5JVHL

The crystal structure large ribosomal subunit (50s) of deinococcus radiodurans in complex with evernimicin
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
RRKLRTRRKVRTTTAASGRLRLSVYRSSKHIYAQIIDDSRGQTLAAASSAALKSGNKTDTAAAVGKALAAAAAEKGIKQVVFDRGSYKYHGRVKALADAAREGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
publication title Avilamycin and evernimicin induce structural changes in rProteins uL16 and CTC that enhance the inhibition of A-site tRNA binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 23S ribosomal RNA
total genus 17
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-05-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00861 Ribosomal_L18p Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5jvhL01
2ZJQL 3J7ZO 1M1KO 4IOCL 3CC7N 1YI2N 1W2BM 1K9MO 4WFAL 1VQ6N 3CXCM 5MLCQ 3G6EN 3CMAN 1M90O 4IOAL 1YIJN 3CMEN 1QVGM 3CCMN 3PIPL 5JVHL 4U67L 4WFBL 3CCQN 1VQLN 5HL7L 2ZJRL 3I55N 3CF5L 4UY8O 3CCVN 4WFNL 2ZJPL 1VQ9N 2OTJN 5GAHP 1N8RO 1Q82O 1Q81O 3CPWM 1VQON 1JJ2M 1VQ4N 1QVFM 2OTLN 1YITN 1OVYA 3CCUN 3CC4N 1ILYA 5GAGP 4WCEL 1YJNN 2QEXN 3PIOL 1KQSM 2QA4N 3CCRN 1KD1O 3G4SN 1S72N 1KC8O 3I56N 3DLLL 1YJ9N 1Q86O 5GAEP 1K73O 5DM7L 3OW2M 4IO9L 1VQ7N 3CCEN 3CCSN 3CD6N 3CC2N 5JVGL 1VQKN 1NJIO 1K8AO 3G71N 1VQPN 1VQ8N 1YJWN 1VQ5N 1Q7YO 4WF9L 5H1SQ 3CCLN 5GADP 1YHQN 1VQNN 1VQMN 5DM6L 3CCJN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HPGA 3L2RA 2GTDA 1WB9A 3ID6A 3MXMA 3LAKA 3ZSQA 3OHRA 4BDPA 3K5LA 5HP1A 2OPQA 4FLYA 1MA9B 3DRSA 1UAXA 4FWOA 1ITGA 4AHRA 5HRPA 3AVNA 5KPRA 4JHDB 3L2WA 4W5QA 4FL9A 3H46O 1RTHA 1X9MA 4DU3A 3OYBA 4A62A 3D2FA 4FJMA 3PIPL 4DTUA 1FJGK 4KH6A 2O4IA 3SAHA 4H5TA 3VGLA 1QQCA 4IFVA 1VSJA 1JXEA 3QIOA 4IG0A 3SLCA 3O4WA 3ZSOA 3HT3A 5C12A 3SUNA 3HYFA 1TKTA 1TAUA 3SYZA 4IFYA 3UKRA 