5KGWA

Hiv1 catalytic core domain in complex with inhibitor: (2~{s})-2-[3-(3,4-dihydro-2~{h}-chromen-6-yl)-1-methyl-indol-2-yl]-2-[(2-methylpropan-2-yl)oxy]ethanoic acid
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
153
structure length
134
Chain Sequence
CSPGIWQLDTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAAWWAGIKQEESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNKKRKGYSAGERIVDIIATDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Indole-based allosteric inhibitors of HIV-1 integrase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Integrase
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 44
structure length 134
sequence length 153
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5kgwA00
4DF4A 3IRXA 4FK0A 2KFZA 4I2PA 4CERA 3KLGA 4GVMA 3SNNA 4CJPA 3NF8A 4C8OA 3KK2A 5FDLA 3SYZA 3D45A 4CJVA 4KI4A 4OPKA 2HHUA 3IAYA 1QQCA 1L3UA 4FJNA 3NF9A 2WOMA 3DMJA 4CJ5A 1BI4A 1VSJA 2F8TA 1TKXA 3V1QA 4CGDA 1REVA 4CHYA 1S9EA 1WSFA 3AVGA 4I7FA 1UOCA 3AVAA 4O4GA 4JS5A 4DTMA 3ULDA 3SJJA 3ZSXA 1IKVA 3OY9A 3TANA 3O4QA 4HTUA 1ASWA 3CFPA 3QERA 2YNHA 3HPGA 3SQ4A 4QAGA 4AHRA 1YVUA 3SQ2A 1JLQA 4IDKA 4FJ7A 1RDCA 4IFVA 4ICLA 3TR8A 1X9WA 1G15A 4CEFA 3O4NA 3DOLA 2OZMA 4F2SA 3DLEA 4RW9A 3THVA 2FBXA 2YKMA 2D0BA 4IFYA 1HQUA 4CF8A 1KCFA 1J53A 1D5AA 1T05A 2XRIA 3H08A 4CJ4A 5HP1A 1TK8A 2HB5A 3RRGA 4JRPA 2IGIA 2VG7A 3NGYA 3AO2A 4J2BA 3HK2A 4AH9A 3OYNA 4DS5A 1FKPA 3PX4A 1QSYA 1RBSA 3PX0A 3V1OA 4CHZA 1W0HA 3MAQA 3PO4A 4DSLA 4Z0UA 2HHTA 2DFFA 4DTSA 5HBMA 2G8VA 2BANA 4FLUA 1HNVA 4B08A 1BQMA 2G8IA 4EP5A 4KKOA 1NK5A 1HNIA 4CEQA 3LP3A 4B3OA 1RILA 2XO7A 1VSDA 2EX3A 3T1AA 3SPZA 1TVRA 2D0AA 4CK1A 5J1EA 3AO4A 3ZSVA 3KK1A 1KVAA 1XI1A 1JL1A 1HYVA 4M3YA 1VSFA 1W9HA 4HCBA 4OKJA 3TAMA 