5HRPA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k + a124t mutations complexed with gsk0002
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
154
structure length
139
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 51
structure length 139
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrpA00
1HQEA 1QTMA 2BDPA 4FK0A 4FJIA 2XY7A 4DSJA 2WOMA 1TGOA 1ASWA 4FLYA 2ZD1A 4KI6A 4M3WA 4DTRA 3ZT1A 4E19A 4RW9A 4JRPA 3AVMA 2KZMA 1WNSA 4CJLA 1DTTA 3TI0A 3T19A 4C8LA 3ZSQA 2R7YA 1A5VA 2O4GA 4KHQA 3SQ2A 3L2WA 4KHSA 5CZ2A 3WNHA 2EX3A 4CECA 3BDPA 3L2UA 4FLZA 3MECA 1FKPA 3HPOA 4ZTJA 2IC3A 4QAGA 4IG3A 1NK7A 1KTQA 1VSEA 4OVLA 4C8MA 4C8OA 1JLQA 3S3OA 4FW2A 2YNHA 4CFAA 3F9KA 4RW7A 4UQGA 3KK2A 1Q9XA 4B9VA 4F4KA 3V9SA 1KVBA 3AVCA 2BGGA 4CGDA 1MU2A 3PX0A 4OLAA 4DSKA 3KLIA 3AA4A 4FLXA 4YNQA 4CHZA 2O4IA 1CZ9A 2ATQA 1RT5A 3RR7A 4DTNA 4IDKA 4F2RA 4CJPA 4FJJA 3RMAA 3LPUA 4M42A 2RN2A 3DM2A 3WNFA 1WSHA 2ETJA 3SUQA 2P51A 4LD0A 4FJGA 3AA2A 3KLFA 3HVTA 1SKRA 4KI4A 2G8KA 3OS0A 3HK2A 2P5GA 1DLOA 1VRTA 4M3RA 4HVJA 4B3OA 3ZT4A 1WN7A 3CFPA 2YKNA 3DLGA 1RTJA 2X6NA 4O0IA 2DY4A 4FJMA 2HHWA 3HO1A 4JS5A 4CERA 4FJXA 4CJFA 3MAQA 4HHTA 4CIGA 2D0BA 5HRSA 3K5LA 2P1JA 1RT2A 2VG5A 2YNGA 1LWFA 1LWCA 2JGUA 4FJ9A 3ZSRA 3CFRA 3VQPA 1X1PA 4O4GA 3QEPA 3LANA 4NCBA 4KREA 3MXMA 1C0TA 5HROA 4DSFA 3VQ7A 3SUNA 1B92A 1YTAA 4FW1A 2PYLA 1Q8IA 3OYEA 4CHQA 4C8KA 3A2FA 3VQ8A 1J9AA 1RTIA 4I9LA 3ZSOA 2YNFA 3LZJA 3U6FA 3V81A 3EZ5A 3O3HA 3OYJA 1NOYA 2B5JA 3KKSA 2Z1HA 3VN5A 3DI6A 4FCYA 4DQIA 4CHNA 2HHSA 3QIOA 2OYQA 3QESA 4DTJA 4CJSA 2GV9A 3AV9A 3NFAA 3AA3A 4FJKA 3KD5E 1C1CA 4Z4HA 4BDPA 3AVLA 2PYJA 3KLHA 3B6PA 1K6YA 3L3VA 2JLEA 3TARA 1RBTA 3M8RA 3ITHA 3S3MA 4PWDA 3PO4A 1S9EA 4W5QA 1RCHA 1KRPA 2OPPA 5C25A 2HMIA 5HRRA 1X9WA 4KTQA 3ISNC 2HNZA 4CFDA 4I7FA 1GOCA 2OPRA 4IKFA 1HNIA 4FYDA 3LP3A 3K5MA 4FZZA 1BCOA 3VQ4A 1ZBFA 3WNEA 4E7JA 2HVIA 2ZQBA 5FRNA 2HHTA 3D45A 4CJ4A 1U4BA 3OYAA 3LP1A 4M45A 4CF1A 3LAKA 4DFKA 2VG7A 1IO2A 5CYMA 5KGWA 2PZSA 3P1GA 3NGYA 3L8BA 3SZ2A 4AHCA 1ASVA 1T8EA 1O1WA 1L3TA 4DU3A 1UAXA 4E7LA 2A1SA 2KZZA 1RTHA 1HQUA 1I39A 1TKXA 