The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
36
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sequence length |
117
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structure length |
117
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Chain Sequence |
MDKKSARIRRATRARRKLQELGATRLVVHRTPRHIYAQVIAPNGSEVLVAASTVEKAIAEQLKYTGNKDAAAAVGKAVAERALEKGIKDVSFDRSGFQYHGRVQALADAAREAGLQF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of the E. coli translating ribosome with SRP and its receptor and with the translocon.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
23S rRNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
36
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| structure length |
117
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| sequence length |
117
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-11-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| P | PF00861 | Ribosomal_L18p | Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4WFN L; 4IOA L; 2OTJ N; 3CCE N; 1S72 N; 3CCL N; 1Q7Y O; 3CMA N; 3CD6 N; 1VQ8 N; 1VQM N; 4IOC L; 5JVG L; 3G4S N; 1VQ6 N; 3CC2 N; 4UY8 O; 5GAE P; 5GAD P; 1Q81 O; 3CF5 L; 1YHQ N; 4U67 L; 3DLL L; 1YJW N; 1KC8 O; 1VQ5 N; 1KD1 O; 1VQK N; 3CCS N; 1KQS M; 1QVF M; 3PIO L; 3CXC M; 1VQ9 N; 4IO9 L; 1JJ2 M; 4WFA L; 3I55 N; 5MLC Q; 2ZJR L; 1K9M O; 2QEX N; 3CME N; 2ZJP L; 1M1K O; 1Q86 O; 1YI2 N; 2QA4 N; 1N8R O; 5JVH L; 4WF9 L; 1ILY A; 3CPW M; 1Q82 O; 1K73 O; 5GAH P; 4WFB L; 3CCM N; 1K8A O; 1VQ4 N; 3CCU N; 1YIT N; 1YJN N; 1QVG M; 1YJ9 N; 1M90 O; 5DM7 L; 3G6E N; 3CCJ N; 3CCQ N; 3G71 N; 5HL7 L; 3J7Z O; 1YIJ N; 3CCR N; 4WCE L; 1NJI O; 3I56 N; 1VQO N; 2OTL N; 1OVY A; 2ZJQ L; 5H1S Q; 1VQ7 N; 1VQP N; 1W2B M; 3CC7 N; 3CC4 N; 1VQN N; 5GAG P; 3PIP L; 5DM6 L; 1VQL N; 3CCV N; 3OW2 M; #chains in the Genus database with same CATH topology 4WFN L; 2P9I A; 3E9O A; 4CBX A; 4PKH A; 4EZ6 A; 3VEO A; 4QAG A; 2HBK A; 1NGI A; 3KVG A; 4LH5 A; 2Q0U A; 4NLC A; 4PUO A; 3KD5 E; 3OYF A; 4CFA A; 3WNG A; 4K43 A; 3EKU A; 3BDP A; 3SV4 A; 