5JICA

Staphylococcus aureus type ii pantothenate kinase in complex with a pantothenate analog
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
272
structure length
269
Chain Sequence
KVGIDAGGTLIKIVQEQRTFKTELTKNIDQVVEWLNQQQIEKLCLTGGNAGVIAENINIPAQIFVEFDAASQGLGILLKEQGHDLADYIFANVGTGTSLHYFDGQSQRRVGGIGTGGGMIQGLGYLLSQITDYKQLTDMAQHGDRNTIDLKVRHIYKDTEPPIPGDLTAANFGHVLHHLDADFTPSNKLAAVIGVVGEVVTTMAITVAREFKTENIVYIGSSFHNNALLRKVVEDYTVLRGCKPYYVENGAFSGAIGALYLEKHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Staphylococcus aureus (strain mw2)
publication title Discovery of Potent Pantothenamide Inhibitors of Staphylococcus aureus Pantothenate Kinase through a Minimal SAR Study: Inhibition Is Due to Trapping of the Product.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Type II pantothenate kinase
total genus 95
structure length 269
sequence length 272
ec nomenclature ec 2.7.1.33: Pantothenate kinase.
pdb deposition date 2016-04-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03630 Fumble Fumble
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jicA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jicA01
5BN8A 1U2VA 2FSKA 4BRQA 3VPZA 2HOEA 5EX5A 5B8HA 3VGKA 2Q36A 3BF3A 1NGEA 2GUPA 1QQOA 2ASPA 2YJEA 4FPBA 3UB5A 3GE1A 4FWOA 1Q18A 5AQKA 2FXUA 3F9MA 4HTLA 3GG4A 1U2VB 1HJOA 4BRKA 3I8BA 4BRMA 2QWQA 4Y0WA 5BN9A 3ULEA 2VWBA 4DHYA 4A62A 5AQYA 4BC3A 3QICA 4QS8A 4ISGA 3DXKA 5AQXA 5AQHA 1WOQA 5KPTA 3EKUA 4WQ5A 1DGKN 4FL9A 2YHYA 3CJ1A 3W0LA 3HTVA 1NGCA 2VCPA 4A2BA 5EVZA 5BREA 1TYQA 3CJAA 5AZIA 4BRFA 5AQLA 4FSVA 4MO4A 3ULEB 3H1QA 4IO8A 2A42A 2CGKA 4BR9A 4FWKA 3DXKB 1NWKA 4I6MA 3EO3A 2P9NA 4MLEA 1NGBA 3EN9A 4CZFA 4CZJA 3FLCO 4CZMA 3WEEA 5AFUA 4LC9B 3VOVA 2D4WA 3GDQA 3ZX3A 4CZHA 1TYQB 3WXLA 3I33A 5AZIB 3L6QA 2YI1A 1Y64A 4FWNA 3ZETA 4EIAA 4BG8A 2P9IA 1SAZA 3IMXA 1DEJA 4I6MB 1GLFO 2D0PA 3D2EA 2P9NB 2V51B 3O1BA 3WEEB 2Q0UA 2J4RA 1C0GA 2P9UA 3P4IA 5FPDA 4AM7A 4BRCA 2D1KA 1KXPA 3IUCA 1KAYA 3VGMA 3BUZB 3ZETB 5BRHA 2CGJA 3ZX0A 3U4LA 2IVNA 1SZ2A 3FGUA 2FSJA 3U9ZA 4IJNA 2FF3B 1YXQA 2QWLA 3IDHA 2BUPA 2I7PA 4M7YA 4BGAA 2NZTA 2ASMA 2E8AA 3JXUA 4IWVA 1V4TA 4A61A 4CZEA 1KAXA 