4MFBA 3OYNA 4CGJA 1BI4B 4ID5A 4FZXC 4CJUA 3D0PA 3EYZA 1NKEA 4FXDA 1WAJA 4JS4A 1VSLA 3ASMA 4LH4A 2HHXA 1XC9A 1TV6A 4FJLA 2HHQA 4N47A 4Q0BA 4CEOA 1VRUA 4KTWA 3TABA 2G8HA 4BWJA 4DLGA 4CEDA 1W0HA 3HSTB 4CJRA 5J1EA 3TAGA 1KSPA 4J2BA 1UOCA 3M8PA 4AH9A 3OYKA 3AA5X 3AVAA 3NDKA 1FK9A 3MXJA 3OYMA 3RWUA 4R5PA 5HRNA 1KVAA 1VSMA 2X6SA 4XIUA 3K5OA 2F8SA 4O55A 2WONA 1J5OA 1A5WA 3OYIA 3NAEA 2G8UA 3SYZA 4DLEA 3ZSVA 4CJWA 1NK8A 1CXQA 4ELUA 4OLBA 4Z4CA 1JXEA 2IAJA 5KRTA 4GVMA 3AVKA 3QEVA 1N6QA 2GUIA 4BE2A 1XI1A 1Q9YA 3QNOA 3MXIA 4DQPA 4Z4FA 4FJHA 2HW3A 3BGRA 4KB0A 5E41A 2VG6A 4C8NA 3V1QA 3QEWA 1NJWA 3VQDA 5JS1A 3T1AA 1BQMA 2QKKA 3C6UA 4B08A 3RRHA 2GBZA 5HLFA 4Z4GA 3DLKA 3K5NA 2Z1GA 4TSXA 2ITGA 4FZYA 1LW0A 3AVBA 1RBRA 5SZTA 2ZE2A 4DG1A 3SUPA 1NK6A 4DSIA 1LWEA 3VQ6A 1T7PA 1EX4A 1HYVA 3KKRA 3LDSA 4Z4IA 4QCLA 2EHGA 3DOKA 3VA3A 1WSEA 3ZT0A 4FK2A 4CHOA 2YHAA 4O5BA 2X74A 4HUFA 1BGXT 3I8DA 3TAQA 1SV5A 1SKSA 2KQ2A 4W5TA 3I0SA 4KHUA 3TR8A 4KAZA 4L8RB 2XO7A 1FXXA 1B9DA 3DLHA 3IAYA 2KFNA 4CIFA 4M3XA 4F3OA 3VQAA 3OYFA 1SL1A 2Z1IA 1ZBHA 5J2NA 1IKWA 1QHTA 4K8XA 1C1AA 1L3UA 4CEQA 2OPQA 1LAVA 3O3GA 4AHRA 3HYFA 1RDDA 5J2PA 4HUEA 4DU1A 3RMCA 4EZ6A 4FJ7A 1LAWA 1SL2A 1IH7A 2YHBA 4CF2A 4DTOA 1LW2A 4EZ9A 4NYFA 1TKTA 4CE9A 4FM0A 2QKBA 4DFMA 3QLHA 3CQ8A 3JYTA 1BHLA 5CZ1A 3RMDA 3K59A 4B9NA 2KFZA 3V4IA 3HXMA 5HRPA 4DQSA 1S6PA 3NF8A 3AVJA 3OYHA 3SCXA 3T3FA 4FJNA 3V9WA 4DMNA 3NE6A 1S1XA 3OYBA 4CJQA 4W5RA 2BE2A 2FBYA 1NKCA 1WSFA 1W9HA 3QETA 4IFVA 1ZBUA 4IBNA 2D0AA 1XHXA 4J2DA 1QQCA 3OJUA 4CK1A 1QSLA 3HP6A 3CYMA 4Z4EA 3U3YA 1U45A 3OJSA 4M3TA 2D5RA 4DSLA 3DRRA 4PA1A 1RBSA 4GMJB 5I42A 2OPSA 3V9XA 4E7HA 2X78A 4DTPA 3SNNA 1S1UA 4G1QA 4KPYA 4N56A 4Q5VA 1KFDA 3QO9A 4N5SA 2XY8A 4J2EA 1IG9A 2HHVA 4RW8A 1I3AA 3NGZA 1ZYQA 2IDOA 1WSJA 1LV5A 4CJVA 4BACA 3VQCA 4DTSA 4M3YA 3ZT3A 4W5NA 4WE1A 3ZSXA 1S6QA 4RW4A 4ELVA 3MEDA 1S9GA 1U48A 3IG1A 5D3GA 1A5XA 4IG0A 4DWIA 3CM6A 3KJVA 1HYSA 1Z25A 3TAFA 5I3UA 4F2SA 3K2PA 3LWMA 2XY5A 3TANA 4O0JA 3VQEA 1WAFA 1SL0A 2DFEA 3OS1A 1NOZA 1J53A 3C6TA 3TAPA 2P5OA 4OKJA 4FM2A 1CZBA 4BDZA 3PX6A 3HPGA 1NK4A 4K8ZA 1KLNA 3DLBA 