The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Large-Scale Movements of IF3 and tRNA during Bacterial Translation Initiation.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| source organism |
Thermus thermophilus hb8
|
| molecule keywords |
16S ribosomal RNA
|
| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-08-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HHH K; 4DV4 K; 4B3M K; 4KHP K; 3JAM O; 4JI7 K; 4X64 K; 4DV7 K; 4DV1 K; 4V19 S; 4DV3 K; 4NXM K; 4X62 K; 4JI4 K; 4X65 K; 4DUY K; 4CVN E; 3J80 O; 4LF8 K; 1XNQ K; 4DV6 K; 4DR1 K; 4B3R K; 4X66 K; 4LF6 K; 4GKJ K; 3J7Y P; 4B3S K; 5LMN K; 2UUA K; 3J81 O; 2VQF K; 2UXC K; 1XMO K; 2UXD K; 4JI0 K; 4DV0 K; 4DR5 K; 3T1H K; 2UU9 K; 1XNR K; 1HNZ K; 4DR4 K; 4JI5 K; 2UXB K; 2E5L K; 4JI1 K; 4DV5 K; 4LF4 K; 5IWA K; 5AJ3 K; 4JI6 K; 1IBL K; 4JI8 K; 1J5E K; 2UUC K; 2ZM6 K; 3T1Y K; 4LF5 K; 4DR7 K; 1I94 K; 4JI2 K; 1N36 K; 1FJG K; 4DR3 K; 1N34 K; 4LF9 K; 4AQY K; 4LFC K; 4JV5 K; 5A2Q O; 4YHH K; 5LL6 Z; 4LFB K; 2UUB K; 4JI3 K; 4YY3 K; 4LFA K; 4JYA K; 4GKK K; 4DV2 K; 4DUZ K; 4B3T K; 4NXN K; 2F4V K; 4LF7 K; 1HNW K; 4DR6 K; 1N33 K; 4DR2 K; 1N32 K; 4CW7 B; 1HR0 K; 1IBK K; 2VQE K; 4K0K K; 5IT9 O; 5BR8 K; 5LMU K; 1IBM K; 4OX9 K; 1HNX K; 5FLX O; 1XMQ K; 3OTO K; 3J7A P; #chains in the Genus database with same CATH topology 4E3S A; 4XIU A; 1C0F A; 3K5O A; 4IEI A; 2YV0 X; 4CEZ A; 4FWN A; 1Z25 A; 3LP0 A; 3VER A; 4CGI A; 4JD2 A; 5GAH P; 1VSE A; 4DFK A; 3S3O A; 1LOT B; 2D4W A; 5F2R A; 3J80 O; 4FJJ A; 4RW4 A; 3SJJ A; 4BC2 A; 1VSJ A; 1JLG A; 1DGK N; 4CZF A; 3ISN C; 3PSI A; 1NGG A; 4CZE A; 4Z4C A; 1T05 A; 3V9X A; 1FK9 A; 2BUP A; 4QCL A; 4J2B A; 4JKE A; 2VWK A; 1KQS M; 5AQX A; 1XMO K; 1BO5 O; 3OBW A; 3PX6 A; 1B9F A; 4FJ8 A; 4JKF A; 4KO0 A; 1IKY A; 3VTH A; 3R6M A; 5EX5 A; 2OTL N; 5M1Q A; 3THX A; 2O8E A; 1QHA A; 4KHQ A; 4JI6 K; 2W6L A; 4WF9 L; 3MK6 A; 1YAG A; 2ZM6 K; 1GOC A; 2FBY A; 1NKE A; 3CG7 A; 5HOO A; 1FXX A; 4WFB L; 