5M1KA

Crystal structure of the large terminase nuclease from thermophilic phage g20c with bound magnesium
Total Genus 66
204060801001201401601800102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
189
structure length
189
Chain Sequence
PAMNSVFSGLDMLILLPYERRGTRLVVEDYRPDHIYCIGADFGKNQDYSVFSVLDLDTGAIACLERMNGATWSDQVARLKALSEDYGHAYVVADTWGVGDAIAEELDAQGINYTPLPVKSSSVKEQLISNLALLMEKGQVAVPNDKTILDELRNFRYYRTASGNQVMRAYGRGHDDIVMSLALAYSQYE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Viral protein
source organism Thermus phage g20c
publication title Viral genome packaging terminase cleaves DNA using the canonical RuvC-like two-metal catalysis mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Phage terminase large subunit
total genus 66
structure length 189
sequence length 189
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-10-09
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.240 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5m1kA00
5M1FA 3C6HA 4IDHA 5M1QA 5M1PA 5C2DA 4IEEA 5M1OA 5C10A 4IFEA 5C15A 5M1NA 5C12A 5M1KA 3C6AA 5C2FA 4IEIA 3CPEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3L4IA 5EY4A 3VQ8A 2Q2RA 3ULDA 1T7PA 4KHUA 1HR0K 3HM8A 4H0OA 1KVAA 3HOTA 3AO2A 4CJVA 4FK0A 3KWIA 3RVCA 1UA1A 2PFUA 4DUZK 1V4TA 3ZEUB 1VQNN 3KHYA 3T69A 3SQ2A 1S1XA 4AM6A 3QETA 1NBWA 2OCEA 3Q7CA 1IG8A 2GV9A 2BE2A 1O13A 4U67L 2I5JA 1NK7A 5JLFA 4ZTFA 3CQYA 2G8IA 2P9IA 1P8ZA 1NGIA 2FF3B 4YOYA 4ELUA 4E7HA 2E1YA 4E89A 2YHYA 4FWLA 1IKVA 5ADXH 4DR1K 4DR5K 4YOWA 2YCHA 2E2PA 1X9WA 1C0FA 3TAFA 4M3TA 1XWLA 3AVMA 3AAPA 5LJVA 1WAJA 2F9WA 1H1VA 2HBLA 1WSGA 4JNEA 1JCGA 1RNHA 3THXA 4QS9A 4KTQA 2XHBA 1XI1A 5EVZA 5KI6A 4M3YA 3CERA 3DLGA 1BL3A 4O4GA 1SUQA 2BGGA 5FRNA 2P9PA 4IFVA 4JKDA 1MU2A 5EXWA 2Z1HA 2RE2A 1N5YA 1U45A 1RTDA 3DM2A 3E01A 3VEWA 