5M1FA

Crystal structure of the large terminase nuclease from thermophilic phage g20c
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
187
structure length
186
Chain Sequence
MNSVFSGLDMLILLPYERRGTRLVVEDYRPDHIYCIGADFGKNQDYSVFSVLDLDTGAIACLERMNGATWSDQVARLKALSEDYGHAYVVADTWVGDAIAEELDAQGINYTPLPVKSSSVKEQLISNLALLMEKGQVAVPNDKTILDELRNFRYYRTASGNQVMRAYGRGHDDIVMSLALAYSQYE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Viral genome packaging terminase cleaves DNA using the canonical RuvC-like two-metal catalysis mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Phage terminase large subunit
molecule tags Viral protein
source organism Thermus phage g20c
total genus 61
structure length 186
sequence length 187
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-10-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF17289 Terminase_6C Terminase RNaseH-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.240 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5m1fA00
3C6HA 3CPEA 5C15A 5M1PA 5M1NA 4IFEA 4IDHA 4IEIA 5C2DA 5M1QA 5C10A 5C2FA 5M1FA 5M1KA 4IEEA 5M1OA 3C6AA 5C12A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TSXA 1RGIA 5BN9A 3P5JA 4CFDA 2UUBK 3KK7A 3SQ2A 1L3UA 2ZGYA 4ISEA 4AILC 3ZX3A 5KRTA 5AQIA 2IGIA 2YNIA 1HNZK 1KAYA 4KTQA 4DWIA 4LY7A 4NCAA 3KVGA 3O4QA 1ASUA 3G0ZA 2F8TA 2E2QA 2FF6A 3CFOA 4BR7A 4ISFA 4CGDA 2D1KA 2QWLA 2QWMA 2QWNA 3C6HA 3WNGA 2HMIA 4LSLA 1SKRA 2Z1GA 2Q36A 4X66K 2P1JA 4IO9L 4ELUA 3FR0A 3BDPA 4DV6K 3CCMN 2V51B 3E1YA 5LMUK 2XY7A 5AQSA 4FJKA 5LMNK 4B1VA 4DHYA 3TPQA 2JLEA 4LD0A 4Z4CA 4FJLA 1RBRA 2P9IB 4FVUA 1ITGA 5AQKA 1VSFA 4BR9A 1RDUA 1NGJA 5AJ3K 2O8FA 4J2BA 1H1VA 4W5QA 4K0KK 2NRTA 4X62K 4DTMA 3IKMA 3R8EA 4HUEA 3MXIA 3TTFA 4IEIA 4BROA 4CZKA 2QA4N 5GIPA 1SAZA 3KLHA 1EO1A 3VQ7A 1WAFA 1BISA 3LWLA 5M1NA 3WEEA 2O8EB 3EN9A 3QLHA 1XMOK 1J5OA 3WXLA 3AAPA 2ITGA 3MN7A 3ZETA 3WQTA 4AHTA 2BDPA 5EVZA 1EXQA 3DLRA 2WC9A 4B9MA 3AVNA 1S9EA 4CZFA 4IFYA 4DKWA 3HSTB 4QS7A 3ULEA 4BR2A 4DTNA 4IJNA 3D2EB 2FBYA 3ZSXA 3AVGA 2G8VA 1M90O 1VSKA 3EKSA 4B9SA 3MEGA 4CJ3A 3AVFA 4B1ZA 4NCBA 2YNGA 4DTXA 4NB4A 3M6GA 4FJGA 1EWQA 1GLBG 3TU5A 1KVBA 3QETA 4BRCA 4BVPA 3THXB 4FJHA 