3OHRA 5AQOA 3FZMA 3LM9A 2QM1A 4M7XA 4Z94A 1NGAA 2E88A 4M63C 4WYBA 3VEWA 3ATVA 4WQ4A 4H0OA 1YVNA 4CBUA 1E4GT 5BPMA 2CH6A 1QZ5A 3ENOA 1RGIA 1X3MA 3WUHA 3H3NO 1KAZA 5I9EB 4PKHA 3A5LC 1GLDG 3VENA 4A2AA 1HUXA 4BRHA 4PL7A 1ZC6A 4H03B 4ISEA 2YHXA 2QWRA 1GLLO 4CI6A 4BRNA 2W41A 3R6MA 4IJAA 1JCFA 5KQDA 1YAGA 5E84A 2F9WA 3WT0A 3A5OC 1G99A 1NM1A 4K25A 3EL2A 4XH5A 2CH5A 3BF1A 3QBXA 3L4IA 3O80A 3MN6A 3FZLA 3RSEA 4O5FA 2FF6A 3DJCA 3SLCA 3LL3A 4FWRA 4BROA 3JS6A 5BPLA 2I7NA 2P9KB 3QDKA 2ZWHA 3O6WA 3VGLA 3VEVA 4EAHD 3QFUA 2NRHA 3GL1A 4CBWA 1C0FA 1XUPO 2FLOA 3RSEB 1RDWX 1Z6RA 1XC3A 2E2QA 3WXJA 2E1YA 4CZGA 4BR5A 4DB3A 4H0VB 2GWKA 5F0XA 4BR4A 5KPZA 1MA9B 2ZGZA 3A5MC 2ZGYA 3O1WA 2V52B 1JCEA 1HPMA 3LDLA 4H5VA 5AFUH 1MWKA 5AQMA 3LDPA 4XH4A 3ZX2A 3H1VX 4JHDB 1T6DA 2E20A 4HWIA 1P8ZA 4BVOA 4CD1A 4ISFA 3WXIA 2GELA 3ZEUA 3LM2A 4B1YB 2BTFA 1D4XA 2QXLA 4WQ4C 4AM6A 3R9PA 1HKGA 2GTDA 2E1ZA 1ESVA 1T44A 3MCPA 4H0PA 3TU5A 4CZKA 1SQKA 4BR0A 1MWMA 5AQIA 3HBTA 1CZAN 3CJCA 3O08A 2W40A 3R8EA 2P9LA 1BDGA 2PAVA 4DQ8A 1BA1A 1K8KA 3O5BA 4MO5A 3VEZA 3U8XA 4BRAA 3ZEUB 3FFKB 4B9QA 3U9DA 3CI5A 2AA4A 1YUWA 2OANA 4BC5A 2PBDA 2D0OA 5CE3A 2Q31A 2P9LB 4H0TB 4BR2A 4GY2B 1K8KB 2HMPA 1NGFA 2IIRA 3MN9A 5AQTA 5BRDA 1ZXOA 3EKSA 4QS9A 4DCHA 3GOIA 4JAXA 3CQYA 3C7NA 3LDOA 4IXCA 4BREA 5BR9A 4CZIA 5AQNA 3KZBA 3C0BA 5AQFA 3VETA 2YJFA 3KHYA 2DPNA 3WQTA 4XEIA 4H0YB 5ADXA 1ATSA 4MLHA 2QWMA 2QWNA 3MDQA 5BRFA 2UYTA 3UKRA 1GLCG 4B1WB 5EXWA 1HKCA 5AQPA 1LOTB 3QFPA 4B1VA 2A5XA 4RWTA 3C7NB 5AQSA 3GBTA 1IJJA 1IG8A 3MN7A 1V4SA 4FWMA 3DXMA 2WUSA 3VF6A 2YCHA 3VEYA 4B1ZA 4FWLA 3SJHA 2E2OA 3TPQA 5AQWA 4PL8A 2ITMA 3UKRB 5JMVA 4K41A 3A0IX 4CZLA 5FPEA 4RCHA 2P9KA 2V7ZA 3CETA 4BRIA 5F1XA 3FZKA 3DXMB 5BPNA 3UKUB 3VEOA 3WXKA 3O4WA 1NLVA 1GLEG 3AY9A 1H1VA 3A8YA 3VERA 2HF3A 1HLUA 1E4FT 5FPMA 5AQUA 5F2RA 3SMPA 5AQGA 1NGIA 5JLFA 4FWQA 1S22A 5AQJA 4EFHA 4NB4A 1NBWA 2F9TA 1BU6O 1XQSC 2NLXA 1NGHA 1NGGA 4BRLA 3AARA 3VF2A 3QBWA 1EQYA 3A5NC 1RFQA 4JHDA 4BG9A 4BR7A 4FWSA 1JCGA 1BUPA 3FZFA 1ZBSA 3O8MA 1BG3A 4BGBA 2QWOA 3BEXA 4FPAA 1BOTO 2ASOA 2QWPA 5KQ8A 1X9JA 4B1XB 4GNIA 5AQZA 4BRDA 1HKBA 4CD3A 5AQVA 1U6ZA 3W3DA 3MN5A 3CQXA 5FPNA 1GLBG 2GWJA 3M1FA 