3DLB A; 3O9U A; 3M3Z A; 1LW2 A; 3IKM A; 5BPN A; 3PLA A; 3DRS A; 5JLF A; 2HB5 A; 4MQ3 A; 1GLD G; 1K8A O; 5FRN A; 4C23 A; 4JEP A; 2HBK A; 4FOI A; 3HK2 A; 3VEX A; 2P5O A; 1NOZ A; 3ZT0 A; 3TTF A; 4ILH A; 1RTJ A; 3QIC A; 4DHY A; 2Q2R A; 1OH6 A; 2F4V K; 1TUY A; 3RRH A; 3MMV A; 4CK1 A; 3DMJ A; 4CIE A; 2KHO A; 3LDL A; 4Z94 A; 3QEV A; 4M3R A; 3HM8 A; 5AR0 A; 3ZSX A; 1HR0 K; 3SPY A; 4YOU A; 2PAV A; 3L6Q A; 3WXJ A; 4EZ9 A; 1HJR A; 3R3L A; 1TAU A; 1OVQ A; 3WEE A; 4HUE A; 4J2D A; 5C10 A; 3J7A P; 3VQ5 A; 1KLN A; 3SAF A; 3ZET A; 2YHX A; 4ILJ A; 3ZLJ A; 3NVM A; 3LAK A; 4A62 A; 3CYM A; 3O9R A; 1RT4 A; 3AVH A; 3C65 A; 2ZD1 A; 3CIP A; 5AQZ A; 1K8K A; 4FZY A; 1SL2 A; 1ASU A; 3LM9 A; 4FWM A; 4JKG A; 2OPS A; 1VK0 A; 4LF8 K; 3PSF A; 4PKH A; 3ULE B; 2O8F B; 2OTJ N; 3CHW A; 4E7L A; 4Z4F A; 1HYS A; 2UUA K; 4C8N A; 3M8Q A; 2FF6 A; 1NM1 A; 4BE0 A; 3SQ0 A; 1U49 A; 3BEX A; 4GNI A; 2Z1J A; 2OZM A; 1TV6 A; 2UXD K; 1HUX A; 3EEQ A; 3MCP A; 3QBX A; 1VQ4 N; 2YHA A; 4DSJ A; 4EAH D; 5AQV A; 3LWL A; 3S3M A; 4NLB A; 4DSF A; 2E8A A; 5BRF A; 2D0B A; 2P9P A; 1ATR A; 2O4G A; 3ZSQ A; 2G8H A; 5D3G A; 1V4T A; 4J2A A; 3CCS N; 3VMF B; 2KTQ A; 3KKR A; 1TAQ A; 4YHH K; 4KTZ A; 3VQ7 A; 1X9M A; 3TAG A; 3KJV A; 1QTM A; 1KVB A; 2UUB K; 1G15 A; 4Z4E A; 1BQN A; 1RBR A; 4GKK K; 1W0H A; 4OKK A; 4PQU A; 4F9O A; 3AVF A; 3CJ1 A; 3SPZ A; 2NZT A; 1T3V A; 5C12 A; 3SAH A; 1W7A A; 3DRR A; 4CZH A; 2D5R A; 4BRP A; 4RW8 A; 1DEJ A; 2PYJ A; 3SNN A; 3ZT3 A; 2CGL A; 4HUF A; 2P9U A; 3E1Y A; 3HVR A; 2NRW A; 2ASO A; 2O8C B; 5AQP A; 4OPK A; 4OVL A; 2VCP A; 3C94 A; 4JI7 K; 2BDP A; 4AHS A; 1WSF A; 2Q3S A; 4GV3 A; 3AVK A; 1VSI A; 3AO1 A; 1HYZ A; 4KHN A; 4KBO A; 3UB5 A; 1VSL A; 2HND A; 4I7F A; 3VQ4 A; 5HLF A; 4KI6 A; 1FW6 A; 3VES A; 2HMP A; 3DLE A; 4FXD A; 4X66 K; 1JLC A; 2PYL A; 3P31 A; 4DQP A; 1BCM A; 3KLF A; 2A3Z A; 1LAV A; 3CCL N; 4BDY A; 1X3N A; 4DF8 A; 3CCE N; 4ISE A; 5FRO A; 4BC3 A; 4M7Y A; 4B9U A; 3DLG A; 1TGO A; 5AQQ A; 4B1Z A; 