 5HP1A 4OPKA 1KLMA 1T8EA 1BISA 3TAGA 4MFBA 2OPSA 5T7BA 1TL3A 1L3TA 1LAVA 1CXUA 1I3AA 4FZZA 4CHQA 1T7PA 5J1EA 4OKKA 1RDCA 4HCBA 1EKEA 1D9DA 3CFOA 4ELUA 2YHAA 4F2SA 3IG1A 3ZSWA 3D0PA 1NK6A 5C25A 4KB0A 1F21A 1J54A 4Z4HA 3DRRA 4DFMA 4EZ6A 1NJXA 4F8RA 3ULDA 2FC0A 4OVLA 5KRSA 3QEPA 4I2PA 4I9QA 4FJKA 4Z4EA 1Y97A 4B3OA 4CJVA 4FLZA 1QHTA 3NCIA 1SL0A 2Q3SA 2PYJA 4FJNA 3HK2A 3HYFA 4MQ3A 3JSMA 3LZJA 1SUQA 3OJSA 4I7FA 1X9SA 1VSFA 1TK5A 3TAPA 4OPJA 4DTRA 4DLEA 2DFFA 3ASMA 3AVIA 4FK2A 4FK0A 4ELVA 4NCBA 4RW4A 1VSKA 1VSIA 3SQ1A 1VSMA 1RBSA 2VWKA 1Q8IA 1G15A 3AVHA 3NF6A 4KFBA 4RW8A 4CGJA 2DFEA 4CJ3A 4CEFA 3SQ4A 1HNVA 2OZSA 1ZBLA 3KLEA 3OS1A 1TL1A 4LH5A 3OYJA 5J2PA 4KO0A 3VA3A 1ASVA 4DTSA 3K5OA 4CECA 4AHVA 3BDPA 1S1TA 4CEDA 4CK2A 2X6NA 3NAEA 2P1JA 5CYQA 4B9NA 1NOYA 2Z1GA 4J2AA 3QLHA 4CERA 1KRPA 3V9XA 3OYHA 4PQUA 5FRNA 1N5YA 3K5LA 3KKSA 2Z1IA 3QNOA 1KSPA 1WNSA 4O0IA 3RMAA 4JLHA 2D0AA 4GVMA 2NUBA 5HRSA 4KHQA 1RTDA 3VQ6A 3SV3A 3NF9A 3QEWA 1SL2A 3QERA 3QNNA 2PZSA 3SPZA 3KKRA 1BCMA 3LP0A 4PA1A 4W5QA 2KW4A 4PWDA 2EX3A 3KLFA 4ZTJA 3HP9A 4CHZA 1C0MA 4CHOA 2E6LA 4ZHRA 2Y1JA 2X74A 4AHRA 1TGOA 3PX0A 4DSLA 4FJ5A 1J9AA 3AVKA 4FW1A 3VQ8A 3AO2A 1NK5A 1IKWA 4FJ7A 3SZ2A 4CJ5A 1IKXA 3VQ5A 1A5VA 4M3RA 3MXMA 3PO5A 1T05A 3AO1A 3OYLA 3C94A 3WNFA 2HHXA 4B8CA 4M3ZA 4E3SA 2FBVA 4DTMA 2X6SA 4FCYA 1KFSA 1HYSA 3ZSRA 4CHPA 4KHWA 3AV9A 3V9WA 3LZIA 1A5XA 3SJJA 3HO1A 4NCGA 4O4GA 1QS4A 5HBMA 2XO7A 1YTUA 4E1NA 1S1UA 2RKIA 2B4JA 1RBVA 3LAMA 1JKHA 4OGEA 1HNIA 3VQCA 2IOCA 4CJLA 1RT5A 2VG5A 1BQMA 4CESA 4BDYA 4CJWA 1K6YA 1RT2A 5HROA 1NK9A 1YTAA 4KV8A 3OYMA 3OS2A 4ELTA 4W5NA 4CEZA 1KFDA 3P83D 5HRPA 3V4IA 4DTNA 4HUEA 3C6UA 1RT6A 4BACA 1WLJA 3KK1A 4I9LA 1U04A 1RDAA 1UOCA 4DG1A 3U3YA 2XY7A 4LD0A 4AHTA 1NKEA 3DMJA 4FJMA 1FKPA 1U48A 3OYCA 3M8RA 4WE1A 1BCOA 1BGXT 3NDKA 1SKSA 1DTQA 4EP4A 5J2NA 4QOZB 4H8KA 4CJRA 2YHBA 4W5TA 4M41A 1KLNA 3MEEA 3HXMA 3K5NA 2F8SA 3WNGA 4Q5VA 4CJPA 4C8KA 3I0RA 4FZYA 1D5AA 3CYMA 1S1VA 3LANA 4IKFA 3ZSVA 3NGIA 2QXFA 3G0ZA 4N47A 3TARA 1BQNA 3L2RA 3CG7A 1LAWA 3HPOA 2B6AA 3VQAA 4DQSA 3T3FA 4JRPA 1R0AA 4QCLA 4F3OA 1GOCA 1RT4A 5DMRA 5HRNA 4J2EA 3PX4A 2XY5A 2IDOA 3M8PA 3ZT2A 3RRHA 2Y1IA 4ICLA 4AH9A 2KFZA 5CY4A 4DTXA 2HNYA 3NGYA 3G10A 2XY8A 3QO9A 3VA0A 3L3VA 1QTMA 4KHYA 2D0BA 2XRIA 2VG7A 3NH1A 4B9VA 4DU3A 3V6DA 1HYZA 1S9GA 1HPZA 3AVLA 4W5RA 1WSEA 2RN2A 4O5BA 3SI6A 2HHSA 4KRFA 4OJRA 2G8UA 3DLGA 3ISNC 3MXIA 1U49A 1Q9XA 4E19A 4FJ8A 4BE1A 1RTHA 5CZ1A 3O3GA 4K8XA 