5JICA

Staphylococcus aureus type ii pantothenate kinase in complex with a pantothenate analog
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
272
structure length
269
Chain Sequence
KVGIDAGGTLIKIVQEQRTFKTELTKNIDQVVEWLNQQQIEKLCLTGGNAGVIAENINIPAQIFVEFDAASQGLGILLKEQGHDLADYIFANVGTGTSLHYFDGQSQRRVGGIGTGGGMIQGLGYLLSQITDYKQLTDMAQHGDRNTIDLKVRHIYKDTEPPIPGDLTAANFGHVLHHLDADFTPSNKLAAVIGVVGEVVTTMAITVAREFKTENIVYIGSSFHNNALLRKVVEDYTVLRGCKPYYVENGAFSGAIGALYLEKHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of Potent Pantothenamide Inhibitors of Staphylococcus aureus Pantothenate Kinase through a Minimal SAR Study: Inhibition Is Due to Trapping of the Product.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Staphylococcus aureus (strain mw2)
molecule keywords Type II pantothenate kinase
total genus 95
structure length 269
sequence length 272
ec nomenclature ec 2.7.1.33: Pantothenate kinase.
pdb deposition date 2016-04-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03630 Fumble Fumble
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jicA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jicA01
1HPMA 4BR0A 4JAXA 3C7NA 2E1YA 4PL8A 1Q18A 2P9KA 2GEMA 3LL3A 1Z05A 5BRDA 3L6QA 2BUPA 3H45C 3UKRB 2P9PB 4CZEA 3L4IA 1NGEA 4PKHA 3VEZA 3IMXA 3RSEB 2A6AA 1SZ2A 4L3QA 5FPMA 1X3NA 4BRQA 1C0GA 3FZHA 4YDUC 2P9UB 3QDKA 4IXCA 2QWMA 3EKSA 4MLEA 2Q2RA 3ULEA 1IJJA 3HSCA 2I7NA 2QWLA 1YXQA 1RFQA 4EAHD 5JICA 3C7NB 2ASPA 1JCEA 1T6CA 5AFUA 2P9KB 5KPRA 4B1WB 4FWNA 3HTVA 5I9EB 4J8FA 4PKIA 3QBWA 5AQJA 2VCPA 3QFUA 1R59O 2QXLA 1ATSA 1MDUB 3ENOA 4FWSA 5LJWA 1QHAA 5F2RA 4FWLA 4H5VA 1CZAN 1NGFA 4B1YB 3OHRA 2ZF5O 5EY4A 4FWPA 2BTFA 1C0FA 5KPZA 3R9PA 3ULEB 3DXMA 5F1XA 4M7YA 4WQ4A 1K8KA 4JD2A 1U2VB 3ZETA 5ADXA 2GELA 1QQNA 1D4XA 3GDQA 2NZTA 4BG8A 1P8ZA 2CGJA 5AQQA 4CZFA 5KQ8A 4M63C 4BVOA 4CBWA 4BGBA 4GY2B 1ZBSA 3CI5A 4DHYA 1YVNA 4BRIA 2FSJA 2PBDA 4BREA 1BO5O 4LC9B 2QWRA 2P9LA 3WQTA 4IZ9A 2YJFA 4WYBA 4QS7A 2QW9A 3A5LC 3DXMB 4H0PA 3H3OB 4BQZA 4CD1A 1K8KB 4JD2B 3S41A 3DXKA 4PL7A 3VEVA 5AFUH 4BRMA 4FWRA 1NGHA 3GOIA 3WEEB 2ASOA 1HLUA 4JN4A 2CGKA 1S22A 2IVOA 3UB5A 3D2FA 3VESA 2P9LB 1TUUA 