5HRS | Genus

Total Genus 51

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	51
sequence length	154
structure length	139
Chain Sequence	CSPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTIHTDNGSNFTSNAVKAACWWAGIKQGVVESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDIQ

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__463486933531863__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__463486933531863__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5HRS/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__463486933531863__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"463486933531863","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5HRS/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__463486933531863__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase/inhibitor
source organism	Human immunodeficiency virus 1
publication title	Structural Basis for Inhibitor-Induced Aggregation of HIV Integrase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Integrase
total genus	51
structure length	139
sequence length	154
ec nomenclature	ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date	2016-01-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00665	rve	Integrase core domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.420.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Nucleotidyltransferase; domain 5	Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H	5hrsA00

4CHNA 2KQ2A 1Q8IA 2PZSA 1JLQA 1NOZA 2G8KA 4N56A 4FJHA 3AVKA 1X9MA 4KHYA 3K57A 3NDKA 4QCLA 1KFDA 3LAKA 3HVTA 3MEDA 2XY7A 3OYJA 4FJMA 3KKSA 4AH9A 4DTMA 4MFBA 4AHUA 3TABA 4EP5A 1Y97A 3T3FA 4IKFA 4F8RA 5KRSA 2LSNA 4FK2A 4CHOA 3NF8A 1BI4B 3LP0A 1VSFA 3RMBA 3S9HA 5HRPA 1BISA 1HQEA 2OPPA 3HSTB 1ZBLA 4DLGA 1JLCA 2OPRA 4AHSA 4E7JA 5E41A 3RR8A 3SQ2A 3RRGA 4CGDA 4AHTA 4OVLA 1KLNA 4B9NA 4Y1DA 1T05A 2QKBA 2HHUA 4M3UA 2ETJA 4KPYA 1JLBA 4BE1A 3AA2A 3JSMA 3VA0A 1Q9YA 4F3TA 3DLKA 3V4IA 2HMIA 2YNGA 2YNHA 2E6LA 3P83D 3PX6A 4FJXA 4FCYA 2Q3SA 1WSFA 4CEBA 4J2DA 2HHSA 3AVAA 2IDOA 3K2PA 4O0JA 3TAGA 2X74A 1A5XA 