5HRPA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k + a124t mutations complexed with gsk0002
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 51
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrpA00
3VQ4A 1RT5A 3BDPA 2D5RA 5SZTA 1IH7A 3DLKA 4OGCA 2IGIA 3NH0A 1RDDA 2IDOA 3ZSQA 3HP9A 3DLGA 2HHUA 3CFRA 3QESA 4KTQA 3AVGA 3T3FA 1UWBA 1WLJA 4EP5A 1UOCA 4LY7A 5JS2A 3AA2A 1LWEA 3HT3A 4DTSA 4FXDA 1S1UA 3OYCA 4CK1A 2GBZA 3PX4A 2OPSA 4Z4FA 4E89A 3IAYA 4J2DA 1WAFA 2D0AA 2VG7A 3AVHA 4CJSA 3MXMA 1LWFA 3VQ6A 3LZJA 4H8KA 3SZ2A 4E3SA 4J2EA 1NJYA 4FK0A 4FK4A 1Q9XA 4AHVA 4CF1A 1S9GA 4KB1A 2RKIA 3VQ9A 4UQGA 3DLBA 2KZMA 2OZSA 3LPUA 5C42A 2QK9A 4RW8A 5HP1A 1YVUA 3DLRA 3OYNA 1NJZA 2P5OA 4HVJA 3ZT4A 4FZYA 4CF2A 3KJVA 2FBYA 3V1RA 1B9DA 4M3WA 4CJEA 1X9SA 5EU7A 3VQQA 3THVA 4AHRA 4DTUA 3OJUA 1JLCA 3E01A 4IG0A 1RTDA 4RW7A 1VRTA 3OYIA 3SJJA 1O1WA 4C8OA 4KHUA 3OYKA 1B92A 4RW6A 3RMBA 1NK0A 2PZSA 4CESA 3U3YA 3PO5A 3NFAA 4O0IA 1D9FA 1UA1A 4ICLA 3UIQA 2YHAA 1VK0A 2B4JA 4ELUA 3ZSWA 3I8DA 2HHWA 4CECA 4N76A 2X74A 5CY4A 1KVAA 4CIGA 4M42A 3O4NA 5D3GA 4FLXA 3HK2A 2RF2A 1RT1A 1DTTA 1TKXA 4ID1A 4CIFA 4G1QA 4KB0A 3RR7A 2HNDA 1VSKA 4E1NA 2Z1GA 1QHTA 4CHZA 4TSXA 1L3SA 3CG7A 1HYVA 3AO1A 2BDPA 1BIZA 3P83D 3AVFA 3KLIA 3AVMA 3VQ5A 1TL1A 3SPZA 2KTQA 1SKSA 2HVHA 5J2NA 4J2AA 3KD5E 4Z0UA 1BQNA 2P51A 3VQCA 4OLAA 4CJRA 3I0RA 1GOAA 4ID5A 4FW1A 4CJUA 4FLUA 4C8NA 5J2PA 3VQAA 2F8SA 1W9HA 4NYNA 2Z1HA 4CGFA 5SWMA 1RBVA 1TK0A 3LP2A 1S5JA 3DLEA 3ZSOA 1FKOA 2EX3A 3QEVA 4OGEA 1XHXA 4Q5VA 4OPKA 4KREA 3VA3A 4NCBA 1LV5A 4M3YA 1ASVA 5JS1A 2ATQA 3HSTB 4ZTJA 3RMCA 1ZBIA 1BI4A 4BE1A 4BDZA 1WNSA 4FJLA 1BCOA 3O3GA 3KLEA 4ZTFA 1FXXA 4XIUA 4F2RA 4Z4GA 2FBXA 4IDKA 1J53A 4OKKA 4FJIA 2KQ2A 3ZT0A 3L2WA 4RG8A 4CJPA 2E6LA 4Q0BA 3CFOA 4CF9A 1UAXA 3OYEA 2JGUA 3MEGA 4DQPA 1W0HA 3WNEA 4DTPA 1JLQA 2VG5A 1QSSA 4FJMA 4BE0A 3QEPA 3HPOA 1JLGA 4AHCA 4ELTA 4IFYA 3MEEA 2PYLA 3TI0A 3AA5X 2KZZA 4CFAA 4WE1A 1RBUA 3NGZA 2O4IA 3K2PA 5T7BA 1A5XA 1IKXA 3SUQA 3SQ1A 2HVIA 5J2QA 4HCBA 2OPQA 2XY5A 1C6VA 1RT6A 4RW9A 1HYZA 5HRSA 4CJWA 2YNGA 4QOZB 3QEXA 