1ATRA 2V7YA 5EOYA 3LDNA 5JLHA 2CGLA 2P9PA 1X3NA 4YDUA 3MK6A 1HX1A 3HSCA 2IVOA 3UE5A 5ELZA 1LCUA 4FO0A 1TUYA 1Z05A 3QMLA 2E2PA 2GEMA 3VF4A 4BRPA 1BA0A 1T6CA 1WUAA 3AAQA 4FWPA 4CJ7A 3VEXA 4FOIA 3H46O 4PKIA 2A41A 1QZ6A 3FE1A 2P9PB 3IFRA 4RTFD 2EWSA 2Q0RA 2Q1NA 4BQZA 3J8AA 3SK3A 4L3QA 3KVGA 1GLJO 4K42A 4B1UB 1ATNA 3DWLA 4K43A 5JICA 1QHAA 4H0XB 2H3GX 3M3ZA 3BP8A 5AZJA 3EZWA 1BWFO 5AQQA 1J6ZA 3H45C 4EHTA 2AP1A 1OKJA 3D7EO 3FR0A 4JD2A 2IVPA 4BQLA 4CBXA 5ADXH 2P9IB 2Q97A 3MMVA 4IZ9A 3B8AX 3D2EB 1S3XA 3DAWA 2A40A 5TKYA 3CIPA 2HF4A 1DKGD 3L0QA 2P9UB 5AZJB 3CERA 3WQUA 3HI0A 3H3OB 3H6EA 3S41A 4O8KA 4BC4A 3G25A 4JD2B 4E1JA 1QQNA 2A6AA 3CJBA 3CHWA 4C23A 2YHWA 5KPRA 2A3ZA 1NMDA 3CJ9A 3SMSA 4KBOA 3UKUA 3M6GA 4NO7A 2Q2RA 2P9SA 4H5TA 3FZHA 2KHOA 5AQRA 5EY4A 3HM8A 4PKGA 5LJVA 1TUUA 4BC2A 3D2FA 4BRGA 1MDUB 4J8FA 3CJ7A 3VESA 5AR0A 5E26A 4XH1A 1GLAG 3ENHA 4H5NA 4WQ5C 3AAPA 1R59O 5LY3A 4QS7A 4H5WA 4JNEA 2P9SB 2VYPA 2FSNA 3QB0A 5LJWA 2E2NA 4H5RA 1NGJA 4YDUC 2ZF5O 1QQMA 4BVPA 3D2FB 4FOEA 4JN4A 4F9OA 1NGDA 2QW9A 3ATUA 3LDQA 4EHUA 3HZ6A 3ID8A 1BO5O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5BN8A 3NGIA 3PIPL 4YHHK 3AGKA 1VQON 3QEWA 4OKEA 3PSFA 2Q36A 2YJEA 5HRRA 4FWOA 3ZCMA 4DUZK 4HTLA 3I8BA 4BRMA 2QWQA 1CLQA 4DHYA 4A62A 1U47A 5SWMA 1NK9A 1WSGA 5KPTA 3VN5A 3M8QA 2Y1IA 3R1XA 1YTUA 3HTVA 1RDBA 3V1RA 3ZSRA 3LANA 4A2BA 5BREA 5AZIA 3OTOK 1WSFA 3ULEB 3LAKA 4FWKA 3OYJA 4CEDA 3EO3A 4DV0K 4BWMA 2D0AA 3EN9A 3FLCO 4RW7A 4CZMA 5AFUA 3T7ZA 3ZX3A 4DTXA 4H4OA 3DMJA 3VQ9A 4CJ3A 4CZHA 3CCQN 2YI1A 4FWNA 4MFBA 5M1KA 3THXB 1SAZA 1RT2A 4I6MB 5GAHP 4IEIA 4DV2K 2D0PA 3DLGA 2V51B 3DLKA 2J4RA 1C0GA 2EX3A 3P4IA 5FPDA 1U49A 1JL1A 1KAYA 1QSLA 3DLBA 2HHTA 5BRHA 3LZJA 5EU7A 4KI4A 4LY7A 4DV6K 1SZ2A 4R5PA 2FSJA 4FK4A 4IJNA 4B9SA 1P90A 4IOXA 5HL7L 1C0UA 2F96A 3LAMA 1RT4A 4O0IA 4GKKK 4BGAA 2E8AA 4WFBL 1VSKA 3ZSXA 1RDDA 4M42A 4M7XA 4WCEL 4FJMA 4E1MA 3SQ0A 1U04A 3ATVA 5CY4A 2VQFK 3G4SN 2ZM6K 3HOTA 2E6LA 2WONA 4JI0K 1X3MA 3WUHA 3AO1A 4JI3K 4PUOA 4CGGA 5I9EB 1VQKN 1YJ9N 3C95A 2HBLA 2Z1GA 1K73O 3A5LC 4A2AA 4C8MA 3ASMA 4KO0A 2X6SA 4FLWA 4DSFA 4FZYA 4FW1A 4ISEA 4KTQA 1FJGK 1UOCA 2YHXA 4PHTX 1GLLO 2KFZA 1HNWK 1X9SA 