3KLGA 2FBYA 4KHQA 3VOVA 4KI4A 2O8CA 1VAZA 1VQON 2WC9A 4HUGA 4CHYA 4DQRA 1VQ4N 3TPQA 4N41A 4DLGA 3CQXA 4CD3A 2PYJA 1C0TA 1E4GT 1U2VA 3KKRA 4IG3A 3TARA 2YCHA 2I5JA 2YI1A 2RHKA 4DV2K 4KH5A 4DR7K 3CI5A 1N36K 4A2AA 4F2RA 3ZSXA 2O4GA 4O55A 2F7TA 3DRPA 3OYLA 1GLLO 4JKBA 1VSKA 3RR8A 4FM0A 3G0ZA 5A2QO 3ALYA 3HVRA 4DV3K 2GX9A 1DT9A 3FZFA 1KTQA 2EX3A 2P9IB 2P9PB 4DR4K 2YHXA 3OYCA 1KLMA 2HMPA 3OYNA 3OYIA 2BGGA 1VQ8N 1Q8IA 3AVAA 3TI0A 2W6LA 1S6QA 3B8AX 4GKKK 4B9LA 1RTDA 4CJKA 1EKEA 1LV5A 1QHTA 4LF9K 1R59O 2YKMA 2O8EA 3O3HA 3QDKA 4LFBK 3ISNC 4CVNE 4BG8A 4FLWA 2E2QA 3C6AA 3LDOA 4I9LA 4EFHA 4GV6A 1U6ZA 4C1NK 1XMOK 1VQ6N 4C23A 3EE9A 4U7BA 2OZSA 1UA1A 3H6EA 4H0TB 3VQQA 5FPDA 5KQDA 4K8ZA 4CK1A 3AAPA 4E7KA 2FLOA 1TAQA 3OS2A 1RBVA 3N4PA 4B9VA 3V4IA 3TR8A 1NOZA 4FXDA 3C7NB 1ESVA 4O4GA 4CEBA 1EWRA 5E26A 1ZBSA 3PY8A 1TVRA 1YTAA 4E0DA 2QWPA 5KRSA 2KQ2A 4CJ5A 5GIPA 3S3NA 4DQSA 2A1RA 1YF5L 4NCGA 2FF6A 2PY5A 4ELTA 3R6MA 3TAMA 2WBNA 2YHWA 3CCUN 4CEQA 4ZTJA 1ILYA 2F96A 1YJNN 1QS4A 4H4OA 4B1WB 3HM9A 2VG7A 3G4SN 3CJ7A 5F2RA 1TUYA 3WNHA 5DM7L 3KK2A 4M7YA 1GLJO 3UKUA 2X6SA 5LL6Z 1A5XA 1DGKN 1DTTA 1RCHA 5CHIA 1WNSA 4I6MB 4JV5K 4AH9A 4IWVA 4CZJA 4DF8A 3D0PA 3PV8A 5EX5A 4CZMA 4M42A 2QWNA 4DV4K 3WEEB 3CCLN 4NXNK 4IBNA 5KQ8A 4KKOA 4RWTA 1C1BA 4LH4A 4O0JA 3NH1A 2YNIA 3LP1A 3WNGA 1RT4A 2W6KA 4EIAA 3TSPA 1FW6A 3SQ4A 4BE2A 4CFAA 5JMVA 3KLEA 2OPSA 3AVIA 3DMJA 1NGCA 4CE9A 1QZ6A 2Q97A 3LDPA 4FWSA 1WBDA 2QWRA 3C94A 4DB3A 1GOBA 3J80O 5J2QA 5BN8A 1C0GA 4BE0A 3UE5A 1VQLN 4JHDA 1LCUA 4HCBA 3KD5E 3QBXA 4G1QA 2YHBA 1BUPA 2PFUA 4FK0A 3VA0A 1HNWK 5GAHP 1LWCA 3QNOA 5AQZA 1N8RO 2OPRA 4O8UA 4FJXA 3TTCA 4JLHA 5HBMA 3ZT1A 4NYFA 3ZSRA 3ULEB 4N47A 3J8AA 2HBJA 3MDQA 5FPMA 2QWOA 2OPPA 5AQTA 4PUOA 4CCHA 3HSCA 4DFMA 1WBBA 2NLXA 3DLBA 4BREA 4CF8A 3OVNA 1RDAA 4LFAK 2QTDA 