4IO8A 3SPZA 5M1FA 1BA0A 5J2PA 4ICLA 5SZTA 3CD6N 1C1CA 3CC2N 4RW9A 1UOCA 4E3SA 4JHDB 5T7BA 3LM2A 4CD3A 3PIPL 4J2BA 5I42A 4N47A 4DR6K 2E2NA 4M7XA 4M3WA 3EE8A 4JV5K 4B8AB 1U48A 1TK8A 5JVGL 1B9FA 1D4XA 3DLEA 1LOTB 5BN9A 5F2RA 2FF6A 1HYSA 3DMJA 1Q8IA 4KH6A 4KHNA 3ZT4A 4A2BA 5JICA 3ZETB 5J2NA 4BY9C 1N8RO 4NYNA 3P4IA 4F9OA 3MCPA 4FSVA 2HHSA 5AZJA 4O8KA 2QTDA 3ITHA 2RN2A 4Y1CA 1WLJA 2NRTA 3FZLA 3EZ5A 3TPQA 5LL6Z 1BWFO 4BE1A 1JLAA 3MWPA 2ATQA 3AVGA 2O8BB 3OW2M 3VQ4A 4PA1A 4JKEA 4XH1A 3K5OA 2HMPA 1ZBLA 4DU1A 4M42A 4H5WA 3HBTA 1D9FA 2P5GA 2P9NA 2F8SA 1E4FT 1UAXA 4JRQA 4A2AA 4FLWA 3C6UA 3OYKA 4FYDA 3FZMA 1OH8A 2VQEK 1E3MA 3BP8A 4JI1K 1OH5A 3J80O 4FVMA 1RDCA 1JXBA 2F96A 3LPUA 1L3UA 4FJ9A 1HKCA 3WEEB 4Z4HA 3OYAA 3WQUA 4DV6K 4B3SK 2OPSA 5AQHA 4KREA 1TKTA 2A1RA 4RW4A 3SAHA 3B8AX 2ZWHA 5HRNA 2VG5A 1NJYA 3RR8A 3ZT2A 3QEXA 3JXUA 4A57A 1TL3A 3U4LA 1RDAA 4O0IA 1GLBG 3HVRA 3MN7A 4M3XA 1TGOA 2Z1IA 5DM7L 3LP1A 3S3NA 4H0TB 2QKKA 1HNZK 3CFRA 4BWMA 4BC5A 2PBDA 4DSIA 3OBWA 2ZJRL 4KH4A 2QW9A 1Q86O 4GW6A 3M1FA 3HPGA 2Q36A 3O8MA 3NCIA 4CZFA 4Z94A 4CFAA 2V7YA 3NF7A 3V9WA 4CERA 1Z26A 2VGNA 3UB5A 4AQYK 4RWTA 3N4QA 2VYPA 2FBXA 3KK2A 4H0PA 1SL0A 3ZLJA 3TU5A 1C1BA 1RBRA 3KD1E 4FOIA 4JRPA 4FW2A 4CEZA 1VQKN 2DTUA 4N56A 5AQOA 1VAZA 5EOYA 3T7ZA 3SMPA 3TSPA 4B1ZA 2X78A 1A5WA 2VQFK 3LDLA 1GLJO 1YJWN 1B9DA 1BDGA 2PYLA 4CEQA 4DFPA 3SUQA 1KRPA 1BI4A 1S1TA 4CIGA 1X9JA 3UKRB 2I7NA 5EU7A 1BOTO 1NJZA 2ZM6K 1QVFM 4TSXA 5DM6L 4BR4A 1Y97A 3LZIA 1VQ5N 4C8LA 4BWJA 3CM6A 4DMNA 3MMVA 1NGBA 3PV8A 1T3VA 3V1QA 3P5JA 1JLCA 1T44A 4BROA 3D2FB 3O3GA 4IKFA 4LSNA 3FFKB 3NF8A 1SKSA 3HOSA 4DSKA 5KGXA 3ZYYX 1Z25A 2GBZA 3THVA 4CJ4A 2A5XA 2WOMA 3BUZB 4CGFA 2UU9K 4PKIA 4YNQA 3QEPA 3AV9A 3VERA 4DG1A 4JD2A 1IKWA 4AHRA 3LM9A 3IKMA 4MFBA 3VEYA 3ZSYA 2P9LB 1ZXOA 2F9TA 3VF4A 4EAHD 1ITGA 4W5RA 3L3UA 