5HRNA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k mutation complexed with gsk0002
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
152
structure length
148
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSATVKAACWWAGIKQEFGIPYNPQSQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 54
structure length 148
sequence length 152
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrnA00
3P83D 4DTUA 1L3SA 2DFHA 1HNVA 3SPZA 2G8FA 1D5AA 1SL2A 3DLKA 1G15A 3P5JA 4FCYA 1NJXA 4FXDA 3ZSYA 4DTXA 3HP9A 4Z4CA 3V81A 5K14A 4M3RA 2X74A 3HYFA 5CZ1A 4OLAA 3OYJA 2G8KA 2O4IA 3LAMA 1U04A 3QERA 4CK3A 3HXMA 2DY4A 4B9SA 4RW9A 2LSNA 4C8MA 4OPKA 3D0PA 4DQIA 5CYMA 3O3HA 1RT3A 4W5QA 4CJTA 5DMRA 1BQMA 1B92A 1RBSA 3SQ4A 3VA3A 2XY8A 4ICLA 1MU2A 4RG8A 3LP3A 1SKSA 4FM1A 3TARA 1CXQA 2X6NA 3QESA 4JRPA 4CF1A 3PO5A 5EU7A 3H08A 4EZ9A 2F8TA 4CE9A 1T03A 2OZSA 1RT5A 1WSIA 4CK1A 4FYDA 4F3TA 3AO5A 1BQNA 4E7KA 3QO9A 1RDCA 3MEEA 4DQPA 2HNZA 1TL3A 3HP6A 2XY6A 2NUBA 3NGIA 2QKKA 4CF2A 1X1PA 3L2WA 3TAQA 1N5YA 4Z4FA 3V6DA 1FXXA 3PY8A 1QSLA 1Q9YA 1RBTA 5C42A 1YTAA 4RW6A 1LV5A 1S9GA 3AVIA 3ZSZA 3KD5E 3AVAA 4OKJA 3K5NA 4W5OA 4MQ3A 3DM2A 1KSPA 3PX0A 4BDPA 2XRIA 4ZTFA 3V9XA 3WNGA 4HUFA 1L3UA 3OYBA 3L2QA 1JLBA 1BIUA 1U49A 5KI6A 3TWHA 4DLEA 1D9FA 2HW3A 1NK6A 2KZZA 1IKVA 3I0SA 3QEIA 2OPPA 4M41A 3NE6A 4F4KA 4FVMA 4DTJA 1WN7A 1J54A 3KLIA 2B6AA 1LAVA 4G1QA 1WAJA 3RMDA 4FJMA 1JKHA 1VRTA 4CJVA 5T7BA 3RRGA 4ID5A 2P5GA 1FK9A 1ZBLA 1J53A 1KCFA 2HB5A 4OKEA 3OS0A 3SV3A 1YT3A 4M45A 2PY5A 4DSIA 1S5JA 1NJWA 3OYAA 3NH2A 2YHBA 1KFSA 4M3XA 3VQ9A 1LW2A 3MECA 3G10A 2PZSA 1HPZA 1UWBA 1HQEA 4LSLA 3B6OA 3IRXA 4CEFA 4CGFA 4CESA 3V9WA 1EETA 3AVBA 4CGJA 3NF8A 3VN5A 2IS3A 