5H1SQ

Structure of the large subunit of the chloro-ribosome
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
120
structure length
120
Chain Sequence
HTRREDRTARHVRIRKKVEGTPERPRLCVFRSNKHLYVQVIDDTKMHTLAAASTMQKAISENIDYSAGPTVEVAQKIGEMIAKSCLEKGITKVAFDRGGYPYHGRVKALADAAREHGLVF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Cryo-EM structure of the large subunit of the spinach chloroplast ribosome.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S rRNA
molecule tags Ribosome
total genus 26
structure length 120
sequence length 120
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
Q PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5h1sQ01
4WFNL 1YIJN 3CMEN 4IOCL 5HL7L 2QEXN 3CF5L 1YITN 4WFAL 1K73O 3DLLL 3CCVN 3G6EN 1M1KO 2ZJPL 3CPWM 3G71N 3PIPL 3I56N 1W2BM 3J7ZO 3CCJN 3CCLN 1OVYA 1KC8O 3I55N 5H1SQ 1NJIO 3OW2M 2OTJN 1VQKN 1VQLN 1VQPN 3CC7N 3CMAN 1S72N 1KD1O 1Q7YO 1VQ9N 4WFBL 4U67L 1Q86O 5MLCQ 5GAEP 3CCEN 1K9MO 5GAHP 5GADP 1Q81O 1M90O 4WF9L 1VQ8N 2ZJQL 3CC4N 2QA4N 4IOAL 1VQMN 5JVHL 3CCRN 3PIOL 3CCQN 1QVGM 5DM6L 4IO9L 1YHQN 1K8AO 5GAGP 1Q82O 2OTLN 1ILYA 1YJNN 3CCSN 1YJ9N 3CCUN 1VQNN 2ZJRL 1QVFM 1YI2N 3G4SN 1YJWN 4UY8O 1N8RO 1VQON 1KQSM 1JJ2M 1VQ5N 5DM7L 3CXCM 3CC2N 3CCMN 1VQ4N 1VQ7N 3CD6N 1VQ6N 4WCEL 5JVGL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3AVKA 5B8HA 2O4GA 4IFVA 2HBMA 2KW4A 4BR5A 3LZJA 2VCPA 3NAEA 3T1YK 4LY7A 3MCAB 2E5LK 5M1QA 3BP8A 3ZLJA 3LDSA 1SL2A 1M1KO 5C24A 4PKIA 2O8EB 3PIPL 4CIEA 2O8FB 1ATSA 4EIAA 3OS0A 4CHPA 2O8CA 3J7ZO 1CZ9A 3O9QA 5KPRA 4IBNA 4V19S 4YDUC 2Z1IA 1L3UA 1XMQK 4C8LA 4LF5K 1HNXK 4H4MA 3RSEA 2HF4A 4FWPA 4R79A 1X3NA 3RMCA 3I0SA 1JCGA 1KAYA 1RBUA 4DSFA 2W40A 4DTJA 1HNVA 4KKOA 1VQ9N 4Y0WA 1BGXT 3J7YP 3SZ2A 4CEQA 1Q9YA 1ZBHA 5C15A 3SPYA 3CCEN 3CJ7A 