The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
64
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sequence length |
187
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structure length |
187
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Chain Sequence |
AMNSVFSGLDMLILLPYERRGTRLVVEDYRPDHIYCIGADFGKNQDYSVFSVLDLDTGAIACLERMNGATWSDQVARLKALSEDYGHAYVVADTWGVGDAIAEELDAQGINYTPLPVKSSSVKEQLISNLALLMEKGQVAVPNDKTILDELRNFRYYRTASGNQVMRAYGRGHDDIVMSLALAYSQY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Viral genome packaging terminase cleaves DNA using the canonical RuvC-like two-metal catalysis mechanism.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Thermus phage g20c
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| molecule keywords |
Terminase large subunit
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| total genus |
64
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| structure length |
187
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| sequence length |
187
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-10-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5C15 A; 5C10 A; 5M1Q A; 4IEE A; 3C6H A; 4IDH A; 5C2D A; 3CPE A; 5M1P A; 3C6A A; 5M1O A; 5C12 A; 5M1F A; 5M1N A; 4IFE A; 4IEI A; 5M1K A; 5C2F A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1YF5 L; 1S1U A; 1QTM A; 4JI6 K; 1HQE A; 5FPM A; 4FM1 A; 1Q9Y A; 3FZF A; 4H5V A; 4JD2 A; 4IO8 A; 3VET A; 2E6L A; 1J6Z A; 5JMV A; 1A5W A; 1TK0 A; 3DLB A; 4KHP K; 4IJN A; 3S9H A; 4BQL A; 2QWO A; 3TTD A; 4NO7 A; 1JXE A; 2Q0R A; 4JKB A; 1WLJ A; 1Q7Y O; 2VWB A; 1I39 A; 4Z4F A; 1C1A A; 2E1Y A; 3AVG A; 2YI1 A; 3WUH A; 2QEX N; 2D1K A; 5FRM A; 2O8C A; 4BC5 A; 3V4I A; 4CEC A; 5BRD A; 2W42 A; 1IKX A; 3C65 A; 4DQP A; 4JK8 A; 4H0X B; 3VEN A; 2QI2 A; 4BDZ A; 2OTJ N; 3QNN A; 4PWD A; 3RTV A; 3CC2 N; 3PO5 A; 1LW2 A; 1LWC A; 1NJZ A; 3HBT A; 3O1B A; 5AQO A; 5MLC Q; 2P1J A; 3NGY A; 1BL3 A; 4I9L A; 4DR7 K; 3EZ5 A; 4JHD B; 4DQR A; 4HHT A; 2HST A; 4BRK A; 3KLF A; 2PFU A; 2HHQ A; 2P9N B; 1HNV A; 4NCG A; 3HYF A; 1TK5 A; 3SCX