5JVHL

The crystal structure large ribosomal subunit (50s) of deinococcus radiodurans in complex with evernimicin
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Avilamycin and evernimicin induce structural changes in rProteins uL16 and CTC that enhance the inhibition of A-site tRNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
molecule tags Ribosome
total genus 17
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-05-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jvhL01
2OTJN 1VQ8N 3CD6N 1VQON 1KC8O 1ILYA 3CCRN 5GAEP 3CPWM 4UY8O 2OTLN 1VQPN 3CCMN 3G6EN 3I55N 5GADP 1YIJN 5MLCQ 3PIOL 3CXCM 1Q7YO 2QEXN 3CCLN 1VQ9N 5DM6L 1VQNN 4WFAL 2ZJRL 5GAGP 3CCQN 1QVGM 1VQ4N 1N8RO 3J7ZO 2ZJQL 1K73O 1YJNN 1NJIO 1JJ2M 3DLLL 1VQKN 1Q81O 3CCSN 1KQSM 3G4SN 5HL7L 1YJWN 3OW2M 3CMEN 1YJ9N 3CF5L 1YITN 1Q86O 4WFNL 1Q82O 3G71N 1K9MO 1YI2N 5JVGL 1VQ7N 3CC7N 1YHQN 1OVYA 3CCEN 3I56N 5DM7L 2QA4N 4IOCL 3CC4N 4IO9L 2ZJPL 3CC2N 1M90O 4IOAL 3CCVN 4WF9L 1VQLN 1K8AO 1VQMN 3PIPL 5JVHL 5H1SQ 1W2BM 1QVFM 1KD1O 1VQ5N 3CMAN 1M1KO 4U67L 3CCUN 3CCJN 5GAHP 1S72N 4WCEL 1VQ6N 4WFBL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OX9K 1JXEA 4AM7A 1ATNA 4BQZA 4DS5A 3OJUA 1VQON 1NK4A 5AQFA 3TANA 3CCRN 4DFPA 1RBSA 5GIPA 4O0JA 4CJVA 2PYJA 3AA3A 3O4WA 3SAGA 2IIRA 1Z05A 4IWVA 3PIOL 4DTUA 4IFEA 3IAYA 3BEXA 3TR8A 4L8RB 3T3FA 1XC3A 1RT1A 2IS3A 3CCQN 4J2BA 4FJGA 3MECA 1GLAG 3MAQA 1HNXK 2P9IA 4RG8A 3F73A 4B1WB 2NRRA 1KSPA 3QNNA 3EKUA 1U4BA 3LWLA 4A61A 5BPNA 3LP2A 1Q8IA 5TKWA 4DKWA 3R3LA 1RTHA 4F2RA 1TK8A 1YJ9N 5C10A 5AQMA 3N4PA 4G1QA 4FLZA 1BHLA 4F2SA 3OYGA 4PWDA 3DXMB 3M8RA 5LJVA 3NGZA 3CJBA 2V52B 4CK2A 4JKAA 3ZT4A 5C2DA 2YHYA 3JXUA 2GUIA 3MN5A 4H5TA 3VPZA 1IV0A 2HMPA 5T7BA 4ZHRA 2DFFA 4FWQA 3DLBA 1S1XA 1RDWX 3KHYA 4JLHA 1NK7A 2A3ZA 3VEZA 4G9ZA 4JI3K 4CJKA 3SJJA 3DLKA 3O9UA 4ID5A 5C15A 4I2PA 1C1BA 1KAXA 1ATRA 1DEJA 4DTJA 4BR5A 1BU6O 4CZKA 2PY5A 1HUXA 1XNRK 2O8FB 4JKGB 5CR4A 4BDZA 4GV9A 2P51A 4CGJA 4N5SA 4FSVA 1LW2A 1KFSA 1MWMA 4AHCA 4FL9A 4H0XB 3ENHA 1S72N 4KH6A 1XQSC 5CHIA 2ETJA 3ITHA 2NZTA 1HPZA 3C6HA 4BDPA 4JI2K 3QEVA 1X9MA 4BRQA 1L5UA 3AVJA 