5HL7L

The crystal structure of the large ribosomal subunit of staphylococcus aureus in complex with lefamulin
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
109
structure length
109
Chain Sequence
ISKIDKNKVRLKRHARVRTNLSGTAEKPRLNVYRSNKHIYAQIIDDNKGVTLAQASSKDSDIATTATKVELATKVGEAIAKKAADKGIKEIVFDRGGYLYHGRVKALAE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A novel pleuromutilin antibacterial compound, its binding mode and selectivity mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 50S ribosomal protein L2
molecule tags Ribosome
total genus 16
structure length 109
sequence length 109
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-01-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5hl7L01
1KQSM 5GAGP 3CCEN 1VQKN 2ZJPL 5JVHL 1YJNN 1VQPN 4WCEL 3G6EN 1YI2N 5GADP 1K9MO 2ZJQL 4WF9L 5H1SQ 1VQMN 1OVYA 3G4SN 1N8RO 3CCLN 1QVFM 1VQ8N 1M1KO 1K8AO 1VQ4N 3CPWM 1VQ6N 1NJIO 3CF5L 1VQON 5MLCQ 1YJWN 3CCRN 1QVGM 1YJ9N 1VQ5N 3CC4N 1YHQN 1VQLN 3CMEN 3CCMN 2OTLN 1ILYA 4UY8O 3CCJN 5GAHP 3CCSN 1Q81O 3J7ZO 4IOAL 1Q86O 1Q82O 4IO9L 1JJ2M 3DLLL 1Q7YO 3I56N 3PIOL 1W2BM 5DM7L 2QEXN 5GAEP 1VQNN 3CCVN 3OW2M 3CC7N 3CMAN 3CCUN 3CC2N 3CD6N 1VQ7N 1S72N 3I55N 2QA4N 5JVGL 4IOCL 1YITN 1KD1O 4WFBL 3CCQN 3G71N 1M90O 5HL7L 5DM6L 1K73O 3PIPL 1VQ9N 1YIJN 4U67L 1KC8O 3CXCM 4WFNL 2ZJRL 4WFAL 2OTJN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1W97L 1JLQA 1KAXA 5B8HA 3SJJA 1LW2A 4BY9C 1JL1A 3TABA 1FJGK 2GWKA 4K8ZA 3CQXA 3KK2A 3RWUA 3MEEA 3KLFA 4FCYA 3TPQA 4BQLA 1XMQK 2NLXA 3HJFA 4FOIA 3JS6A 1BI4B 1YAGA 1KTQA 1WAJA 3TTCA 3L3VA 2HHQA 3L2WA 3RR7A 4OKEA 5AQIA 5H1SQ 1NGEA 4LF8K 3SBTA 4FJ7A 2H3GX 5BPNA 2KTQA 3FE1A 3SV4A 1ASUA 3D7EO 3VQCA 4BG8A 3HVRA 3VGLA 1QSLA 5J2PA 1VQON 3R3LA 4NXMK 4IFYA 3CJAA 1RFQA 1BA0A 4Z4GA 4DHYA 1C0FA 