2V7ZA 4KTZA 4Z0UA 3VEOA 3SQ0A 2FSJA 4A59A 1RT4A 4OVLA 4E1NA 3E66A 4CGGA 5AQIA 1HUXA 2GUPA 1Z6RA 4XIUA 3T1AA 1HYVA 3Q7BA 4E0DA 1KTQA 1K6YA 3F5TA 3AO1A 2WTUA 1D8YA 5KQDA 3DXKA 3C6HA 4DHYA 3KD5E 3F9MA 4LF7K 1K73O 3ISNC 3QEIA 3R6MA 3G10A 5FLXO 3KK1A 3MWTA 4H5NA 4PKHA 3T1HK 5FRMA 2Q0RA 3WXIA 3TAGA 3QLHA 3A5OC 1GOAA 3W3DA 4NLBA 3VN5A 3CQ8A 3SAFA 5AFUA 3K9KA 1J6ZA 4AHSA 3S3MA 3TANA 1WB9A 1CZAN 3RMAA 3VQ9A 4RW8A 3ID6A 4CF9A 4IFYA 1HNIA 3VENA 5MLCQ 1LWFA 4WQ5A 3EO3A 4EP5A 2E2OA 3LL3A 3V4IA 4BVOA 2VG6A 4CBWA 1S72N 1TKXA 1SQKA 1RT6A 1RT7A 4DTUA 1G15A 4ILHA 1NKEA 5HOOA 4CGDA 4ZTJA 3F73A 4B8CA 4OGEA 4H03B 4KPYA 4NXNK 2O8CB 3FGUA 1Q82O 3DXMB 5GAGP 2V52B 1S5JA 3WNGA 2E4LA 4OJRA 2BDPA 3ATUA 1YF5L 1ASWA 1D9DA 3BGRA 4GVEA 1NGAA 2ITMA 4EFHA 1E4GT 3K57A 3MN5A 4FLVA 3HXMA 1TYQB 2VWJA 3S3OA 1YIJN 3SMSA 2OPRA 3GG4A 1X3NA 3CJ9A 5AQZA 3FZHA 3LDPA 2RPIA 3QEWA 1KXPA 2HVHA 3L3VA 3L8BA 4CK1A 4CJWA 3SJHA 4CJEA 1QVGM 5B8HA 4DB3A 3TAMA 2IVNA 4GVMA 4BRKA 2BANA 3GE1A 3OYMA 2EX3A 4DV2K 1JLQA 1VSMA 1RBUA 2P9KB 1Q7YO 4LF4K 1TAUA 1FK9A 2X6NA 1CZ9A 2P9SA 1YJ9N 1GLCG 4MLHA 4GV6A 4M3RA 3SUNA 3CJ1A 2ZD1A 4IZ9A 3HPOA 4H0YB 2O8EA 3VF2A 3AGRA 2YHWA 5J2MA 5AQWA 3D0PA 1HKGA 3TAQA 3P1GA 2XRIA 3CC7N 3NF6A 1MDUB 1HPMA 4CEAA 4BQZA 2W42A 1VRUA 1TUYA 5C0YA 1ASVA 4G1QA 3DI6A 1VSDA 2Y1JA 2GELA 4FJ5A 1RGIA 4NXMK 5DK5A 1SKRA 1SKWA 3UE5A 4J2EA 4DV0K 4B3MK 3J7YP 3DYAA 3LDNA 1V4SA 5KQ8A 1TAQA 4CI6A 3IDHA 3HI0A 1JXEA 3RRGA 4LH5A 2QWQA 3MX5A 1RTIA 5HP1A 4H0XB 1WSEA 4CJLA 5M1QA 3L2UA 4DUYK 1RT1A 3BEXA 3FFIA 3EN9A 2W6KA 1BGXT 1J53A 2HHQA 2P9UA 5BPNA 1YTUA 2YNGA 5HRRA 1GLEG 1RFQA 4PKGA 4K8XA 3KWGA 4CHYA 1QQNA 3CQXA 4CBUA 3TABA 3SV3A 4YOUA 5I9EB 4CIEA 3TTDA 4JEPA 1JKHA 4O0JA 1JCFA 2KFNA 2HNDA 3RSEA 3CC4N 4IOAL 3HPHA 3LAMA 4DV4K 3H1QA 1VQMN 5BREA 3I8DA 4CCHA 4KB1A 1VSLA 4CEDA 4NB4A 5BRDA 