The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| source organism |
Thermus thermophilus hb8
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| publication title |
Large-Scale Movements of IF3 and tRNA during Bacterial Translation Initiation.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
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| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-08-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1N36 K; 5IWA K; 4DUY K; 1XMO K; 4CVN E; 1I94 K; 4JI3 K; 1N32 K; 4B3R K; 3J7Y P; 4AQY K; 2UXC K; 2HHH K; 4DV4 K; 4JI8 K; 1HR0 K; 5FLX O; 4LF9 K; 1XMQ K; 5LMN K; 2UU9 K; 4B3T K; 4GKJ K; 4YY3 K; 4DUZ K; 2UUB K; 3T1H K; 4DV7 K; 3J7A P; 4DR5 K; 4LFA K; 2VQF K; 4DV0 K; 2VQE K; 1IBL K; 4OX9 K; 4YHH K; 4JI2 K; 2ZM6 K; 4JI7 K; 4NXN K; 4CW7 B; 4DV3 K; 4DV5 K; 4K0K K; 4B3S K; 3J81 O; 1J5E K; 4V19 S; 5A2Q O; 4LF4 K; 3JAM O; 4LF6 K; 4LF8 K; 4DV1 K; 1HNW K; 4X62 K; 4JYA K; 4DR4 K; 5LL6 Z; 4X65 K; 5LMU K; 4KHP K; 1XNQ K; 1HNX K; 2UUA K; 4DR6 K; 2UXB K; 2UUC K; 4JI6 K; 4X66 K; 1FJG K; 4DR7 K; 4LF5 K; 2UXD K; 2F4V K; 3T1Y K; 1IBM K; 4DR3 K; 4NXM K; 5BR8 K; 4GKK K; 4DR2 K; 4B3M K; 1IBK K; 1N33 K; 2E5L K; 5AJ3 K; 5IT9 O; 3OTO K; 4JI0 K; 4JV5 K; 4LFC K; 4JI5 K; 4DR1 K; 4DV2 K; 4DV6 K; 1N34 K; 4LFB K; 4JI4 K; 3J80 O; 1HNZ K; 1XNR K; 4JI1 K; 4LF7 K; 4X64 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4E19 A; 4AHC A; 2HBJ A; 3DJC A; 3MWP A; 4FZZ A; 4CK2 A; 1S9E A; 4QCL A; 4CVN E; 4B9U A; 1JCG A; 4OGC A; 3K58 A; 4A5B A; 4CZJ A; 3SAF A; 4RW7 A; 1RT1 A; 4Z4F A; 2G8U A; 3MN7 A; 2F8S A; 1Z05 A; 1ZYQ A; 3DLB A; 3VQD A; 5F1X A; 4FWM A; 3TAG A; 2D4W A; 4CK3 A; 5HRN A; 4B8C A; 1RT4 A; 3NGY A; 3U9Z A; 3VQ5 A; 1VQK N; 4C8L A; 4CF8 A; 4DTR A; 4FLZ A; 3O9R A; 4YNQ A; 1OKJ A; 1QVF M; 3C65 A; 3I0R A; 4DV0 K; 1RNH A; 1VSM A; 1BIZ A; 3U8X A; 4FYD A; 4IKF A; 3L2R A; 5CR4 A; 5AQP A; 3K0S A; 1NGF A; 3SMP A; 4A2A A; 2JWL A; 5CY4 A; 3J81 O; 1K9M O; 2WTU A; 2FSJ A; 2HHW A; 3SUN A; 3S9H A; 4IDH A; 2ZE2 A; 4GY2 B; 4B9M A; 4JKB A; 1NJI O; 4B1Z A; 2BTF A; 1VK0 A; 3EN9 A; 2O8E A; 3K5M A; 1QQN A; 2YKN A; 4CZM A; 1VSJ A; 4A61 A; 1NOY A; 1ZBF