1TKDA 2KZZA 3D45A 1S1XA 2F9TA 4M7XA 2ETJA 1YJ9N 2XY6A 4DSLA 2KLAA 1HYSA 4YOTA 3PY8A 3FZKA 4GNIA 4KHQA 4UY8O 3HTVA 4CBUA 4KKOA 4C1NI 3ZSRA 4JKCA 3OYNA 3THYB 3S3OA 4B9SA 2QK9A 3SAGA 3NVMA 3ZX3A 3LAKA 3TAPA 4FK4A 3NF9A 3B6OA 2QEXN 2G8HA 2NRXA 4CF1A 1WSEA 1KFSA 5C42A 3NVKA 3OW2M 2O8CB 2Q0RA 4LD0A 4DV4K 1U6ZA 3OYDA 3CFRA 4E7KA 1VQ7N 2CH5A 5GINA 3SI6A 4FWMA 3VMFB 4FOEA 1RT6A 4Y1DA 4E7LA 3E9LA 2O4IA 4BRGA 3MX2A 1NNEA 1IBLK 2V7ZA 3V9WA 1KVCA 4GKKK 2JLEA 2VG6A 3FFIA 4E19A 3JSMA 2YI1A 3UKRA 2D4WA 2XHBA 3KWGA 3V1RA 4DQ8A 2E2PA 4W5OA 3QICA 5AQVA 2UU9K 4M45A 5GAGP 2OCEA 4JKEA 3ZSQA 4ZTFA 1YJNN 4KH6A 4IOXA 4C8NA 5IWAK 1RNHA 3E1YA 5BPMA 1NLVA 1UA0A 4LF6K 3VEZA 4AF1A 4N76A 4K25A 3AV9A 2P9KB 3HM9A 4MLEA 5AQGA 3R1XA 4CHYA 4M3WA 1XHXA 3AO5A 4FJKA 4WE1A 1BOTO 1M1KO 1ZC6A 2HOEA 4FLZA 1XC3A 2P9UA 3VEYA 3CPWM 5F1XA 3IUCA 2IIRA 1VSKA 1WLJA 3GL1A 5FROA 5KGXA 4JI7K 4Z4EA 4BGAA 4EP4A 2F9WA 1LOTB 3OBYA 4DTNA 3SUPA 5TKWA 4JAXA 1ZYQA 3G0ZA 5FLXO 4OJRA 1DT9A 4JI6K 4CEEA 4CGIA 4JYAK 3DXMA 3HP9A 1EX4A 2HF3A 5D3GA 4FLUA 3ZSZA 3ID6A 1F21A 1HPZA 1S1TA 3VQAA 5KI6A 4FK2A 4IEIA 1XMOK 3VERA 3QEIA 2E88A 3V1OA 4JI1K 1U2VA 4B08A 2OPSA 2G8WA 2P9LB 2GTDA 1RGIA 3LALA 3AA5X 1NJYA 5GIOA 2HVIA 3RR8A 3QBXA 4JKGB 1BWFO 3F5TA 3CCUN 4M3XA 1VHXA 5AZIB 4LY7A 3D0PA 3FR0A 1MU2A 1NGCA 2Z1JA 5AQYA 4CJ7A 2JWKA 5AJ3K 4N56A 3K5NA 3ZEUB 4M3TA 4O55A 4DV5K 4FLYA 4W5NA 4B9LA 2BUPA 3E9OA 3QFUA 3SPYA 2P9PA 2JGUA 4PKIA 3FZFA 3L6QA 3DOKA 1WSFA 1ZBLA 3LZIA 4GKJK 2X6SA 2E4LA 1LW0A 3TTFA 3NGYA 3O6WA 3HVTA 5A2QO 4NLCA 3U4LA 2E2NA 4CEZA 4YNQA 3C0BA 3DI6A 4O0IA 5KRSA 5I9EB 3QEWA 2O8EB 1S1UA 2D0BA 1P90A 1TYQB 5AQSA 1NGBA 1RCHA 1KLNA 3K5MA 1RDCA 4DSIA 4DTJA 3MWTA 1NJIO 3SLCA 3P4IA 3QDKA 1B9DA 4HTLA 2NRZA 5HRSA 1NGGA 1RT2A 5FPEA 3AVLA 1BQMA 4PKGA 1ZBIA 4FM2A 4N5SA 3P5JA 3KJVA 2P9IA 