4AILC 1Z25A 1JLFA 4N5SA 4BWJA 3MEDA 2IC3A 4DF4A 4E7LA 3EY1A 4DTNA 1TL1A 2I5JA 3PUFA 3VQ7A 3ZT1A 1TGOA 3DOLA 1T05A 3MXMA 4PY5A 3OJUA 2G8IA 4TSXA 2OPQA 4OGCA 5HRNA 3JSMA 4CJEA 3LANA 4BE1A 4CF0A 4CCHA 4DU4A 4DTMA 3DRPA 5FDLA 4CF8A 4FLYA 5HLFA 4J2AA 4B9TA 2E4LA 2P1JA 3OS1A 4C8KA 3CM6A 1A5XA 3LP2A 1X9SA 2HVHA 3ZSRA 3RMBA 1QSSA 5KGXA 2G8UA 1CLQA 5I42A 3QLHA 5D3GA 1U45A 1IG9A 2OYQA 4KHWA 1S1WA 4M42A 3OVNA 1R0AA 3VQ8A 4FK4A 1VRUA 4O0IA 1EKEA 3V4IA 1JLQA 4CEZA 2HMIA 4O55A 1DTQA 1HYVA 1TKXA 4FLUA 1QTMA 1QE1A 3E01A 1SUQA 4RW8A 3LWLA 4DFMA 3TAGA 2GUIA 2A1RA 1NJZA 1QSYA 3HVTA 4CHQA 4CFBA 1IKYA 3AVHA 4CECA 3AVLA 1VSFA 3LP1A 3DYAA 5FRNA 2HHSA 1TAUA 4NYFA 4I7FA 3I8DA 3QEWA 2IDOA 3LAKA 3KKSA 5HRPA 1LAWA 3PO4A 4DQSA 3HPHA 1KVAA 1S1XA 4HUGA 5C24A 4B9VA 2X6SA 3NF7A 3SUQA 4KB1A 3THVA 1QHTA 1TV6A 4EP5A 4FJ5A 4E19A 2GBZA 1X9MA 4CJWA 4DTPA 1QS4A 1NK0A 2OPRA 2RKIA 4FLWA 3AV9A 1RT1A 3AVMA 3DLHA 2DFEA 5J1EA 2HHTA 4M3WA 4AHUA 3S3OA 1XC9A 1NKCA 3DLBA 3SZ2A 4Y1CA 3ALYA 3SYZA 4CJ5A 1VSLA 4YNQA 3PX4A 3CYMA 3ASMA 3SQ0A 4OGEA 3C6UA 1KLNA 3K5OA 5CZ2A 1GOBA 1BCOA 1KFDA 4FLVA 5J2NA 3OYEA 3AA3A 2RF2A 4NYNA 4Y1DA 4CF9A 4DTRA 4KB0A 3OY9A 3DLGA 4FJKA 3OS2A 1TK8A 4B8CA 4DF8A 1RDBA 2AJQA 5C25A 1F21A 1VSEA 1FKOA 1TKZA 2YNGA 4IG3A 3TAMA 3K5MA 1RBVA 4FJJA 3IS9A 3SNNA 5J2QA 1S6PA 1L3VA 4EZ6A 1S9EA 3HJFA 4KTWA 3S9HA 4CGDA 1JXBA 4GMJB 4CHYA 4Z4GA 4QAGA 4FLZA 1WNSA 1JL2A 1YVUA 1WSHA 3AA4A 3M8PA 4NCGA 4E1MA 2YNFA 4EP4A 4R5PA 1K6YA 4CHPA 1ASVA 1IKXA 2D0BA 3SQ2A 1HNIA 3ZSWA 2QXFA 3NDKA 2VWJA 3SPYA 3L3UA 2Y1JA 4FK0A 1SL0A 4KHYA 4YFUA 1C0MA 3VQ5A 1NKEA 4C8LA 3AO1A 1D9DA 5I3UA 1JL1A 3LALA 4KPYA 1RTJA 3HSTB 2FBYA 3KLFA 1RCHA 4LD0A 3DRRA 4CIFA 2OA8A 4RW4A 1C6VA 4DLGA 