4FK4 A; 2YJE A; 5LJV A; 4IZ9 A; 1EXQ A; 3EE8 A; 3AAQ A; 1XHZ A; 3BZC A; 3VEV A; 1HNV A; 4BRD A; 4FWO A; 3R9P A; 1EP4 A; 4DMN A; 5GAD P; 3C0B A; 3HP6 A; 3I0R A; 3CJC A; 3TAN A; 1NGD A; 1QQN A; 1X3M A; 3CF5 L; 2G8I A; 3OYA A; 4FK0 A; 3ITH A; 2NRV A; 4IEE A; 1X9W A; 3C7N A; 1NK4 A; 2QWP A; 1C0M A; 3QIN A; 4AHC A; 4KRE A; 2E6M A; 1BIS A; 3ASM A; 4MO4 A; 4CJF A; 4Z4H A; 4IXC A; 5KTQ A; 4BY9 C; 1Q9X A; 4IG0 A; 1XC3 A; 1VQ5 N; 4EIA A; 5LY3 A; 4LD0 A; 2YNI A; 1KAZ A; 3V1R A; 3C6A A; 3A2F A; 2WBN A; 5JVG L; 1IBK K; 3WNF A; 3J7Z O; 3UKR B; 2VG7 A; 4FLT A; 2IOC A; 5DMR A; 3SCX A; 2E6L A; 4B3M K; 3Q7B A; 3VQE A; 3AO2 A; 3AAP A; 3J8A A; 1ZBI A; 1RBV A; 3L4Q A; 5B8H A; 2KKZ A; 3MCA B; 3U8X A; 1S1W A; 1W2B M; 3IDH A; 4H5T A; 4FYD A; 1EWQ A; 5KGX A; 3A5O C; 3VEY A; 5F1X A; 1S22 A; 3I8D A; 3FZL A; 1JXB A; 2FBX A; 4CZM A; 2W40 A; 4CBX A; 3GG4 A; 1U4B A; 5JVH L; 4B9L A; 4FM2 A; 4M3Z A; 2P9N A; 1T6C A; 2IS3 A; 1GLF O; 1N5Y A; 3SUQ A; 5AQT A; 3RSE B; 2HNZ A; 2A5X A; 2W6K A; 4GY2 B; 2ATQ A; 1B9D A; 1NGE A; 4W5O A; 4JI0 K; 1BA0 A; 4W5T A; 4E1J A; 3ZT2 A; 4FW1 A; 3C6U A; 5E26 A; 4YNQ A; 4PA1 A; 5EVZ A; 2XRI A; 3TAP A; 4JN4 A; 3O1B A; 3WXL A; 4BRH A; 3OS2 A; 4A57 A; 4CEC A; 4IFV A; 1I39 A; 4JI1 K; 3C95 A; 3QO9 A; 1UA1 A; 1QVG M; 1O13 A; 2NRH A; 1NJX A; 4CF2 A; 4CK3 A; 2QXL A; 3VQQ A; 4E89 A; 3SZ2 A; 4DR3 K; 4KHS A; 5A2Q O; 3K59 A; 5AQJ A; 1NGI A; 1RT6 A; 3ZSW A; 4FPA A; 3LDO A; 3TU5 A; 3LL3 A; 4RG8 A; 4DU3 A; 2P9K B; 4DU4 A; 1BDG A; 3CJ9 A; 4JI3 K; 4WQ4 A; 1FKO A; 4M3W A; 5AZI B; 2B4J A; 4IOX A; 4H0P A; 3QFP A; 1QS4 A; 2D0P A; 4NXN K; 4C8K A; 1MWM A; 1RCH A; 1JLF A; 1YI2 N; 1BG3 A; 2QWM A; 3CER A; 1NK8 A; 4JS5 A; 2HW3 A; 5AZJ A; 5HRP A; 4DS4 A; 5AFU H; 3LAM A; 4K0K K; 4DSK A; 3CCQ N; 5FPM A; 4OX9 K; 1XMQ K; 3NVK A; 5GAE P; 4NCA A; 4B9V A; 4KHP K; 2QA4 N; 3HL8 A; 3SMS A; 4B9T A; 3KHY A; 1KC8 O; 5BRE A; 2OA8 A; 4BDP A; 2XY6 A; 4FJN A; 2FC0 A; 2J4R A; 1BIU A; 4HCC A; 3ENH A; 3TSQ A; 