A; 3VQ7 A; 2KFZ A; 4ISF A; 1VSM A; 4BGB A; 4H5N A; 3M8R A; 4DTR A; 4KV8 A; 2WON A; 4BRN A; 2HMP A; 1UA1 A; 4LF7 K; 4DV7 K; 5C15 A; 4CJQ A; 1RT4 A; 5M1O A; 3ZT3 A; 1T05 A; 1EP4 A; 1C1B A; 4CJE A; 2UXC K; 4W5R A; 5BPM A; 3VPZ A; 4DTM A; 2GBZ A; 4CF2 A; 4B1V A; 5J2P A; 4HWI A; 1YAG A; 4FJJ A; 1HRH A; 3V9X A; 3ITH A; 4CHO A; 4PA1 A; 1N8R O; 3PX4 A; 1T6D A; 4BWJ A; 2GWJ A; 1BQM A; 3OJU A; 2G8W A; 4RW6 A; 5AQM A; 5AZJ B; 1NM1 A; 4E0D A; 3JYT A; 2P9U A; 5HRO A; 1SAZ A; 3KKR A; 3JS6 A; 5C12 A; 4BRH A; 3MMV A; 2HHU A; 3V9U A; 1RDA A; 1T44 A; 4QS8 A; 4FK2 A; 2VG6 A; 3O9Q A; 3WNG A; 1ITG A; 1TKT A; 2E2Q A; 3FLC O; 4EP5 A; 1BIZ A; 4JN4 A; 2VWK A; 1HPM A; 2P5O A; 2D0P A; 4CZM A; 2OTL N; 1NGG A; 3AVN A; 3DLE A; 3D2F A; 3K5O A; 1TKZ A; 2YNI A; 4RW7 A; 1YIT N; 2IAJ A; 3S3N A; 3RRG A; 2D0O A; 1Z26 A; 2I5J A; 2P9S B; 5EX5 A; 2YHX A; 4BRE A; 1KD1 O; 3QML A; 4FO0 A; 4IXC A; 3RMA A; 4EHU A; 4CEA A; 3SQ1 A; 2NRR A; 4OGE A; 1CLQ A; 1HKG A; 4CF0 A; 3GOI A; 4CZE A; 4NCB A; 4DG1 A; 5IT9 O; 2HHV A; 3MX2 A; 1NK8 A; 4M3U A; 2E8A A; 1VSE A; 4CFB A; 1BI4 A; 1EO1 A; 3ASM A; 4CE9 A; 1YI2 N; 3AVK A; 2ZGY A; 1QQM A; 4BR2 A; 5HRR A; 2Z1H A; 3DXM A; 4Y1C A; 4DFK A; 4FZY A; 1KXP A; 1YUW A; 4QS7 A; 1MDU B; 2HBJ A; 1VQL N; 3CET A; 2QWR A; 1TGO A; 3DYA A; 2PAV A; 1EET A; 4KFB A; 3O1W A; 1XNQ K; 3DXK A; 3DLL L; 1ASU A; 3ATV A; 1NNE A; 1RTJ A; 3LP3 A; 3LAL A; 1T03 A; 4CD1 A; 1EKE A; 2E5L K; 2A3Z A; 1UOC A; 4IEE A; 4FWR A; 4E89 A; 3MCA B; 3PO4 A; 2JWK A; 1GLA G; 1EX4 A; 4EFH A; 2A41 A; 4BE0 A; 2KTQ A; 2X6S A; 3EE9 A; 2A1S A; 1KC8 O; 3MN6 A; 2LSN A; 3M5R A; 2KW4 A; 3VF2 A; 1QZ5 A; 1KFS A; 4DHY A; 4J8F A; 3L8B A; 1TYQ B; 3R3L A; 3NGZ A; 2HW3 A; 2B5J A; 2DY4 A; 3MN5 A; 3O6W A; 4E1M A; 5M1K A; 3CQ8 A; 4A59 A; 2O8E A; 5BRE A; 2VGM A; 2E1Z A; 3WQU A; 2QA4 N; 1C0G A; 2OPR A; 4OX9 K; 4KPY A; 4DTO A; 1X9M A; 3ISN C; 1JL1 A; 3PX6 A; 3CFO A; 3P1G A; 1Q81 O; 1D5A A; 4O5F A; 2F7T A; 1LAW A; 3ZEU A; 1KAZ A; 4X65 K; 4FWM A; 4FWK A; 3LPT A; 4OJR A; 4WFN L; 3U9D A; 3CER A; 5IWA K; 3K2P A; 1BOT O; 3MN9 A; 1NJI O; 4LH4 A; 1JLQ A; 1XC3 A; 4CF9 A; 4K8X A; 2CGL A; 