2E5LK 2UXDK 5HRNA 5DM6L 4DUYK 4FWNA 3NVMA 1TVRA 3FZMA 2ITMA 4BC3A 4LFCK 5HRSA 4IOAL 3LAKA 4EIAA 4I6MB 1JLCA 4MO5A 5M1QA 3HK2A 4K8ZA 4CEQA 3S3NA 2E4LA 4ZTFA 4MDAA 1N8RO 1RDCA 3PIOL 5KQDA 3ASMA 4HTLA 1P8ZA 3V1OA 4KH6A 3OTOK 2A5XA 1BWFO 3THYB 2QW9A 4FJMA 2PY5A 1BOTO 2UU9K 5HRPA 1RT2A 4WQ5A 1Q9YA 4EAHD 4HHTA 3VQ9A 1NOYA 4J2EA 4Y0WA 2HB5A 3D2FA 3TSUA 1VSLA 4JHDB 4GKKK 2XRIA 4OGEA 4DR6K 1VQON 3RWUA 3MWTA 3N4PA 5AQNA 2IC3A 1KCFA 3ATUA 1TYQB 3ALYA 3OYFA 4NYFA 1VQ8N 2F7TA 4FLUA 3EO3A 4BACA 3ZSOA 1WNSA 1CZBA 3AAQA 3D0PA 3SAHA 3HYFA 2PYJA 4N56A 5E84A 3QIPA 3OBYA 5KRSA 2X6NA 4E0DA 4CJVA 1KRPA 4CECA 4LFAK 4CIFA 3MCAB 1LWEA 3H46O 3VEVA 3HPHA 1GLFO 3LAMA 4NXMK 2P9PA 1SKSA 2PYLA 4H0PA 4EZ6A 1NK6A 4FWSA 4CF1A 4NYNA 4B9QA 1I94K 3HZ6A 2XY6A 1Q82O 2IIRA 4FJXA 1J5EK 4G9ZA 1VQLN 5HROA 5BN8A 2P9IA 1IH7A 3CFRA 4JI5K 4KKOA 5CZ1A 1HNWK 3CC2N 3AO4A 1NK9A 4OKKA 1W7AA 2OZMA 3BP8A 5FROA 2ZGZA 4FLTA 1HKBA 3M5RA 1XNQK 3SK3A 4DV2K 5AQHA 2KZMA 2HHQA 1BIUA 2CH6A 4XEIA 4DTPA 3MN9A 1VAZA 1L5UA 4CJ4A 3O5BA 1HX1A 4JK8A 5GAEP 5GAGP 4DCHA 5KGWA 2UYTA 4CJUA 2F4VK 4LH4A 3DLLL 4O44A 4FWRA 4DQQA 1HRHA 2P9SB 4JD2B 1QQCA 4Z4IA 3C7NA 2P5GA 3QMLA 4CF9A 2O8EA 3VQQA 3AO5A 1LAWA 4KH5A 1YF5L 4CZEA 4DQ8A 3SYZA 1WSGA 4CZGA 2E8AA 1TKXA 3SUQA 3ENHA 4O4GA 3VERA 4E1NA 2GELA 1WUAA 4FOIA 4DR1K 4CJTA 3O3HA 5I3UA 3K9KA 3IMXA 1NJXA 4XH1A 3D2EA 1RILA 3OYMA 2HHUA 1T44A 1YJNN 4K42A 3HOTA 1WLJA 1ZBFA 1WBBA 5JS2A 4CGGA 5B8HA 2X78A 2E6LA 5KTQA 2WTUA 3V4IA 4E3SA 3VEOA 1U49A 2IDOA 4IKFA 3Q7CA 5ADXH 3J7ZO 1YTAA 3OYJA 3SCXA 1BI4B 4KHSA 2Q0UA 3NCIA 3LPUA 3VQAA 4M3TA 1QZ5A 3OYDA 4OPJA 3C94A 4YOTA 1VSJA 3C6TA 2NRZA 4IBNA 4I2PA 2VG7A 1NOZA 3WXKA 4X64K 1NK5A 1HYSA 3EY1A 1YI2N 4FZYA 1SV5A 1LOTB 4HWIA 2HHWA 3P83D 1S6PA 4I6MA 3R6MA 2W40A 4IOCL 3PO5A 4CEDA 1QQNA 2DFFA 4BR5A 4IDHA 2OCEA 2KFZA 3DLHA 3D45A 3FZLA 2I7PA 4CJEA 1WSEA 1HNIA 3THYA 3ZEUB 4DR7K 2GWKA 4J8FA 1GOBA 3PUFA 1HNVA 2BGGA 5LJVA 2BE2A 2IS3A 3EZ5A 2FC0A 3U9DA 1WSJA 4H4MA 1ZXOA 4IDKA 4Z4HA 1NGCA 4BE0A 2YHXA 3IAYA 4JHDA 3I0RA 4IO8A 3QERA 3BF1A 1CZ9A 1IKWA 1U4BA 4CD3A 4WCEL 2AA4A 3HP6A 4WE1A 3DLEA 3ID8A 4FLXA 4YNQA 3EE8A 4IZ9A 3EYZA 2W6KA 5H1SQ 4KHPK 1KLNA 3QESA 1IBKK 1MA9B 4E1MA 1RCHA 1V4SA 3KLGA 