3TAEA 1WN7A 2O4GA 2Q3SA 4I2QA 4TSXA 1ZBFA 2OPSA 3TWHA 3WNFA 4W5RA 1X9MA 4E7LA 2PYLA 4M45A 4W5QA 4FXDA 3OJUA 3C6UA 1S1WA 2Z1IA 3DLHA 1RT6A 4CFCA 3KD1E 1IO2A 3RTVA 3PO5A 4E7HA 1Z26A 4OVLA 4N5SA 4KO0A 1TGOA 1CXUA 3M8PA 1TK5A 4GW6A 4KHWA 4Z4EA 2YHBA 3OYEA 4FLWA 3NH2A 4DQIA 2F96A 2FBVA 3U3GA 3CM5A 4CEZA 3V9XA 2DFHA 2YKNA 4CEAA 5J2PA 4K8XA 3V9UA 1CZ9A 4E89A 1HRHA 1U49A 1LWEA 3RR8A 4DSIA 1JXBA 4PWDA 3WNHA 3NH0A 1J5OA 4OKKA 4E3SA 1EP4A 4Q0BA 4CEBA 3AVHA 2HHVA 3LZIA 1IH7A 3ZSOA 4FLXA 2KQ2A 3QEXA 1SV5A 3V1RA 1F21A 5HRNA 1UA0A 1L3VA 4NYNA 4FW2A 4FZYA 4FJKA 1UWBA 5JS2A 4LSLA 1J54A 4DTRA 3HM9A 4ZTFA 4KHYA 3VQ4A 3VQPA 2ZQBA 1JLFA 1FK9A 3VQQA 4DQSA 1Q8IA 4HUFA 4NCBA 2R7YA 1RDAA 2A1RA 3CG7A 4KHSA 4WE1A 1BCMA 4G1QA 3OS0A 1RTJA 3V9WA 3AO5A 4DU3A 1U47A 4BWJA 2DFEA 3S3NA 2D0CA 1NK9A 1NJXA 4FJXA 4J2AA 4CJKA 3ZSZA 4CF0A 3M8QA 4DSFA 1ZBLA 3HVRA 3VQBA 4CFDA 4FJMA 2IC3A 4FM2A 1A5VA 3L3VA 2HHQA 4Y1DA 4DU4A 2QKBA 2IS3A 1RT1A 3TAQA 3VQ6A 2HNYA 4DMNA 3TAFA 4HVJA 4DFPA 1BL3A 4I9LA 1WSEA 1SUQA 4KB0A 3HVTA 1BIZA 4BWMA 3SUQA 3L2UA 4RW7A 3K5NA 3LP1A 4N56A 3DLGA 1QE1A 4FJIA 3ZSWA 2X6SA 1C0TA 3QEIA 3KLFA 4Z4FA 2PZSA 4F2RA 4DG1A 5HRPA 1FXXA 2WONA 4OLBA 4C8NA 2W42A 2D5RA 3DRRA 3CQ8A 4E7JA 4F4KA 1VSEA 2G8KA 1MU2A 2GBZA 3DRPA 4FJJA 4KRFA 3MXIA 4E7KA 3PUFA 4CGHA 4FJ5A 4FJHA 4Y1CA 3K57A 2I5JA 1S1TA 3HL8A 3L8BA 1Q9XA 1EETA 4XIUA 4KHNA 1LAVA 4DSJA 3AVCA 4I9QA 1N6QA 1TV6A 4OGEA 4RG8A 5C25A 4CF1A 4DU1A 2E4LA 5T7BA 4JS4A 1BISA 1S6PA 4KHQA 1NK7A 5I42A 4DFKA 3G0ZA 4K8ZA 4DFMA 4DF8A 2XY5A 4CJLA 4GMJB 5CZ2A 1VSKA 1U04A 4KHUA 2X78A 2ZE2A 4KFBA 3U3YA 4M42A 3F9KA 4KTQA 3I8DA 1RNHA 2IAJA 3QIPA 1NOYA 2XY8A 4H4OA 2VG6A 1SL2A 3TAGA 4CHPA 5KGXA 4B9NA 3AVBA 3B6PA 4CESA 4CIGA 4DLEA 3OYIA 3RWUA 1QSLA 3QNOA 4AHUA 3NFAA 1C1BA 4Z4GA 4HHTA 