A; 2LSN A; 2XHB A; 4KHU A; 4A2B A; 2KFZ A; 1P8Z A; 5BRD A; 3RMB A; 3AO1 A; 4CIE A; 3TSP A; 1BQM A; 2IAJ A; 4B1U B; 4CJ4 A; 1BG3 A; 2HST A; 5BR8 K; 5JVH L; 1LW2 A; 2PYL A; 1TK8 A; 4CJR A; 2HW3 A; 4RWT A; 3ZT2 A; 1Z25 A; 3T19 A; 3W3D A; 4BRE A; 3KLH A; 4E1J A; 4FLU A; 4MQ3 A; 1ZBI A; 3PIO L; 1G99 A; 3V1R A; 3H1V X; 3NF8 A; 3J7Z O; 3VMF B; 3THX B; 2OPR A; 1C1C A; 4LFB K; 4JAX A; 3ZX3 A; 4KTZ A; 1C1B A; 3MMV A; 3SAG A; 3HL8 A; 4B1Y B; 3GDQ A; 2E1Z A; 3FR0 A; 3WNG A; 1XI1 A; 1JXE A; 1I94 K; 4WE1 A; 3ZET B; 1N6Q A; 4ELT A; 3OY9 A; 5ADX H; 1J5O A; 1RT5 A; 3MEE A; 2EX3 A; 3C94 A; 1TUU A; 3CCE N; 1IG8 A; 3FZF A; 3CFR A; 4MO4 A; 1MWK A; 1SKR A; 4JKH A; 5LMN K; 3OYF A; 4YY3 K; 4IG3 A; 1VSL A; 1WB9 A; 3U6F A; 3DLE A; 3MWT A; 3LWL A; 2V52 B; 2RKI A; 5HOO A; 3SYZ A; 4XEI A; 1BL3 A; 4FM1 A; 1TKT A; 1KSP A; 3AGK A; 1SZ2 A; 3LP3 A; 3NH0 A; 3DI6 A; 1R0A A; 3LWM A; 1BI4 A; 3KKR A; 1WLJ A; 1E4G T; 4JKF A; 3OYJ A; 4CFC A; 1KVC A; 3PUF A; 2O8F A; 3HXM A; 1DTQ A; 5DK5 A; 1QS4 A; 4CIG A; 1OH8 A; 4CJP A; 4RW6 A; 2E20 A; 2QWQ A; 3AO2 A; 4H5N A; 2X6N A; 4WFB L; 3SQ0 A; 1QZ6 A; 3PIP L; 1NKE A; 1VSI A; 3RMC A; 2RN2 A; 3R1X A; 2YHB A; 1ITG A; 3THW A; 2G8W A; 3LAK A; 1VSF A; 4CFA A; 5C24 A; 4IO9 L; 4M42 A; 1V4S A; 5C15 A; 1LWE A; 3VES A; 3MEC A; 3E9O A; 1S22 A; 2FXU A; 4DSI A; 1HQE A; 4CD1 A; 1HYZ A; 3KK1 A; 4CJ5 A; 4WQ5 C; 2F7T A; 1O13 A; 2YJE A; 3AVA A; 3UKR B; 5BPM A; 4KI6 A; 2CGK A; 3L8B A; 3A2F A; 4B9Q A; 3QML A; 3WQU A; 4KRE A; 4DV2 K; 1C0U A; 3QNN A; 4CGH A; 4FJI A; 4KI4 A; 2IDO A; 2PZS A; 5C10 A; 1KAY A; 4KTW A; 3P5J A; 3O1W A; 3QIO A; 3AAQ A; 3V1Q A; 3KK3 A; 4ELU A; 4CEO A; 4O5F A; 3CCU N; 4FZX C; 4JD2 B; 5AQT A; 2NRV A; 4CJL A; 4FK0 A; 4E7K A; 4RCH A; 4BVP A; 3VQE A; 1IJJ A; 4IBN A; 1T03 A; 1Z6R A; 4BRN A; 3AVF A; 3P1G A; 2UU9 K; 4KHS A; 5AQR A; 4KRF A; 3DXK B; 1GLL O; 3V4I A; 5FPN A; 4I6M B; 2VQF K; 1SUQ A; 1R59 O; 4ID1 A; 2Y1I A; 1LV5 A; 4H4M A; 4DTX A; 1S1U A; 3VA3 A; 4YOU A; 2Q31 A; 3QET A; 3K9J A; 3KLF A; 5C2F A; 4DV5 K; 2WOM A; 5H1S Q; 1JLC A; 5M1Q A; 4BC4 A; 4M7X A; 2QKB A; 1G15 A; 1RTH A; 1JL1 A; 2IGI A; 3LDS A; 1OH7 A; 3TWH A; 4CJK A; 5MLC Q; 5BRF A; 1NKB A; 4J2D A; 