3S41A 4CEFA 3ZSWA 1REVA 3QMLA 2QM1A 3HPHA 1S9GA 4NCBA 4JI5K 4A2AA 4DU4A 5EVZA 4LFAK 4J2AA 4FVUA 4C8LA 4RG8A 2A6AA 1VSLA 4CJSA 3ZT1A 4B3RK 4KRFA 3AAQA 4EHTA 3TAQA 4KB0A 3A5MC 1S22A 3L3UA 4W5QA 4IDKA 4JI4K 3CJ1A 4CEQA 1NKCA 4ID5A 1U4BA 2O8BB 1R59O 4LSNA 1KD1O 3ZYYX 4IWVA 4K41A 1TK0A 5JMVA 1YT3A 3A5NC 5CYMA 4CF0A 4RCHA 1YVUA 3TU5A 5HL7L 3TAGA 4DTPA 3UKUA 5DM6L 4H5VA 3DWLA 4FJIA 3HO1A 1FKPA 3O9UA 1JCEA 3SQ4A 1IBKK 4H0VB 3DLHA 4M3YA 4GMJB 1ATSA 3FFKB 2HHVA 4IXCA 1T44A 1HMVA 1JLBA 3LWLA 1T6CA 5LJWA 2G8KA 2O8FB 4BRNA 3B6PA 3IKMA 2FSJA 3VEWA 3ENHA 1B92A 1JXBA 4ID1A 3VGMA 1K9MO 2A1SA 2W6KA 4DTMA 3R6MA 1WNSA 4DQSA 1QSYA 3P39A 3V9ZA 3AO3A 2F7TA 1RT4A 1SKRA 4EP5A 1X9MA 4FZXC 3ZX0A 4B9VA 1VQ4N 4FW2A 4H0TB 5MLCQ 3HOTA 1QQNA 5HP1A 2NRVA 2HMPA 5CZ1A 1WUAA 5KPZA 3H3NO 2HBLA 1N36K 3SMPA 3ZCMA 1Q9YA 4HUEA 3D2EA 1YHQN 1Q9XA 3SQ0A 2P1JA 4LF9K 4YOYA 1WN7A 5C12A 4QS8A 4LFBK 2JWLA 4DSEA 3THXA 1RBSA 2W6LA 3RTVA 2CGJA 4H0PA 1JJ2M 3ITHA 4K43A 2Z1HA 5E41A 3AVAA 5EXWA 2P9NB 3R8EA 1S1WA 1RDUA 2V52B 3PX6A 4YORA 3CCVN 3EE8A 4CFAA 4CF9A 4X64K 1NBWA 1UOCA 1YVNA 5C15A 4CZLA 4RTFD 5BRHA 1WAFA 1TAQA 4JNEA 3K59A 5J2NA 2GX9A 3G71N 4O8KA 3RMAA 3HSTB 3J8AA 2PAVA 3QBWA 2VYPA 2HVHA 2HHSA 4FW1A 3HPGA 3ZSXA 3BEXA 3QERA 2KHOA 4B3MK 4B8CA 3NE6A 3I33A 1G99A 4XEIA 4BC3A 4H5RA 1QQOA 4FWLA 4FXDA 1NGFA 4RW9A 4WYBA 1GOAA 3OYEA 1YI2N 2IVNA 4NO7A 1RT3A 2KW4A 1RTDA 2RKIA 3OYKA 4KHSA 3HYFA 1NJXA 4QCLA 4FWPA 4AHVA 4E7JA 1DKGD 4BGBA 4KFBA 4JK7A 3DXKB 4HCBA 4I2QA 4MLHA 2QWLA 4B1VA 3O3HA 1D9DA 1WOQA 1IBMK 4BVOA 1E4GT 4BQZA 4DTXA 4C23A 4CK2A 2A3ZA 3LM9A 3V81A 2V51B 4CZEA 3Q7CA 1BO5O 2I7NA 3ISNC 3WNHA 1X1PA 4IJNA 4DTRA 2E20A 5KQ8A 3CC4N 4IKFA 4KTZA 1NKBA 2ZQBA 1TAUA 3OS1A 5TKYA 4DTUA 3VEVA 3L0QA 2P9UB 5C0YA 2KFNA 4Z4IA 2Q3SA 4NCGA 1U49A 1TUYA 3H08A 1Y64A 1UAXA 