3VA3A 1ASVA 3P1GA 5JS1A 2OA8A 5C42A 2ETJA 5SZTA 3OYJA 4CJWA 2OYQA 4PA1A 1I3AA 1IKXA 2Y1JA 2FBTA 3VQEA 4CFAA 2RF2A 3KD5E 1HMVA 1WSIA 1C0MA 3ITHA 3M8RA 1Z25A 3NDKA 1HYSA 1S1XA 3QINA 5DK5A 3LWMA 3NGIA 1NJWA 1SL1A 3I0RA 4E1NA 4LSNA 3ZCMA 4CGIA 1IKWA 2JGUA 3K5LA 3V9ZA 3SUNA 4F3OA 2O4IA 1VSIA 3MECA 4F8RA 4DQPA 1O1WA 1HPZA 3L2VA 4NYFA 4FJ8A 2P1JA 4IG0A 4RW4A 5EU7A 4ID5A 4ELTA 1KLMA 2KW4A 2B6AA 4O0IA 4BE1A 4C8MA 4ZTJA 4QCLA 4M3RA 3OJSA 3LWLA 1DTQA 3SZ2A 1A5XA 3LAKA 4DTNA 4DSKA 4L8RB 1FKOA 2G8HA 3KKRA 1C0UA 2HVHA 3PV8A 4CJ3A 2PY5A 2IOCA 1B9FA 3PY8A 3V9SA 3S9HA 3OS1A 1ZBUA 2Z1JA 1B92A 3MEDA 4E1MA 1JXEA 3KJVA 5HLFA 1N5YA 1QHTA 1D9FA 1RTDA 4CHQA 2ITGA 2HW3A 3O3HA 1S9GA 3ZT4A 3QIOA 1U45A 4DTXA 3TARA 2YNIA 3LPUA 2OZSA 4FJGA 4HUGA 3VQ8A 2G8WA 5SWMA 5J2NA 3DOKA 2LSNA 1WAJA 4FM1A 3RMBA 2ATQA 1RT2A 4B8AB 4CGJA 1BHLA 4LH4A 3ZSYA 2HHSA 3AVJA 4MFBA 3UIQA 2HHWA 1C1CA 3AVIA 3DRSA 3HYFA 4CEEA 4NCAA 3VQ5A 4F3TA 2Z1HA 3AVLA 3M8SA 3K58A 3P5JA 3SUOA 4M3UA 1WLJA 3LP2A 1NKBA 2KFNA 3AVKA 4J2EA 4C8KA 5KI6A 1JLAA 3NGZA 2PYJA 4BDPA 3ZSQA 4W5TA 1R0AA 1GOAA 3NE6A 3KIOA 4O5BA 4FK4A 4EZ6A 3QEPA 3B6OA 4B9TA 3DLKA 4FW1A 3HXMA 2NUBA 1SKWA 4HUEA 4N76A 1C1AA 1NKEA 4M3ZA 3L2QA 1JKHA 1UA1A 3K2PA 3WNEA 1JLEA 2VWJA 2ZD1A 3RMCA 4KB1A 1KSPA 5HRRA 3K59A 3ZT3A 4Z4IA 4IG3A 3MEEA 1ASUA 4Z4CA 4FLZA 4O44A 2YNGA 3ZT1A 2YNFA 3NAEA 4PQUA 2JLEA 3AO3A 1I39A 1RBVA 1BCOA 3D0PA 3SI6A 3VQAA 1T03A 1LW2A 3T3FA 2Y1IA 3U6FA 3PX6A 3E01A 3VQCA 1ITGA 4R5PA 3DLBA 4B9UA 4KPYA 4B9MA 5CYQA 2FBYA 4CECA 5KTQA 1KTQA 3CFOA 1TAQA 4RW6A 2X74A 1BQNA 1HJRA 1RDBA 4M3TA 3AA3A 3SQ0A 3HO1A 4DLGA 1CZBA 1XWLA 1A5WA 3DM2A 4UQGA 2B5JA 1X9SA 1Q9YA 1GOCA 1T8EA 4DWIA 4CGGA 4YFUA 2F8SA 1TKTA 3S3MA 3QETA 1WSGA 1K6YA 4ID1A 1NJYA 1QS4A 4FLYA 4J2DA 3HJFA 4H8KA 2HMIA 1VRTA 