4B9LA 3M8PA 3ZT1A 2XHBA 2GV9A 4DFMA 1DLOA 3ISNC 3TAQA 1XHZA 1Z25A 4M3TA 4JLHA 4CJTA 1Z26A 5C25A 4FJ7A 4YNQA 1CZBA 4CGIA 5HBMA 4B9SA 1IKWA 3TANA 4OPJA 3D0PA 1BGXT 1WN7A 1RT3A 1N5YA 4JRPA 3CM6A 4DQIA 4CGJA 4KHYA 2OPPA 1WSGA 3PX6A 4E1MA 1RDCA 3ULDA 4FLZA 3HYFA 4I2PA 3B6PA 4CF0A 1ASUA 3AA3A 3HO1A 3L2QA 1RDBA 1EKEA 1TAQA 3NAEA 3SUNA 2DFHA 3PY8A 4DFJA 4W5OA 4KI6A 1J9AA 3HP6A 3OVNA 4OVLA 4W5QA 3L2VA 1XI1A 4NCAA 3NH1A 1VSHA 1YTAA 3KK2A 2RN2A 1U04A 1Q8IA 4CERA 4J2BA 3NF9A 4LSLA 1TKDA 4OKJA 4FJKA 4W5NA 1ITGA 2X6NA 4KTZA 1TV6A 3SYZA 4FZZA 5FRMA 1KTQA 2ZE2A 3DRRA 3V81A 2A1SA 1YT3A 4IKFA 2YHBA 1TAUA 3HL8A 1NJWA 3VA0A 3M8RA 3OS0A 3OYDA 3OJSA 1KFDA 1A5VA 3V9ZA 3ASMA 3V1OA 3ZSZA 4KI4A 1SV5A 1ZBFA 3DM2A 3V9WA 4FLTA 1NOYA 3PUFA 3LAMA 4DMNA 2DFFA 3ZCMA 3RRHA 1IKYA 3DI6A 3SV4A 3MEDA 1KVBA 3ZSVA 4C8MA 3OYBA 1U48A 1HNIA 1MU2A 3QLHA 3KLFA 1C0MA 3QNOA 1ASWA 4B08A 1BCMA 3ZSXA 4E7HA 5I42A 1T7PA 2OYQA 4DF4A 4Z4EA 2A1RA 1C1AA 4HUEA 1BHLA 5CYQA 3DLHA 4FM1A 1JL2A 3T19A 2XY7A 5CYMA 4FM0A 3NGIA 4N47A 4CF8A 4CHPA 1FKPA 3AVBA 4CFDA 1RILA 4KHNA 4PY5A 4DLEA 3JSMA 3KKSA 3QEWA 1C1CA 4B9TA 1CXQA 3OYAA 3PX0A 1K6YA 3V1QA 4FLVA 3AVIA 3S9HA 4DQSA 3ZT2A 1JL1A 4DS4A 3AVKA 1VSLA 4DSEA 4F3TA 1HNVA 2WOMA 3NF7A 1RDAA 3G10A 4PA1A 4QAGA 2YV0X 3VQPA 5HRPA 3M8SA 1JKHA 2DTUA 3U3GA 3L3VA 1QQCA 4CJQA 3H08A 3JYTA 1RTHA 2YNFA 3OYGA 1JLAA 4DTXA 2OZMA 1RBSA 3MXJA 3TR8A 2PY5A 4KRFA 3K59A 1L3UA 4NCGA 1T03A 4FJGA 3OYHA 4W5RA 4I2QA 1JXBA 3IG1A 4E7LA 3DOKA 1FK9A 1G15A 3C6UA 4M3RA 3AO2A 4Z4HA 1QE1A 3EZ5A 4DU4A 2FBTA 1WSIA 3LANA 4CIEA 4ZHRA 2G8VA 5E41A 4K8XA 4H4OA 4Y1DA 3MXIA 4BDPA 4CFBA 3NF6A 5J1EA 2HW3A 4CCHA 3ZSYA 2DY4A 1EP4A 1NOZA 3AV9A 4HUGA 2XY8A 3TARA 4B9MA 4DSJA 4F3OA 4LSNA 3HPHA 2AJQA 3IS9A 2ZD1A 4BWJA 4MFBA 3D45A 5HRRA 2Y1IA 4KFBA 4E19A 4CEOA 4CJLA 1RBTA 2GUIA 1VSJA 1JLFA 2KW4A 3HPGA 3SQ2A 3K5LA 4FJ8A 2HNZA 2G8HA 2FBVA 1S1XA 3C6TA 4R5PA 1N6QA 2G8IA 1C1BA 5KRTA 4F4KA 4M45A 1KFSA 4DWIA 4CHOA 4N56A 2P1JA 1REVA 5HLFA 1NKCA 1BI4B 4B8CA 3DYAA 1KLNA 3CFPA 3WNFA 1BIUA 1S9EA 2YKNA 1RTIA 2D0BA 3NE6A 1HJRA 3MAQA 1NK6A 3LZIA 2HMIA 