4M7X A; 5TKY A; 4CJW A; 3O3G A; 1Q9Y A; 1U2V B; 3THY B; 2GUI A; 1JL1 A; 5JIC A; 1XI1 A; 3HOT A; 2VYP A; 4E19 A; 3KK7 A; 2QEX N; 1YIJ N; 4CGF A; 5BRD A; 2ZE2 A; 3A0I X; 3ZT1 A; 4LF6 K; 2HHS A; 2NNW A; 1ASV A; 2ASP A; 1S5J A; 1U47 A; 1LAW A; 1TK5 A; 3PX4 A; 3LZI A; 5J2Q A; 3QNN A; 3DYA A; 4BVO A; 4BRF A; 1BQM A; 4CHQ A; 4IG3 A; 1C0U A; 2RF2 A; 2CH6 A; 2VWB A; 1WAJ A; 3QBW A; 3HPO A; 3KKS A; 4JRP A; 3M8P A; 3L2Q A; 1SKS A; 1IKW A; 4CJP A; 4OO1 J; 3DI6 A; 1IKX A; 3A5L C; 1ZBU A; 2P9S B; 1RT5 A; 2VG5 A; 4M63 C; 5AJ3 K; 1N8R O; 1JLQ A; 3LM2 A; 5ELZ A; 5KRS A; 1VRT A; 3QET A; 4KV8 A; 3DXM A; 2QWR A; 4NCG A; 2G8F A; 4JS4 A; 1XHX A; 2NRT A; 1YVU A; 3M1F A; 1RTD A; 1QHT A; 3LDS A; 1WLJ A; 3AVM A; 4Z0U A; 2VGM A; 4BRG A; 1RDD A; 1W9H A; 2WOM A; 3DXK B; 3LDQ A; 3RMD A; 1CZ9 A; 4PKG A; 1JJ2 M; 1JCG A; 4BDZ A; 1NK0 A; 3ENB A; 3H45 C; 4ISG A; 1WSI A; 3RR8 A; 3ZEU B; 1SKW A; 4CJ7 A; 5J1E A; 1QZ5 A; 3F5T A; 3THW A; 3H3O B; 4X64 K; 3NHG A; 3RTV A; 4DV4 K; 5AQY A; 3I8B A; 4PUO A; 3DM2 A; 1KCF A; 2ZJR L; 4DV7 K; 1GLC G; 4DV1 K; 1HRH A; 3CJA A; 4DFP A; 1JCF A; 3F2K A; 2AJQ A; 1SS6 A; 4FLZ A; 4DFM A; 3M8R A; 4KB0 A; 1OH8 A; 3VQ8 A; 1NBW A; 4CD3 A; 2P5G A; 1SUQ A; 4GV6 A; 3KK3 A; 5C0Y A; 1S9G A; 3CFO A; 4BGB A; 3SBG A; 4R79 A; 2F9T A; 3KLI A; 4K43 A; 4LSL A; 1JLE A; 3CI5 A; 1KFD A; 5C15 A; 3TAQ A; 3L2U A; 2P9I A; 1TK0 A; 3VET A; 3K57 A; 3ZSY A; 1HPM A; 2O8D A; 2IVP A; 3D45 A; 3VQ9 A; 1FKP A; 2FBT A; 4BRI A; 1YTU A; 2FLO A; 4MFB A; 4Y1C A; 1RT2 A; 3H1V X; 3T1H K; 1BIZ A; 4JKC A; 1NK5 A; 1WN7 A; 2Q0R A; 3CD6 N; 3ULE A; 2CGK A; 5HRN A; 3CET A; 2O8F A; 3W3D A; 1QQM A; 4DFJ A; 1TK8 A; 2RN2 A; 4FWQ A; 4FW2 A; 1NWK A; 4DSL A; 4H0Y B; 1GLB G; 1XUP O; 1ATN A; 1M1K O; 4K42 A; 4HWI A; 3KK1 A; 3MN5 A; 4LY7 A; 4CEB A; 2E1Z A; 4RW6 A; 4IFY A; 4FWR A; 2KLA A; 4KHW A; 3HYF A; 3O08 A; 1FJG K; 1D9D A; 1EET A; 3CCU N; 3CPE A; 2ETJ A; 3CCM N; 4UY8 O; 4YDU C; 2ZF5 O; 4LFB K; 1S1T A; 4G9Z A; 4RTF D; 