4KHQA 3SJJA 3TAPA 2FC0A 4CFCA 3WNEA 3M8QA 4ELTA 2FBTA 1EXQA 3ZT0A 4O44A 4E7JA 2DFFA 3ISNC 3VQPA 4Z4HA 3SI6A 4CFDA 3QEVA 5HROA 4M3ZA 1UOCA 4HCBA 1WSEA 3DI6A 4J2DA 3CQ8A 4DFJA 3F73A 3NF6A 3ZSVA 1YTUA 4AH9A 2O4GA 2HNDA 1RNHA 3KIOA 4FJIA 1O1WA 2BGGA 3LPTA 4IFYA 3IG1A 3VQDA 3WNFA 3KLEA 4DFPA 1RTDA 4L8RB 2KW4A 4N56A 3NH0A 2HNYA 3OYLA 1GOAA 3M8RA 1X9WA 4CHNA 2P5OA 1A5WA 3CFOA 4JS5A 3LP0A 3AA5X 4O0JA 3OYIA 1RBUA 3O4NA 1IKWA 1BIZA 1WAFA 4LSNA 2BANA 3OYDA 3QETA 3IAYA 4FJGA 4CEEA 4CJ3A 1W9HA 4KI4A 4RW7A 3KK1A 4Q5VA 4F3OA 4WE1A 4ELUA 3AO2A 2OPSA 3B6PA 4GW6A 3DLEA 5KRSA 1UA0A 5FRMA 2W42A 1KLMA 1ZBFA 1Z26A 5JS1A 3LZJA 3C6TA 3BDPA 4I9LA 3OYNA 1RBRA 4B08A 4DWIA 1VK0A 4KRFA 3T3FA 4CHZA 1RT6A 2YV0X 3RR7A 4JS4A 5JS2A 3SUPA 3ZCMA 4W5RA 2F96A 2B5JA 4FW2A 3OYMA 4PA1A 3NCIA 1KRPA 4DSEA 1C1BA 3LWMA 1JLEA 1Q9XA 4Z4EA 2XO7A 2D0CA 1RT4A 2Z1IA 4CJRA 2ETJA 4DS5A 1UAXA 3ITHA 4AHRA 3U6FA 3NAEA 4M3YA 1U47A 4CK2A 3HPOA 4JRQA 1NKBA 3OYFA 4ELVA 4I9QA 1ZBUA 5KTQA 4B9NA 2F8SA 1C0UA 3QNOA 2Z1HA 2FBVA 3KLGA 3PX6A 1IO2A 1S1UA 4OJRA 3HVRA 3K58A 4FLXA 3TR8A 3RWUA 3F9KA 1W0HA 3OYKA 4KV8A 1XHZA 2E6MA 4Z4IA 4Z0UA 2HVIA 4KFBA 4KKOA 4AHVA 5J2PA 2XY5A 4FJXA 4QOZB 2KZMA 3NGYA 1VSMA 1VSIA 4J2BA 2YNHA 4OVLA 4Q0BA 4CEDA 4CFAA 3SUNA 5KRTA 2QK9A 4CJQA 3QEPA 1XHXA 2P51A 4BACA 4E7IA 3TI0A 2YKNA 4CJ4A 2KFNA 3MEGA 2QKBA 3L2VA 4CERA 3DOKA 5FROA 1BHLA 3CFPA 2EX3A 2G8WA 4IDKA 4H4OA 3L8BA 4CGGA 3C95A 2HHUA 1REVA 2HHQA 4FJ8A 3HK2A 4DQQA 3KK2A 4GVMA 4PQUA 3P1GA 1XWLA 2HHWA 1HYSA 4FJ9A 3AVJA 4BWMA 4N41A 1T8EA 3HL8A 1KVBA 4B9LA 3HM9A 1DLOA 2OZMA 4B8AB 4DSLA 4CEOA 4CEAA 3ZT3A 1LW0A 4FK2A 3TAEA 3SQ1A 3WNHA 3JYTA 1JXEA 2HHXA 1HMVA 3NFAA 1SV5A 1HRHA 4XIUA 3CFRA 4AHSA 4KHSA 