5BRF A; 3LDL A; 1X9M A; 2IC3 A; 3D0P A; 2FBV A; 4A61 A; 3WNH A; 5LJV A; 4A5A A; 1TL3 A; 2I7N A; 2OPQ A; 2FBT A; 2H3G X; 3TTF A; 1DLO A; 4TSX A; 2E2Q A; 3JSM A; 4IO9 L; 3OYD A; 4E7L A; 4OLB A; 4OKJ A; 3KLI A; 1NK0 A; 1TKX A; 4CJ4 A; 4ZTJ A; 4DV6 K; 4Y1C A; 4IXC A; 3WUH A; 2A5X A; 4OPH A; 1XHZ A; 3H45 C; 1FK9 A; 1IG9 A; 1D9F A; 1BI4 A; 4HTL A; 4JD2 B; 3K0S A; 2HHU A; 3ZET B; 1RDU A; 4C8N A; 1LW2 A; 1C0T A; 2HHX A; 3QML A; 4A2B A; 1S9G A; 2JWK A; 2ASP A; 4GNI A; 1SZ2 A; 3AA3 A; 3K9K A; 1D5A A; 2D4W A; 5KGW A; 3WEE A; 1XNQ K; 1YVU A; 3U6F A; 3K2P A; 1HJO A; 3ZSW A; 3RRH A; 1SAZ A; 4MLE A; 2ASO A; 4JS4 A; 1QVG M; 4J2D A; 1YJ9 N; 4FWR A; 3TAM A; 1O1W A; 2YNI A; 3I0R A; 2HHH K; 3T19 A; 2QI2 A; 4G9Z A; 4KH5 A; 4CF9 A; 3ULD A; 1NJI O; 4J2A A; 3HSC A; 1MU2 A; 1YXQ A; 4BR2 A; 5BRE A; 4ISE A; 4XH5 A; 1HQE A; 1C1B A; 3FE1 A; 3ISN C; 4EP4 A; 4N47 A; 4ILG B; 3T1A A; 5I9E B; 5J2Q A; 2OAN A; 4N5S A; 5AQH A; 2BDP A; 2F4V K; 4DLE A; 3VQ8 A; 3VQ6 A; 4CFB A; 3SQ2 A; 3AAQ A; 2YNG A; 4AM6 A; 4CEF A; 3V1R A; 5M1K A; 2VYP A; 1WLJ A; 4F4K A; 5EX5 A; 4LFB K; 4FZX C; 5AR0 A; 4KPY A; 1S1W A; 4W5R A; 1CZ9 A; 4OVL A; 4GMJ B; 3AVI A; 2NZT A; 4DUZ K; 3NH0 A; 3QIN A; 2KQ2 A; 3NDK A; 1X3N A; 1HLU A; 3K59 A; 3ZET A; 3LM9 A; 3U3Y A; 2HHS A; 5KPR A; 1QQO A; 3J7Y P; 4I7F A; 3IG1 A; 3MXJ A; 2E20 A; 1LOT B; 1NNE A; 4KH6 A; 5BN8 A; 3QEV A; 1LW0 A; 3OS0 A; 4CJQ A; 4DR6 K; 3HM9 A; 4B9S A; 1C6V A; 3UKU B; 3I55 N; 4CHY A; 4MLH A; 1HKG A; 3QBW A; 4CZF A; 3DXK B; 4B9L A; 2QXL A; 2KTQ A; 3K9J A; 3DJC A; 1Q86 O; 4GY2 B; 4FZY A; 4DCH A; 2ZGY A; 3P39 A; 4KHW A; 2YHA A; 4WF9 L; 4CEA A; 3P5J A; 3LP1 A; 3OBW A; 4B3M K; 1REV A; 3O9Q A; 4BRD A; 3CQ8 A; 2FF3 B; 4KRE A; 4BG8 A; 4E19 A; 5C2D A; 1OH7 A; 4PQU A; 3TAG A; 1VSJ A; 4O0J A; 1JLE A; 4EAH D; 1B92 A; 2RF2 A; 1XNR K; 4YOT A; 4JKC A; 4FLV A; 1NK6 A; 2PZS A; 3THW B; 1J54 A; 3Q7B A; 4FWL A; 2G8W A; 3SQ1 A; 1JLC A; 3NE6 A; 2OZM A; 3AAP A; 3BY5 A; 4DFK A; 3EL2 A; 3JS6 A; 1NK7 A; 1BCM A; 4Z4G A; 1S5J A; 4DKW A; 2QWR A; 5BRH A; 4ILJ A; 3AGK A; 3ZSQ A; 3MX2 A; 4H4O A; 4BC4 A; 2Q36 A; 3KWG