3IFRA 4H0VB 1BA1A 5FPNA 4BQLA 4K43A 2YHWA 3R6MA 5AQZA 2H3GX 2F9WA 3VGMA 3CJCA 3M6GA 4FPAA 5FPEA 2P9NA 4JHDB 3VOVA 1OKJA 2QWOA 5AQPA 4CZLA 1NBWA 4HWIA 3GE1A 5ADXH 2V7ZA 2W40A 4BRLA 3HI0A 3QMLA 2P9IA 4XEIA 3QFPA 1XC3A 3R8EA 4CBXA 5FPDA 3G25A 3HZ6A 3D2FB 5EXWA 1RGIA 5BPMA 3VEXA 2Q0RA 4BR2A 5AQWA 3CIPA 1KXPA 4IJAA 2YHYA 3O08A 3AAQA 1LCUA 3O80A 5E84A 1HUXA 4F9OA 1E4GT 2P9NB 2A42A 4B9QA 4I6MA 5E26A 5ELZA 4Y0WA 3LDNA 4K41A 3VEYA 5AQOA 2P9IB 1NM1A 1TYQB 2A5XA 2E20A 2YHXA 2CH6A 5AQUA 2ITMA 1G99A 3L0QA 3WXIA 2HOEA 1GLJO 2HF4A 3FZFA 3TU5A 4EHUA 4BR7A 3J8AA 4MO4A 1U6ZA 1NGGA 2CH5A 2YJEA 4H03B 4CJ7A 1BOTO 3CJAA 5EX5A 3QB0A 4BR9A 5LY3A 2D0PA 3GBTA 4B1XB 2FF3B 2D1KA 2E88A 3KHYA 4HTLA 1T6DA 4NB4A 3VPZA 2I7PA 4B1ZA 4Z94A 4XH1A 3U4LA 4I6MB 3ZX3A 3ZX0A 3IUCA 4IJNA 1H1VA 4PKGA 3LM9A 2EWSA 1NGDA 3JXUA 4RCHA 2YI1A 2J4RA 1GLEG 5AQRA 1TUYA 5BRHA 3D2EA 3QBXA 2E2NA 5F0XA 1NGIA 3WUHA 5KPTA 1SAZA 3VENA 2FLOA 4FL9A 3VEOA 3BF1A 3I8BA 3MN5A 1Z6RA 1GLBG 2FSNA 2FSKA 4CZGA 4C23A 4K42A 4H0OA 3FGUA 4RWTA 3O6WA 2KHOA 1GLLO 1MWKA 4NO7A 1BU6O 1DKGD 2F9TA 4BVPA 4BC2A 3O5BA 4CZIA 2V52B 2UYTA 2GWJA 3MN6A 4GNIA 4BG9A 3FFKB 4MO5A 3EL2A 4RTFD 1DGKN 3LDQA 2P9SA 4BROA 4XH5A 4WQ5C 3MMVA 5AZJA 4FO0A 4DCHA 2YCHA 5AQVA 3O1WA 3ZETB 1JCGA 2FF6A 1RDWX 1NLVA 2Q97A 3VF2A 2ZWHA 3H1VX 1ESVA 2DPNA 1NGCA 1KAXA 5AQYA 3SLCA 5BREA 3GG4A 3U8XA 2A3ZA 3CJ9A 4BRNA 3BP8A 5JLHA 3GL1A 3W3DA 5AQLA 4AM6A 2P9SB 3H6EA 4FOIA 1XQSC 5AZJB 2Q1NA 4FSVA 3C0BA 1NGAA 4O5FA 3ZEUA 3VGLA 5BR9A 2FXUA 4BRHA 2GTDA 3DXKB 2QWQA 4WQ4C 1QZ5A 3VGKA 4A62A 3UKUA 4FWQA 3WXLA 3QICA 3MN9A 4YDUA 3ENHA 1BWFO 1E4FT 1EQYA 3LDLA 2GWKA 5AQSA 3CERA 5TKYA 3BEXA 3VETA 3M1FA 4FWMA 4H5WA 3FR0A 4K25A 5JMVA 2Q0UA 3H1QA 3HBTA 3ZEUB 5JLFA 2PAVA 3B8AX 4H0TB 4BR5A 3AARA 1HKGA 1Y64A 3I33A 4AM7A 3FE1A 3FZLA 4CZHA 5AR0A 4JNEA 3UKRA 2Q36A 2E1ZA 1KAYA 3LDOA 3WXKA 4BC4A 3MCPA 2D4WA 2QWNA 2A41A 1NWKA 3SMPA 3U9DA 1HKCA 4BRDA 3AAPA 5BPNA 4O8KA 2AA4A 2P9UA 2CGLA 3FZMA 4FWOA 4BC3A 1YUWA 1KAZA 4BRKA 3ATVA 5EVZA 1LOTB 1JCFA 5AQTA 1ATNA 3IDHA 3FLCO 2QWPA 4BC5A 3CJ1A 3HM8A 5AQFA 2OANA 1BUPA 3EO3A 3LDPA 4A2BA 4BR4A 3DWLA 2WUSA 3LM2A 3WQUA 3A5NC 1GLFO 2A40A 5BN9A 4WQ5A 3AY9A 3M3ZA 