4H0Y B; 2VG7 A; 1P90 A; 5E26 A; 4BRC A; 4G9Z A; 4J2D A; 1YJ9 N; 4BC4 A; 2DTU A; 5HRN A; 1UAX A; 4AH9 A; 3QIO A; 3MED A; 3V9W A; 4JI0 K; 3OYB A; 4CJ7 A; 5J2M A; 2FBV A; 1JLC A; 1XMQ K; 1K8K B; 3WEE B; 4DQI A; 3LP1 A; 3VQE A; 2HND A; 4BY9 C; 4F3O A; 1DTT A; 3NVM A; 4H0P A; 2FLO A; 5EY4 A; 3J7A P; 4KO0 A; 4CEE A; 4WF9 L; 4J2E A; 4OLB A; 5I9E B; 3AY9 A; 2HVH A; 3HI0 A; 3OYE A; 3TAQ A; 2YHY A; 4RW8 A; 3G4S N; 4PHT X; 4CGI A; 4KB0 A; 2HNY A; 3HST B; 3WXK A; 2HHW A; 2Q0U A; 3DRR A; 2Q1N A; 2WBN A; 2ITM A; 3QEW A; 2ZE2 A; 3DLG A; 3ZSW A; 1E4G T; 4CGH A; 4FWO A; 5ADX A; 2ZJQ L; 4DR2 K; 3VQ8 A; 3KVG A; 3KTQ A; 5J2Q A; 2GEM A; 1QSL A; 4Q0B A; 2F9T A; 1LCU A; 2H3G X; 5KRS A; 3AVI A; 3ZT2 A; 1U6Z A; 2NZT A; 3SI6 A; 1RBS A; 3SBT A; 3F5T A; 5HL7 L; 5A2Q O; 3SJJ A; 3RMC A; 3MEG A; 3V9Z A; 1XNR K; 4JRP A; 1RGI A; 1BWF O; 2B6A A; 2FSK A; 3SJH A; 4OKE A; 4JEP A; 4EP4 A; 1NGH A; 4E7K A; 3P31 A; 4FLW A; 1CZB A; 1QSS A; 4B3S K; 3CCE N; 4FPB A; 1T7P A; 1TL3 A; 3SNN A; 3QEI A; 4BRD A; 5FRO A; 3THW B; 4H5T A; 1VSL A; 1OVQ A; 3MDQ A; 3ZX2 A; 4E1N A; 4CCH A; 2UU9 K; 2AP1 A; 3IMX A; 3QFP A; 3CJC A; 2IVP A; 1BCO A; 3D2E B; 3ZYY X; 2NRV A; 3LWL A; 2HHX A; 5KGX A; 3C6U A; 3LZI A; 3QEV A; 1QQO A; 1YVU A; 1BHL A; 5DM6 L; 5CZ1 A; 4JHD A; 4AQY K; 1B92 A; 2P9N A; 3EE8 A; 3CCR N; 1JLB A; 3HJF A; 1VSJ A; 1YIJ N; 3GE1 A; 4PY5 A; 5D3G A; 1IV0 A; 1MWK A; 3NDK A; 4FLZ A; 4K42 A; 4CES A; 4Z4G A; 2UXB K; 4AHR A; 4FW2 A; 3K5N A; 5GAG P; 3RMD A; 5BPN A; 4M7X A; 3C6T A; 3RR7 A; 3N4Q A; 1BIU A; 1VQ5 N; 1SQK A; 2XY7 A; 4KTZ A; 5FRN A; 4WQ5 C; 2F8S A; 4BRQ A; 4IDK A; 5AQK A; 3ZCM A; 3PIO L; 2CH5 A; 4WFA L; 5CYQ A; 4QCL A; 1VRU A; 4YDU C; 2NRW A; 2W40 A; 3VOV A; 1RCH A; 2F9W A; 4DU4 A; 1Y97 A; 1XHZ A; 3V1Q A; 5JS1 A; 1D8Y A; 4DTP A; 3BUZ B; 4OKK A; 4FLX A; 3O80 A; 3LDS A; 1X1P A; 5AZJ A; 4O8U A; 2P5G A; 3DM2 A; 4RW9 A; 3MEC A; 3VA0 A; 3EKU A; 3AVF A; 3CCJ N; 3ZSV A; 3RWU A; 3DI6 A; 1H1V A; 4M3R A; 3MCP A; 4ELV A; 4JYA K; 1NMN A; 2IC3 A; 5KTQ A; 3BF3 A; 3THX B; 1XQS C; 2OPQ A; 4DQQ A; 2V7Z A; 3OYA A; 1WAF A; 2O8B A; 4DV0 K; 3C0B A; 4Z4H A; 3CF5 L; 1N5Y A; 