1VQM N; 3Q7B A; 3RMA A; 4OJR A; 5E41 A; 3CC7 N; 3K5N A; 1SAZ A; 2W40 A; 5D3G A; 4F4K A; 1OVY A; 3F5T A; 3P4I A; 4BRL A; 2FBY A; 3V9U A; 5KPT A; 1MDU B; 4BR7 A; 3SCX A; 4Z4E A; 3HST B; 5KI6 A; 1ATN A; 3EEQ A; 3A5M C; 3C7N B; 2XRI A; 5BPL A; 4NCA A; 5TKW A; 2YNH A; 3OTO K; 4BE0 A; 5C25 A; 5CHI A; 3Q7C A; 4C8N A; 1VQ9 N; 3CCQ N; 3KIO A; 2QK9 A; 3SPZ A; 3FZL A; 3HSC A; 3SQ1 A; 1QHT A; 4CJ3 A; 4CFD A; 4HHT A; 3CQY A; 3U3Y A; 1D9D A; 1DGK N; 1XWL A; 1NNE A; 3F2K A; 4B1X B; 1SL0 A; 3PO4 A; 2UYT A; 3VF6 A; 4DQI A; 1EO1 A; 4JK8 A; 3IDH A; 2QEX N; 1EXQ A; 2HBK A; 1NLV A; 1QQC A; 3SJJ A; 4EP5 A; 5BPN A; 4HUE A; 3TAR A; 3L0Q A; 5KQD A; 4N56 A; 3CCS N; 1VQ4 N; 1W9H A; 4U67 L; 4BRP A; 3UKU B; 2X78 A; 1XMQ K; 1NU0 A; 4B3T K; 4M3X A; 2ASO A; 3OW2 M; 2FSK A; 1C0F A; 2GUI A; 3VQ8 A; 4JS5 A; 4L3Q A; 4MDB A; 1TVR A; 4RG8 A; 4H0P A; 3CMA N; 4K41 A; 3SQ4 A; 4DMN A; 3RWU A; 4FJL A; 2BAN A; 5ELZ A; 4E0D A; 2ZM6 K; 2Q36 A; 1JLA A; 4DV3 K; 4L8R B; 3HOT A; 3ENB A; 1QTM A; 5AQG A; 4K0K K; 2Z1I A; 4OPK A; 1UOC A; 1KFS A; 2OZS A; 3S41 A; 2GWK A; 3JAM O; 1UA1 A; 2D0A A; 4DV1 K; 2Q97 A; 3LP1 A; 3ZT4 A; 1NM1 A; 3G25 A; 3THX A; 2XY7 A; 3CIP A; 4YOV A; 1UWB A; 1RT2 A; 4CJF A; 1TK0 A; 4Z4G A; 1IKX A; 4PHT X; 1QSY A; 4WQ4 C; 4DQP A; 4O5B A; 3QEV A; 4J8F A; 4EZ9 A; 4DTN A; 4GV3 A; 1EWR A; 5GIP A; 4DSE A; 1U4B A; 1YT3 A; 4CJQ A; 1K73 O; 3ZET A; 4CGJ A; 3VET A; 1BDG A; 2JWK A; 3ALY A; 1HRH A; 3EKU A; 3V9S A; 3AA4 A; 4GKK K; 5AQH A; 4CJT A; 1KFD A; 3AY9 A; 2NRW A; 2OTJ N; 4BRA A; 3QIN A; 2OTL N; 4M3W A; 1QZ5 A; 4OO1 J; 4FW1 A; 1B92 A; 1XNR K; 3O80 A; 4IFE A; 4CBX A; 4CF0 A; 5LJV A; 4E7L A; 3LAN A; 2NRH A; 2WC9 A; 4GV9 A; 4DWI A; 2P5G A; 1RBT A; 1KTQ A; 3DRS A; 3JSM A; 3OYD A; 4PKH A; 4E7H A; 2HHH K; 4M3Y A; 2E6M A; 3FLC O; 3P39 A; 3WXK A; 4KH6 A; 1WSJ A; 3NVK A; 1J6Z A; 3LM9 A; 4FJX A; 4B08 A; 3HM8 A; 1NG9 A; 4BWJ A; 1KXP A; 3A5L C; 2OA8 A; 3MXI A; 1HPZ A; 3T1H K; 4CEZ A; 3H3N O; 4LD0 A; 4BRH A; 4JLH A; 4EZ6 A; 1L5U A; 2OPS A; 3O5B A; 3A8Y A; 3HP6 A; 3ASM A; 1S6Q A; 4CED A; 4ELV A; 2E6L A; 2FF6 A; 3AGR A; 1W97 L; 2VWB A; 1C0T A; 2CGJ A; 2IS3 A; 4DSF A; 4NO7 A; 4HVJ A; 4CHN A; 2CH6 A; 3WXI A; 4LSN A; 