3UB5A 4LH4A 4JI0K 3MX5A 4A59A 3OYCA 3EEQA 4ICLA 3SPZA 4CFBA 2FBYA 4O5BA 4Y0WA 1KCFA 3VENA 3DXMB 3E66A 1CLQA 4BC5A 5AQXA 3MCAB 3VQ4A 3T3FA 4IOCL 3TAEA 4LH5A 3EL2A 1CZ9A 2KQ2A 4CERA 3T7ZA 4B9UA 2DFHA 2YCHA 4FJGA 4KHWA 1HQUA 4BRDA 3VF4A 2XY8A 1HNWK 1SKSA 3BZCA 1U2VB 2ATQA 3JYTA 3D6RA 3QESA 3MN6A 2RN2A 1HLUA 2D0OA 2ZJRL 4IDHA 4MDAA 3EO3A 4NXNK 2FC0A 1NGDA 4JLHA 3VF2A 1T3VA 1V4TA 5EY4A 4PL7A 1N33K 4GV6A 5AQOA 1VQPN 1K6YA 3G6EN 4DTSA 2QXFA 3CIPA 3EZWA 1RBTA 4KREA 4C1NK 4ISFA 1HKBA 3KLIA 2B6AA 4DU3A 4F3TA 2AJQA 5HRRA 3VA0A 2O8DA 4DFMA 2P9PB 3F9MA 4DV2K 4TSXA 5AQMA 1RDBA 1VRTA 1TUUA 3TARA 4HWIA 3V9XA 3OVNA 4BWMA 4Q0BA 4MFBA 3IG1A 3TTDA 4CBXA 1VSMA 3CG7A 2VCPA 4MO5A 4J2BA 3CQYA 3E9PA 1OKJA 4FWSA 4GY2B 3TSPA 2FSNA 2YNFA 4ISEA 4B9MA 4CZHA 3CCSN 5JLFA 2OYQA 2F8SA 4N47A 1EQYA 4DV3K 1W0HA 1XQSC 3K5OA 1Z26A 3FLCO 4KH4A 4C8OA 4M63C 2NRRA 1U45A 3NF8A 4JD2A 4B9TA 2WC9A 3G25A 2I7PA 3MDQA 1T6DA 1WBBA 2KFZA 2P9IB 3H3OB 3RMBA 5FRMA 4YDUC 3VQPA 3AGRA 4LFCK 4JKFA 3AVBA 4HUGA 3L2VA 4AHTA 2VWKA 4QS7A 2NZTA 3O80A 4U7BA 4ISGA 3AARA 4DU1A 3K9JA 3DLBA 4CESA 4WFNL 3ZSYA 2PYJA 5C25A 3O3FA 2W42A 2ZWHA 4M7YA 4JK9A 2VGMA 1ZXOA 1WB9A 4G1QA 1RBRA 3WEEA 1L3VA 4EZ6A 2IOCA 3CYMA 4XH5A 3SMSA 5M1KA 2UXBK 2RE2A 2YJEA 5FPMA 1S6QA 1IO2A 3VQBA 1OVYA 1VRUA 4ZTJA 3CCLN 3KK1A 4IFVA 1QVFM 4E0DA 4OLAA 4X65K 2A41A 4HVJA 1EP4A 3C6HA 1J9AA 3L2QA 5AQNA 2VWBA 4F9OA 4IJAA 3KLGA 2HNYA 2DFFA 4FJ9A 3VETA 2YHBA 4CF8A 4CZFA 1QQMA 1SV5A 1JLFA 4YY3K 1GLBG 4JKAA 1HNVA 3EKUA 2F8TA 2UUCK 4O8UA 2UYTA 3SV3A 1RBUA 5AQFA 1Q81O 5E26A 4Q5VA 1QHAA 4JRPA 4FLVA 3KWIA 3UIQA 1C1CA 4JEPA 3ASMA 3I56N 1IKVA 4CHOA 3TAFA 3PIOL 1IV0A 4F4KA 3NF7A 3SUOA 1A5VA 4FSVA 3MCPA 5C2FA 4F2SA 1RTJA 4LF4K 1BIUA 1T7PA 2DTUA 4BRPA 1W9HA 1BGXT 2NNWA 4YHHK 3NFAA 2G8UA 5FRNA 4W5TA 4G9ZA 1NGJA 4MO4A 3K9KA 