1RDWX 3SAGA 3MXIA 5C0YA 1DT9A 2D0PA 5CY4A 1HJRA 3J81O 3A8YA 3RTVA 2YHXA 4DV6K 2Z1JA 5FRMA 3L2WA 5KQDA 4RW9A 2RKIA 3LPTA 1NJYA 4O4GA 4JI4K 3FFIA 2YJEA 3D2FB 1A5WA 4BQLA 1SV5A 4FK4A 1YTUA 1SZ2A 4BR7A 3ZYYX 2ITMA 4JI1K 1RBTA 4BRDA 4DTPA 2Q0UA 3ZX3A 1IKYA 1WAFA 4MFBA 4BWJA 2F9WA 2YNHA 3VGKA 3EE8A 5I42A 3SMPA 4BDYA 3QEXA 3CIPA 4DUYK 5AFUH 1I94K 1FJGK 3EKSA 4C8OA 3NH2A 1JJ2M 5T7BA 1GLDG 2H3GX 3NHGA 3QO9A 3ULDA 4FL9A 4CHQA 3ZSQA 2XY8A 2G8IA 3O4WA 5HRRA 1DGKN 3C7NA 4IOCL 1WOQA 3Q7CA 3UKUA 1N34K 3O9SA 4BACA 3DLLL 1LW0A 1Y97A 3VQBA 2QXLA 3U9ZA 1D5AA 4HCCA 5AQSA 3BF3A 1W2BM 1TK0A 3WQUA 1RT3A 3VMFB 3FLCO 4Z4FA 4JN4A 3KKRA 2NRRA 2ZWHA 3OW2M 3SPZA 3CJAA 1NGEA 4E89A 3CERA 3ZETB 3PY8A 3TSPA 3L8BA 4CZGA 4MDAA 3SBGA 1MWKA 2YKMA 4BVPA 2QKBA 3UB5A 3Q7BA 3M3ZA 4CGIA 4B08A 4OLAA 3G10A 3VQPA 1K9MO 5KGXA 4KTZA 5AQRA 3JAMO 2XRIA 3ZSRA 1HLUA 1VSEA 2GWKA 3A5NC 2IVOA 5A2QO 4YOXA 1KSPA 3O8MA 4CGJA 1JCFA 1ASUA 1LWEA 1X1PA 4Y1DA 3TTDA 3WXIA 1U6ZA 3QFPA 2ZQBA 5E84A 1EWQA 3NFAA 1KTQA 2E2OA 1KCFA 2Z1GA 1XHXA 4KHUA 4JI7K 3DRPA 1IG8A 4DR6K 4OKEA 4JEPA 4DU1A 3WXKA 1KFSA 2UU9K 4E1MA 1RTIA 1QE1A 1K8AO 2QWNA 1MA9B 1BU6O 3L3UA 4A5BA 3LZIA 3R6MA 1RTDA 3LWLA 5BRFA 2P9LB 1S3XA 4CZHA 4CEBA 1IBMK 2B4JA 3TAMA 5HRSA 4FPBA 4QS8A 1RT7A 4KH4A 4BR9A 2DFEA 4CD3A 2B5JA 4BDZA 3SBTA 1LWCA 4ZHRA 4FLVA 3B6OA 2ZE2A 4I2PA 4WQ4A 2YHWA 3O6WA 1VQ7N 1UWBA 1BA1A 1Y64A 3WEEB 1VRUA 4EAHD 3VGLA 4I6MB 1YITN 3AVGA 2OZMA 3RVCA 5J2NA 3D2EB 3K9KA 1J9AA 3VOVA 2HHVA 2O8BA 4BC3A 4H5VA 1RTJA 1VSIA 4K42A 4BRNA 3LDLA 4FZXC 2E2QA 3HP6A 2W41A 1C0FA 2D4WA 1I39A 1J54A 1VQPN 1RT5A 4CJUA 4CJ7A 2D5RA 4DV2K 5CYQA 3R9PA 3VA0A 1E4FT 4M63C 2HMIA 4BRCA 1DTTA 4FXDA 5KRTA 3AVBA 3RMBA 3CG7A 5CYMA 4CESA 4X64K 3JS6A 1KAXA 4DQRA 5J2PA 2BUPA 4CHNA 2WC9A 2XY6A 3IG1A 3SUPA 3HBTA 4DSJA 1RNHA 3W0LA 