2JWLA 2A3ZA 2G8HA 4FWMA 3K58A 3WUHA 4EHUA 3CM5A 3WQTA 3MK6A 4B3RK 3AVLA 4KHWA 2HF4A 1MWMA 4JI3K 1C6VA 3PO5A 1RTJA 4B9LA 3ULEA 5M1NA 3NBPA 4IO9L 3MCAB 4DQIA 1U47A 4MDBA 1TK5A 3U8XA 1HNWK 1NKCA 3NF9A 3SYZA 5FPEA 1P90A 3UKUA 3BF3A 3OYLA 4OLAA 1ZC6A 4LFAK 4CF1A 4DTPA 2OZMA 5K14A 4CJRA 4K41A 3AA5X 2KTQA 2E20A 1C0UA 3EKUA 3O4NA 4PL8A 1BISA 5AJ3K 4CJPA 4Z4FA 3CFOA 3SBGA 3AA4A 5BR9A 2PAVA 3LPTA 1IBMK 1S22A 2RHKA 3ZT3A 4BACA 1A5XA 1HNXK 1ZYQA 4FWRA 1YTAA 3MX2A 3JYTA 1YVNA 2FBYA 3HK2A 1RBVA 3L6QA 1VSKA 1N32K 2VGMA 1VQ4N 4JYAK 3H1VX 4O5BA 1WSFA 5AQLA 4WFAL 4IJNA 1TKDA 3GOIA 1YI2N 4EP4A 4CECA 1VSFA 3SNNA 4FJLA 4KFBA 1NK5A 2Q1NA 1VQPN 4FW1A 3F9KA 1HYZA 4LFCK 3O6WA 2D0PA 2V51B 1ZBUA 4W5TA 1ZBIA 2F4VK 4K43A 1S1VA 1O1WA 4DWIA 4CK3A 1QS4A 4DSFA 1BA1A 4BR2A 5I3UA 1SZ2A 5C15A 4Z4EA 5C2FA 3O9TA 3LP3A 3QICA 2HHTA 4BE2A 3HTVA 4PY5A 5ELZA 1WAFA 4DTOA 2I7PA 5AQVA 3EY1A 4CF0A 3OS2A 4NO7A 4JN4A 4CJ3A 2B4JA 4PQUA 2IVOA 1YXQA 1XC3A 4UQGA 3NGZA 3ID8A 2YHBA 4DCHA 2D0AA 2NRWA 4M3ZA 4FJIA 3OJUA 1MA9B 4AM7A 4C8KA 4DV1K 4NLCA 4K8ZA 3M3ZA 3ZX2A 5GAEP 3R9PA 2VWKA 3SUOA 1N34K 1WSIA 2PYJA 1RILA 1T6DA 1HJRA 3LDQA 4B1XB 1NGGA 4R79A 3MDQA 4LF8K 4B3OA 5BRHA 4DTXA 4I9LA 3KKSA 3O08A 3VQ6A 4IWVA 3SV4A 3VQAA 3A8YA 1VSJA 3OYIA 1NKBA 1FW6A 3GBTA 4DR4K 4EZ6A 2J4RA 3DRRA 3VQ7A 2WC9A 2PY5A 3H45C 1HRHA 3G25A 4CEFA 4RCHA 5FROA 3HP6A 2FBTA 3GL1A 4Q0BA 4K42A 3RTVA 2IIRA 4DQRA 3QINA 4RTFD 4CZIA 4CZHA 1YUWA 4CZMA 3WNHA 4BE0A 3AO4A 1CLQA 1KAYA 1NLVA 2O4GA 4FZYA 4LH4A 4OLBA 5JS1A 3O5BA 3BZKA 1JLEA 2QWOA 2XO7A 2D1KA 2HHVA 3AVJA 1UA0A 1XNQK 4B1WB 1TV6A 4CFCA 3S9HA 2BUPA 3M8PA 3CETA 3T1YK 4FWSA 4DLEA 2YHXA 4CFDA 4X64K 4Z4IA 2UXDK 5DMRA 1XNRK 4LD0A 1LW2A 5D3GA 3T19A 3EE9A 2Q3SA 2YNFA 3VPZA 3HZ6A 4W5NA 2Q97A 4CHQA 4I6MA 3KKRA 1NGFA 2HBKA 3LAKA 4JI5K 2Z1GA 5AQUA 1NNEA 1N33K 1VSIA 3KLEA 