1ZBHA 4AHTA 1C0TA 1HJRA 2ITGA 2ZE2A 3QINA 3NGZA 3KD1E 4FJLA 4O4GA 4I2QA 4C8NA 1EX4A 4E7HA 1ITGA 1BGXT 3V1QA 1SKWA 4OLBA 4BE0A 2ATQA 2E6LA 1ASWA 1RILA 3KLHA 3EYZA 1N6QA 1TKDA 4F2RA 1RTIA 2VG6A 3TANA 2KFZA 1U48A 4K8XA 1CXUA 1I3AA 1BISA 1Y97A 3BGRA 1J5OA 4KAZA 4CIGA 4DSFA 2VWKA 4ZTJA 3O4QA 4KREA 1A5VA 3MXIA 1ZBIA 1S1VA 4FJNA 2DTUA 1TK0A 4E1NA 3OYHA 1ZYQA 1BI4A 5DK5A 3V9SA 5SWMA 1JLGA 4CHOA 2YNIA 3CM5A 3VQ6A 4FZYA 2Z1JA 3UIQA 2YHAA 4DSKA 4IBNA 1NJYA 4F8RA 1I39A 1TKTA 4B9MA 2PYJA 1B9FA 1U4BA 4DG1A 2Q3SA 3DMJA 3K59A 1NK7A 1CZBA 5E41A 4DTSA 4FZXC 1WSFA 1NOZA 2RPIA 1J9AA 1BI4B 4NCBA 1TAQA 4FM2A 3TABA 4H4MA 1UA1A 2D0AA 2XY7A 3OJSA 2BE2A 4JLHA 1VSHA 3HT3A 4OKKA 3HO1A 3M8SA 3VQEA 4HTUA 3C94A 4C8OA 4NCAA 4N47A 3LDSA 2A1SA 3RRHA 1JLCA 4N76A 3KTQA 4LH5A 5SZTA 3U3YA 1JLAA 3VQBA 1WSJA 4QCLA 3ZSXA 1WLJA 2VG5A 4HVJA 4HCCA 1TVRA 4KTZA 5HRRA 4CEBA 3L2RA 3SV4A 4H8KA 2VG7A 3AVCA 2R7YA 4E3SA 4IKFA 3K2PA 1Q8IA 1D8YA 2GV9A 2KQ2A 3D45A 2WOMA 3V1OA 4CJSA 3O3GA 3OYGA 1NK8A 4J2EA 4B3OA 3QIOA 3VQCA 4W5NA 4KHUA 4CEQA 3KK3A 4CIEA 1BCMA 4DQRA 1BL3A 1GOCA 3FFIA 3V1RA 3QEXA 4BE2A 1CZ9A 3U3GA 3NHGA 3VQ4A 4PWDA 1B9DA 4DU3A 2IGIA 1RDAA 3MXJA 4DU1A 1LWEA 3S3NA 4W5TA 2BDPA 4F2SA 3VQAA 3AO3A 1C1AA 1VSKA 4KO0A 4CJLA 4CGIA 3G0ZA 3O3FA 3NF9A 3NH1A 1NK9A 1EP4A 2B4JA 2JLEA 4OPJA 2Y1IA 4DSJA 3QIPA 4CJUA 3RMCA 3KJVA 1RDDA 3AVFA 3HPGA 1HYZA 4CJKA 1WSGA 4ID1A 1QQCA 4B9UA 1T7PA 4KTQA 4AHCA 4KI6A 1S6QA 1VSJA 1S1TA 4O5BA 3LPUA 3NBPA 3RR8A 2ZD1A 2KTQA 4M3UA 1LWFA 2ZQBA 3AO4A 2FBXA 2IAJA 4LY7A 4IG0A 3V9ZA 4CGHA 2HHVA 3VA0A 3TAFA 1C1CA 1NK4A 3DLRA 4FM0A 1TK5A 3SCXA 2G8HA 1KVCA 4PUOA 4M3TA 3RTVA 2RN2A 4MFBA 1RTHA 3KKRA 3ZSOA 1FKPA 5HBMA 3A2FA 4I2PA 1IH7A 2Z1GA 3K5LA 