5JICA

Staphylococcus aureus type ii pantothenate kinase in complex with a pantothenate analog
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
272
structure length
269
Chain Sequence
KVGIDAGGTLIKIVQEQRTFKTELTKNIDQVVEWLNQQQIEKLCLTGGNAGVIAENINIPAQIFVEFDAASQGLGILLKEQGHDLADYIFANVGTGTSLHYFDGQSQRRVGGIGTGGGMIQGLGYLLSQITDYKQLTDMAQHGDRNTIDLKVRHIYKDTEPPIPGDLTAANFGHVLHHLDADFTPSNKLAAVIGVVGEVVTTMAITVAREFKTENIVYIGSSFHNNALLRKVVEDYTVLRGCKPYYVENGAFSGAIGALYLEKHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of Potent Pantothenamide Inhibitors of Staphylococcus aureus Pantothenate Kinase through a Minimal SAR Study: Inhibition Is Due to Trapping of the Product.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Type II pantothenate kinase
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Staphylococcus aureus (strain mw2)
total genus 95
structure length 269
sequence length 272
ec nomenclature ec 2.7.1.33: Pantothenate kinase.
pdb deposition date 2016-04-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03630 Fumble Fumble
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jicA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jicA01
4B1WB 1U6ZA 4PKHA 2A5XA 4MLEA 3ZX3A 2Q97A 3GL1A 3VEZA 3LL3A 4H0VB 3AY9A 2FLOA 4JD2B 3VEVA 4XH4A 3HTVA 4FSVA 4CBUA 5AQPA 3QBXA 1NGGA 3O1WA 2J4RA 4FWQA 3FZKA 3VOVA 1KAYA 3H3NO 5LY3A 4L3QA 1GLJO 1HKGA 3W3DA 4BROA 4PKIA 3DAWA 4BC3A 4BRCA 3VERA 1XC3A 3KHYA 3R9PA 2CGKA 1QQNA 3UKUB 1NGAA 4H0PA 4BREA 4RWTA 1NGHA 2I7NA 3DWLA 2A40A 4M7XA 5EVZA 2BTFA 2E20A 3VGLA 2GWKA 4J8FA 3I8BA 5JMVA 3H45C 5BPNA 5BRFA 1G99A 1ATRA 2IVPA 3EN9A 4BR5A 2EWSA 1GLDG 5AQWA 3ZEUA 1MA9B 5EX5A 1HPMA 2GWJA 3WEEB 1JCFA 4FWPA 3SJHA 4DB3A 4IZ9A 2HF3A 2ZGYA 2CH5A 3A5NC 2E2NA 1RFQA 3ENHA 3QB0A 2ASOA 3ZX0A 1V4SA 4B1UB 2P9LB 3GDQA 3IFRA 4B1ZA 2V7ZA 2WUSA 5BN9A 3FLCO 4H03B 3HBTA 3MN7A 1WUAA 2D4WA 3ULEB 5KQ8A 1BUPA 2E2PA 3O08A 2VWBA 5AQHA 4FWKA 4FWOA 1TYQA 5AQYA 4H0XB 2QWPA 3GOIA 1D4XA 1GLFO 4H5NA 4BR7A 4FO0A 4GY2B 3LDQA 1ATSA 3MMVA 4JNEA 4JN4A 2HMPA 4BRMA 2QXLA 1QZ5A 2NZTA 2P9PB 3QICA 3D2EB 4B9QA 1NGCA 4YDUC 4BQZA 1QZ6A 3LDPA 4EHUA 1GLAG 3CJ9A 1DKGD 1T44A 5F0XA 3LM2A 3VGKA 