1TYQB 2E2OA 3ZT0A 2HHVA 3CD6N 1S1WA 3WUHA 4AM6A 1SKWA 4E19A 5HRPA 2NRXA 5C42A 3W0LA 3P31A 1KLMA 2PAVA 4YFUA 2VGNA 1KTQA 3OYBA 3CJ7A 4YOWA 5B8HA 2OCEA 3A8YA 1S1TA 3CERA 2Q31A 3ENBA 2G8IA 4BRNA 1N32K 1RTJA 4DWIA 4CZEA 1GLJO 5I9EB 4YHHK 1KAZA 4Q0BA 4F3TA 3KIOA 4Z0UA 4Z4FA 2PBDA 1A5VA 2WOMA 2OPRA 5KRSA 3PO4A 3VQQA 4DTMA 3D45A 1P90A 5HOOA 4JI8K 1YITN 2UYTA 1SKRA 3G0ZA 2Q97A 5HRSA 3HSCA 1IO2A 1K9MO 1VQ7N 4JD2B 4M3WA 1HPMA 3MN6A 3AAPA 4LFAK 4RCHA 5EY4A 4CHQA 3QEIA 4B1XB 4B1YB 4FM1A 4PQUA 3OJSA 1N36K 3DLGA 5JICA 1LOTB 4BRDA 2CGLA 4WF9L 5AQKA 2X78A 3CQYA 4BRMA 1NKCA 2HOEA 2P9KA 4BG9A 1KD1O 2A40A 2YNIA 3MEDA 4B9TA 3K5NA 3VF2A 3THXA 4BRPA 2BUPA 5KGWA 4FOEA 2HMIA 5HBMA 3HXMA 1RNHA 3SJHA 1I3AA 1D8YA 4KI6A 3QIOA 2QWNA 4LSLA 3CI5A 3TSQA 5J2PA 1EWQA 1S1VA 1QQNA 3RSEA 4W5QA 3RRHA 5KPTA 3VQAA 4BRHA 4CEAA 3ZSXA 3A5LC 3DJCA 1I39A 4LH5A 1K6YA 1LAVA 1EP4A 4N41A 5MLCQ 3FZMA 4CJ4A 3WXKA 3L0QA 4C8OA 1YVNA 4CZHA 2VG7A 4E89A 1OH5A 1HX1A 4WFAL 1U48A 3EZ5A 4JI1K 4BR9A 1GLEG 5FRMA 2D0BA 3I8BA 1ZYQA 3ATUA 3IFRA 4OLAA 3FLCO 3ZX3A 4IEIA 3OTOK 1JKHA 2RKIA 1GLBG 5I42A 3DLLL 4CJ7A 4KH4A 1G99A 1T6CA 2W40A 3L6QA 3V1QA 1N5YA 4CJSA 2NUBA 3DLEA 3HJFA 3BF1A 3MK6A 2WBNA 3O6WA 1H1VA 2E2NA 3AY9A 4DUZK 4CF8A 4CI6A 3MWPA 4U7BA 2UUBK 3SNNA 3B8AX 1RDBA 4K0KK 4NXNK 1VAZA 3CC7N 4DQIA 3N4QA 3RMBA 1ATSA 1JLCA 1E4FT 2GWKA 2D0OA 3DXKB 4BRAA 3L3UA 3PSFA 5LMNK 4BE2A 3CCVN 2HHQA 4DSEA 3LP0A 1S9GA 1UAXA 1VQLN 5M1OA 1QSLA 2G8KA 3SAFA 2A41A 1JL2A 3THYB 2XHBA 3WQUA 5AQUA 2VQEK 3CCJN 1C0MA 3WNGA 2NRHA 3T19A 4CEZA 1X1PA 5JLFA 1QE1A 3ZETA 4Z4CA 4X62K 1BISA 3FFIA 1BL3A 3NF9A 2OTJN 4TSXA 1XUPO 2B5JA 4RW4A 4V19S 3AA5X 1HYVA 1BI4A 1RT6A 2E20A 2FBYA 2IAJA 4XEIA 2HNYA 1UWBA 2FLOA 4OPJA 2QXFA 4OPHA 3AGRA 3VA0A 4CGDA 1FXXA 5DM6L 2P5OA 2XY5A 1K8KB 4C1NK 4BR4A 3MN7A 1VQ4N 2YNHA 1IKYA 3G10A 3UKUB 4LH4A 4CIGA 5BRDA 5AQSA 1N34K 1ZC6A 4OPAA 4QCLA 4DV5K 3T1AA 3SV4A 2YHXA 4CVNE 4W5NA 4JV5K 1RDCA 4FPAA 3CMEN 3WEEA 4YDUA 5K14A 3ZX2A 4A5BA 4WQ5C 4DFMA 3RMCA 2O8CB 1CZ9A 3P83D 2HVHA 1S22A 4EHUA 3HOSA 3P38A 2O8DA 3EO3A 4CFCA 1DTQA 4QS8A 2VWJA 2HB5A 4JK7A 4JKEA 2Q3SA 4CJUA 2P9UA 5DK5A 1Y97A 2YHAA 4K8XA 