A; 3CC4 N; 3GOI A; 2UYT A; 1HR0 K; 2D0A A; 5AQU A; 1KTQ A; 3UKU A; 3VTI A; 4BDZ A; 4BR0 A; 3HL8 A; 3AVN A; 1U2V B; 5AQN A; 2OTJ N; 1HKC A; 4CD1 A; 5AQL A; 3FZK A; 3THX B; 1NGF A; 4DMN A; 1CXU A; 3NVK A; 1KCF A; 1UA0 A; 4H0P A; 1IO2 A; 2XY7 A; 1T6C A; 4K42 A; 5C10 A; 4C8K A; 4MFB A; 5JVG L; 3BF3 A; 1LCU A; 1NMD A; 4FW1 A; 3P31 A; 5F1X A; 1TAU A; 3DLL L; 1BQM A; 5LJW A; 4OKE A; 4CZG A; 4FO0 A; 4B3O A; 4BE0 A; 4CEO A; 4AHC A; 1E4G T; 3QEW A; 2IGI A; 3AVK A; 4EFH A; 4FK2 A; 1V4T A; 4CJU A; 1WSH A; 2OZS A; 4DQ8 A; 5CHI A; 2P9P B; 4BR7 A; 4LSN A; 4IG0 A; 3ZT4 A; 1WB9 A; 5A2Q O; 5HP1 A; 2YKN A; 3QEP A; 2UUC K; 2E4L A; 3A5M C; 1QQM A; 1NK4 A; 3AO5 A; 3NF9 A; 4FJK A; 4BR4 A; 1HNI A; 5C24 A; 1QZ5 A; 1N36 K; 1QHA A; 4CFD A; 3LZI A; 2E6M A; 3JYT A; 2QW9 A; 3VA0 A; 3PUF A; 1U2V A; 5LL6 Z; 1K8A O; 4Q0B A; 5M1P A; 3ENB A; 1VQ4 N; 3VGK A; 3VQ4 A; 1SKS A; 4IZ9 A; 1F21 A; 2ETJ A; 3AO1 A; 3O6W A; 4DSL A; 3SPZ A; 3O1B A; 4FJ9 A; 4O8U A; 2W40 A; 2P5O A; 4EP5 A; 3IKM A; 3DLG A; 3U9Z A; 1OVY A; 1WSG A; 5KQ8 A; 4DTS A; 4J2B A; 4PA1 A; 2G8I A; 3VA3 A; 1RBT A; 2FSK A; 1DKG D; 4E7I A; 2YNF A; 1A5V A; 4G1Q A; 2HND A; 1T8E A; 4PL8 A; 3VEV A; 3VEY A; 1RT5 A; 1ZC6 A; 2XHB A; 1RT4 A; 4BGB A; 3OW2 M; 1OKJ A; 1SKW A; 1EKE A; 3PO5 A; 1S3X A; 2OYQ A; 3AVJ A; 4LF4 K; 3JAM O; 4U7B A; 4FJI A; 2PY5 A; 1WAF A; 4CGI A; 1SKR A; 4JKD A; 3G4S N; 3OYK A; 4E1M A; 2W42 A; 3DLK A; 4Z4E A; 4I9Q A; 3I8D A; 3QDK A; 3P38 A; 1Q9X A; 4DQI A; 3CFO A; 2GEM A; 4RW7 A; 4CF8 A; 1GLC G; 4O55 A; 4H8K A; 4IO8 A; 1B9F A; 1ZXO A; 3CCS N; 1JLA A; 3NCI A; 4FLY A; 4DU1 A; 1BG3 A; 1BIZ A; 3NH1 A; 3MXM A; 3VES A; 1I39 A; 1ZBF A; 1Q8I A; 1IH7 A; 4BRQ A; 3MMV A; 3N4Q A; 1BL3 A; 4CJV A; 1FJG K; 1NOY A; 4Z4C A; 4CBW A; 1N8R O; 3U9D A; 4M3Y A; 2KZZ A; 1ILY A; 2GX9 A; 4NYN A; 4CF0 A; 1Q82 O; 1WSE A; 3BEX A; 2QWP A; 3QNO A; 4B1U B; 2QWO A; 1BWF O; 3VEW A; 3EO3 A; 4XEI A; 3ZT3 A; 1YT3 A; 5GAH P; 3TAN A; 3HI0 A; 2X78 A; 4NXN K; 3SYZ A; 2PFU A; 3ALY A; 5AQV A; 4ELU A; 4BRL A; 3RMC A; 1I3A A; 2I7P A; 1GLA G; 1N6Q A; 1E3M A; 1FKO A; 3G71 N; 4C8O A; 5HL7 L; 