3DI6A 4CE9A 4OPJA 3L2WA 4B9VA 3OYBA 4ELVA 4C8LA 1KFSA 2RPIA 4JLHA 3QEVA 2HNZA 3TABA 1L3TA 4MQ3A 4FVMA 3AVFA 4O55A 3HP6A 4PUOA 1WAFA 3DYAA 4AHCA 5I3UA 2E6MA 4CF9A 1XC9A 3VA0A 1RT4A 3V6DA 1BGXT 2P51A 4N47A 1WSHA 4FLVA 3BDPA 4OGCA 2P5GA 5CZ1A 4BDZA 1KFDA 1NOZA 3VQ7A 2HNDA 2B4JA 4KREA 3P83D 2G8FA 3LALA 3SCXA 3O3GA 3AV9A 1S6QA 4RW8A 4DTOA 3LPTA 3AA5X 5KRTA 3OYAA 2BGGA 1EXQA 3JYTA 4W5OA 3KLIA 3OYGA 1T7PA 3QNNA 2XY7A 4H4MA 1RBUA 3OYHA 2KZZA 5FRMA 1WSJA 3F73A 4OKEA 1CXQA 1C6VA 3OYDA 4CJUA 1RDDA 5CYMA 2BE2A 2QXFA 1RBTA 3KKSA 1RT7A 3S3OA 2DTUA 4O0JA 4AHVA 1DLOA 4AHSA 1XHZA 4FLTA 1VSMA 2QK9A 3C94A 1RCHA 4E19A 2GV9A 5KGWA 4JRQA 1X1PA 3OS2A 3L2RA 3K5OA 4DTPA 2KZMA 1RT3A 4ZHRA 4DTJA 3KTQA 3A2FA 3V4IA 1SL0A 5J2QA 1VK0A 3IG1A 3AVNA 5E41A 1YTUA 4DTUA 3NF7A 4CIEA 1S1VA 2E6LA 1BIUA 1TL3A 5FROA 3TI0A 4CGFA 1JLCA 1HYZA 1JL2A 4DQQA 3QESA 1YT3A 3KLEA 3NH1A 1TAUA 3AVMA 3VQDA 1QSSA 1NK8A 3ZT2A 1EKEA 1Y97A 5D3GA 5HROA 3OYCA 3TAPA 4FJ9A 2OPPA 1ZBHA 3G10A 4LY7A 2XHBA 4CK3A 3HPOA 1LWFA 3LDSA 4FM0A 1NK0A 2QKKA 3LAMA 4CIFA 1LWCA 1B9DA 1KVCA 3C6TA 3C95A 4AILC 3RMAA 2BDPA 4E0DA 4KV8A 4E7IA 4DSEA 1S5JA 3LP0A 1NKCA 3MEGA 3OYMA 3KLHA 4BACA 3IS9A 3ASMA 4CK2A 3KK3A 1TKDA 3EY1A 3MXMA 2RKIA 4CJFA 2X6NA 3HT3A 1SKRA 4DQRA 1L3SA 1HQEA 3AO1A 4AHTA 4NCGA 3CM6A 3NBPA 1UAXA 4M3WA 1VRUA 3NF6A 4CJQA 4CHOA 4B8CA 3SV3A 3VN5A 3LANA 4BE2A 4OLAA 3T19A 1SKSA 3I0SA 1D8YA 4IKFA 5KRSA 1BI4B 3CFRA 1VSHA 4CF2A 1NK6A 3RR7A 3QLHA 4Z4HA 4BDYA 4CCHA 3FFIA 3HP9A 5HRSA 3AA4A 4DFJA 1YTAA 2DY4A 5K14A 3EYZA 4FZZA 2HHXA 2RN2A 1GOBA 2EHGA 1KVBA 2OPRA 3RRHA 3SUPA 2YV0X 4M3XA 1U4BA 1ZBIA 3RMDA 1KRPA 3OYKA 4KI6A 1D9DA 4FK2A 1KLNA 3ALYA 3WNGA 2Z1GA 2VWKA 4KTZA 3DLRA 4BE0A 3ZSRA 1LW0A 4CHNA 1NK4A 3OYFA 3AA2A 1JLGA 5J2MA 2OPQA 3SV4A 1S1UA 3V81A 4EP4A 