3QMLA 4M3ZA 4KHYA 3S41A 4JS5A 1NGJA 3CFOA 4BRGA 4CGFA 4M3WA 1CXUA 4GW6A 1KLNA 4ID1A 2QI2A 3P83D 1GOCA 1QQNA 3K59A 3QEVA 3PO5A 1VQ7N 3C6UA 4DV1K 1VK0A 1NGBA 3O8MA 2GEMA 4FSVA 4Z0UA 3QLHA 4GV9A 5AFUA 4PKHA 2Z1IA 2WTUA 1MWMA 3VEOA 2NRRA 4H5RA 4OGEA 3O9RA 2A41A 2JGUA 3O3FA 1SAZA 2P9IA 2QM1A 3A5MC 4KPYA 4RTFD 3AO2A 1UOCA 2HOEA 3A5LC 4H0XB 5CZ2A 3KIOA 4E1JA 1M1KO 3MX5A 4AHTA 2BANA 1YVUA 3MAQA 1HNIA 3L3UA 1DEJA 1JKHA 4QS9A 4CGIA 4IOAL 1C1AA 1JL1A 2HNYA 4Y1DA 4BGBA 4OPKA 2E6LA 2G8IA 3WXKA 3OYAA 1EQYA 2HBMA 3NGIA 4BQZA 4PKIA 4CHZA 3Q7CA 3THVA 2WONA 3VERA 4NXMK 3LPUA 3EY1A 4B8CA 4KREA 1TV6A 2F4VK 4M3UA 3D2FB 2G8UA 3A5OC 2BUPA 1ZBHA 1X9SA 3FZLA 4BR0A 3C7NA 3V1OA 2YX6A 4HUFA 1GLDG 1TGOA 5BRDA 4FPAA 1BG3A 1U04A 5AQRA 3BP8A 4BG9A 3T1AA 3UKRB 4BR9A 3P4IA 1NKEA 4E1MA 4EHUA 5C15A 3O3GA 4B1YB 4CEEA 5F0XA 4LSLA 3HL8A 4LF5K 3VEVA 3L0QA 3TAPA 4CZKA 1Q86O 2OA8A 2QK9A 1U2VB 1KSPA 4PA1A 1OH8A 4CIGA 1RFQA 5M1NA 3AGRA 1C0MA 4BY9C 4CJQA 4HUEA 3HP6A 1NMDA 3U3GA 3MCAB 5KPZA 4X65K 5DMRA 4H4MA 1W9HA 3LAMA 1KCFA 1VSHA 4DSJA 4HWIA 2E88A 4BVOA 1SKWA 3NDKA 1U49A 1QQOA 1NJZA 5BPMA 3ENBA 2HHQA 3O08A 1VQNN 4NCBA 2ETJA 3IDHA 4KAZA 3MN7A 5C2FA 5BPLA 4FW2A 4O8KA 2ZJQL 3QIPA 4FLVA 4E7JA 4K0KK 4CZEA 3RMAA 1SZ2A 1BU6O 4IOCL 3E9LA 3T19A 4LF4K 2GWJA 4FWQA 3ITHA 4BDZA 3SV4A 3FZMA 1FKPA 3SUPA 2QW9A 2YNHA 3I8BA 5BRFA 4CJUA 2DFEA 3JYTA 3TABA 1S5JA 2ZGZA 3NBPA 5HRNA 1NGFA 2WUSA 1JLEA 3FFKB 3VPZA 2PZSA 2HF3A 4IZ9A 1Q82O 3W0LA 2OZMA 2BTFA 3NH2A 5B8HA 3L8BA 2A6AA 3EZWA 5I42A 1IKYA 3KKSA 3MK6A 1TK5A 1T7PA 5CYMA 4CJEA 4EZ6A 1WSJA 3MN9A 3ULEA 4CZHA 2HNZA 4C8NA 3S3MA 4WQ5A 3SUOA 2ZQBA 1KQSM 2QA4N 2B4JA 4JAXA 1KC8O 1VSMA 3OA9A 4DF4A 3KLHA 3GBTA 1BO5O 1XC3A 2IVNA 1HQUA 1UWBA 1IG8A 5BREA 1WLJA 4RW4A 3ZX3A 1D8YA 4E7IA 1MWKA 4AILC 2IGIA 2IVOA 2HBLA 3CYMA 4JI5K 2E5LK 