5HRRA

Hiv integrase catalytic domain containing f185k + a124n + t125s mutations complexed with gsk0002
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
154
structure length
140
Chain Sequence
CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSNSVKAACWWAGIKQEGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase/inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 52
structure length 140
sequence length 154
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5hrrA00
1HPZA 3VQ7A 1YTUA 3SUOA 4KO0A 3PX6A 4IG3A 4AHUA 1HNIA 5SZTA 2R7YA 4ZTJA 3LP0A 3LZIA 4RW8A 3LZJA 1S6PA 3LAMA 4DU1A 1B9DA 3NGZA 3VA3A 3A2FA 3QESA 2VG5A 4CF0A 1EKEA 4JS4A 3IAYA 2GV9A 1XWLA 2OPPA 4CEBA 4Z4CA 2O4IA 4CEOA 3SV3A 4DS4A 4CHZA 2P5GA 2O4GA 2QKKA 2B4JA 2IGIA 2I5JA 3JYTA 1TGOA 4NCAA 5C25A 4CF2A 3C94A 1WLJA 1TKTA 2KFZA 5FDLA 1ZBIA 3NF8A 1VSEA 3DLBA 4E0DA 3JSMA 3V9WA 4MFBA 5T7BA 4E7KA 5CYMA 1XI1A 4RW7A 3DI6A 3M8RA 3TWHA 3V9SA 3HP6A 5EU7A 4M3UA 1SL1A 1MU2A 1JXEA 4YFUA 3RRHA 1G15A 4CEDA 3M8PA 3V6DA 4FLTA 2JLEA 3SV4A 3RR7A 4FM1A 4DQIA 4JLHA 1VK0A 2IS3A 1X9WA 1TK5A 4FLWA 2XY7A 3HL8A 4ELUA 1C1AA 3RMAA 4BDYA 3HXMA 1HRHA 2A1SA 1C1CA 3WNGA 3RWUA 4AHRA 2QKBA 1NOZA 2BE2A 1Q9XA 1KVAA 1A5XA 4W5OA 4F4KA 1BIZA 5KRSA 2HHTA 3MAQA 1NOYA 1L5UA 3C6TA 4DSKA 4DWIA 2Y1JA 1KFSA 3VQBA 3DM2A 3SI6A 4FJKA 1NK6A 1ASUA 1EXQA 3VQ6A 4IFVA 4EZ9A 3DLHA 3HP9A 2GUIA 3I0RA 3OS2A 1U48A 4QOZB 1YT3A 3MEGA 3PO4A 4FJ7A 1DTTA 3ZSQA 1NJWA 1LWFA 1X9MA 3DRPA 4IKFA 4MQ3A 4I9QA 4J2BA 1W9HA 4HUEA 4I2QA 4W5RA 4DF8A 2Z1HA 4NCBA 4H4MA 2G8WA 2HHSA 3OVNA 3OY9A 4FCYA 2G8KA 3VN5A 1BCMA 2G8FA 3D0PA 4J2EA 1J54A 3HJFA 1IKVA 2E6LA 4JRPA 4K8XA 4FJIA 3QINA 3OS1A 3VQQA 3G10A 1T7PA 3PY8A 1S1WA 1KVBA 4B08A 