3A0IX 1GLEG 2Q36A 3TPQA 5BRHA 4HTLA 3IUCA 2QW9A 1SQKA 4E1JA 3ZETA 3HI0A 1TUYA 4DCHA 1HKCA 3D2FA 3OHRA 1YXQA 2VCPA 3LM9A 4FWMA 1KAXA 4ISEA 5AZJB 3SMSA 4CZGA 4BRKA 5BPLA 4BRDA 5ADXA 2P9SB 3O80A 3LDLA 2QWNA 2YJEA 4HWIA 5AQMA 1ZBSA 3U9DA 4CZMA 4H0YB 5AFUH 2BUPA 4H5VA 2I7PA 2GELA 3CJ7A 4A62A 3L4IA 2QM1A 3F9MA 3O5BA 3RSEB 3I33A 1YVNA 3DXKA 3A8YA 4CD3A 3VGMA 3GE1A 4EFHA 3BF1A 4MLHA 3VF4A 4BC2A 2Q2RA 5F1XA 1K8KB 4BVOA 1DGKN 1NLVA 3U8XA 4IJAA 3CQYA 1NGIA 3VF6A 2E88A 4XEIA 3ATVA 2AA4A 3ATUA 2E8AA 4M63C 2D1KA 2ZGZA 3WUHA 2P9IB 3ENOA 3MDQA 4MO5A 4ISFA 3QMLA 4JAXA 4CJ7A 4PKGA 3P4IA 5AQLA 4BC5A 1IJJA 2FF3B 1IG8A 3S41A 3W0LA 4BRLA 3C7NA 1NWKA 4M7YA 2FXUA 3MK6A 3CERA 5B8HA 1NMDA 4BRPA 5KPRA 1GLBG 1BDGA 1KAZA 2IVOA 4CZLA 1C0FA 3KVGA 3FE1A 1P8ZA 5AZIA 1HUXA 5FPMA 4I6MA 3J8AA 4ISGA 4PL7A 4XH1A 1NGEA 3LDNA 3WT0A 3DXMA 3R6MA 5EY4A 4YDUA 2ITMA 3SK3A 5BPMA 3O4WA 5JLHA 4BRIA 4NB4A 3EO3A 3ZEUB 4CZKA 3UKRA 2H3GX 1RGIA 3M6GA 2PBDA 4BRHA 1U2VA 3H6EA 4CBXA 2YI1A 3H1VX 1SAZA 1HKBA 4IXCA 3FZHA 4BRGA 5KPTA 4CZEA 4KBOA 3MN9A 2QWLA 5EOYA 2Q31A 3EKUA 4WQ5C 3CIPA 2FSNA 2P9NA 3CJBA 3EKSA 3QDKA 4BR2A 3VPZA 4QS8A 1S3XA 3G25A 2ASMA 1NGFA 2HF4A 3L0QA 1BO5O 2NRHA 1NGDA 4IWVA 4FPAA 2VYPA 3LDOA 2YHYA 3WXJA 1WOQA 2ZF5O 1TYQB 3CJCA 3H1QA 5KQDA 4BR9A 1BA0A 1ESVA 3EL2A 3AAQA 4H0TB 2A6AA 4EIAA 2A41A 2E2OA 1C0GA 5ADXH 2AP1A 4PL8A 4B1YB 5TKYA 3WXIA 1BU6O 1HX1A 3VEWA 2P9UA 3H46O 5BREA 2FSJA 2Q1NA 2YJFA 5KPZA 1T6CA 4DQ8A 1TUUA 2P9KA 4H5TA 4MO4A 1H1VA 4RCHA 1DEJA 4FWNA 1X3NA 3VEYA 4IJNA 4CBWA 4O8KA 5AQZA 4Y0WA 4BRAA 1E4FT 1OKJA 5JLFA 3ZETB 4QS7A 4BRNA 5E26A 2OANA 3CI5A 3D2FB 3O6WA 4BQLA 3C0BA 3UB5A 5AQSA 4H5RA 2YHWA 1ZXOA 2GTDA 2V52B 4BG8A 3VENA 1BWFO 1RDWX 3ZX2A 3H3OB 4H0OA 1NGBA 3FZLA 3CHWA 4QS9A 5FPDA 5E84A 1BOTO 3KZBA 3MN6A 3HM8A 3CJAA 3IMXA 2HOEA 3O1BA 1CZAN 4JHDA 3DXKB 5CE3A 2V7YA 4O5FA 3U9ZA 4BR0A 3MCPA 4A2AA 1Y64A 2QWOA 3M1FA 4WQ4C 2GEMA 5AQNA 1Q18A 2QWRA 5AQKA 3VESA 4BC4A 4FL9A 1J6ZA 2CGLA 4C23A 1KXPA 2ASPA 2IVNA 3AARA 3L6QA 3TU5A 5AQQA 1QHAA 3A5MC 4WQ5A 2F9WA 2PAVA 1ZC6A 3SMPA 3AAPA 5BN8A 4F9OA 2DPNA 2E1ZA 2QWQA 4BRQA 3FGUA 2A42A 3C7NB 5AR0A 1X9JA 4RTFD 3B8AX 2GUPA 5AQVA 1NBWA 2E1YA 3FZMA 5ELZA 3WXLA 