2QXFA 3RTVA 1XQSC 4FJJA 5C15A 3BF3A 1Q8IA 1QQOA 4JAXA 5EOYA 1JL2A 2ZF5O 4DSKA 4HUFA 4F2SA 3QBXA 4JI7K 2FXUA 4GY2B 1BIZA 3M3ZA 3JXUA 2FF3B 4CW7B 1OH8A 1IG8A 3GBTA 1J6ZA 4CGIA 4CESA 4CK1A 3K9JA 1NJZA 4DF8A 2FSJA 1RDWX 4FXDA 4BR4A 5KPZA 3OS2A 1EWRA 4DFKA 3EEQA 4OKJA 5J2PA 3TSQA 1X9JA 4E89A 2BUPA 4A59A 4KHQA 3DYAA 3V9XA 1Z6RA 3O1WA 3Q7BA 4CIGA 1N36K 3AVMA 2F96A 3DOLA 3O9RA 1NGDA 2D0OA 4DFPA 4BG8A 1XUPO 1RNHA 1N5YA 4DLEA 3NBPA 4K43A 4O5FA 3T19A 2G8WA 1NGHA 3PY8A 3O3FA 2P9LB 1VSMA 1VHXA 4AHVA 3CETA 4PUOA 4H0OA 3F2KA 4H5TA 1IG9A 1QE1A 3O4NA 4CJ7A 1VRTA 2IVNA 3O4WA 1RT6A 3CM6A 2JWLA 2P9SA 4JD2A 3ZT3A 4B1YB 2HVIA 3ZSWA 3KTQA 1UAXA 3OYGA 3JSMA 5CHIA 4B3RK 5EX5A 3IDHA 2E6MA 5AQFA 1Y64A 2BANA 5M1KA 4OPAA 3K0SA 1KFSA 1Z25A 1L3VA 3M8RA 5AQUA 5C2DA 2W41A 3ZT4A 1VSDA 2QWOA 4JKAA 4JKFA 3HOSA 3NF7A 4BGBA 3QEWA 2V7ZA 2A1SA 3ZLJA 1C1AA 3VN5A 4DQRA 5AQTA 2RF2A 3I55N 3G4SN 4CK2A 3SQ1A 1HKCA 4BC2A 4MDBA 3G25A 4DFJA 1VK0A 2DPNA 3OHRA 3M8SA 4CFCA 4OLAA 2GBZA 2HHTA 3NH2A 3LP0A 4KBOA 5SZTA 4DR3K 1JKHA 1NKEA 1NLVA 4FWLA 1WSHA 4KB1A 2PBDA 3W0LA 1QS4A 4F3OA 1XI1A 2Z1HA 3R3LA 2V7YA 2YNHA 3S9HA 3MDQA 3VEWA 4JKGB 5AZIB 4J2DA 1FKOA 1K9MO 4CF2A 2O4IA 4A57A 2W6LA 3VOVA 4C1NI 3H1QA 3FFIA 4H0XB 1C1BA 5BREA 4EP5A 3TAFA 1S1VA 3CQ8A 4DQPA 1MWKA 2QWPA 3CCRN 3UKRB 4FWMA 5AQRA 1T8EA 1W2BM 4ELVA 1TAUA 4ELTA 4CJWA 4BVOA 3FGUA 4Q0BA 3TR8A 4H5VA 4YOVA 5ADXA 3K59A 3RMBA 2E2NA 4JN4A 1SQKA 3LP2A 1Q18A 4CEZA 1JLGA 4K41A 3D6RA 2NRHA 3KK1A 4IEEA 5BR8K 1LW2A 3LP3A 3HJFA 1RTJA 4DLGA 3OBWA 1NJWA 3LDOA 3CPWM 3T3FA 4PY5A 4V19S 3SJHA 1GLDG 4DTUA 2NLXA 2RE2A 3KK3A 2CGJA 3B8AX 4BRFA 1MU2A 4XH4A 3SPYA 4KI4A 4R5PA 4M63C 4AHSA 4G1QA 3OYBA 2QKKA 2UUCK 5FPMA 4CF8A 4IG3A 3AVJA 2CH5A 2HOEA 3EKUA 3PO4A 3KD1E 1R59O 3D7EO 4CCHA 1JLFA 1NGEA 3ZSVA 1T6DA 4H4OA 3VA0A 4IFVA 2LSNA 2VWKA 4B3MK 3DXMA 1BU6O 1GLLO 1U6ZA 1TKZA 5DM7L 3AVLA 2EHGA 1QVFM 4PHTX 2R7YA 3MN6A 3NE6A 4M3WA 4DV3K 1FXXA 4ILJA 4BDZA 4JI1K 4CZJA 4FZZA 2NRWA 4M7XA 2B5JA 3QNOA 3MXJA 2HBLA 1XC9A 3LDPA 3U3YA 1UWBA 3AA2A 3QNNA 3BZKA 3J81O 4PL7A 3BEXA 4FOEA 3THWA 2Q2RA 4B9VA 3VQ6A 2J4RA 3MWPA 4C23A 3LWMA 4DG1A 1GLEG 3M1FA 5EU7A 1A5XA 4C8OA 1D4XA 3L0QA 5IT9O 1EETA 5JLFA 4CF0A 4DU1A 4BR0A 4FJIA 