3QNNA 1E4FT 1WUAA 4FWRA 3SMPA 1RDWX 3ZLJA 4BR5A 3UKUB 4WF9L 3CJBA 4DS5A 4IDKA 4LFCK 4B9QA 1TYQB 4CHOA 4KH4A 3LM2A 4I2PA 4X64K 2YNFA 1BIZA 3LDNA 5AQYA 1HKBA 3T7ZA 2ITGA 4ELVA 4FJGA 3T69A 1N34K 5LMUK 3U6FA 3GDQA 3CJ9A 1YI2N 1BISA 2ZGYA 1W2BM 4JI7K 3AA3A 4E19A 4J2DA 5EVZA 4J2AA 4ISGA 4FJ5A 3AVCA 5FRMA 2IS3A 3CMEN 2P5OA 2DFFA 4FCYA 1WN7A 3MEGA 3SK3A 1ZYQA 3J7AP 1Y97A 2B6AA 3QETA 3KK3A 4OX9K 1HKCA 3O6WA 4B1XB 3M8RA 3L2UA 4E7HA 2ZJRL 3DOLA 2NRHA 3S3OA 4CJWA 3CCVN 4DQ8A 3NF6A 1SL2A 1W97L 4IJAA 3VQ6A 3DLHA 1NGAA 1ZC6A 1YT3A 3PLAA 4BC3A 3TTFA 4CGGA 2FBXA 3L6QA 1I94K 3PX6A 5AQNA 3TSUA 2A1SA 4B3RK 5AQPA 5AQVA 2NZTA 1NBWA 1J9AA 1BQNA 4YDUA 5CE3A 3AO3A 2HW3A 4Z4HA 4ZTFA 3IUCA 1HQEA 3TAEA 3S9HA 5BPNA 1IKVA 3HPHA 4E7LA 5HRRA 4Z4CA 4DS4A 2KFNA 2Q1NA 1W0HA 3O9QA 1X9JA 1NM1A 1BWFO 2Q0RA 2GWKA 2DTUA 5TKWA 4UQGA 2ZE2A 4KHUA 3TAGA 3OY9A 3PUFA 4K42A 1LWFA 1Z6RA 4IXCA 3ZYYX 3O4NA 3CC2N 4K41A 5IWAK 3RRHA 1K8AO 1KAXA 2YJFA 3HSTB 4C1NI 4H5NA 1S3XA 1NGDA 1RDCA 4A2BA 3RR7A 4KHNA 4GMJB 1U45A 3KLFA 3EZ5A 5HRSA 4RW7A 3A2FA 5AQWA 3N4QA 3SQ2A 5T7BA 4QOZB 3O9SA 4JNEA 1RGIA 4M3TA 4FWLA 3VQDA 4ELUA 3QERA 1G99A 4OO1J 5JLFA 1XI1A 3EKUA 5MLCQ 3F9MA 4YORA 1X9WA 1HRHA 4M3RA 4BR4A 1IBKK 2VG5A 5CY4A 4BC4A 3QFUA 1ATSA 1BHLA 4Z4FA 3NH0A 3IKMA 1LAVA 3P31A 2ATQA 1JCGA 5AQIA 2NRZA 4B9UA 4BQLA 1S9EA 1QZ5A 3VETA 2VQEK 5M1QA 4F4KA 3ZSVA 2AA4A 2PBDA 4JKAA 5K14A 1S1TA 3M6GA 2V7YA 1RT7A 3VEYA 3NE6A 5JS2A 3TAQA 4H0OA 2NRWA 2ITMA 2G8KA 3R9PA 4FK2A 1HJOA 1VSLA 4DCHA 1OVYA 3VQ7A 5GIOA 2ZM6K 2G8FA 3OYGA 1RTJA 4W5NA 3EE8A 4IO8A 3V1RA 2D0PA 4WQ4C 3BF3A 1F21A 4CECA 1NGGA 5C2DA 4GNIA 1A5VA 3I56N 3QEWA 2DY4A 2A3ZA 3QFPA 4L3QA 5ADXA 3CFPA 1H1VA 4PHTX 3EYZA 4PQUA 3VGMA 3FZKA 4JYAK 3K58A 4FWNA 4WQ4A 3DAWA 1J5EK 4Z4IA 3CERA 4KO0A 5FDLA 4KBOA 1SS6A 3PSIA 5AQOA 1T6DA 4OPAA 3LP3A 