3AA5X 4FWKA 3CJ9A 4YY3K 3AAPA 3O3HA 1NNEA 4CFDA 4F2RA 5FPEA 4DF4A 2F96A 2HF3A 1S1WA 5JVHL 4DKWA 4BGBA 4BY9C 3V9SA 1IH7A 2G8KA 4BWMA 2QWOA 4YORA 4CECA 3QEVA 3CYMA 1DLOA 4M7XA 2OPQA 2IVNA 4WQ5A 3THVA 3NH1A 3L4IA 5F0XA 3DM2A 2FBYA 1HKCA 1ZXOA 1MDUB 2ZJRL 3U3YA 2Q2RA 3WXLA 3QIPA 1J5EK 2QK9A 3H08A 2X6SA 4IFEA 4FLTA 4BE2A 3O9UA 1GOBA 2ZGYA 4JKFA 1RDCA 4M3UA 4KREA 5CZ1A 3H46O 4AQYK 1FW6A 3RSEB 4LF6K 1KAZA 4RWTA 4CEDA 4OPKA 3ZX2A 3CCVN 3V9WA 3VQ6A 2D0AA 4YFUA 3G71N 4DV1K 2UYTA 4DWIA 3K9JA 4DR5K 2VGMA 4CZMA 5M1KA 4FK2A 2GWJA 1JKHA 3HSCA 1WSJA 2IVPA 2IIRA 1MU2A 3IDHA 4B9UA 1JL2A 3O80A 2OPPA 5FPMA 3NGYA 1EO1A 2KZMA 1BISA 2ASMA 4BREA 4LF9K 3ZSOA 1VQKN 1QQNA 3DJCA 1HNZK 4BRIA 3RR8A 1IO2A 4NYFA 3ZX0A 1XI1A 3C0BA 4LF8K 4KAZA 4E7KA 1NK0A 5GAHP 4CJFA 3VERA 1BL3A 1DKGD 4JV5K 3OS2A 1BI4A 2VG5A 3VTIA 3E1YA 4JD2A 1LCUA 1KLMA 1W0HA 3PO4A 3V1RA 3HYFA 4C8NA 1VSFA 1YVNA 4RCHA 2X74A 3O3GA 4KB0A 3PV8A 3VA3A 4JHDA 5TKWA 2JGUA 4E7JA 3QERA 3S3NA 3C7NB 3VQDA 1OVQA 1Q82O 3UKUB 4DQ8A 1QS4A 4B8CA 3T19A 4EP4A 2KLAA 3CJ1A 1GOCA 4O5FA 3ALYA 5AJ3K 5AQXA 4AILC 1WNSA 2VWBA 3C95A 1OH6A 3TAQA 4DMNA 2G8VA 4QAGA 1QHTA 1NM1A 3A5MC 3IMXA 3HSTB 4IFYA 4O0IA 4DSKA 3F9MA 3NF8A 4JK9A 4K41A 3MECA 3AO3A 3DMJA 1D8YA 3U4LA 3CFRA 3OBWA 1SL0A 2QEXN 4NCAA 1D4XA 4CFAA 2A6AA 4WE1A 2QWRA 3LDPA 2Y1JA 3EO3A 3D7EO 4DQIA 1NGIA 5JICA 2GEMA 4A2BA 4CF2A 1MWMA 3THYB 4CK2A 4GNIA 2F9TA 2KQ2A 1LAVA 4MLEA 1ZBFA 4B9QA 4O8UA 3QEPA 5D3GA 2QW9A 1BA0A 4OPJA 3CJBA 1XNQK 3P5JA 5BRDA 3G0ZA 4IJNA 2QI2A 3AVHA 5K14A 2XO7A 4I7FA 4HUGA 3EZ5A 1P90A 4DU3A 1ASVA 3JXUA 1CXQA 4KHQA 3FZLA 3L2RA 1NOZA 2EX3A 3KD1E 3WUHA 4CIFA 3SUNA 4CJ4A 3WQTA 1H1VA 1TYQA 5ADXA 4GVEA 2IOCA 1TUUA 4CJSA 4HCBA 2Q31A 5GIPA 3OYHA 1RILA 3P83D 4DSIA 3QDKA 2E2PA 2V7YA 2I7PA 3O3FA 1YJNN 1TUYA 2HHWA 3NBPA 3IFRA 