2YCHA 3BEXA 2V51B 4JD2A 5AZIB 4I6MB 4K42A 2P9IA 5F2RA 3EZWA 5AFUA 3D7EO 1JCGA 1X3MA 3DXMB 4BG9A 2IIRA 3UKRB 4B1VA 5AQXA 3WXKA 3HSCA 1U2VB 3UKUA 1EQYA 1BG3A 1Z05A 1XUPO 1YAGA 1E4GT 4K43A 1MWKA 2QWMA 1LOTB 1R59O 3JXUA 4XH5A 3VEOA 4FOIA 3BUZB 4A61A 3O8MA 4A2BA 4BGAA 2P9NB 2UYTA 3R8EA 2Q0UA 3QFUA 3IDHA 5AQRA 5AQFA 1GLLO 5FPNA 1NGJA 3WEEA 2E2QA 2W41A 4B1XB 3BF3A 2CGJA 1HLUA 2Q0RA 3U4LA 1QQOA 3GBTA 3CETA 2P9LA 4BGBA 4GNIA 2P9UB 4EHTA 3QBWA 4CZJA 5LJWA 3ULEA 4AM7A 3HZ6A 4WQ4A 1T6DA 1ATNA 2P9KB 4BVPA 5LJVA 4AM6A 3MN5A 2W40A 1GLCG 4BRFA 3QFPA 3WQUA 5I9EB 4CZHA 5AQUA 4EAHD 1MWMA 3ID8A 4Z94A 5BR9A 5AQGA 2P9PA 5EXWA 3D2EA 3FFKB 4FWLA 3VEXA 2A3ZA 5AQTA 1LCUA 4LC9B 1MDUB 3A5OC 3VF2A 2YHXA 4CZFA 1XQSC 3DJCA 4FOEA 3FR0A 4BR4A 2KHOA 1YUWA 4JHDB 1Z6RA 2F9TA 2CH6A 2D0OA 2NLXA 3JS6A 5JICA 2D0PA 4CD1A 5BRDA 1V4TA 3FZFA 1SZ2A 5AQIA 3GG4A 5AZJA 3A5LC 2FF6A 1NM1A 4FWRA 1S22A 2FSKA 2P9SA 4WYBA 3CJ1A 1BA1A 5AQOA 4K25A 3UE5A 4CI6A 5AQJA 1QQMA 3VETA 3SLCA 3WQTA 1JCEA 4NO7A 4DHYA 3BP8A 3RSEA 4K41A 4FPBA 3M3ZA 5FPEA 1HJOA 4CZIA 1K8KA 4H5WA 4IO8A 4FWSA 2ZWHA 3CQXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1U6ZA 5A2QO 4KI4A 3ZX3A 4MQ3A 4NYFA 2X6NA 2R7YA 1N6QA 4XH4A 5J2PA 5CZ2A 4BE1A 3MX2A 3FZKA 1KAYA 3CFRA 4L3QA 1GLJO 1HKGA 3N4PA 3DAWA 4PQUA 5EU7A 4FM2A 3VERA 4DFPA 1WB9A 2CGKA 3NE6A 4OPJA 4BREA 4GV9A 1T7PA 4RWTA 3KIOA 5HRPA 4M7XA 2BTFA 2E20A 3OBYA 3JAMO 1JL2A 1LV5A 4DTXA 3I8BA 3S3MA 3J7AP 1G99A 3TWHA 3ZEUA 1K73O 1JLAA 4WFNL 4DV3K 4CESA 3WEEB 1EETA 4FWPA 3SJHA 3SAGA 3V81A 2HF3A 2ZGYA 3T19A 4CEZA 1RFQA 3OYEA 1V4SA 4KRFA 1Y97A 2G8UA 1RT4A 1VQNN 4B1ZA 2D0AA 2YHBA 4H03B 4DSIA 4FJMA 1WUAA 2D4WA 1SS6A 3NHGA 2VWBA 5M1NA 3T3FA 4E3SA 4H0XB 3GOIA 4H5NA 4ILHA 4B8CA 1ATSA 3MMVA 4FLUA 3SBGA 1WBDA 4DV4K 1TAQA 2LSNA 2NZTA 4F4KA 2P9PB 4KHWA 3ID6A 2XRIA 3O9QA 5JS1A 1A5VA 3TARA 4FJGA 3CJ9A 4E19A 3LAKA 3ZSRA 1T44A 2BANA 2JWKA 3LM2A 2YKNA 3A0IX 5BRHA 5C0YA 1B9DA 5J1EA 2ZM6K 2O8BB 4FYDA 4Z4GA 3NFAA 3ZETA 4DV0K 4DMNA 1TUYA 2VCPA 4ISEA 5KQ8A 2QA4N 5AZJB 3THWB 4C1NK 4HWIA 2QWNA 4CZMA 5MLCQ 2F96A 1EKEA 3SQ4A 3CJ7A 1WSEA 5CY4A 3F9MA 3O5BA 3QIOA 4M3RA 1T03A 3DXKA 4CJFA 4W5RA 4CK1A 2NRXA 3LP1A 2XY6A 3K9JA 4EFHA 