4J2BA 2RKIA 2AJQA 2RPIA 5KTQA 5KGWA 3CG7A 3VQCA 2YNIA 3MAQA 3V9XA 4CGHA 1U47A 1U48A 3K5NA 3RMAA 2QXFA 4FLVA 2G8VA 1XC9A 4KI6A 4FJNA 2B5JA 3LP3A 4CHPA 1D9DA 4C8KA 4Z0UA 3QEVA 3SPZA 4PWDA 2ZE2A 4GVMA 3LPTA 1QSLA 1CZ9A 1NK9A 4CF2A 1X9SA 2IS3A 3LWLA 1NK0A 1RTIA 3M8RA 1UA0A 2G8UA 5CZ2A 1C0UA 1A5VA 2FBTA 4BACA 4DU3A 1RT3A 1Z26A 1RBSA 3F73A 1LV5A 4B9MA 4KHQA 3DLRA 2G8HA 3TAFA 4AHVA 3CFOA 4DTSA 3TAQA 5HLFA 2PY5A 2X6SA 4FJJA 4KV8A 2D0BA 3B6OA 5DMRA 3T19A 4CE9A 4IFYA 3RWUA 4FZYA 2I5JA 4LSNA 4FM2A 4DWIA 2KFZA 2FBVA 4J2EA 1CZBA 1QSYA 4HCCA 3VA3A 3KTQA 3G0ZA 3KLFA 4OKJA 3LPUA 2YHAA 1IKVA 3ASMA 2XY6A 4PUOA 3SUQA 4OKKA 3O3GA 3TANA 1W9HA 1VK0A 3OYHA 3HL8A 3O3HA 3OYMA 3LAMA 4CEAA 4DTNA 2E4LA 3OYDA 4O5BA 5D3GA 4DTOA 4QOZB 4RW8A 4OLAA 3MEEA 4O55A 4CGJA 3NHGA 1TKDA 1IKYA 1EX4A 2XY8A 4CJLA 4F3OA 3D45A 1CLQA 3DLEA 3VQ6A 2D0AA 3ZT4A 4CF9A 4M3TA 3OYAA 1IG9A 1RNHA 1FXXA 4ICLA 3ZT1A 3OY9A 1T03A 2ZD1A 2YKNA 2X6NA 3ZT0A 3SPYA 4CFDA 1KVAA 3ZSRA 3TWHA 4FJ8A 1TAUA 3DMJA 3DYAA 3P1GA 3LP1A 3OYNA 4CJSA 4ZTFA 3VQQA 3NFAA 3L2RA 3IRXA 4PA1A 1RBVA 1HYVA 5J2NA 3TAPA 2HW3A 3MEGA 3DRRA 1QTMA 5HRSA 3QIOA 4Z4FA 1KLMA 2VG7A 1EXQA 4FLWA 2P5GA 2OZSA 1B9DA 4DSKA 3OJSA 1ZBHA 4LH5A 5CY4A 3THVA 1XHXA 4CCHA 3ZSWA 4DU4A 3MXIA 1ZBIA 2D0CA 3KK2A 4I9QA 1A5WA 1R0AA 4I2QA 3ZSVA 2HVIA 4CECA 2PYLA 4Z4IA 2WONA 4KB1A 2KTQA 1NK6A 3BDPA 1TKZA 2RN2A 2ZQBA 2IGIA 3ISNC 2BDPA 1GOCA 3RMDA 4JRPA 1YTUA 3ZT2A 4CEFA 4EP4A 4DSLA 3ULDA 3VQ7A 4KO0A 1JXBA 4DQQA 5J1EA 4NYNA 4CK3A 1BHLA 4F4KA 1WLJA 5HROA 3TI0A 1TK5A 4LD0A 4FJLA 3VQ8A 1QS4A 3V1OA 4DMNA 4W5TA 4ID5A 1LW2A 1ZBFA 1GOAA 4FVMA 3ZSYA 4CESA 4CFAA 4HUFA 3QESA 1RT2A 3DOLA 1SKRA 3DI6A 3VQ9A 3OYLA 4H4OA 2R7YA 3VQ4A 1U4BA 3SUOA 1VSLA 3NBPA 1BCOA 4BDYA 4CF0A 1S1VA 2FC0A 1Z25A 1IKXA 2VG6A 1TAQA 3KKRA 4N76A 4CIGA 2KZMA 1VRTA 3AVGA 4FZZA 1JL2A 3SV3A 4G1QA 4OPKA 4KHUA 3WNGA 1VSDA 3AVCA 4JLHA 4J2AA 4JRQA 4DF8A 3OS2A 4CK1A 2BE2A 1U04A 4DSJA 4E7LA 4FK4A 1YVUA 3L3VA 5SZTA 3NH2A 4DLEA 1D9FA 3PUFA 4E19A 4DU1A 1FKPA 5DK5A 1U45A 1X1PA 4IDKA 3AVBA 4BE2A 1C1CA 5K14A 2IC3A 5SWMA 3K59A 4CFCA 1D5AA 2F96A 2YV0X 5FROA 1TKTA 4CJTA 1NK7A 4M3WA 4Z4GA 4CJPA 