3AVKA 3LZIA 4HUEA 3T1AA 1SL1A 2PYLA 3AA2A 4CJPA 3V9UA 4DS4A 4FZZA 3CG7A 3PV8A 2WONA 3I0RA 3MAQA 1VSDA 4LH4A 3ULDA 4FJHA 3SUOA 1RT2A 1XI1A 3QNNA 4DMNA 3AVNA 1LWCA 3VQQA 1NK5A 4FJ7A 4FW1A 2G8VA 3OYCA 4DTOA 2X78A 4BDZA 5HP1A 4FLTA 2D5RA 2JGUA 1RT7A 2YKMA 2IOCA 3ZT4A 4CJFA 4E89A 4ZHRA 4BDYA 1HQUA 3EZ5A 2XHBA 3ZSQA 3L2UA 4K8ZA 1ASUA 4HHTA 4E0DA 1L5UA 1DTTA 3ZT2A 5KGWA 5J2MA 1KTQA 3RMAA 4KHNA 1NOYA 3DRSA 3T19A 4DFKA 5CY4A 2EHGA 4UQGA 1L3TA 1SKRA 4IFVA 5CYQA 3AVGA 3L3VA 3S3MA 3K57A 5HRSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HSTA 1ESVA 3OTOK 3CMEN 1D5AA 1SL2A 3CCSN 4Z4CA 3GG4A 4ISFA 2X74A 3HYFA 3CCLN 3OYJA 2G8KA 5BR9A 1S72N 4PKIA 4HWIA 2O8FA 5ELZA 5CYMA 3H3OB 4JI6K 1B92A 4FM1A 1V4TA 1CXQA 1W97L 3O9SA 4FWQA 1MA9B 4BR2A 5AQHA 3H08A 3ZYYX 4CE9A 1T03A 2OZSA 1RT5A 1WSIA 4I6MB 4CK1A 2O8FB 4MLEA 1BQNA 5EY4A 4DQPA 1HJOA 2NUBA 2BUPA 3L2WA 4DKWA 3J81O 1FXXA 3C0BA 1RBTA 4RW6A 1LV5A 3KD5E 3K5NA 3DM2A 2ZJPL 4WF9L 2QWQA 1NGAA 1R59O 3K9KA 3OYBA 4DLEA 2KZZA 3MWPA 2OANA 3NE6A 4F4KA 4FVMA 4DTJA 3RVCA 1J54A 3KLIA 2B6AA 1WAJA 5TKWA 5T7BA 1J53A 1HNWK 4OKEA 1YT3A 1NJWA 3OYAA 1KFSA 3HOTA 4BRDA 1C0GA 3G10A 2PAVA 4CEFA 3IRXA 4B1VA 4CGFA 5AFUA 2NLXA 3AVBA 4CGJA 2WC9A 3IFRA 5AQRA 5CHIA 2O8CA 2W41A 4N5SA 1OH8A 3LL3A 3MEDA 1TL1A 3PUFA 3VQ7A 3DOLA 1YUWA 2ZJRL 4JKAA 2OPQA 5HRNA 3CETA 4CJEA 5GAHP 2W6LA 2IVOA 2E2NA 1J5EK 2E20A 4CF8A 5HLFA 1YITN 4B9TA 2P1JA 3QBXA 3CCJN 3B8AX 1HNXK 1A5XA 1WBBA 2E2PA 1QSSA 5KGXA 3R6MA 5EOYA 3QLHA 5AQVA 3CCRN 4KHWA 3LM9A 4CW7B 3KZBA 3OVNA 1R0AA 5AQFA 4DQ8A 4O55A 2EWSA 2Q0RA 3HZ6A 4BVOA 5LMUK 4RW8A 4LF7K 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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