2YKMA 4N41A 1JLAA 2ETJA 4LH4A 4DQRA 4CIEA 4E3SA 4CEZA 4M3YA 1NK0A 4FK0A 3ZSRA 4J2DA 2OPQA 3PX0A 3T19A 4E1MA 1KLNA 1S5JA 3QEXA 3RMCA 1B92A 5I3UA 1CLQA 3S3MA 2FBTA 3CFOA 3AVAA 3NF6A 1IO2A 2XHBA 4DF4A 4RG8A 1UA1A 4CHQA 1VSFA 3TR8A 4HTUA 3SUNA 1RT6A 3TAFA 3K57A 2XY6A 3S3NA 1ZBLA 4Z4GA 4F3TA 4JRQA 4W5TA 4IFYA 3V9UA 1D9DA 4CHNA 3TARA 4OPJA 1S6QA 2ZQBA 3AVNA 3OYBA 1RNHA 2OZSA 1DTQA 3SUPA 4CF8A 2KFNA 3KLIA 4IBNA 3KIOA 1WSFA 1NK7A 4OJRA 5DMRA 2X74A 5D3GA 1BISA 4FJJA 4RW6A 4DS5A 4Z4HA 1U04A 4FM2A 1WNSA 1WSGA 4FJ8A 4Z4IA 1RT2A 3AVLA 1RBSA 1ASVA 1C6VA 1S1XA 1N5YA 1VRTA 1VSKA 1RT4A 2FBYA 3K59A 3VQEA 1IG9A 4B9NA 2YNGA 1JLBA 3AVBA 1JXBA 4CGJA 3ULDA 3MXMA 5C42A 2A1RA 4FK2A 4Y1CA 1U45A 4OGCA 3SZ2A 2G8HA 1NKBA 1JLEA 4UQGA 1C0TA 1WSIA 4BWJA 1NK5A 3TAQA 1QSSA 3V81A 4CGFA 4YNQA 3K5NA 1TKDA 3P5JA 4QCLA 1BCOA 4CFDA 4Z4FA 4HCBA 3PV8A 4L8RB 3QIOA 4CIGA 2P5OA 2FC0A 4FLZA 3OYIA 1JLFA 4CHYA 4FM0A 1VRUA 2HHQA 2KZZA 4DQPA 4FZYA 1SKWA 4DTMA 2QK9A 3PX4A 1UOCA 2EX3A 3V9ZA 5FRMA 4EP5A 2P51A 3F9KA 4KTZA 1TV6A 3DYAA 3ZT1A 2GBZA 4G1QA 4DTRA 3TI0A 4M3RA 1RILA 3DMJA 4O4GA 1JL2A 2E6MA 3AA5X 1LV5A 4CEAA 4NYFA 2Y1IA 2G8IA 4ID1A 4QAGA 4DTUA 1WSJA 4NYNA 3OYEA 3NHGA 4E7LA 5CZ1A 1TKZA 4DQQA 2XY5A 4KHWA 1WN7A 3ZT4A 4CJEA 2HVHA 2KZMA 1J53A 3C6UA 3OYLA 2YNIA 4DTSA 1IKXA 4BE2A 3SYZA 3CM5A 4Q0BA 4CJFA 2Z1GA 4DTJA 3AO2A 3NE6A 4BE1A 4M3XA 2EHGA 1A5WA 3AVCA 3MECA 2IAJA 4DTXA 3WNEA 3OYMA 3VQ5A 4DSJA 4PQUA 4ELVA 2HNYA 1RBRA 4CJRA 3PO5A 3QNNA 3SQ4A 3ZCMA 3K58A 1ASWA 1GOCA 3RTVA 4DU3A 3RR8A 4CJKA 3EZ5A 3VQPA 1RDBA 1S1TA 3V1QA 3L2QA 3QEVA 3U3GA 1J5OA 1TVRA 2YHAA 4FLVA 4H8KA 3T3FA 1NJXA 1HYSA 4FJ9A 3O3HA 1A5VA 1SUQA 5C24A 3NGIA 4M3TA 2B6AA 3HO1A 4KREA 1QTMA 4DMNA 1L3UA 4CF1A 1NJZA 1YTAA 