5BPLA 2QTDA 4DF8A 1JLEA 4E89A 3THXB 3O9QA 4WFBL 3NH0A 1WSIA 4AH9A 1C1AA 3ALYA 4BE0A 4A57A 2BDPA 3M8QA 4PUOA 2HHWA 3EY1A 3OJUA 4DV1K 1X9JA 3GDQA 3L2RA 2FBXA 2G8VA 1NGAA 4CIEA 4ILGB 4E1NA 1HR0K 2OTJN 1MWKA 3QINA 1C6VA 5DK5A 3LDSA 4FLXA 3O08A 4DSKA 4KHPK 3NAEA 5JVHL 1RDDA 3CJ9A 4CK3A 4EAHD 4FK0A 4AHRA 1LWEA 3PSFA 1HQEA 3OYBA 2QWPA 3BP8A 3U9ZA 2ASOA 3K57A 4EIAA 3U6FA 4QAGA 3A5LC 3ZT0A 3OYGA 1GLEG 3EN9A 4YOXA 3IRXA 1NK4A 1JKHA 3ATUA 3AVJA 1FK9A 3FZLA 4FM1A 3AA4A 3VTIA 3QETA 4BR0A 3CQ8A 2YHAA 3H46O 3HM8A 4B3TK 2P9SB 1QVGM 4DV6K 1TL3A 1VAZA 1JCGA 3DLKA 1SS6A 4CJ5A 5AQPA 5M1FA 1HYZA 5CR4A 4DUZK 2BE2A 4YFUA 1BG3A 2OTLN 1RTHA 2A40A 3J7ZO 4BDZA 1DEJA 3KK7A 4DMNA 4IOAL 3CFPA 1BI4A 4FJHA 3M6GA 4FJMA 3H6EA 3SBGA 4DQIA 2WUSA 4CHNA 2WFBA 2YNGA 3CM5A 1ITGA 5HBMA 2FXUA 5SWMA 3DRPA 3TWHA 2Y1IA 5CY4A 5AFUH 2ITGA 2P5OA 2F4VK 3CMAN 5I3UA 3DLRA 4OVLA 3AVKA 4I6MA 4BACA 1TV6A 3U3GA 4H0XB 2QW9A 3C65A 4FJ8A 3A5OC 3CJ7A 4BG9A 2BTFA 4CZGA 2QWOA 4KV8A 2D0CA 4OPAA 2X78A 1YIJN 4YOVA 3A0IX 3CM6A 1NK8A 4JHDA 1S5JA 2IDOA 2WBNA 4CFDA 3DLEA 4AM6A 2XO7A 4BDYA 2ITMA 2HHHK 2Y1JA 4DR5K 4JK8A 4I7FA 3THYA 4B1UB 3M1FA 3ULEA 2YV0X 1I39A 3NH1A 3AVIA 2ZJPL 5AQKA 4ELVA 5HROA 4NB4A 2UUBK 4Z4CA 3LPUA 4OGEA 4NLBA 1WBDA 2HNDA 3LDPA 3I0SA 3WQUA 3VQ6A 4DF4A 3O4NA 4BRHA 1IH7A 3VQ9A 2WTUA 2E6MA 4H0YB 3VQQA 1K8AO 3F2KA 1D5AA 5E84A 3VQDA 4BROA 2KZMA 4YOUA 1CZBA 4FWQA 5ELZA 3QO9A 2RHKA 4H03B 4CJLA 2UUAK 3P38A 2FF6A 3PUFA 1IKXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1KQS M;  5GAG P;  3CCE N;  1VQK N;  2ZJP L;  5JVH L;  1YJN N;  1VQP N;  4WCE L;  3G6E N;  1YI2 N;  5GAD P;  1K9M O;  2ZJQ L;  4WF9 L;  5H1S Q;  1VQM N;  1OVY A;  3G4S N;  1N8R O;  3CCL N;  1QVF M;  1VQ8 N;  1M1K O;  1K8A O;  1VQ4 N;  3CPW M;  1VQ6 N;  1NJI O;  3CF5 L;  1VQO N;  5MLC Q;  1YJW