4M3UA 2OPPA 1U47A 1REVA 4KHUA 3F73A 4KTWA 4DFKA 1NJYA 1CXQA 4CEEA 4CJTA 4Z4GA 1VK0A 2QKBA 4OKEA 3CFPA 1YVUA 3SV4A 3CFRA 4DWIA 4KAZA 4I2QA 3LDSA 3NH0A 3CM6A 4DSEA 1VSJA 2X78A 2A1SA 4CHYA 1Q9YA 3OYAA 1TAQA 2IS3A 3DM2A 2KZZA 4OGCA 3SUPA 2W42A 4F3TA 5HRRA 4O44A 3EY1A 3ZT3A 3QEVA 2HVIA 1IO2A 3QEXA 3AVMA 2D5RA 3VN5A 3ZCMA 4EZ9A 3WNHA 4DSKA 3DLRA 4KKOA 1ZYQA 4FM1A 3OJUA 4M45A 3IAYA 4FJLA 2E4LA 1VSEA 1EETA 4DFPA 1GOAA 4FLXA 3TABA 1QSLA 4CEBA 2HHTA 4M42A 3M8SA 3P1GA 4CGHA 1U4BA 1QQCA 4GW6A 4B08A 1L5UA 3LWMA 4CF2A 3K5MA 1ASUA 5KTQA 3TAQA 4FZXC 4CEAA 5KRTA 3ALYA 1CLQA 2G8KA 2HVHA 1SL1A 4M3XA 1KTQA 4HTUA 4CF0A 2RF2A 2IAJA 5JS2A 2PY5A 1EP4A 2Z1HA 3OY9A 1ITGA 1KVCA 5JS1A 4E1MA 2P5OA 4CGFA 3SUNA 1WSFA 4LH4A 1YT3A 3SUQA 3OYKA 1BHLA 1JXEA 3RMCA 1EX4A 4Q0BA 4AHSA 4CF9A 4CK3A 1UAXA 1NOZA 3V1OA 3L3UA 1C6VA 1S9EA 3OYNA 3H08A 3OYBA 1SKRA 1RNHA 1RDBA 1ZBHA 2IC3A 3OYDA 4J2DA 1NJWA 3NGZA 4CJSA 3V9SA 1C1CA 3AVGA 4DMNA 3FFIA 5FDLA 3DLHA 4C8OA 2E6MA 4CFBA 2B5JA 4CF8A 3ZT1A 3HPHA 1ZBIA 1KVBA 3VQ9A 3LPUA 5I42A 2AJQA 4BWJA 2VG6A 3EYZA 3JYTA 1UWBA 1HJRA 3DRSA 3L2UA 1WN7A 3T1AA 5CYMA 2O4GA 2VWJA 2G8VA 4FJHA 3DLEA 4CIEA 4Z4FA 3MEDA 4E7KA 3HT3A 4FJJA 3KK3A 1BI4A 3HM9A 3VQBA 3I0SA 3IS9A 2KZMA 3KD1E 1D9FA 3LPTA 4KHSA 2GBZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CFAA 4H4MA 2BANA 1UA0A 5M1QA 3VQQA 4F4KA 3NE6A 2DY4A 2UUBK 5LL6Z 1IBKK 1T3VA 2WC9A 1RT1A 3SK3A 5BREA 1IG9A 4Y1DA 1QHAA 4WQ5C 4F9OA 4YORA 3AVNA 3DOKA 4BQLA 3LDNA 5CHIA 1VQMN 2HMIA 3AVJA 2O8FA 3AA3A 2VQFK 3B6PA 4R79A 4KH5A 5KPTA 3V9UA 3CI5A 1GLDG 3MX5A 2FBXA 1RDDA 3NFAA 1DTTA 4NO7A 3SYZA 3ZT4A 4HVJA 5AQWA 3VESA 3LDQA 5KGXA 3KK2A 4WF9L 1LCUA 3HL8A 1S1WA 4M3TA 3R9PA 3OA9A 4DQIA 1YI2N 2RE2A 2WONA 4BE2A 4HCCA 3WXLA 5CE3A 3ZSXA 4J8FA 1W0HA 2E5LK 1NJZA 4B9MA 3OYIA 4LF7K 4E7LA 1S6PA 4DQ8A 1C1BA 2F8TA 2NZTA 1XHZA 4JKBA 4DLGA 1Z25A 1NKCA 3RMDA 1GLJO 4KHNA 2XHBA 3JAMO 3EZ5A 2YHXA 1RTJA 4AHCA 3DOLA 4OLAA 4ILJA 1YVNA 1S6QA 3A5NC 3VEWA 4DF8A 4CCHA 4DTJA 2G8IA 4JHDA 3SMPA 2ASOA 4B1UB 3HJFA 3PX6A 1HX1A 2HB5A 2P9PB 2BE2A 3WQTA 4HHTA 1X1PA 4WFBL 1JLGA 2OPQA 4CF1A 3PLAA 4BDZA 4B3TK 3EKSA 3DI6A 4GY2B 1JLBA 1OH8A 4Z0UA 1B9DA 3MN9A 3VF2A 1HRHA 3B6OA 1RBTA 4B1WB 4IXCA 3I8BA 3CQ8A 2YCHA 4BROA 1Q82O 4CJEA 3S3NA 1C1AA 4H0YB 1ZBFA 4Z4CA 2G8WA 4KTZA 3FR0A 4KPYA 3S3MA 3ZEUA 2DFHA 5SZTA 1XMQK 1NGIA 4AILC 1LW0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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