1NJYA 1RBSA 1WSHA 3B6OA 2HNDA 1JLAA 4NO7A 2QKKA 3WXJA 3CHWA 1NLVA 1RBRA 2CH5A 2QWMA 1BA0A 4LF7K 2ZWHA 1YUWA 3A5NC 3SNNA 1TYQA 2PYLA 3VESA 4JI8K 4LF6K 3V1QA 3FLCO 4AF1A 4B1VA 4DFJA 3CC7N 4NCAA 4CZFA 4DTSA 3SBGA 2P9UB 2ZD1A 3CMAN 3IAYA 3A8YA 4DV5K 2P9KA 2RE2A 4CZIA 1WOQA 3VTHA 3ZT3A 2VGMA 3P39A 3VEWA 4OKEA 2HHUA 1K8KA 4K25A 1LW2A 4JN4A 2P51A 3K57A 1SL1A 1Y64A 4CF9A 4FO0A 4CZGA 4XH5A 2QWQA 4UY8O 2BH1A 2J4RA 4A61A 2ZJPL 3IS9A 1RDUA 2XHBA 1T44A 4O44A 1IJJA 5EY4A 1NWKA 1TK0A 3F9KA 3SQ1A 4HTLA 3KVGA 3ULDA 1VSFA 3CM5A 3VGKA 4XIUA 5FPNA 3D2EB 4FLUA 1BIUA 4FJNA 3NMUA 1ZBFA 4BRDA 3NF8A 3MECA 4M41A 4CK3A 1JXBA 4QS7A 2QEXN 5JS1A 1S6PA 4FJ7A 4YOUA 3ZT2A 1RT5A 4Z4GA 1NU0A 5BN9A 3NVMA 4NLBA 1N33K 3U3YA 4A5AA 4BWJA 4B1UB 3G25A 2HHTA 2R7YA 1BA1A 3JSMA 5JLHA 2UU9K 5EXWA 4DTMA 2JLEA 2GUIA 3LDSA 1BOTO 3CCSN 2OYQA 3GG4A 1EP4A 4N76A 1RDBA 5HROA 3HOTA 3K9JA 4I9QA 4IEIA 1QE1A 2IOCA 4KRFA 1R0AA 2HHHK 1XMQK 1RTIA 4B08A 3VF6A 2Q0UA 3P38A 4QAGA 2Z1HA 5AQHA 3ZCMA 4GV3A 4KB0A 5DK5A 4A57A 1FKOA 4CHNA 3E01A 1HR0K 5C0YA 4FWPA 4X66K 4FVMA 4CFDA 1TUUA 3L2QA 4DR3K 4FK4A 5AQMA 1NK0A 1BCMA 2IAJA 5KGWA 5FROA 5CYQA 4DFPA 3AVGA 5J1EA 1TKXA 4U67L 2Z1GA 1HYSA 4M45A 3L3VA 1B9DA 2HVHA 3BUZB 1DTQA 3IMXA 1KVAA 2OTJN 2F8TA 2V51B 2P1JA 4CJVA 4CHQA 1BDGA 1WSFA 4YNQA 1Q81O 1CZAN 4PY5A 2ASOA 4DMNA 3ZETB 3CPWM 3VQ9A 1A5WA 1ASUA 1KFDA 3AVFA 2Q3SA 3QEPA 2D0AA 4H5VA 2HHSA 2LSNA 4MDBA 2E2OA 2YHYA 4I2QA 4LF8K 1HKGA 1ASWA 4FLXA 4OJRA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZJQ L;  3J7Z O;  1M1K O;  4IOC L;  3CC7 N;  1YI2 N;  1W2B M;  1K9M O;  4WFA L;  1VQ6 N;  3CXC M;  5MLC Q;  3G6E N;  3CMA N;  1M90 O;  4IOA L;  1YIJ N;  3CME N;  1QVG M;  3CCM N;  3PIP L;  5JVH L;  4U67 L;  4WFB L;  3CCQ N;  1VQL N;  5HL7 L;  2ZJR L;  3I55 N;  3CF5 L;  4UY8 O;  3CCV N;  