4DV3K 4DMNA 3O9SA 4B1VA 1QZ6A 4OJRA 4FJ9A 2D0AA 4CFDA 3HVRA 3UIQA 2O8BA 3O9TA 5F2RA 3VF4A 1J9AA 4FXDA 3VQBA 1HNIA 4CESA 3VQCA 3PLAA 1VSHA 4ELTA 3AAQA 2HBKA 4U67L 1R0AA 3CCUN 1P8ZA 3F2KA 1HYSA 3MX5A 1BWFO 2VWBA 1L3TA 4Y1CA 3L2RA 1IBLK 5EXWA 4Q5VA 2P9SB 3R9PA 4M41A 2DFHA 1NK5A 3G25A 3PV8A 4KTQA 5AQOA 3ZYYX 4FJ5A 2VG5A 3D2FB 4CZJA 3LDLA 1S1UA 4CGHA 2Q2RA 3NCIA 4PHTX 2ASOA 1HLUA 3I55N 4AH9A 4CHYA 1NJWA 4GKKK 4BRFA 4FZYA 3ZEUA 2CGJA 3S3MA 4DSLA 1NU0A 3CQ8A 3SAHA 4NO7A 2HW3A 4KHNA 1GLDG 2HF4A 5EVZA 2FF6A 2F4VK 1E4GT 3THWB 4E0DA 2JGUA 3TWHA 1T7PA 2UUCK 2HHXA 3LM9A 4RTFD 5KQDA 2G8VA 5ELZA 4M7YA 3CFPA 4CF2A 1Q81O 1X9JA 2O4IA 3HVTA 2FXUA 4ILGB 4CFAA 2X6SA 4XH4A 4DQ8A 3G4SN 4CJFA 4BC5A 1YJWN 3LPTA 1F21A 4C8LA 1W97L 2HF3A 1HYZA 3RMAA 4YORA 1QS4A 4DLGA 5HRRA 3VEXA 2IDOA 1J54A 1U2VB 4CFBA 2XY7A 3D2EA 1Q82O 4CGFA 3BZKA 3DLRA 2F8SA 3L2QA 1HR0K 3MMVA 3ZSQA 3ULEA 1OVYA 3LDOA 2KZMA 3EYZA 1MWKA 2CH6A 3VGLA 1C0FA 3D0PA 4RW6A 4J2EA 1S5JA 1NOZA 3H46O 3VENA 4GVEA 4OLBA 3NE6A 5C25A 4IO9L 2NLXA 1VSKA 3LANA 4PKHA 4I7FA 5AQVA 4JI4K 3QFPA 4CGIA 1V4SA 4GMJB 3CFOA 3KWIA 5M1FA 4MDBA 5HLFA 3VA3A 2ITGA 4CD1A 3NAEA 2QKKA 1I94K 4C8NA 3S3OA 3A2FA 1DLOA 4B1ZA 3SMSA 4CEFA 5J2QA 4KHWA 3CJ1A 3A5OC 4BRCA 2D4WA 4H4OA 1XMOK 1NJXA 2P9IB 2A5XA 4A62A 2GUPA 3C95A 4I6MA 3THVA 5AJ3K 3E9OA 5CY4A 2QTDA 3KLHA 3VQDA 4CERA 1D9DA 2JLEA 3CIPA 2QI2A 3OYDA 2DFEA 4KBOA 4Z4GA 3VERA 1NGFA 4DQPA 4CZLA 3IUCA 1L3VA 1VQNN 4R5PA 3WXLA 5A2QO 1ASVA 1U47A 4KH5A 3CHWA 1OH7A 3T69A 4IKFA 5AQQA 4K43A 1WB9A 5BPMA 2HVIA 3SUQA 2HHHK 4H0PA 3ENOA 4BROA 1NLVA 2P1JA 5AZIA 1GLLO 4DQQA 3VTHA 4CZGA 1T8EA 1L3SA 4YOUA 1ASUA 3KD5E 1HKGA 1TKZA 1ZBHA 4YOXA 5AQIA 5IT9O 3HM8A 5FLXO 4E7JA 4F4KA 4CBWA 1X3MA 3PX6A 3VTIA 3TTDA 2UXDK 3AVAA 4RW8A 4YOTA 1LV5A 5DM7L 5LL6Z 4MFBA 3V9XA 3QEPA 3CC4N 1HNVA 5AFUA 5HP1A 3R1XA 1V4TA 4CEBA 3LZJA 1LWCA 1RT5A 2D1KA 3PIPL 5JVHL 5M1PA 4KRFA 1BGXT 1GLCG 4CGGA 2F9TA 2QK9A 3CMAN 4HTUA 4L3QA 1S6QA 3QDKA 4B8AB 2VG6A 3TAGA 4Y1DA 1FJGK 2FBVA 5EU7A 4ILJA 3AO3A 1BIZA 2QWMA 5F1XA 4IJNA 3KLFA 2PFUA 3CG7A 1UA0A 4X66K 1SKSA 4ID1A 4IDHA 4LF8K 4ISFA 2ASMA 2UUAK 3DLHA 5C0YA 3LP3A 3FZLA 2NRZA 