N;  3CCR N;  1QVG M;  1YJ9 N;  1VQ5 N;  3CC4 N;  1YHQ N;  1VQL N;  3CME N;  3CCM N;  2OTL N;  1ILY A;  4UY8 O;  3CCJ N;  5GAH P;  3CCS N;  1Q81 O;  3J7Z O;  4IOA L;  1Q86 O;  1Q82 O;  4IO9 L;  1JJ2 M;  3DLL L;  1Q7Y O;  3I56 N;  3PIO L;  1W2B M;  5DM7 L;  2QEX N;  5GAE P;  1VQN N;  3CCV N;  3OW2 M;  3CC7 N;  3CMA N;  3CCU N;  3CC2 N;  3CD6 N;  1VQ7 N;  1S72 N;  3I55 N;  2QA4 N;  5JVG L;  4IOC L;  1YIT N;  1KD1 O;  4WFB L;  3CCQ N;  3G71 N;  1M90 O;  5HL7 L;  5DM6 L;  1K73 O;  3PIP L;  1VQ9 N;  1YIJ N;  4U67 L;  1KC8 O;  3CXC M;  4WFN L;  2ZJR L;  4WFA L;  2OTJ N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1W97 L;  1JLQ A;  1KAX A;  5B8H A;  3SJJ A;  1LW2 A;  4BY9 C;  1JL1 A;  3TAB A;  1FJG K;  2GWK A;  4K8Z A;  3CQX A;  3KK2 A;  3RWU A;  3MEE A;  3KLF A;  4FCY A;  3TPQ A;  4BQL A;  1XMQ K;  2NLX A;  3HJF A;  4FOI A;  3JS6 A;  1BI4 B;  1YAG A;  1KTQ A;  1WAJ A;  3TTC A;  3L3V A;  2HHQ A;  3L2W A;  3RR7 A;  4OKE A;  5AQI A;  5H1S Q;  1NGE A;  4LF8 K;  3SBT A;  4FJ7 A;  2H3G X;  5BPN A;  2KTQ A;  3FE1 A;  3SV4 A;  1ASU A;  3D7E O;  3VQC A;  4BG8 A;  3HVR A;  3VGL A;  1QSL A;  5J2P A;  1VQO N;  3R3L A;  4NXM K;  4IFY A;  3CJA A;  1RFQ A;  1BA0 A;  4Z4G A;  4DHY A;  1C0F A;  1TKD A;  2KZZ A;  3D45 A;  1S1X A;  2F9T A;  4M7X A;  2ETJ A;  1YJ9 N;  2XY6 A;  4DSL A;  2KLA A;  1HYS A;  4YOT A;  3PY8 A;  3FZK A;  4GNI A;  4KHQ A;  4UY8 O;  3HTV A;  4CBU A;  4KKO A;  4C1N I;  3ZSR A;  4JKC A;  3OYN A;  3THY B;  3S3O A;  4B9S A;  2QK9 A;  3SAG A;  3NVM A;  3ZX3 A;  3LAK A;  3TAP A;  4FK4 A;  3NF9 A;  3B6O A;  2QEX N;  2G8H A;  2NRX A;  4CF1 A;  1WSE A;  1KFS A;  5C42 A;  3NVK A;  3OW2 M;  2O8C B;  2Q0R A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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