3O3FA 1RTDA 3SZ2A 4CJVA 2OPSA 3TR8A 1L3UA 1ASWA 1C0TA 3F9KA 1WNSA 4CHYA 3L8BA 3QEIA 2DTUA 5I42A 3C6UA 1Q9XA 4AHCA 2IAJA 3NF7A 3DRSA 2E6MA 2JLEA 3B6PA 1LWEA 3NH1A 4CJWA 3HT3A 4E7KA 4DFMA 1I39A 3TAEA 4FZXC 4IBNA 4FLTA 4FLXA 5T7BA 1HQUA 4KRFA 3I0SA 4YFUA 3ALYA 2F8TA 2KZZA 3G10A 4CHQA 2G8WA 1NKEA 1EETA 1HMVA 4CGFA 3PX0A 4DS4A 1S6QA 4E1NA 3HPHA 1LAWA 4B9TA 2YHBA 3DM2A 5C24A 3VQDA 1RT1A 1TKXA 1RTJA 1LAVA 1RT7A 3K5OA 5J2QA 1NK5A 2HVHA 3HYFA 3QIPA 4HTUA 4CF8A 1NKCA 1IO2A 1DTQA 3OYIA 4F2RA 4QAGA 2YKMA 4FM0A 3PY8A 1F21A 1UAXA 2YNFA 1REVA 1WAFA 4I2PA 1TV6A 2DFHA 4W5RA 3LWMA 4YNQA 4NYFA 3LZJA 3HXMA 1NJYA 1JXEA 4KHSA 4OLBA 3VN5A 4CHZA 3RRHA 4FLZA 3AVHA 4FJ7A 1NJZA 3PO4A 3QNOA 3HVRA 1VRUA 1WSIA 5C42A 2B4JA 1LWFA 1NJXA 3DLBA 4JS5A 2G8FA 3KJVA 4M45A 3M8QA 3I8DA 4E0DA 1J9AA 1XI1A 4HUEA 3OYCA 4O4GA 1BIZA 1RBTA 1NK4A 4Q0BA 5HRRA 4KHWA 3LANA 2O4IA 3OYGA 4DTJA 4RW4A 1KTQA 3IG1A 4B9UA 3WNHA 4B9LA 1TGOA 4Z4CA 4DQRA 1SUQA 4JS4A 1VSIA 3E01A 2XO7A 1S6PA 4ZTJA 5J2MA 2EX3A 3HK2A 2VWJA 1WSGA 3O4NA 1QHTA 3S3MA 1CXUA 1T7PA 3AVIA 5KRTA 4OGCA 3SQ0A 2HB5A 3I0RA 4OGEA 3IAYA 2JGUA 4DF4A 1SL1A 4R5PA 4CGIA 4BDPA 2XRIA 4NCBA 2Z1IA 3VQBA 4CEZA 4O0IA 3V1RA 2FBXA 3JYTA 4ELVA 3T1AA 3RR7A 4FW1A 4CF1A 3CFPA 3SQ1A 1X9WA 4KB0A 1S1TA 4WE1A 4AILC 3AVJA 4I9LA 4OJRA 5JS2A 4DSFA 4EZ6A 4KREA 1SV5A 3TAMA 1L3VA 3SYZA 4DSIA 4DTUA 3KK1A 1B9FA 3OS1A 1TL3A 1ZBUA 2NUBA 4XIUA 4HUGA 3SQ4A 1ZYQA 2A1RA 1RT6A 3V6DA 3AO2A 4CJEA 4W5OA 4CJ5A 3ZSOA 3OYFA 3NE6A 3CFRA 3QNNA 4NCGA 4B9VA 3AO1A 3V9SA 1VSHA 1G15A 4CEQA 4HCBA 4W5NA 4Y1CA 2GUIA 1JL1A 4OPJA 1KRPA 1T8EA 1ASUA 4C8OA 1EP4A 2O4GA 3QO9A 3C6TA 3QLHA 4Z4EA 4E89A 1HJRA 1EKEA 5I3UA 3NF9A 4GMJB 5HBMA 1YT3A 1JLAA 4CEEA 3LP2A 1HNVA 1O1WA 4DG1A 1NOYA 4M41A 4W5QA 3AA4A 3QEXA 1FK9A 3QETA 3SI6A 1JLEA 3SCXA 5CZ1A 3KD1E 3HP6A 4HHTA 1K6YA 3QERA 4KAZA 4FM1A 2P5OA 4K8ZA 3MECA 3L2UA 1BQMA 4RW6A 3AVLA 4DQSA 3S3NA 2XHBA 3QINA 3PV8A 2HHTA 3NCIA 3DLHA 3ZT3A 5FRMA 1UA1A 3MXMA 3FFIA 4KHNA 3L2WA 2ITGA 4H4MA 4FJKA 5C25A 4N47A 2ATQA 2Z1JA 3DOKA 4TSXA 2PYJA 1RTHA 5FDLA 3NGIA 1RDDA 2KW4A 4E7IA 1HPZA 4KKOA 5KI6A 3VQPA 1N5YA 1RBUA 1JLGA 2P1JA 3L3UA 4DFJA 1S9GA 