3EL2A 4LC9B 3VEZA 3H45C 2O8BB 3SQ1A 4ELTA 4A59A 2HBKA 4JKAA 5KI6A 3RRGA 4FJHA 3DLEA 3TABA 3N4QA 2G8UA 3NGIA 3HL8A 3FZMA 5AQGA 1NK4A 3CXCM 4B3SK 4KHPK 2GELA 1JLQA 4BRKA 1FKPA 4JNEA 2BGGA 2DTUA 1KXPA 3SAHA 4YDUA 1KVBA 4O5BA 4UQGA 3JSMA 4Z4IA 3P31A 4B1XB 3I56N 1WBBA 4DV5K 4CF1A 3RRHA 1OH7A 4ILGB 1HPZA 3ENHA 4YOTA 1F21A 3V4IA 2KFNA 1QZ6A 3CETA 4K8XA 3VQ7A 3TWHA 1BUPA 4FJ9A 2ETJA 2JWLA 5AQWA 1C0MA 4K43A 4DUZK 4DV0K 3MXMA 2P9IB 4JI3K 3E9PA 3OS1A 2A1RA 3HXMA 1U2VA 1D9FA 3ENBA 1Z6RA 2DY4A 3R1XA 2BH1A 5M1FA 4OGCA 2Q1NA 2JWKA 5I3UA 4MLHA 4EZ6A 3KK3A 4N5SA 1L5UA 1CXUA 1B9FA 2E6MA 4DLGA 4CJ3A 1W9HA 3SJHA 4KO0A 4L8RB 3FZKA 1VQMN 4NXNK 2A1SA 4KHSA 3UIQA 1T8EA 2ASOA 1C1BA 2Q3SA 4FJLA 5E41A 4B1WB 1S6PA 1S1TA 5J2MA 4IDKA 5E26A 2D0OA 3VF2A 3HPGA 1YHQN 3NDKA 5HRPA 1HYVA 1RDAA 1CLQA 5AQUA 3MEDA 2VWKA 3RMAA 5BR8K 2VWJA 3K5MA 1V4SA 1QVFM 3G4SN 1UOCA 3AVJA 3QEWA 2XHBA 1A5VA 4FLZA 4RW4A 2V52B 3VQ9A 4RW7A 3VTHA 1NK9A 3GL1A 4B9MA 1ATNA 2OA8A 4CEZA 3CC2N 4YOWA 4BRAA 3SUOA 2YX6A 3DLHA 2UXDK 3DAWA 1GLAG 2UXBK 2F4VK 1BWFO 2FBVA 1RFQA 5HL7L 4JKDA 3SK3A 3MCPA 3ID6A 2VGNA 1S5JA 2BDPA 4CJRA 4DLEA 4BQZA 1N33K 2VQFK 4B1VA 4Z94A 3ZEUB 3CPWM 4XH4A 3M8SA 4FCYA 2EHGA 2E2NA 3O9TA 3LP1A 4Q5VA 3NF9A 5AZIA 1BI4B 4JI8K 4E19A 4JD2B 1G15A 4ISEA 4KTWA 1VQLN 2DFHA 4BR2A 3L6QA 1S72N 4HHTA 1Q7YO 4JI6K 1BCMA 1N32K 4BRFA 1FKOA 4JHDB 4B1ZA 3HP9A 3RR7A 1W7AA 3FGUA 1QHAA 1Q81O 4HUEA 5BPMA 1YVUA 3AO2A 5SZTA 4FWRA 4CZIA 4R5PA 4LFBK 1L3VA 1ITGA 4OKJA 1GOAA 3VGMA 3O08A 1NOYA 3EKUA 2KZZA 1LV5A 1NGFA 3OJUA 3DLRA 3FR0A 1TL1A 4IZ9A 4MO5A 1IKXA 2KKZA 3KTQA 5HROA 1QVGM 1SL1A 3ZSVA 4B9SA 4OO1J 3KLEA 5LMNK 3DOLA 4FJ8A 4OLBA 4C1NK 2OTLN 4NO7A 4UY8O 5FPDA 1WUAA 1XC3A 3TAFA 1N36K 5C2FA 4OVLA 4FWMA 2P51A 1NGBA 1VAZA 1B9DA 3DI6A 4GKJK 1X9JA 3VQQA 2KTQA 1HQEA 3V9ZA 4WFNL 1YF5L 1T03A 4Z4EA 2WBNA 1TKXA 4CJEA 3VQ5A 3SCXA 4K0KK 4FLWA 1JLEA 1NJWA 1KVAA 5AFUA 3OYDA 1TAUA 1BQNA 1XQSC 3PX6A 3KK2A 4CFCA 2OPRA 2YHAA 3FE1A 1WSEA 4CJQA 3FZFA 3MK6A 1GLFO 3O4QA 3ZSYA 3SNNA 1UAXA 2ZD1A 4FWOA 4ISFA 4B3RK 4CEAA 2P9NA 1R59O 3DRRA 4CK1A 3KLHA 1NLVA 1TYQB 4J2EA 3CM6A 3DLGA 2WFBA 1BDGA 3TU5A 1Q9XA 4IKFA 1RCHA 5AQZA 4CJKA 4NCGA 3AGRA 1SKRA 1RDBA 2PBDA 1U04A 1LWFA 1NJZA 5GAEP 4H0OA 4BGAA 4IEEA 3QMLA 3HTVA 2F7TA 4QS7A 5J1EA 2FF6A 3WNFA 4CVNE 5FLXO 1NGGA 3U3GA 2YI1A 3MDQA 3K57A 2ASPA 3OYFA 4ZTFA 4KPYA 4CD1A 2HNYA 2UUCK 1VK0A 4M7YA 4A5AA 4B3OA 2HHXA 2W6LA 3QFUA 4JS5A 3SQ0A 4AHCA 3OYIA 2FXUA 2JLEA 3AARA 4JKEA 1WBDA 3VPZA 3AVAA 4ILHA 5GAGP 4ELUA 4X66K 1U4BA 1QSSA 3QBXA 2QWMA 4JKBA 4DFJA 2PAVA 3IKMA 2PFUA 3CCUN 1EXQA 4YOUA 4H5RA 4DTXA 1YT3A 4DFKA 5BR9A 3VQCA 1XMOK 1N8RO 3CFOA 4BRHA 4JI5K 3OYGA 4BG8A 3AAQA 3NF7A 1K8KA 3ZSXA 4NXMK 1T44A 4CJWA 4GVMA 4NCBA 3I0RA 3KHYA 3ZT0A 1YUWA 4FM0A 2HHHK 3WNEA 4B3MK 2OYQA 3LP2A 1WN7A 2HNZA 5CHIA 3HVRA 4OJRA 4CZEA 3TAEA 4FLYA 1U47A 4H5TA 3H3OB 4DFPA 1U2VB 5FROA 3BZCA 1NK7A 2RHKA 4DHYA 2IGIA 4HWIA 5LJWA 2O8CB 3LANA 1S1UA 2P5GA 1NGCA 3S41A 3TSUA 3I55N 3AO4A 2QKKA 2BANA 4IO8A 4BC2A 4A2AA 3DYAA 3VESA 4O55A 4N41A 4MQ3A 2V7ZA 4AHUA 3EYZA 2NUBA 4LF4K 3M8PA 2FC0A 4DS4A 3L4QA 1J53A 1GLJO 2P9KA 2YKNA 4U67L 4KFBA 3OA9A 1Q86O 3V1QA 4A62A 4IJAA 1S9GA 1RT1A 3D6RA 3N4PA 4Q0BA 4I2QA 3V9XA 2NRVA 3KLFA 4DR7K 4F3OA 2OPSA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4WFN L;  1YIJ N;  3CME N;  4IOC L;  5HL7 L;  2QEX N;  3CF5 L;  1YIT N;  4WFA L;  1K73 O;  3DLL L;  3CCV N;  3G6E N;  1M1K O;  2ZJP L;  3CPW M;  3G71 N;  3PIP L;  3I56 N;  1W2B M;  3J7Z O;  3CCJ N;  3CCL N;  1OVY A;  1KC8 O;  3I55 N;  5H1S Q;  1NJI O;  3OW2 M;  2OTJ N;  1VQK N;  1VQL N;  1VQP N;  3CC7 N;  3CMA N;  1S72 N;  1KD1 O;  1Q7Y O;  1VQ9 N;  4WFB L;  4U67 L;  1Q86 O;  5MLC Q;  5GAE P;  3CCE N;  1K9M O;  5GAH P;  5GAD P;  1Q81 O;  1M90 O;  4WF9 L;  1VQ8 N;  2ZJQ L;  3CC4 N;  2QA4 N;  4IOA L;  1VQM N;  5JVH L;  3CCR N;  3PIO L;  3CCQ N;  1QVG M;  5DM6 L;  4IO9 L;  1YHQ N;  1K8A O;  5GAG P;  1Q82 O;  2OTL N;  1ILY A;  1YJN N;  3CCS N;  1YJ9 N;  3CCU N;  1VQN N;  2ZJR L;  1QVF M;  1YI2 N;  3G4S N;  1YJW N;  4UY8 O;  1N8R O;  1VQO N;  1KQS M;  1JJ2 M;  1VQ5 N;  5DM7 L;  3CXC M;  3CC2 N;  3CCM N;  1VQ4 N;  1VQ7 N;  3CD6 N;  1VQ6 N;  4WCE L;  5JVG L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3AVK A;  5B8H A;  2O4G A;  4IFV A;  2HBM A;  2KW4 A;  4BR5 A;  3LZJ A;  2VCP A;  3NAE A;  3T1Y K;  4LY7 A;  3MCA B;  2E5L K;  5M1Q A;  3BP8 A;  3ZLJ A;  3LDS A;  1SL2 A;  1M1K O;  5C24 A;  4PKI A;  2O8E B;  3PIP L;  4CIE A;  2O8F B;  1ATS A;  4EIA A;  3OS0 A;  4CHP A;  2O8C A;  3J7Z O;  1CZ9 A;  3O9Q A;  5KPR A;  4IBN A;  4V19 S;  4YDU C;  2Z1I A;  1L3U A;  1XMQ K;  4C8L A;  4LF5 K;  1HNX K;  4H4M A;  3RSE A;  2HF4 A;  4FWP A;  4R79 A;  1X3N A;  3RMC A;  3I0S A;  1JCG A;  1KAY A;  1RBU A;  4DSF A;  2W40 A;  4DTJ A;  1HNV A;  4KKO A;  1VQ9 N;  4Y0W A;  1BGX T;  3J7Y P;  3SZ2 A;  4CEQ A;  1Q9Y A;  1ZBH A;  5C15 A;  3SPY A;  3CCE N;  3CJ7 A;  1RDW X;  3SAG A;  3MXI A;  5C0Y A;  1DT9 A;  2D0P A;  5CY4 A;  1HJR A;  3J81 O;  3A8Y A;  3RTV A;  2YHX A;  4DV6 K;  2Z1J A;  5FRM A;  3L2W A;  5KQD A;  4RW9 A;  2RKI A;  3LPT A;  1NJY A;  4O4G A;  4JI4 K;  3FFI A;  2YJE A;  3D2F B;  1A5W A;  4BQL A;  1SV5 A;  4FK4 A;  1YTU A;  1SZ2 A;  4BR7 A;  3ZYY X;  2ITM A;  4JI1 K;  1RBT A;  4BRD A;  4DTP A;  2Q0U A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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