5C0Y A; 3V9S A; 3ZX3 A; 4Z0U A; 3LWM A; 4F3O A; 1KAX A; 2FBX A; 2YHX A; 1CZA N; 4R79 A; 4YOR A; 1CXQ A; 3R9P A; 2HNY A; 4A2A A; 5HOO A; 4I9L A; 4J8F A; 3EZ5 A; 4FWM A; 1T03 A; 3SAF A; 4CER A; 3C65 A; 1Q18 A; 4MDA A; 4DFM A; 4DQP A; 5HLF A; 3WNE A; 2F9W A; 1RTD A; 5JMV A; 1GOA A; 1S72 N; 1DTQ A; 1NJW A; 4AHT A; 3CCL N; 2G8K A; 1RGI A; 4DV3 K; 4FLT A; 3RRG A; 2KFN A; 3TAE A; 3OYG A; 1EX4 A; 3C7N B; 3W3D A; 3QIO A; 4B1X B; 4CJ3 A; 3SBG A; 4QS8 A; 4BAC A; 3RSE B; 4KI6 A; 4KHY A; 1T7P A; 2E6L A; 4FPB A; 3CQY A; 2XY5 A; 4EIA A; 4DHY A; 1U47 A; 2IVN A; 1VQ5 N; 4MDB A; 4BR9 A; 4X64 K; 4E7J A; 2PAV A; 4QS7 A; 2ITG A; 2QK9 A; 4WFA L; 2UUB K; 2F9T A; 3MEE A; 5KI6 A; 2OPR A; 3R8E A; 3WT0 A; 2QEX N; 1T3V A; 3G25 A; 1N33 K; 5JLF A; 5AQP A; 1Z25 A; 4YHH K; 1M1K O; 3TSQ A; 3V9X A; 2AA4 A; 1NJY A; 3SLC A; 2E8A A; 1NGG A; 1IJJ A; 3M5R A; 5AQX A; 2IS3 A; 3TSP A; 1L5U A; 2O4G A; 4M42 A; 1LV5 A; 2OCE A; 1Z6R A; 2P9S B; 3IMX A; 4ILH A; 1JLG A; 3GDQ A; 3SUQ A; 1WSJ A; 1N5Y A; 4CJE A; 4YDU C; 1YIT N; 1FW6 A; 1OVQ A; 3H1V X; 3E01 A; 1TK5 A; 4BQZ A; 1HX1 A; 4F8R A; 5AQZ A; 2NLX A; 2D0P A; 4OJR A; 4AF1 A; 4ISF A; 1IBM K; 3C7N A; 4YDU A; 1GOC A; 4FSV A; 4LF5 K; 3RSE A; 2VWK A; 5KPT A; 3SZ2 A; 3LPU A; 1T6D A; 2OTL N; 1NK9 A; 3K5N A; 1RTJ A; 4HUF A; 3O08 A; 4A62 A; 3PSI A; 1NGA A; 3ZSX A; 5J2P A; 5E26 A; 5AFU H; 1EWQ A; 3DLE A; 1LWE A; 3PIP L; 1L3T A; 5EU7 A; 4PL7 A; 3RMB A; 4M3X A; 4RW8 A; 1Q9Y A; 5AQS A; 1FXX A; 3AVA A; 3VER A; 1C0G A; 3CJB A; 1I94 K; 3ENO A; 4DF8 A; 3FZF A; 1HNZ K; 4LC9 B; 1TV6 A; 3CD6 N; 5C12 A; 4H5V A; 1JLB A; 4IOC L; 3OYM A; 1XC9 A; 3FGU A; 4CEZ A; 3LDQ A; 1TYQ B; 4IJA A; 4DR3 K; 1S1U A; 4PY5 A; 3AVL A; 4KTW A; 2IIR A; 3EEQ A; 1IV0 A; 2HW3 A; 3NAE A; 3AA4 A; 3PSF A; 2P9S A; 1KC8 O; 1LAV A; 2P5G A; 3OYH A; 4B3S K; 4NLB A; 1KQS M; 5K14 A; 3NBP A; 3EE8 A; 4CHQ A; 2JGU A; 2UXB K; 3L2R A; 1VQ9 N; 3LM2 A; 4CCH A; 4RCH A; 2WOM A; 1KAZ A; 4FJ8 A; 3VQ5 A; 5CZ1 A; 5J1E A; 3OS1 A; 4ID1 A; 3T1Y K; 1YI2 N; 1MA9 B; 3ZSR A; 5AQG A; 1JL1 A; 3DAW A; 3DXM B; 2F96 A; 3FFK B; 4GV9 A; 3CJ9 A; 2W6L A; 3ATV