4FK0A 1HUXA 4GV6A 1YXQA 2VG6A 5C24A 1TAQA 4PA1A 3RMAA 1JCGA 5J2NA 2G8FA 3OVNA 3O8MA 4CZMA 4BRKA 3CJ7A 1YVNA 3O08A 3QEPA 5M1PA 4FJ9A 3DAWA 4LF9K 1RT1A 1NKCA 1C1CA 4FLZA 4DFMA 4Q5VA 4DTJA 3C95A 1TKTA 3J7AP 4FJNA 3JAMO 3VQ5A 2E2OA 4BRNA 3HSCA 5FPDA 4DTSA 1HLUA 1NK4A 3DLKA 2RN2A 2HF4A 5SWMA 1J9AA 2F9TA 3SAFA 3VETA 1TK8A 2VGMA 4BWMA 5AFUA 3WNEA 4O5BA 1QTMA 2YKMA 4EHTA 2Q0RA 1NGFA 4IFEA 3VENA 5GIOA 2IVOA 1HQEA 5AZIA 1GLAG 3CJCA 2HSTA 3HT3A 4Z4EA 4CJ5A 1YUWA 1NJYA 2KZZA 2OTJN 1DTTA 4O0JA 4HVJA 2BH1A 4YOYA 3KLFA 3AA5X 4KREA 1OVYA 3I8BA 5M1OA 1NGGA 4JK7A 3O3GA 4AM6A 3SPZA 3L2WA 2YHBA 2GX9A 1OH6A 3PX4A 5JICA 3V9WA 4CHZA 1HYVA 2ZQBA 2OPRA 2YNFA 3SAGA 4WFNL 3VQ8A 3C0BA 3CCEN 3CF5L 4E7KA 3TARA 1IKVA 1BGXT 2O8DA 2NRXA 1NM1A 3KKSA 3VQDA 1U45A 4B8AB 3NHGA 1TK0A 3EE9A 3CFPA 2XY8A 3TTDA 4CHYA 1TKDA 5CY4A 3CD6N 4M3YA 2F9WA 2ZJPL 5BRDA 3O6WA 4YOWA 3VEZA 1WSIA 3CIPA 5FDLA 3NMUA 1MDUB 2VWBA 4OJRA 2NNWA 2YI1A 2ZD1A 3OYAA 1CXUA 4KPYA 3DLGA 1BQNA 1RDDA 4FM1A 5GINA 1C0FA 2D0AA 2D0PA 3K58A 4ICLA 2KQ2A 1Q86O 5D3GA 5C25A 3VQPA 3L6QA 4JEPA 2I7NA 4CD1A 4K8XA 5I42A 1I3AA 2HNDA 2ZWHA 2FBXA 5JVHL 4CIEA 4B08A 4E7JA 3CCUN 2FBVA 2QXLA 3TTCA 3HVRA 1YTUA 3P31A 4CBUA 3DOKA 5C2FA 4M3RA 4CVNE 1IKYA 2RKIA 3F73A 4F9OA 3HPOA 5BPMA 1Q81O 1S1WA 1DT9A 1TGOA 3UB5A 2WFBA 3FZHA 4I2QA 5J1EA 1T3VA 2KFNA 3KK2A 1TUYA 2UXCK 4HCBA 5ELZA 1G15A 1QSSA 5AZJB 4CBXA 4E7IA 2YHAA 5LL6Z 1HPMA 4CJRA 4KB0A 2E1ZA 1QHTA 2OPQA 5AQGA 3HXMA 1JXBA 3MMVA 4RG8A 1RTHA 3AVIA 3ZT2A 4YHHK 1Q9XA 3LPTA 4B1UB 1DGKN 2WONA 3MECA 4FPAA 3NFAA 4JKCA 4O8KA 3UIQA 4O55A 4CE9A 3S3OA 1RBUA 3HVTA 4L8RB 1I39A 2ETJA 3SZ2A 1K8KB 1RTIA 2UUAK 4AHCA 2Q3SA 3VPZA 2E1YA 4ISGA 5TKYA 1JJ2M 4X65K 3OYCA 4DV7K 1KD1O 3I0SA 1VQ7N 1JLBA 3H1VX 1VSEA 1VSHA 1YIJN 1X1PA 5KQ8A 5C12A 1D5AA 3TANA 3CJAA 2CGLA 1L3TA 2OYQA 3HBTA 2Q1NA 3WXIA 4E7HA 3UE5A 3PIPL 1K6YA 1S22A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3C6H A;  3CPE A;  5C15 A;  5M1P A;  5M1N A;  4IFE A;  4IDH A;  4IEI A;  5C2D A;  5M1Q A;  5C10 A;  5C2F A;  5M1F A;  5M1K A;  4IEE A;  5M1O A;  3C6A A;  5C12 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4TSX A;  1RGI A;  5BN9 A;  3P5J A;  4CFD A;  2UUB K;  3KK7 A;  