1C0UA 4E89A 3IS9A 1RDBA 4KFBA 5EU7A 4I2QA 4KHNA 1JKHA 3CM5A 1XHZA 2FBXA 3DLRA 4DF4A 3HP9A 3RMBA 1TL3A 5HBMA 1JLAA 1HNVA 1RDCA 1S5JA 4OPJA 1RT6A 3QNNA 4B8AB 3AO4A 3U3GA 3UIQA 2Q3SA 3AO1A 4CF0A 3OS2A 4CJTA 3SV3A 4OGEA 3KD1E 1RBUA 2F96A 4W5OA 4DSEA 4LY7A 3KK3A 3EY1A 4AILC 3NF7A 4OKEA 3LZIA 3DYAA 1IKYA 3QEIA 3HJFA 2YNIA 3NF6A 2IOCA 3NF9A 1YVUA 1IKVA 4B8CA 4CJEA 3V6DA 1HPZA 3M8SA 2KTQA 4DF8A 1EP4A 4GW6A 3V9ZA 1TAQA 3L2VA 4HTUA 2RKIA 3OYCA 4FJ8A 5FDLA 3SUOA 4ZHRA 4HCCA 5CYQA 4BWMA 5CY4A 5SWMA 3SQ4A 3OY9A 3SI6A 3QINA 3NH0A 3KTQA 1ZBLA 1J54A 2Z1JA 4IFYA 1BQNA 4DTUA 3V1OA 2B4JA 2E6MA 3AVFA 3KLEA 2W42A 4NYNA 1CLQA 5DMRA 1S1TA 4CEEA 1C0MA 5K14A 1TK0A 4B9LA 1RT1A 4AHSA 4CGIA 3HVRA 1QSSA 1GOAA 4FLTA 1U04A 1FKOA 4FM1A 3THVA 3OYLA 4RG8A 3HPHA 4B9SA 1BCMA 4DFPA 1F21A 3KLGA 1NK5A 2HNDA 5T7BA 3QERA 2IS3A 1UA1A 3PO5A 4DQQA 3LAMA 1JLGA 4H4OA 4CGGA 5FRMA 3L3UA 3AVIA 3OYDA 3LP0A 4Y1CA 4FK4A 4PY5A 2DFHA 1RDAA 3DRPA 4ELTA 2XHBA 1CXUA 3PX4A 1TAUA 1HRHA 4CGFA 1RNHA 1TKZA 2HNYA 1VSIA 3AVNA 3K58A 5KI6A 1BIUA 2IGIA 4CFCA 4ICLA 2Y1JA 3S3NA 3ALYA 3JSMA 3AVHA 2XY6A 4BE0A 1L5UA 3AO2A 1L3VA 3SJJA 1EKEA 1HYZA 3VQBA 4CEFA 3G10A 3ZCMA 3LWLA 4DQRA 1RTDA 4B9TA 2OZMA 1QS4A 4OKKA 3F73A 4HUGA 1UWBA 1WSGA 3PUFA 3DOLA 1XWLA 4CIEA 1HJRA 2G8FA 1NJYA 2G8VA 1C1BA 3RTVA 4EP4A 4DS4A 3SPZA 2A1RA 3KIOA 4LSNA 4CJ5A 1KVCA 1SUQA 4M41A 2D0CA 3NBPA 3P5JA 4LSLA 1ITGA 3NHGA 4NCAA 1VSDA 3M8QA 3IRXA 1VSHA 4CF8A 3ZSYA 1T05A 2YV0X 4E7IA 5KGXA 1TKDA 3B6OA 1BL3A 1QSYA 4AHTA 1GOBA 1NJZA 3RR8A 1B9FA 4CEAA 4KHWA 1BIZA 3L2QA 4ID1A 1Y97A 3VQQA 4CESA 3DLEA 3AO5A 3AO3A 4CHYA 3ULDA 4AHVA 5DK5A 4BDYA 3OVNA 3PV8A 5J2MA 1S1VA 3LALA 4Z0UA 1YT3A 4FLUA 5HP1A 1X9SA 3QIPA 2PY5A 1S1WA 4HCBA 1SKWA 4EP5A 1L3SA 1TL1A 1JXBA 1JLCA 2FBTA 3NH2A 4RW6A 1TVRA 3SQ0A 4OGCA 2BANA 3WNGA 3C95A 4J2AA 1RT7A 4FJ5A 1VSFA 2RF2A 4FLWA 3HM9A 3SQ1A 4FLVA 4KHYA 4I9QA 2F8TA 3PY8A 4PQUA 1D8YA 3VQ9A 2FC0A 4KTZA 4CFBA 4O44A 2G8IA 4CK2A 4F8RA 3DMJA 1IKXA 3ZSZA 5J2QA 4CCHA 3CG7A 3MEGA 5C24A 4OPKA 2RPIA 2NUBA 1JL2A 3VQ5A 4KV8A 4CEZA 3OYGA 2OA8A 1D5AA 1REVA 1WSIA 2HHUA 3E01A 5FROA 2B6AA 4CGHA 1Z26A 4JRQA 