4WFN L;  2ZJP L;  1VQ9 N;  2OTJ N;  5GAH P;  1N8R O;  1Q82 O;  1Q81 O;  3CPW M;  1VQO N;  1JJ2 M;  1VQ4 N;  1QVF M;  2OTL N;  1YIT N;  1OVY A;  3CCU N;  3CC4 N;  1ILY A;  5GAG P;  4WCE L;  1YJN N;  2QEX N;  3PIO L;  1KQS M;  2QA4 N;  3CCR N;  1KD1 O;  3G4S N;  1S72 N;  1KC8 O;  3I56 N;  3DLL L;  1YJ9 N;  1Q86 O;  5GAE P;  1K73 O;  5DM7 L;  3OW2 M;  4IO9 L;  1VQ7 N;  3CCE N;  3CCS N;  3CD6 N;  3CC2 N;  5JVG L;  1VQK N;  1NJI O;  1K8A O;  3G71 N;  1VQP N;  1VQ8 N;  1YJW N;  1VQ5 N;  1Q7Y O;  4WF9 L;  5H1S Q;  3CCL N;  5GAD P;  1YHQ N;  1VQN N;  1VQM N;  5DM6 L;  3CCJ N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HPG A;  3L2R A;  2GTD A;  1WB9 A;  3ID6 A;  3MXM A;  3LAK A;  3ZSQ A;  3OHR A;  4BDP A;  3K5L A;  5HP1 A;  2OPQ A;  4FLY A;  1MA9 B;  3DRS A;  1UAX A;  4FWO A;  1ITG A;  4AHR A;  5HRP A;  3AVN A;  5KPR A;  4JHD B;  3L2W A;  4W5Q A;  4FL9 A;  3H46 O;  1RTH A;  1X9M A;  4DU3 A;  3OYB A;  4A62 A;  3D2F A;  4FJM A;  3PIP L;  4DTU A;  1FJG K;  4KH6 A;  2O4I A;  3SAH A;  4H5T A;  3VGL A;  1QQC A;  4IFV A;  1VSJ A;  1JXE A;  3QIO A;  4IG0 A;  3SLC A;  3O4W A;  3ZSO A;  3HT3 A;  5C12 A;  3SUN A;  3HYF A;  1TKT A;  1TAU A;  3SYZ A;  4IFY A;  3UKR A;  3KLG A;  2FBY A;  4KHQ A;  3VOV A;  4KI4 A;  2O8C A;  1VAZ A;  1VQO N;  2WC9 A;  4HUG A;  4CHY A;  4DQR A;  1VQ4 N;  3TPQ A;  4N41 A;  4DLG A;  3CQX A;  4CD3 A;  2PYJ A;  1C0T A;  1E4G T;  1U2V A;  3KKR A;  4IG3 A;  3TAR A;  2YCH A;  2I5J A;  2YI1 A;  2RHK A;  4DV2 K;  4KH5 A;  4DR7 K;  3CI5 A;  1N36 K;  4A2A A;  4F2R A;  3ZSX A;  2O4G A;  4O55 A;  2F7T A;  3DRP A;  3OYL A;  1GLL O;  4JKB A;  1VSK A;  3RR8 A;  4FM0 A;  3G0Z A;  5A2Q O;  3ALY A;  3HVR A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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