1ATNA 4KHYA 4CW7B 3O3HA 1HKBA 4Q5VA 2O8DA 2KKZA 3H08A 1C0TA 3C6AA 3IRXA 3C7NA 1KLNA 4BREA 3VEVA 4MLEA 2ETJA 2OPPA 3DLBA 1GLAG 3KIOA 4JI2K 1FKPA 1U6ZA 1LWEA 3B6PA 4B9QA 3EYZA 4C8NA 3TR8A 4KBOA 1QHTA 4GY2B 3WT0A 1XHXA 2IAJA 2KZZA 1WN7A 4QCLA 4JS4A 1DTQA 4JI4K 3CJCA 1JL2A 3AVCA 4JKGB 5AQRA 3OYDA 1OH6A 1KAZA 3ENBA 3CPEA 3NVKA 2KFZA 3I55N 3HSTB 2A6AA 5KPZA 3ZEUA 3R3LA 1BHLA 3IG1A 4EZ9A 4FLXA 1YVUA 2FSKA 3TARA 1J9AA 4FXDA 4F2SA 1GOBA 4BR7A 4CJ7A 1W9HA 5CY4A 2NNWA 1BQNA 1A5VA 1OVYA 4CZJA 1BCMA 3AGKA 1U2VB 1Q18A 1XC9A 4LSLA 5HRPA 1SS6A 3KLGA 3VA3A 1QSLA 2B5JA 4FK4A 2ZGZA 2ZJQL 3H46O 4FJGA 3PX4A 4YDUA 3M5RA 3HL8A 4J2AA 4EIAA 2O8FA 3VEXA 3VQEA 4LY7A 3P39A 2UUAK 4J8FA 1HX1A 4W5OA 4XEIA 3NDKA 3BZCA 3RMCA 2QWLA 4CHPA 1LV5A 1VQ9N 3KTQA 4WQ5C 4FJ8A 2ZGYA 4IEEA 5M1KA 3IS9A 3QNNA 1N6QA 3KLIA 1TUUA 5HRSA 5BR8K 3CG7A 4KO0A 4AH9A 1F21A 3C65A 2ASMA 2HOEA 4CF8A 1M1KO 2GUIA 3V9SA 4KH5A 5KPRA 1RBSA 2DFHA 3VGLA 3T3FA 3OHRA 1ESVA 3WXKA 4PHTX 2HHHK 4CJQA 3QMLA 5LJWA 5AQMA 2G8WA 2ZE2A 5HLFA 4GV3A 4F4KA 1ATSA 1QQMA 2OYQA 2AP1A 2H3GX 3O80A 4AHTA 4KHSA 4FJMA 4FJHA 2YKMA 1KFDA 2WONA 1S6QA 3OA9A 3ZETA 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3KLFA 2JWKA 1Y64A 3DAWA 3QEVA 3K5MA 3L4QA 4FPAA 4Z4GA 4IXCA 3OYHA 1TKZA 3U3YA 1XQSC 1YT3A 5KPTA 3BF1A 4CJKA 1W7AA 3AVHA 5LY3A 3O9SA 3H3OB 2GX9A 3VGKA 1S1UA 1S6PA 3NH0A 1NM1A 2CGKA 3CXCM 4CZEA 3SAGA 3CCSN 4DR3K 3ZSVA 2E8AA 3AY9A 2PZSA 3CCUN 2FSNA 3LANA 3WXLA 4BDPA 4DSLA 4HCCA 1QE1A 5AQPA 4DS5A 2AA4A 2OA8A 2P9LA 5AZJB 2NRHA 3NMUA 2KHOA 3ZCMA 4AHCA 1HLUA 3QO9A 3DRPA 3C94A 1VRTA 1KSPA 4JKFA 3FE1A 4C1NI 4QS8A 5CZ1A 4B1UB 5AQSA 5SWMA 4ZHRA 4BGBA 2P9NB 1VHXA 1S9GA 3H3NO 3IUCA 4OKJA 3THWA 1RDBA 2D5RA 1ZBFA 2QM1A 4BRNA 1VK0A 3PX0A 2YKNA 3HP9A 3DWLA 4IDHA 1BUPA 2WUSA 3THYA 4HUEA 4WCEL 1Z05A 5CZ2A 3V9XA 5C25A 3DLKA 