1V4TA 2IVNA 3JS6A 2V7YA 4BRCA 3A0IX 4IWVA 2GUPA 3U9ZA 3CQYA 4BRAA 3TPQA 3BF3A 4DB3A 3O8MA 3ATUA 1GLDG 1U2VA 1WUAA 3O4WA 5AQMA 3DJCA 3DAWA 3O1BA 4H5TA 1QQMA 3VERA 1HX1A 4QS9A 3KZBA 3CJBA 3D7EO 1BDGA 4KBOA 4E1JA 1WOQA 2Q31A 4ISEA 3WT0A 1XUPO 2HF3A 4B1VA 4CZJA 3D2EB 4ISGA 3A5OC 5BRFA 1DEJA 3MDQA 2E2OA 2VWBA 4CZKA 1NGJA 2ASMA 4A2AA 4BRFA 3CHWA 5AQHA 4CZMA 4IO8A 1HKBA 4MLHA 2VYPA 4FWKA 1YAGA 2ZGZA 3EZWA 4H0YB 2IIRA 3CJ7A 2E8AA 3WEEA 3SMSA 3CQXA 1ZXOA 4EIAA 1ATRA 2IVPA 4QS8A 5AQKA 4DQ8A 3CETA 1GLCG 5EOYA 2AP1A 4B1UB 3MK6A 3ZX2A 4H5RA 4BGAA 1J6ZA 2D0OA 2QM1A 5B8HA 2V51B 5AZIA 4EHTA 2E2PA 3F9MA 4JHDA 1NGBA 3SJHA 5BPLA 4FPBA 3H3NO 1GLAG 4ISFA 1X9JA 1QQOA 3VEWA 4A61A 1SQKA 1T44A 4FOEA 3VF4A 1QZ6A 5AQIA 3WXJA 3VF6A 4EFHA 3MN7A 4H5NA 5AQXA 1NMDA 3A5MC 4BRGA 1MWMA 4BRPA 4H0XB 5AZIB 1HJOA 3UE5A 2NLXA 1MA9B 4CI6A 3H46O 2HMPA 1S3XA 1X3MA 5BN8A 1V4SA 1IG8A 3ID8A 2P9PA 2NRHA 1BA0A 1TYQA 3BUZB 1ZC6A 3KVGA 3P4IA 3UKUB 2ZGYA 3RSEA 5AQNA 3EN9A 3SK3A 2E2QA 5CE3A 5KQDA 2W41A 4XH4A 5AQGA 3A8YA 4M7XA 3FZKA 3W0LA 3EKUA 4CBUA 5LJVA 1BG3A 4CD3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HM9A 3O9RA 1Q18A 1C0TA 4OPAA 2E5LK 3O9TA 1KCFA 3KWGA 3AGKA 5T7BA 1RTHA 1WNSA 2P9PB 4CZEA 3RWUA 4R79A 1RTDA 1JKHA 3K9JA 3VTIA 3DLEA 4DTJA 3RSEB 1SZ2A 4L3QA 4CEZA 3AVAA 4YDUC 1VQ9N 3EKSA 4CJVA 1IJJA 3HSCA 4IFVA 1WBDA 1YXQA 3SV4A 1NK7A 2X74A 2ASPA 5KPRA 4B1WB 4DU1A 1SKWA 4FWNA 3HTVA 3DOLA 4Z4FA 4CHNA 1ATSA 4FZXC 1MDUB 3ENOA 2QA4N 2F8SA 4FWSA 5LJWA 3HOSA 2PY5A 3NVMA 3T1HK 1CZAN 4LF8K 3OHRA 2WOMA 4X64K 3MEGA 1S6QA 1C0FA 5KPZA 4YOWA 4YOUA 1RBTA 2ZJRL 3TABA 3NVKA 1D4XA 2PYJA 2NZTA 2OCEA 1P8ZA 3OTOK 5AQQA 3HPGA 2NRWA 3E9LA 4CZFA 1NJIO 4BGBA 3NGZA 1C0UA 4GY2B 4OPKA 1YVNA 3OS0A 2FSJA 2NRVA 4BREA 3PX4A 3C6HA 4UY8O 5MLCQ 4WYBA 2Q3SA 2HMIA 4KRFA 3KLHA 2PFUA 1K8KB 3HXMA 2GUIA 1ITGA 3K5OA 2GX9A 3DXKA 4PL7A 5IWAK 3G10A 3G0ZA 3VEVA 1N32K 4FWRA 3ALYA 4FK0A 4DF8A 3AV9A 5DK5A 2CGKA 1S1TA 2YV0X 3BY5A 3T3FA 3UB5A 3OYMA 3D2FA 3KLIA 2P9LB 3IFRA 1LW0A 3AO4A 4CESA 2RN2A 2YHWA 4RG8A 3VGMA 3PY8A 5GAGP 4E7IA 2IC3A 4JHDB 4DTMA 3VOVA 2QWOA 4J2AA 3THXA 4HWIA 3L2VA 2ZJQL 1J5EK 4BRLA 3SAGA 1N36K 3VQ4A 4XEIA 1TK0A 3EZ5A 4M3RA 