3VGK A; 3E66 A; 4FJM A; 1RTD A; 2HHU A; 4C8K A; 1S1X A; 1I3A A; 1FXX A; 5J1E A; 1HMV A; 4WCE L; 4E7J A; 1ASU A; 1NKC A; 3BP8 A; 5TKY A; 4BRI A; 3UKR A; 3SV3 A; 3TTD A; 4CGG A; 3VEN A; 3V1O A; 3TTC A; 3NMU A; 1D8Y A; 1EX4 A; 1VQ6 N; 4KV8 A; 5AQS A; 3MX5 A; 1VSE A; 4R5P A; 2HHS A; 5GIO A; 1HUX A; 3OA9 A; 2HB5 A; 1SS6 A; 1ATR A; 1IBM K; 3EY1 A; 4JD2 A; 4CES A; 3AVK A; 3WNH A; 4J2E A; 4O8U A; 3AVJ A; 4CF2 A; 2D0C A; 2VGM A; 1WAJ A; 3NF6 A; 4IJN A; 4RW8 A; 3ULD A; 2E5L K; 3C0B A; 2RE2 A; 1VAZ A; 1WUA A; 2WON A; 4F3T A; 3HM9 A; 3ZLJ A; 4BR0 A; 4OLB A; 2ZQB A; 4JV5 K; 1BO5 O; 3WUH A; 3QB0 A; 3PY8 A; 1HPM A; 3DXK A; 4I6M A; 1BA0 A; 3I56 N; 5AQQ A; 1SKW A; 5HRR A; 1M90 O; 1DLO A; 4CE9 A; 2AA4 A; 3ATV A; 4UY8 O; 2P9P A; 4EAH D; 3TAF A; 4CGI A; 1Q82 O; 2DPN A; 4YFU A; 1WSF A; 3IRX A; 3CCM N; 2Y1J A; 4FO0 A; 4WYB A; 3RSE B; 4DTS A; 4LH4 A; 3AVB A; 3SZ2 A; 1GLB G; 1NGC A; 4DUZ K; 4KFB A; 4Y1C A; 1BWF O; 1J9A A; 4ZHR A; 3TAQ A; 4BRQ A; 3U9D A; 2Q2R A; 2YI1 A; 3VTH A; 4FLT A; 1Z26 A; 3M6G A; 4CBW A; 5CE3 A; 3H45 C; 1HKB A; 1YJN N; 4O55 A; 3QNO A; 3U3G A; 3GL1 A; 3VF2 A; 3C7N A; 5KPZ A; 3OYE A; 3C95 A; 2YCH A; 5DM7 L; 5BR9 A; 1KD1 O; 3CG7 A; 2GTD A; 3TPQ A; 2ZGZ A; 1BA1 A; 2KLA A; 1DT9 A; 4C23 A; 3IAY A; 1HNV A; 2VWK A; 1YHQ N; 3D2F B; 3CCJ N; 1RDA A; 2GEM A; 2XY6 A; 3AO5 A; 4AHV A; 2OZM A; 2A5X A; 3L3V A; 1TV6 A; 4WQ4 A; 3O3G A; 3O9S A; 1TAU A; 4FWK A; 3CCV N; 4EP4 A; 3TTF A; 4KB0 A; 1QHA A; 2PY5 A; 4GNI A; 1E3M A; 5B8H A; 3QEW A; 3FE1 A; 4U7B A; 3K57 A; 4EHU A; 3CHW A; 3BEX A; 2OAN A; 3SLC A; 4FJH A; 2HMP A; 4NLB A; 1TKX A; 4E7I A; 2P9L B; 4NYN A; 4G9Z A; 1TL3 A; 2Z1H A; 5BRE A; 4OPH A; 4DR2 K; 1EQY A; 3CER A; 1SL1 A; 2P5O A; 2QI2 A; 1IG9 A; 5IT9 O; 1TGO A; 4FW2 A; 2X74 A; 3UKU A; 4QAG A; 4B9L A; 4JI5 K; 3QDK A; 4JI4 K; 3VQB A; 5E26 A; 3ZT1 A; 3ZCM A; 5J2N A; 3RMD A; 3EE8 A; 3EZ5 A; 3HJF A; 3MED A; 5ADX A; 4DF8 A; 2GV9 A; 4OPA A; 3OS2 A; 1WBD A; 1HKG A; 4JI3 K; 3CD6 N; 1YIJ N; 1RT7 A; 3CM5 A; 4C8M A; 3BF3 A; 2QWL A; 2FF3 B; 3KJV A; 4FCY A; 3ZSW A; 1JJ2 M; 3CXC M; 3B6O A; 5KRT A; 3NF9 A; 3MN6 A; 4ISF A; 5JLF A; 1X1P A; 2A42 A; 4FJN A; 4F8R A; 2NRX A; 2NRZ A; 1BCO A; 4ILG B; 