3ZSWA 5E41A 4AH9A 5HRRA 2X78A 4J2AA 4C8MA 1I39A 3WNHA 4C8LA 2RN2A 1BQMA 3LWLA 2HHWA 1LW0A 1GOBA 1L3VA 4C8KA 2DTUA 1RBVA 4DLEA 2HHXA 5DK5A 4CGHA 1CXQA 4CHOA 3QNOA 1QS4A 4OGEA 1RTHA 4HUGA 4GVMA 3L3VA 1I3AA 4ZHRA 1RT7A 3F73A 4OLBA 1KLMA 4DFJA 4BDZA 2YV0X 1KTQA 1HYZA 4CJ4A 1YVUA 3AVIA 3ZSXA 3QIPA 1CZ9A 3OYAA 4CF9A 3LP3A 4OKJA 2XY8A 4KKOA 3LANA 4DFPA 5J2MA 4KHQA 1J9AA 3KLHA 2OPSA 4M3WA 5KI6A 3LAKA 3AV9A 4N76A 1RTJA 4FJNA 1SV5A 1BL3A 1Q8IA 1S1VA 2KW4A 2RF2A 3CFRA 4CJQA 4B9VA 3P1GA 4B9UA 2WONA 4B9LA 1JLQA 1RT1A 2JGUA 4LSNA 3KKRA 3S3OA 3SQ1A 1TL3A 1ITGA 4N56A 3SCXA 3NGYA 2IDOA 4FJGA 4E7JA 4FJLA 1F21A 3AVFA 4CFAA 1KSPA 4DU4A 3OJSA 4IDKA 1LWEA 4CEFA 3OYDA 4BWMA 4NCGA 5I42A 3ISNC 1BQNA 3AVHA 3CM6A 4FK4A 5JS1A 2XRIA 5HLFA 1ZBFA 3QLHA 5KGXA 4DTPA 4B9MA 1FK9A 4OVLA 4ID5A 4CJVA 1D8YA 3OYNA 2F96A 3H08A 4CECA 4KB0A 3UIQA 4HVJA 2PY5A 3KJVA 4DLGA 3VA0A 2YNHA 3AO4A 4DFKA 1UWBA 3CYMA 3NH1A 3HPOA 1SL0A 3AA4A 1FXXA 4Y1DA 3T1AA 3MXIA 3VQ8A 3OYJA 1TK0A 2BGGA 2DY4A 3P83D 4XIUA 1BI4B 2VWJA 2RKIA 1LAVA 2PYLA 1KCFA 3MXJA 1NK9A 3OYCA 4KTWA 4CJSA 2PYJA 1TAUA 3NF9A 4O55A 4CJ3A 4OPKA 3OYGA 4M45A 1O1WA 4Z0UA 1BI4A 1REVA 3HM9A 4BE0A 4DSEA 4M41A 2DFEA 4WE1A 1FKPA 2HVIA 1RT3A 3LP1A 3U3YA 4TSXA 4B8AB 4CJWA 4KHYA 3O3GA 4O0JA 4OKKA 2XO7A 3NAEA 4KTQA 3HT3A 4KHUA 4FYDA 2HHUA 4DG1A 3SUQA 3NH0A 1GOAA 5KTQA 3L2RA 1QQCA 4CFBA 1K6YA 1WSHA 4CGIA 4DFMA 2HB5A 3V1OA 4GMJB 5J1EA 3OYKA 1RTDA 4F3OA 4PA1A 1SKSA 4FJ5A 3L2UA 3HPHA 1WSEA 3HSTB 4PUOA 3NH2A 4F2RA 3K5MA 3M8QA 1HMVA 4H4OA 1VSDA 2DFHA 3DLEA 3KK3A 1CXUA 3HK2A 2OPRA 3B6OA 4N47A 3RMBA 4Q5VA 2VG6A 4KRFA 3U6FA 4JS5A 1TKXA 3TABA 1NKEA 1RBUA 1IKYA 2YKNA 3DRSA 3IRXA 5HROA 1JKHA 2OA8A 3IG1A 4GW6A 2ZE2A 3TAMA 3ZT0A 4E7HA 3LP2A 