2FBXA 3VQEA 4OPJA 2Q0RA 3IAYA 1S1XA 1HNZK 4YOTA 4OX9K 3EEQA 1SL0A 3O08A 3AAQA 1LCUA 5E84A 3SCXA 3HVRA 1J5OA 2P9NB 2A42A 1RT1A 4I6MA 1RDDA 1JXEA 4K41A 3QIPA 4DG1A 5AQOA 2P9IB 3TSUA 2E20A 2YHXA 1G99A 4IOCL 4JI0K 4NCBA 3V81A 2HOEA 3FZFA 4EHUA 1EWQA 4BR7A 3J8AA 2O4IA 4OKEA 5LY3A 3V9WA 3ZSRA 4CVNE 4DUYK 5C12A 2E88A 2NRRA 1J53A 5M1KA 1JLCA 2I7PA 4Z94A 4DV1K 3U4LA 3CC2N 1B92A 4A5BA 4FM2A 3SQ4A 3U6FA 1H1VA 2QTDA 3JXUA 4ELVA 1GLEG 3PLAA 1G15A 4QCLA 1KSPA 1VQ8N 3QBXA 3NHGA 4B3RK 4BDPA 2HBKA 3WUHA 1X9WA 2FLOA 4FL9A 4FJ5A 4I9LA 4CZGA 1YITN 3FFIA 1RDCA 3NFAA 4IOAL 5FLXO 3LWMA 4OPHA 2OPQA 4RWTA 1GLLO 3THWA 2F9TA 1BQNA 3I56N 2HBMA 4WFNL 4BC2A 4Z4CA 2JWKA 4BG9A 4RTFD 3CCEN 1VQMN 4I2PA 3LDQA 4EP5A 2P9SA 4WQ5C 1NJYA 5AZJA 1TKTA 4DCHA 1KFDA 1NU0A 3ZYYX 2YCHA 5AQVA 5FROA 4KHSA 1HNXK 4PY5A 1JCGA 1S9GA 1NLVA 2Q97A 3VQCA 1NKBA 2ZE2A 4B3SK 1ESVA 3SLCA 5SZTA 3MX5A 4G1QA 4CJSA 3GL1A 4ICLA 1HJRA 3OBWA 3HOTA 3AVFA 4Z4IA 4MQ3A 4LFCK 4FSVA 3ZEUA 4OLAA 1GOAA 4GV3A 4KV8A 4KHWA 3AVKA 4LSNA 3DXKB 2QWQA 3TTDA 1UAXA 4A62A 3WXLA 4X62K 3QICA 4O55A 1BWFO 3J7AP 4GVEA 2GWKA 1DLOA 2F8TA 3HRGA 5KGXA 3VETA 3KLEA 3M1FA 4LF6K 4LF5K 3FR0A 1S9EA 3L4QA 1HPZA 4B8CA 5JLFA 4H0TB 4BR5A 3FE1A 3NF7A 3UKRA 4BE0A 4DV2K 3THXB 5LL6Z 2QWNA 3SMPA 3P83D 5AJ3K 4BRDA 3CPWM 5C2FA 2AA4A 4BC3A 4CGHA 3ATVA 5EVZA 4QOZB 1NK9A 4F3OA 5AQTA 2QWPA 4GV9A 3CJ1A 4E7LA 1Z26A 1BUPA 3EO3A 3K5NA 2UU9K 3LDPA 2WUSA 3WQUA 3VQ5A 3CCSN 3A5NC 2NRXA 2NRZA 4KO0A 2A40A 4DFJA 4WQ5A 3QNNA 3M3ZA 3O9SA 1VSHA 3JS6A 2V7YA 2O8EA 4BRAA 4B08A 3V1RA 2ATQA 2DFEA 2QKBA 3VMFB 4FVUA 3DOKA 4JS5A 1KQSM 4W5QA 4M3ZA 4C1NI 4CJ3A 4DU3A 1ASWA 1VQKN 5GAHP 3CJBA 3AVLA 1JLEA 5KRTA 1D5AA 2Q31A 2HF3A 5K14A 4CK2A 5A2QO 3SYZA 4FLWA 3DLLL 3CMAN 1DT9A 3CPEA 2ZJPL 3TARA 1WBBA 5BRFA 2E6LA 1ZBLA 3K59A 4JKCA 3IG1A 4DR2K 1IBLK 5KTQA 5AQHA 2NRTA 5C2DA 3SQ0A 1I3AA 1HKBA 2VYPA 4J2DA 1YAGA 2E8AA 5CY4A 3THWB 4CEFA 3MECA 5HRNA 3A2FA 3VQPA 1RT2A 3HP9A 4QS8A 1VQ4N 1RTJA 5AQKA 2KKZA 1GLCG 3K9KA 4Y1DA 4B1UB 3QEXA 4I9QA 1J6ZA 2D0OA 1TVRA 3J81O 2A1SA 1J9AA 4GVMA 1NGBA 3SJHA 4O44A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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