3BF1A 2Q2RA 5F1XA 3CPEA 1NLVA 3RR7A 4IJAA 3VF6A 3SPYA 3P83D 2QEXN 4KI6A 5T7BA 4O0JA 3ATVA 1NK7A 3MDQA 5C2FA 4JKCA 3TANA 1Q9XA 2NUBA 4C8MA 5AQLA 2GX9A 3DRPA 4JV5K 1NK9A 1IG8A 1NWKA 1FJGK 3CERA 5B8HA 4LF8K 1BDGA 2VWKA 3K5NA 1QVFM 3HXMA 4N76A 4NLCA 1S1UA 4XH1A 2KW4A 1NGEA 2HMIA 4O4GA 5JLHA 1W97L 1HNWK 3UKRA 3K2PA 1SKRA 4F3OA 4CF2A 1RGIA 4BRHA 2PBDA 3PY8A 4QOZB 1EX4A 2FC0A 1RT2A 1WSHA 4B8AB 3AA5X 3FZHA 4CZEA 2QK9A 3OVNA 2P9NA 3CJBA 1QS4A 3EKSA 3QDKA 3VPZA 1S3XA 4E0DA 1NGFA 1YVUA 3L0QA 1BO5O 4CGIA 2NRHA 3TTDA 3TAEA 4IWVA 3KKRA 4FPAA 4CF8A 1ZBUA 5KQDA 1TYQB 3AAQA 2A41A 2UXDK 4LF5K 3V9UA 2AP1A 4DTJA 1KLNA 3BZKA 3SCXA 1BQMA 3DLEA 4IFYA 3VEWA 4DLGA 4M41A 1ZBHA 1N5YA 1N34K 2P9KA 4H5TA 4RCHA 4OLBA 3SQ1A 3C6HA 3C95A 4JKAA 1JLCA 1X3NA 1Z26A 1BL3A 2G8IA 4DUYK 4DU4A 4Y0WA 1E4FT 5JLFA 3C94A 4V19S 3CI5A 3K0SA 3C0BA 2KZMA 2YHWA 1ZXOA 3NF9A 4XIUA 1QSSA 4JKBA 4PUOA 3CM5A 2DTUA 3K5MA 1KVAA 4QS9A 1N33K 3CC2N 1WAFA 5I3UA 1S6PA 3CJAA 3IMXA 2HOEA 3LWMA 4DTSA 4CERA 3KLEA 3U3YA 4OKJA 3ZSXA 3HSTB 3MX5A 5GIOA 2ZE2A 3IKMA 1NKBA 4OX9K 1VSHA 3M8RA 2BDPA 4OGCA 1RDBA 3VQ4A 2Y1IA 2HB5A 1C0MA 2IVNA 1YT3A 3AARA 3L6QA 3J7YP 1RCHA 5IWAK 3G0ZA 1QTMA 1Q81O 4DSEA 3SMPA 4F9OA 2QWQA 1IBKK 3QEXA 5TKWA 2BGGA 1IKYA 1ZYQA 4IG3A 4FZZA 4DR3K 4JD2A 3OYDA 4I6MB 4KAZA 5FRNA 3V1RA 3EZWA 5KGXA 3NGZA 1X3MA 5J2NA 4CEQA 2HSTA 4FJNA 4BG9A 4LD0A 2X74A 1KQSM 2IIRA 3CCLN 4CHNA 4N56A 5AQXA 3CCUN 3HSCA 4RW8A 4B3MK 4G9ZA 1XUPO 5GADP 1E4GT 2DFEA 4K43A 2QWMA 3JXUA 2NRZA 3VEOA 4U67L 3V9SA 4A61A 4FJHA 1HNXK 1WSIA 4JI2K 4FLWA 4UY8O 4LH5A 2Q0UA 4DF8A 3ZSQA 4AILC 4B9SA 4FK4A 1YJNN 5FPNA 1NK6A 4CJ3A 3DLBA 2ZQBA 3K58A 1OH6A 2W41A 4B1XB 1TVRA 3BF3A 2WBNA 3AVLA 3CCRN 3K9KA 4OLAA 4AHTA 4L8RB 3NCIA 2VGNA 1CXQA 3QNNA 2AJQA 3OYCA 1HYVA 5LJWA 2FBXA 1CXUA 4AF1A 3OYJA 4CIFA 1VQON 4BVPA 2B4JA 3AO5A 2FBVA 4Q0BA 4BRFA 3M8QA 5I9EB 2O8EB 1YJ9N 3L3UA 5EXWA 3SV4A 4FWLA 4IOXA 1LWCA 3ZT4A 3VF2A 1D9FA 2O8CB 1VK0A 3DJCA 4DFJA 3SJJA 3FR0A 1GOAA 3ALYA 4EP4A 1XNQK 1LAWA 2F9TA 3JS6A 1TL3A 3RMDA 3CYMA 4ILGB 3MXIA 3FZFA 4DV1K 1RILA 3K59A 5JS2A 1NM1A 2FSKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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