3H45C 5J2MA 2RPIA 2F96A 1EQYA 2X6NA 2F9WA 4X65K 1N6QA 1FK9A 1QVGM 4BE1A 1TK5A 4M3ZA 1ZBSA 1YTAA 4CJ3A 2A42A 4BRKA 2GELA 1ZBFA 3EKSA 2I7NA 1LAWA 3SZ2A 3SQ2A 2KZZA 1W9HA 3L8BA 4H5NA 3O80A 2P9KB 3L4IA 4E1MA 4B9MA 1YVUA 2ASPA 4FVUA 4XH1A 5AQRA 4CEQA 4FJ7A 3ALYA 1BQMA 3O08A 1YI2N 2D0PA 4LF4K 4CW7B 4WYBA 4F8RA 1YAGA 2LSNA 3DRRA 2B4JA 5HROA 1YHQN 2QWQA 3ZT3A 4DV4K 1HNWK 2HHWA 3CJCA 4O0IA 2GEMA 4IOCL 5AQYA 3RSEB 4WQ4A 4AHTA 4FW2A 3KK3A 3C0BA 3GE1A 3WT0A 1O13A 4M45A 4Z4EA 3AO2A 5H1SQ 4DR5K 3OS1A 4B8CA 4CJRA 1VQ5N 4IG0A 3DAWA 3HT3A 3K57A 3CJ9A 2Q0RA 4ILHA 4ELUA 4DR7K 1WAJA 5LY3A 3S41A 4E1NA 4LY7A 3PUFA 5FDLA 5GIOA 4FJLA 3PY8A 4CIFA 1IKXA 5AQPA 2O8EA 1NG9A 1W7AA 1WSEA 4O44A 4DR6K 4NCAA 1TVRA 4CHOA 1DTTA 1WSHA 3G6EN 4BQLA 1NK8A 2JWKA 4HCCA 1KLNA 3O3HA 2BDPA 1VQ9N 5ADXA 4QS9A 3BDPA 1EWRA 3D7EO 3ZX0A 4DU3A 3LDSA 4DTNA 2G8WA 2ZJQL 4A5AA 3CM6A 1IJJA 3O4QA 4FWOA 3C6TA 3A5MC 1SS6A 1RBUA 3QINA 1BQNA 4NLBA 2KW4A 5KGXA 4OKKA 4FK0A 4W5OA 3U6FA 5BRHA 1U04A 4KB1A 2UXCK 2YKNA 4KI4A 3MXMA 1A5WA 1S6PA 2KHOA 1U45A 3LPUA 2NRWA 3O9RA 1QSSA 3VGMA 3CPEA 4E1JA 2BTFA 3C6AA 4KTWA 3TU5A 4M42A 5AQLA 3HPOA 3VQ4A 2EWSA 3WXIA 3OBWA 3MN9A 3ZETB 2I7PA 2KFNA 3HZ6A 4I2QA 1SL0A 2BANA 4BRLA 4DR1K 4MLEA 1WBDA 1HJRA 1JCEA 4B3RK 1BI4B 5CZ2A 5HRNA 4YOVA 2HSTA 3M5RA 2RN2A 4FWMA 3K5LA 4KPYA 2ZM6K 3SYZA 2VYPA 4W5TA 2E4LA 1HQEA 3PSIA 2IGIA 5GAHP 2EX3A 3NHGA 3SQ0A 3H3OB 4GY2B 5AQNA 1NJYA 1RCHA 1RT2A 3EY1A 4CZIA 4KTZA 3BP8A 4CJWA 4E7IA 4JKDA 4PA1A 1VK0A 4AHVA 1RDAA 3NF7A 2YNFA 1VSMA 3WNEA 5GAEP 4DTPA 3V1OA 2OTLN 1RTDA 1VSFA 3WEEB 1LW0A 2KQ2A 4IDKA 1NJZA 3J8AA 3RRGA 5LJWA 2O8DB 4NB4A 3OVNA 2OZMA 3IRXA 2G8FA 1LWEA 1BDGA 1C0GA 3I0RA 4A2AA 3I0SA 2HHSA 4HWIA 2P9UB 1NGJA 4EHTA 3A0IX 4CEEA 3QLHA 1E3MA 2VWKA 3AARA 1VQKN 3FR0A 3KZBA 3HL8A 2O8BB 2IC3A 4BDYA 3OYLA 1HKBA 4A57A 1MA9B 3GL1A 3HK2A 1TKTA 3SUPA 2QKBA 1N33K 5JLHA 4JYAK 4E7KA 1WN7A 3ID8A 4JKFA 3DMJA 3AVFA 2WC9A 1J5OA 4DSIA 1C0UA 1OVQA 5JVGL 1SQKA 3O8MA 4B9NA 4FJIA 1O1WA 4EP4A 4C1NI 4GV6A 4JEPA 4DLEA 3ZT2A 4GV3A 4RW7A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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