4HCCA 2GUIA 1TL1A 4OJRA 2FC0A 5C24A 4CJTA 3K5MA 3SPYA 4DS4A 1U48A 4QOZB 2IDOA 2G8UA 1RBRA 1JLBA 2AJQA 1NJZA 2KTQA 4CJEA 4FZXC 2VG5A 3OYLA 4W5NA 4EZ9A 1WNSA 3OVNA 4CJSA 2P5OA 3ZT0A 1LAWA 3NHGA 3NCIA 1TK0A 2XY6A 2YHAA 4M41A 4KTWA 4LH5A 1VSLA 2A1SA 1IG9A 3HPHA 3JSMA 1L5UA 4B9LA 3LZJA 3VQ9A 4CEDA 3EZ5A 4FYDA 4FCYA 3CYMA 4CEOA 4LD0A 1ZYQA 4FJLA 1RTHA 3HSTB 3L3UA 3QO9A 4IBNA 1RTIA 3BGRA 1QTMA 4ELUA 5FRNA 4B9SA 4YNQA 3QEWA 1XHXA 3MXJA 1EX4A 4CFBA 1LV5A 1IKYA 1J9AA 4Q5VA 3O3FA 1DTTA 1RT5A 4N41A 5DMRA 1CLQA 4KAZA 2HVIA 1TKZA 3ISNC 4PY5A 3SQ1A 4CJRA 5CY4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IBKK 1NGGA 4I2PA 4GVMA 4CJPA 3NF8A 5FDLA 3D45A 4KI4A 3A5LC 5F1XA 3RSEB 4NLCA 4FJNA 5AQHA 1GLEG 5AQIA 2KHOA 3ULDA 3D2EB 3WEEA 3HPGA 4QAGA 1H1VA 3SLCA 1RDCA 4ICLA 1RDWX 3R6MA 4F2SA 3PSIA 4BRNA 2VGMA 4MLHA 5A2QO 4IFYA 3O80A 1D5AA 1T05A 3VTHA 4PKIA 3I8BA 1VQON 3NGYA 4J2BA 3BZCA 3EKUA 1YHQN 1RBSA 4OPHA 1HNVA 3QICA 4EP5A 4CEQA 3SPZA 2FF3B 3ZSVA 2CGJA 1JL1A 1W9HA 2Q3SA 1ZBFA 1X9MA 4W5RA 4OPAA 4BGBA 4W5QA 1S1WA 3KD1E 1RT6A 3RTVA 3HSCA 5LJWA 1TK5A 4XEIA 3OYEA 3U3GA 3ZX2A 3CM5A 3V9XA 4FOEA 5LJVA 2UUCK 1HRHA 3RR8A 3J7ZO 1JXBA 4PWDA 1BUPA 3CC7N 3LZIA 2HF4A 5AQNA 1OVYA 3QEXA 4O8UA 3V1RA 3AGRA 5HRNA 1UA0A 3CCLN 4FJKA 4LSLA 3VF4A 3HM9A 2YHWA 3O08A 3VQQA 3VQ4A 4LF7K 5AQJA 3SBTA 1Q8IA 4HUFA 2R7YA 3CG7A 3V9WA 3EEQA 3AO5A 3ZLJA 4BWJA 1DT9A 2D0CA 1NK9A 1IV0A 4CJKA 4CF0A 1DKGD 1ZBLA 3HVRA 4CFDA 3U9DA 1A5VA 2HHQA 2P9UA 2IS3A 4FWMA 4DMNA 1JJ2M 4DFPA 5TKWA 1SUQA 4KB0A 3DXMA 2HHHK 3CPWM 3HVTA 1BIZA 3K5NA 3LP1A 2QWOA 4J8FA 4FJIA 4OX9K 2O8EB 3KLFA 5E26A 4F2RA 5M1OA 4OLBA 3AGKA 3KHYA 2W6LA 2D5RA 2G8KA 1MU2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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