4CEQA 3RRGA 4CJUA 4N5SA 3TAEA 4FZXC 3KK1A 4FZZA 1NKCA 1QHTA 3IS9A 4CK3A 3B6PA 3NF7A 4DSLA 5HRNA 1LAWA 4KV8A 2HNDA 4I9LA 3ZT2A 3KD1E 3M8SA 2E4LA 4AHCA 4DQSA 1KVCA 1RDDA 3I0SA 3AO3A 4CIFA 2BANA 1VSLA 2D0BA 1U47A 4PY5A 3AVGA 3AVKA 2VWKA 3SQ2A 3RMDA 3KLEA 4E7IA 1T05A 3E01A 1ZYQA 3KD5E 3QETA 1LW2A 4CGGA 3ZSVA 3AO1A 4CJLA 2NUBA 1HNVA 1HJRA 3ASMA 4FW1A 5HBMA 1QE1A 2LSNA 3WNFA 3DRRA 3NCIA 3CFPA 3TAGA 4ELTA 2VG7A 3O4NA 2KQ2A 4AHTA 4KI6A 1S9EA 2Z1JA 3QEIA 4I2PA 3ITHA 4CFCA 5KRTA 2F8TA 3VQDA 4E19A 2F8SA 3QO9A 3OYHA 3V9XA 1C1BA 3I8DA 2G8UA 1C0MA 3CG7A 3O4QA 2X6NA 4AHSA 4OLAA 3KKSA 3BDPA 2HHVA 3AA3A 4CESA 1XHXA 4RW4A 4FJMA 1FKOA 1TK8A 5KGWA 4CJPA 3LDSA 3L8BA 4BDPA 4F2SA 4O5BA 3O3FA 3KTQA 3OJUA 3AO5A 4B9SA 5CY4A 4ZTFA 1ZBHA 4FJHA 1VSHA 1RBTA 4CJTA 1T03A 3QERA 1NK4A 1SL2A 1L3SA 4PWDA 3NBPA 1ZBUA 4CERA 2IOCA 4E1NA 3EYZA 2ZD1A 3NDKA 2WOMA 3AA2A 3HYFA 3K5LA 3KLGA 2KTQA 3K2PA 2X6SA 3ALYA 1D9FA 3L2VA 1NK8A 1SKRA 4CE9A 3AVJA 3VQ9A 3ZSZA 4K8ZA 1RTIA 1X9SA 4C8NA 1N6QA 3DOKA 2DFFA 4M3ZA 3TAPA 4HCCA 1VSMA 1JLCA 5FROA 4B3OA 1IKWA 4FW2A 3FFIA 1RDCA 5J2NA 4DTNA 4DSIA 2BDPA 1X1PA 1JLGA 2Q3SA 1Z25A 1KFDA 1RT5A 1VSIA 4LY7A 1BGXT 3AVMA 4DSFA 3OS0A 1IH7A 1U49A 4EP4A 4CGDA 5HRPA 1S9GA 4FLUA 3HPGA 5FRNA 4KI4A 1C0UA 3HVTA 4BACA 1XC9A 1BIUA 2OZMA 1JL1A 3MEEA 1D5AA 2IC3A 1EETA 2YNFA 4B8CA 3TANA 1NJYA 3ZSYA 4EZ6A 3ZSOA 3V1RA 3DOLA 4I7FA 2FBXA 4FJXA 4KB1A 3KLFA 1EX4A 3THVA 3S9HA 3VQAA 4DTOA 1S1UA 1EP4A 3V4IA 3BGRA 4KHNA 4OKEA 4FLXA 1TAQA 1WAJA 3LALA 1W0HA 4LSLA 3CQ8A 3SQ0A 3LPUA 2G8VA 1Y97A 4W5NA 1T8EA 5K14A 3DLRA 3VQCA 2P1JA 4ICLA 2W42A 4CK1A 3QEWA 2OYQA 3QEPA 3K5OA 2AJQA 1KRPA 4AHVA 4FXDA 3OYFA 1VSJA 4LH5A 5JS2A 4O0IA 5SWMA 3DLGA 3LPTA 3EY1A 2D0CA 4M42A 3SNNA 