4QS7 A; 4CHY A; 1L3V A; 3ZX0 A; 4BRK A; 4BVP A; 4FOE A; 4K8Z A; 4O4G A; 3AVG A; 4JHD B; 4CEA A; 4KI4 A; 1YXQ A; 4B3T K; 4EHU A; 3MN6 A; 4H0O A; 1UOC A; 4DR6 K; 3R1X A; 1N32 K; 4NYF A; 4W5Q A; 3EZ5 A; 1RDW X; 1EWR A; 4GMJ B; 3AVB A; 5I42 A; 2QKK A; 1JLA A; 4CZK A; 4Z4I A; 4A59 A; 3PV8 A; 3OTO K; 1RT1 A; 1HQE A; 4CED A; 3JS6 A; 3U4L A; 1RIL A; 4FL9 A; 1ZBF A; 1VHX A; 1E3M A; 4DTU A; 1NU0 A; 1V4S A; 3OHR A; 1QQC A; 4DV3 K; 5DM7 L; 1YJN N; 3RWU A; 1JXE A; 3V81 A; 1D8Y A; 2O8B A; 3WNH A; 2RPI A; 4IDH A; 1HNI A; 4ILG B; 4NB4 A; 1P90 A; 3SUP A; 1QSL A; 5C25 A; 4CJ3 A; 2HF3 A; 1TYQ A; 3P39 A; 2UXC K; 2GV9 A; 5KPT A; 4BGA A; 4CF9 A; 3NE6 A; 1VQO N; 3PO4 A; 3IG1 A; 3O3H A; 4BG8 A; 1XNR K; 1WB9 A; 2HBL A; 4IBN A; 3R8E A; 2RE2 A; 4L8R B; 4CI6 A; 4BQL A; 1Q82 O; 2QWN A; 2QXF A; 4OJR A; 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3D7E O; 4DU1 A; 2HHW A; 3MX5 A; 3NH0 A; 4N5S A; 4FLY A; 3IFR A; 2QW9 A; 1BWF O; 3ZSV A; 3THV A; 3P1G A; 4B1U B; 4XEI A; 1KVA A; 3OA9 A; 3D2E B; 2HST A; 1X9J A; 2F7T A; 4M41 A; 1OH7 A; 3CC2 N; 3KWI A; 3HVT A; 4CHZ A; 3WEE B; 5AQS A; 3RSE A; 3OYM A; 4LF4 K; 2HVI A; 2E4L A; 5E41 A; 4DTX A; 3T1A A; 5CHI A; 1MU2 A; 4DTO A; 3ZET B; 2KFZ A; 3M8S A; 1WSH A; 3N4P A; 4H0X B; 1KLM A; 3VEW A; 5J2M A; 1N36 K; 4LF9 K; 3FR0 A; 1SQK A; 3AVN A; 4Y1D A; 2OCE A; 1VQL N; 3K5N A; 1K8K B; 3U6F A; 1E4F T; 1JL2 A; 1JKH A; 4W5N A; 5CZ1 A; 1QQO A; 3VF4 A; 3TPQ A; 3O8M A; 4AM6 A; 5H1S Q; 3O4W A; 1BOT O; 3HBT A; 5AFU A; 2Z1G A; 3AO3 A; 3HZ6 A; 1Q81 O; 3O4N A; 1N33 K; 4DR2 K; 4FK2 A; 2IC3 A; 1HKB A; 4ZHR A; 1NMN A; 4DTN A; 1VSK A; 2W42 A; 1QSY A; 3OYF A; 1T6D A; 5IT9 O; 1LWF A; 3DOK A; 3F9K A; 3OS0 A; 1WBD A; 2HHQ A; 1J54 A; 1D9F A; 2HHX A; 3LPU A; 4CZJ A; 2IAJ A; 3UKU A; 3Q7C A; 1ZYQ A; 5KRT A; 4E7H A; 1SV5 A; 2WUS A; 1YJW N; 4BR2 A; 4V19 S; 2OPQ A; 4BR0 A; 4FJ7 A; 3L2R A; 3MX2 A; 4DUY K; 2DFH A; 3OYC A; 4HTL A; 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