2E2Q A; 3OYB A; 4H8K A; 1S1T A; 1SQK A; 4CJV A; 1VRT A; 1U47 A; 4RTF D; 3PX0 A; 3QBX A; 4CEC A; 4YDU C; 2HHV A; 1WSI A; 3NH2 A; 4CHZ A; 2V51 B; 4J2B A; 4W5O A; 4F3O A; 2E1Y A; 1VSD A; 4BG9 A; 4LY7 A; 3S3N A; 4JYA K; 3WXM B; 1REV A; 1MA9 B; 3RR8 A; 3FFI A; 1IO2 A; 4FOI A; 4I7F A; 4RW9 A; 1SV5 A; 3OVN A; 4FWP A; 2YNG A; 3ZT3 A; 3IG1 A; 4AIL C; 2ETJ A; 2P9I B; 3FFK B; 1VQ7 N; 3L2U A; 1JLG A; 2QXF A; 5KTQ A; 2Q1N A; 4AHR A; 3T7Z A; 2HHT A; 1WNS A; 3ZSR A; 4CEQ A; 5SWM A; 4M3Z A; 4WFA L; 4B3M K; 1IBK K; 3THV A; 1JLQ A; 2QWP A; 2IVP A; 1D9F A; 3HPH A; 3PV8 A; 3CCR N; 1TKD A; 3A5O C; 3VGL A; 5K14 A; 3M5R A; 5KRS A; 3KK7 A; 2B5J A; 4QS7 A; 3DMJ A; 3F9K A; 2W42 A; 2O8C B; 3LL3 A; 3D6R A; 1HNZ K; 3O9T A; 2HNZ A; 1EP4 A; 4N47 A; 4LF7 K; 3SAH A; 3QEX A; 3O9Q A; 1YJW N; 1VHX A; 2ZWH A; 5AR0 A; 2DFF A; 2F96 A; 2NZT A; 1FW6 A; 2OYQ A; 1N32 K; 1NJW A; 3EYZ A; 4BC2 A; 2A41 A; 3NGZ A; 4CI6 A; 3NGI A; 2Q0R A; 3KD1 E; 1GOA A; 4FOE A; 1L3S A; 1RDD A; 1SKS A; 3D0P A; 1C6V A; 3C6H A; 3O4N A; 4JHD B; 1C0M A; 3WXJ A; 4K25 A; 3L6Q A; 3ZT0 A; 4CGD A; 5AQY A; 1JCF A; 1NK9 A; 4O8K A; 2XO7 A; 1W0H A; 3CFP A; 3M1F A; 4BWM A; 4FL9 A; 3M8R A; 3M3Z A; 2VQE K; 4NCG A; 3HOS A; 3ITH A; 4OX9 K; 2RPI A; 2G8V A; 5T7B A; 2HNY A; 2QTD A; 3UB5 A; 1GLC G; 4F2R A; 4H0V B; 3PX6 A; 2HBL A; 1YTA A; 3EL2 A; 2GBZ A; 5AQZ A; 3VQ9 A; 2GEL A; 3A0I X; 1BHL A; 1QVG M; 4H5W A; 3WT0 A; 3HPO A; 1LAV A; 2F9W A; 3FZH A; 5KPR A; 5LL6 Z; 3V81 A; 4R79 A; 4BQZ A; 2ZJQ L; 4IG0 A; 4N76 A; 1B9F A; 1ASV A; 1TKZ A; 3O4Q A; 2YHA A; 3H08 A; 4ID5 A; 4CK1 A; 4Z4I A; 3CPW M; 3MK6 A; 1CZ9 A; 4OKE A; 3T1Y K; 5CZ1 A; 2P9P B; 5KGX A; 3MEG A; 4CZF A; 3P31 A; 4CHO A; 3KK2 A; 1YAG A; 1J54 A; 1JCE A; 4ISE A; 4GVE A; 3RSE A; 1U45 A; 2VGN A; 2J4R A; 1YVN A; 3PO5 A; 4TSX A; 5J2Q A; 2W6K A; 1NGG A; 1N36 K; 4FJ7 A; 2FBT A; 2VG5 A; 1YUW A; 1XMO K; 1M1K O; 3RRG A; 3CFO A; 3LPT A; 3HZ6 A; 4FJK A; 3KLG A; 2P9S B; 4B3R K; 2ASP A; 3F9M A; 1EWQ A; 4CJU A; 4M41 A; 4FLX A; 2BH1 A; 1S6P A; 3DLG A; 1RTI A; 1S5J A; 3AA3 A; 3D2F A; 4PY5 A; 2B6A A; 4GKJ K; 2UUB K; 3N4Q A; 1NWK A; 1QQO A; 3VPZ A; 5M1P A; 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