3SPZA 1QSYA 2FBVA 4CEEA 2HW3A 4RW9A 3SJJA 3NFAA 3KK2A 1LWCA 1UA0A 1TL1A 2QXFA 4HUFA 2RPIA 4IG0A 5CYQA 4CK2A 1XHZA 1DLOA 4KPYA 1Z26A 1RCHA 5J2QA 1R0AA 2PZSA 1HQUA 2B5JA 5HP1A 3MEDA 3C95A 4KFBA 4HHTA 1U4BA 1HQEA 1L3TA 4CJ5A 4E89A 3SPYA 1RDAA 4FVMA 4CHPA 3L2WA 1BHLA 1HYVA 1UAXA 3L3UA 3HVRA 5CZ2A 2HNZA 4FLYA 1WAFA 4KHSA 3D45A 4R5PA 1Q9YA 2ATQA 4CCHA 4F8RA 4LD0A 3VQ4A 2D0AA 2D5RA 3DLKA 4O44A 1B9FA 5J2PA 1CZBA 1QSLA 3G0ZA 4Z4EA 2ITGA 4C8OA 4KAZA 4AILC 3PUFA 3ZT3A 2HMIA 3LWMA 4B9TA 5HRSA 2YHBA 2Z1IA 4W5QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VQ7A 4KO0A 3C0BA 1T3VA 4AHUA 3MWTA 4CZLA 5SZTA 4ZTJA 3P38A 1XNQK 2J4RA 3LZJA 4B1YB 1NM1A 3LAMA 4CVNE 4FO0A 1RGIA 4AQYK 2QWMA 5EXWA 3R1XA 4MO4A 3VEWA 1VQPN 2F4VK 4Z4CA 4DS4A 2IGIA 1TGOA 3RSEB 3DXMA 4CF2A 3C94A 4YOTA 3NF8A 4M7YA 5T7BA 3L4IA 5CYMA 3DI6A 3V9SA 4BQLA 3HP6A 4LF9K 3IFRA 3RR7A 4JLHA 5TKYA 1GLBG 4ELUA 5C0YA 4AHRA 1NOZA 4IO8A 4W5OA 2HHTA 3CERA 2Y1JA 4DWIA 3SI6A 1ASUA 1EXQA 3VQ6A 3MK6A 3DLHA 1FJGK 1RFQA 1K9MO 1U48A 1MA9B 3MEGA 1ATSA 1DTTA 3DRPA 4J2BA 1JCGA 4I2QA 4H4MA 3OY9A 2P9IA 3O9SA 1BCMA 2G8FA 1J54A 2E6LA 4H0YB 3TSPA 1S1WA 3CI5A 2YKMA 4DQRA 3E9OA 3HOTA 4M3YA 5GIOA 5AQWA 1S5JA 2YI1A 4I6MB 4XEIA 2YCHA 2HF4A 3S3MA 2FBTA 3NF6A 3AVAA 1IO2A 2E2OA 5EY4A 3CMAN 1NGHA 2E2PA 4JRQA 3BY5A 2ZQBA 3WEEA 1XQSC 3BEXA 1OH7A 1NK7A 3TSQA 4BRQA 4NB4A 1BWFO 1T6CA 4DS5A 4FJ8A 4CZHA 1S72N 4WYBA 1U6ZA 2YJEA 1RT2A 3AVLA 1IV0A 3H3OB 5KQDA 1VRTA 1VSKA 4JHDA 3GOIA 1RDWX 4Y1CA 4LF8K 3VEXA 4CBWA 4LFBK 2QW9A 4BWJA 4YOYA 4E1JA 2OTJN 1JCFA 3K5NA 1QVFM 4DV2K 4HCBA 3PV8A 2GELA 3CETA 4CIGA 1OH5A 3OYIA 4FM0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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