2ITGA 4N41A 3OS1A 4M3UA 4HUFA 1BQMA 4FJXA 3L3UA 4CEFA 3AVJA 3LP3A 2I5JA 1X9MA 4IFVA 4FJNA 3VQEA 1TKTA 4IBNA 1KCFA 3KLHA 1KRPA 4KKOA 1IG9A 3LAKA 4FK2A 4AHTA 4CJ5A 1S6QA 4FJHA 1J5OA 1HQEA 4DSIA 1T05A 3C94A 1XWLA 4CHNA 1F21A 4DG1A 1J54A 1ZBUA 3DRPA 3NHGA 3AVLA 1T8EA 2ETJA 3I0SA 3OYFA 2D0CA 3ZSRA 4OJRA 2NUBA 1L5UA 4HCCA 3V9SA 1CZ9A 1IO2A 4Z4IA 3NF8A 2HB5A 3KTQA 1EXQA 1D9DA 4BACA 3EY1A 4OLBA 2IAJA 1D8YA 2XRIA 4QCLA 3G0ZA 4EZ9A 2F8TA 1VSEA 4HHTA 3ITHA 4CFCA 1A5WA 4K8ZA 1KLMA 4RW4A 1XC9A 1SKRA 4CEBA 4CK2A 1I39A 3TWHA 4KPYA 4DFPA 3LP0A 4MQ3A 4FJ5A 3SQ0A 3T1AA 1QSYA 3V9UA 3LDSA 1RTJA 1WSHA 3K58A 4PUOA 2RPIA 4CGDA 4E7KA 2IS3A 3HJFA 3RMDA 1HMVA 4FW2A 4M3XA 4KHSA 3LWLA 4DU1A 4DSFA 4DTJA 1Y97A 1UA0A 3K57A 3VQ7A 2HHXA 3K5MA 5KI6A 3QEIA 3SCXA 1HPZA 1QTMA 4B9NA 1VSDA 3TAEA 2WONA 4CEDA 2P5GA 3VN5A 4F2SA 3C95A 3WNHA 5DMRA 2OA8A 3HVTA 4CHQA 2XO7A 4KO0A 2E6MA 2Z1JA 4DQRA 4CJFA 5HRNA 3O3FA 1X9WA 3KK1A 3P1GA 2Y1JA 1NK9A 1HYSA 1RBRA 1JXEA 4CGGA 3OYJA 3F9KA 1TK8A 1LW2A 4CE9A 4DTNA 4EP4A 2X78A 1YTUA 3EYZA 4PQUA 4FVMA 4BWMA 3SI6A 1QS4A 2IOCA 5J2MA 3SNNA 2QKKA 1SL1A 2O4GA 1LAWA 1U45A 3HM9A 3K5OA 1SL2A 4JS4A 3L2RA 3HXMA 2B5JA 1RT7A 4FLYA 4IG3A 3S3MA 3VQBA 3F73A 1D5AA 2DFEA 5KTQA 4I9LA 3NDKA 4O0JA 3RR8A 4AILC 1JLEA 4M3ZA 3AO3A 1NK5A 3NGYA 4AH9A 3TAGA 3SQ4A 4EZ6A 4DTOA 4F8RA 2LSNA 1S1TA 4O5BA 3CM5A 3RTVA 4OKEA 4CJVA 4CEEA 1EX4A 3B6OA 1U4BA 1C0UA 3K5NA 2YKMA 1S1VA 3AO5A 2YNHA 3V6DA 1QSLA 4FYDA 1VSIA 4I7FA 2BE2A 2G8WA 4FM2A 4GW6A 1LW0A 1RNHA 1WAJA 3QINA 1ZBLA 4C8KA 4CJKA 4DSLA 5CZ2A 3ZT3A 3QO9A 2XY6A 1VSFA 1HQUA 3DRSA 3FFIA 1WSFA 3BGRA 4YFUA 2B6AA 3M8QA 4CGHA 3OYLA 4DU3A 4E0DA 4FJ9A 2R7YA 1L3VA 4AHSA 3NBPA 3KK3A 4LH5A 4N5SA 4DFKA 2Q3SA 2HNYA 2X6SA 4ELVA 1LAVA 3AVCA 3SUOA 1NK8A 1S1WA 3AVNA 3KD1E 3DMJA 5DK5A 4CJ4A 1Q9YA 4FZXC 3QETA 3AVAA 3SV3A 1BL3A 1SUQA 4CEAA 4CJ3A 1WSEA 4DQQA 1SL0A 3RWUA 3TAFA 3MECA 4DF8A 1I3AA 1JLBA 2VWKA 5HROA 5FRNA 5K14A 4H4MA 5FDLA 3LP1A 3PO4A 3AA4A 2HHSA 2QXFA 4O55A 4DTRA 3DOLA 3WNGA 3V4IA 3V9XA 3AO4A 3A2FA 3KKRA 4B8AB 1VSMA 4NYFA 5I3UA 2VG6A 1TK5A 1NKEA 2G8FA 4L8RB 2BANA 