4DS5A 1RNHA 2F9WA 3A5OC 4CEOA 1Q8IA 3HL8A 4RW9A 3BF1A 5C24A 3FFIA 3L4IA 4CGDA 3M8RA 3NMUA 3RSEA 1RBUA 1LAWA 3RRGA 3DJCA 2WBNA 2NRZA 1JLCA 1TL1A 3KLHA 4JK9A 3L2VA 1LWFA 4FVUA 2ZJRL 4CEZA 2QK9A 3F73A 1X9WA 2ZWHA 3O6WA 3VGLA 3QFUA 1XUPO 2FLOA 3NDKA 3KK1A 2E6MA 1XC3A 5FRNA 2E2QA 2GWKA 3SBGA 4NLBA 5MLCQ 1W0HA 4IG3A 4CJRA 3ZSQA 4CHPA 3QETA 4JV5K 3THXA 1HPMA 3OS1A 1MWKA 2OA8A 4JHDB 1T6DA 1NOZA 2XO7A 4YOXA 3WXIA 1D9FA 2QXLA 3Q7BA 3CFPA 4E0DA 4H0PA 3RMDA 5I3UA 4CF2A 3HBTA 4JKBA 2NRTA 3K5LA 1EWRA 2F8TA 4FLYA 1BDGA 2PAVA 4DQ8A 4DV4K 4PWDA 3QEVA 1BA1A 1K8KA 3VEZA 4CF0A 3JAMO 3ZEUB 4ILGB 4I2PA 4CJTA 4KI6A 3J81O 3CI5A 1VQ4N 5HBMA 2AA4A 3S9HA 1I3AA 4DSKA 1NKEA 2Q31A 4H0TB 5DMRA 2DTUA 1W7AA 2QTDA 4CJ4A 4FJLA 2HMPA 4CGHA 4DSEA 3GOIA 4JAXA 3AVBA 1HQUA 4IXCA 3SUOA 5AQNA 1DT9A 3C6UA 3K0SA 3DLRA 1D8YA 2DPNA 3WQTA 3SNNA 3K5OA 2QWMA 3M8PA 3CMEN 2UYTA 1GLCG 2PZSA 1HKCA 4QAGA 3QLHA 3PX0A 1IBLK 1VSJA 4CJEA 4Z4HA 1IJJA 3MN7A 3ZSYA 3DXMA 4FJ9A 4HCBA 3VF6A 2YCHA 1NK4A 4N41A 3SJHA 5C10A 2E2OA 5KI6A 1TKTA 3TPQA 4F2SA 2O8DB 4M41A 5AQWA 2ITMA 3UKRB 1WAJA 2ZD1A 5T7BA 5CYMA 5IWAK 5CHIA 4DG1A 2DFFA 3CETA 4JI2K 1ZBUA 1C1AA 3FZKA 4G1QA 5BPNA 3WXKA 2UUAK 3THWB 2HF3A 1HLUA 5FPMA 3LPUA 1HNZK 3MXMA 2WFBA 4DTJA 3O3HA 1NKBA 4NB4A 3E9PA 2F9TA 4EP4A 4X64K 1BHLA 5DM7L 4OKKA 3VMFB 1NGGA 4B3SK 3EEQA 4BRLA 1YVUA 4B08A 3K5NA 1EQYA 5M1NA 4IO9L 4JHDA 4BR7A 4BG9A 1BIZA 4FWSA 2I5JA 1JCGA 2QA4N 5HOOA 3VTHA 4FLVA 3KKSA 1BG3A 4B9MA 4BGBA 1BOTO 2YNGA 2B6AA 4GV3A 1WSIA 4BRDA 4JLHA 4CEBA 3V4IA 1BIUA 5C2DA 4CD3A 2A1SA 5AQVA 1U6ZA 1XNRK 1S6PA 2FBXA 1GLBG 2GWJA 5FPNA 3M1FA 2V7YA 1RT3A 1X3NA 4YDUA 3CM5A 4CK1A 4IG0A 3LZIA 4N56A 3QMLA 3VF4A 3AAQA 2PYJA 1ZYQA 2XHBA 1NJXA 2A41A 4NXMK 1QZ6A 2P9PB 2HHHK 3AVGA 3LP1A 4E7KA 1Y97A 2YX6A 4JS5A 4L3QA 3E01A 4K43A 5JICA 4CHQA 4H0XB 2H3GX 3I56N 3BP8A 1JL2A 1U45A 4CJKA 4FJHA 2AP1A 1OKJA 4AF1A 3OJUA 4M45A 2G8UA 4BQLA 5ADXH 3OVNA 4A5AA 2RE2A 3CPEA 2AJQA 4CFBA 3DLEA 3E9OA 2A40A 3UIQA 1HR0K 1DKGD 4ZTFA 3WQUA 3WNFA 3H3OB 4YY3K 4FK0A 2YNFA 3VQQA 4OLBA 4KRFA 4BC4A 4JD2B 1QQNA 3DRSA 3O4QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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