1HQEA 4C8OA 4KV8A 4ILGB 2QI2A 4OGCA 4LF9K 1JCEA 4K25A 3ENOA 3EEQA 1JJ2M 4HTLA 3L2VA 1ZBHA 4CIFA 5LMNK 5AQGA 3M8SA 3AO5A 4BQLA 3MN9A 5FPMA 3G4SN 3A0IX 3OYJA 2F8TA 2O8CA 1VSHA 3C6TA 3DXMA 1KC8O 4BRHA 4H5RA 4DKWA 1J5EK 2GWJA 4F3OA 2E1ZA 3VETA 3QBXA 3ASMA 4XH4A 3TTFA 3L0QA 2R7YA 3OS1A 3O4QA 3NH1A 1FKOA 1D5AA 4NCBA 3PSIA 3VMFB 4Y0WA 3PSFA 1C1AA 5GIOA 4YFUA 3B6OA 3MEGA 1NG9A 3O4WA 3HT3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5M1F A;  3C6H A;  4IDH A;  5M1Q A;  5M1P A;  5C2D A;  4IEE A;  5M1O A;  5C10 A;  4IFE A;  5C15 A;  5M1N A;  5C12 A;  5M1K A;  3C6A A;  5C2F A;  4IEI A;  3CPE A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3L4I A;  5EY4 A;  3VQ8 A;  2Q2R A;  3ULD A;  1T7P A;  4KHU A;  1HR0 K;  3HM8 A;  4H0O A;  1KVA A;  3HOT A;  3AO2 A;  4CJV A;  4FK0 A;  3KWI A;  3RVC A;  1UA1 A;  2PFU A;  4DUZ K;  1V4T A;  3ZEU B;  1VQN N;  3KHY A;  3T69 A;  3SQ2 A;  1S1X A;  4AM6 A;  3QET A;  1NBW A;  2OCE A;  3Q7C A;  1IG8 A;  2GV9 A;  2BE2 A;  1O13 A;  4U67 L;  2I5J A;  1NK7 A;  5JLF A;  4ZTF A;  3CQY A;  2G8I A;  2P9I A;  1P8Z A;  1NGI A;  2FF3 B;  4YOY A;  4ELU A;  4E7H A;  2E1Y A;  4E89 A;  2YHY A;  4FWL A;  1IKV A;  5ADX H;  4DR1 K;  4DR5 K;  4YOW A;  2YCH A;  2E2P A;  1X9W A;  1C0F A;  3TAF A;  4M3T A;  1XWL A;  3AVM A;  3AAP A;  5LJV A;  1WAJ A;  2F9W A;  1H1V A;  2HBL A;  1WSG A;  4JNE A;  1JCG A;  1RNH A;  3THX A;  4QS9 A;  4KTQ A;  2XHB A;  1XI1 A;  5EVZ A;  5KI6 A;  4M3Y A;  3CER A;  3DLG A;  1BL3 A;  4O4G A;  1SUQ A;  2BGG A;  5FRN A;  2P9P A;  4IFV A;  4JKD A;  1MU2 A;  5EXW A;  2Z1H A;  2RE2 A;  1N5Y A;  1U45 A;  1RTD A;  3DM2 A;  3E01 A;  3VEW A;  4IO8 A;  3SPZ A;  5M1F A;  1BA0 A;  5J2P A;  4ICL A;  5SZT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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