4DSJ A; 3UKR B; 3AGK A; 1VAZ A; 1SL1 A; 1IKV A; 1EWR A; 2YV0 X; 2NRX A; 4BRM A; 1SKW A; 3CJ7 A; 2P9S A; 2YKM A; 3C6H A; 3VQB A; 2F8T A; 1LWF A; 3L3U A; 4ZHR A; 2O8D B; 4PL7 A; 4CHN A; 3O4Q A; 1WSI A; 4DF8 A; 2ZGZ A; 4F8R A; 3G25 A; 1U45 A; 2XRI A; 2HHT A; 2G8K A; 2QM1 A; 1OKJ A; 3M3Z A; 1S72 N; 1ASV A; 3HPH A; 3HOS A; 5AQL A; 2PBD A; 1Q9X A; 3CMA N; 4PQU A; 5TKY A; 1RTD A; 3VQQ A; 4CFD A; 5AQF A; 4H5W A; 1I3A A; 5GAH P; 3L2V A; 3AA3 A; 3V9S A; 2QWP A; 2KKZ A; 2P51 A; 4KH6 A; 3FZM A; 3LAK A; 1IG9 A; 4Z0U A; 1N6Q A; 3HTV A; 3OYD A; 1RFQ A; 3C6A A; 3ENH A; 4WYB A; 4DCH A; 4R79 A; 3J8A A; 3OTO K; 4AIL C; 1WBB A; 4BR9 A; 1NJY A; 3AGR A; 3OYM A; 4IKF A; 4E7J A; 3SLC A; 3VTI A; 2EWS A; 4B1Y B; 4C8K A; 4HCC A; 3O4N A; 1NGD A; 5AQR A; 3PSI A; 2BAN A; 3WNF A; 3G6E N; 1IBK K; 3I0S A; 3VN5 A; 3CCQ N; 2FBY A; 2Q97 A; 2NNW A; 4J2A A; 1KVA A; 3TAG A; 2DPN A; 1TYQ A; 2NRZ A; 1WSF A; 4BAC A; 3CD6 N; 3UKU B; 3BP8 A; 3DRS A; 3KWG A; 3M8Q A; 4B1Z A; 3OS1 A; 3NGI A; 2QXL A; 4GV3 A; 1KSP A; 5C2F A; 3CFP A; 4DTS A; 3CJA A; 1QE1 A; 5C2D A; 3SUN A; 5HBM A; 4KHS A; 1WOQ A; 2UUC K; 3A8Y A; 5AQP A; 4EHT A; 3GL1 A; 4E7I A; 1HUX A; 3VTH A; 1VSF A; 2ASP A; 4WQ4 C; 4Q5V A; 3NF6 A; 4BVO A; 4LC9 B; 3WXL A; 4DKW A; 3K59 A; 4ILJ A; 4KRE A; 1WAJ A; 3J80 O; 4FLY A; 4JI5 K; 3O9S A; 1NJW A; 1CXQ A; 1JLE A; 3EEQ A; 3KD1 E; 3SMS A; 5GAE P; 4CBX A; 1Q8I A; 1BO5 O; 5KQD A; 4DV3 K; 2VWJ A; 3SBG A; 4ILH A; 1QQN A; 2G8H A; 3LP2 A; 5GIP A; 5AQJ A; 4FJL A; 4K8Z A; 4O44 A; 4NCA A; 3EKS A; 1K8K A; 2KLA A; 4FJ7 A; 5BRH A; 4Y0W A; 3SUP A; 2DFE A; 1SKS A; 3DAW A; 1KQS M; 2IGI A; 3DOL A; 3O9R A; 3VEX A; 3HP6 A; 3IUC A; 4OPJ A; 3H1V X; 4CGD A; 4QS9 A; 2IOC A; 3KIO A; 5AQW A; 3OVN A; 1ZC6 A; 1WSH A; 1JJ2 M; 1HJO A; 3MEE A; 4A62 A; 3LDO A; 1L3V A; 4U67 L; 1Z25 A; 4AHS A; 3C7N A; 2E88 A; 2ASO A; 1VQ4 N; 3O08 A; 4DR6 K; 1Q86 O; 1B9D A; 1FXX A; 4A57 A; 5AZI A; 1C0F A; 1ZBF A; 3HZ6 A; 4OLA A; 3OYN A; 3AVB A; 3BZC A; 3E1Y A; 5LMN K; 4F9O A; 3QEX A; 4BG8 A; 4NXM K; 1RDW X; 3E9L A; 1HKB A; 3UB5 A; 1VQ8 N; 4MO4 A; 5AFU H; 3D0P A; 4O0J A; 1M90 O; 4F3T A; 2PYL A; 4M42 