3SQ2 A;  1L3U A;  2ZGY A;  4ISE A;  4AIL C;  3ZX3 A;  5KRT A;  5AQI A;  2IGI A;  2YNI A;  1HNZ K;  1KAY A;  4KTQ A;  4DWI A;  4LY7 A;  4NCA A;  3KVG A;  3O4Q A;  1ASU A;  3G0Z A;  2F8T A;  2E2Q A;  2FF6 A;  3CFO A;  4BR7 A;  4ISF A;  4CGD A;  2D1K A;  2QWL A;  2QWM A;  2QWN A;  3C6H A;  3WNG A;  2HMI A;  4LSL A;  1SKR A;  2Z1G A;  2Q36 A;  4X66 K;  2P1J A;  4IO9 L;  4ELU A;  3FR0 A;  3BDP A;  4DV6 K;  3CCM N;  2V51 B;  3E1Y A;  5LMU K;  2XY7 A;  5AQS A;  4FJK A;  5LMN K;  4B1V A;  4DHY A;  3TPQ A;  2JLE A;  4LD0 A;  4Z4C A;  4FJL A;  1RBR A;  2P9I B;  4FVU A;  1ITG A;  5AQK A;  1VSF A;  4BR9 A;  1RDU A;  1NGJ A;  5AJ3 K;  2O8F A;  4J2B A;  1H1V A;  4W5Q A;  4K0K K;  2NRT A;  4X62 K;  4DTM A;  3IKM A;  3R8E A;  4HUE A;  3MXI A;  3TTF A;  4IEI A;  4BRO A;  4CZK A;  2QA4 N;  5GIP A;  1SAZ A;  3KLH A;  1EO1 A;  3VQ7 A;  1WAF A;  1BIS A;  3LWL A;  5M1N A;  3WEE A;  2O8E B;  3EN9 A;  3QLH A;  1XMO K;  1J5O A;  3WXL A;  3AAP A;  2ITG A; 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 4DR6 K;  1VQO N;  3RWU A;  3MWT A;  3N4P A;  5AQN A;  2IC3 A;  1KCF A;  3ATU A;  1TYQ B;  3ALY A;  3OYF A;  4NYF A;  1VQ8 N;  2F7T A;  4FLU A;  3EO3 A;  4BAC A;  3ZSO A;  1WNS A;  1CZB A;  3AAQ A;  3D0P A;  3SAH A;  3HYF A;  2PYJ A;  4N56 A;  5E84 A;  3QIP A;  3OBY A;  5KRS A;  2X6N A;  4E0D A;  4CJV A;  1KRP A;  4CEC A;  4LFA K;  4CIF A;  3MCA B;  1LWE A;  3H46 O;  3VEV A;  3HPH A;  1GLF O;  3LAM A;  4NXM K;  2P9P A;  1SKS A;  2PYL A;  4H0P A;  4EZ6 A;  1NK6 A;  4FWS A;  4CF1 A;  4NYN A;  4B9Q A;  1I94 K;  3HZ6 A;  2XY6 A;  1Q82 O;  2IIR A;  4FJX A;  1J5E K;  4G9Z A;  1VQL N;  5HRO A;  5BN8 A;  2P9I A;  1IH7 A;  3CFR A;  4JI5 K;  4KKO A;  5CZ1 A;  1HNW K;  3CC2 N;  3AO4 A;  1NK9 A;  4OKK A;  1W7A A;  2OZM A;  3BP8 A;  5FRO A;  2ZGZ A;  4FLT A;  1HKB A;  3M5R A;  1XNQ K;  3SK3 A;  4DV2 K;  5AQH A;  2KZM A;  2HHQ A;  1BIU A;  2CH6 A;  4XEI A;  4DTP A;  3MN9 A;  1VAZ A;  1L5U A;  4CJ4 A;  3O5B A;  1HX1 A;  4JK8 A;  5GAE P;  5GAG P;  4DCH A;  5KGW A;  2UYT A;  4CJU A;  2F4V K;  4LH4 A;  3DLL L; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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