A; 4C1N K; 4JKE A; 3A0I X; 3AVB A; 4CGD A; 4Z4H A; 2YHW A; 4JK7 A; 3H08 A; 4B3T K; 2YI1 A; 1MDU B; 3L2W A; 3VMF B; 4IG3 A; 3LPT A; 4BG9 A; 4W5N A; 3PLA A; 5KRS A; 3V9Z A; 3V4I A; 1W97 L; 2FSJ A; 5BR9 A; 3H46 O; 2GUP A; 4GVE A; 3G6E N; 1IKX A; 3SAH A; 5EY4 A; 4W5T A; 2IVO A; 4GKJ K; 1FKP A; 1BOT O; 3ASM A; 4LF6 K; 1TYQ A; 3AVH A; 5FRO A; 4FPA A; 3I56 N; 4IOX A; 3AAR A; 4JKF A; 4DS4 A; 2E2P A; 1BU6 O; 4V19 S; 2IOC A; 4O44 A; 4CHN A; 4JI1 K; 1VSH A; 5JS2 A; 1SS6 A; 4Z94 A; 3SBT A; 3PX4 A; 4WYB A; 4OX9 K; 2IAJ A; 2F7T A; 2DFE A; 4ZHR A; 3S41 A; 5EVZ A; 3I33 A; 2RKI A; 3CCV N; 4BRA A; 1NGB A; 4YOY A; 3THV A; 2V7Y A; 4DV1 K; 3F9M A; 1NU0 A; 1ASW A; 3AGR A; 3RR8 A; 1YTA A; 1QHT A; 1Q7Y O; 4B9M A; 2E88 A; 3OVN A; 3DXM A; 1TKT A; 1RT1 A; 2ASM A; 4FWK A; 3VEX A; 1DT9 A; 5FPM A; 3V9W A; 3CC2 N; 4BE1 A; 4GKK K; 1Q81 O; 2WBN A; 2D0C A; 3VGM A; 3DLB A; 1HJR A; 2YCH A; 3HYF A; 3EN9 A; 4PKI A; 1S1T A; 4CJS A; 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3RTV A; 4DV7 K; 3SPY A; 2HMI A; 4UY8 O; 4RG8 A; 2VGM A; 1JXB A; 2GUI A; 5CY4 A; 4RTF D; 4DSF A; 1L3U A; 4GV6 A; 3VQD A; 1YHQ N; 3QFU A; 4BRG A; 3O4Q A; 4Z4F A; 4JN4 A; 2GBZ A; 1VQK N; 3DXK A; 3CJA A; 1VK0 A; 4OPJ A; 1IG8 A; 3E1Y A; 2P9U B; 5J2M A; 1SL0 A; 2GTD A; 5T7B A; 2DFH A; 3V6D A; 4DQQ A; 4NYF A; 1YF5 L; 3BZK A; 3AO3 A; 3KHY A; 4JKG A; 4BRE A; 4L8R B; 1NMN A; 2RHK A; 2VWB A; 3VQC A; 5E41 A; 1WBB A; 2VG7 A; 4A57 A; 1SL1 A; 2YV0 X; 3E66 A; 2GV9 A; 3TWH A; 4BC3 A; 4KH4 A; 4JRP A; 3UIQ A; 2XRI A; 5M1N A; 3ZEU A; 4AM7 A; 2HNZ A; 3THW A; 4FVM A; 3S3N A; 3ULE B; 1HYV A; 4DR1 K; 5EXW A; 2O4I A; 4YOV A; 1BQN A; 2G8U A; 1HYS A; 5IT9 O; 3CIP A; 3SUP A; 1CZB A; 3K5O A; 3KK2 A; 3MCA B; 3D2F A; 4JS5 A; 1KVC A; 4BRM A; 4BR5 A; 3HP6 A; 5AFU A; 3DOK A; 3EE9 A; 3H1Q A; 3SJH A; 5FRN A; 1S1V A; 2G8H A; 5KRT A; 4CK2 A; 1VSD A; 5AQR A; 3WXM B; 2Y1J A; 3ID8 A; 2A1S A; 3O9S A; 3O80 A; 1QS4 A; 1HYZ A; 1VQP N; 4B9V A; 5AQW A; 3CC7 N; 4CEQ A; 2QWL A; 3ZX2 A; 3MCP A; 4FOI A; 4FLW A; 4B1Z A; 3FFI A; 3VQ7 A; 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