4NCGA 1U47A 3P83D 4CK3A 3TAMA 2QXFA 4E7KA 4N76A 1VK0A 3NGIA 2LSNA 1JLFA 4M3UA 2QK9A 3QEXA 2AJQA 4I2PA 1BISA 3S9HA 2XRIA 2I5JA 1HMVA 4E3SA 1NKBA 3K57A 1RBVA 4E0DA 1JLEA 1U49A 1NJXA 4BE1A 4H8KA 4LH5A 3NH1A 1X9MA 5KRSA 3G0ZA 3C94A 1VSJA 3O3FA 4KRFA 1ZBIA 4CJKA 1RILA 3L2RA 5KTQA 3SPYA 4JLHA 4OJRA 1EETA 4FVMA 4E1NA 4ZTFA 4CF9A 1N5YA 2E6LA 1KLMA 4PUOA 4DFJA 2KW4A 4CEBA 3SV4A 2OZSA 5JS2A 3O4NA 4CHPA 4F3TA 4KKOA 4M3ZA 2VWJA 4DTMA 4E1MA 4B9UA 2DFFA 3AVGA 2VWKA 3LPTA 3MEEA 4CJ3A 3RRGA 3TAEA 1RT4A 1VSKA 4AHUA 3KK1A 4DTXA 4YFUA 4KB1A 4QOZB 4Y1DA 1KCFA 4MQ3A 4B9MA 4DS5A 1C6VA 4N41A 3ZT2A 1T03A 1D9DA 3ZSWA 1TK5A 1NK9A 3LP2A 3I0RA 1DTQA 3V1RA 1UA0A 1BI4A 3FFIA 1JLBA 1RT3A 1JL1A 2E4LA 1R0AA 2HVHA 3H08A 1KFSA 1QE1A 5C42A 1D9FA 2DTUA 1ASUA 4H4MA 1NK0A 4DU4A 2G8WA 3V9UA 1YTUA 1EXQA 3CFOA 3DRSA 4KO0A 3NCIA 1G15A 3O4QA 3TWHA 3HT3A 2YKMA 1TK8A 2HB5A 2Y1IA 1WLJA 2FBVA 3HL8A 3VA0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BVOA 3ZYYX 3CJBA 4FK0A 1TUUA 4CBWA 4DSJA 4KI6A 4FLYA 1KXPA 4DTRA 4RW9A 3A8YA 5BREA 2P9LB 3AVMA 3TI0A 1V4SA 1Q7YO 2O4GA 4KHSA 2EX3A 3BDPA 4JI3K 5HL7L 3MECA 1FKPA 3HPOA 1NK7A 4IG3A 1KTQA 3VEYA 3S3OA 5LJVA 4F4KA 4BR7A 4CGDA 3PX0A 3KLIA 3AA4A 4CHZA 1CZ9A 4X64K 4FJJA 5FLXO 4F2RA 3RMAA 3LPUA 3DM2A 4FPAA 2ETJA 1NGFA 2P51A 2NRTA 2WBNA 5AQFA 4DCHA 1HNXK 3HK2A 3CERA 1NU0A 3N4QA 5LMUK 2O8DA 3CFPA 3DLGA 2HHWA 5AFUA 4CERA 4IJNA 3MAQA 4ILGB 3IFRA 4HHTA 2D0BA 3DAWA 4H0VB 1RT2A 1LWFA 2YNGA 5ELZA 1E4FT 4YOXA 1NG9A 2JGUA 1N33K 3VQPA 4O4GA 2UUCK 3QEPA 3LANA 4KREA 3CJ1A 4C23A 3MXMA 2BH1A 2GWJA 1VQ5N 3SJHA 2D1KA 5KPZA 3A2FA 3VGMA 3DXKB 4B1VA 5AQNA 3KKSA 4FCYA 4WQ5A 3CXCM 2FSKA 1ATRA 5JVHL 2OYQA 4ISFA 3AA3A 1YXQA 2JLEA 1RBTA 3O08A 3GOIA 4A62A 1RCHA 1GLCG 4KTQA 3ISNC 2V7YA 5AQXA 1ZBFA 4DHYA 5C12A 4V19S 2HVIA 1U4BA 2FSNA 2ZGYA 1NGCA 4RCHA 4B1WB 3O9UA 3P1GA 3M6GA 5AQJA 3L8BA 3SZ2A 1GLFO 4WQ5C 2A6AA 1QQMA 2A1SA 4FWMA 3VF2A 4MFBA 4FZXC 4CJUA 3ZEUB 1VQKN 3EYZA 4JS4A 4H0OA 3ASMA 4LH4A 3UB5A 3FLCO 2HHXA 5JLFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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