4Z4CA 4DLGA 3O3HA 4DTMA 4BDYA 2F96A 1CXUA 3HVRA 1SKWA 3LPTA 3CQ8A 4O4GA 1RT2A 5FROA 4E7JA 4O44A 3TAPA 4CEQA 2G8UA 4DSKA 4GMJB 4W5TA 2BGGA 4CK3A 1R0AA 1GOBA 3PV8A 2EHGA 3IRXA 4GVMA 1TGOA 1CLQA 1U49A 4CEZA 2OPRA 4FCYA 4E7IA 4B3OA 1L3TA 4JRQA 3QERA 2PYJA 3RMAA 3LALA 2KFNA 3VQ8A 2YNIA 3OS2A 1NK4A 3QIPA 2E4LA 1GOCA 1S6PA 4CHYA 4BE2A 3TABA 3S3NA 2QKBA 1NK7A 4KTWA 3TAMA 1ZYQA 2KFZA 3NH2A 1X1PA 3S3OA 4LD0A 1RCHA 2FC0A 5C24A 4FLWA 5CZ1A 4I9QA 1C0TA 3SPYA 1TL3A 1B9FA 3QIOA 3ALYA 3L8BA 3SUPA 1NJXA 2IC3A 3O4QA 2JLEA 4FJJA 5KRSA 5KGXA 3OY9A 4KHWA 1WSJA 2Z1IA 1EETA 1KVCA 1VRUA 4LH4A 4KAZA 3VQDA 1LWCA 3P5JA 5KGWA 4DS5A 2G8KA 4JS5A 3RRGA 2HHVA 1HRHA 1RT4A 4HTUA 4KHQA 4B9VA 3U6FA 1U47A 3KIOA 3CYMA 1DTQA 1TVRA 1TKZA 1ZBHA 2W42A 1NKBA 2ZQBA 3LWMA 3NCIA 4B9UA 4C8LA 1BISA 4Y1CA 3L2UA 2HHTA 3QNNA 4M41A 2VWJA 2HHQA 4KV8A 3OYMA 3KLGA 1IKVA 4PWDA 1KSPA 4AHUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5SZTA 1IH7A 4FOIA 4B1ZA 3DLGA 3J81O 3QESA 2HF3A 2O8CB 4JI4K 4LY7A 5JS2A 4DTSA 4FXDA 3L0QA 3OYCA 1S72N 3LM9A 4Z4FA 2RHKA 3DXMB 5FPMA 4DUYK 1KD1O 4PKHA 3MXMA 4J2DA 3AVHA 4BVPA 3VQ6A 1QQMA 4R79A 1S9GA 1SAZA 2H3GX 3LPUA 5HP1A 4CD3A 3ZT4A 4FZYA 4PL7A 4LFCK 3V1RA 3P31A 4QS9A 4M3WA 2NRHA 4BQLA 2A42A 4K43A 1FJGK 4BRMA 1O1WA 4KHUA 3WXMB 3RMBA 5AQLA 4QS7A 4ICLA 1KQSM 3UIQA 3A5OC 1CZAN 1ZXOA 3A0IX 3F5TA 4DUZK 3J80O 5D3GA 3M3ZA 4FLXA 2RF2A 4ID1A 3J7YP 4KB0A 3RR7A 4GV6A 4E1NA 4J8FA 2UYTA 3G4SN 2E88A 1HYVA 2BDPA 2KTQA 2FSKA 4J2AA 3KD5E 4Z0UA 3SJHA 1EWQA 4IFEA 3VESA 3D2EA 4CJUA 4C8NA 5J2PA 1YF5L 4JV5K 1RBVA 5AQYA 1FKOA 3QEVA 4OGEA 1XHXA 5JS1A 4ZTJA 3RMCA 3R9PA 3D2EB 1BI4A 1WNSA 4F2RA 4FJIA 4MO5A 4RG8A 4CJPA 2J4RA 3O6WA 4QS8A 4DQPA 3WNEA 4LF6K 2VG5A 1QSSA 1JLGA 4CZFA 5ADXH 3MEEA 2PYLA 2F7TA 3NGZA 5AQZA 1A5XA 3SUQA 2OPQA 4IZ9A 1HYZA 2UUBK 4JI5K 3QEXA 4WYBA 1Z25A 5AFUH 1Z26A 4CJTA 3CCUN 2OANA 3J7AP 4LF9K 4OPJA 1RT3A 1N5YA 5AQNA 4DQIA 3MWPA 2P9PA 4CGJA 2OTJN 4BRCA 4E1MA 1RDCA 3B6PA 4UY8O 3L2QA 1TAQA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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