A; 1L3S A; 3AAQ A; 3RVC A; 2GWK A; 3QBX A; 3THW A; 2W6K A; 4GMJ B; 4EZ9 A; 2NUB A; 1GLE G; 4CJF A; 1NK6 A; 4DV2 K; 4BGA A; 4CZF A; 5E41 A; 5CR4 A; 3UIQ A; 4BE2 A; 1X9S A; 3D2E A; 3FZK A; 3CI5 A; 4JKA A; 5HLF A; 4Z4I A; 5I3U A; 3CME N; 1YT3 A; 2BGG A; 2QTD A; 3KK7 A; 2KZZ A; 1RDC A; 3OYF A; 1D9F A; 3U4L A; 1ZBL A; 1R59 O; 5JLF A; 4ID5 A; 1RT7 A; 1KTQ A; 1T3V A; 3SUO A; 5KRT A; 1CZ9 A; 1NK9 A; 1ZBH A; 4BRF A; 4DU1 A; 3ZSY A; 3OYI A; 3M8P A; 1DEJ A; 1VK0 A; 3FE1 A; 4B9U A; 5K14 A; 4HTU A; 3U3Y A; 4FWS A; 4CZK A; 1NU0 A; 3L2R A; 4ISG A; 5DM7 L; 1X3N A; 4FOE A; 3IG1 A; 4CER A; 1DLO A; 4B8A B; 2HB5 A; 4DTX A; 3QER A; 1IG8 A; 4DFJ A; 3SQ0 A; 4DV4 K; 2FBX A; 1VQ6 N; 4F2R A; 3NH0 A; 3QIP A; 1EQY A; 2OYQ A; 2KZM A; 4M3W A; 4CJ3 A; 2ZJR L; 2ZQB A; 4B9T A; 4H4M A; 1CXU A; 1WB9 A; 3ATU A; 4FZX C; 3SQ2 A; 2P9I A; 3H45 C; 3VF4 A; 3QFU A; 4FLV A; 2ZWH A; 4A2B A; 2W41 A; 4K41 A; 3TSQ A; 3M8S A; 4M3X A; 3F73 A; 2EHG A; 2DFF A; 1NGC A; 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3O3F A; 5LY3 A; 3HSC A; 5CE3 A; 3DOK A; 4KH5 A; 4FJ5 A; 2VCP A; 3DLR A; 4MDB A; 2VGN A; 4JKC A; 1SKR A; 3ENO A; 1NOZ A; 1QVG M; 2Q2R A; 4O4G A; 1HYV A; 5DK5 A; 4FK0 A; 4MLH A; 5HOO A; 3UKU A; 1KLM A; 1OH5 A; 1JKH A; 2E2N A; 3THV A; 4H0V B; 4B08 A; 2HF3 A; 1P8Z A; 4BWM A; 3S3M A; 4MLE A; 4KB1 A; 2OZS A; 1HX1 A; 1U2V B; 3WQT A; 4CJL A; 1NGB A; 4YOV A; 1VQP N; 2F4V K; 2YKN A; 1IKW A; 4BRA A; 1D4X A; 5CHI A; 3AVH A; 3OYL A; 2PZS A; 4F2S A; 1TAU A; 1NGF A; 2NRT A; 4JI1 K; 3VER A; 3I0R A; 4HCB A; 4HVJ A; 2Z1I A; 3PV8 A; 3HVR A; 5AJ3 K; 1NK4 A; 2Q31 A; 4FCY A; 4QOZ B; 4JV5 K; 2HHH K; 3TAF A; 4L8R B; 1G99 A; 1W7A A; 1S6Q A; 1ZBS A; 1RBU A; 2YX6 A; 3AO5 A; 3HXM A; 4KTW A; 2QWN A; 5KPT A; 3VGM A; 3T19 A; 3FZH A; 1ESV A; 3SAH A; 4FXD A; 4LF5 K; 4UY8 O; 3QIN A; 4BR4 A; 1S1X A; 1WSG A; 4NYF A; 3MK6 A; 4GVE A; 1XI1 A; 4BR5 A; 3TTC A; 4M3Z A; 1KRP A; 3KHY A; 4CHZ A; 4DSF A; 1R0A A; 4YNQ A; 3A5N C; 1VQK N; 1RDU A; 4B3T K; 4JAX A; 3MAQ A; 4FJG A; 4OKJ A; 4CZI A; 4JS4 A; 1XMO K; 1NKC A; 4CHQ A; 3C95 A; 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