4FJGA 4BWMA 4BDZA 3AA3A 5KGXA 4E3SA 4FLYA 2DFEA 3CYMA 1VSMA 3SNNA 1VSJA 3TARA 3HP9A 1L5UA 4CJKA 4I7FA 3MXJA 1ITGA 1RBRA 3M8SA 4FJ9A 2X78A 1SKWA 4K8XA 3C95A 4KI4A 3V1QA 1HYSA 2XY5A 4IFVA 1S1UA 3KLGA 3QEWA 1QE1A 2B6AA 1FKOA 4B8CA 4CJRA 1RDBA 4L8RB 3U3YA 3SUNA 1HYZA 2Y1IA 4FLUA 1LWCA 3M8PA 1KFSA 2OZMA 4DQIA 4F2SA 4FJIA 1XHZA 1WSEA 4B9SA 4B08A 4KTWA 3SJJA 1UWBA 4B8AB 1IKWA 4GW6A 1GOBA 3KIOA 1SKSA 1BL3A 3OS0A 4DFPA 4DQPA 1ASVA 4FXDA 1TK8A 4RW9A 3IS9A 4M3ZA 3C94A 4CFBA 3AO4A 5HRNA 3HPGA 3VQ5A 2P51A 1S5JA 3V9WA 4DTRA 1YTAA 4LY7A 3VQEA 2BANA 3OYBA 5HP1A 2OA8A 1I3AA 1RILA 3EZ5A 3UIQA 4CEOA 4ELTA 3HO1A 3LZIA 3O4QA 1NK8A 2KFNA 1DTTA 3OJUA 3VQAA 3K58A 5FRNA 2HHVA 3ZSZA 3NH0A 1BCMA 3OVNA 3SV4A 1KVBA 1D8YA 3LDSA 4NCAA 4FJ5A 4UQGA 2GBZA 3QEPA 2HHXA 3KK3A 1RDAA 1TL1A 1IH7A 2FBYA 5EU7A 3U3GA 1HRHA 3RTVA 3V9UA 2G8IA 4DS5A 3PX4A 3NAEA 2Y1JA 4KTQA 4CK2A 3EY1A 3A2FA 1RDCA 4ELUA 1DLOA 4H8KA 4MQ3A 2A1SA 3KLEA 1JLFA 3KLHA 5JS1A 4IG3A 4RW7A 3ZSXA 1L3SA 3V9ZA 3S3OA 4CIFA 3CM6A 2IOCA 3AO5A 3K5LA 4FW2A 1BGXT 4N41A 3DRPA 2QK9A 5CYMA 1RCHA 1WN7A 1WSJA 1L3TA 1S1XA 2VG5A 3OYKA 3HPOA 3KLIA 2DFFA 4CEDA 1VSKA 2DY4A 4N5SA 1NKBA 3AV9A 3K5MA 4PY5A 2HNYA 2RF2A 3WNFA 1S1WA 3AVFA 2EHGA 4ID1A 3ZSQA 3U6FA 4DSEA 4PQUA 4E7HA 4M3RA 1BI4A 2VWKA 3AO3A 4C8MA 3AVMA 2Z1HA 4B3OA 1J53A 1TK0A 1KSPA 1J5OA 2HNZA 1U49A 4C8NA 4M3XA 4KFBA 2HHQA 2WOMA 2GV9A 1RT5A 3NF6A 2HNDA 2QKKA 1WSHA 4KTZA 1B92A 4M42A 4FK0A 2OYQA 1MU2A 4ZHRA 5CYQA 1C1AA 4EZ9A 1WAJA 4OKEA 3P5JA 4CGGA 1RT4A 1TVRA 4Z4HA 3CQ8A 1QSSA 1C1BA 1QQCA 4FYDA 1NJWA 1SL2A 2BGGA 4CJ4A 4LSLA 3H08A 3L2QA 3L2VA 5J2PA 1LW0A 4AHRA 1XWLA 1N6QA 4HVJA 3D0PA 1C0MA 1KVCA 2Z1GA 1KCFA 3CM5A 1S9EA 4DTXA 4BWJA 3HM9A 4LH4A 3WNEA 4CJQA 4DTPA 3V81A 1UOCA 3AA5X 4CJFA 2HHWA 3NGYA 2W42A 1VSEA 4DFKA 4CJ3A 3PO5A 1HNIA 2D5RA 3DLGA 1W0HA 1CXQA 4IG0A 4CIEA 4BE0A 4E1MA 3ITHA 3EYZA 1BIUA 3OYEA 3KD5E 3ZCMA 4CERA 4M3YA 2F8SA 1BQNA 1J54A 4C8LA 1C6VA 3LALA 1JKHA 4Q5VA 4RG8A 2OPQA 3NGZA 3RMCA 3HJFA 4CJUA 4O44A 3SUPA 1SL0A 3BGRA 3AVNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5HRSA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations